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豬δ冠狀病毒基因組學(xué)及診斷技術(shù)研究進(jìn)展

2020-04-18 03:45:14湯德元曾智勇石遠(yuǎn)菊郭倩妤廖少山
關(guān)鍵詞:靈敏度特異性病毒

張 森,楊 偉,湯德元,曾智勇,黃 濤,王 彬, 石遠(yuǎn)菊,葉 麗,郭倩妤,廖少山

(貴州大學(xué) 動(dòng)物科學(xué)學(xué)院,貴州 貴陽(yáng) 550025)

豬δ冠狀病毒(porcine deltacoronavirus,PDCoV)是一種能夠引起豬嚴(yán)重腹瀉、脫水的腸道病毒[1]。PDCoV屬于冠狀病毒科,δ冠狀病毒屬的單股正鏈RNA病毒。PDCoV于2012年在中國(guó)香港被首次發(fā)現(xiàn),隨后陸續(xù)在其他國(guó)家被發(fā)現(xiàn),目前,韓國(guó)、美國(guó)、中國(guó)、日本、老撾、加拿大、越南等國(guó)已有報(bào)道,我國(guó)大部分地區(qū)均有檢出,對(duì)我國(guó)養(yǎng)豬業(yè)造成了嚴(yán)重?fù)p失[2-5]。感染PDCoV后發(fā)生的主要臨床癥狀與感染豬傳染性胃腸炎(TGE)、豬流行性腹瀉(PED)、豬輪狀病毒病(PoRV)癥狀相似且臨床上難以區(qū)別,都能引起腹瀉、脫水、嘔吐,最終導(dǎo)致死亡[6]。PDCoV一般感染豬消化道,通過糞便排出,偶爾也可以通過呼吸道進(jìn)行傳播。本文主要通過對(duì)PDCoV的病原學(xué)特征、臨床癥狀、診斷技術(shù)研究進(jìn)展進(jìn)行綜述,旨在為獸醫(yī)工作者及科研工作者對(duì)該病的研究及診斷提供理論參考。

1 病毒基因組結(jié)構(gòu)

PDCoV是單股正鏈RNA病毒,屬于冠狀病毒科、δ冠狀病毒屬,病毒顆粒呈球形或多型性,病毒直徑約為100 nm,與其他冠狀病毒類似,有囊膜和許多末端凸起的纖突,PDCoV基因組大小為25.4 kb,是目前發(fā)現(xiàn)的基因組中最小的冠狀病毒成員[7-8]。PDCoV有5′帽子結(jié)構(gòu)/3′poly A尾和8個(gè)開放閱讀框(ORFs),病毒基因組依次包括:5′非翻譯區(qū)(UTR)、開放閱讀框1a/1b(ORF1a/1b)、纖突蛋白基因片段(S)、包膜蛋白基因片段(E)、膜蛋白基因片段(M)、非結(jié)構(gòu)蛋白6(NS6)、核衣殼蛋白基因片段(N)、非結(jié)構(gòu)蛋白7(NS7)和3′非翻譯區(qū)(UTR)[4]。MARTHALER等[9]將美國(guó)的幾株P(guān)DCoV病毒進(jìn)行基因測(cè)序后與中國(guó)PDCoV病毒測(cè)序進(jìn)行對(duì)比,結(jié)果發(fā)現(xiàn),E區(qū)片段最保守,相似度為99.6%;S區(qū)片段差異性最大,相似度為98.5%~98.8%。目前對(duì)冠狀病毒的結(jié)構(gòu)和非結(jié)構(gòu)蛋白的一般特征及其在病毒復(fù)制中的作用已經(jīng)明確,但PDCoV的結(jié)構(gòu)和非結(jié)構(gòu)蛋白在感染宿主細(xì)胞的詳細(xì)功能和作用目前還沒有完全破解。近期LEE等[10]研究表明PDCoV 的N蛋白參與PDCoV感染的早期階段通過上調(diào)宿主細(xì)胞的熱休克蛋白70(HSP70)的2個(gè)伴侶蛋白GRP78及HSC70來抑制宿主細(xì)胞凋亡,且N蛋白可與EF1α相互作用完成病毒在宿主細(xì)胞內(nèi)的復(fù)制,這一點(diǎn)與其他冠狀病毒入侵宿主細(xì)胞的機(jī)理相似。

2 臨床癥狀

PDCoV的臨床癥狀為食欲減退、急性水樣腹瀉、輕度或中度嘔吐、脫水、嗜睡等,仔豬偶爾會(huì)因?yàn)槊撍鴮?dǎo)致死亡,病死率為30%~40%,成年豬發(fā)病后會(huì)自行恢復(fù)、死亡率低,常呈一過式反應(yīng)[6]。JUNG等[11]將2株P(guān)DCoV(OH-FD22和OH-FD-100)分別感染7只SPF豬,接種后21~120 h,所有豬表現(xiàn)出嚴(yán)重的腹瀉、嘔吐、十二指腸至結(jié)腸腸壁變薄,且腸腔中有大量黃色液體,病理結(jié)果顯示存在嚴(yán)重的萎縮性腸炎,盲腸和結(jié)腸中淺表上皮細(xì)胞的輕度空泡化且發(fā)生腹瀉48 h后即可從糞便中檢出病毒。被PDCoV感染后的豬會(huì)經(jīng)常受到TGEV、PEDV、PoRV等病毒的混合感染。MARTHALER等[9]對(duì)美國(guó)的TGE、PED、PoRV發(fā)病豬進(jìn)行調(diào)查,發(fā)現(xiàn)患有以上疾病的豬糞便中大多可以檢測(cè)到PDCoV,表明PDCoV常與其他引起腹瀉的病毒混合感染。一旦出現(xiàn)混合感染的情況,死亡率極高,有時(shí)可達(dá)到80%以上[12]。該病毒同時(shí)也會(huì)感染鳥類和哺乳動(dòng)物,JUNG等[13]將PDCoV病毒OH-FD22株以口服的方式感染3~7歲的小牛,接種3 d后從糞便中檢查到病毒RNA以及在血液中檢測(cè)到PDCoV特異性血清IgG抗體,但沒有引起腹瀉等臨床癥狀。

3 實(shí)驗(yàn)室診斷技術(shù)研究進(jìn)展

由于豬δ冠狀病毒病的臨床癥狀與TGE、PED、PoRV極為相似,導(dǎo)致通過簡(jiǎn)單的觀察臨床癥狀及病理變化無法得出結(jié)論,所以對(duì)PDCoV的實(shí)驗(yàn)室臨床診斷方法的研究就十分重要。目前對(duì)PDCoV實(shí)驗(yàn)室診斷方法有PDCoV病毒的分離培養(yǎng)、酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)(ELISA)、RT-PCR、熒光定量RT-PCR、mRT-PCR、環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)等。

3.1 病毒的分離培養(yǎng)PDCoV 病毒的分離培養(yǎng)可以采用豬睪丸細(xì)胞系(ST)和豬腎細(xì)胞系(LLC-PK)等作為宿主細(xì)胞感染。劉寶京等[14]將河北養(yǎng)殖場(chǎng)采集的PDCoV 病毒樣品感染ST細(xì)胞并觀察細(xì)胞病變,發(fā)現(xiàn)ST細(xì)胞在感染后12~24 h出現(xiàn)CPE,且細(xì)胞明顯變大、變圓,最后脫落,提取該細(xì)胞培養(yǎng)物進(jìn)行RT-PCR檢測(cè)顯示擴(kuò)增條帶與目的條帶相符,測(cè)序結(jié)果與其他PDCoV 毒株相近,說明成功分離出1株P(guān)DCoV 病毒。美國(guó)HU等[15]將帶有PDCoV 病毒的腹瀉樣品接種于LLC-PK 細(xì)胞培養(yǎng)7 d后通過RT-qPCR等方法證明成功分離出PDCoV 病毒,并命名為OH-FD22。

3.2 ELISA酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)是根據(jù)抗原與抗體結(jié)合原理來對(duì)PDCoV 進(jìn)行診斷,該方法特異性強(qiáng)、敏感度高、使用簡(jiǎn)單方便、結(jié)果準(zhǔn)確,是目前最常用的檢測(cè)抗原或抗體的方法之一。ELISA技術(shù)是目前用于檢測(cè)PDCoV發(fā)展最快的血清學(xué)方法。

THACHIL等[16]開發(fā)了基于PDCoV纖突蛋白(S)的S1部分的抗 IgG間接ELISA試劑盒,并將其用于調(diào)查美國(guó)豬中PDCoV的流行情況,是全世界首個(gè)檢測(cè)PDCoV的ELISA方法。SU等[17]利用組氨酸標(biāo)記的重組核衣殼(N)蛋白作為抗原來檢測(cè)針對(duì)PDCoV的抗體,建立了間接ELISA方法,靈敏度可達(dá)90%以上,且特異性強(qiáng),其N蛋白基本不與PEDV、TGEV、PoRV、CSFV、PCV-2、PRV和PRRSV發(fā)生血清交叉反應(yīng)。利用該方法對(duì)黑龍江省319份血清樣品進(jìn)行檢測(cè),調(diào)查結(jié)果表明,在沒有腹瀉的豬場(chǎng)中,有3.33%的樣本(7/210)PDCoV呈陽(yáng)性;發(fā)生腹瀉的農(nóng)場(chǎng),有27.52%的樣品(30/109)PDCoV呈陽(yáng)性,說明在黑龍江省由于感染PDCoV而引發(fā)腹瀉的可能性很高。OKDA等[18]將N蛋白進(jìn)行重折疊建立了間接ELISA,與未重折疊N蛋白建立的間接ELISA方法相比,特異性更強(qiáng)、靈敏度更高。LUO等[19]開發(fā)了一種基于重組膜蛋白(M)的ELISA,該方法和以N蛋白建立的間接ELISA方法相比與PEDV的交叉反應(yīng)更弱,效果更好。

3.3 RT-PCRRT-PCR方法是目前最常用的分子生物學(xué)診斷方法之一,其具有操作簡(jiǎn)單、反應(yīng)速度快、價(jià)格低廉等優(yōu)點(diǎn),目前在大多數(shù)實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)普遍運(yùn)用。近年來研究人員建立了多種RT-PCR方法檢測(cè)PDCoV,WANG等[20]利用HKU15-155 毒株的M 67F基因片段和N 41F基因片段的保守區(qū)分別設(shè)計(jì)了2組RT-PCR引物,建立了診斷美國(guó)PDCoV 的一步法RT-PCR 診斷方法。SONG等[21]建立了巢式RT-PCR 診斷方法用于檢測(cè)31份豬腹瀉樣品,成功檢測(cè)出9個(gè)顯示出預(yù)期片段的RT-PCR產(chǎn)物。韋學(xué)雷等[22]建立了PDCoV、TGEV和PE-DV多重RT-PCR 檢測(cè)方法,該方法相對(duì)于單一RT-PCR方法特異性好、靈敏度高、可以同時(shí)檢測(cè)多種病毒,可用于臨床仔豬腹瀉的快速檢測(cè)診斷,具有廣闊的應(yīng)用前景。楊艷楠[23]建立了豬4種冠狀病毒的多重RT-PCR檢測(cè)方法,可以同時(shí)檢測(cè)PDCoV、TGEV和PEDV、豬血凝性腦脊髓炎病毒(P-HEV),豐富了豬冠狀病毒診斷方法。

3.4 Real-time RT-PCR目前已經(jīng)開發(fā)出許多用于檢測(cè)PDCoV 的實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR(RT-qPCR)方法。qPCR與普通PCR相比,不但可以實(shí)時(shí)監(jiān)控DNA擴(kuò)增的量,而且具有更高的靈敏度和特異性。MA等[24]利用PDCoV的N基因保守片段同時(shí)構(gòu)建了普通RT-PCR和以SYBR Green為染料的RT-qPCR,對(duì)比結(jié)果顯示普通RT-PCR與RT-qPCR相比,特異性相似、但靈敏度RT-qPCR更勝一籌。HUANG等[25]建立了基于TaqMan探針的多重實(shí)時(shí)RT-qPCR,同時(shí)檢測(cè)4種豬腸道冠狀病毒,可以同時(shí)檢測(cè)傳染性TGEV、PEDV、豬腸道致病阿爾法冠狀病毒(PEAV)和PDCoV,且該方法能檢測(cè)到10~100個(gè)拷貝的4種病毒的基因組。MASUDA等[26]建立了可以同時(shí)檢測(cè)PEDV,TGEV、PDCoV和PoRVA的四重RT-qPCR,豐富了該方法對(duì)豬腹瀉癥狀檢測(cè)的診斷,且后3種病毒均達(dá)到了10個(gè)拷貝的靈敏度。

3.5 環(huán)介導(dǎo)的等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)LAMP可以在等溫條件下以高靈敏度和特異性擴(kuò)增核酸,這種新型基因檢測(cè)技術(shù)具有較高的成本效益且可以節(jié)省時(shí)間,為快速準(zhǔn)確地鑒定病毒等其他病原體提供了潛在的有效工具。ZHANG等[27]建立了用于視覺檢測(cè)PDCoV的特異性和靈敏的RT-LAMP測(cè)定方法,該方法針對(duì)PDCoV N基因的保守編碼區(qū)設(shè)計(jì)了1組引物,并優(yōu)化了反應(yīng)條件,使靈敏度達(dá)到了10個(gè)拷貝,比傳統(tǒng)的RT-PCR靈敏100倍,核酸擴(kuò)增時(shí)間可以縮短至70 min,該方法可以快速、特異、靈敏的檢測(cè)PDCoV。

3.6 恒溫?zé)岣艚^式PCR(iiPCR)iiPCR是一種病毒的快速診斷方法,該方法原理與PCR技術(shù)相似,但相比于PCR技術(shù)具有使用方便、反應(yīng)時(shí)間快、可現(xiàn)場(chǎng)診斷等特點(diǎn),目前已經(jīng)開發(fā)出將探針嵌入核酸中或利用染料進(jìn)行實(shí)時(shí)監(jiān)測(cè)的方法,不但降低了檢測(cè)成本,且有快速現(xiàn)場(chǎng)診斷的潛力,具有良好的發(fā)展前景[28]。ZHANG等[29]建立了用于診斷PDCoV 的 RT-iiPCR 診斷方法,并與PDCoV RT-qPCR方法進(jìn)行比較,結(jié)果顯示,該方法的靈敏度高且特異性和準(zhǔn)確度均達(dá)到了100%,說明該方法可靠,可用于未來的臨床診斷中。

3.7 重組酶聚合酶擴(kuò)增法(RPA)RPA是一種可以用于病毒檢測(cè)的等溫?cái)U(kuò)增方法,通常在25~43℃的條件下5~20 min即可觀察結(jié)果,具有操作簡(jiǎn)單、成本低廉、診斷迅速等特點(diǎn),是一種被認(rèn)為未來可以替代PCR的診斷方法,已廣泛用于病毒檢測(cè)。MA等[30]以PDCoV 的N基因保守區(qū)制備PDCoV備體外轉(zhuǎn)錄的RNA標(biāo)準(zhǔn)品,成功建立了PDCoV 的RT-RPA診斷方法,該方法與RT-qPCR相比具有以下幾個(gè)優(yōu)點(diǎn):裝置便攜;運(yùn)行時(shí)間短(僅需要<30 min);在1個(gè)操作管中使用酶,簡(jiǎn)化了操作程序并減少污染的可能性;未來可用于實(shí)驗(yàn)室外的診斷。

4 展望

PDCoV是近年來新發(fā)現(xiàn)的一種引起豬腸道癥狀的病毒,對(duì)世界養(yǎng)豬業(yè)造成了嚴(yán)重的損失,嚴(yán)重的影響了全國(guó)乃至世界的養(yǎng)殖業(yè)發(fā)展。目前對(duì)該病毒的致病機(jī)制、診斷方法和疫苗的研究正在不斷發(fā)展。由于該病毒與豬其他引起腸道癥狀病毒發(fā)病癥狀相似,在臨床上難以辨別,故對(duì)本病混合感染診斷方法及即時(shí)診斷方法的建立就顯得尤為重要。目前,對(duì)該病毒還沒有開發(fā)出相應(yīng)的疫苗,相信不久的將來,用于該病毒免疫的疫苗會(huì)成功研發(fā)。

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