李 群,張文蘭,田 茜,段乃彬,戴 雙,鄧翠霞,顏挺進(jìn)
(山東省農(nóng)作物種質(zhì)資源中心,山東 濟(jì)南250100)
先玉696和先玉335都是鐵嶺先鋒種子研究有限公司選育的國審玉米雜交種,具有高產(chǎn)、穩(wěn)產(chǎn)、適應(yīng)性廣、熟期適中、株型合理、籽粒品質(zhì)好、脫水快,出籽率高等優(yōu)點(diǎn),而先玉696更有著比先玉335抗倒伏、抗病性能高的優(yōu)勢,深受農(nóng)民喜愛,推廣面積逐年加大。
然而先玉696和先玉335有著相同的母本,不僅從種子外觀上二者無任何差異(見圖1),而且利用蛋白質(zhì)電泳技術(shù)進(jìn)行鑒別,由于蛋白質(zhì)是基因經(jīng)過轉(zhuǎn)錄后的次生產(chǎn)物,在對遺傳基礎(chǔ)相近的品種鑒定時(shí)具有一定的局限性[1],同樣也是無法區(qū)分先玉696和先玉335(見圖2)。SSR分子標(biāo)記技術(shù)廣泛應(yīng)用于品種鑒定和純度檢測研究中,具有數(shù)量豐富、多態(tài)性高、遺傳上呈共顯性、擴(kuò)增穩(wěn)定、引物序列易于交流,而且所需DNA數(shù)量少,質(zhì)量要求不高,檢測容易,重復(fù)性好等特點(diǎn)[13]。本實(shí)驗(yàn)是在已有的研究基礎(chǔ)上,選取多態(tài)性、穩(wěn)定性好、效率高的引物用于鑒別相似品種先玉335與先玉696,取得了良好的效果,以期為同行在工作實(shí)踐中提供一個(gè)快捷的途徑。
先玉696和先玉335玉米雜交種,由本中心實(shí)驗(yàn)室提供。
根據(jù)《玉米品種鑒定技術(shù)規(guī)程SSR標(biāo)記法》(NY/T 1432—2014)[4]中提供的20對核心引物中選取了多態(tài)性高的phil 065 k 9玉米SSR引物。引物序列由上海博亞生物技術(shù)有限公司合成。
1.3.1 DNA提取
提取技術(shù)采用 Weising等[5]研制的CTAB法并稍加改進(jìn)。剪取25℃條件下發(fā)芽4 d的種子幼苗150 mg,置于1.5 m L離心管中,加入400μL DNA提取液[2% (W/V)CTAB,1.4 mol/L NaCl,20 mmol/L EDTA,100 mmol/L TrisHCl p H=8.0,1%PVP],磨碎,置于65℃水浴30 min。加入400μL 24∶1氯仿異戊醇(V/V),振蕩混勻。室溫下10 000 r/min離心5 min。將上清液200μL轉(zhuǎn)入1.5 m L離心管,加入200μL冰冷乙醇沉淀DNA。10 000 r/min離心1 min,倒去上清液,加入500μL乙醇乙酸氨溶液(70%乙醇,10 mmol/L乙酸氨),離心收集沉淀(5 min,10 000 r/min)。加入100μL TE(p H=8.0)溶解DNA[6]。
圖1 先玉335與先玉696種子形態(tài)比較
圖2 先玉334與先玉696蛋白質(zhì)電泳圖譜比較
1.3.2 DNA質(zhì)量檢測
分別對提取的DNA進(jìn)行質(zhì)量檢測,取5μL DNA溶液在0.8%瓊脂糖凝膠中電泳15 min,利用凝膠成像系統(tǒng)拍照記錄[6]。
1.3.3 PCR擴(kuò)增反應(yīng)
PCR擴(kuò)增反應(yīng)采用25μL的反應(yīng)體系,包括10 mmol/L TrisHCl,50 mmol/L KCl,3.0 mmol/L MgCl2,0.4μmol/L SSR 引 物,0.25 mmol/L d NTP,1.0單位TaqDNA聚合酶,5μL DNA溶液。反應(yīng)程序?yàn)椋?6℃,預(yù)變性2 min;94℃,45 s,55℃,1 min,72℃,45 s,反應(yīng)35個(gè)循環(huán);72℃,延伸2 min。PCR儀為Rapid Cycler(美國Idaho Technology公司生產(chǎn))[6]。
1.3.4 擴(kuò)增產(chǎn)物檢測
采用多功能電泳儀(北京六一儀器廠生產(chǎn))和與之配套的雙垂直夾芯式電泳槽。8%非變性聚丙烯酰胺凝膠,160 V進(jìn)行電泳,1 h結(jié)束。銀染:1)固定:含10%乙醇和0.5%冰乙酸溶液中浸泡5 min;2)滲透:0.1%硝酸銀溶液中浸泡10 min;3)漂洗:將膠片移入蒸餾水中洗滌3~5 s;4)顯色:將膠片移入顯色液(含1.5%NaOH和1%甲醛)中輕輕搖晃,直至顯現(xiàn)出清晰譜帶,即可終止顯色,馬上用流動(dòng)的自來水沖洗膠片數(shù)分鐘。
1.3.5 結(jié)果判定
參照《玉米品種鑒定技術(shù)規(guī)程SSR標(biāo)記法》(NY/T 1432—2014)進(jìn)行判定。
DNA提取是SSR分子標(biāo)記的基礎(chǔ),SSR標(biāo)記對DNA的數(shù)量及質(zhì)量要求不高[1],即使部分DNA降解也能通過PCR反應(yīng)擴(kuò)增出來。將提取的DNA溶液于0.8%瓊脂糖凝膠上檢測,結(jié)果如圖3所示,1~10各有1條清晰完整的亮帶,盡管有部分有少量降解現(xiàn)象,但都能滿足SSR鑒定玉米品種真實(shí)性的要求。
圖3 先玉335和先玉696 DNA瓊脂糖凝膠檢測結(jié)果
引物是進(jìn)行SSR分子標(biāo)記的前提。選擇適合的多態(tài)性高的引物可有效地提高工作效率,節(jié)省成本[6]。根據(jù)以往的工作經(jīng)驗(yàn),從《玉米品種鑒定技術(shù)規(guī)程SSR標(biāo)記法》(NY/T 1432—2014)中提供的20對核心引物中選取了編號為17的phil 065 k 9引物,如表1。
表1 引物的選用
從引物phil 065對先玉335和先玉696擴(kuò)增產(chǎn)物電泳結(jié)果(圖2)可看出,在箭頭所指處先玉696有2個(gè)位點(diǎn)與先玉335存在明顯差異,上部位點(diǎn)的2條譜帶比先玉335的距離稍近些,而先玉335的2條譜帶的距離則稍寬些;在下部位點(diǎn)先玉696的2條譜帶距離非常接近,而先玉335在同位點(diǎn)的2條譜帶距離較遠(yuǎn),由于先玉696與先玉335有著相同的母本,因此在這2個(gè)位點(diǎn)都有與先玉335共有的譜帶,而由于父本不相同,因此在親本共顯的2條譜帶中,顯示出了父本譜帶的不同。
根據(jù)中華人民共和國農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《玉米品種鑒定技術(shù)規(guī)程SSR標(biāo)記法》(NY/T 1432—2014)的判定標(biāo)準(zhǔn),1)當(dāng)品種間差異位點(diǎn)數(shù)≥2,判定為不同品種;2)當(dāng)品種間差異位點(diǎn)數(shù)=1,判定為相近品種;3)當(dāng)品種間差異位點(diǎn)數(shù)=0,判定為極近似或相同品種。本實(shí)驗(yàn)中由一對引物擴(kuò)增后出現(xiàn)了2個(gè)位點(diǎn)的差異,可以很明確的判別先玉335與先玉696。
圖4 先玉335和先玉696 DNA擴(kuò)增產(chǎn)物檢測結(jié)果
3.1 利用SSR分子標(biāo)記技術(shù)鑒定品種真實(shí)性,引物篩選是關(guān)鍵。許多研究者做了大量的工作,在DNA提取、PCR反應(yīng)程序、擴(kuò)增產(chǎn)物的檢測等環(huán)節(jié)中不斷完善和優(yōu)化[711],但是對于適合的引物的篩選卻是無法繞開的關(guān)鍵一步,常常要耗費(fèi)大量的時(shí)間和財(cái)力。因此,選用多態(tài)性高的引物進(jìn)行鑒定,可有效地提高工作效率,降低成本。在本實(shí)驗(yàn)中,根據(jù)以往的工作基礎(chǔ),僅選用一種多態(tài)性高、重復(fù)性、穩(wěn)定性好的引物用于鑒別先玉335和先玉696,取得了較好的效果。
3.2 本實(shí)驗(yàn)采用8%非變性凝膠電泳方法檢測擴(kuò)增產(chǎn)物,較通常用的4.5%變性膠電泳[4],程序步驟少,操作更為簡單省力,其效果完全滿足實(shí)驗(yàn)要求,實(shí)用性更利于一般種子檢測實(shí)驗(yàn)。
3.3 少數(shù)骨干自交系的頻繁使用導(dǎo)致我國玉米雜交種的遺傳基礎(chǔ)漸趨狹窄,很多雜交種的生物學(xué)特性非常接近,使判別不同雜交種變得十分困難[12],僅用生化技術(shù)進(jìn)行品種鑒定已經(jīng)無法涵蓋不斷涌現(xiàn)的新品種,而SSR分子標(biāo)記技術(shù)則可以彌補(bǔ)這一遺憾,不僅可以鑒別品種的真實(shí)性,進(jìn)而可以檢測種子的純度。
[1]辛景樹,郭景倫,賈希海.SSR技術(shù)在玉米種子純度鑒定上的應(yīng)用[J].種子科技,2005(3):155157.
[2]中華人民共和國農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)NY/T 449—2001玉米種子純度鹽溶蛋白電泳鑒定方法[M].北京:中國標(biāo)準(zhǔn)出版社,2001.
[3]李汝玉,楊平平,宋國安.簡單重復(fù)序列(SSR)及其在品種鑒定及種子檢測中的應(yīng)用[J].種子,1999,18(5):3335.
[4]中華人民共和國農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)《玉米品種鑒定技術(shù)規(guī)程SSR標(biāo)記法》(NY/T 1432—2014).
[5]Weising K,Nybom H,Wolff K,et al.DNA Fingerpringting in Plants and Fungi[M].CRC Press Inc.,1995:5155.
[6]李群,李汝玉,顏廷進(jìn),等.應(yīng)用SSR標(biāo)記技術(shù)鑒定登海11號玉米雜交種純度的研究[J].種子,2004,23(10):2123.
[7]郭奕生,何德銀.SSR分子標(biāo)記在玉米品種真實(shí)性鑒定上的應(yīng)用[J].廣東農(nóng)業(yè)科學(xué),2014(12):1215.
[8]曹士亮,曹靖生,王成波,等.玉米SSR分子標(biāo)記技術(shù)操作流程研究進(jìn)展[J].中國農(nóng)學(xué)通報(bào),2012,28(15):14.
[9]任敬雯.SSR標(biāo)記及其在玉米中的應(yīng)用[J].安徽農(nóng)學(xué)通報(bào),2011,17(11):5558.
[10]李蔥蔥,劉娜,李飛武,等.一種快速提取玉米基因組DNA的方法[J].玉米科學(xué),2011,19(1):5255.
[11]王光利,石培春,張薇,等.微衛(wèi)星DNA非變性PAGE銀染法的分析探討[J].新疆農(nóng)業(yè)科學(xué),2006,43(6):455458.
[12]李曉輝,李新海,高文偉,等.玉米雜交種DNA指紋圖譜及其在親子鑒定中的應(yīng)用[J].作物學(xué)報(bào),2005(3):386391.