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二代測序技術(shù)檢測家族性偏癱型偏頭痛患兒的基因突變

2020-03-02 08:20:00葛麗麗陳重芬劉磊鄭璇宋銀森
臨床檢驗雜志 2020年1期
關(guān)鍵詞:外顯子先兆偏頭痛

葛麗麗,陳重芬,劉磊,鄭璇,宋銀森

(鄭州大學附屬兒童醫(yī)院&河南省兒童醫(yī)院&鄭州兒童醫(yī)院河南省兒童遺傳代謝性疾病重點實驗室,鄭州 450018)

家族性偏癱型偏頭痛(familial hemiplegic migraine,F(xiàn)HM)是一種罕見的常染色體顯性遺傳、具有先兆癥狀的偏頭痛[1]。本病由Clark等于1910年首次報道,是目前唯一明確的單基因遺傳偏頭痛,臨床主要表現(xiàn)為發(fā)作性單側(cè)肢體無力,后出現(xiàn)偏頭痛伴發(fā)惡心嘔吐,其他先兆癥狀如視覺、感覺、言語等出現(xiàn)異常,通常在兒童或青春期起病[2]。本研究分析1例CACNA1A基因 c.4552G>A新生突變導致家族性偏癱型偏頭痛患兒的臨床及遺傳學特征,為完善和豐富該病的臨床-基因表型提供實驗依據(jù)。

1 材料與方法

1.1一般資料 患兒,男,3歲8月齡,因“抽搐、嘔吐、左側(cè)肢體無力1 d”于2018年8月收入我院神經(jīng)內(nèi)科。2歲8月齡時曾出現(xiàn)左側(cè)肢體無力伴嘔吐,1 d后自行緩解。今再次出現(xiàn)相似癥狀,并伴視物模糊,抽搐、頭痛、獨坐易向左側(cè)傾倒。為求進一步治療,收入我院?;純合礕1P1,足月順產(chǎn),生后無窒息搶救史,出生體重2.5 kg,身長不詳。母孕期體健,家族中無遺傳疾病史。FHM診斷標準參照HIS《國際頭痛疾病分類》(2004年)第二版:頭痛先兆必須包括完全可逆的肢體乏力,必須包括完全可逆的視覺、一般感覺和語言障礙這3項癥狀中的1項,家族中至少有一級或二級家屬有同樣的癥狀[3]。

1.2體格檢查 神志清,精神、飲食欠佳,呼吸平穩(wěn),哭鬧時口角右歪,左眼閉合不全,左側(cè)鼻唇溝變淺。左側(cè)肢體活動障礙,右側(cè)肢體活動無受限,關(guān)節(jié)無紅腫。雙側(cè)膝腱反射、跟腱反射可引出,左側(cè)巴氏征陽性,左上肢肌力Ⅱ級,左下肢肌力Ⅲ級,肌張力低;右側(cè)肢體未見明顯異常。

1.3實驗室檢查 血常規(guī)、肝腎功能、電解質(zhì)、心肌酶譜均正常;頭顱腦磁共振成像:右側(cè)顳頂枕葉及右側(cè)海馬脫髓鞘改變,右側(cè)大腦半球萎縮,右側(cè)腦室擴張。以上均由本院相關(guān)科室完成。

1.4基因檢測 經(jīng)患兒監(jiān)護人簽署知情同意書,并經(jīng)醫(yī)院醫(yī)學倫理委員會批準。抽取患兒及父母空腹靜脈全血各2 mL,EDTA-K2抗凝,送至北京邁基諾醫(yī)學檢驗所,按照QIAamp DNA提取試劑盒(德國Qiagen公司)說明書抽提基因組DNA,對患兒外顯子編碼區(qū)進行測序,并通過PCR擴增以及Sanger測序技術(shù)對篩選出的位點進行驗證。剩余全血及DNA樣本置于-20 ℃保存。以同期本院100例體檢健康者作為健康人對照。

1.5突變位點的生物信息學分析 利用SIFT、PolyPhen-2軟件預(yù)測錯義突變對蛋白質(zhì)功能的影響,應(yīng)用Mutation Taster軟件評估突變位點在物種間的保守性。采用SMART網(wǎng)站(http://smart.embl.de/)預(yù)測該蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)域和功能分析。

2 結(jié)果

2.1基因檢測結(jié)果 通過全外顯子組基因測序發(fā)現(xiàn),患兒CACNA1A基因第28號外顯子存在c.4552G>A突變。Sanger測序驗證顯示,其父母該位點均為野生型,患兒攜帶c.4552G>A突變?yōu)樽园l(fā)突變(圖1)。而在100例健康人對照者中均未檢測到該突變位點,排除其為多態(tài)性位點。

注:A,先證者攜帶c.4552G>A突變;B,父親未攜帶c.4552G>A突變;C,母親未攜帶c.4552G>A突變;箭頭示突變位點。

2.2突變位點的生物信息學分析結(jié)果 c.4552G>A(p.G1518R)突變經(jīng)蛋白質(zhì)功能預(yù)測軟件SIFT、PolyPhen-2預(yù)測結(jié)果均為“有害”(圖2A、2B);Mutation Taster物種保守性分析顯示,CACNA1A蛋白第1 518位氨基酸在不同的物種間幾乎完全相同,表明在進化上高度保守(圖2C)。根據(jù)SMART網(wǎng)站預(yù)測,該位點位于CACNA1A蛋白關(guān)鍵結(jié)構(gòu)域。

3 討論

FHM是一種罕見的常染色體顯性遺傳性疾病,是先兆偏頭痛(migraine with aura,MA)中的一種亞型[4],多數(shù)在兒童或青春期起病,臨床主要表現(xiàn)為偏頭痛、可逆性單側(cè)肢體無力及其他先兆癥狀如視覺、感覺、言語先兆等。李芳芳等[5]報道,一CACNA1A基因突變導致的家族性偏癱型偏頭痛家系中的患者均出現(xiàn)視物模糊,可逆性單側(cè)肢體無力,持續(xù)10~20 min后自行緩解,隨之出現(xiàn)對側(cè)顳部疼痛,并伴惡心、嘔吐、畏聲、嗜睡。本例患兒出現(xiàn)視物模糊,10 min后出現(xiàn)左側(cè)肢體無力,持續(xù)15 min后緩解,隨后出現(xiàn)右側(cè)顳部頭痛、嘔吐,并伴抽搐、哭鬧時口角右歪,左眼閉合不全,左側(cè)鼻唇溝變淺等臨床癥狀。其臨床表現(xiàn)與上述文獻[4-5]報道的FHM的臨床表現(xiàn)相一致。

本研究采用外顯子組基因測序發(fā)現(xiàn),患兒CACNA1A基因第28號外顯子存在c.4552G>A突變,該突變導致第1 518位氨基酸由甘氨酸變異為精氨酸,為錯義突變,經(jīng)數(shù)據(jù)庫檢索,c.4552G>A突變未出現(xiàn)在EXAC、ESP6500及千人基因組計劃數(shù)據(jù)庫中,在100例健康人對照者中均未檢測到該突變,排除其為多態(tài)性位點。Sanger測序驗證顯示,其父母該位點均為野生型,患兒攜帶c.4552G>A突變?yōu)樽园l(fā)突變。研究證實,50%~75%的FHM是由CACNA1A基因突變所致[6-7],已報道的CACNA1A基因突變形式有15種,且均為錯義突變。本實驗中檢測到的CACNA1A基因p.G1518R突變?yōu)閲鴥?nèi)外尚未報道過的新突變,經(jīng)蛋白質(zhì)功能預(yù)測軟件SIFT、PolyPhen-2預(yù)測結(jié)果均為“有害”。 根據(jù)SMART網(wǎng)站預(yù)測,CACNA1Ac.4552G>A突變導致第1 518位氨基酸由甘氨酸變異為精氨酸,該突變位點位于CACNA1A蛋白的關(guān)鍵結(jié)構(gòu)域(ion trans domain)中,該結(jié)構(gòu)域具有279個氨基酸,對應(yīng)的氨基酸位點為1 243至1 521位,主要參與膜結(jié)構(gòu)的形成、離子跨膜運輸過程以及離子通道活性。根據(jù)Mutation Taster軟件預(yù)測突變位點的致病性,得出結(jié)論:這一突變位點的改變,會引起蛋白質(zhì)氨基酸序列改變,可能會影響該蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和功能。

注:A,SIFT軟件預(yù)測值為0.14;B,PolyPhen-2軟件預(yù)測結(jié)果為0.997和0.960;C,Mutation Taster軟件預(yù)測該位點在不同的物種間完全相同;各縮寫含義:A,精氨酸;C,半胱氨酸;D,天冬氨酸;E,谷氨酸;F,苯丙氨酸;G,甘氨酸;H,組氨酸;I,異亮氨酸;K,賴氨酸;L,亮氨酸;M,蛋氨酸;N,天冬酰胺;P,脯氨酸;Q,谷氨酰胺;R,精氨酸;S,絲氨酸;T,蘇氨酸;V,纈氨酸;W,色氨酸; Y,酪氨酸。

圖2該突變位點的生物信息學分析

為進一步判定該位點的致病性,根據(jù)美國遺傳學與基因組學學會(ACMG)發(fā)布的《ACMG遺傳變異分類標準與指南》,該突變具備1個PS(突變位點為自發(fā)突變)+1個PM(在正常人群數(shù)據(jù)庫中的頻率為“-”,為低頻),初步判定為“Likely pathogenic”。經(jīng)蛋白質(zhì)功能預(yù)測軟件SIFT、PolyPhen-2預(yù)測結(jié)果均為“有害”,Mutation Taster物種保守性分析顯示,CACNA1A蛋白第1 518位氨基酸在不同的物種間幾乎完全相同,表明其在進化上高度保守。

FHM是一種遺傳因素明顯的MA,臨床出現(xiàn)可逆性的單側(cè)肢體無力,繼而發(fā)生偏頭痛,惡心嘔吐等表現(xiàn)時,應(yīng)早期進行基因檢測,明確病因,及時治療并控制發(fā)作。綜上所述,本研究發(fā)現(xiàn)的CACNA1A基因c.4552G>A突變?yōu)閲鴥?nèi)首次報道的新突變,豐富了CACNA1A基因的突變譜,提高了臨床醫(yī)師對家族性偏癱型偏頭痛的認識,為FHM患兒的診斷和遺傳咨詢提供了重要線索。

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