崔糧驛,王丹丹,陳思蕾,楊清
子宮內(nèi)膜異位癥(endometriosis,EMs)是一種以子宮內(nèi)膜基質(zhì)和腺體出現(xiàn)在宮腔以外部位為特征的婦科疾病[1]。EMs的發(fā)病機(jī)制是多因素的,激素、免疫、環(huán)境及遺傳因素等都與其相關(guān),盡管確切的發(fā)病機(jī)制仍不明確,但遺傳因素發(fā)揮了重要作用,尤其是表觀遺傳學(xué)因素[2-3]。
人類基因組中,約98%為非蛋白編碼序列,其轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物組成了龐大復(fù)雜的非編碼RNA(ncRNAs),既往學(xué)者們把這些轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物解釋為無意義的轉(zhuǎn)錄碎片,但近年來學(xué)者們認(rèn)識(shí)到這些ncRNAs可以參與人類的很多病理生理學(xué)過程。根據(jù)ncRNAs的長(zhǎng)度,可以將其分為短鏈ncRNAs和長(zhǎng)鏈ncRNAs(lncRNAs)。短鏈ncRNA長(zhǎng)度約22個(gè)核苷酸,如微小RNA(miRNAs)[4],而lncRNAs含有超過200個(gè)核苷酸。根據(jù)與蛋白編碼基因的相對(duì)位置關(guān)系,lncRNAs可以分為5類:①正義lncRNAs,即與編碼基因的1個(gè)或多個(gè)外顯子重疊;②反義lncRNAs,轉(zhuǎn)錄方向與相鄰基因轉(zhuǎn)錄方向相反,至少有1個(gè)外顯子與基因重疊;③雙向lncRNAs,與蛋白編碼基因啟動(dòng)子相同,但轉(zhuǎn)錄方向相反;④內(nèi)含子lncRNAs,由基因的內(nèi)含子產(chǎn)生;⑤基因間lncRNAs,由位于蛋白編碼基因之間的序列轉(zhuǎn)錄而來[5]。lncRNAs能在表觀遺傳、轉(zhuǎn)錄及轉(zhuǎn)錄后水平上調(diào)控基因表達(dá),并參與了X染色體基因沉默、基因組印跡及染色質(zhì)修飾等重要調(diào)控過程,在多種腫瘤的發(fā)展過程中發(fā)揮促癌或抑癌功能。而近年越來越多的研究發(fā)現(xiàn),lncRNA與EMs的發(fā)生、發(fā)展也密切相關(guān)。
2014年,Sun等[6]利用基因芯片技術(shù)對(duì)比了4例EMs患者的異位內(nèi)膜組織及配對(duì)的在位內(nèi)膜組織中l(wèi)ncRNAs和mRNA的表達(dá)水平,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有948個(gè)lncRNAs存在著差異表達(dá) [差異倍數(shù)(fold change,F(xiàn)C)>2,P<0.05],其中527個(gè)lncRNAs上調(diào),421個(gè)下調(diào)。該研究還通過實(shí)時(shí)熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(qRT-PCR)技術(shù)在其余21例EMs患者的標(biāo)本中驗(yàn)證了此芯片結(jié)果,其中上調(diào)最顯著的是CHL1-AS2(FC=135.3),下調(diào)最顯著的是LOC100505776(FC=363.7)。2015年,Wang等[7]通過基因芯片技術(shù)對(duì)比了3例EMs患者的在位內(nèi)膜組織及3例正常內(nèi)膜組織中l(wèi)ncRNAs的表達(dá)差異,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有1 277個(gè)lncRNAs存在差異表達(dá)(FC>2,P<0.05),其中488個(gè)lncRNAs上調(diào),789個(gè)下調(diào)。上調(diào)最顯著的是AC068282.3(FC=31.3),下調(diào)最顯著的是RP11-403H13.3(FC=44.3),芯片結(jié)果也經(jīng)過qRT-PCR驗(yàn)證。該課題組進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),AC002454.1可以通過細(xì)胞周期依賴性蛋白激酶6(cyclin-dependent kinase 6,CDK6)調(diào)節(jié)細(xì)胞周期促進(jìn)內(nèi)膜細(xì)胞的轉(zhuǎn)移及侵襲,進(jìn)而參與EMs的發(fā)病過程[8]。2018年Cui等[9]通過對(duì)5例EMs患者的在位內(nèi)膜組織及5例正常內(nèi)膜組織進(jìn)行RNA測(cè)序發(fā)現(xiàn),有88個(gè)lncRNAs存在差異表達(dá),其中33個(gè)上調(diào),55個(gè)下調(diào)。其中上調(diào)最顯著的是SNORD3A(FC=3.0),下調(diào)最顯著的是ABO(FC=2.0)。
GWAS是通過全基因組測(cè)序的手段發(fā)現(xiàn)在某一特定人群中遺傳突變與表型(疾?。┲g的相關(guān)性[10]。目前,有關(guān)EMs的GWAS已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了許多與EMs發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)的單核苷酸多態(tài)性(single nucleotide polymorphism,SNP)位點(diǎn),這些SNP大多數(shù)位于基因的非編碼序列,尤其是編碼lncRNAs的序列[11]。其中最值得注意的是位于9號(hào)染色體上的SNP rs10965235,該SNP位于細(xì)胞周期蛋白依賴激酶抑制劑2B反義RNA(CDKN2B-AS)基因的內(nèi)含子6中,編碼lncRNA CDKN2B-AS。目前的研究發(fā)現(xiàn),SNP rs10965235與日本人[12](P=5.57×10-12,OR=1.44)、高加索人[13](P=1.25×10-2,OR=1.32)及韓國(guó)人[14](P=1.30×10-4,OR=1.49)的EMs發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)相關(guān)。王彥袖[15]關(guān)于中國(guó)人的GWAS發(fā)現(xiàn),SNPrs10965235也是中國(guó)北方婦女EMs發(fā)病的潛在危險(xiǎn)因素。但有關(guān)CDKN2B-AS在EMs發(fā)病和發(fā)展過程中的具體作用機(jī)制還有待于進(jìn)一步研究。
EMT是指上皮細(xì)胞獲得間充質(zhì)細(xì)胞表型的過程。在EMT過程中,上皮細(xì)胞失去了細(xì)胞極性及與基底膜的連接,上皮性標(biāo)志物如鈣黏蛋白E(E-cadherin)及角蛋白(Keratin)表達(dá)量減少,間充質(zhì)標(biāo)志物如鈣黏蛋白N(N-cadherin)及波形蛋白(Vimentin)表達(dá)量增加,EMT被認(rèn)為是上皮性惡性腫瘤發(fā)展的重要過程,也與EMs的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)。肺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄本1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)屬于lncRNAs,其位于染色體11q13.1,最早在非小細(xì)胞肺癌中被發(fā)現(xiàn),與多種疾病的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān)[16-18]。而最近有研究發(fā)現(xiàn),MALAT1在異位內(nèi)膜組織中的表達(dá)上調(diào)。Liang等[19]的研究發(fā)現(xiàn)miR-200C可以抑制EMs的EMT過程,而MALAT1作為miR-200C的競(jìng)爭(zhēng)性內(nèi)源RNA(competing endogenous RNAs,ceRNA),可以通過上調(diào)EMT相關(guān)的轉(zhuǎn)錄因子ZEB1和ZEB2來促進(jìn)EMT過程,而Du等[20]則發(fā)現(xiàn)雌激素可以促進(jìn)這一過程。除此之外,MALAT1還可以介導(dǎo)子宮內(nèi)膜間質(zhì)細(xì)胞(endometrial stromal cells,ESCs)在缺氧誘導(dǎo)下的細(xì)胞自噬[21],而缺氧也被認(rèn)為是EMs發(fā)病的重要促進(jìn)因素。Lin等[22]發(fā)現(xiàn)lncRNA AFAP1-AS1在EMs組織中顯著上調(diào),敲減AFAP1-AS1可以抑制轉(zhuǎn)錄因子ZEB1的啟動(dòng)子位點(diǎn)pGL3-P886的活性,并可以抑制子宮內(nèi)膜上皮細(xì)胞的生長(zhǎng),表明該作用機(jī)制可能與EMT過程相關(guān)。Mai等[23]發(fā)現(xiàn)沉默LINC01541可以通過促進(jìn)EMT過程而增強(qiáng)ESCs的侵襲能力,而過表達(dá)LINC01541可以抑制ESCs中血管內(nèi)皮生長(zhǎng)因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)的表達(dá)并誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡。
由于EMs具有類似惡性腫瘤的侵襲、黏附等特征,因此研究lncRNAs對(duì)EMs細(xì)胞生物學(xué)行為的影響是學(xué)者們關(guān)注的重點(diǎn)。Sha等[24]的研究發(fā)現(xiàn),LINC00261在異位內(nèi)膜組織中的表達(dá)顯著下調(diào),在EMs細(xì)胞系CRL-7566中過表達(dá)LINC00261后,細(xì)胞的增殖和遷移能力均出現(xiàn)明顯下降,表明LINC00261對(duì)EMs的發(fā)生、發(fā)展起到抑制作用,但具體調(diào)控機(jī)制還不明確。Liu等[25]通過生物信息學(xué)方法分析了3個(gè)EMs的數(shù)據(jù)集后發(fā)現(xiàn),LINC01279在EMs組織中表達(dá)顯著上調(diào),并與細(xì)胞周期蛋白依賴性激酶14(cyclindependent kina se 14,C DK14)的表達(dá)相關(guān),因此推測(cè)LINC01279可能參與了EMs的細(xì)胞周期調(diào)控。Zhang等[26]通過基因芯片發(fā)現(xiàn)lncRNA CCDC144NL-AS1在EMs患者的異位內(nèi)膜組織和配對(duì)的在位內(nèi)膜組織中存在著差異表達(dá)。在hEM15A(人EMs患者在位內(nèi)膜間質(zhì)細(xì)胞系)中敲減CCDC144NL-AS1后,細(xì)胞的遷移和侵襲能力得到了抑制,但對(duì)細(xì)胞的增殖、黏附、凋亡及細(xì)胞周期沒有影響。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn)敲除CCDC144NL-AS1后hEM15A細(xì)胞的肌動(dòng)蛋白骨架形態(tài)發(fā)生了明顯變化,同時(shí)影響了纖維型肌動(dòng)蛋白(Fibrous actin,F(xiàn)-actin)在細(xì)胞內(nèi)的分布,提示CCDC144NL-AS1對(duì)hEM15A細(xì)胞遷移和侵襲能力的影響可能與細(xì)胞骨架有關(guān)。另外,Zhang等[27]還對(duì)芯片中篩出的差異mRNA及l(fā)ncRNAs進(jìn)行了生物學(xué)信息分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)mRNA細(xì)胞黏附相關(guān)分子L1樣(cell adhesion molecule L1 like,CHL1)及其對(duì)應(yīng)的2個(gè)反義lncRNAs——CHL1-AS1及CHL1-AS2存在明顯的表達(dá)相關(guān)性,據(jù)此推測(cè)其可能參與EMs的發(fā)生、發(fā)展,這與Sun等[6]的測(cè)序結(jié)果是一致的。
不孕是EMs患者常見的臨床表現(xiàn)之一,有報(bào)道稱25%~50%患有不孕癥的女性同時(shí)也患有EMs,而30%~50%的EMs患者表現(xiàn)為不孕[28]。Ghazal等[29]發(fā)現(xiàn)EMs患者的在位內(nèi)膜中l(wèi)ncRNA H19表達(dá)顯著降低,而降低的H19通過ceRNA機(jī)制增加了miRNA let-7的活性,反過來在轉(zhuǎn)錄后水平抑制了胰島素樣生長(zhǎng)因子1受 體 (insulin-like growth factors 1 receptor,IGF1R)的表達(dá),從而抑制了ESCs的增殖,據(jù)此該研究認(rèn)為EMs患者中H19/Let-7/IGF1R軸的改變可能是導(dǎo)致不孕的機(jī)制之一。此外,有研究發(fā)現(xiàn)EMs患者中下調(diào)的MALAT1可以通過激活細(xì)胞外信號(hào)調(diào)節(jié)激酶/絲裂素活化蛋白激酶(extracellular signal regulated kinase/mitogen active protein kinase,ERK/MAPK)信號(hào)通路來抑制卵泡顆粒細(xì)胞的增殖[30],而上調(diào)的lncRNAENST00000433673會(huì)影響胚胎的植入[31]。但一項(xiàng)關(guān)于腹膜型EMs的研究發(fā)現(xiàn),lncRNA的差異表達(dá)并不會(huì)影響不孕患者子宮內(nèi)膜的容受性[32]。
除了超聲可以發(fā)現(xiàn)卵巢EMs的囊腫之外,腹腔鏡探查術(shù)為診斷EMs的金標(biāo)準(zhǔn),這導(dǎo)致EMs的確診通常要推遲5~10年之久。因此找到與EMs相關(guān)的非侵入性分子標(biāo)志物一直是學(xué)者們研究的熱點(diǎn),尤其是對(duì)于那些超聲下無法診斷的患者[33-34]。Wang等[35]分析了110個(gè)血清樣本和24個(gè)組織樣本中的lncRNAs差異表達(dá)譜,并利用受試者工作特征曲線(receiver operating characteristic curve,ROC曲線)評(píng)估其診斷價(jià)值,結(jié)果發(fā)現(xiàn)EMs患者血清中的lncRNA ENST00000482343可以作為潛在的分子標(biāo)志物,ROC曲線下面積(area under the ROCcurve,AUC)為0.716(95%CI:0.618~0.814,P<0.001),敏感度為0.724,特異度為0.717。同時(shí)該研究還發(fā)現(xiàn)聯(lián)合5個(gè)特定lncRNAs得到的診斷價(jià)值更高,AUC可達(dá)0.880(95%CI:0.811~0.948,P<0.001),敏感度為0.817,特異度為0.732。Qiu等[36]發(fā)現(xiàn)EMs患者血清中外泌體lncRNA aHIFs明顯上調(diào),并具有促進(jìn)EMs血管生成的作用,因此認(rèn)為外泌體lncRNA aHIFs也可能成為診斷EMs的分子標(biāo)志物。
作為體內(nèi)ncRNAs家族的重要成員,lncRNAs在多種疾病的發(fā)生、發(fā)展過程中發(fā)揮著重要的調(diào)節(jié)功能。近年來,隨著高通量測(cè)序技術(shù)的發(fā)展,lncRNAs的重要功能備受重視。EMs作為一種育齡期婦女常見的疾病,嚴(yán)重影響其生理健康,該病發(fā)病原因雖不明確,但遺傳因素在其中起到了重要作用。雖然學(xué)者們已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了多種差異表達(dá)的lncRNAs,可能在EMs的發(fā)生、發(fā)展過程中發(fā)揮重要作用,但具體的作用機(jī)制尚待進(jìn)一步闡明。同時(shí),若能進(jìn)一步篩選出特異度和敏感度均較高的lncRNAs,將極大程度地推進(jìn)EMs的早期診斷。