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釀酒酵母中PiggyBac 轉(zhuǎn)座子篩選系統(tǒng)的構(gòu)建

2019-02-06 07:21周林希柳藝石趙神保張慧杰高曉冬藤田盛久
食品與生物技術(shù)學報 2019年10期
關(guān)鍵詞:轉(zhuǎn)座子釀酒酵母菌

周林希,柳藝石,趙神保,張慧杰,高曉冬,藤田盛久

(江南大學 生物工程學院,江蘇 無錫 214122)

釀酒酵母(Saccharomyces cerevisiae)是一種可用于研究真核細胞系統(tǒng)中蛋白分泌和膜運輸?shù)哪J缴颷1]。釀酒酵母具有穩(wěn)定維持單倍體形態(tài)的優(yōu)點,可以利用這一特性對酵母菌株進行正向和反向的遺傳學分析。正向基因篩選經(jīng)常使用化學誘變或者物理誘變來獲取突變株,比如甲基磺酸乙酯和紫外誘變等[2-3]。鑒定導致突變的相關(guān)基因時需要表達質(zhì)粒回補或者定位克隆,這些方法耗時長并且操作困難[4]。與傳統(tǒng)誘變方法相比,插入型誘變更具有優(yōu)勢。插入型誘變通過將一段DNA 插入基因,達到破壞基因功能的目的。引發(fā)突變的DNA 模塊上含有通用序列,可以用這個序列來檢測插入位點[5],因此插入誘變能夠根據(jù)已知序列較容易地分析導致突變的相關(guān)基因。目前已有研究在釀酒酵母中使用基于轉(zhuǎn)座子的酵母突變基因組文庫進行基因篩選[6]。在這個系統(tǒng)中,轉(zhuǎn)座子在大腸桿菌中通過轉(zhuǎn)座酶被插入含有酵母基因組的質(zhì)粒文庫中。隨后將突變的質(zhì)粒文庫轉(zhuǎn)入酵母并替換染色體上的等位基因,由此引起突變[7]。盡管這一方法適用于在酵母體內(nèi)進行遺傳篩選,但仍然存在一些問題,比如整合效率低,篩選覆蓋范圍有限以及突變文庫的保存比較困難。相比之下在酵母細胞內(nèi)使用轉(zhuǎn)座子進行突變比轉(zhuǎn)座子文庫更高效。酵母本身有一種內(nèi)源性的反轉(zhuǎn)錄轉(zhuǎn)座子Ty1 可以高效地進行轉(zhuǎn)座,使用這種轉(zhuǎn)座子進行插入型誘變的方法被稱為遺傳足跡法[8]。在這個系統(tǒng)中,大量的Ty1 轉(zhuǎn)座子在整個基因組范圍內(nèi)進行插入突變??梢酝ㄟ^比較轉(zhuǎn)座子插入前后,細胞的生長狀況,來分析一些特殊的基因是否是細胞生長所必須的[9]。但是這個系統(tǒng)也存在一些缺陷,比如由于大量的Ty1 轉(zhuǎn)座子同時進行插入突變,很難在全基因組范圍內(nèi)對于突變位點進行精確的分析[8]。其他類型的轉(zhuǎn)座子如來源于鮭魚基因組的Sleeping Beauty(SB)轉(zhuǎn)座子,從初始位點移除并再插入其它位點后會在原始插入位點留下痕跡[10-12],所以大多數(shù)的轉(zhuǎn)座子都不適用于在酵母體內(nèi)進行突變。

PiggyBac(PB)轉(zhuǎn)座子最初來源于鱗翅目昆蟲粉紋夜蛾(Trichoplusia ni)[13-14]。PB 轉(zhuǎn)座子通過一種“剪切和粘貼”機制進行基因轉(zhuǎn)座[15]。在PB 轉(zhuǎn)座酶(PBase)的作用下,PB 轉(zhuǎn)座子從宿主DNA 位點被精準地移除,并且這種移除不會留下任何痕跡[14-15]。同時被移除的PB 轉(zhuǎn)座子重新插入其他基因序列中的TTAA 位點。與其他轉(zhuǎn)座子方法相比,PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)效率更高,并且PB 在基因組中的插入位點分布比較均勻[16]。因此PB 轉(zhuǎn)座子可以作為一種篩選工具應(yīng)用于許多生物物種,包括原生動物,裂殖酵母,植物細胞,昆蟲和脊椎動物[17-18]。

本文在釀酒酵母中使用PB 轉(zhuǎn)座子構(gòu)建了一個篩選系統(tǒng)。本研究將3′PB-TEFp-HIS3-5′PB 轉(zhuǎn)座子插入酵母ADE2 基因編碼框中,PBase 基因則由另一個游離型質(zhì)粒上的半乳糖啟動子調(diào)控表達。在PB轉(zhuǎn)座酶的作用下,PB 轉(zhuǎn)座子可以從原始位點無痕移除并隨機插入新的基因位點。PB 轉(zhuǎn)座子在轉(zhuǎn)座過程中保持單一拷貝數(shù),在每個突變細胞中只有一個插入位點。使用限制性內(nèi)切酶酶切降解基因組,連接接頭并進行聚合酶鏈式反應(yīng)(PCR)擴增,測序比對序列可快速檢測到PB 插入位點。通過對PB 系統(tǒng)的轉(zhuǎn)座效率進行檢測,結(jié)果表明PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)能很好地應(yīng)用于釀酒酵母菌株中,并可利用這一轉(zhuǎn)座工具進行目的基因的篩選。

1 材料與方法

1.1 質(zhì)粒和酵母菌株

本文中所用到的質(zhì)粒如表1 所示。使用YW1和YW2 引物從pCMV-hyPBase 質(zhì)粒擴增PBase 片段,將片段通過EcoR I 和Xho I 酶切位點插入pRS316-GAL1p 質(zhì)粒,得到質(zhì)粒pRS316-GAL1p-PBase。使用YW5 和YW6 引物從pFA6a-HIS3MX6質(zhì)粒擴增TEFp-HIS3 片段,將片段通過Nhe I 和Spe I 酶切位點插入pPB-R1R2-NP 質(zhì)粒,得到質(zhì)粒pPB-TEFp-HIS3。

陳、莊二人詩歌高下之別的爭論發(fā)軔于二人詩歌特點尤其是莊昶詩歌用字特點的評論。成化二年(1466),陳獻章復游太學,與莊昶訂交并在詩學宗趣等方面開始趨于一致。二人對彼此詩歌特點互有點評,在給弟子講授詩法時,陳獻章常以莊昶詩歌為范,如批復弟子張詡詩歌時說:“概觀所論,多只從意上求,語句、聲調(diào)、體格尚欠工夫在。若論詩家,一齊要到。莊定山所以不可及者,用句、用字、用律極費工夫?!保?]《批答張廷實詩箋》,75送別童子方祥慶時稱贊莊昶之詩,說自己“千煉不如莊定山”[6]《夜坐與童子方祥慶話別偶成》,546。陳獻章詩歌的特色,莊昶概括為“自然”,其《讀白沙先生詩集》云:

本文中所用釀酒酵母出發(fā)菌株為MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0 BY4741,購買于Addgene。使用YW3 和YW4 引物從質(zhì)粒pPB-TEFp-HIS3 上擴增3′PB-TEFp-HIS3-5′PB 片段。通過同源重組[19],將3′PB-TEFp-HIS3-5′PB 轉(zhuǎn) 座 子 插 入 釀 酒 酵 母ADE2 基因編碼框,得到實驗菌株MATa his3Δ1 leu2Δ0 met15Δ0 ura3Δ0 ade2::PB-HIS3 suc2Δ::hphMX BY4741。

2)酵母基本培養(yǎng)基:SD(0.67%無氨基酵母氮源,2%葡萄糖以及需要的氨基酸),SG(0.67%無氨基酵母氮源,2%半乳糖以及需要的氨基酸)。

表2 本研究所用引物Table 2 Primers used in this study

1.2 細胞培養(yǎng)

1)酵母完全培養(yǎng)基:YPAD(1%酵母提取物,2%蛋白胨,0.003%腺嘌呤,2%葡萄糖)。

患者進入高灌注和高濾過期通常在5年左右,40%~50%的患者在病程5~10年進入運動后微量蛋白尿的階段,糖尿病10~15年進入持續(xù)微量蛋白尿階段,在病程15~25年時又有一半的患者進入臨床蛋白尿期,然后逐步發(fā)展至終末期腎病。1型糖尿病發(fā)病時間相對明確,診斷5年后進入每年的篩查,每年至少檢測微量蛋白尿。2型糖尿病起病相對隱匿,病程不明確,診斷之后就進入每年的定期篩查。

學生是教育的主體,兒童是小學教育的主要參與者,戰(zhàn)時知識分子對兒童的成長也提出了種種建議,以使小學教育更好地適應(yīng)抗戰(zhàn)建國的需要。

研究中所用引物如表2 所示。

將質(zhì)粒pRS316-GAL1p-PBase 轉(zhuǎn)入實驗菌株BY4741-ade2::PB-HIS3-suc2Δ::hphMX,得到篩選菌株。在尿嘧啶缺陷型葡萄糖選擇性培養(yǎng)基(SDUra)中接種篩選菌株,過夜培養(yǎng)。為使轉(zhuǎn)座酶有足夠的時間誘導PB 轉(zhuǎn)座子發(fā)生轉(zhuǎn)座,且使誘導后的酵母細胞仍處于對數(shù)生長期,轉(zhuǎn)接0.025OD 細胞至25 mL 尿嘧啶缺陷型半乳糖選擇性培養(yǎng)基(SGUra),使起始OD 為0.001。30 ℃振蕩培養(yǎng)27 h 后,涂布至腺嘌呤和組氨酸缺陷型葡萄糖選擇性培養(yǎng)基(SD-Ade-His)。30 ℃靜置培養(yǎng),待平板上出現(xiàn)明顯的酵母菌落,隨機挑取菌落并在含有5-氟乳清酸(5-FOA)的SD 培養(yǎng)基上再劃線,從而移除含有URA3 標簽的PB 轉(zhuǎn)座酶表達質(zhì)粒,得到PB 插入型穩(wěn)定突變株。

SOB 培養(yǎng)基:2%(W/V)胰蛋白胨,0.5%(W/V)酵母提取物,0.05%(W/V)NaCl,2.5 mmol/L KCl,10 mmol/L MgCl2。

3)大腸培養(yǎng)基:2×YT/Amp 培養(yǎng)基:1.6%(W/V)胰蛋白胨,1%(W/V)酵母提取物,0.5%(W/V)NaCl。氨芐青霉素培養(yǎng)基應(yīng)在滅菌后的培養(yǎng)基中添加終濃度為100 μg/mL 的氨芐青霉素。

多模態(tài)隱喻觀認為隱喻不只存在于語言中,還存在于其他媒介中,如聲音、音樂、色彩、線條等。“多模態(tài)隱喻”是指用兩種或兩種以上模態(tài)來體現(xiàn)源域和目標域映射隱喻現(xiàn)象(Forceville&Urios-Aparisi,2009)。多模態(tài)研究主要探討多種媒介下的圖像、音樂等非語言符號在表達意義時的互補性及規(guī)律性特征,探討模態(tài)和媒體的關(guān)系,以及第二外語課堂中多模態(tài)視覺和言語的協(xié)同性(Barthes 1977;Kress&Van Leeuwen 2001;Royce 2002)。

SOC 培養(yǎng)基:1 L SOB 中添加10 mL 2 mol/L 葡萄糖溶液。

1.3 PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)篩選方法

推薦理由:本書深度回顧了上海改革開放40年歷史進程中的40個具有上海特色、全國影響,且涵蓋各歷史階段和各領(lǐng)域的重要事件,以講故事的形式,梳理背景、挖掘細節(jié)、分析意蘊,生動展現(xiàn)上海波瀾壯闊、蕩氣回腸的改革開放歷程,立體刻畫上海“開放、創(chuàng)新、包容”的城市品格,揭示出改革開放何以成就上海。

1.4 巢式聚合酶鏈式反應(yīng)驗證PB 插入位點

對于物理學科而言,我們學生糾錯更應(yīng)該關(guān)注于思維的過程,如力學問題的解決糾錯要從畫受力圖、運動行程圖等入手.

1.5 生長曲線測定

已有研究報導PB 轉(zhuǎn)座子能在出芽酵母中進行轉(zhuǎn)座[15]。其將PB 轉(zhuǎn)座子插入游離質(zhì)粒的URA3 編碼框中,用以分析PB 轉(zhuǎn)座活力。然而,在出芽酵母中使用PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)進行基因篩選還未有報導。為了在釀酒酵母中使用PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng),本研究構(gòu)建了一個含有3’PB-TEFp-HIS3-5’PB 轉(zhuǎn)座子的質(zhì)粒pPB-TEFp-HIS3,其中HIS3 基因由TEF 啟動子控制,位于兩段末端PB 反向重復序列之間(圖1)。以這個質(zhì)粒為模板,使用引物YW3 和YW4 擴增PB 轉(zhuǎn)座子序列,通過同源重組技術(shù),將PB 轉(zhuǎn)座子插入酵母ADE2 基因編碼框的TTAA 序列中(圖2)。同時構(gòu)建了表達PB 轉(zhuǎn)座酶(PBase)的質(zhì)粒,由GAL 啟動子調(diào)控PBase 的表達。

1.6 PB 轉(zhuǎn)座子移除率和再插入率計算

將篩選菌株接種于SG-Ura 液體培養(yǎng)基,轉(zhuǎn)座酶在半乳糖啟動子誘導下表達,誘導PB 轉(zhuǎn)座子發(fā)生轉(zhuǎn)座。經(jīng)過一段時間誘導后,在3 種酵母基本培養(yǎng)基上分別涂布適量的酵母菌。SD 平板上生長的酵母菌包括所有未發(fā)生轉(zhuǎn)座及轉(zhuǎn)座子發(fā)生移除和再插入的菌株。當PB 轉(zhuǎn)座子發(fā)生移除,離開原始插入位點ADE2 基因編碼框,這些酵母菌株能在腺嘌呤缺陷型葡萄糖選擇性培養(yǎng)基(SD-Ade)上生長。當PB 轉(zhuǎn)座子發(fā)生移除并再插入新的基因位點時,這些酵母菌株能在SD-Ade-His 平板上生長。轉(zhuǎn)座子移除率及再插入率為

用酵母基因組DNA 純化試劑盒(上海生工)提取PB 突變株酵母基因組,樣品濃度大于2 μg。并使用Hae III(NEB,#R0108S)限制性內(nèi)切酶降解基因組DNA,37 ℃酶切反應(yīng)12~16 h。酶切反應(yīng)結(jié)束后,80 ℃反應(yīng)20 min 滅活Hae III 限制酶。使用梯度PCR 技術(shù)在95 ℃反應(yīng)5 min,之后每15 s 降溫1 ℃直至4 ℃,使接頭引物YW7 和YW8 形成發(fā)卡結(jié)構(gòu)。將處理后的接頭引物與降解的基因組DNA 在4 ℃條件下連接,反應(yīng)12~16 h。65 ℃加熱20 min 滅活T4 DNA 連接酶,將連接產(chǎn)物與溶膠液混合,使用柱式DNA 膠回收試劑盒(上海生工)純化連接產(chǎn)物。最終得到濃度為5~15 ng/μL 的DNA 產(chǎn)物。通過巢式PCR 技術(shù)來擴增被PB 轉(zhuǎn)座子插入的基因片段。使用引物YW9 和YW10 進行第一輪PCR,再用第1 輪PCR 的產(chǎn)物為模板,使用引物YW11 和YW12 進行第2 輪巢式PCR。膠回收PCR 終產(chǎn)物,使用T4PNK 酶將擴增的基因片段產(chǎn)物磷酸化。使用PCR 產(chǎn)物純化試劑盒(上海生工)純化磷酸化產(chǎn)物,之后將磷酸化產(chǎn)物與經(jīng)EcoRV 酶切并用堿性磷酸酶CIAP 處理后的載體pBluescript 相連接。最后將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)入大腸桿菌中培養(yǎng)以擴增質(zhì)粒,提取質(zhì)粒并送測序。根據(jù)測序結(jié)果,與NCBI 酵母基因組數(shù)據(jù)庫進行序列比對,得到PB 插入位點的基因序列。

2 結(jié)果與分析

2.1 釀酒酵母菌株中構(gòu)建PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)

將質(zhì)粒pRS316-GAL1p-PBase 轉(zhuǎn)入實驗菌株BY4741-ade2::PB-HIS3-suc2Δ::hphMX,得到篩選菌株。在SD-Ura 液體培養(yǎng)基中接種篩選菌株,30 ℃搖床過夜培養(yǎng),轉(zhuǎn)接0.025OD 細胞至25 mL SG-Ura液體培養(yǎng)基,使起始OD 為0.001。分別選取0,7,14,24,27,30,34,38,49,55 h 作為取樣點。在OD660下測定培養(yǎng)液吸光度,以培養(yǎng)時間為橫坐標,吸光度值為縱坐標,繪制生長曲線。

圖1 PB轉(zhuǎn)座子結(jié)構(gòu)Fig.1 Structure of the PB transposon

當PB 轉(zhuǎn)座子插入ADE2 基因的編碼框后,ADE2 基因不能正常表達,在SD 平板上生長的釀酒酵母菌落會呈紅色。當在含半乳糖的培養(yǎng)基中培養(yǎng)時PBase 被誘導表達,部分PB 轉(zhuǎn)座子可以從ADE2基因中移除,此時SD 平板上可以同時觀察到白色和紅色的菌落(表3 和圖3),其中白色酵母菌落中ADE2 基因可以正常表達。而在SD-Ade 平板上,只能觀察到白色的酵母菌落,說明3’PB-TEFp-HIS3-5’PB 轉(zhuǎn)座子從ADE2 基因編碼框移除。此外,由于其中一些白色酵母菌落中,被移除的3’PB-TEFp-HIS3-5’PB 轉(zhuǎn)座子又再插入到新的基因中,ADE2基因和HIS3 基因均可以正常表達,因此這些菌株還可以在SD-Ade-His 平板上生長(圖3)。這些結(jié)果說明誘導PBase 表達可使PB 轉(zhuǎn)座子發(fā)生轉(zhuǎn)座,并且通過在不同培養(yǎng)基中的培養(yǎng),監(jiān)測轉(zhuǎn)座或突變狀態(tài)的酵母菌株十分簡便。證明研究中構(gòu)建的PB系統(tǒng)可以很好地應(yīng)用于釀酒酵母中。

圖2 釀酒酵母中PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)Fig.2 PB transposon system in Saccharomyces cerevisiae

圖3 PB轉(zhuǎn)座子在釀酒酵母中進行轉(zhuǎn)座Fig.3 Transposition of PB element in Saccharomyces cerevisiae

表3 菌株生長情況Table 3 Yeast cell growth condition

2.2 轉(zhuǎn)座系統(tǒng)中PB 移除率和再插入率

PB 轉(zhuǎn)座子可以在釀酒酵母菌株中靈活轉(zhuǎn)座,通過誘導PBase 表達,本研究進一步檢測PB 轉(zhuǎn)座子被移除和再插入的效率。實驗中分析了在SG-Ura培養(yǎng)基中培養(yǎng)的酵母的生長曲線,以及3’PBTEFp-HIS3-5’PB 轉(zhuǎn)座子的移除率和再插入率(圖4)。所有數(shù)據(jù)均進行3 次實驗,取平均值。按照測定生長曲線的取樣點,當細胞在半乳糖培養(yǎng)基中誘導培養(yǎng)0,7,14,24,27,30,34,38,49 h,在每個時間點分別取300 個細胞涂布于SD 平板,SD-Ade 平板以及SD-Ade-His 平板。根據(jù)式(1)和式(2),計算轉(zhuǎn)座子移除率和再插入率。實驗結(jié)果表明:隨著培養(yǎng)時間增加,移除率持續(xù)上升(圖4(b))。當PBase 誘導27 h 后,轉(zhuǎn)座子再插入率停止增加,之后一段時間內(nèi)再插入率出現(xiàn)下降,接著再逐漸增加(圖4(c))。作者推測已經(jīng)插入酵母基因組的轉(zhuǎn)座子在PBase 的作用下被再次從插入位點移除,導致再插入率出現(xiàn)下降。之后再次增加是因為被再次移除的轉(zhuǎn)座子又被再次插入基因組,轉(zhuǎn)座子進行二次轉(zhuǎn)座。根據(jù)曲線,當PBase 誘導酵母生長27 h 時,移除率達到10.57%,再插入率達到2.59%。從酵母生長曲線可以看出,經(jīng)過27 h 誘導,酵母處于對數(shù)生長期,細胞生長狀態(tài)良好,且PB 轉(zhuǎn)座子未發(fā)生二次轉(zhuǎn)座。因此本研究可以選擇27 h 作為PB 轉(zhuǎn)座的誘變時間。

圖4 PB轉(zhuǎn)座子的轉(zhuǎn)座效率Fig.4 Transposition efficiency of PB

2.3 轉(zhuǎn)座過程中PB 轉(zhuǎn)座子拷貝數(shù)的檢測

根據(jù)PB 移除率和再插入率曲線,研究中選取27 h 作為菌株誘變時間。釀酒酵母中PBase 誘導PB轉(zhuǎn)座子發(fā)生插入突變后,作者在SD-Ade-His 平板上隨機挑取了PB 轉(zhuǎn)座子從原始位點移除并進行再插入的43 個酵母菌落,提取每個菌株的基因組,用于檢查其中的PB 插入數(shù)以及插入基因位點。通過1.4 節(jié)中所述的巢式PCR 技術(shù)擴增插入PB 轉(zhuǎn)座子的DNA 區(qū)域。核酸凝膠電泳結(jié)果顯示,從這些菌落基因組中可擴增出多種不同大小的片段(圖5),說明PBase 誘導后PB 轉(zhuǎn)座子可再次隨機插入酵母基因組中。且每個基因組樣品均只能擴增出一條DNA片段,說明PB 轉(zhuǎn)座子在轉(zhuǎn)座過程中仍維持初始的單拷貝,不會發(fā)生復制。表4 列出了部分PB 轉(zhuǎn)座子插入的基因序列,其中近23%的PB 轉(zhuǎn)座子插入酵母基因編碼框中,影響基因功能正常表達,引起突變。且被PB 轉(zhuǎn)座子插入編碼框的8 個基因均為非必須基因,說明轉(zhuǎn)座子在誘變時更傾向插入非必須基因。其余77%的轉(zhuǎn)座子可插入基因啟動子區(qū)域或者終止子區(qū)域,通過影響基因表達量改變相應(yīng)性狀。在原始篩選菌株中,PB 轉(zhuǎn)座子位于第15 號染色體的ADE2 基因編碼框。經(jīng)過誘導轉(zhuǎn)座后,PB 轉(zhuǎn)座子可隨機插入酵母基因組其他染色體(表4)。這些結(jié)果說明使用本研究所構(gòu)建的PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)進行篩選時,在一個酵母菌株中只含有一個轉(zhuǎn)座子插入導致的突變位點,且插入位點隨機,均勻分布于酵母基因組,并可快速檢測該插入基因,進一步證明此系統(tǒng)可應(yīng)用于釀酒酵母菌株中的基因篩選。

圖5 PB插入位點擴增片段Fig.5 Genomic amplified bands of PB insertion sites

表4 突變菌株中PB 插入位點Table 4 PB insertion sites in mutant strains

3 討論

來源于粉紋夜蛾的piggyBac 轉(zhuǎn)座子可以運用在多種生物中,除了昆蟲細胞外,還可應(yīng)用于酵母,原生動物,植物和脊椎動物等[17]。PB 轉(zhuǎn)座子已被應(yīng)用為一種基因編輯方法,進行轉(zhuǎn)基因和基因突變。研究昆蟲和小鼠基因功能時,可使用PB 轉(zhuǎn)座子實現(xiàn)插入型突變[22-23]。已有研究報道運用PB 轉(zhuǎn)座子在裂殖酵母中進行基因篩選[24-25]。運用PB轉(zhuǎn)座子和同屬PB家族來源于棕蝙蝠(Myotis lucifugus)的piggyBat 基因元件,可在釀酒酵母中實現(xiàn)體內(nèi)、外轉(zhuǎn)座[15,26]。此外,檢測PB 轉(zhuǎn)座子移除和插入的分析方法也簡便易行。然而,還沒有在釀酒酵母體內(nèi)用PB轉(zhuǎn)座子進行目的基因篩選的報道。本研究在釀酒酵母中構(gòu)建了PB 轉(zhuǎn)座子篩選系統(tǒng)。首先將PB 轉(zhuǎn)座子插入釀酒酵母ADE2 基因編碼框,當PB 轉(zhuǎn)座酶表達時,PB 轉(zhuǎn)座子從原始位點移除并再次插入基因組中的其他位置,發(fā)生轉(zhuǎn)座引起插入突變。作者隨機挑選了43 個被PB 轉(zhuǎn)座子插入突變的酵母單菌落,并檢測其基因組中PB 轉(zhuǎn)座子數(shù)目及插入位點。實驗發(fā)現(xiàn)所有的酵母細胞只含有一個PB 插入位點且插入位點十分隨機。有研究表明,PB 轉(zhuǎn)座子在裂殖酵母中進行轉(zhuǎn)座時,由于PB轉(zhuǎn)座發(fā)生在細胞分裂S期或者G2 期,8%的酵母細胞中PB 轉(zhuǎn)座子發(fā)生復制[25,27]。本研究構(gòu)建的系統(tǒng)中,原始PB 轉(zhuǎn)座子位于基因組中,在轉(zhuǎn)座過程中不會發(fā)生復制仍可維持單拷貝。由于在裂殖酵母的PB 系統(tǒng)中,PB 轉(zhuǎn)座子位于低拷貝的外源質(zhì)粒上,這一原始位點的差異很可能是造成PB 轉(zhuǎn)座子在兩個不同的菌株中拷貝數(shù)不同的原因。

利用本研究中構(gòu)建的PB 轉(zhuǎn)座子系統(tǒng)進行體內(nèi)突變有以下優(yōu)勢:1)與傳統(tǒng)化學誘變相比,誘導PB轉(zhuǎn)座酶表達就可以使轉(zhuǎn)座發(fā)生,避免了化學誘變劑的使用,不會對細胞造成其他傷害。2)PB 轉(zhuǎn)座子在一個細胞基因組內(nèi)只有一個插入位點,突變基因單一有利于細胞突變型的鑒定和分析。3)PB 轉(zhuǎn)座子插入位點的檢測通過PCR 技術(shù)和基因測序即可實現(xiàn),簡便快速。而鑒定傳統(tǒng)誘變導致突變的相關(guān)基因需要使用文庫進行質(zhì)?;匮a,耗時長并且操作復雜。4)與Sleeping beauty(SB)轉(zhuǎn)座子相比,PB 轉(zhuǎn)座子移除后在原始插入位點不留任何足跡,但SB 轉(zhuǎn)座子被移除后會在原始位點留下3 個堿基,產(chǎn)生移除痕跡[28]。5)在半乳糖啟動子的調(diào)控下,可以通過再次誘導表達PBase 轉(zhuǎn)座酶,使PB 轉(zhuǎn)座子從插入位點移除,回復突變。

4 結(jié)語

本研究中所構(gòu)建的釀酒酵母piggyBac 轉(zhuǎn)座子基因篩選系統(tǒng),可有效應(yīng)用于釀酒酵母進行相關(guān)基因篩選。后期可應(yīng)用該PB 篩選系統(tǒng)對影響釀酒酵母中重要蛋白功能的基因進行篩選。未來還可通過引入下代測序技術(shù)擴大檢測范圍,在全基因組范圍內(nèi)驗證突變位點。

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