吳學(xué)玲 吳曉燕 李交昆 申麗 余潤(rùn)蘭 曾偉民
(1. 中南大學(xué)資源加工與生物工程學(xué)院,長(zhǎng)沙 410083;2. 中南大學(xué)生物冶金教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,長(zhǎng)沙 410083)
降解四環(huán)素類抗生素的方式主要有以下兩種:一是生物降解,包括微生物降解和植物降解;二是非生物降解,如水解、氧化降解及光降解等[11]。Reyes等[12]分別用長(zhǎng)波紫外光、可見(jiàn)光和紫外光來(lái)照射四環(huán)素水溶液,發(fā)現(xiàn)加入TiO2后四環(huán)素的降解速率明顯高于不加。β-內(nèi)酰胺類和磺胺類抗生素在水中容易發(fā)生水解作用。臭氧的強(qiáng)氧化作用對(duì)四環(huán)素類抗生素的降解效率極高,Wu 等[13]發(fā)現(xiàn)20 mg/L的四環(huán)素經(jīng)過(guò)臭氧處理5 min以后能夠全部降解。抗生素在微生物作用下其殘留物的理化性質(zhì)及結(jié)構(gòu)發(fā)生改變,從大分子化合物降解為小分子化合物,最終轉(zhuǎn)變?yōu)镠2O和CO2,這一過(guò)程稱為抗生素的微生物降解。其中耐藥細(xì)菌起最重要的作用。成潔等[14]從長(zhǎng)期受四環(huán)素類抗生素污染的土壤中分離到一株能降解土霉素、四環(huán)素和金霉素的菌株,降解率分別為58.3%、63.9%和65.5%。微生物降解四環(huán)素具有操作方便、易于控制、效率高且不會(huì)造成二次污染等優(yōu)點(diǎn)。
本研究從長(zhǎng)期以四環(huán)素類抗生素為飼料添加劑的養(yǎng)豬廠糞便沉積池底部的污泥中篩選出一株能夠高效降解四環(huán)素的菌株,對(duì)其進(jìn)行分類鑒定,研究其對(duì)四環(huán)素的降解能力及最佳降解條件,初步探究其四環(huán)素耐藥基因。
1.1.1 樣品(土壤)來(lái)源 本實(shí)驗(yàn)樣品是從長(zhǎng)沙市某養(yǎng)豬廠(長(zhǎng)期用四環(huán)素類抗生素作為飼料添加劑)糞便沉積池底部污泥中取得的。土壤樣品用無(wú)菌自封袋裝好,置于-20℃的冰箱中待后續(xù)實(shí)驗(yàn)使用。
1.1.2 培養(yǎng)基 單一碳源培養(yǎng)基:EDTA 15 mg/L,ZnSO4·7H2O 4.5 mg/L,CaCl2·2H2O 4.5 mg/L,F(xiàn)eSO4·7H2O 3 mg/L,MnCl2·4H2O 1 mg/L,Na2MoO4·2H2O 0.4 mg/L,CuSO4·5 H2O 0.3 mg/L,KI 0.1 mg/L,(NH4)2SO45 g/L,KH2P043 g/L,MgS04·7H2O 0.5 g/L,pH 7.0-7.2,121℃高壓滅菌20 min。
篩選培養(yǎng)基:在滅菌單一碳源培養(yǎng)基中加入四環(huán)素母液(20 mg四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)品于1 mL甲醇中,充分溶解,用0.22 μm 已滅菌的尼龍過(guò)濾,現(xiàn)配現(xiàn)用)。
1.1.3 藥品 四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)品(C22H24N2O8·HCl),購(gòu)于上海源葉生物科技有限公司;甲醇(色譜純);乙腈(色譜純);磷酸二氫鈉(分析純)、草酸(分析純)、乙二胺四乙酸二鈉(Na2EDTA)(分析純)、檸檬酸(分析純);水為Millipore超純水。細(xì)菌基因組提取試劑盒和Taq DNA聚合酶均購(gòu)自天根生化科技(北京)有限公司。
1.將白菜切成寬約2厘米的條,海帶用開(kāi)水焯透,切成約1厘米的條。豬肉切成片備用,胡蘿卜切成片備用,蝦皮準(zhǔn)備好。
1.2.1 四環(huán)素降解菌的篩選及分離純化 用10 mL無(wú)菌水將0.1g污泥樣品制成懸液,混勻后靜置,向篩選培養(yǎng)基(四環(huán)素濃度20 mg/L)中加1 mL上清液,25℃,150 r/min 搖床中暗培養(yǎng),8 d后吸取0.5 mL培養(yǎng)液再次接種到篩選培養(yǎng)基(四環(huán)素濃度40 mg/L)中,其他條件不變,培養(yǎng)8 d。重復(fù)以上操作步驟,直至四環(huán)素終濃度為120 mg/L。富集結(jié)束后用稀釋涂布法和平板劃線法篩出能以四環(huán)素為唯一碳源的單菌落并分離、純化。
1.2.2 四環(huán)素降解菌的形態(tài)觀察和生理生化實(shí)驗(yàn) 將降解菌接種到篩選培養(yǎng)基平板上,25℃恒溫養(yǎng)2 d后革蘭氏染色,再用普通光學(xué)顯微鏡和掃描電鏡觀察菌體形態(tài)。對(duì)篩選出的四環(huán)素降解菌株進(jìn)行生理生化實(shí)驗(yàn),具體步驟可參考《伯杰氏細(xì)菌鑒定手冊(cè)》[15]和《常見(jiàn)細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》[16]來(lái)操作。
1.2.3 四環(huán)素降解菌16S rDNA 序列分析及菌株遺傳學(xué)分析 利用試劑盒提細(xì)菌基因組,以其DNA為模板進(jìn)行目的片段的擴(kuò)增。擴(kuò)增細(xì)菌基因組16S rDNA通用引物由上海權(quán)陽(yáng)生物科技公司合成。PCR 反應(yīng)體 系(50 μL):10×PCR 緩 沖 液 5 μL,dNTP(25 mmol/L)1.0 μL,上下游引物(20 mmol/L)各 1.0 μL, 模 板 DNA 1.0 μL,Mg2+(25 mmol/L)3.0 μL,Taq DNA聚合酶0.5 μL,加超純水補(bǔ)足至50 μL。反應(yīng)參數(shù)為:94℃預(yù)變性 5 min,94℃變性40 s,60℃退火40 s,72℃延伸1 min,30個(gè)循環(huán),72℃再延伸10 min,4℃保存10 min。用0.8%的瓊脂糖凝膠電泳對(duì)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行驗(yàn)證分析,再送樣測(cè)序。將所得菌株的16S rDNA序列在NCBI中作BLAST比對(duì),用Bioedit分析同源性和遺傳距離,最后在MEGA6.0軟件中繪制發(fā)育樹(shù)。
1.2.4 四環(huán)素殘留測(cè)定方法的建立——高效液相色譜法 色譜條件為色譜柱:C18柱;流動(dòng)相:乙腈和10 mmol/L磷酸二氫鈉(NaH2PO4)溶液;柱溫:30℃;檢測(cè)波長(zhǎng):360 nm。
用1 mL甲醇充分容解20 mg四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)品,即得20 mg/mL的四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)液,再用甲醇分別稀釋成25、20、15、10、5 mg/L等系列濃度,超聲排氣后用上面得到的色譜條件進(jìn)行檢測(cè),作標(biāo)準(zhǔn)曲線。
取5 mL培養(yǎng)液以8 000 r/min離心15 min。取4 mL上清液加入到含4 mL Na2EDTA-Mcllvaine緩沖液的離心管中,再加入正己烷和三氯甲烷各1 mL,振蕩2 min并超聲30 s,8000 r/min離心15 min,0.22 μm微孔濾膜過(guò)濾,密封4℃冷藏待測(cè)。
向不接菌的單一碳源培養(yǎng)基中加入四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)液制得四環(huán)素濃度為10 mg/L、40 mg/L溶液,旋渦混勻,同時(shí)用流動(dòng)相將四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)液配成對(duì)應(yīng)的標(biāo)準(zhǔn)工作液濃度,HPLC測(cè)定,回收率的計(jì)算公式為:回收率=A/As×100%(A和As分別是單一碳源培養(yǎng)基和相應(yīng)標(biāo)準(zhǔn)液中四環(huán)素的峰面積)。
1.2.5 培養(yǎng)溫度對(duì)四環(huán)素降解菌的生長(zhǎng)及其降解四環(huán)素的影響 菌的生長(zhǎng)用血細(xì)胞計(jì)數(shù)器測(cè)定。將四環(huán)素降解菌的接種液以3%的接種量接入四環(huán)素濃度為50 mg/L、初始pH為7.0的單一碳源培養(yǎng)基中,分別在20、25、30、35和40℃五個(gè)溫度下以轉(zhuǎn)速150 r/min搖床上暗培養(yǎng),每個(gè)樣品重復(fù)3次,培養(yǎng)8 d后測(cè)定四環(huán)素的降解率。
1.2.6 初始pH對(duì)四環(huán)素降解菌的生長(zhǎng)及其降解四環(huán)素的影響 將四環(huán)素濃度為50 mg/L的單一碳源培養(yǎng)基的初始pH值分別調(diào)至5.0、6.0、7.0、8.0和9.0,向培養(yǎng)基中加入3%的降解菌菌液,25℃,150 r/min搖床上黑暗培養(yǎng),每個(gè)樣品做3組平行,培養(yǎng)8 d后對(duì)四環(huán)素的降解率進(jìn)行測(cè)定。
1.2.7 培養(yǎng)時(shí)間對(duì)四環(huán)素降解菌的生長(zhǎng)及其降解四環(huán)素的影響 按3%的接種量將降解菌的接種液接入到四環(huán)素濃度為50 mg/L的篩選培養(yǎng)基中,調(diào)節(jié)初始pH到7.0,在溫度為25℃,150 r/min搖床上黑暗培養(yǎng),每個(gè)樣品重3次,在培養(yǎng)第2、4、6、8、10、12和14 d 后對(duì)菌株生長(zhǎng)量和四環(huán)素的降解率分別進(jìn)行測(cè)定。
1.2.8 降解菌的耐藥基因研究 選取兩種常見(jiàn)的四環(huán)素耐藥基因tet(D)和tet(E)[17]對(duì)降解菌進(jìn)行耐藥檢測(cè)。耐藥基因引物由上海權(quán)陽(yáng)生物科技公司合成。利用試劑盒提取降解菌基因組,以基因組DNA為模板進(jìn)行目的片段的擴(kuò)增。PCR產(chǎn)物電泳回收后送樣測(cè)序。四環(huán)素耐藥基因tet(D)和tet(E)的引物序列[17]見(jiàn)表1。
表1 四環(huán)素耐藥基因引物序列
富集、分離純化過(guò)后得到6株能夠降解四環(huán)素的菌株,選取其中降解效果較好的菌株XY-1做進(jìn)一步研究。菌株XY-1在單一碳源培養(yǎng)基平板上的菌落呈圓形、白色、不透明、邊緣整齊、表面粘稠。在掃描電鏡下為短桿狀,無(wú)芽孢(圖1)。生理生化鑒定結(jié)果(表2)顯示,為革蘭氏陰性菌,淀粉水解、接觸酶、葡萄糖、尿素、V.P、硝酸鹽還原為陽(yáng)性,過(guò)氧化氫酶、氧化酶、M.R、明膠液化等為陰性。
菌株16S rDNA片段經(jīng)PCR擴(kuò)增,瓊脂糖凝膠電泳驗(yàn)證后,由測(cè)序公司完成測(cè)序工作。獲得16S rDNA的PCR擴(kuò)增產(chǎn)物長(zhǎng)度為1 381 bp,將其序列輸入GenBank后,用BLAST軟件比對(duì)分析序列同源性,在MEGA6.0軟件中對(duì)同源性較近的細(xì)菌繪制系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(圖2)。綜合菌株形態(tài)特征、生理生化鑒定及16S rDNA序列分析[18]得出四環(huán)素降解菌XY-1在分子系統(tǒng)發(fā)育分類上屬于拉烏爾菌屬(Raoultellasp.),與植生拉烏爾菌(Raoultella planticola)相似度為99%,將其命名為Raoultellasp.XY-1。
圖1 掃描電子顯微鏡下XY-1的形態(tài)
表2 菌株XY-1的生理生化特性
本實(shí)驗(yàn)選用了含有EDTA的弱酸性溶劑0.1 mol/L EDTA-Mcllvaine緩沖液(pH 4.0)作為提取溶劑,提取效果好。對(duì)四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)品進(jìn)行全波長(zhǎng)紫外掃描,發(fā)現(xiàn)四環(huán)素在360 nm處有一個(gè)吸收峰,經(jīng)HPLC檢測(cè),基線平穩(wěn),峰形較好,所以選擇360 nm為檢測(cè)波長(zhǎng)。
HPLC檢測(cè)四環(huán)素系列濃度標(biāo)準(zhǔn)液結(jié)果見(jiàn)表3。四環(huán)素標(biāo)準(zhǔn)品的相對(duì)保留時(shí)間為13.75 min,利用四環(huán)素的系列濃度為橫坐標(biāo),對(duì)應(yīng)的峰面積為縱坐標(biāo),進(jìn)行相關(guān)性分析之后得出四環(huán)素回歸方程y=94.186x-327.46,相關(guān)系數(shù)R2=0.995 2。結(jié)果表明四環(huán)素進(jìn)樣濃度與峰面積有良好的線性關(guān)系,滿足四環(huán)素定量分析要求,符合檢測(cè)條件。
表3 四環(huán)素的峰面積
空白培養(yǎng)基中四環(huán)素在10、40 mg/L兩個(gè)濃度下的回收測(cè)定結(jié)果,見(jiàn)表4。在兩個(gè)濃度下的平均回收率分別為87.86%和91.92%,變異系數(shù)為1.45%和1.43%。
表4 培養(yǎng)基中的四環(huán)素回收率
降解菌XY-1的生長(zhǎng)受溫度影響較大,在20℃和40℃時(shí)生長(zhǎng)量很低,僅為3.2×109和1.8×109,25℃左右時(shí)生長(zhǎng)量最高,活性最好,細(xì)菌濃度為6.63×109。降解菌XY-1的降解率在20℃-25℃之間隨著溫度的升高而升高,在25℃時(shí)四環(huán)素的降解率達(dá)到70.68%,在25℃-40℃之間先保持平穩(wěn)最后緩慢降低(圖3)。由于四環(huán)素在高溫下結(jié)構(gòu)不穩(wěn)定易于水解,加速了降解,所以在30-40℃之間降解率并沒(méi)有隨著菌體數(shù)量大幅度下降而顯著降低。結(jié)合菌株的生長(zhǎng)情況,選擇25℃為適宜的培養(yǎng)溫度。
圖3 溫度對(duì)降解菌XY-1的生長(zhǎng)及降解四環(huán)素的影響
適當(dāng)?shù)膒H值既能保證微生物的生長(zhǎng)速度,也能保證其降解酶的活性。本實(shí)驗(yàn)中當(dāng)pH為5和9時(shí)菌株的生長(zhǎng)受到明顯抑制,細(xì)菌濃度分別為2.7×109和3.8×109,pH為7時(shí)菌株生長(zhǎng)最旺盛,細(xì)菌濃度為6.6×109,此時(shí)降解率也最高,達(dá)到70.68%,得出pH值對(duì)降解菌XY-1的生長(zhǎng)及降解率的影響都呈現(xiàn)先增長(zhǎng)后下降的趨勢(shì)(圖4)。分析是由于四環(huán)素在堿性條件下不穩(wěn)定,易發(fā)生C環(huán)破壞,所以出現(xiàn)了降解率降低的速率沒(méi)有菌體數(shù)量減少快的情況。所以選擇初始pH值為7時(shí)菌株生長(zhǎng)量最大且四環(huán)素降解最快。
圖4 pH對(duì)降解菌XY-1的生長(zhǎng)及降解四環(huán)素的影響
在以四環(huán)素為單一碳源的培養(yǎng)基中降解菌XY-1的生長(zhǎng)在第4天進(jìn)入對(duì)數(shù)期,第8天生物量達(dá)到6.7×109,隨后進(jìn)入穩(wěn)定期。對(duì)四環(huán)素的降解率隨著培養(yǎng)時(shí)間的延長(zhǎng)而增長(zhǎng),在第8天之前降解率增長(zhǎng)顯著,第8 天的降解率達(dá)到70.68%,8 d以后略有增長(zhǎng),趨于平穩(wěn),增長(zhǎng)速率大大降低(圖5)。因此,綜合考慮選擇第8天測(cè)量數(shù)據(jù)來(lái)衡量菌株生長(zhǎng)及降解率比較合理。
圖5 培養(yǎng)時(shí)間對(duì)降解菌XY-1的生長(zhǎng)及降解四環(huán)素的影響
本研究通過(guò)PCR擴(kuò)增、電泳驗(yàn)證、切膠回收及送樣測(cè)序,最終在四環(huán)素降解菌Raoultellasp.XY-1中檢測(cè)到了耐藥基因tet(D)和tet(E)(圖6),序列長(zhǎng)度分別為1 161 bp和778 bp,使得該菌株表現(xiàn)出強(qiáng)的耐受性。已被國(guó)內(nèi)外報(bào)道并命名過(guò)的四環(huán)素耐藥基因有幾十種,多數(shù)為tet耐藥基因,還有的是otr耐藥基因。按照耐藥性機(jī)制的不同分為外排泵機(jī)制、核糖體保護(hù)機(jī)制、基因修飾或鈍化四環(huán)素分子的酶降解機(jī)制和其他機(jī)制。而tet(D)和tet(E)基因就屬于外排泵機(jī)制,負(fù)責(zé)編碼膜相關(guān)蛋白,可以將四環(huán)素分子排出細(xì)胞外,降低了細(xì)胞內(nèi)的濃度保護(hù)了胞內(nèi)的核糖體,避免四環(huán)素藥物的作用影響,從而產(chǎn)生耐藥性。
圖6 tet(D)和tet(E)基因PCR鑒定結(jié)果
隨著獸藥、農(nóng)藥等長(zhǎng)期大量施用四環(huán)素類抗生素,殘留四環(huán)素在環(huán)境中降解、遷移,最終對(duì)環(huán)境生物造成的影響和對(duì)人類健康構(gòu)成的威脅越來(lái)越多,利用降解菌降解抗生素殘留物是目前最為經(jīng)濟(jì)有效的方法,因此發(fā)掘新的四環(huán)素高效降解菌對(duì)于去除四環(huán)素類抗生素在環(huán)境中的殘留,保障人們的身體健康,提高環(huán)境質(zhì)量,保護(hù)生態(tài)平衡及對(duì)畜牧業(yè)的可持續(xù)發(fā)展均具有重要的科學(xué)意義和應(yīng)用價(jià)值。
本研究篩選到一株能降解四環(huán)素的拉烏爾菌Raoultellasp.XY-1。2001年,Olson等學(xué)者[19]成立了拉烏爾菌屬,包括解鳥(niǎo)氨酸拉烏爾菌、植生拉烏爾菌和土生拉烏爾菌3個(gè)種屬。據(jù)報(bào)道該屬中某些菌具有產(chǎn)生表面活性劑的能力[20],表面活性劑可以增加污染物的傳遞速率[21];葛超榮等[22]也分離出2株能夠產(chǎn)KPC酶的植生拉烏爾菌,都能耐受多種藥物。根據(jù)國(guó)內(nèi)外報(bào)道,已有一些能降解四環(huán)素類抗生素的微生物,例如Huang[23]從生產(chǎn)四環(huán)素的藥渣中分離得到一株能夠降解四環(huán)素的酵母菌Trichosporon mycotoxinivoransXPY-10;王志強(qiáng)等[24]篩選出土霉素降解菌蠟樣芽孢桿菌;馬志強(qiáng)等[25]篩選到一株無(wú)丙二酸檸檬酸桿菌,該菌對(duì)藥渣中殘留四環(huán)具有高效降解作用;許曉玲等[26]篩選到2株四環(huán)素降解菌株,分別為缺陷短波單胞菌和人蒼白桿菌等,總體而言并不多,有關(guān)拉烏爾菌降解四環(huán)素的研究還未見(jiàn)報(bào)道。本研究首次發(fā)現(xiàn)拉烏爾菌屬Raoultellasp.XY-1可以高效降解四環(huán)素,其降解率在70%以上,說(shuō)明它是一種非常有潛力的微生物菌種資源。
培養(yǎng)溫度、初始pH及培養(yǎng)時(shí)間對(duì)四環(huán)素降解菌XY-1的生長(zhǎng)和降解率都有顯著影響,在25℃左右時(shí)生長(zhǎng)量最高,活性最好,降解率達(dá)到最高70.68%。趙永斌等[27]研究了四環(huán)素類抗生素降解菌木糖氧化無(wú)色桿菌和枯草芽孢桿菌對(duì)四環(huán)素的降解率受溫度的影響情況,也發(fā)現(xiàn)隨溫度升高其降解率先升高然后保持平穩(wěn)最后緩慢降低的趨勢(shì),且在最佳溫度下菌株對(duì)四環(huán)素類抗生素的降解率在68%左右。本研究還發(fā)現(xiàn)pH對(duì)降解菌XY-1的生長(zhǎng)及降解率的影響都呈現(xiàn)先增長(zhǎng)后下降的趨勢(shì),pH值為7時(shí)菌株生長(zhǎng)量最大且四環(huán)素降解最快。于浩等[28]研究畜禽糞便無(wú)害化處理中高效降解菌短波單孢菌對(duì)四環(huán)素類抗生素土霉素的降解率亦隨pH值呈現(xiàn)先增大再降低的趨勢(shì),且pH為7是其最適pH,與本文研究得出的結(jié)果相一致。降解菌XY-1對(duì)四環(huán)素的降解率在第8d時(shí)達(dá)到70.68%,隨后略有增長(zhǎng)再趨于穩(wěn)定,呈現(xiàn)出隨培養(yǎng)時(shí)間的延長(zhǎng)先增大后平穩(wěn)的變化趨勢(shì)與Leng等[29]研究四環(huán)素高效降解菌嗜麥芽窄食單胞菌隨時(shí)間的降解率趨勢(shì)類似。
抗生素的微生物降解是指在微生物作用下,將抗生素殘留物從大分子化合物降解為小分子化合物,最后生成CO2和H2O,實(shí)現(xiàn)對(duì)環(huán)境污染的無(wú)害化處理。由于降解抗生素的細(xì)菌首先需要在抗生素存在條件下存活才能發(fā)揮其降解作用,所以能夠?qū)股仄鸾到庾饔玫模蠖嗍悄退幖?xì)菌[30]。許多抗生素含有易水解的敏感化學(xué)鍵(如酯健和酰胺鍵),而耐藥菌通常含有消除這些脆弱化學(xué)鍵的酶,可以直接破壞和修飾抗生素,從而摧毀這些抗生素的活性。本研究在Raoultellasp.XY-1中首次檢測(cè)到了2種四環(huán)素耐藥基因tet(D)和tet(E),說(shuō)明該菌具有對(duì)四環(huán)素耐藥的分子基礎(chǔ),使其具備了降解四環(huán)素的前提和可能性,有助于在分子水平上進(jìn)一步探究Raoultellasp.XY-1對(duì)四環(huán)素的降解轉(zhuǎn)化機(jī)制。
本實(shí)驗(yàn)從利用四環(huán)素類抗生素作為飼料添加劑的養(yǎng)豬廠底泥中篩選獲得一株能夠高效降解四環(huán)素的細(xì)菌XY-1,經(jīng)鑒定為Raoultellasp.XY-1。當(dāng)該菌株在四環(huán)素濃度為50 mg/L時(shí),溫度為25℃、初始pH為7的單一碳源培養(yǎng)基中,暗培養(yǎng)8 d時(shí)細(xì)菌生長(zhǎng)量最大且四環(huán)素降解率最高達(dá)70.68%。首次在該菌中檢測(cè)到2種四環(huán)素耐藥基因tet(D)和tet(E)。
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