消毒藥按作用水平分為高效、中效、低效三類。高效消毒藥對病毒、細菌、芽孢、真菌等都有效，如戊二醛、氫氧化鈉、過氧乙酸等，但它們的副作用較大，對有些消毒不適用；中效消毒藥對所有細菌有效，但對芽孢無效，如乙醇、碘制劑等；低效消毒藥屬抑菌劑，對芽孢、真菌、親水性病毒（非囊膜病毒）也無效，如季胺鹽類等。

選擇消毒液時，要根據(jù)消毒對象、目的、疫病種類，調(diào)換不同類型的藥物。如有些病毒（結(jié)構(gòu)中無胞漿膜病毒）對普通消毒藥不敏感，特別是圓環(huán)病毒，一般消毒藥對它不起作用，應(yīng)選擇高效消毒藥（可選用復合酚、過氧乙酸）。對帶雞消毒，刺激性大、腐蝕性強的消毒藥不能使用，如氫氧化鈉等，以免造成人畜皮膚等傷害（可選用戊二醛癸甲溴銨、聚維酮碘溶液）。對注射部位消毒可選擇中效消毒藥等。

由于病原微生物本身的形態(tài)結(jié)構(gòu)及代謝方式等生物特性的不同，其對消毒表現(xiàn)的反應(yīng)也不同。如G+菌比G-菌對消毒藥更敏感，原因是G-菌細胞壁由豐富的類脂包膜形成，有阻止消毒藥進入的作用。

所以，對G-菌（如多殺性巴氏桿菌、沙門氏菌、胸膜肺炎放線桿菌等）需選擇作用較強的消毒藥。對具有芽孢的細菌（如炭疽桿菌），因芽孢有較厚的芽孢壁和多層芽孢膜，結(jié)構(gòu)堅實，消毒藥不易滲透進去，一般也應(yīng)選擇高效消毒藥。