葉樹集 李傳召 張佳慧 談軍軍 羅毅

(中國(guó)科學(xué)技術(shù)大學(xué),合肥微尺度物質(zhì)科學(xué)國(guó)家研究中心,合肥 230026)

(2018年7月2日收到;2018年8月27日收到修改稿)

生物結(jié)合水在維護(hù)生物大分子的結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性以及調(diào)控動(dòng)力學(xué)性質(zhì)和生理功能等方面起著決定性的作用.從分子水平上理解生物結(jié)合水分子的結(jié)構(gòu)與性質(zhì)及其影響生物結(jié)構(gòu)和功能的本質(zhì)與規(guī)律,是揭示生物大分子生理功能機(jī)理的關(guān)鍵.目前生物結(jié)合水的結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)相關(guān)研究尚處于初步階段.本文從三個(gè)方面介紹當(dāng)前生物結(jié)合水的相關(guān)研究及其進(jìn)展:首先介紹結(jié)合水對(duì)蛋白質(zhì)折疊、質(zhì)子給予與遷移、配體結(jié)合與藥物設(shè)計(jì)以及變構(gòu)效應(yīng)等生物結(jié)構(gòu)和功能的影響;然后介紹生物分子周圍的水分子結(jié)構(gòu)研究情況;最后從時(shí)間尺度、動(dòng)力學(xué)屬性、生物分子與水分子之間的動(dòng)力學(xué)耦合作用、蛋白質(zhì)表面結(jié)合水次擴(kuò)散運(yùn)動(dòng)等角度介紹生物分子水合動(dòng)力學(xué)的研究進(jìn)展,并歸納出一些目前尚待進(jìn)一步解決的科學(xué)問題.

1 引 言

生物分子結(jié)合水作為水的一種重要的存在狀態(tài),是指受限于蛋白質(zhì)、酶、DNA,RNA或細(xì)胞膜等生物分子緊鄰的溶劑化層內(nèi)的水分子(見圖1)[1-4].自從20世紀(jì)50年代證實(shí)生物分子結(jié)合水存在以來(lái)[5],越來(lái)越多的證據(jù)表明生物結(jié)合水已經(jīng)成為生命活動(dòng)中不可或缺的有機(jī)組成部分,其在維護(hù)生物大分子的結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性以及調(diào)控動(dòng)力學(xué)性質(zhì)和生理功能等方面起著決定性的作用[4,6-9].以蛋白質(zhì)為例,蛋白質(zhì)作為生命體執(zhí)行特定生理功能的分子機(jī)器,其與水分子的相互作用直接控制著許多與蛋白質(zhì)功能相關(guān)的過程.比如,與蛋白質(zhì)結(jié)合的水分子(簡(jiǎn)稱結(jié)合水)的行為不僅直接影響到蛋白質(zhì)折疊構(gòu)象轉(zhuǎn)變的途徑與速率,還調(diào)控著蛋白質(zhì)玻璃化溫度轉(zhuǎn)變、離子通道開關(guān)、質(zhì)子和能量轉(zhuǎn)移、蛋白-蛋白識(shí)別、配體和藥物結(jié)合、酶催化等關(guān)鍵過程[7,10,11].對(duì)于許多蛋白質(zhì)而言,水合作用必須達(dá)到一定程度,其功能才能正常實(shí)現(xiàn).此外,細(xì)胞膜上的水分子為許多生化反應(yīng)、離子傳輸、信息交換、基因調(diào)節(jié)、免疫應(yīng)答、細(xì)胞組裝等過程提供獨(dú)特的環(huán)境,并影響著這些生物過程[12,13].

圖1 幾種不同水合模式相關(guān)水分子示意圖 A對(duì)應(yīng)著與表面結(jié)合的分子,動(dòng)力學(xué)交換用虛線箭頭表示,字母k表示的是交換速率,B為水合層內(nèi)的準(zhǔn)自由水分子,C則為體相水中的自由水分子[3]Fig.1.Schematic depicting the existence of different types of water molecules associated with different hydration modes.Water type(A)corresponds to molecules bound to the surface.Their dynamical exchange is represented with dashed arrows,and k denotes the exchange rates.Water types(B and C)are quasi-free and free molecules,respectively[3].

雖然生物結(jié)合水很重要,但我們對(duì)其了解甚少,遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及對(duì)液體水的了解.原因主要有兩方面.一方面,水具有非常復(fù)雜的氫鍵網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu),該網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)每時(shí)每刻都在發(fā)生超快的斷裂與再構(gòu)過程,并與周圍水分子產(chǎn)生協(xié)同作用,從而不僅影響形成氫鍵水分子的OH伸縮振動(dòng)頻率,而且影響近鄰水分子以及遠(yuǎn)層分子的氫鍵形態(tài)[14].純水中氫鍵的協(xié)同形成和斷裂過程發(fā)生在數(shù)十飛秒到幾皮秒的時(shí)間尺度內(nèi)[15,16].氫鍵的這種超快可再構(gòu)行為為實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)折疊、溶劑化作用等生物過程提供了可能.另一方面,生物分子與水分子之間的相互作用非常微妙,水合層內(nèi)水分子必須與生物分子有足夠強(qiáng)的相互作用來(lái)保證生物分子的穩(wěn)定,但又不能太強(qiáng),以至于阻礙表面位點(diǎn)或抑制生物分子結(jié)構(gòu)變化,導(dǎo)致與特定功能相關(guān)聯(lián)的自由活化能的增加[17].與此同時(shí),生物分子表面很復(fù)雜,與水作用的界面涉及許多組分,使得生物分子周圍的水分子處于不同的環(huán)境中,而水氫鍵的結(jié)合能(約為1—50 kJ/mol)又取決于局部的幾何構(gòu)型以及氫鍵供給體之間相互作用的類型和強(qiáng)度[18].理論上,極性基團(tuán)傾向于直接與水分子作用,而非極性基團(tuán)則會(huì)增強(qiáng)水分子之間的相互作用[19].生物分子表面的這種非均質(zhì)化學(xué)特性,大大增加了生物分子與水分子之間相互作用的復(fù)雜性,使得生物結(jié)合水具有與體相水明顯不同的動(dòng)力學(xué)特性[8,9,20,21]:相對(duì)于純水,生物分子表面水分子的局域密度增加了25%[22];蛋白質(zhì)等生物分子與水分子之間的氫鍵結(jié)構(gòu)取代了體相水中的水-水氫鍵結(jié)構(gòu),從而阻止了生物結(jié)合水的結(jié)冰[23];在體相水中,氫鍵連接的水分子之間的極化增加了偶極矩和介電常數(shù),而生物體系中觀察不到水分子氫鍵極化[21];介電弛豫研究表明蛋白質(zhì)水合層處的水分子動(dòng)力學(xué)明顯存在三個(gè)區(qū)域,而水相中只存在一種區(qū)域[2,24];水分子在水合層中的遷移率比體相水更低且移動(dòng)方式有所區(qū)別.與純水比較,水合層內(nèi)的轉(zhuǎn)動(dòng)和平動(dòng)均表現(xiàn)出反常的時(shí)間依賴性[25,26],生物水動(dòng)力學(xué)變慢很多,主要表現(xiàn)在水合層水分子之間氫鍵斷裂的平均速率比體相水中的斷裂速率要慢,例如,球蛋白或含親水基團(tuán)的膠束表面上的水分子動(dòng)力學(xué)慢4—7倍,含較大親水尾巴的膠束周圍的水分子甚至變慢1—2個(gè)數(shù)量級(jí)[27].

圖2 生物結(jié)合水科學(xué)的研究簡(jiǎn)史Fig.2.A brief history of biological water science.

正是因?yàn)樯锝Y(jié)合水的復(fù)雜性及其與液體水的差異,引起了人們對(duì)生物水研究的極大興趣.目前,人們主要從三方面開展生物結(jié)合水的研究:一是研究結(jié)合水對(duì)生物結(jié)構(gòu)和功能的影響;二是研究生物分子周圍的水分子結(jié)構(gòu);三是研究生物分子水合動(dòng)力學(xué).目前已經(jīng)有不少綜述總結(jié)了生物結(jié)合水的相關(guān)研究進(jìn)展[10,28-30].例如,Chaplin[10]列出了2006年前的生物水科學(xué)的簡(jiǎn)單歷史(見圖2)以及生物水在細(xì)胞生物學(xué)中的重要性;2016年,Biedermannova和Schneider[29]綜述了蛋白質(zhì)和核酸水合作用的實(shí)驗(yàn)和理論研究工作;2016年,Garcia等[11]綜述了水對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和動(dòng)力學(xué)的影響;方海平等[31]總結(jié)了生物分子表面水的生物功能研究進(jìn)展;2017年,Hynes等[32,33]系統(tǒng)地總結(jié)了生物分子水合層內(nèi)水分子結(jié)構(gòu)與超快動(dòng)力學(xué)的進(jìn)展、存在的分歧和爭(zhēng)議以及未來(lái)的展望.

為了更好地梳理生物結(jié)合水相關(guān)研究的關(guān)鍵科學(xué)問題,讓國(guó)內(nèi)更多的學(xué)者了解生物結(jié)合水的研究,本文從三方面介紹該領(lǐng)域的發(fā)展動(dòng)態(tài);結(jié)合水對(duì)生物結(jié)構(gòu)和功能的影響;生物分子周圍的水分子結(jié)構(gòu)研究情況;生物分子水合動(dòng)力學(xué)的研究進(jìn)展.

2 生物結(jié)合水對(duì)生物結(jié)構(gòu)和功能的影響

水作為生命之源,人們很早就在宏觀上認(rèn)識(shí)到水對(duì)于生命的重要性,例如《列子·湯問》中“緣水而居,不耕不稼”這句話十分形象地概括了人類對(duì)水的依賴關(guān)系.然而,人們?cè)谖⒂^上了解水對(duì)生物結(jié)構(gòu)和功能的影響,則是近百年來(lái)的事情.基于核磁共振(NMR)、介電弛豫(DR)、中子散射、X射線和超快光譜等技術(shù),人們了解到生物結(jié)合水不僅僅作為溶劑在發(fā)揮作用,而且還是生物結(jié)構(gòu)與功能的積極參與者,在諸多生物和細(xì)胞過程中扮演核心角色,包括促進(jìn)蛋白質(zhì)折疊、影響錯(cuò)誤折疊進(jìn)程,作為結(jié)構(gòu)的重要組成元素維持蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的完整性,為生理和細(xì)胞過程提供獨(dú)特環(huán)境,在生物信號(hào)傳導(dǎo)中發(fā)揮離子通道的門控作用,發(fā)揮質(zhì)子和電子傳遞媒介作用,調(diào)控分子識(shí)別和加速酶催化等.正因?yàn)檫@樣的重要性,Ball等[30,34,35]甚至認(rèn)為生物結(jié)合水是本身能夠承載一定生物功能的特殊生物分子.

2.1 對(duì)蛋白質(zhì)折疊和錯(cuò)誤折疊的影響

蛋白質(zhì)是以氨基酸為基本單元構(gòu)成的生物高分子,其一級(jí)結(jié)構(gòu)指的是其氨基酸序列.通過殘基間的相互作用,氨基酸序列能夠迅速地形成立體的三級(jí)結(jié)構(gòu),這個(gè)過程稱為蛋白質(zhì)折疊[36-39].大多數(shù)蛋白質(zhì)都能自然折疊為一個(gè)特定的三維結(jié)構(gòu),這一特定結(jié)構(gòu)被稱為天然狀態(tài).其折疊動(dòng)力學(xué)主要是分子內(nèi)氫鍵形成和疏水相互作用兩種因素的平衡結(jié)果,并受蛋白質(zhì)接觸強(qiáng)度和分布的影響.折疊的時(shí)間尺度從微秒到秒變化.理論上蛋白質(zhì)存在大量的可能構(gòu)象,以100個(gè)氨基酸殘基組成的蛋白質(zhì)為例,每個(gè)氨基酸存在兩種構(gòu)象,則該蛋白質(zhì)的總構(gòu)象數(shù)目多達(dá)2100.倘若蛋白質(zhì)尋找最低能態(tài)的構(gòu)象一次耗時(shí)1 fs,所有構(gòu)象尋索一遍則需耗時(shí)4千萬(wàn)年,顯然與蛋白質(zhì)折疊時(shí)間尺度嚴(yán)重不符.這個(gè)悖論早在1968年就被Levinthal首次提出,后人稱之為L(zhǎng)evinthal悖論[40].該悖論表明蛋白質(zhì)折疊遵循特異性途徑,也就是說折疊過程中只嘗試有限數(shù)目的構(gòu)象.而蛋白質(zhì)折疊要能遵循特異性途徑,其自由能面必須是一個(gè)只包含小能壘的多維漏斗式結(jié)構(gòu),這樣依賴熱擾動(dòng)就能很容易地克服這些小能壘的障礙,見圖3[10].這需要一個(gè)同時(shí)具有靈活性、可交換和可拓展性的聯(lián)動(dòng)機(jī)理來(lái)實(shí)現(xiàn)蛋白質(zhì)折疊過程.而水分子調(diào)控的氫鍵結(jié)構(gòu)則能滿足這方面的需求.正如圖3所示,低水合度條件下,蛋白質(zhì)勢(shì)能面存在許多坑坑洼洼,即存在很多局域的低能態(tài),這些低能態(tài)有可能將蛋白質(zhì)陷在不活躍的三維分子亞穩(wěn)態(tài)構(gòu)型中,從而使折疊無(wú)法順利進(jìn)行.相比之下,在足夠高的水合度條件下,勢(shì)能面變得很光滑了,這樣就有利于蛋白質(zhì)直接而快速地沿著某個(gè)特異性途徑到達(dá)活躍的最低能態(tài)構(gòu)象[36-38,41].由此可見結(jié)合水對(duì)蛋白質(zhì)折疊過程的重要性.

圖3 蛋白質(zhì)折疊自由能面示意圖[10] 未折疊的蛋白質(zhì)處于較高能態(tài)(見紅桔邊緣),折疊過程降低能量,蛋白質(zhì)沿著具有最低能態(tài)的結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)變(見深藍(lán)的底端漏斗)這些漏洞代表三維的能量形貌,但實(shí)際的能量形貌是多維的;(a)低水合程度情形;(b)足夠高的水合度Fig.3.Schematic potential-energy funnels for the folding of proteins[10].The rim(red-orange)represents the high energy of the unfolded protein,with folding lowering the energy towards a minimum-energy structure that is at the bottom of the funnel(dark blue).It should be noted that these funnels represent three-dimensional landscapes,whereas the actual energy landscapes are multidimensional.(a)The foldingenergy landscape in the presence of low hydration;(b)a protein is sufficiently hydrated.

圖4 蛋白質(zhì)聚集形成多形態(tài)纖維機(jī)理示意圖[43] 左側(cè)為溶劑化狀態(tài)下的多肽;水合層內(nèi)水分子標(biāo)記為紅色,體相水分子標(biāo)記為藍(lán)色;N*為有聚合傾向的單體;Protein rich droplets,富含蛋白的液滴;Proto filaments,纖維原絲;Fibrils,成熟纖維Fig.4.Schematic of protein aggregation mechanisms leading to polymorphic fibrils[43].On the left are solvated peptides.Water in the hydration layer is in red and the bulk water is in blue.

此外,結(jié)合水也在蛋白質(zhì)的錯(cuò)誤折疊過程中起到很關(guān)鍵的作用[42,43].水分子除了通過水合作用來(lái)保護(hù)無(wú)規(guī)則的多肽鏈和幫助其折疊外,還能促進(jìn)蛋白質(zhì)的錯(cuò)誤折疊,從而產(chǎn)生各種疾病.如圖4所示,在蛋白質(zhì)聚集形成多形態(tài)纖維的過程中,由于多肽內(nèi)疏水殘基之間的相互作用,即使是孤立的單體樣品也呈現(xiàn)出傾向于形成表面附著具有不同數(shù)目水分子的聚合構(gòu)象N*,從而產(chǎn)生富含無(wú)規(guī)則蛋白質(zhì)的液滴.聚集過程的驅(qū)動(dòng)力主要來(lái)自水分子從水合層向體相的釋放.這一釋放過程對(duì)促進(jìn)纖維的形成是熵有利的.富含蛋白質(zhì)的液滴進(jìn)一步聚集成核,形成原絲,進(jìn)而自組裝形成各種成熟的、且禁錮有水分子的淀粉樣纖維.從這個(gè)角度來(lái)說,水分子直接參與了蛋白質(zhì)的錯(cuò)誤折疊過程.

2.2 在質(zhì)子給予和遷移中的作用

質(zhì)子傳輸通道是生物結(jié)合水最常見的一種用途,執(zhí)行非常重要的生物功能.例如,A型流感病毒跨膜M2蛋白的作用主要是引導(dǎo)質(zhì)子進(jìn)入病毒內(nèi)部,酸化病毒內(nèi)部環(huán)境,從而使病毒釋放遺傳物質(zhì)至宿主細(xì)胞,指導(dǎo)宿主細(xì)胞中病毒的復(fù)制[44,45].質(zhì)子傳輸主要有兩種機(jī)理:Grotthuss跳躍機(jī)理和搬運(yùn)機(jī)理[46-48].跳躍機(jī)理能夠在純水中產(chǎn)生異常快速的質(zhì)子傳輸速度[46],因而最常見.傳輸過程中,水分子的氫鍵鏈由支持質(zhì)子遷入和穿過蛋白質(zhì)的水線組成[49].這種傳輸方式既能被動(dòng)發(fā)生,也能通過蛋白質(zhì)運(yùn)動(dòng)來(lái)控制進(jìn)行.不過,需要指出的是,實(shí)際上質(zhì)子的傳遞過程往往比Grotthuss機(jī)理復(fù)雜得多[50].最近Kaila研究組在研究參與線粒體和細(xì)菌呼吸過程的生物能量轉(zhuǎn)化酶復(fù)合體I的質(zhì)子傳輸時(shí)發(fā)現(xiàn)[51],質(zhì)子泵運(yùn)依賴于煙酰胺腺嘌呤二核苷酸(還原型輔酶NADH)和醌類之間電子傳遞耦合的氧化還原反應(yīng)來(lái)驅(qū)動(dòng),在三個(gè)類反向轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白亞基的水合作用協(xié)同下,形成復(fù)合物膜結(jié)構(gòu)域中的瞬態(tài)質(zhì)子傳輸水通道.由此可見,水門控轉(zhuǎn)變可能為生物能量轉(zhuǎn)化酶中質(zhì)子泵送提供一個(gè)通用的機(jī)理.Goyal小組的研究則展示了水合作用如何調(diào)控和協(xié)助質(zhì)子傳遞行為[52].他們發(fā)現(xiàn)谷氨酸殘基承擔(dān)了臨時(shí)質(zhì)子供體的角色(圖5),其質(zhì)子親和力的強(qiáng)弱受到內(nèi)部疏水腔中水合程度的調(diào)控.相應(yīng)地,該水合作用又受到10 ?以外的血紅素基團(tuán)上取代基質(zhì)子化程度的控制,其質(zhì)子化后可觸發(fā)一段環(huán)結(jié)構(gòu)的運(yùn)動(dòng),由此守衛(wèi)著通道的入口.最近,Bondar等[53]發(fā)現(xiàn)光系統(tǒng)II(PSII)亞基PsbO蛋白表面附近有參與質(zhì)子傳遞過程的低遷移率水分子,并構(gòu)成延伸水羧酸鹽網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的一部分(圖6).其中一些水分子或許還會(huì)協(xié)助PsbO錨定到PSII絡(luò)合物中.這種絡(luò)合物本身就擁有一層能夠容納不少于1300個(gè)水分子的水合層[54].這些水分子有可能為質(zhì)子傳遞提供多條氫鍵通道以及作光解之用.總的來(lái)說,蛋白質(zhì)精心編排水合層水分子,并用以控制質(zhì)子化反應(yīng),是生物體中相當(dāng)普遍的一種現(xiàn)象.

水分子除了提供質(zhì)子和協(xié)助質(zhì)子轉(zhuǎn)移外,水合氫離子還能促進(jìn)酸離子通道多肽分子跨越細(xì)胞膜[55],還能調(diào)控病毒蛋白質(zhì)的通道結(jié)構(gòu)[56].最近我們研究生物膜上A型流感病毒跨膜M2蛋白pH響應(yīng)時(shí)發(fā)現(xiàn),取決于不同的膜環(huán)境,M2蛋白可以通過解螺旋結(jié)構(gòu)或旋轉(zhuǎn)自身的螺旋軸來(lái)實(shí)現(xiàn)質(zhì)子通道的開放[56].

圖5 細(xì)胞色素c氧化酶疏水腔附近的關(guān)鍵殘基和從谷氨酸殘基出發(fā)和到達(dá)的質(zhì)子通道示意圖[52] 其中,谷氨酸殘基E286被認(rèn)為在質(zhì)子運(yùn)輸過程中扮演著關(guān)鍵性的角色;BNC(binuclear center)為雙核金屬活性中心,由高自旋的亞鐵血紅素a3與銅金屬催化中心(CuB)組成;PRDa3(propionate D of heme a3)為高自旋的亞鐵血紅素a3丙酸PRAa3;heme a為低自旋的亞鐵血紅素a;heme a3為高自旋的亞鐵血紅素a3;R481和W172分別為第481位的精氨酸和172位的色氨酸Fig.5.Illustration of key residues near the hydrophobic cavity in cytochrome c oxidase and general proton path ways to and from Glu286[52].BNC is the abbreviation of binuclear center which comprises heme a3 and CuB.

圖6 光系統(tǒng)II亞基PsbO蛋白表面上特定羧酸鹽/水連接橋示意圖[53] E和D分別代表谷氨酸和天冬氨酸Fig.6. Illustration of selected carboxylate/water bridges on the surface of PsbO[53].

2.3 在配體結(jié)合和藥物設(shè)計(jì)中的作用

結(jié)合水在生物分子識(shí)別中的結(jié)構(gòu)參與,使得其在藥物設(shè)計(jì)中展現(xiàn)出非常大的潛在價(jià)值.一般情況下,水分子網(wǎng)絡(luò)會(huì)因配體結(jié)合而發(fā)生重排/取代作用.配體與生物分子結(jié)合的效率受到水合作用動(dòng)力學(xué)的影響,遵循受體和配體結(jié)合的焓熵補(bǔ)償機(jī)理(enthalpy/entropy compensation)[30].例如,Krimmer等[57]研究蛋白質(zhì)-配體復(fù)合物的水合特性時(shí)發(fā)現(xiàn),優(yōu)化覆蓋嗜熱菌蛋白酶疏水抑制劑的水層,可以提升焓對(duì)自由結(jié)合能的貢獻(xiàn).太赫茲光譜研究結(jié)果也表明[58],膜型基質(zhì)金屬蛋白酶(membrane type 1-matrix metalloproteinase,MT1-MMP)在底物靠近活性位點(diǎn)時(shí)可建立一個(gè)動(dòng)力學(xué)梯度,形成“補(bǔ)水漏斗”,從而通過降低結(jié)合過程所需的熵來(lái)引導(dǎo)分子進(jìn)行識(shí)別.這里,太赫茲光譜測(cè)量的是溶劑運(yùn)動(dòng)涉及的水分子集體振動(dòng)模式,其測(cè)量的動(dòng)力學(xué)可以延展到距離蛋白表面至少10 ?處的蛋白水合外層.需要指出的是,配體與生物分子結(jié)合過程比較復(fù)雜,目前尚難完全從熱力學(xué)角度進(jìn)行精確分析.但在實(shí)際應(yīng)用上,利用水介導(dǎo)的相互作用來(lái)進(jìn)行合理的配體與藥物設(shè)計(jì)已經(jīng)成為可能.例如,前面提到的A型流感病毒跨膜M2蛋白構(gòu)成的離子通道中,一些親水的氨基酸殘基面向通道內(nèi)部,使得通道內(nèi)部的親水性增大,穩(wěn)定通道中的結(jié)合水.這些水分子網(wǎng)絡(luò)把控著質(zhì)子傳導(dǎo)的大門[49,59,60].一旦藥物與M2蛋白質(zhì)通道特定位點(diǎn)結(jié)合,將阻礙質(zhì)子的流動(dòng),從而無(wú)法形成病毒復(fù)制所必需的酸性環(huán)境.最近,Giant等[61]研究了抑制性藥物如何與質(zhì)子通道進(jìn)行靶向作用.他們的研究結(jié)果表明已知的抑制劑可以與通道結(jié)合,從而破壞用于質(zhì)子傳輸?shù)乃肿哟?通過計(jì)算M2處于不同位點(diǎn)的孔阻滯劑的熱力學(xué)參數(shù),他們發(fā)現(xiàn)有效的配體支架可模仿水分子簇的輪廓,并具有水簇與蛋白質(zhì)之間的相互作用效果.通過分析2000多種水合與非水合的配體受體復(fù)合物的晶體結(jié)構(gòu)(包括許多藥物),García-Sosa[62]發(fā)現(xiàn),水分子的橋接是實(shí)現(xiàn)緊密結(jié)合的有效靶點(diǎn).Neidle等[63]也發(fā)現(xiàn)DNA雙序列d(CGCGAATTCGCG)2小溝附近存在一個(gè)由11個(gè)水分子組成的水團(tuán)簇,該團(tuán)簇幫助三種不同的小分子配體與DNA小溝結(jié)合.

2.4 在變構(gòu)效應(yīng)中的作用

水分子不僅有助于蛋白-蛋白、蛋白-配體作用的識(shí)別與錨定,也在蛋白質(zhì)變構(gòu)效應(yīng)中發(fā)揮關(guān)鍵作用.變構(gòu)效應(yīng)是寡聚蛋白與配基結(jié)合改變蛋白質(zhì)構(gòu)象,導(dǎo)致蛋白質(zhì)生物活性改變的現(xiàn)象,其在調(diào)節(jié)生命活動(dòng)中起很重要的作用[64].例如,不等殼毛蚶這種軟體動(dòng)物的血紅蛋白亞基界面含有17個(gè)排列規(guī)整的水分子,氧合作用時(shí)會(huì)失去6個(gè)規(guī)整排列的界面水分子.這些水分子作為一種傳輸單元,在協(xié)同氧氣結(jié)合、促進(jìn)亞基間變構(gòu)通訊過程中扮演著重要角色.水分子簇能夠幫助蛋白穩(wěn)定在低親和力的狀態(tài),而缺少兩個(gè)來(lái)自該水簇的氫鍵的突變體則傾向于采取具有高親和力的構(gòu)象.因此,由于氧氣與其中一個(gè)野生型亞基結(jié)合而導(dǎo)致界面水分子減少,有助于其過渡到另一個(gè)亞基的高親和力構(gòu)象[65].又例如,在六聚體多疇結(jié)構(gòu)的谷氨酸脫氫酶中,疏水口袋的開關(guān)伴隨著袋子的干濕變化,而在親水的縫隙中,水分子的結(jié)合與解離則伴隨著其長(zhǎng)度的變化[66].這兩種水合作用的變化耦合在一起,為大規(guī)模的構(gòu)象變化制造了一種“液壓”機(jī)構(gòu).Buchli等[67]探測(cè)到變構(gòu)模型物質(zhì)PDZ蛋白質(zhì)水合作用過程中變構(gòu)效應(yīng)的時(shí)間依賴性.通過在蛋白質(zhì)的結(jié)合溝中引入偶氮苯光開關(guān),蛋白質(zhì)能夠通過光誘導(dǎo)異構(gòu)化來(lái)控制構(gòu)象變化,如同配體結(jié)合方式一樣打開該結(jié)合溝.快速紅外光譜顯示,偶氮苯異構(gòu)轉(zhuǎn)變后,光開關(guān)附近的水密度會(huì)立即發(fā)生變化,并且通過水網(wǎng)絡(luò)緩慢傳播100 ns左右,直到到達(dá)蛋白質(zhì)的另一側(cè)(圖7).在這傳播過程中可能會(huì)引起蛋白質(zhì)構(gòu)象的遠(yuǎn)距離變構(gòu)傳輸.

圖7 水合作用調(diào)控谷氨酸脫氫酶(GDH)中結(jié)構(gòu)域運(yùn)動(dòng)機(jī)理示意圖 疏水和親水表面分別用灰色和藍(lán)色標(biāo)出[66],每一個(gè)GDH的亞基都包含有一個(gè)核苷酸結(jié)合域(N域)與一個(gè)核心區(qū)域(C域),以便六聚結(jié)構(gòu)的形成,兩個(gè)結(jié)構(gòu)域間有一個(gè)大裂縫,它可以當(dāng)作與底物結(jié)合的活性位點(diǎn)Fig.7.A schematic illustration explaining the mechanism of the hydration-regulated domain motion in glutamata dehydrogenase(GDH).The hydrophobic and hydrophilic surfaces are colored in grey and blue,respectively[66].Each subunit of GDH is composed of a nucleotide-binding domain(N-domain)and a core domain(C-domain)for hexamer formation.A large cleft between the two domains can work as a active site to which substrate binds.

2.5 其他影響

生物結(jié)合水可以通過多種方式來(lái)調(diào)節(jié)蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)與功能.除了上面提到的幾種作用外,結(jié)合水對(duì)生物結(jié)構(gòu)與功能還有許多影響.例如,作為抗凍蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的組成元素[68]、參與生物酶催化[69]、介導(dǎo)電子和離子轉(zhuǎn)移過程[70,71]、改變蛋白質(zhì)環(huán)境和動(dòng)力學(xué)過程等.最近,第一性原理模擬結(jié)果表明生物結(jié)合水可以在催化不同磷酸鹽和硫酸鹽基質(zhì)水解中讓堿性磷酸酶混雜.水分子不同的位置可導(dǎo)致堿性磷酸酶能夠在同一活性位點(diǎn)支撐不同類型的過渡態(tài)[72].另外,嗜鹽菌抽氯跨膜視網(wǎng)膜蛋白水合作用變化過程中,隨著氯離子的遷移,發(fā)色團(tuán)附近的水和離子發(fā)生細(xì)微的重排,從而誘導(dǎo)發(fā)色團(tuán)鍵長(zhǎng)的變化,并影響其吸收光譜[73].此外,生物分子水合程度也可對(duì)蛋白質(zhì)分子局域能量傳遞速率產(chǎn)生影響.我們利用飛秒抽運(yùn)-探測(cè)技術(shù)研究了水合作用對(duì)血紅蛋白分子的能量傳遞的過程,發(fā)現(xiàn)能量傳遞速度在水合程度12.4%—16.5%和21.7%—23.5%處出現(xiàn)兩個(gè)變化轉(zhuǎn)折點(diǎn)[74].第一個(gè)變化對(duì)應(yīng)于蛋白質(zhì)彈性增加的開始,第二個(gè)變化對(duì)應(yīng)于水合作用到達(dá)飽和水平.在水合程度6 16.5%時(shí),隨著水合程度的增加,局域能量弛豫時(shí)間增加,但當(dāng)水合作用到達(dá)飽和水平時(shí),弛豫時(shí)間幾乎保持不變,并與溶液中的弛豫時(shí)間非常接近(圖8).

圖8 水合程度對(duì)蛋白質(zhì)分子能量傳遞速率的影響(400 nm激發(fā),800 nm探測(cè))[74]Fig.8.Hydration dependence of relaxation time probed at 800 nm after pumping soret band at 400 nm[74].

3 生物結(jié)合水分子結(jié)構(gòu)的研究

核磁共振、介電弛豫、中子散射、X射線和超快光譜等技術(shù)以及量子化學(xué)理論的迅速發(fā)展,大大增強(qiáng)了人們研究水微觀結(jié)構(gòu)與性質(zhì)的能力.研究水分子結(jié)構(gòu)的兩種主要技術(shù)是X-射線衍射和中子散射實(shí)驗(yàn).X-射線衍射是一種有效測(cè)定分子晶體結(jié)構(gòu)的方法.在早期的水科學(xué)研究中,經(jīng)常被用來(lái)獲取水分子束縛結(jié)構(gòu)的靜態(tài)圖像,主要集中在研究水分子角度分布,進(jìn)而解釋相鄰水分子之間的關(guān)系.例如,1931年,Stewart等[75]用X-射線衍射研究了水在2—98?C的角強(qiáng)度的分布情況,并提出解釋模型.隨后,Katzo ff等[76]開始使用X-射線衍射方法定量分析和解釋水分子,提出水的四面體模型,該模型認(rèn)為液態(tài)水中的每個(gè)水分子以氫鍵的形式平均綁定4個(gè)其他水分子,排列成正四面體結(jié)構(gòu),并按此排列方式延展到整個(gè)液體中,形成網(wǎng)絡(luò)狀結(jié)構(gòu)[77].但在2004年,Stanford大學(xué)的Nilsson研究組在《Science》上發(fā)表了一篇挑戰(zhàn)“正四面體”水結(jié)構(gòu)概念的文章[78].他們用X射線吸收光譜技術(shù)研究液態(tài)水的氫鍵作用模式,提出了氫鍵綁定的新模型:在室溫條件下,液態(tài)水分子的兩個(gè)OH基團(tuán)形成不同的氫鍵結(jié)構(gòu),80%水分子中一個(gè)OH基團(tuán)形成強(qiáng)氫鍵,另一個(gè)不形成氫鍵或僅形成弱氫鍵,而剩余的20%的水分子則按四面體結(jié)構(gòu)的方式形成4個(gè)強(qiáng)氫鍵.不過,人們對(duì)“Nilsson”水結(jié)構(gòu)概念質(zhì)疑不斷.同年,UC Berkeley大學(xué)的Saykally研究組[79]利用相同的實(shí)驗(yàn)方法研究液體水結(jié)構(gòu),認(rèn)為傳統(tǒng)的四面體的排列方式仍是合理的.此外,基于第一性原理的理論計(jì)算結(jié)果也不支持Nilsson的水結(jié)構(gòu)[80].與Nilsson等把氫鍵分為強(qiáng)、弱兩類處理方法不同,Tu和Fang[81]將氫鍵按照從弱到強(qiáng)連續(xù)分布的粗粒化處理方式研究了液態(tài)水的結(jié)構(gòu).他們的研究表明,液態(tài)水中可能存在兩種局域結(jié)構(gòu),強(qiáng)弱氫鍵間的轉(zhuǎn)換導(dǎo)致水局域結(jié)構(gòu)之間的相互競(jìng)爭(zhēng),從而引起水的異常行為.目前,除對(duì)水分子的平均氫鍵數(shù)目存在爭(zhēng)論外,有關(guān)水的整體結(jié)構(gòu)也是熱點(diǎn)爭(zhēng)論.例如,Huang等[82]通過小角X射線散射實(shí)驗(yàn)認(rèn)為水是由不同大小的團(tuán)簇組成;而Smith等[83]通過自發(fā)拉曼光譜實(shí)驗(yàn)和理論計(jì)算認(rèn)為水實(shí)際上是一個(gè)連續(xù)介質(zhì).

近年來(lái),X-射線衍射和中子散射也被用于研究生物分子周圍水分子的空間分布[29,84].X-射線衍射可以提供蛋白質(zhì)或核酸相關(guān)原子在晶體中的平均位置信息,從而可以實(shí)現(xiàn)生物分子結(jié)構(gòu)分子模型的構(gòu)建.基于該技術(shù)獲得的靜態(tài)結(jié)構(gòu)表明,一個(gè)完整的溶劑化層包括非常有序的位點(diǎn)和彌散的、部分無(wú)序的溶劑化殼層[85].在蛋白質(zhì)中,極化和帶電荷的基團(tuán)表面以及空腔內(nèi)部觀測(cè)到排列有序的水分子[86].這些內(nèi)部的水合位點(diǎn)經(jīng)常保存于同一家族的蛋白質(zhì)中[87].在所有的表面水合位點(diǎn)中,最穩(wěn)定的是蛋白質(zhì)和臨近水分子的氫鍵結(jié)合體[88].相比之下,疏水和大分子無(wú)序結(jié)構(gòu)區(qū)域往往觀測(cè)到容易擴(kuò)散的部分無(wú)序的溶劑結(jié)構(gòu)存在.與蛋白質(zhì)相似,DNA水合位點(diǎn)可以形成依賴于DNA結(jié)構(gòu)和堿基序列的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)[89,90].

中子散射實(shí)驗(yàn)主要提供蛋白質(zhì)中氫鍵的具體性質(zhì),包括氫鍵對(duì)酶功能的影響等信息[91].早期的工作集中于水結(jié)構(gòu)的研究,如Bosio等[92]使用中子散射實(shí)驗(yàn)研究了高密度無(wú)定型水的結(jié)構(gòu).近年來(lái),由于中子散射技術(shù)的發(fā)展及其特殊的優(yōu)點(diǎn)(對(duì)于較輕的元素有更精確的響應(yīng),如氫、氮、氧等,更適合研究生物水),中子散射實(shí)驗(yàn)也被用來(lái)研究生物水的動(dòng)力學(xué)性質(zhì).如Smith等[93]使用中子散射實(shí)驗(yàn)和分子動(dòng)力學(xué)模擬方法研究了球蛋白動(dòng)力學(xué)的三種運(yùn)動(dòng)方式,即甲基基團(tuán)的轉(zhuǎn)動(dòng)、附近區(qū)域擴(kuò)散和無(wú)甲基的跳躍.中子散射動(dòng)力學(xué)實(shí)驗(yàn)顯示水質(zhì)子的均方位移時(shí)間發(fā)生在皮秒時(shí)間尺度[94].

此外,紅外、拉曼光譜等分子光譜技術(shù)作為現(xiàn)代分析技術(shù)的重要手段,其在標(biāo)定物質(zhì)結(jié)構(gòu)中發(fā)揮著其他手段無(wú)法代替的作用,可以提供分子環(huán)境和運(yùn)動(dòng)行為的直接信息.人們采用紅外光譜、拉曼光譜等技術(shù)來(lái)研究無(wú)定形固體水結(jié)構(gòu),從多層次角度理解了無(wú)定形固體水結(jié)構(gòu),獲得了其不同相間的相圖,并在高密度無(wú)定形固態(tài)水與低密度無(wú)定形固態(tài)水轉(zhuǎn)換過程中觀測(cè)到液態(tài)水的存在[95].最近,非線性和頻光譜也被用于研究界面水分子的靜態(tài)結(jié)構(gòu)[96,97].早在20多年前,沈元壤教授首先用他自己開創(chuàng)的和頻振動(dòng)光譜技術(shù)研究了表界面水分子結(jié)構(gòu)[98],目前和頻光譜技術(shù)已經(jīng)發(fā)展成一種研究表面/界面水結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)的強(qiáng)有力手段.沈元壤教授在此基礎(chǔ)上發(fā)展了相位敏感的和頻光譜技術(shù),該技術(shù)可以給出水分子在界面上的取向信息,隨后沈元壤研究組、Allen研究組和Tahara研究組利用該技術(shù)成功測(cè)出表面水以及磷脂分子附近的水分子結(jié)構(gòu)[99-101].研究結(jié)果表明,水分子的取向由表面磷脂分子頭部基團(tuán)的電荷決定.帶正電荷和負(fù)電荷的磷脂分子界面上水分子分別采取氫朝下(H-down)和氫朝上(H-up)結(jié)構(gòu)(圖9).但兩性離子的磷脂分子表面則存在三種水分子結(jié)構(gòu):與帶負(fù)電荷的磷酸基團(tuán)結(jié)合的水分子氫鍵較強(qiáng),采取氫朝上結(jié)構(gòu);與帶正電荷的膽堿基團(tuán)結(jié)合的水分子氫鍵弱一些,采取氫朝下結(jié)構(gòu);與磷脂疏水區(qū)域有弱作用的水分子基本上采取氫朝上結(jié)構(gòu)(圖10).

圖9 帶正電荷和負(fù)電荷的磷脂分子界面上水分子分別采取氫朝下(H-down)和氫朝上(H-up)結(jié)構(gòu)[100]Fig.9.At charged lipid/water interfaces,the orientation of interfacial water is governed by the net charge on the lipid headgroup;at an anionic lipid/water interface,water is in the hydrogen-up orientation,and at the cationic lipid/water interface,water is in the hydrogen-down orientation[100].

圖10 兩性離子的磷脂分子表面存在三種水分子結(jié)構(gòu)[101]Fig.10.Schematic representation of the three distinct waters at the zwitterionic lipid/water interface[101].

4 生物結(jié)合水動(dòng)力學(xué)研究

X-射線衍射和中子散射實(shí)驗(yàn)可以提供豐富的水結(jié)構(gòu)信息,但靜態(tài)信息不足以描述生物與水分子行為.許多生物過程涉及生物分子的電子和能量傳輸和構(gòu)象轉(zhuǎn)變等復(fù)雜過程,而這些過程通常在不同時(shí)間尺度內(nèi)發(fā)生(圖11)[102].因此,理解生物水本質(zhì)的關(guān)鍵在于理解生物水的動(dòng)力學(xué)狀態(tài)及其對(duì)生物大分子活性的影響.近年來(lái),人們利用各種方法研究了生物分子的水合動(dòng)力學(xué),這些研究涉及的實(shí)驗(yàn)和理論方法多種多樣,包括中子散射、介電弛豫、核磁共振、磁共振彌散、溶劑化動(dòng)力學(xué)以及分子模擬[28,30,103-106]等.每個(gè)方法均提供了不同的信息(圖12)和重要的新見解.借助于這些技術(shù),人們?cè)诓煌瑫r(shí)間和長(zhǎng)度尺度上對(duì)結(jié)合水的結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)有了許多新的認(rèn)識(shí).比如,與純水比較,結(jié)合水具有較高的局域密度[22]、較低的結(jié)冰溫度與極性[21,23],以及較慢的動(dòng)力學(xué)特性[27].

圖11 蛋白質(zhì)行為不同時(shí)間尺度層次示意圖[102] Domain vibrations,域振動(dòng);HB vibrations,氫鍵振動(dòng);HB breaking rotational relaxation translation diffusion,氫鍵斷裂-轉(zhuǎn)動(dòng)弛豫-平移擴(kuò)散;collective water dipole relaxation,集體水偶極弛豫;sidechain fluctuation,側(cè)鏈波動(dòng);protein tumbling,蛋白質(zhì)翻滾;conformational transitions,構(gòu)象轉(zhuǎn)變Fig.11.The hierarchy of timescales for motion of proteins and their hydration environment[102].HB,hydrogen bond.

圖12 生物水的主要研究技術(shù)Fig.12.The major techniques used for the study of biological water.

4.1 基于介電弛豫與核磁共振技術(shù)的動(dòng)力學(xué)研究

Oncley等[107,108]最早利用介電弛豫來(lái)測(cè)量蛋白質(zhì)水系統(tǒng)的介電性能,并測(cè)出羧基血紅蛋白分子旋轉(zhuǎn)弛豫時(shí)間常數(shù)是84 ns.后來(lái),Buchanan和Haggis等[109,110]在更高頻率段進(jìn)行測(cè)量,結(jié)果發(fā)現(xiàn)三分之一的水合球與水分子緊密結(jié)合,且對(duì)介電色散沒有貢獻(xiàn). Grant等[111,112]則全面地表征了蛋白質(zhì)結(jié)合水,指出與蛋白質(zhì)結(jié)合的水展現(xiàn)出一系列弛豫時(shí)間常數(shù),這些時(shí)間常數(shù)與蛋白質(zhì)和大體積水的轉(zhuǎn)動(dòng)過程相關(guān).隨后,Schwan[113],Takashima[114]以及Harvet和Hoekstra等[115]的研究成果也揭示了生物水明顯的弛豫時(shí)間,并證實(shí)了Grant等的結(jié)論.Pethig等[116]的研究進(jìn)一步表明主要的水合層結(jié)合較緊密,微波介電質(zhì)行為主要受熱激活的第二層生物水影響.總體而言,介電弛豫研究觀測(cè)到幾十皮秒到納秒時(shí)間尺度范圍內(nèi)的動(dòng)力學(xué)行為[117].

核磁共振也是一種研究水分子動(dòng)力學(xué)的有效方法,可以揭示停留時(shí)間在亞納秒范圍的水分子行為[28].例如,基于奧弗豪塞爾核效應(yīng)(NOE)的NMR技術(shù)測(cè)出的蛋白質(zhì)表面水的停留時(shí)間為亞納秒(300—500 ps)[118];利用水2H和17O核磁弛豫色散(NMRD)技術(shù)測(cè)出的表面水的弛豫時(shí)間,在1996年報(bào)道為10—50 ps[119],而在2003年則變?yōu)?—7 ps[120],利用NMRD1H自旋點(diǎn)陣弛豫法測(cè)出的蛋白質(zhì)表面水的平動(dòng)時(shí)間為30—40 ps[121].表1給出了介電弛豫(DR)和NMR觀測(cè)到生物水不同的弛豫時(shí)間.

表1 介電弛豫和核磁共振觀測(cè)到生物水不同的弛豫時(shí)間[24]Table 1.Different relaxation time of biological water observed by dielectric relaxation(DR)and NMR.

4.2 基于熒光光譜技術(shù)的動(dòng)力學(xué)屬性研究

綜上可見,介電弛豫和核磁共振等方法的研究結(jié)果存在明顯的分歧和爭(zhēng)議[17,122],特別是關(guān)于水分子溶劑化層內(nèi)的動(dòng)力學(xué)以及動(dòng)力學(xué)屬性的細(xì)節(jié)方面.這些分歧和爭(zhēng)議的根源在于所使用研究方法的時(shí)間分辨率的限制,例如核磁共振研究揭示的是停留時(shí)間在亞納秒范圍的水分子的行為[28],介電弛豫研究則給出幾十到幾百皮秒的時(shí)間尺度[117].因?yàn)闀r(shí)間分辨率的限制,這些方法無(wú)法獲得飛秒和更長(zhǎng)時(shí)間內(nèi)的超快弛豫時(shí)間,以及真實(shí)的動(dòng)力學(xué)時(shí)間響應(yīng).此外,這些技術(shù)報(bào)道的弛豫時(shí)間代表的是生物分子表面的平均行為,而不是特定位點(diǎn)的行為,因而不能反映出生物分子表面的非均質(zhì)化學(xué)特性[28].因此,要闡明生物水的本質(zhì),關(guān)鍵在于對(duì)生物分子表面水分子的動(dòng)力學(xué)行為進(jìn)行空間(分子)與時(shí)間分辨率級(jí)別(特別是從飛秒到皮秒尺度內(nèi)的水分子動(dòng)力學(xué))上的認(rèn)知.這需要發(fā)展能在分子水平和飛秒時(shí)間分辨尺度上的新技術(shù).

飛秒光譜的發(fā)展,為生物水的研究打開了一個(gè)全新的窗口.加州理工大學(xué)Zewail教授和俄亥俄州立大學(xué)仲冬平教授研究組應(yīng)用飛秒熒光光譜技術(shù)[2,8,9,20,25,28,123-125],在該方面開展了大量的工作,并取得了突破性進(jìn)展.例如,Zewail等[25]利用定點(diǎn)誘導(dǎo)色氨酸的飛秒時(shí)間分辨熒光技術(shù)研究了枯草桿菌嘉士柏酶蛋白水合動(dòng)力學(xué),觀察到了兩個(gè)獨(dú)立的動(dòng)力學(xué)溶劑化時(shí)間0.8 ps和38 ps,在體相水中,則觀察到180 fs和1.1 ps.他們還研究了距離約7 ?的共價(jià)鍵探針處的溶劑化過程,該過程在1.5 ps內(nèi)完成,38 ps成分幾乎消失.隨后,仲冬平研究組利用類似技術(shù)研究了蛋白質(zhì)在原生和熔融球形狀態(tài)下的周圍水合動(dòng)力學(xué)[123-125],發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)水合層上存在幾皮秒(1—8 ps)和幾十到幾百皮秒(20—200 ps)兩種很大差異的水動(dòng)力學(xué),分別代表最初的局部弛豫和隨后的集體網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)(圖13).他們的研究還表明,這兩個(gè)時(shí)間尺度與蛋白質(zhì)的結(jié)構(gòu)和化學(xué)性質(zhì)密切相關(guān).這些結(jié)果均表明蛋白質(zhì)結(jié)合水動(dòng)力學(xué)過程存在兩種軌跡.

圖13 以各突變體原生狀態(tài)下的時(shí)間尺度為順序繪制出的水合動(dòng)力學(xué)曲線τ1(a)及τ2(b) (a)在柱形條之上的小圓圈代表的是原生狀態(tài)下的突變體,根據(jù)它們的探針位置(黃色),局部電荷分布(綠色)以及局部二級(jí)結(jié)構(gòu)(藍(lán)色)進(jìn)行了分類;(b)原生狀態(tài)下的突變體被致密電荷面和遠(yuǎn)距離探針簡(jiǎn)單地分為兩欄,箭頭所指的方向代表著結(jié)構(gòu)剛度的增加,其著色與圖(a)中的小圓圈一致,(b)圖中的插圖也同樣展現(xiàn)出這兩個(gè)水合動(dòng)力學(xué)之間的關(guān)聯(lián)性[124];弛豫時(shí)間τ1超快動(dòng)力學(xué)過程源于局部水分子的基本運(yùn)動(dòng)(主要包括平動(dòng)及受阻轉(zhuǎn)動(dòng)),而τ2水合動(dòng)力學(xué)過程則是經(jīng)歷了最初快弛豫過程后隨之而來(lái)的水分子網(wǎng)絡(luò)重構(gòu)過程Fig.13.The hydration dynamics, τ1(a)and τ2(b),of all mutants plotted according to the order of their time scales in the native state.(a)The beads above the bars represent the native-state mutants and are classi?ed according to their probe positions(yellow),local charge distributions(green),and local secondary structures(blue).(b)The native-state mutants are simply grouped by two bars,dense charge surfaces and distant probe,and an arrow with the increased structural rigidity,colored with the same code for the beads in(a).(b)Inset also shows the correlation of two hydration dynamics[124].

4.3 生物分子與水分子之間動(dòng)力學(xué)耦合作用研究

圖14 耦合的水-側(cè)鏈在勢(shì)能阱中的弛豫 上面4張圖展示的是通過分子動(dòng)力學(xué)模擬獲得的幾種典型的內(nèi)層(紅色)與外層(藍(lán)色)水分子的快照,其弛豫運(yùn)動(dòng)與觀察到的溶劑化動(dòng)力學(xué)相對(duì)應(yīng);在τ1S(20 fs)時(shí),僅有外層水分子發(fā)生局部弛豫;在τ2S(130 fs)時(shí),所有水分子都在進(jìn)行明顯的旋轉(zhuǎn)運(yùn)動(dòng),但所有水分子都停留在各自的局部區(qū)域內(nèi),蛋白質(zhì)并沒有發(fā)生顯著的位移;在τ3S(50 ps)時(shí),所有水分子都參與顯著的重排,并與體相水進(jìn)行交換;與此同時(shí),蛋白質(zhì)的表面拓?fù)湟舶l(fā)生改變;需要注意的是,τ1S與τ2S的模擬值要比實(shí)驗(yàn)值小得多;下圖展示的是具有構(gòu)象底物的處于勢(shì)能阱中的水合水與耦合色氨酸側(cè)鏈的三個(gè)弛豫過程,白框里的箭頭所指的束縛弛豫路徑在一開始沒有與蛋白運(yùn)動(dòng)發(fā)生耦合,展現(xiàn)出超快的外層弛豫(τ1S),接著經(jīng)歷了兩個(gè)受水驅(qū)動(dòng)的水-側(cè)鏈弛豫 (τ2S和τ3S),后兩個(gè)弛豫過程只通過能阱的一小部分區(qū)域;插圖表示用于構(gòu)建能量圖景輪廓的兩條水合水與蛋白質(zhì)側(cè)鏈的勢(shì)能曲線[127]Fig.14.Coupled water/side-chain relaxations in a potential energy basin.(Upper)Four panels show the snapshots of MD simulations following several typical inner-layer(red)and outer-layer(blue)water molecules with the relaxation motion corresponding to the observed solvation dynamics.At time τ1S(20 fs),only the outer-layer water molecules locally relax.At time τ2S(130 fs),all water molecules proceed to signi ficant rotational motion.However,all water molecules remain in the local positions,and the protein does not move signi ficantly.At time τ3S(50 ps),all water molecules have made signi ficant rearrangements and also exchanged with bulk water.Meanwhile,the protein surface topology was also altered.Note that the simulated τ1Sand τ2Stimes are signi ficantly shorter than those observed in our experiments.(Lower)Shown are three relaxation processes of hydration water and coupled tryptophan side chain in a potential energy basin with conformational substrates.The arrow in the white box indicates the constrained relaxation pathway with the initial outer-layer ultrafast relaxation(τ1S),which is not coupled to the protein motion,and two water-driven water/side-chain relaxations(τ2Sand τ3S),which access only a limited region in the energy basin.(Insets)Two potential energy curves of hydration water and protein side chains used in construction of the contour energy landscape[127].

生物分子要維護(hù)其功能的正常運(yùn)轉(zhuǎn),必須處于水溶液環(huán)境之中.生物分子構(gòu)象的變化通常與其功能息息相關(guān),其過程會(huì)受到溶劑化層周圍水分子的影響.然而這種影響是雙向的.水分子繞著生物分子復(fù)雜表面“航行”時(shí),其運(yùn)動(dòng)亦受到限制.事實(shí)上,分子動(dòng)力學(xué)模擬在理論上已經(jīng)預(yù)言了蛋白質(zhì)和DNA等生物分子與其結(jié)合水之間耦合作用的存在和重要性,并提出了該作用的理論模型.例如,Frauenfelder等[126]基于肌紅蛋白配體相互作用的超低溫研究,提出了水驅(qū)動(dòng)蛋白質(zhì)漲落的從屬模型.然而,目前如何理順并區(qū)分生物分子與結(jié)合水兩者的動(dòng)力學(xué),并在實(shí)驗(yàn)上直接觀測(cè)這種耦合作用還非常困難[127,128].結(jié)合水動(dòng)力學(xué)對(duì)蛋白質(zhì)等生物分子結(jié)構(gòu)漲落的最終影響基本上沒有被挖掘出來(lái).這主要是由于生理溫度下結(jié)合水和生物分子運(yùn)動(dòng)的超快特性,特別是界面上結(jié)合水與蛋白質(zhì)相互作用的超快集體弛豫均發(fā)生在皮秒時(shí)間尺度[129].特別值得一提的是,仲冬平研究組利用色氨酸掃描飛秒熒光光譜技術(shù)在該科學(xué)問題上做了許多卓越的工作.他們?cè)谙到y(tǒng)研究蛋白質(zhì)和DNA等生物分子結(jié)合水動(dòng)力學(xué)基礎(chǔ)上[28,123-125],2016年以來(lái)開始研究結(jié)合水動(dòng)力學(xué)與蛋白質(zhì)側(cè)鏈運(yùn)動(dòng)的耦合關(guān)系[127-130].通過測(cè)量葡萄球菌核酸酶等蛋白質(zhì)結(jié)合水動(dòng)力學(xué)和蛋白質(zhì)側(cè)鏈運(yùn)動(dòng)的溫度依賴性,他們確定出三種結(jié)合水弛豫和兩種蛋白質(zhì)側(cè)鏈運(yùn)動(dòng).其中有兩種水動(dòng)力學(xué)與蛋白質(zhì)側(cè)鏈運(yùn)動(dòng)存在強(qiáng)耦合作用,分別是幾個(gè)皮秒的集合水與蛋白質(zhì)側(cè)鏈再取向作用,和幾十個(gè)皮秒的合作水與側(cè)鏈再構(gòu)作用.這兩種作用的時(shí)間尺度與蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和化學(xué)性質(zhì)密切相關(guān).他們還發(fā)現(xiàn)蛋白質(zhì)側(cè)鏈弛豫總是比結(jié)合水動(dòng)力學(xué)慢,并有相同的能壘,表明兩種弛豫的來(lái)源相同,水合層表面的漲落驅(qū)動(dòng)蛋白質(zhì)側(cè)鏈在皮秒時(shí)間尺度內(nèi)的運(yùn)動(dòng)(圖14)[127],從而在水與蛋白質(zhì)耦合運(yùn)動(dòng)這個(gè)多年難題上取得了突破性進(jìn)展.

4.4 基于飛秒非線性振動(dòng)光譜的結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)研究

紅外、拉曼等分子振動(dòng)光譜是一種直接探測(cè)分子基團(tuán)振動(dòng)的非介入性分析技術(shù),可提供分子環(huán)境和運(yùn)動(dòng)行為的直接信息[16,131].因?yàn)樗捌渲車肿拥恼駝?dòng)光譜峰位置、寬度、強(qiáng)度、譜形及偏振特性等隨分子間相互作用的不同而改變,因而其能洞悉分子局部相互作用和微觀動(dòng)力學(xué),以及俘獲氫鍵的局部激發(fā)狀態(tài).分子振動(dòng)光譜技術(shù)已經(jīng)發(fā)展成為研究氫鍵的重要工具.近年來(lái),在紅外、拉曼等線性光譜基礎(chǔ)上發(fā)展的多維振動(dòng)超快非線性光譜技術(shù),因其不僅能對(duì)非均相環(huán)境中的分子提供選擇性的光譜探測(cè),而且還能提供飛秒時(shí)間尺度上的復(fù)雜凝聚相分子結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)方面的詳細(xì)信息[132],成為研究水氫鍵網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)及其超快動(dòng)力學(xué)強(qiáng)有力的新手段[133],備受重視.例如,Tokmako ff研究組[134]利用二維紅外光譜技術(shù),通過研究水分子超快動(dòng)力學(xué)過程的頻率依賴特性,獲得了與局域分子運(yùn)動(dòng)和分子重排相關(guān)的時(shí)間尺度分布信息.他們還采用三脈沖振動(dòng)回波和偏振選擇的抽運(yùn)-探測(cè)技術(shù),考察了體相水(HOD/D2O)超快分子間動(dòng)力學(xué)對(duì)O—H振動(dòng)的影響,獲取了與振動(dòng)弛豫、振動(dòng)消相干、分子再取向等動(dòng)力學(xué)過程相關(guān)的特征時(shí)間:在短時(shí)間尺度上,振動(dòng)弛豫表現(xiàn)為約180 fs的欠阻尼氫鍵振蕩,而觀測(cè)到的長(zhǎng)時(shí)間尺度行為則表明,氫鍵網(wǎng)絡(luò)的集合結(jié)構(gòu)重排時(shí)間約為1.4 ps;各向異性隨時(shí)間的衰變測(cè)量給出了50 fs和3 ps兩個(gè)時(shí)間參數(shù),他們將其分別歸于低頻擺動(dòng)和轉(zhuǎn)動(dòng)彌散[134].利用相似的方法,Pshenichnikov研究組研究了四甲基尿素分子疏水基周圍水分子O—H伸縮振動(dòng)的氫鍵強(qiáng)弱的變化,獲得了疏水溶質(zhì)如何影響氫鍵網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)的詳細(xì)信息[135].Bagchi研究組采用二維紅外研究了不同水溶液體系中的異質(zhì)性.他們發(fā)現(xiàn)異質(zhì)性是通過水動(dòng)力學(xué)的顯著改變體現(xiàn)出來(lái)的.在反膠束溶液中,研究發(fā)現(xiàn)增加體系的尺寸,不同層水分子的動(dòng)力學(xué)行為改變很大.超臨界水熱力學(xué)誘導(dǎo)的異質(zhì)性也能在二維紅外頻譜擴(kuò)散響應(yīng)中得以體現(xiàn)[136].Kubarych研究組利用二維紅外光譜成功研究了蛋白質(zhì)水合層與溶劑之間的耦合情況,發(fā)現(xiàn)水合層水分子與蛋白質(zhì)耦合很強(qiáng),但與溶劑耦合很弱[137].

值得一提的是,最近發(fā)展起來(lái)的振動(dòng)態(tài)選擇激發(fā)-和頻光譜探測(cè)的飛秒時(shí)間分辨測(cè)量技術(shù)能有效提供界面水分子的超快動(dòng)力學(xué)以及界面水非均質(zhì)化學(xué)特性等重要信息[138,139],為全面理解界面水的本質(zhì)提供了新的條件.近兩三年來(lái),這些超快非線性振動(dòng)光譜技術(shù)已經(jīng)開始應(yīng)用到生物膜表面等生物水動(dòng)力學(xué)的研究中[140-143],并取得了一些很好的進(jìn)展.例如,Bonn研究組采用表面特異性二維和頻光譜研究界面水結(jié)構(gòu),他們觀察到水在水/空氣界面與水/磷脂界面處的結(jié)構(gòu)差異很大[144];此外,他們采用和頻光譜手段結(jié)合從頭算分子動(dòng)力學(xué)模擬研究了水與中性的PC磷脂分子界面、水與胺氮-氧化物表面活性劑單層水的結(jié)構(gòu)和取向,結(jié)果發(fā)現(xiàn)因?yàn)樗肿涌梢詮捏w相到羰基基團(tuán)形成連續(xù)的氫鍵網(wǎng)絡(luò)[145].他們最近還研究了抗凍蛋白的水分子結(jié)構(gòu),發(fā)現(xiàn)水/細(xì)菌接觸界面的氫鍵增強(qiáng)了鄰近水網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)的取向,丁香甲單孢菌的結(jié)冰活性位點(diǎn)通過獨(dú)特的親-疏水模式來(lái)增強(qiáng)冰成核[143].根據(jù)穩(wěn)態(tài)和時(shí)間分辨的二維和頻光譜研究結(jié)果,Bonn研究組提出了十二烷基硫酸鈉表面活性劑和水之間、以及界面水分子之間的微觀模型,即接近表面活性劑頭部的水有獨(dú)立的O—H鍵(局域化的O—H伸縮振動(dòng)),而除此之外的都是非局域化的O—H伸縮振動(dòng)(共同的氫鍵).且這兩種情況是耦合的,在它們之間存在亞皮秒級(jí)的能量轉(zhuǎn)移,這與空氣/水界面的O—H鍵很不同.他們的結(jié)果還表明,與表面活性劑頭部作用的水分子的氫鍵性質(zhì)和那些與其他水分子作用的氫鍵性質(zhì)不同[146].最近我們成功利用具有特定能量的飛秒紅外脈沖選擇激發(fā)生物膜上蛋白質(zhì)的N—H基團(tuán),然后用飛秒和頻光譜監(jiān)控N—H基團(tuán)和酰胺鍵C=O瞬態(tài)結(jié)構(gòu)變化,發(fā)現(xiàn)氫鍵強(qiáng)弱直接影響到N—H到C=O的振動(dòng)能量傳遞的途徑與速率[147,148].因?yàn)樵摷夹g(shù)可直接探測(cè)水層界面的生物分子和結(jié)合水的振動(dòng),提供界面生物分子和水分子的超快動(dòng)力學(xué)等重要信息,但不改變水合層分子結(jié)構(gòu),因而有望發(fā)展成為闡明生物分子與其結(jié)合水之間耦合終極關(guān)系的強(qiáng)有力非介入性新技術(shù).

4.5 蛋白質(zhì)表面結(jié)合水次擴(kuò)散運(yùn)動(dòng)研究

水分子在生物分子表面的擴(kuò)散運(yùn)動(dòng)不僅有助于功能所需基本成分的運(yùn)輸,而且為生物大分子提供實(shí)現(xiàn)其生理功能很關(guān)鍵的內(nèi)在靈活性.最近上海交通大學(xué)洪亮研究組結(jié)合中子散射和分子動(dòng)力學(xué)(MD)模擬技術(shù),研究不同蛋白質(zhì)表面結(jié)合水分?jǐn)?shù)階的次擴(kuò)散運(yùn)動(dòng)[149],勾勒出表面水分子跳躍情形的清晰圖像[150],為闡明蛋白質(zhì)周圍表面水分子的反常動(dòng)力學(xué)行為提供了有力證據(jù).與體相水比較,實(shí)驗(yàn)和理論研究結(jié)果均表明DNA和蛋白質(zhì)表面的水合層上的水分子的擴(kuò)散運(yùn)動(dòng)要滯后,表現(xiàn)出異常的次擴(kuò)散行為[151,152].這種次擴(kuò)散運(yùn)動(dòng)可以用原子均方位移時(shí)間的分?jǐn)?shù)冪來(lái)描述((1)式).目前對(duì)于結(jié)合水的次擴(kuò)散機(jī)理存在兩個(gè)貌似合理的物理圖像[153-155]:一個(gè)是空間無(wú)序模型,即生物大分子粗糙表面形成的分形滲透網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)阻礙了水分子的擴(kuò)散;另一個(gè)是時(shí)間無(wú)序模型,即水分子在生物大分子表面陷阱之間跳躍,分子在下一次跳躍之前需要在陷阱里停留,停留時(shí)間服從較寬的冪律分布.通過中子散射實(shí)驗(yàn),他們測(cè)量出水分子沿著細(xì)胞色素P450與綠色熒光蛋白兩種不同蛋白質(zhì)表面走過特定距離所花費(fèi)的時(shí)間[149].結(jié)果表明,在約10—100 ps時(shí)間窗口內(nèi)的結(jié)合水表現(xiàn)出次擴(kuò)散行為,他們測(cè)出的反常擴(kuò)散指數(shù)β的值約為0.8.此外,他們通過分子動(dòng)力學(xué)模擬發(fā)現(xiàn)在更寬的時(shí)間尺度范圍內(nèi)(10—103ps)還觀察到這種次擴(kuò)散行為.不過,進(jìn)行長(zhǎng)時(shí)間模擬時(shí)水的運(yùn)動(dòng)變得越來(lái)越擴(kuò)散,約105ps時(shí)擴(kuò)散指數(shù)β值接近于1,也即由次擴(kuò)散行為轉(zhuǎn)變到擴(kuò)散行為.為解釋實(shí)驗(yàn)與模擬中觀察到的異常動(dòng)力學(xué)行為,他們提出了一個(gè)水分子在蛋白質(zhì)表面小籠子(或是俘獲位點(diǎn))間跳躍的模型.在該模型中,他們假設(shè)一次一個(gè)陷阱只能容納一個(gè)分子.隨著時(shí)間的流逝,深的陷阱被填滿了,從而迫使水分子主要在淺陷阱間進(jìn)行跳躍.也就是說,在較長(zhǎng)時(shí)間尺度內(nèi),處于蛋白質(zhì)環(huán)境中的水可以分為兩類:一類是滯留在深陷阱內(nèi)的無(wú)法動(dòng)彈的分子,另一類是在淺陷阱間跳躍著的移動(dòng)分子.通過分析蛋白質(zhì)表面每個(gè)水分子的分子動(dòng)力學(xué)軌跡,他們確認(rèn)了俘獲事件的存在,并表明連續(xù)跳躍前后兩步之間沒有關(guān)聯(lián);換言之,一個(gè)水分子上一次跳躍的距離與方向并不會(huì)對(duì)下一步跳躍造成任何影響.這一結(jié)論與空間無(wú)序模型不符.同時(shí)他們還發(fā)現(xiàn)分子在下一次跳躍之前需要在陷阱里停留的時(shí)間具有較寬的冪律分布,其中大多陷阱等待時(shí)間短,非常少量的陷阱等待時(shí)間長(zhǎng).這種“無(wú)標(biāo)度”的等待時(shí)間分布與連續(xù)時(shí)間隨機(jī)游走模型相符合.他們的結(jié)果還表明,多體體積的排斥效應(yīng)使水分子在淺的囚禁位點(diǎn)上優(yōu)先跳躍,從而有效加速擴(kuò)散.水分子更大的流動(dòng)性最終可以傳遞到周圍蛋白質(zhì)分子,以獲得蛋白質(zhì)功能所需的靈活性,從而解釋了為什么酶需要一定的水合作用(約20%的重量)才能表現(xiàn)出明顯的非諧性動(dòng)力學(xué)和生物活性.

5 結(jié)論與展望

生物結(jié)合水在維護(hù)生物大分子的結(jié)構(gòu)、穩(wěn)定性以及調(diào)控動(dòng)力學(xué)性質(zhì)和生理功能等方面起著決定性的作用.本文介紹了當(dāng)前生物結(jié)合水相關(guān)的三個(gè)方面的研究進(jìn)展:1)結(jié)合水對(duì)生物結(jié)構(gòu)和功能的影響;2)生物分子周圍的水分子結(jié)構(gòu);3)生物分子水合動(dòng)力學(xué).整體而言,要闡明生物水的本質(zhì),關(guān)鍵在于對(duì)生物分子表面水分子動(dòng)力學(xué)行為進(jìn)行空間(分子)與時(shí)間分辨率級(jí)別(特別是從飛秒到皮秒尺度內(nèi)的水分子動(dòng)力學(xué))上的認(rèn)知.不過,目前在飛秒時(shí)間尺度內(nèi)的生物水研究尚處于起步階段,尚有許多問題有待進(jìn)一步解決.例如:蛋白質(zhì)與其環(huán)境受碰撞的影響有多大？與蛋白質(zhì)表面相關(guān)的水有幾層？當(dāng)某個(gè)水分子被踢出表面層時(shí)它的替換過程是怎樣的？界面、界面幾何形狀、界面電荷、離子、生物分子如何影響生物水的結(jié)構(gòu)與動(dòng)力學(xué)行為？水分子的異質(zhì)性和排列規(guī)整度如何影響生物分子功能？生物分子表面是否存在“剛性”結(jié)構(gòu)的水？氫鍵在水中重排的機(jī)理是什么？水分子在蛋白質(zhì)、細(xì)胞和組織等大分子周圍的效應(yīng)與在小分子周圍的效應(yīng)有何不同,是否為小分子周圍效應(yīng)的簡(jiǎn)單加和？生物分子與其結(jié)合水是如何發(fā)生耦合作用的？