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第28屆國(guó)際生物學(xué)奧林匹克競(jìng)賽試題 實(shí)驗(yàn)2·生物化學(xué)

2020-04-15 09:36佟向軍王戎疆張雁云范六民
生物學(xué)通報(bào) 2020年5期
關(guān)鍵詞:丙酮酸底物紅細(xì)胞

佟向軍 王戎疆 張雁云 杜 軍 范六民

(1 北京大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 北京 100871 2 北京師范大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院 北京 100875 3 中國(guó)人民大學(xué)附屬中學(xué) 北京 100080)

總分:78 分 時(shí)間:120 min

本實(shí)驗(yàn)考試包含3 個(gè)問(wèn)題,請(qǐng)按照下述順序完成實(shí)驗(yàn):

問(wèn)題1:分析血液標(biāo)志物(11 分)。本實(shí)驗(yàn)約耗時(shí)15 min,將提供一些數(shù)據(jù)請(qǐng)你分析。

問(wèn)題2:動(dòng)力學(xué)參數(shù)的實(shí)驗(yàn)測(cè)定(60 分)。本實(shí)驗(yàn)約耗時(shí)90 min,你將得到自己的實(shí)驗(yàn)結(jié)果。

問(wèn)題3:遺傳標(biāo)記分析(7 分)。本實(shí)驗(yàn)約耗時(shí)5 min,將提供一些數(shù)據(jù)請(qǐng)你分析。

本考試中,你將通過(guò)血液標(biāo)志物、酶動(dòng)力學(xué)和一種遺傳病的家族遺傳分析一位病人的病史。

重要信息:

●在給定的框中寫(xiě)下你的姓名、學(xué)生代碼和國(guó)家;

●請(qǐng)?jiān)诖痤}紙上填寫(xiě)答案,這樣才能得分;

●確定已收到列出的所有材料和設(shè)備;如果缺少任何物品,請(qǐng)立即舉綠牌示意;

●實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,請(qǐng)確保正確操作設(shè)備;由于自己的原因不慎灑出液體或損壞設(shè)備,將不予補(bǔ)充;

●在考試結(jié)束哨聲響起時(shí),請(qǐng)立即停筆;

●考試結(jié)束后,請(qǐng)將答題紙留在桌子上;

●不得將紙張、材料或設(shè)備從實(shí)驗(yàn)室?guī)С觯?/p>

●英文原件可應(yīng)要求提供。

材料:冰盒;溶液A:2×溶液的反應(yīng)母液,含有:50 mmol/L 磷酸鉀緩沖液,pH=7.6;14 mmol/L MgSO4;2.64 mmol/L ADP;40 U 乳酸脫氫酶;0.4 mmol/L NADH (10 mL)(在冰盒里);溶液B:H2O(10 mL);溶液C:10 mmol/L 磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)溶 于0.1 mol/L 磷酸鉀緩沖液,pH=7.6(1.5 mL)(在冰盒里);血漿稀釋液F、M 和D(每個(gè)0.5 mL)(在冰盒里);1 支20~200 μL 移液器;1 支100~1 000 μL 或200~1 000 μL 移液器;適合移液器的吸頭;1 mL 塑料比色皿(1 cm 光程)×20;盛放廢棄吸頭和比色皿的垃圾桶;1 臺(tái)可見(jiàn)光分光光度計(jì);查閱分光光度計(jì)的說(shuō)明書(shū)(另外的單獨(dú)文件),將指導(dǎo)你使用分光光度計(jì);置于樣品室的1 個(gè)比色皿以指示正確的方向;1 個(gè)比色皿架;方形封口膜×30;數(shù)字式計(jì)時(shí)器;30 cm 尺子;計(jì)算器;鋼筆;鉛筆。

重要背景信息:丙酮酸激酶(PK)是一種58 kDa 的蛋白,以同源四聚體的形式起作用,在糖酵解途徑中起關(guān)鍵作用(圖1)。在反應(yīng)中,將其底物磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)轉(zhuǎn)化為丙酮酸和ATP。

PK缺乏癥(PKD)是遺傳性非球形細(xì)胞溶血性貧血的最常見(jiàn)原因,是一組與紅細(xì)胞凈損失相關(guān)的遺傳性疾病。在PKD 病癥中,紅細(xì)胞在成熟前裂解(經(jīng)歷溶血),導(dǎo)致紅細(xì)胞不足(貧血)。在遺傳性非球形細(xì)胞溶血性貧血中,紅細(xì)胞不像其他形式的溶血性貧血呈現(xiàn)球形。血液分析也有助于了解PKD疾病。此外,該疾病通常與網(wǎng)織紅細(xì)胞增多癥(即未成熟紅細(xì)胞——網(wǎng)織紅細(xì)胞數(shù)量增加)有關(guān)。

PKD遺傳于常染色體隱性模式。具有常染色體隱性病癥個(gè)體的父母可能會(huì)或不會(huì)顯示病情的體征和癥狀,取決于他們擁有的等位基因。

假定亞基表達(dá)量相同且隨機(jī)關(guān)聯(lián),簡(jiǎn)單雜合子或復(fù)合雜合子(雜合子中有2 個(gè)不同的隱性等位基因)中,PK 四聚體同工酶(A4,A3B,A2B2,B3A,B4)的理論比值為1∶4∶6∶4∶1。如果B 是變體,A 是正常的,則PKD 患者體內(nèi)所有PK 四聚體中約94%含有一個(gè)或多個(gè)突變的亞基;未組裝的單體易被蛋白酶降解。重要的是,要注意一些特定的等位基因編碼的PK 蛋白形成四聚體,而其他等位基因編碼的PK 蛋白則保持單體形式。

通常在簡(jiǎn)單雜合子、復(fù)合雜合子和純合子中觀察到的臨床癥狀是可變的,從需要輸血的新生兒黃疸,到能自我調(diào)節(jié)、只顯示最小臨床癥狀的溶血性貧血。根據(jù)有缺陷酶的生物化學(xué)特征,已經(jīng)鑒定了許多突變型PK。

圖1 丙酮酸激酶的功能

臨床情境:已診斷出很多家庭成員患有非球形細(xì)胞溶血性貧血,可能與PK 缺乏有關(guān)??蛇M(jìn)行許多測(cè)試,包括血液測(cè)定以確定血液組成的參數(shù)(血液圖)和專(zhuān)門(mén)用于PK 活性的血漿酶分析。此外,可進(jìn)行遺傳分析,包括鑒定個(gè)體的PK 蛋白,以及通過(guò)家系分析確認(rèn)可能的遺傳模式。

你將分析和收集3 名家庭成員的數(shù)據(jù):父親(F)、母親(M)和女兒(D),以確定家系。

問(wèn)題1:血液分析

從父親(F)、母親(M)及其女兒(D)收集全血樣本。取血并分析后,獲得以下這部分結(jié)果(表1)。

表1

可進(jìn)行各種分析,包括測(cè)定血細(xì)胞比容,即紅細(xì)胞堆積的體積占總血量的百分比。通過(guò)將血液樣品吸入微量毛細(xì)管并離心,使紅細(xì)胞沉淀在一起,再通過(guò)測(cè)量毛細(xì)管中堆積在一起的紅細(xì)胞占總體積的比值,計(jì)算紅細(xì)胞的百分比。

任務(wù)1a

確定圖2所示的每個(gè)人的血細(xì)胞比容(堆積的紅細(xì)胞占總體積的百分比)。將這些數(shù)據(jù)填寫(xiě)在表3的第1 行中,以百分比表示,小數(shù)點(diǎn)后保留1 位有效數(shù)字。

圖2 父親、母親及女兒的血細(xì)胞比容圖

表2 健康人的血液圖正常值

任務(wù)1b

使用圖2的堆積細(xì)胞體積和表1的患者數(shù)據(jù),計(jì)算每位患者(F、M 和D)的以下參數(shù):紅細(xì)胞體積,稱(chēng)為平均細(xì)胞體積(MCV);每個(gè)紅細(xì)胞血紅蛋白的質(zhì)量,稱(chēng)為平均細(xì)胞血紅蛋白(MCH);MCV 以飛升(fL,1 fL=1×10-15L)為單位,小數(shù)點(diǎn)后保留1 位有效數(shù)字;MCH 以皮克(pg,1 pg=1×10-12g)為單位,小數(shù)點(diǎn)后保留1 位有效數(shù)字;MCHC 是RBC 這部分中血紅蛋白總濃度,以克/分升(g/dL,1 dL=0.1 L)為單位,小數(shù)點(diǎn)后保留1 位有效數(shù)字。

請(qǐng)?jiān)诜娇? 中填寫(xiě)計(jì)算所得父親(F)的每個(gè)參數(shù)值,并在表3中填寫(xiě)父親(F)、母親(M)和女兒(D)各參數(shù)的相應(yīng)數(shù)字。

方框1 患者F(父親)的計(jì)算結(jié)果(4 分)

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表3(4 分)

進(jìn)一步分析:根據(jù)紅細(xì)胞的大小,將貧血癥分為正常細(xì)胞(正常MCV)、大細(xì)胞(增加的MCV)或小細(xì)胞(降低的MCV)貧血。基于外周全血涂片檢查,小細(xì)胞貧血也常被描述為低血色素貧血。小細(xì)胞小而薄的光學(xué)性質(zhì),使其在血涂片上顯示為低著色,而血紅蛋白濃度保持在正常范圍(小細(xì)胞貧血;低色素性貧血)。正常血色素血液的血涂片無(wú)光學(xué)性質(zhì)的變化,血紅蛋白的濃度也在正常范圍。

表2提供了MCV 和MCHC 的正常范圍。

任務(wù)1c

使用你獲得的數(shù)值(包括在表3中),根據(jù)血細(xì)胞的大小及樣品F、M 和D 的血液中血紅蛋白水平進(jìn)行分類(lèi)。

對(duì)每位患者,請(qǐng)從以下選項(xiàng)中選擇其一回答(注意:任何選項(xiàng)均可多次使用):

A.大紅細(xì)胞,正常色素

B.小紅細(xì)胞,低色素

C.正常細(xì)胞,正常色素

(3 分)

?

問(wèn)題2:測(cè)定丙酮酸激酶活性

利用生物化學(xué)方法,通過(guò)研究酶的動(dòng)力學(xué)變化,可了解酶的性質(zhì)。酶活性通常通過(guò)監(jiān)測(cè)底物的消失或產(chǎn)物的產(chǎn)生進(jìn)行確定,通常使用反應(yīng)混合物的分光光度特性的變化確定底物和產(chǎn)物的變化。

通過(guò)耦聯(lián)測(cè)定方便地測(cè)定PK,其中反應(yīng)產(chǎn)物丙酮酸(方程式1)用作NADH 耦聯(lián)的乳酸脫氫酶(LD)(方程式2)的底物。該酶以足夠的量加入到反應(yīng)混合物中,使反應(yīng)期間產(chǎn)生的所有丙酮酸轉(zhuǎn)化成乳酸。可通過(guò)340 nm 光吸收值隨時(shí)間的減小監(jiān)測(cè)反應(yīng)。耦聯(lián)反應(yīng)的反應(yīng)方程式見(jiàn)圖3。

圖3 丙酮酸激酶(PK)和乳酸脫氫酶(LD)催化的磷酸烯醇式丙酮酸(PEP)(方程式1)和丙酮酸(方程式2)的分解

可通過(guò)改變PEP 底物濃度確定酶的動(dòng)力學(xué)性質(zhì)(方程式1)。

實(shí)驗(yàn)?zāi)康模捍_定3 位患者,父親(F)、母親(M)和女兒(D)血漿樣本中PK 的功能。

●通過(guò)使用耦聯(lián)測(cè)定法測(cè)定患者血漿樣品中PK 的活性。

●計(jì)算PK 的動(dòng)力學(xué)性質(zhì),以絕對(duì)單位表示。

方法:丙酮酸激酶測(cè)定開(kāi)始前,請(qǐng)注意以下事項(xiàng):

1)溶液A、C 和患者樣本F(父親)、M(母親)、D(女兒)應(yīng)保持在冰上,溶液B(H2O)保持在室溫。

2)分光光度計(jì)應(yīng)該在340 nm 波長(zhǎng)處使用水(已提供)做空白對(duì)照。

3)通過(guò)表4所示的試劑,直接吸取至1 mL的塑料比色皿中制備反應(yīng)混合物。你應(yīng)該添加除血漿樣品以外的所有成分,然后在準(zhǔn)備開(kāi)始反應(yīng)時(shí),最后添加血漿樣品。

表4 丙酮酸激酶實(shí)驗(yàn)試劑

任務(wù)2a

計(jì)算5 個(gè)濃度的PEP(溶液C)(從0.2~1.5 mmol/L中選取5 個(gè)濃度) 所需PEP 的反應(yīng)體積。在方框2 中填寫(xiě)最高濃度的計(jì)算示例。PEP 將推動(dòng)反應(yīng)進(jìn)行,以測(cè)定每個(gè)血漿樣品[父親(F)、母親(M)和女兒(D)]中的丙酮酸激酶活性。

方框2(1 分)

任務(wù)2b

將用于使反應(yīng)混合的體積填入表5中的空白處;注意:對(duì)于每個(gè)血漿樣品(F、M 和D)都相同。

你應(yīng)該在表5每一列的頂部填寫(xiě)上你決定用的底物濃度PEP[S],以及在各相應(yīng)框中填寫(xiě)每個(gè)溶液所用的體積。

表5 反應(yīng)體積(3 分)

PK 活性測(cè)定

通過(guò)反復(fù)顛倒比色皿混合內(nèi)容物(確保使用拇指或食指將一塊封口膜壓緊在開(kāi)口處),在零時(shí)間點(diǎn)讀取A340讀數(shù),然后以30 s 的間隔記錄A34090 s。記錄下分光光度計(jì)上顯示的吸光值。

對(duì)于每個(gè)樣品,需要確定你使用各濃度PEP([S]) 時(shí)的初始反應(yīng)速率ΔA/Δt(時(shí)間以min 表示),用零時(shí)間點(diǎn)值和另一個(gè)選擇的數(shù)值。在數(shù)值上畫(huà)圈以突出顯示你用于計(jì)算速率的時(shí)間點(diǎn)范圍。

任務(wù)2c

按所描述進(jìn)行實(shí)驗(yàn),并使用提供的表記錄吸光度讀數(shù)(表6.1、6.2 和6.3)。

動(dòng)力學(xué)參數(shù)計(jì)算:隨著時(shí)間的推移,產(chǎn)物/底物濃度的變化可通過(guò)吸光度的變化表示。對(duì)于每個(gè)初始速率ΔA/Δt,計(jì)算每個(gè)PEP 底物濃度([S])的反應(yīng)初始速度V0(ΔConc/Δt)。反應(yīng)用Beer-Lambert定律給出速度絕對(duì)單位應(yīng)為μmol/min。Beer-Lambert 定律(或Beer 定律)是吸光物質(zhì)的吸光度和濃度之間的線性關(guān)系。公式為:A=εlc,其中A為光吸收,ε為摩爾消光系數(shù),l為光程,c為濃度。

該實(shí)驗(yàn)測(cè)量NADH[摩爾消光系數(shù)為6 220 L/(mol·cm)]向NAD+(其在340 nm 具有可忽略的吸光度)的轉(zhuǎn)化,即PEP 向乳酸的轉(zhuǎn)化。由于組分摩爾比為1∶1,因此,NADH 的轉(zhuǎn)化率等于PEP 的轉(zhuǎn)化率。比色皿光程長(zhǎng)度為1 cm。

任務(wù)2d

計(jì)算初始速度(V0),將每個(gè)病人[父親(F)、母親(M)和女兒(D)]的答案填入下表(表7.1、7.2和7.3),保留3 位小數(shù)。

表6.1 樣品F(6 分)

表6.2 樣品M(6 分)

表6.3 樣品D(6 分)

表7.1 患者F(1 分)

表7.2 患者M(jìn)(1 分)

表7.3 患者D(1 分)

計(jì)算酶參數(shù)KM和Vmax

通過(guò)不同底物濃度的不同酶促反應(yīng)速率,可確定2 個(gè)酶參數(shù):KM和Vmax。這2 個(gè)參數(shù)可通過(guò)以下2 種方法之一進(jìn)行估算:Michaelis-Menten 圖(圖4A)或Hanes-Woolf 圖(圖4B)。

圖4 動(dòng)力學(xué)數(shù)據(jù)圖

任務(wù)2e

使用你從每位患者(F、M 和D)獲得的數(shù)據(jù),在下面的坐標(biāo)紙上,以V0對(duì)[S]各做一張Michaelis-Menten 圖。你應(yīng)該將3 個(gè)數(shù)據(jù)圖繪制在一張坐標(biāo)紙上:父親(F)、母親(M)和女兒(D)各一個(gè)數(shù)據(jù)圖。用“×”標(biāo)記來(lái)自父親(F)的數(shù)據(jù),用“○”標(biāo)記來(lái)自母親(M)的數(shù)據(jù),用“△”標(biāo)記來(lái)自女兒(D)的數(shù)據(jù)。

Michaelis-Menten 圖(10 分)

任務(wù)2f

使用3 個(gè)數(shù)據(jù)圖,估計(jì)Vmax和KM;使用正確的單位在下表中填入圖中每個(gè)樣本的估計(jì)值,保留2 位小數(shù)。(6 分)

?

任務(wù)2g(3 分:每完成一個(gè)表1分)

對(duì)每個(gè)樣品的每個(gè)底物濃度,確定[S]/V0,并將每位患者[父親(F)、母親(M)和女兒(D)]的答案寫(xiě)在下表中。估算值保留2 位小數(shù)。

患者F (1 分)

患者M(jìn) (1 分)

患者D (1 分)

任務(wù)2h

對(duì)于每位患者 (F、M 和D),在下面的坐標(biāo)紙上,以[S]/V0作圖。你應(yīng)該將3 個(gè)數(shù)據(jù)圖繪制在一張坐標(biāo)紙上:父親(F)、母親(M)和女兒(D)各一個(gè)數(shù)據(jù)圖。對(duì)于每個(gè)數(shù)據(jù)圖,擬合一條最佳直線。用“×”標(biāo)記來(lái)自父親(F)的數(shù)據(jù),用“○”標(biāo)記來(lái)自母親(M)的數(shù)據(jù),用“△”標(biāo)記來(lái)自女兒(D)的數(shù)據(jù)。

Hanes-Woolf 圖(10 分)

任務(wù)2i

計(jì)算每位患者的Vmax和KM,并使用正確的單位填入下表,保留3 位小數(shù)。(6 分)

?患者 Vmax KM父親(F)母親(M)女兒(D)

問(wèn)題3:遺傳分析和診斷

將父親、母親和女兒的血樣送至臨床檢測(cè)實(shí)驗(yàn)室進(jìn)一步分析。從全血中提取蛋白質(zhì),用聚丙烯酰胺凝膠電泳分離,將蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移至硝酸纖維素膜后(western blot),使用酶聯(lián)抗PK 抗體和化學(xué)發(fā)光檢測(cè)使樣品顯像。所得PK 蛋白含量見(jiàn)圖5,請(qǐng)參閱重要背景信息以幫助理解圖像。

圖5 受影響的家族中PK 蛋白變體的免疫印跡

任務(wù)3a

完成下表,指出每位患者(F、M 或D)的樣品中是否存在相應(yīng)大小的可見(jiàn)蛋白條帶。使用字母P 表示存在,用NP 表示不存在。

任務(wù)3b

在表格中指出,每位患者(F、M 或D)中是否含有PK 四聚體。使用字母P 表示存在,用NP 表示不存在。(5 分)

?

臨床檢驗(yàn)實(shí)驗(yàn)室還收到同胞兄弟姐妹和其他家庭成員的樣品,并分析了這些個(gè)體的PK 活性。此家庭中,該女兒有2 個(gè)兄弟(表8)。其他家庭成員PK 的KM數(shù)據(jù)也顯示在表8中。

任務(wù)3c

為了方便,請(qǐng)將用Hanes-Woolf 算法得到的父親、母親和女兒的KM值填入表格中(0 分)。

表8家族受試者的KM[PEP]數(shù)據(jù)。“先證者”表示作為家族遺傳研究起點(diǎn)的人。

?

圖6 家系

任務(wù)3d

(回答正確得1 分;除非你已經(jīng)正確回答任務(wù)3d,否則任務(wù)3e 不能得分)

指出父親Ⅲ-4 的PK 基因的組成情況(請(qǐng)?jiān)谀氵x擇的A、B 或C 上畫(huà)一個(gè)圓圈):

A.簡(jiǎn)單雜合子(Aa1,Aa2,Aa3)

B.復(fù)合雜合子(a1a2,a1a3,a2a3)

C.純合子(AA)

任務(wù)3e

(回答正確得1 分;只有任務(wù)3d 正確回答,本題才能得分)

指出兄弟Ⅳ-5 的PK 基因的組成情況(請(qǐng)?jiān)谀氵x擇的A、B 或C 上畫(huà)一個(gè)圓圈):

A.簡(jiǎn)單雜合子

B.復(fù)合雜合子

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