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乳腺癌中GFRA1表達(dá)臨床意義的生物信息學(xué)分析

2018-09-11 08:51
中國腫瘤臨床 2018年15期
關(guān)鍵詞:細(xì)胞株靶向乳腺

乳腺癌是女性腫瘤中最具侵襲性的惡性腫瘤,為女性腫瘤相關(guān)死亡的主要病因。2008年,中國約17萬例女性患者被診斷為乳腺癌,占全世界的12.2%,預(yù)計(jì)到2021年,中國乳腺癌患者將高達(dá)250萬例,女性發(fā)病率將從不到60例/10萬增加到超過100例/10萬[1]。2012年,我國約有52.2萬例女性死于乳腺癌,其死亡人數(shù)約占全球癌癥相關(guān)死亡人數(shù)的15%[2]。目前,乳腺癌是中國女性發(fā)病率最高的癌癥,位居癌癥死亡率第六。雖然乳腺癌的診療已取得較大進(jìn)展,但乳腺癌的死亡率仍居高不下。因此,探討可以作為乳腺癌診斷、治療的靶點(diǎn)基因和蛋白具有重大臨床價(jià)值。膠質(zhì)細(xì)胞系源性神經(jīng)營養(yǎng)因子受體 1(glial cell line derived neurotrophic factor α1,GFRA1)可以在乳腺癌導(dǎo)管和腺泡細(xì)胞質(zhì)中檢測到,與乳腺癌淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、TNM分期和HER?2表達(dá)相關(guān),與乳腺癌預(yù)后呈負(fù)相關(guān)[3]。通過GDNF體外刺激,GFRA1可顯著促進(jìn)乳腺癌細(xì)胞的增殖、存活和分散,可能是與炎性細(xì)胞因子TNF?α和IL?1β協(xié)同上調(diào)GDNF,活化GFRA1通路,促進(jìn)乳腺癌的侵襲與轉(zhuǎn)移有關(guān)[4]。目前缺少全面分析乳腺癌中GFRA1表達(dá)臨床價(jià)值的研究,因此本研究旨在通過生物信息學(xué)分析GFRA1在乳腺癌組織中表達(dá)情況,及其預(yù)測乳腺癌治療、預(yù)后的價(jià)值。

1 材料與方法

1.1 數(shù)據(jù)來源和方法

基于Oncomine數(shù)據(jù)庫(https://www.oncomine.org/)分析GFRA1在乳腺癌組織中表達(dá)情況。以“GFRA1 and breast”在 GEO 數(shù)據(jù)庫(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geoprofiles)進(jìn)行檢索。納入GFRA1在乳腺癌組織、化療及內(nèi)分泌治療耐藥細(xì)胞株、敏感細(xì)胞株中表達(dá)水平的表達(dá)數(shù)據(jù),以及GFRA1預(yù)測新輔助化療中病理完全緩解(pathologic complete response,pCR)率的數(shù)據(jù)。

基于 TCGA(The Cancer Genome Atlas)數(shù)據(jù)庫(https://cancergenome.nih.gov/)分析GFRA1在乳腺癌患者癌組織與健康人正常乳腺組織間、不同臨床TNM分期、不同分子分型乳腺癌患者癌組織中的差異,分析GFRA1表達(dá)水平與ER、PR、HER?2、Ki?67表達(dá)水平的關(guān)系。

基于Kmplot數(shù)據(jù)庫(http://kmplot.com/analysis/)分析GFRA1表達(dá)水平與乳腺癌總生存(overall survival,OS)率和無復(fù)發(fā)生存(recurrence free survival,RFS)率的關(guān)系,數(shù)據(jù)以危險(xiǎn)比(hazards ratio,HR)和95%可信區(qū)間(95%confidence interval,95%CI)表示。

1.2 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

使用SPSS 21.0軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。計(jì)量數(shù)據(jù)以均數(shù)±標(biāo)準(zhǔn)差(x±s)表示,采用t檢驗(yàn)進(jìn)行比較。統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)均采用雙側(cè)檢驗(yàn),P<0.05為差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 乳腺癌組織中GFRA1表達(dá)情況

基于Oncomine數(shù)據(jù)庫,對(duì)6個(gè)研究[5?10]中乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平進(jìn)行分析,結(jié)果顯示,不同病理類型乳腺癌(浸潤性小葉癌、浸潤性導(dǎo)管癌、導(dǎo)管原位癌)患者癌組織中均表達(dá)GFRA1,且顯著高于健康人正常乳腺組織中GFRA1表達(dá)水平(P<0.05,表1)。

表1 不同病理類型乳腺癌組織與健康人乳腺正常組織中GFRA1表達(dá)差異

基于TCGA數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析,結(jié)果顯示,乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平明顯高于健康人正常乳腺組織(P<0.05)。TNM臨床分期中Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ期乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平顯著高于健康人正常乳腺組織(P<0.05),Ⅳ期乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平與健康人正常乳腺組織中的表達(dá)水平差異無明顯統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05)。Luminal型乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平顯著高于健康人正常乳腺組織(P<0.05),HER?2過表達(dá)型、三陰性乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平明顯低于健康人正常乳腺組織(P<0.05,圖1)。

基于GEO數(shù)據(jù)庫進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn),ER陽性、PR陽性乳腺癌患者癌組織中GFRA1表達(dá)水平明顯高于對(duì)應(yīng)受體陰性者(P<0.05),但HER?2陽性乳腺癌患者癌組織中的GFRA1表達(dá)水平顯著低于HER?2陰性者(P<0.05),GFRA1表達(dá)水平與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移無相關(guān)性(P>0.05,表2)。

基于TCGA數(shù)據(jù)庫分析結(jié)果顯示,GFRA1表達(dá)水平與ER(r=0.66,P<0.05)、PR(r=0.22,P<0.05)表達(dá)水平呈正相關(guān),與HER?2(r=?0.09,P<0.05)、Ki?67(r=?0.12,P<0.05)表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)。

2.2 GFRA1表達(dá)水平與pCR的關(guān)系

基于GEO數(shù)據(jù)庫,對(duì)達(dá)到與未達(dá)到pCR的乳腺癌患者組織中GFRA1表達(dá)水平比較發(fā)現(xiàn),大部分研究中兩者差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),但GFRA1低表達(dá)的乳腺癌患者更易達(dá)到pCR。這說明GFRA1低表達(dá)乳腺癌患者可能對(duì)化療高敏感(表3)。

2.3 GFRA1表達(dá)水平與化療、內(nèi)分泌治療、靶向治療耐藥的關(guān)系

基于GEO數(shù)據(jù)庫,對(duì)GFRA1表達(dá)水平與化療、內(nèi)分泌治療、靶向治療耐藥關(guān)系進(jìn)行分析,結(jié)果顯示,多西他賽耐藥細(xì)胞株與敏感細(xì)胞株中GFRA1表達(dá)水平差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),在拉帕替尼耐藥細(xì)胞株與敏感細(xì)胞株中表達(dá)水平差異亦無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P>0.05),但在他莫昔芬耐藥細(xì)胞株和敏感細(xì)胞株中表達(dá)水平差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P<0.05),他莫昔芬耐藥細(xì)胞株中GFRA1表達(dá)水平顯著低于敏感細(xì)胞株(P<0.05)。多柔比星耐藥細(xì)胞株中GFRA1表達(dá)水平(3.91±0.06)顯著低于正常細(xì)胞株(9.47±0.23),兩者表達(dá)水平比較差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P=0.01,表4)。

2.4 GFRA1表達(dá)水平與乳腺癌的預(yù)后關(guān)系

分析Kmplot數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn),1 402例乳腺癌患者有OS數(shù)據(jù),626例患者有GFRA1表達(dá)水平數(shù)據(jù),GFRA1基因片段205696_s_at(HR為0.69,95%CI為0.55~0.85)、227550_at(HR為0.58,95%CI為0.42~0.79)、230163_at(HR為0.53,95%CI為0.38~0.72)高表達(dá)水平的患者具有較高的OS(P<0.05)。3 955例乳腺癌患者有RFS數(shù)據(jù),1 764例乳腺癌患者有GFRA1表達(dá)水平數(shù)據(jù),統(tǒng)計(jì)分析發(fā)現(xiàn),GFRA1基因片段205696_s_at(HR為0.71,95%CI為0.63~0.79)、227550_at(HR為0.56,95%CI為0.48~0.65)、230163_at(HR為0.56,95%CI為 0.48~0.66)高表達(dá)水平的患者具有較高的RFS(P<0.05,圖2)。

圖1 基于TCGA數(shù)據(jù)庫分析乳腺癌組織中GFRA1的表達(dá)

表2 不同受體與有無淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移乳腺癌患者癌組織中的GFRA1表達(dá)水平比較

表3 GFRA1表達(dá)水平與pCR的關(guān)系

表4 GFRA1表達(dá)水平與化療、內(nèi)分泌治療、靶向治療耐藥的關(guān)系

表4 GFRA1表達(dá)水平與化療、內(nèi)分泌治療、靶向治療耐藥的關(guān)系(續(xù)表4)

圖2 GFRA1基因片段與乳腺癌預(yù)后的關(guān)系

3 討論

本研究結(jié)果顯示,GFRA1在乳腺浸潤性導(dǎo)管癌、浸潤性小葉癌、導(dǎo)管原位癌患者癌組織中高表達(dá)。GFRA1表達(dá)水平與ER、PR表達(dá)水平呈正相關(guān),與HER?2、Ki?67表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)。Bhakta等[11]分析了113例乳腺癌組織發(fā)現(xiàn),70%Luminal A型表達(dá)GFRA1,13%三陰性乳腺癌表達(dá)GFRA1,3.5%HER?2過表達(dá)型表達(dá)GFRA1。Wu等[3]分析了159例乳腺癌患者和26例良性乳腺疾病患者,結(jié)果顯示GFRA1表達(dá)水平在乳腺癌組織中顯著升高,與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、高臨床分期、HER?2陽性狀態(tài)相關(guān)。Esseghir等[4]發(fā)現(xiàn)乳腺癌組織中GFRA1高表達(dá),在細(xì)胞膜上表達(dá),GFRA1 mRNA與淋巴管浸潤、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移、ER、PR表達(dá)水平呈正相關(guān),與EGFR、p53、MIB1表達(dá)水平呈負(fù)相關(guān)。

乳腺癌術(shù)后的治療措施有化療、內(nèi)分泌治療、放療和靶向治療,但這些治療措施并不能避免復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移,只在一定程度上延緩疾病的復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移?;熓侨橄侔┲饕委煷胧┲唬珿FRA1表達(dá)水平是否可以預(yù)測化療療效也是本研究的目的之一。Evans等[12]研究顯示,GFRA1自身抗體可作為評(píng)估乳腺癌治療效果的指標(biāo)之一?;谛螺o助化療數(shù)據(jù),GFRA1低表達(dá)乳腺癌患者易達(dá)到pCR,但是大部分研究差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,提示GFRA1表達(dá)水平預(yù)測pCR的價(jià)值存在爭議。在多柔比星乳腺癌耐藥細(xì)胞株中,GFRA1表達(dá)水平顯著下調(diào),說明GFRA1可能參與多柔比星的化療耐藥。

內(nèi)分泌治療是ER陽性乳腺癌患者的常用方案,主要包括卵巢功能抑制、抗雌激素藥物(他莫昔芬、托瑞米芬)、孕激素、雄激素、芳香化酶抑制劑(aroma?tase inhibitors,AI)。本研究顯示,他莫昔芬乳腺癌耐藥細(xì)胞株中GFRA1低表達(dá),說明GFRA1可能參與內(nèi)分泌治療耐藥。AI耐藥的細(xì)胞模型中GDNF信號(hào)顯著增強(qiáng),這可能是GDNF?RET信號(hào)通路的激活能促進(jìn)AI耐藥細(xì)胞的存活,并誘發(fā)AI敏感細(xì)胞的內(nèi)分泌治療抵抗[13]。因此,GFRA1可能參與乳腺癌內(nèi)分泌治療耐藥。

GFRA1抗體與乳腺癌發(fā)生呈負(fù)相關(guān),可作為乳腺癌篩選的標(biāo)志物之一[14]。Bhakta等[11]研制出裂解纈氨酸瓜氨酸偶聯(lián)的GFRA1抗體,可內(nèi)化到溶酶體,發(fā)揮靶向殺傷腫瘤細(xì)胞的作用。70%Lumina A型乳腺癌表達(dá)GFRA1,裂解纈氨酸瓜氨酸偶聯(lián)的GFRA1抗體是新型的靶向藥物,可以靶向殺傷Luminal A型乳腺癌細(xì)胞,改善其預(yù)后。Wu等[3]分析了159例乳腺癌和26例良性乳腺疾病患者,結(jié)果顯示GFRA1與乳腺癌預(yù)后呈負(fù)相關(guān),GFRA1表達(dá)水平與ER、HER?2陽性乳腺癌患者的OS和RFS無關(guān),與ER、HER?2陰性乳腺癌患者的OS和RFS呈負(fù)相關(guān)。本研究顯示,GFRA1高表達(dá)患者的OS和RFS高于低表達(dá)患者。GFRA1表達(dá)水平與乳腺癌患者預(yù)后顯著相關(guān),可以作為預(yù)測乳腺癌預(yù)后的標(biāo)志物之一。

本研究對(duì)GFRA1在乳腺癌診斷、治療和預(yù)后判斷中的價(jià)值進(jìn)行全面系統(tǒng)評(píng)估,基于生物信息學(xué)和大數(shù)據(jù)全面詳細(xì)分析GFRA1在乳腺癌中的臨床價(jià)值。本研究仍存在以下局限性:1)本研究納入的人群為乳腺癌患者,來自于不同的國家地區(qū),存在一定的異質(zhì)性。2)本研究僅分析GFRA1相關(guān)臨床研究結(jié)果,未對(duì)結(jié)果進(jìn)行合并,因此未進(jìn)行批次校正,在一定程度上可能影響結(jié)果的準(zhǔn)確性。3)基因芯片可能存在多個(gè)不同的基因片段,不同的基因片段的結(jié)果可能不一樣。

綜上所述,GFRA1在乳腺癌組織中高表達(dá),在不同類型乳腺癌中表達(dá)存在差異。GFRA1低表達(dá)的乳腺癌患者對(duì)他莫昔芬和多柔比星可能耐藥,且預(yù)后較差。GFRA1表達(dá)水平可以作為乳腺癌篩選、預(yù)后預(yù)測的標(biāo)志物之一。

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