1939年，趙九章在西南聯(lián)大任教。他為地質(zhì)地理氣象學系高年級學生開設(shè)的，是一年6個學分的必修課理論氣象。這是該系學分最高的一門主干課。此外，他還先后在航空工程學系、地質(zhì)地理氣象學系和物理學系開設(shè)了航空氣象、高空氣象、大氣物理、海洋學等課程，挑起了教學的大梁。為把自己掌握的知識教給學生，沒有教材，他就自編講義油印或讓學生傳抄。趙九章編著交國立編譯館審查付印的《理論氣象學》講義，是我國該課程的第一部教材。

趙九章是西南聯(lián)大有名的“嚴師”之一。他的課堂講述富于條理，并以清晰的物理概念、嚴格的數(shù)學推演、循循善誘的教學方法吸引人。他強調(diào)學生既要學好本專業(yè)，又要有扎實的數(shù)理基礎(chǔ)，并要注重閱讀外國文獻，掌握學科的最新進展及發(fā)展趨勢。

自制儀器做科研

趙九章在繁重的教學之余，還擔負起不少的研究工作。作為清華大學航空研究所高空氣象（與理學院地學系合作）組的負責人，趙九章先后組織開展了在嵩明縣城西靈應(yīng)山建立“清華大學航空研究所高空氣象臺”，與“飛虎隊”合作搜集氣象情報，派人協(xié)助盟軍舉辦無線電探空儀訓練班，為駐昆中國空軍培訓了5批氣象員等工作。1940年夏，趙九章等人更是想方設(shè)法，成功自行設(shè)計制造了水銀氣壓表，并代制數(shù)十具，使各地的氣象臺得以繼續(xù)觀測，贏得了國內(nèi)氣象界的好評。

勤奮而嚴謹?shù)内w九章，在資料奇缺、設(shè)備簡陋的條件下，除踏踏實實搞好教學研究外，還組織開展高層大氣中的輻射平衡、溫度分布等研究，與莊前鼎教授合編了《高空氣象學》一書，個人著作或合著發(fā)表了多篇論文，其中《大氣之渦旋運動》一文獲教育部頒發(fā)的1943年度自然科學類二等獎，迅速成長為我國氣象科學教學和研究的領(lǐng)軍者。

賣掉趙孟頫真跡

趙九章初到昆明時，在西南聯(lián)大工學院航空工程學系和清華大學航空研究所任職。他們一家擠在昆明履善巷3號既舊又破的一間半民房里，他一面教書一面進行科研，靠微薄的工資收入，維系著全家清貧的日子，生活過得異常艱苦。

抗戰(zhàn)時期的昆明，隨大批機關(guān)、工廠、學校的遷入，人口劇增，物價飛漲。1940年，為躲避日機的轟炸，趙九章一家同梅貽琦等一批清華人，應(yīng)著名報人惠我春的盛情邀請，搬到了西北郊大普吉龍院村惠家大院住了3年。1941年6月，學校為幫助教師渡過生活難關(guān)，將靠趙九章390元薪金度日的趙家列入膳食補助范圍，每人每月給予16.8元的補助。但杯水車薪，不得已，只好節(jié)衣縮食，一省再省，趙九章穿的長褲變成了短褲，妻子吳岫霞的棉襖兩只袖子“失蹤”了，孩子趙燕曾的內(nèi)衣也變成了“百衲衣”。搬家時，趙九章一家全部的家當只裝了一小馬車。1942年春節(jié)前不久，女兒趙理曾出生，趙九章一家的生活更加困難。

生活所迫，被逼無奈，名門之后的趙九章不得不含著眼淚賣掉了祖祖輩輩傳下來的傳家寶——元代著名書畫名家趙孟頫的真跡。趙家留下的傳家寶在當了教授的趙九章手上，不得不易與他人。