桂子昌　李猛　張曉東

摘 要：GrDXR基因功能分析是揭示滇龍膽中MEP途徑的基礎(chǔ)，試驗(yàn)提取滇龍膽總RNA，通過RT-PCR技術(shù)進(jìn)行進(jìn)行擴(kuò)增，所獲得片段連接T載體后，進(jìn)行測序，并進(jìn)行序列分析。結(jié)果獲得了279 bp的基因片段，將測序結(jié)果與原基因序列進(jìn)行比對，確認(rèn)序列為GrDXR基因特異片段，為闡明其基因功能奠定基礎(chǔ)。

關(guān)鍵詞：滇龍膽；GrDXR基因；特異性片段；基因克隆

中圖分類號： Q785 文獻(xiàn)標(biāo)識碼： A DOI 編碼：10.3969/j.issn.1006-6500.2018.03.002

Abstract： The functional analysis of GrDXR gene is the basis of revealing the MEP pathway in Gentiana rigescens. Total RNA was extracted from Gentiana rigescensby experiment， and the fragment was obtained by RT-PCR technology， then it was sequenced and analyzed after ligating into T vector. Results showed that 279 bp gene specific fragment was obtained， and was verified by alignment with the original gene， which would pave ways for the functional elucidation of this gene.

Key words： Gentiana rigescens；GrDXR gene； specific fragment； gene cloning

滇龍膽（Gentiana rigescens Franch.）為多年生草本植物，主要分布于云南、四川等地，其根部用來治療肝炎和膽囊炎[1-2]。目前，由于滇龍膽市場需求量逐年增加，野生滇龍膽遭到人為大肆破壞[3]。從合成生物學(xué)角度來看，滇龍膽主要藥效成分為龍膽苦苷，要大量合成龍膽苦苷，首先必須先弄清龍膽苦苷的生物合成途徑及其調(diào)控機(jī)理[4]。1-脫氧-D-木酮糖5-磷酸還原異構(gòu)酶（GrDXR）能夠催化1-脫氧-D-木酮糖5-磷酸（DXP）生成2-C-甲基-D-赤蘚糖醇-4-磷酸（MEP），是龍膽苦苷生物合成中MEP途徑的重要限速酶[5]，對GrDXR進(jìn)行基因功能分析是揭示滇龍膽中MEP途徑的基礎(chǔ)。RNAi是指利用一段特異的雙鏈RNA或單鏈反義RNA通過注射、轉(zhuǎn)染或轉(zhuǎn)基因的方法導(dǎo)入到細(xì)胞或模式生物體內(nèi)，啟動(dòng)一套信號通路來最終降解與這段RNA對應(yīng)的mRNA，使該mRNA無法翻譯成蛋白質(zhì)，從而在mRNA層面阻斷對應(yīng)基因的功能[6]。研究表明RNAi技術(shù)是驗(yàn)證基因功能的重要手段[7]，RNAi干擾的特異性和干擾效率取決于所選序列的特異性[7]。本研究采用比對分析的方法，獲得GrDXR基因序列的特異性片段，通過PCR技術(shù)對該片段進(jìn)行擴(kuò)增，然后進(jìn)行TA克隆，最后通過測序手段確認(rèn)已獲得GrDXR基因的特異性片段，旨在為GrDXR基因功能的解析奠定基礎(chǔ)。

1 材料和方法

1.1 材 料

1.1.1 植物材料 植物材料為滇龍膽（G. rigescens Franch.ex Hemsl）無菌苗，來自玉溪師范學(xué)院分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)室。

1.1.2 生化試劑及試劑盒 氯仿、異丙醇、無水乙醇、ddH2O、Amp、TAE、2M醋酸鈉、MAX DNA Polymerase、質(zhì)粒抽提溶液SolutionⅠ、SolutionⅡ、SolutionⅢ、Tris-HCl、RNaseA、TE緩沖液、50%滅菌甘油、DNA Marker、LB液體培養(yǎng)基、瓊脂等。

1.1.3 質(zhì)粒和載體 克隆載體pMD19-T Vector 購自Takara公司用于TA克隆，大腸桿菌（Escherichia coli）感受態(tài)細(xì)胞DH 5α購自全氏金公司。

1.1.4 主要儀器設(shè)備 全套移液器、離心管、電熱恒溫水槽、高速離心機(jī)、掌上離心機(jī)、凝膠成像系統(tǒng)、冷藏柜、制冰機(jī)、超純水系統(tǒng)、高壓滅菌鍋、電熱恒溫干燥箱、微波爐、電泳槽、梳齒、配套的制膠槽、電子天平、金屬浴、研缽、刀片、PCR儀、搖床培養(yǎng)箱、超凈臺等。

1.2 方 法

1.2.1 RNA提取、逆轉(zhuǎn)錄和PCR擴(kuò)增 RNA提取、逆轉(zhuǎn)錄過程參照張曉東等[5]文獻(xiàn)，按照MAX DNA Polymerase使用說明，取出PCR所需試劑，置于冰上，PCR反應(yīng)體系如下：cDNA 模板2 μL，MAX DNA Polymerase12.5 μL，基因特異引物F（10 μM）1 μL，基因特異引物R（10 μM）1 μL，ddH2O8.5 μL?？偣?5 μL。向PCR管內(nèi)分別加入引物信息：

RNAiDXR-F：GGATCCACATTGCCCTGGCTAACAAGG；

RNAiDXR-R：CTCGAGAATCGACGGTAATCT-

TCTTCCC。

PCR反應(yīng)條件：（98 ℃ 10 s → 59 ℃ 15 s → 72 ℃ 5 s ）× 35

PCR加尾：

Taq 1 μL

10×Buffer 3 μL

dATP 1 μL

PCR產(chǎn)物 25 μL 72 ℃ 30 min

1.2.2 瓊脂糖凝膠電泳 （1）瓊脂糖凝膠的制備。稱0.3 g瓊脂糖粉于錐形瓶，加入DNA電泳緩沖液1×TAE 30 mL，微波爐加熱溶解。待凝膠液稍冷卻至60 ℃后加入EB 2 μL，搖勻，倒膠。

（2）上樣。將DNA或RNA樣品與1/6總體積的6×Loding buffer混合，再加入1×TAE使體系總體積至20 μL。

（3）電泳。電壓5～8 V·cm-1，根據(jù)指示劑位置判定停止電泳后，在凝膠成像系統(tǒng)進(jìn)行結(jié)果觀測。

1.2.3 目的DNA片段回收 （1）在紫外燈下將含有目的片段瓊脂糖凝膠用刀片切下來，此時(shí)注意盡量切除不含目的片段的凝膠，以提高DNA回收率。將其切碎，置于帶孔和石英棉的0.5 mLEP管中。

（2）將0.5 mL EP管置于1.5 mLEP中，室溫12 000 rpm離心15 min。

（3）取出0.5 mL EP管，將上清轉(zhuǎn)到新的EP管中。

（4）若有凝膠殘留，可液氮冷凍后，室溫12 000 rpm離心15 min。

（5）將收集到的溶膠液中，加入1/10體積的3M NaAc和等體積的異丙醇混合均勻，置于-20 ℃沉淀30 min。

（6）4 ℃，12 000 rpm離心20 min。

（7）棄上清，使用75%乙醇清洗2次。

（8）用槍吸去可見的殘留酒精，室溫自然干燥3～5 min，用適量的1×TE（pH值8.0）或ddH2O溶解，-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>

1.2.4 目的片段TA克隆 采用pMD19-T vector kit （Takara），反應(yīng)體系如下：目的片段DNA（0.1～0.2 pmol）2.5 μL，T-載體（50 μg·mL-1）0.5 μL，Ligation Solution L3 μL，ddH2O2.5 μL。金屬浴16℃過夜連接12 h。

1.2.5 質(zhì)粒DNA熱激轉(zhuǎn)化 （1）將50 μL大腸桿菌感受態(tài)細(xì)胞DH5α加入質(zhì)粒6 μL體系中。

（2）冰浴20 min，42 ℃熱刺激45 s，冰浴2 min。

（3）加入890 μL SOC，37 ℃搖床200 rpm 45～60 min。

（4）培養(yǎng)結(jié)束后，10 000 rpm離心1 min。

（5）在超凈臺上吸去上清，剩余約0.1 mL時(shí)，用槍混勻，接入帶有Amp抗性的LB平板上，用無菌三角玻璃棒涂布均勻。

（6）37 ℃過夜培養(yǎng)。

1.2.6 質(zhì)粒抽提 （1）取2.0 mL培養(yǎng)物于EP管中，室溫12 000 rpm離心1 min。

（2）棄上清，將EP管倒扣到衛(wèi)生紙上除盡上清，加入SolutionⅠ200 μL，劇烈振蕩懸浮菌體后，加入SolutionⅡ400 μL顛倒離心管5～6次。

（3）加入Solution Ⅲ 300 μL，振蕩，再加入25 μL氯仿：異戊醇（24：1）混勻，室溫13 000 rpm離心10 min。

（4）轉(zhuǎn)移上清于一個(gè)潔凈離心管中，加異丙醇550 μL（等體積）混勻，-20 ℃靜置10 min，然后13 000 rpm，4 ℃離心15 min。

（5）棄上清，用75%乙醇1 mL清洗沉淀，然后12 000 rpm，4 ℃離心5 min。

（6）真空干燥沉淀2 min后，加20 μL含有RNaseA（20 μg·mL-1）的1×TE溶解。

（7）取2 μL在1%的瓊脂糖凝膠上電泳檢測結(jié)果，其余-20 ℃保存。

1.2.7 質(zhì)粒PCR檢測 以挑取菌落的菌液為模板，使用Taq酶、△DXR片段引物、dNTP、Buffer等，進(jìn)行PCR檢測，PCR產(chǎn)物使用瓊脂糖凝膠電泳進(jìn)行檢測。

1.2.8 測序檢測 對PCR檢測正確的克隆，取2 μL菌液，接種于3 mL LB+Amp液體培養(yǎng)基中，37 ℃ 200 rpm·min-1搖菌12 h后，取1 mL寄送上海進(jìn)行DNA測序。

2 結(jié)果與分析

2.1 特異片段擴(kuò)增

以滇龍膽葉片cDNA為模板，使用GrDXR基因特異片段△DXR引物擴(kuò)增，結(jié)果擴(kuò)增到300 bp大小的片段（圖1）。

2.2 連接、轉(zhuǎn)化與重組質(zhì)粒的篩選

目的片段膠回收后，連接至19T載體，通過熱激轉(zhuǎn)化，涂布到帶Amp抗性的LB平板上，37 ℃過夜培養(yǎng)，挑白色菌落，進(jìn)行搖菌。通過SDS堿裂解法提取質(zhì)粒DNA后，使用PCR進(jìn)行檢測，檢測結(jié)果如圖2，表明所挑克隆全部正確。

2.3 測序結(jié)果分析

隨機(jī)選擇PCR檢測正確的克隆E1、E6和E9，送上海生工進(jìn)行測序，結(jié)果表明只有E6正確，序列如下：

ZB03190283（E6）M13+_J_B10（19T-△DXR）GGGTTCCTTCGGTCAGTTGTATTAGACTCGGTACG

CGCGGATCTTCCAGAGATTGGATCCACATTGCCCT

GGCTAACAAGGAGACACTAATTGCTGGTGGTCCTT

TTGTTCTTCCTTTGGCGCAAAAGATAATGTTAAGA

TTTTGCCTGCTGATTCAGAACATTCTGCTATATTTC

AGTGTATACAAGGTTTGCCTGAGGGTGCTCTAAGG

CGTATTATTTTAACTGCATCTGGCGGTTCTTTCAGG

GATTGGCCTGTTGAGAAATTGAAAGAAGTTAAGG

TAGCAGATGCCTTGAAGCATCCCAATTGGAACAT

GGGGAAGAAGATTACCGTCGATTCTGAGAATCGT

CGAACGGCAGGCG

其中，加粗部分分別為酶切位點(diǎn)BamHI和XhoI，下劃線部分為GrDXR基因特異性片段△DXR。

3 討 論

在萜類生物合成過程中，DXR能夠催化DXP生產(chǎn)MEP，該反應(yīng)能夠被來自于鏈霉菌的膦胺霉素所抑制[8]。由于DXR是龍膽苦苷生物合成途徑中的關(guān)鍵酶[4]，研究GrDXR基因功能，有助于龍膽苦苷生物合成途徑的解析，能夠?yàn)橥ㄟ^合成生物學(xué)途徑合成目標(biāo)產(chǎn)物奠定基礎(chǔ)。同時(shí)，大多數(shù)細(xì)菌和頂福門寄生蟲都使用唯一的MEP途徑合成萜類化合物，而人類和動(dòng)物使用甲羥戊酸途徑合成萜類，因此，研究害蟲和植物的DXR蛋白，有助于各種抗菌劑的研發(fā)。目前，DXR基因在弓形蟲[9]、鐵皮石斛[10]、玫瑰[11]、白木香[12]、丹參[13]、滇龍膽[5]等許多物種中已被克隆和研究，但是GrDXR基因的功能尚不清楚。探究一個(gè)基因功能，一般需要進(jìn)行三方面的研究：（1）過表達(dá)，即讓目的基因在生物體內(nèi)大量表達(dá)，檢測表型變化和生理生化變化；（2）敲除，即除去該基因，可以從DNA、RNA水平上進(jìn)行移植或敲除，檢測表型變化和生理生化變化，RNAi技術(shù)是在RNA水平對基因表達(dá)進(jìn)行抑制；（3）互補(bǔ)試驗(yàn)，即將目的基因轉(zhuǎn)入該類基因的突變體，看是否能夠恢復(fù)野生型。RNAi方法屬于第二方面的研究，研究表明RNAi方法的優(yōu)點(diǎn)是試驗(yàn)周期較短，缺點(diǎn)是有時(shí)特異性不夠強(qiáng)[6]。在RNAi技術(shù)中，所選基因序列的特異性決定其干擾特異性與干擾效率[7]。本研究通過選取GrDXR基因片段，與滇龍膽轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行比對分析，獲得該基因特異性片段序列，從而保證了基因片段的特異性，并進(jìn)行克隆，為通過RNAi技術(shù)研究GrDXR基因功能奠定基礎(chǔ)。

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