熊亞瑋張義兵桂建芳

(1. 中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所, 淡水生態(tài)與生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 武漢 430072; 2. 中國(guó)科學(xué)院大學(xué), 北京 100049)

斑馬魚IRF11基因的鑒定、亞細(xì)胞定位及表達(dá)特征

熊亞瑋1,2張義兵1桂建芳1

(1. 中國(guó)科學(xué)院水生生物研究所, 淡水生態(tài)與生物技術(shù)國(guó)家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室, 武漢 430072; 2. 中國(guó)科學(xué)院大學(xué), 北京 100049)

早期的研究表明IRF11是魚類特有的IRF家族成員。查詢最近解析的斑馬魚第九版基因組時(shí), 發(fā)現(xiàn)斑馬魚IRF1和IRF11命名出現(xiàn)了混亂。通過(guò)對(duì)脊椎動(dòng)物IRF1和IRF11基因位點(diǎn)進(jìn)行同線型分析表明, IRF11與IRF1是兩個(gè)不同的基因, 不宜命名為IRF1b和IRF1a。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析發(fā)現(xiàn), 在脊椎動(dòng)物中IRF11基因比IRF1起源更早; 兩棲類以后的脊椎動(dòng)物基因組只有IRF1, 沒有IRF11, 其中原因可能是因?yàn)榛騺G失。斑馬魚IRF11與脊椎動(dòng)物IRF1一樣, 其表達(dá)蛋白定位在細(xì)胞核中。缺失分析揭示斑馬魚IRF11的DBD有一個(gè)能引導(dǎo)蛋白定位進(jìn)入細(xì)胞核的序列。表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)poly (I:C)能誘導(dǎo)斑馬魚IRF11的表達(dá), 但其表達(dá)水平低于IRF1。

斑馬魚; IRF11; 亞細(xì)胞定位; 表達(dá)

干擾素調(diào)節(jié)因子(Interferon regulatory factor, IRF)是一種轉(zhuǎn)錄因子[1]。脊椎動(dòng)物有一個(gè)保守的IRF家族, 功能研究證實(shí)部分家族成員能直接調(diào)控干擾素基因的表達(dá)[2]。哺乳類IRF家族有9個(gè)成員(IRF1-9), 系統(tǒng)進(jìn)化樹分析可以分為4個(gè)亞家族: IRF1亞家族(IRF1和IRF2)、IRF3亞家族(IRF3和IRF7)、IRF4亞家族(IRF4、IRF8、IRF9), 還有IRF5亞家族(IRF5和IRF6)[2]。所有的IRF蛋白都有兩個(gè)保守的結(jié)構(gòu)域, N端的DBD(DNA-binding domain)和C端的IAD (IRF association domain)[3—6]。魚類基因組解析發(fā)現(xiàn)魚類不僅有保守的IRF1-9, 而且還有IRF10和IRF11[7]。IRF10在鳥類中也有發(fā)現(xiàn), IRF11僅在魚類基因組中存在, 因此是魚類特有的IRF家族成員[7]。IRF蛋白定位與其功能有關(guān)[5,6]。如魚類IRF3/7與病毒誘導(dǎo)干擾素表達(dá)有關(guān), 在正常細(xì)胞中, IRF3/7位于細(xì)胞質(zhì), 但是病毒感染能激活I(lǐng)RF3/7導(dǎo)致其從細(xì)胞質(zhì)轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核發(fā)揮轉(zhuǎn)錄因子功能[5]。魚類IRF1位于細(xì)胞核[4,6], 斑馬魚IRF1差異誘導(dǎo)不同干擾素基因的表達(dá)[6]。鑒于IRF1/3/7的功能, 魚類IRF1/3/7都是病毒或干擾素誘導(dǎo)表達(dá)基因[3—5]。然而, 斑馬魚基因組數(shù)據(jù)庫(kù)(version 9)顯示斑馬魚有兩個(gè)IRF1基因, 分別命名為IRF1a (ENSDARG000 00043492)和IRF1b (ENSDARG00000032768)。本文通過(guò)基因線性分析和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析證實(shí)斑馬魚IRF1a應(yīng)該是IRF11, 而IRF1b則是IRF1。隨后研究了斑馬魚IRF11的亞細(xì)胞定位和表達(dá)特征。

1 材料與方法

1.1 細(xì)胞

斑馬魚肝臟細(xì)胞(Zebrafish liver cells, ZFL)和鯉上皮瘤細(xì)胞(Epithelioma papulosum cyprinid, EPC)分別用含有10%胎牛血清的F12培養(yǎng)基和含有10%胎牛血清的199培養(yǎng)基傳代培養(yǎng)[8,9]。

1.2 質(zhì)粒構(gòu)建

利用PCR方法擴(kuò)增編碼不同長(zhǎng)度斑馬魚IRF11氨基酸的cDNA, 插入到pEGFP-N3載體的多克隆位點(diǎn)(KpnⅠ/EcoR Ⅰ), 構(gòu)建了6個(gè)融合GFP (Green fluorescent protein)蛋白的表達(dá)質(zhì)粒: IRF11-GFP (包括IRF11全長(zhǎng)氨基酸1-251)、N1-138、N1-114、N1-69、C115-251、M1-114。其中質(zhì)粒M1-114的制備方法是通過(guò)序列突變質(zhì)粒N1-114的氨基酸片段97RSIKK101(AGAAGCATCAAGAAA)中的R (Arginine)和兩個(gè)K (Lysine)成為A (Alanine)(GCCAGCATCGCAG CA)[4]。測(cè)序正確后提取質(zhì)粒備用。

1.3 生物信息學(xué)分析

在Ensemble中查詢具有代表性物種的IRF1和IRF11基因, 并對(duì)IRF1和IRF11基因座位的上下游基因進(jìn)行同線性分析。在NCBI和Ensemble中查找代表性物種的IRF蛋白氨基酸序列, 利用ClustalX進(jìn)行多重序列比對(duì)分析。利用MEGA6軟件中的N-J法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(表 1)。

1.4 細(xì)胞定位分析

細(xì)胞定位分析根據(jù)我們實(shí)驗(yàn)室建立的方法進(jìn)行[4,5]。EPC細(xì)胞在6孔板中的蓋玻片上培養(yǎng)過(guò)夜,然后利用轉(zhuǎn)染試劑lipofectamine 2000 (Invitrogen)轉(zhuǎn)染2 μg融合GFP報(bào)告基因的各種IRF11質(zhì)粒。在轉(zhuǎn)染24h后, 細(xì)胞去除轉(zhuǎn)染液進(jìn)行如下操作: PBS清洗3次后用多聚甲醛固定20min; 再次用PBS清洗3次, 然后用0.2% Triton X-100處理15min; 同樣在經(jīng)PBS洗3次后, 用50 μg/mL DAPI染色10min, 最后在激光共聚焦顯微鏡下檢測(cè)照相(NOL-LSM 710)。

1.5 RNA提取和RT-PCR檢測(cè)

根據(jù)本實(shí)驗(yàn)室建立的方法進(jìn)行[5]。ZFL細(xì)胞傳代于一組25 cm2培養(yǎng)瓶中, 鋪滿單層過(guò)夜。在去除原培養(yǎng)基后, 細(xì)胞利用轉(zhuǎn)染試劑lipofectamine 2000 (Invitrogen)轉(zhuǎn)染2 μg的poly (I:C), 然后在不同轉(zhuǎn)染時(shí)間點(diǎn)收集細(xì)胞, 利用Trizol法提取細(xì)胞總RNA, 用M-MLV逆轉(zhuǎn)錄酶(Gibco BRL)反轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA。通過(guò)熒光定量RT-PCR方法分析斑馬魚IRF1、IRF3、IRF7、IRF11、IFN1、IFN2、IFN3、IFN4基因的表達(dá)水平, 采用2-??Ct法計(jì)算基因的表達(dá)水平, 每組設(shè)3個(gè)重復(fù)。本研究所用引物見表 2。

表 1 用于蛋白序列比較和系統(tǒng)進(jìn)化樹分析的IRF信息Tab. 1 The accession numbers of IRFs used in this study

2 結(jié)果

2.1 IRF1和IRF11基因位點(diǎn)的同線型分析

通過(guò)分析3種哺乳動(dòng)物(人H. sapiens、小鼠M. musculus、狗C. familiaris)、一種鳥類(雞G. gallus)、一種爬行類(安樂蜥A. carolinensis)以及12種魚類(斑馬魚D. rerio、亞馬遜花鳉P. Formosa、墨西哥麗脂鯉A. mexicanus、矛尾魚L. chalumnae、大西洋鱈G. morhua、紅鰭東方豚T. rubripes、青鳉O. latipes、眼斑雀鱔L. oculatus、三刺魚G.aculeatus、綠河豚T. nigroviridis、羅非魚O. niloticus、花斑劍尾魚X. maculates)的基因組數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn),它們都具有IRF1基因。12種魚類基因組不僅有IRF1基因, 而且還有IRF11基因, 它們分別位于不同的染色體上(圖 1)。進(jìn)一步分析IRF1基因位點(diǎn)的上下游基因發(fā)現(xiàn): 在3種哺乳類物種中, IRF1的上下游基因相同, 而且排列位置一致; 鳥類和爬行類IRF1基因位點(diǎn)的上下游基因完全一致, 但排列位置稍有變化。魚類基因組數(shù)據(jù)不太完整, 就目前收集的數(shù)據(jù)可以看出, 已經(jīng)鑒定的魚類IRF1基因位點(diǎn)的上下游基因與其他物種完全一致, 但是排列位置變化較大 (圖 1A)。利用同樣的分析方法, 發(fā)現(xiàn)魚類IRF11的基因位點(diǎn)同樣具有相對(duì)保守的同線型 (圖1B)。

表 2 本研究所用引物Tab. 2 Primers used in the study

2.2 脊椎動(dòng)物IRF家族的進(jìn)化樹分析

選取代表性物種的IRF家族成員進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析。結(jié)果表明: 所有脊椎動(dòng)物IRF1聚為一簇,表明所有脊椎動(dòng)物IRF1為直向同源基因(Orthologous gene)。IRF2-10都具有與IRF1同樣的結(jié)果。IRF11只存在于魚類基因組中, 單獨(dú)聚為一簇。所有IRF成員可以分為明顯的4個(gè)亞家族, 其中IRF1、IRF11和IRF2同屬一個(gè)亞家族。從系統(tǒng)進(jìn)化樹可以看出, IRF11與IRF1和IRF2二者具有相似的進(jìn)化距離, 表明IRF11基因比IRF1和IRF2起源于更早時(shí)期(圖 2)。

2.3 魚類IRF1和IRF11的序列比較

鑒于斑馬魚IRF1和IRF11的命名混亂, 選擇12種魚類IRF1和IRF11蛋白序列進(jìn)行了比較。鯽IRF1是我們?cè)缙谠邛a培養(yǎng)細(xì)胞中鑒定的魚類IRF1[4], 也用于序列比對(duì)分析。結(jié)果如圖 3, IRF1和IRF11都具有保守的DBD結(jié)構(gòu)域, 但是C端的IAD結(jié)構(gòu)域的序列保守性較低。與IRF11蛋白相比較, IRF1蛋白的C端具有較高保守性。例如, 鯽IRF1和斑馬魚IRF1緊鄰DBD結(jié)構(gòu)域即IAD的N端有一個(gè)與核定位信號(hào)相關(guān)的序列[4,6], 其他魚類IRF1對(duì)應(yīng)區(qū)域也存在一個(gè)相對(duì)保守的富含R和L的序列(圖 3)。

2.4 斑馬魚IRF11的亞細(xì)胞定位

為了研究斑馬魚IRF11的亞細(xì)胞定位, 首先制備了融合GFP蛋白的各種斑馬魚IRF11質(zhì)粒(圖 4A)。EPC細(xì)胞轉(zhuǎn)染野生型斑馬魚IRF11質(zhì)粒(wtIRF11),利用激光共聚焦顯微鏡觀察, 發(fā)現(xiàn)綠色熒光信號(hào)全部位于細(xì)胞核(圖 4B)。當(dāng)轉(zhuǎn)染對(duì)照GFP質(zhì)粒時(shí), 綠色信號(hào)均勻分布于整個(gè)細(xì)胞中。以上結(jié)果表明斑馬魚IRF11蛋白定位于細(xì)胞核。轉(zhuǎn)染包括N端DBD的質(zhì)粒N1-138和N1-114時(shí), 與轉(zhuǎn)染wtIRF11質(zhì)粒的結(jié)果相同, 綠色熒光信號(hào)全部位于細(xì)胞核; 而轉(zhuǎn)染包括部分DBD的質(zhì)粒N1-69時(shí), 綠色信號(hào)均勻分布于整個(gè)細(xì)胞中, 與轉(zhuǎn)染對(duì)照GFP質(zhì)粒的結(jié)果一致(圖4C)。因此, DBD的N70-115應(yīng)該有一個(gè)核定位信號(hào)(Nuclear localization signal, NLS), 該NLS足以引導(dǎo)斑馬魚IRF11蛋白定位在細(xì)胞核中。

圖 1 不同物種IRF1 (A)和IRF11 (B)基因位點(diǎn)的同線型分析Fig. 1 Synteny analysis of IRF1 (A) and IRF11 (B) gene locus from different species查詢3種哺乳動(dòng)物(人、小鼠、狗), 1種鳥類(雞), 1種爬行類(安樂蜥)以及12種魚類(斑馬魚、亞馬遜花鳉、墨西哥麗脂鯉、矛尾魚、大西洋鱈、紅鰭東方豚、青鳉、眼斑雀鱔、三刺魚、綠河豚、羅非魚、花斑劍尾魚)的基因組, 分析IRF1 (A)和IRF11 (B)基因及其上下游基因的組成。由于缺少上下游基因信息, 花斑劍尾魚IRF1、大西洋鱈和羅非魚IRF11所在基因組片段在圖 1A和圖 1B中沒有顯示By searching the genome data from human H. sapiens, mouse M. musculus, dog C. familiaris, chicken G. gallus, anole Lizard A. carolinensis, zebrafish D. rerio, amazon molly P. Formosa, cave fish A. mexicanus, Coelacanth L. chalumnae, cod G. morhua, fugu T. rubripes, medaka O. latipes, spotted gar L. oculatus, stickleback G. aculeatus, tetraodon T. nigroviridis, tilapia O. niloticus, and platfish X. maculates, the arrangement of genes upstream and downstream of IRF1 and IRF11 were analyzed. IRF1 of plat fish (scaffold JH559106.1) and IRF11s of cod (GeneScaffold_3537) and tilapia (scaffold GL831287.1) were not included in Fig. 1A or Fig. 1B due to lack of downstream or upstream genes in the current genome data

圖 2 脊椎動(dòng)物IRF家族的進(jìn)化樹分析Fig. 2 Phylogenetic tree of IRF family利用Mega6.0軟件對(duì)17種代表性物種的IRF家族成員運(yùn)用NJ法構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹; IRF序列信息來(lái)源請(qǐng)見表 1Phylogenetic tree was made with IRF family members from 17 representative species, by using neighbor-joining method within Mega6.0 program. The accession numbers of IRF genes are shown in Tab. 1

NLS是由富含精氨酸(R)和賴氨酸(K)組成的氨基酸片段[10]。序列分析發(fā)現(xiàn)N70-115之間共有9個(gè)R或K, 其中97RSIKK101集中有1個(gè)R和2個(gè)K。為了分析97RSIKK101是否具有NLS的功能, 將N1-114質(zhì)粒中氨基酸片段97RSIKK101的R和K突變成中性氨基酸A, 即突變成97ASIAA101(質(zhì)粒M1-114)(圖4A)。在接下來(lái)的實(shí)驗(yàn)中, 轉(zhuǎn)染該質(zhì)粒發(fā)現(xiàn)表達(dá)蛋白大部分位于細(xì)胞核, 少部分位于細(xì)胞質(zhì)中(圖 4C),表明97RSIKK101在斑馬魚IRF11蛋白定位在細(xì)胞核中發(fā)揮作用。然而當(dāng)表達(dá)缺失DBD的IRF11質(zhì)粒(C115-251)時(shí), 該質(zhì)粒表達(dá)蛋白大部分仍位于細(xì)胞核, 只有少部分位于細(xì)胞質(zhì)中(圖 4C)。因此, C端IAD中也有序列在引導(dǎo)斑馬魚IRF11蛋白的亞細(xì)胞定位中發(fā)揮功能。

2.5 斑馬魚IRF11的誘導(dǎo)表達(dá)分析

利用Real-time PCR方法檢測(cè)poly (I:C)誘導(dǎo)ZFL細(xì)胞IRF11基因的轉(zhuǎn)錄表達(dá)。結(jié)果顯示, poly (I:C)能誘導(dǎo)IRF11基因的表達(dá), 但是低于同時(shí)間點(diǎn)斑馬魚IRF1、IRF3及IRF7的表達(dá)上調(diào)水平。如在轉(zhuǎn)染poly (I:C) 3h后, IRF1就被顯著誘導(dǎo)表達(dá), 而IRF11在轉(zhuǎn)染12h才有明顯的誘導(dǎo)表達(dá)。與此同時(shí),斑馬魚IRF家族的IRF3和IRF7也被顯著誘導(dǎo)表達(dá)。斑馬魚有4個(gè)IFN基因, poly (I:C)能顯著誘導(dǎo)IFN1的表達(dá), 其次是IFN2和IFN3, IFN4只有微弱表達(dá)(圖5)。

3 討論

從斑馬魚第九版的基因組數(shù)據(jù)庫(kù)中可以查到兩個(gè)IRF1, 分別命名為IRF1a (ENSDARG000000 43492)和IRF1b (ENSDARG00000032768)。我們最近的研究發(fā)現(xiàn)IRF1b (ENSDARG00000032768)實(shí)際上是IRF1[6]。本文通過(guò)基因組同線性分析進(jìn)一步證實(shí), 只有魚類基因組中才有IRF11, 其上下游的相鄰基因與IRF1完全不同。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析進(jìn)一步發(fā)現(xiàn), 作為IRF1亞家族的一個(gè)分支, 魚類IRF11在進(jìn)化上相對(duì)保守, 起源早于脊椎動(dòng)物的IRF1和IRF2, 且IRF11與IRF1和IRF2的進(jìn)化距離相似。由此可以推測(cè), 在魚類和哺乳類共同祖先物種的基因組中, 不僅有IRF1和IRF2基因, 而且有IRF11基因。在進(jìn)化過(guò)程中當(dāng)物種分化進(jìn)化產(chǎn)生兩棲類時(shí), IRF11基因在兩棲類基因組中丟失, 由此導(dǎo)致兩棲類、以及后來(lái)的爬行類、鳥類和哺乳類的基因組都沒有IRF11基因, 只保留了IRF1等其他IRF家族基因。但是魚類祖先保留了IRF11基因, 因此現(xiàn)存魚類都具有IRF11基因。

表達(dá)分析發(fā)現(xiàn)polyI:C不僅能誘導(dǎo)斑馬魚IRF1/3/7的表達(dá), 而且還能誘導(dǎo)斑馬魚IRF11的表達(dá), 特別是在polyI:C誘導(dǎo)的細(xì)胞中, 4種斑馬魚IFN基因都有不同程度的表達(dá)。考慮到斑馬魚IRF1/3/7能顯著誘導(dǎo)IFN基因表達(dá)[5,6], IRF11的這種表達(dá)特性表明其可能也在魚類IFN抗病毒免疫中發(fā)揮某種功能。

圖 3 魚類IRF1和IRF11蛋白序列比較Fig. 3 Multiple alignments of fish IRF1 and IRF11DBD區(qū)域和IAD區(qū)域用橫線標(biāo)出, 保守的氨基酸序列用星號(hào)標(biāo)出; IAD區(qū)域的核定位信號(hào)NLS用方框標(biāo)出; IRF序列信息來(lái)源請(qǐng)見表 1The DNA-binding domain (DBD) and IRF association domain (IAD) are indicated by lines above the aligned sequences. Identical amino acid residues are highlighted with black shading. The accession numbers of IRF genes are shown in Tab. 1

圖 4 斑馬魚IRF11的亞細(xì)胞定位Fig. 4 Subcellular distribution of zebrafish IRF11 and different truncatesA.與GFP融合各種長(zhǎng)度的IRF11質(zhì)粒及亞細(xì)胞定位; B和C. 各種融合GFP的斑馬魚IRF11轉(zhuǎn)染EPC細(xì)胞, 24h后用激光共聚焦顯微鏡檢測(cè)A. Schematic diagram of zebrafish IRF11-GFP fusion proteins and their respective subcellular localization. B and C. EPC cells were transiently transfected with control GFP plasmid or different kinds of IRF11 plasmids that fused with GFP for 24h, and examined using confocal laser scanning microscope

圖 5 poly (I:C)誘導(dǎo)斑馬魚IRF11及其他相關(guān)基因表達(dá)分析Fig. 5 Inducible expression of zebrafish IRF11 and other related genes in poly (I:C)-transfected ZFL cellspoly I:C (2 mg/mL) 轉(zhuǎn)染ZFL細(xì)胞, 獲得不同時(shí)序細(xì)胞總RNA樣, real-time PCR方法檢測(cè)斑馬魚IFN1 (A)、IFN2 (B)、IFN3 (C)、IFN4 (D)、IRF1 (E)、IRF3 (F)、IRF7 (G)、IRF11 (H)的表達(dá); ND. 未檢測(cè)到ZFL cells were transfected with poly (I:C) and were sampled for mRNA at 0, 3h, 6h, 12h, 24h, 48h, 72h. Real-time PCR was used to detect the expression of zebrafish IFN1 (A), IFN2 (B), IFN3 (C), IFN4 (D), IRF1 (E), IRF3 (F), IRF7 (G), IRF11 (H); ND. Not detected

IRF11與IRF1一樣, 其表達(dá)蛋白定位在細(xì)胞核。人IRF1的核定位信號(hào)緊鄰DBD結(jié)構(gòu)域[1,11]。我們前期研究發(fā)現(xiàn), 與人IRF1核定位信號(hào)區(qū)域相對(duì)應(yīng)的鯽和斑馬魚IRF1蛋白的氨基酸片段也富含R和K, 能發(fā)揮引導(dǎo)IRF1蛋白進(jìn)入細(xì)胞核的功能[4,6]。研究結(jié)果還表明, 除了緊鄰DBD結(jié)構(gòu)域的核定位信號(hào)外, 鯽IRF1和斑馬魚IRF1的DBD結(jié)構(gòu)域也有富含R、K的氨基酸片段, 缺失和突變研究發(fā)現(xiàn)它們也具有引導(dǎo)IRF1蛋白定位細(xì)胞核的作用[4,6]。本結(jié)果顯示, 斑馬魚IRF11的N端DBD具有核定位信號(hào), 該核定位信號(hào)足以引導(dǎo)蛋白的核定位。序列缺失研究發(fā)現(xiàn)核定位信號(hào)應(yīng)該位于斑馬魚IRF11氨基酸70—114, 進(jìn)一步的氨基酸突變證實(shí)97RSIKK101在IRF11蛋白的核定位中發(fā)揮作用。但是當(dāng)在細(xì)胞中過(guò)量表達(dá)用斑馬魚IRF11的C端部分構(gòu)建的表達(dá)質(zhì)粒時(shí), 表達(dá)蛋白大部分位于細(xì)胞核, 少部分位于細(xì)胞質(zhì), 表明斑馬魚IRF的C端IAD也有核定位信號(hào)存在。由于DBD編碼蛋白全部位于細(xì)胞核, 因此與DBD中的核定位信號(hào)相比, C端IAD中的核定位信號(hào)可能僅在斑馬魚IRF11的核定位中發(fā)揮輔助定位功能。

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IDENTIFICATION, SUBCELLULAR LOCALIZATION AND EXPRESSION CHARACTERIZATION OF ZEBRAFISH IRF11

XIONG Ya-Wei1,2, ZHANG Yi-Bing1and GUI Jian-Fang1
(1. State Key Laboratory of Freshwater Ecology and Biotechnology, Institute of Hydrobiology, Chinese Academy of Sciences, Wuhan 430072, China; 2. University of Chinese Academy of Sciences, Beijing 100049, China)

Previous studies have shown that IRF11 is a fish-specific gene. There is confusion in nomenclature of IRF1 and IRF11 in the version 9 of the zebrafish genome. Herein, gene synteny of IRF1 and IRF11 was analyzed in some vertebrates, suggesting that IRF11 and IRF1 are two different genes and are not appropriate to name IRF1b and IRF1a, respectively. Phylogenetic tree analysis showed that fish IRF11 shows similar evolution distance to either IRF1 or IRF2, and that fish IRF11 occurred earlier in a vertebrate ancestor than did fish IRF1 and IRF2 likely due to gene loss in nonfish vertebrates during evolution. Like vertebrate IRF1, zebrafish IRF11 resided in nucleus, which was sufficiently directed by a nuclear localization sequence in N-terminal DNA binding domain. Expression analysis revealed that zebrafish IRF11 was transcriptionally induced by poly (I:C), although at a lower level than zebrafish IRF1.

Zebrafish; IRF11; Subcellular localization; Inducible expression

Q344+.1

A

1000-3207(2017)01-0001-08

10.7541/2017.1

2016-03-02;

2016-07-16

國(guó)家自然科學(xué)基金(31272690、31572646)資助 [Supported by the National Natural Science Foundation of China (31272690, 31572646)]

熊亞瑋(1990—), 女, 湖北襄陽(yáng)人; 碩士研究生; 研究方向?yàn)轸~類免疫遺傳學(xué)。E-mail: xiongyw1@126.com

張義兵, 博士, 研究員; E-mail: ybzhang@ihb.ac.cn