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Xpert HIV-1 病毒載量檢測系統(tǒng)用于HIV-1 病毒載量檢測的臨床價值

2020-02-14 11:01:10李同心李俊剛羅福龍鄧仁麑聶曉平陳耀凱
中國感染與化療雜志 2020年1期
關(guān)鍵詞:載量核酸定量

楊 坤, 王 靜, 李同心, 李俊剛, 李 梅, 羅福龍, 鄧仁麑, 劉 敏, 聶曉平, 陳耀凱

HIV的載量水平與HIV感染后病情發(fā)展和預(yù)后 有密切關(guān)系[1-2],檢測感染者血漿中HIV病毒載量(viral load)對于預(yù)測疾病進(jìn)程、制訂治療方案、監(jiān)測用藥療效和輔助診斷等[3-4]均有重要臨床參考價值。實時熒光定量PCR擴(kuò)增技術(shù)是目前臨床廣泛使用的HIV-1病毒載量檢測技術(shù)之一,國內(nèi)主要使用Abbott m2000或COBAS集核酸提取和核酸檢測為一體的病毒載量檢測系統(tǒng),適合于大批量樣本的檢測[5-7]。Xpert HIV-1病毒載量(Xpert HIV-1 VL)檢測是依托全自動GeneXpert儀器進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄PCR(RT-PCR)的體外測試方法,在40~1×107拷貝(cp)/mL的線性范圍內(nèi)檢測血漿中HIV-1 RNA含量[8]。WHO在2017年7月推薦該技術(shù)作為一種HIV-1 VL體外檢測手段[9-10]。本研究以Abbott m2000為標(biāo)準(zhǔn),對比兩種方法檢測結(jié)果的一致性,探討Xpert HIV-1的臨床應(yīng)用價值和優(yōu)勢。

1 材料與方法

1.1 研究對象

隨機(jī)收集2017年7-11月重慶市公共衛(wèi)生醫(yī)療救治中心門診或住院患者血標(biāo)本共191份,分別來自172例確診的HIV-1感染者和19例非HIV-1感染的其他疾病患者。HIV感染或艾滋病臨床診斷標(biāo)準(zhǔn)符合2015年中華醫(yī)學(xué)會感染病分會艾滋病學(xué)組制定的《艾滋病診療指南第三版(2015版)》[11]。其他疾病診斷也符合相應(yīng)診斷標(biāo)準(zhǔn)。本研究取得了重慶市公共衛(wèi)生醫(yī)療救治中心倫理委員會同意。

1.2 試劑與儀器

GeneXpert Dx 系統(tǒng)(包括GeneXpert儀器,GeneXpert Software Version 4.6a)和HIV-1 VL檢測試劑盒均購自于美國Cepheid AB公司。Abbott m2000檢測系統(tǒng)(包括自動化樣本提取儀器,型號為Abbott m2000sp ;實時熒光定量PCR擴(kuò)增與檢測儀器,型號為 Abbott m2000rt)、COBAS?TaqScreen MPX提取純化試劑盒和HIV-1核酸測定試劑盒(PCR-熒光法,Abbott Molecular Inc.)均購自美國Abbott公司。COBAS檢測系統(tǒng)(包括自動化樣本提取儀器,型號為COBAS?AmpliPrep;實時熒光定量P C R 擴(kuò)增與檢測儀器,型號為COBAS?TaqMan 48),COBAS?AmpliPrep提取純化試劑盒和HIV-1型核酸定量檢測試劑盒(PCR-熒光法) COBAS?AmpliPrep/COBAS?TaqMan?HIV-1 Test,Version 2.0均購自美國Roche公司。

1.3 標(biāo)本采集和保存

采集患者靜脈全血8 ~10 mL,EDTA-K2抗凝,輕輕上下顛倒混勻,3 h內(nèi)以離心半徑8.8 cm,1 500 r/min 離心10 min,分離血漿,收集于3支無菌的凍存管中,每支凍存管分裝體積大于1.2 mL,放入-20 ℃或以下冷凍保存,1周內(nèi)完成檢測。檢測前需對凍存樣本進(jìn)行常溫解凍,解凍后樣本肉眼觀察澄清透明,可以直接用于病毒載量檢測;若樣本渾濁,則需低速離心(離心半徑8.8 cm,1 500 r/min 離心2 min)后取上清液用于病毒載量檢測。

1.4 檢測方法

1.4.1 Abbott m2000 檢測方法 將1 mL血漿樣本加入Abbott m2000sp核酸分離純化儀專用樣本孔里,儀器自動進(jìn)行核酸提取與制備。使用Abboot m2000rt PCR檢測系統(tǒng)和配套的HIV-1型核酸測定試劑盒(PCR-熒光法)對核酸進(jìn)行病毒載量檢測,有效定量檢測范圍:40~1×107cp/ mL。

1.4.2 Xpert HIV-1 VL檢測方法 按照說明書:打開Xpert HIV-1 VL檢測試劑盒加樣孔,取1 mL血漿樣本緩慢加入樣本孔里,關(guān)閉樣本孔蓋。打開GeneXpert儀器,運(yùn)行GeneXpert Software Version 4.6a,將試劑盒掃描載入儀器檢測倉內(nèi)即開始病毒載量的檢測,90 min后觀察記錄檢測結(jié)果。結(jié)果解釋:Xpert HIV-1 VL測定的轉(zhuǎn)換因子為1 cp/mL=1.72 IU/mL,檢測線性范圍為40~1×107cp / mL。注意事項:每個檢測試劑盒只能檢測一份樣本;加樣過程不能產(chǎn)生氣泡;加樣后的試劑盒不能顛倒,且需4 h內(nèi)上機(jī)檢測。質(zhì)量控制:每個檢測試劑盒含有樣本容量充分性控制(SVA)、內(nèi)部定量標(biāo)準(zhǔn)高和低(IQS-H和IQS-L),及采樣處理控制(SPC)和探針檢查控制(PCC)對檢測全程進(jìn)行內(nèi)部質(zhì)量控制。

1.4.3 COBAS檢測方法 對Abbott m2000和Xpert HIV-1 VL檢測結(jié)果不一致的血漿樣本重復(fù)檢測;對復(fù)檢結(jié)果不一致的樣本,采用COBAS進(jìn)行檢測。COBAS檢測方法大致步驟:將1 mL血漿樣本加入COBAS?AmpliPrep核酸分離純化儀專用樣本孔里,儀器自動進(jìn)行核酸提取與制備。使用COBAS?TaqMan 48 PCR檢測系統(tǒng)和配套的HIV-1型核酸定量檢測試劑盒(PCR-熒光法) COBAS?AmpliPrep/COBAS?TaqMan?HIV-1 Test,Version 2.0對核酸進(jìn)行病毒載量檢測,檢測線性范圍為20~1×107cp/mL。

1.5 統(tǒng)計學(xué)分析

采用統(tǒng)計軟件SPSS 18.0進(jìn)行數(shù)據(jù)處理,并用數(shù)據(jù)對數(shù)級進(jìn)行繪圖和比較分析。定性結(jié)果分析使用Kappa值來判斷Xpert HIV-1 VL和對照方法檢測結(jié)果的一致性。定量結(jié)果分析使用一元線性回歸和Bland-Altman模型評價Xpert HIV-1 VL與對照方法定量檢測結(jié)果的一致性,檢驗水準(zhǔn)α=0.05。Bland-Altman模型偏倚用兩試劑測定結(jié)果差值的均數(shù)和標(biāo)準(zhǔn)差SD描述,95%的一致性界限(LOA)位于-1.96SD和+1.96SD之間。

2 結(jié)果

2.1 一般資料

191份樣本來自145例男性和46例女性患者,年齡范圍11~94歲,平均(46.0±16.7)歲;其中172例臨床診斷為HIV-1感染或艾滋?。ò?例艾滋病合并丙型肝炎病毒感染者),19例為非HIV-1感染者(8例肺結(jié)核患者、1例高血壓患者、1例支氣管擴(kuò)張合并細(xì)菌感染患者和9例乙型肝炎病毒感染者)。

2.2 Xpert HIV-1 VL檢測結(jié)果

Xpert HIV-1 VL檢測191例患者病毒載量數(shù)值分布情況見圖1,以樣本病毒載量拷貝數(shù)的對數(shù)(log10)為橫坐標(biāo),以樣本例數(shù)的頻數(shù)為縱坐標(biāo)。每個檢測范圍都有一定數(shù)量的樣本量,病毒載量檢測結(jié)果≥40 cp/mL的樣本例數(shù)168例,占總樣本的88.0%。1例艾滋病和19例非HIV-1感染者的血漿樣本Xpert HIV-1 VL檢測結(jié)果均為“陰性”。

圖1 191 例Xpert HIV-1 VL 檢測值的頻數(shù)分布Figure 1 Frequency distribution of HIV-1viral load detected by Xpert HIV-1 VL system in 191 cases

2.3 兩種檢測結(jié)果的一致性分析

對191份血漿樣本使用Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000進(jìn)行HIV-1 RNA檢測的結(jié)果分析,見表1。1例艾滋病Xpert HIV-1 VL檢測結(jié)果為“陰性”,171例HIV-1感染血漿樣本檢測結(jié)果為“陽性”,與Abbott m2000檢測結(jié)果相同。19例非HIV-1感染者的血漿樣本Xpert HIV-1 VL檢測結(jié)果均為“陰性”,也與Abbott m2000檢測結(jié)果一致。兩種檢測結(jié)果陽性符合率、陰性符合率和總符合率均為100%, Kappa 值為 1.00。

表1 Xpert HIV-1 VL 和Abbott m2000 HIV-1 RNA 檢測結(jié)果的一致性分析Table 1 Consistency analysis of HIV-1 RNA detection results via Xpert HIV-1 VL and Abbott m2000(n)

2.4 兩種方法含量檢測結(jié)果的相關(guān)性分析

1 9 1 份樣本含量檢測見表2。其中2 8 份樣本由于Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000檢測結(jié)果小于檢測下限(40 cp/mL)或大于檢測上限(107cp / mL),這些樣本的檢測結(jié)果無法作為連續(xù)型變量納入到定量分析。

表2 Xpert HIV-1 VL 和Abbott m2000 檢測結(jié)果分布Table 2 Distribution of the results by Xpert HIV-1 VL and Abbott m2000[n(%)]

以Abbott m2000的定量檢測結(jié)果的對數(shù)(log10)為x軸,Xpert HIV-1 VL的定量檢測結(jié)果的對數(shù)(log10)為y軸做散點圖(圖2)。建立回歸方程y= 1.025 1x+ 0.405 3。對回歸方程進(jìn)行F檢驗,結(jié)果顯示F值為1 768.85,P<0.001,方程差異在統(tǒng)計學(xué)上具有顯著意義。 線性回歸方程截距為0.405 3,95%CI(0.197 9~0.612 7),對截距進(jìn)行t檢驗,結(jié)果顯示t值為3.845 1,P<0.001,截距在統(tǒng)計學(xué)上具有顯著意義。線性回歸方程斜率為1.025 1,95%CI(0.976 9~1.073 3),對斜率進(jìn)行t檢驗,結(jié)果顯示t值為42.057 7,P<0.001,斜率在統(tǒng)計學(xué)上具有顯著意義。

172份樣本,用Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000測量結(jié)果對數(shù)值(log10)的平均值為橫軸,兩種試劑測量結(jié)果對數(shù)值(log10)的差值為縱軸做Bland-Altman 散點圖,結(jié)果分析見圖 3。LOA(x±1.96SD)為 -1.180 5~0.160 2;95.3%(164/172)的樣本位于LOA范圍內(nèi),4.7%(8/172)的樣本位于LOA范圍外。Xpert HIV-1 VL檢測結(jié)果的對數(shù)值與Abbott m2000檢測結(jié)果的對數(shù)值的線性相關(guān)系數(shù)為0.957 6,95%CI(0.942 6~0.968 8)。

圖2 兩種方法的線性回歸相關(guān)性分析Figure 2 Linear regression correlation analysis of the two HIV-1 viral load assays

圖3 兩種方法的Bland-Altman 分析Figure 3 Bland-Altman analysis of the two HIV-1 viral load assays

2.5 兩種方法對于不同基因型HIV-1的檢測效果分 析

納入統(tǒng)計分析的191份樣本中有47例患者樣本有HIV-1的基因分型結(jié)果,BC重組型45例,B/B’型2例,并且這47例的樣本Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000檢測結(jié)果均為陽性。

3 討論

基于核酸檢測的實時熒光定量PCR是高通量HIV-1病毒載量檢測的首選方案[12]。然而,這些檢測中樣品制備復(fù)雜、儀器和操作人員及實驗室等要求高,檢測成本高、時間長。最近WHO指南建議用床旁檢測(point of care testing, POCT)代替核酸檢測[13]。Xpert HIV-1 VL是一種借助全自動儀器 GeneXpert進(jìn)行RT-PCR反應(yīng)的體外診斷方法,用于快速定量來自HIV感染者/AIDS血漿中的HIV-1 RNA含量,滿足POCT的要求。Xpert HIV-1 VL采用實時定量RT-PCR技術(shù)以達(dá)到高靈敏度,針對HIV-1群M亞型A、B、C、D、AE、F、G、H、AB、AG、J和K以及N、O等亞型,定量檢測最低限度為40 cp/mL,線性范圍為40~1×107cp / mL。每個測試在一個完全集成的封閉盒里完成,并在90 min內(nèi)提供結(jié)果[8]。

Xpert HIV-1 VL檢測系統(tǒng)、臨床使用較廣泛的COBAS檢測系統(tǒng)[5-7]和Abbott m2000檢測系統(tǒng)[5-6]均采用實時熒光定量PCR擴(kuò)增技術(shù)檢測HIV-1 RNA含量,而且樣本的核酸提取方法的原理近乎相同,因此本研究采用Abbott m2000為對照,兩種方法檢測不一致時通過COBAS進(jìn)行驗證,此研究方法與國外已發(fā)表的文獻(xiàn)[8,14-16]一致。本研究結(jié)果兩種方法陽性符合率、陰性符合率和總符合率均為100%, Kappa 值為1.00,說明Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000 HIV-1 RNA檢測結(jié)果高度一致。兩者線性回歸方程為:y= 1.025 1x+ 0.405 3,r=0.957 6,95%CI(0.942 6~0.968 8),以上結(jié)果顯示在臨床應(yīng)用中Xpert HIV VL具有良好的靈敏度、準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性,對于血漿樣本中HIV RNA的檢測能力與Abbott m2000具有較好的臨床等效性,可用于定量檢測。有研究分別報道來自不同實驗室采用Xpert HIV-1 VL與Abbott m2000(或COBAS)的對比研究,兩種方法的相關(guān)系數(shù)范圍為0.81~0.99[17-20],薈萃分析顯示Pearson和Spearman相關(guān)系數(shù)分別為0.94(95%CI:0.89,0.97)和0.96(95%CI:0.86~0.99)[11],表明Xpert HIV-1 VL與參考方法病毒載量值之間非常高的一致性。

191份樣本中有9份干擾樣本取自病毒性肝炎患者,Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000檢測結(jié)果均為陰性,說明乙型肝炎病毒不會影響Xpert HIV-1 VL對HIV-1病毒的檢測結(jié)果。47份有基因型的樣本(BC重組型和B/B’型)Xpert HIV-1 VL和Abbott m2000的檢測結(jié)果相同,均為陽性,表明考核試劑盒對HIV-1中不同基因型有很好的檢測能力。

Xpert HIV-1 VL檢測與WHO認(rèn)可的用于結(jié)核病診斷的Xpert MTB/RIF具有相同的GeneXpert運(yùn)行平臺。Xpert MTB/RIF系統(tǒng)用于檢測結(jié)核分枝桿菌和利福平耐藥性,全世界使用該系統(tǒng)超過2 300萬[21-22]。結(jié)核病和艾滋病在發(fā)病人群、防治模式等方面具有一定的相似之處[23],如果能整合兩者資源,在結(jié)核病和艾滋病雙向篩查、檢測等工作中,利用現(xiàn)有的GeneXpert平臺進(jìn)行HIV病毒載量檢測可大大增加HIV-1 VL檢測的可行性。

總之,本研究證實Xpert HIV-1 VL用于檢測HIV-1 RNA具有很高的靈敏度、準(zhǔn)確性和穩(wěn)定性,同時具有操作簡單、方便、安全、快捷等優(yōu)勢,對操作場地和人員無需特殊要求,適合臨床應(yīng) 用。

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