10月16日，伊拉克總理兼武裝部隊總司令阿巴迪下令伊拉克政府軍進駐基爾庫克。原先控制基爾庫克的庫爾德自治區(qū)（庫區(qū)）武裝基本未做抵抗，而是選擇撤離。伊拉克軍方聯(lián)合行動指揮部10月16日表示，已全面控制基爾庫克市以及薩拉赫丁省的圖茲胡爾馬圖、迪亞拉省的蓋拉塔佩等城鎮(zhèn)。10月17日，政府軍又進駐尼尼微省辛賈爾鎮(zhèn)。

基爾庫克省本不屬于庫區(qū)行政管轄范圍，庫區(qū)武裝在2014年打擊“伊斯蘭國”的行動中將存在爭議的基爾庫克以及尼尼微、迪亞拉和薩拉赫丁省的部分地區(qū)視為其勢力范圍，并試圖并入庫區(qū)。9月25日，庫區(qū)不顧各方反對舉行獨立公投。伊拉克國民議會當天通過決議，要求阿巴迪采取措施反制庫區(qū)公投，措施之一就是將政府武裝力量部署到“爭議地區(qū)”。

庫區(qū)主席巴爾扎尼10月17日晚些時候發(fā)表聲明，將失去基爾庫克歸咎于庫區(qū)某政黨。分析人士一致認為他矛頭對準的是庫區(qū)第二大政黨庫爾德斯坦愛國聯(lián)盟（庫愛盟）。此前控制基爾庫克的庫區(qū)武裝大部分都忠于庫愛盟。庫愛盟官員則表示，庫爾德斯坦民主黨沒資格指責庫愛盟，庫區(qū)各種問題的根源就在于巴爾扎尼，領導人不理智的決策讓庫區(qū)陷入當前的困境。面對政府軍的步步推進，巴爾扎尼10月17日在聲明中還表示，庫區(qū)武裝將撤退到2016年10月17日解放摩蘇爾戰(zhàn)役開始之前庫區(qū)與伊中央政府確定的防御線。