1950年7月，中央合作事業(yè)管理局召開了中華全國合作社工作者第一屆代表會議，通過了《中華人民共和國合作社法（草案）》《中華全國合作社聯(lián)合總社章程（草案）》等重要文件，成立了中華全國合作社聯(lián)合總社，統(tǒng)一領導和管理全國的供銷、消費、信用、生產(chǎn)、漁業(yè)和手工業(yè)合作社。

1954年7月，中華全國合作社召開了第一次代表大會，修改了社章，將中華全國合作社聯(lián)合總社更名為中華全國供銷合作總社，建立了全國統(tǒng)一的供銷合作社系統(tǒng)。1958年以后，中華全國供銷合作總社與國營商業(yè)兩次合并，后又兩次分開。

1982年，在機構改革中，全國供銷合作總社第三次與商業(yè)部合并，但保留了全國供銷合作總社的牌子，設立了中華全國供銷合作總社理事會，保留了省以下供銷合作社的獨立組織系統(tǒng)。

1995年2月，黨中央、國務院根據(jù)建立社會主義市場經(jīng)濟體制和深化農(nóng)村改革的要求，從農(nóng)業(yè)、農(nóng)村經(jīng)濟發(fā)展需要出發(fā)，在總結供銷合作社過去改革和發(fā)展經(jīng)驗的基礎上，作出了《關于深化供銷合作社改革的決定》，明確了供銷合作社的性質(zhì)、宗旨、地位和作用，并決定恢復成立中華全國供銷合作總社，提出了支持供銷合作社改革發(fā)展的若干政策措施。

1999年，《國務院關于解決供銷合作社當前幾個突出問題的通知》正式出臺，供銷合作社的工作重點轉向了扭虧增盈。