謝潤桂,何 怡,魏順娣,張曉燕
(東莞市婦幼保健院產(chǎn)前診斷中心,廣東東莞 523107)
胎兒染色體非整倍體的無創(chuàng)DNA產(chǎn)前檢測(NIPT)是利用大規(guī)模平行測序技術(shù)對母體外周血中的胎兒游離DNA片段(包含胎兒游離DNA)進(jìn)行深度測序,并將結(jié)果進(jìn)行生物信息分享,可以從中獲得胎兒的遺傳信息[1]。目前NIPT已廣泛用于產(chǎn)前篩查,13-三體、18-三體和21-三體靈敏度和特異度[2]的檢測,但是,同任何篩查方法一樣,假陽性和假陰性時(shí)常發(fā)生。通過臨床實(shí)踐與案例研究發(fā)現(xiàn)NIPT結(jié)果與實(shí)際胎兒核型之間存在差異,其發(fā)生率在0.1%~0.3%。該現(xiàn)象的生物學(xué)原因主要包括限制性胎盤嵌合、雙胎一胎凋亡、母親染色體異常、DNA拷貝數(shù)異常、母血中胎兒DNA含量低以及母親罹患腫瘤等因素[3-5]。本文通過分析在東莞市婦幼保健院NIPT檢測發(fā)現(xiàn)的86例NIPT假陽性病例,在胎兒分娩后留取的胎盤組織及母親外周血標(biāo)本,采用高通量測序方法進(jìn)行驗(yàn)證,探討NIPT產(chǎn)生假陽性的原因,以及相應(yīng)的預(yù)防措施。
1.1一般資料 選擇2016年10月至2018年7月在東莞市婦幼保健院檢測出現(xiàn)的NIPT陽性而羊水穿刺核型分析和CMA檢測驗(yàn)證胎兒染色體正常的假陽性病例86例。在胎兒分娩后留取的胎盤組織及母親外周血標(biāo)本,采用高通量測序方法進(jìn)行驗(yàn)證。本研究經(jīng)東莞市婦幼保健院倫理委員會(huì)批準(zhǔn),所有孕婦簽署知情同意書。
1.2方法
1.2.1樣本采集方法 樣本采集與孕婦分娩后,采集孕婦靜脈血7~10 mL,使用Cell-Free DNA BCT 管,采血后顛倒混勻8~10次,24 h后進(jìn)行血漿分離。同時(shí)進(jìn)行胎盤組織采樣,每個(gè)胎盤選6個(gè)采樣點(diǎn),在胎盤的胎兒面和母體面分別間隔一定位置表層獲取3個(gè)黃豆大小(長:0.5~1.0 cm,寬:0.5~1.0 cm,深:0.2~0.3 cm)的胎盤組織,用少量生理鹽水洗凈母血,分別按標(biāo)注置于對應(yīng)的2 mL無菌小型離心管中,最后將標(biāo)本以-20 ℃儲(chǔ)存于實(shí)驗(yàn)室。
1.2.2高通量測序檢測 基因組DNA提取、測序文庫構(gòu)建和質(zhì)量控制,用試劑盒提取基因組DNA,測定基因組DNA濃度,然后在-20 ℃保存。根據(jù)晶芯胎兒染色體非整倍體T21、T18、T13檢測試劑盒的說明進(jìn)行文庫構(gòu)建、質(zhì)量控制和匯集。使用半導(dǎo)體測序儀用于DNA測序。測序讀數(shù)被過濾并與人類參考基因組(HG19)比對。
1.2.3NIPT假陽性評估方法 NIPT檢測提示染色體異常,而胎兒染色體與羊水核型分析和CMA正常,則判定為NIPT假陽性。本研究采用高通量測序法在胎兒出生后同時(shí)檢測胎盤和母親外周血中的染色體異常情況,將檢測結(jié)果與孕期檢測的NIPT結(jié)果對比,如果NIPT結(jié)果與胎盤測定結(jié)果一致,則判定NIPT假陽性來源于胎盤細(xì)胞;如果NIPT結(jié)果與母血測定結(jié)果一致,則判定NIPT假陽性來源于母體細(xì)胞。如果兩者檢測結(jié)果正常,無法判定NIPT假陽性的來源,判定為未知來源。
經(jīng)高通量測序法檢測驗(yàn)證,在86例NIPT假陽性標(biāo)本中64例胎盤檢測結(jié)果與NIPT相符,母血結(jié)果正常,占74.4%,其中檢測結(jié)果為性染色異常9例,常染色體異常55例;12例母血檢測結(jié)果與NIPT結(jié)果相符,胎盤結(jié)果正常,占14.0%,其中檢測結(jié)果為性染色異常10例,常染色體異常2例;10例胎盤與母血結(jié)果均正常,NIPT假陽性來源不明,占11.6%。在64例胎盤來源假陽性病例中有47例為限制性胎盤嵌合,占73.4%。NIPT檢測提示常染色體異常的63例中2例證實(shí)假陽性來源于母血,占3.2%,而性染色體異常23病例中10例假陽性病例來源于母血,占43.5%。見表1。
表1 86例NIPT假陽性原因驗(yàn)證結(jié)果
孕婦外周血胎兒游離DNA(cffDNA)的NIPT是應(yīng)用高通量基因測序等分子遺傳技術(shù)檢測孕期母體外周血中胎兒游離DNA片段,以評估胎兒常見染色體非整倍體異常風(fēng)險(xiǎn)[6]。母體外周血中cffDNA片段的濃度非常低(3%~6%)[7]。cffDNA具有獨(dú)特的生理性質(zhì):(1)孕婦血漿中的cffDNA隨著孕周的增加而增加[8];(2)cffDNA均有小片段形式存在,片段長度大都小于300 bp;(3)清除速度快,cffDNA的半衰期為16.3 min,胎盤娩出后的2 h內(nèi)快速消除[9]。NIPT檢測母親外周血中的片段長度為75~250 bp的cffDNA,并將游離DNA數(shù)量定位到染色體相應(yīng)的位置上,從而得到染色體不同位置DNA數(shù)量的比例關(guān)系,從而推斷染色體是否存在缺失、重復(fù)或數(shù)目異常。NIPT結(jié)果陽性代表胎兒母親外周血中的各種cffDNA的比例關(guān)系不正常,可能是與母親血液系統(tǒng)相連通胎兒滋養(yǎng)層的異常核型細(xì)胞引起,也能是由母親異常核型細(xì)胞本身引起,也可能有一部分來源于通過輸血、免疫治療、器官移植等形式輸入體內(nèi)的外來異常核型細(xì)胞導(dǎo)致。母體外周血中cffDNA的來源以及含量變化等生物因素,都會(huì)影響NIPT檢測準(zhǔn)確性,表現(xiàn)為NIPT結(jié)果、染色體核型分析及CMA結(jié)果三者之間存在不一致情況[10-11]。
NIPT檢測的cffDNA絕大部分來源于胎兒滋養(yǎng)層細(xì)胞,胎兒滋養(yǎng)層細(xì)胞與胎兒都是由同一個(gè)合子發(fā)育而來,將發(fā)育為胎盤,合子形成后,一部分細(xì)胞發(fā)育成胎盤的細(xì)胞系,一部分細(xì)胞發(fā)育成胎兒的細(xì)胞系。正常情況,兩者的遺傳物質(zhì)是相同的。如果胎盤細(xì)胞系的部分細(xì)胞出現(xiàn)有絲分裂錯(cuò)誤,那么將會(huì)出現(xiàn)限制性胎盤嵌合體,即胎盤出現(xiàn)正常與異常的染色體嵌合體,而胎兒核型正常[12]。這種情況胎盤滋養(yǎng)層細(xì)胞釋放cffDNA的分子劑量會(huì)異常,同時(shí)引起孕婦血漿中cffDNA的分子劑量異常,NIPT檢測結(jié)果顯示為陽性,而胎兒染色體是正常的,即出現(xiàn)假陽性結(jié)果。本研究發(fā)現(xiàn)NIPT假陽性大部分來源于胎盤,占74.4%,其中大部分的胎盤來源假陽性病例驗(yàn)證結(jié)果提示限制性胎盤嵌合體。因此胎盤來源的異常染色體是導(dǎo)致NIPT假陽性的主要原因。
母體血漿DNA大部分來源于母體基因組,cffDNA約占10%~20%[13]。雖然在高通量測序前,經(jīng)過分離和純化去除了部分的母體基因組DNA,但是如果母血中存在異常DNA,仍會(huì)影響cffDNA的測定,出現(xiàn)假陽性結(jié)果。性染色體異常在母血中最常見,其中性染色體嵌合是最常見的母體染色體嵌合異常,其發(fā)生率1/400[14]。由于女性擁有兩條X染色體,而且存在劑量補(bǔ)償和“選擇性失活”現(xiàn)象,女性的X染色體異常通常不會(huì)引起嚴(yán)重表型,其中X三體、嵌合型的X單體或X染色體的結(jié)構(gòu)異常女性一般都有生育能力[15]。而對于常染色體異常,數(shù)目異常者除21-三體外通常不能存活,也沒有生育能力,只有小片段的缺失或者重復(fù)攜帶者才能存活和生育,因此性染色體異常在母體中最常見,性染色體異常攜帶者比例高是導(dǎo)致母血來源的NIPT假陽性的主要原因。本研究中12例母體來源假陽性有10例是X染色體異常,說明X染色體異常在孕婦中攜帶率最高。所以NIPT檢測時(shí)如果性染色體異常,很可能來源于母血,應(yīng)同時(shí)對母體白細(xì)胞進(jìn)行染色體檢測,以排除母體來源的可能,將會(huì)提高NIPT對性染色體檢測結(jié)果的準(zhǔn)確性,避免病人妊娠期間不必要的緊張和壓力。
本研究還有10例假陽性病例同時(shí)檢測了胎盤組織和母血均正常,NIPT假陽性來源不明。NIPT檢測一般在孕早中期距離分娩有6、7個(gè)月時(shí)間,引起NIPT假陽性的異常cffDNA可能已經(jīng)消失了,因此,本方法無法找到引起NIPT假陽性原因。對游離DNA劑量變化的來源檢測還需要進(jìn)一步提高現(xiàn)有檢測技術(shù)。
高通量測序法驗(yàn)證發(fā)現(xiàn)胎盤和母血中異常游離DNA釋放入母血是NIPT假陽性的主要原因。對NIPT結(jié)果為性染色體異常病例,應(yīng)排除性染色體異常源自母血的可能性。NIPT能夠準(zhǔn)確檢測母血總游離DNA的劑量變化,但無法分辨游離DNA劑量變化的來源。