寶力德,冀錦華,劉柯瀾,馮福應
(內蒙古農業(yè)大學生命科學學院,內蒙古呼和浩特 010018)
基于bchY的內蒙古2個鹽堿湖中不產氧光合細菌多樣性的分析
寶力德,冀錦華,劉柯瀾,馮福應
(內蒙古農業(yè)大學生命科學學院,內蒙古呼和浩特 010018)
為進一步了解和認識APB及其在鹽堿湖中的生態(tài)功能及其作用機制,通過構建和分析不產氧光合細菌bchY基因克隆文庫,揭示其中不產氧光合細菌的多樣性、群落結構及其與生存環(huán)境的關系。樣品采自內蒙古渾善達克沙地鹽堿度較高的扎格斯臺和達格淖2個湖的水樣,提取了樣品總DNA。以bchY作為檢測APB的通用標記,用PCR擴增方法構建了其bchY文庫,并對擴增產物進行了測序與系統(tǒng)發(fā)育分析。結果表明,達格淖湖和扎各斯臺湖均為富營養(yǎng)化鹽堿湖,且兩湖鹽度相差很大。利用bchY文庫中核酸序列對應的氨基酸序列進行分析,兩文庫覆蓋度均達93.0%以上,代表性較強,共得到108條bchY編碼的氨基酸序列,以cutoff=0.03和0.12分別在種和屬水平進行同源性和系統(tǒng)發(fā)育分析,在cutoff=0.03分為17個OTUs。兩湖的多樣性指數(Shannon-Weaver和Simpson)和均勻度指數(Evenness)較接近,其種群多樣性程度和均勻程度比較相似,但二者的Chao1都不太高,說明兩湖APB的多樣性較低,種群不豐富。達格淖湖的Margalef指數較高,說明前者物種數目比后者多。兩湖的不產氧光合細菌均屬Alphaproteobacteria綱,最優(yōu)勢菌群均為Roseibacterium elongatum。同源性及系統(tǒng)發(fā)育性分析表明,達格淖湖和扎各斯臺湖中不產氧光合細菌的主要類型為AAPB-like類群、多樣性低。
鹽堿湖;不產氧光合細菌(APB);bchY基因;cutoff值;OTUs;系統(tǒng)發(fā)育分析;多樣性;基因克隆文庫
不產氧光合細菌(Anoxygenic phototrophic bacteria,APB)多樣性高,APB廣泛分布于自然界的海洋、湖泊和土壤中[1],對生物地球化學循環(huán)的作用舉足輕重[2-5],具有降解污染物(如農藥等)的功能,可作為類胡蘿卜素、維生素和輔酶Q等生物活性物質或其他工業(yè)原料如聚羥基丁酯酸(生物塑料原料)等的生產來源[6-9]。多樣性的研究可為認識和利用微生物資源提供基礎[10]。pufM基因被廣泛應用于APB多樣性分析[11]??墒牵琾ufM引物只覆蓋了含有光反應中心RC2,含光反應中心RC1類型的細菌如Chlorobi和Heliobacteria等并不包括在內,而bchY引物同時覆蓋含RC1和RC2的細菌[12]。鹽堿湖具有較高的生產力[13],是微生物的寶庫[14]。APB多樣性分析目前主要集中在海洋,而對鹽堿湖的相關研究還很少[15]。
有5個細菌門包含APB,Proteobacteria(紫色細菌)、Chlorobi(綠色硫細菌)、Chloroflexi(綠色非硫細菌)、Acidobacteria(Chloracidobacterium thermophilum)和Firm icutes(日光桿菌)[16]。本研究通過構建bchY文庫來研究內蒙古渾善達克沙地達格淖和扎各斯臺鹽堿湖中APB的多樣性,為更全面地了解和認識APB的生態(tài)和資源分布提供基礎。
1.1 試驗材料
試驗樣品采自內蒙古渾善達克沙地鹽堿度較高的扎格斯臺和達格淖2個湖的水樣,采樣時間為2010年5月。用自制簡便采樣器分別于水深0~20 cm處采樣后混合,混合后的樣品置于已滅菌的塑料瓶中,現場測定水樣的pH值。采集的樣品置于低溫保溫箱中迅速運至實驗室處理。采集的樣品一部分用于測定水體的硝態(tài)氮(NO3-N)、銨態(tài)氮(NH3-N)、總磷(TP)、鹽度和碳酸根(CO)含量以確定湖中的環(huán)境和水質狀況,另一部分用于APB群落結構分析。先用10μm孔徑的濾膜(美國Millipore公司,直徑45 mm)預過濾以除去雜質和多數真核生物,再過濾到0.22μm的濾膜上,過濾水樣約150μL,將過濾好的濾膜用錫箔紙包好,經液氮速凍后放入-70℃保存?zhèn)溆梅治觯?7]。
1.2 試驗方法
1.2.1 環(huán)境參數測定 水樣的鹽度和pH值現場測定,硝態(tài)氮(NO3-N)、銨態(tài)氮(NH3-N)、總磷(TP)、鹽度和碳酸根(CO)含量經預處理后24 h內測定。
1.2.2 樣品總DNA提取 水樣經預處理后,用凍融和酶解結合的提取方法,參考Ausubel等[18]的方法進行樣品總DNA的提取,所得DNA用0.8%瓊脂糖凝膠電泳檢測。
1.2.3 PCR擴增及bchY文庫構建 由于引物bchY可以作為檢測APB的通用標記,本試驗選用bchY引物bchY_fwd:5′-CCNCARACNATGTGYCCNGCNT TYGG-3′和bchY_rev:5′-GGRTCNRCNGGRAANA TYTCNCC-3′對湖樣總DNA進行PCR擴增[17]。反應體系:2.0μL 10×PCR Buffer(含15 mmol/L MgCl2),1.6μL dNTPs(2.5 mmol/L),引物(20 μmol/L)各0.5μL,0.3μL r Taq聚合酶(5 U/μL),樣品DNA 2.0μL,無菌水12.9μL。反應條件使用熱啟動和Touch-down PCR程序:97℃5 m in;80℃熱啟動后加酶;94℃45 s,40~50℃30 s,72℃1 min,Touch-down 20個循環(huán)(-0.5℃/個循環(huán));94℃45 s,48℃30 s,72℃1 m in,10個循環(huán);72℃10 m in。擴增產物用1.0%瓊脂糖凝膠電泳檢測,使用瓊脂糖凝膠DNA回收試劑盒(中科瑞泰有限公司)進行膠回收。
把回收的產物連接到pEASYTM-T1克隆載體,轉入Trans1-T1感受態(tài)細胞,涂布培養(yǎng),并用M13引物對克隆進行陽性鑒定。
1.2.4 測序與系統(tǒng)發(fā)育分析 從構建好的文庫中各隨機挑選90個陽性克隆送往上海生物工程有限公司(Sangon)進行測序。測序后的序列用軟件Mallard 1.02檢測并去除可能的嵌合體(Chimeria),再把剩余序列用軟件DNAMAN翻譯成氨基酸序列后用DOTUR在種水平置信度進行操作分類單元(Operational taxonom ic units,OTUs)的聚類分析,以進行兩湖bchY文庫多樣性分析。
把兩文庫的bchY核酸序列對應的氨基酸序列一起進行OTUs分類后,在屬的水平各OTU選取1條代表序列通過BlastP程序找出其在GenBank數據庫中的最相似氨基酸序列,與相似度最低的氨基酸序列共同作為參比序列。用Jones-Taylor-Thornton距離矩陣模型計算進化距離,以鄰接法(Neighbor-Joiningmethod,NJ)用軟件MEGA 6.0構建系統(tǒng)發(fā)育樹,重復驗證數為1 000[19]。得到的序列均已提交至GenBank,登錄號為KP462748-KP462855。
1.2.5 bchY核酸序列編碼氨基酸序列聚類時cutoff值的確定 在NCBI數據庫中通過搜索bchY找到bchY氨基酸序列并下載,共191條bchY氨基酸序列,統(tǒng)計其分類信息及其登錄號。用Clustal X7.0進行多重比對分析,然后把共有的序列用軟件MEGA 6.0[19]分析距離矩陣,計算種內和屬內的平均距離,作為bchY氨基酸序列在種和屬水平進行聚類的cutoff值。
1.2.6 多樣性指數及均勻度指數分析 多樣性指數和均勻度指數反映某群落中物種多少及個體分布情況。根據Hill等[20]的方法對得到的OTUs分類結果進行群落多樣性相關指標的統(tǒng)計學分析,計算以下參數:覆蓋度(Coverage)、多樣性指數(Shannon-Weaver和Simpson)、均勻度指數(Evenness和Chao1值)和Margalef多樣性指數。
Shannon-Weaver指數(H′)和Simpson指數(D)反映物種多樣性,前者是一個綜合了物種豐度和各物種相對比例的多樣性指數;后者代表某種生物在群落中所占的優(yōu)勢程度,公式分別為:
覆蓋率(Coverage)用于評估構建的文庫對環(huán)境微生物多樣性的體現程度,計算公式為:C=1-nl/N,nl為僅包含1個克隆的OTUs數,N同上。
均勻度指數Evenness和Chao1值反映群落中不同物種多度分布的均勻程度,計算公式分別為:E=H′/Hmax;S=S+(a2/2b)。其中Hmax為最大Shannon指數,大小為log2(S),S同上,S代表預測的OTUs總數,a為只含1個克隆子的OTUs個數,b為含2個克隆子的OTUs個數。
Margalef指數能反映物種的豐富度,公式為:dMa=(S-1)/ln N,N、S同上所指[21]。
2.1 環(huán)境參數
對兩湖的環(huán)境參數(表1)分析表明,2個湖的pH值均高于9.0,無機鹽含量均大于3.5 g/L;且其總氮和總磷含量均超過國際上對富營養(yǎng)化定義的標準(TP>0.11 mg/L,TN>1.2 mg/L),說明達格淖湖和扎各斯臺湖均屬富營養(yǎng)化鹽堿湖。兩湖鹽度相差很大。
2.2 bchY氨基酸序列種屬水平聚類cutoff值的確定
通過對得到的bchY氨基酸序列進行多重序列比對并用MEGA 6.0[19]分析序列的距離矩陣后,統(tǒng)計得到種和屬內的平均距離為0.03,0.12(表2),作為bchY氨基酸序列在種和屬水平進行聚類的cutoff值。利用bchY文庫中核酸序列對應的氨基酸序列進行分析,兩文庫覆蓋度均達93%以上,代表性較強,共得到108條bchY編碼的氨基酸序列,以cutoff=0.03和0.12分別在種和屬水平進行同源性和系統(tǒng)發(fā)育分析,在cutoff=0.03分為17個OTUs.
表1 達格淖和扎各斯臺鹽堿湖環(huán)境參數Tab.1 Environm ent param eters of Dagenao and Zagesitai Lakes
表2 純培養(yǎng)不產氧光合細菌bchY氨基酸序列的統(tǒng)計結果Tab.2 Databases of all bchY am ino acid sequences of APB from cultures
2.3 文庫多樣性指數分析
分別對兩湖樣品進行了bchY基因克隆文庫的構建。經去除嵌合體分析后,2個文庫分別得到65,43條可用序列,用軟件DNAMAN翻譯成氨基酸序列后,再以cutoff值為0.03在種水平將其分別劃分為12,9個OTUs(表3)。經過分析兩湖文庫中bchY多樣性,發(fā)現兩湖的多樣性指數(Shannon-Weaver和Simpson)和均勻度指數(Evenness)都非常接近,表明兩湖中種群多樣性程度和均勻程度較為相似,但二者的Chao1都不太高,說明兩湖中兩湖APB的多樣性較低,種群不豐富。達格淖湖的Margalef指數較高,說明前者物種數目比后者多。
圖1為兩湖bchY基因文庫的稀釋曲線(Rarefaction curve),可以看出樣品的稀釋曲線均趨于平緩,并且兩湖的覆蓋度為93.8%,93.0%,說明得到的文庫序列有很好的代表性,能夠很好地反映兩湖中APB的多樣性。
2.4 兩文庫中bchY編碼氨基酸序列同源性及系統(tǒng)發(fā)育分析
本研究把2個文庫得到的108條bchY序列進行OTUs分類,在cutoff=0.03水平上從每個OTU中選取一條代表序列,通過BlastP程序分析其在GenBank數據庫中最同源序列以及編碼蛋白(表3)。由于代表序列與其他處于同一OTU中的序列同源性分析結果基本一致,因此,每個OTU只選擇一條代表序列翻譯成氨基酸序列后進行同源性(在cutoff=0.03)和系統(tǒng)發(fā)育分析(在cutoff=0.12)。
表3 兩湖樣中bchY序列多樣性指數分析Tab.3 Diversity index analysis of bchY sequences in two lakes
利用BlastP分析序列的同源性時發(fā)現,達格淖湖和扎各斯臺湖文庫中分別有61,35條bchY序列編碼的氨基酸序列與Roseibacterium elongatum DSM 19469編碼的脫植酸葉綠素還原酶亞基(Chlorophyllide reductase subunit,BchY)同源,約各占兩湖文庫序列的94%,81%,可見2個文庫中Roseibacterium為最主要的APB類群。扎各斯臺文庫中有6條(代表序列為b161、b81、b13、b44,約占14%)序列與Loktanella vestfoldensis最接近,而達格淖文庫中只有a66與之同源。達格淖湖和扎各斯臺湖文庫中分別有3條bchY氨基酸序列a8、a119、a125和1條序列b12與Alphaproteobacterium Q-1編碼的脫植酸葉綠素還原酶的52.5 kDa的蛋白鏈同源。扎各斯臺湖文庫中有1條bchY氨基酸序列b12與Citromicrobium bathyomarinum同源。達格淖和扎各斯臺文庫各有2條氨基酸序列(a96、a31和b35、b70)分別與紅桿菌屬的Rhodobacter sp.SW2和Rhodobacter sp.CACIA14H1同源。同源性整體比較發(fā)現,兩文庫中bchY編碼的氨基酸與Loktanella vestfoldensis的同源性最高,均在95%以上。與Roseibacterium elongatum DSM 19469編碼的脫植酸葉綠素還原酶亞基(Chlorophyllide reductase subunit,BchY)同源性在88%~91%。達格淖文庫中a96、a31編碼的氨基酸序列與Rhodobacter sp.SW 2的同源性較高,為93%。
圖1 兩湖bchY基因克隆文庫稀釋曲線Fig.1 The rarefaction cu rve of bchY gene clone library of two lakes
對兩湖bchY文庫中在氨基酸序列cutoff=0.12(屬)水平的代表OTU序列構建系統(tǒng)發(fā)育樹(圖2)。對其分析發(fā)現,兩湖文庫中所有bchY核酸序列編碼的氨基酸序列均屬于Alphaproteobacteria綱。其中,a92、a 64、a 37、a 54、a 169、a 24、a 83、b70屬于Unknown Group;達格淖文庫中以a85和a125為代表的bchY序列編碼的氨基酸序列分別與Roseibacterium elongatum DSM 19469和Alpha proteobacterium Q-1聚在同一進化分支,且序列編碼脫植酸葉綠素還原酶,說明這類序列與細菌葉綠素合成有關[22-23]。扎各斯臺文庫中以b200和b44為代表的氨基酸序列分別與Citrom icrobium bathyomarinum和Loktanella vestfoldensis聚在同一進化分支。b81、a66、b13、b161、b44代表的核酸序列編碼的氨基酸序列均屬于Loktanella屬,根據最新含細菌葉綠素a好氧細菌的分類系統(tǒng)[24]以及Yutin等[12]的研究,Roseibacterium屬和Citrom icrobium屬均屬于含細菌葉綠素a好氧細菌,即好養(yǎng)不產氧光合細菌(AAPB類群),Loktanella vestfoldensis屬于厭氧不產氧光合細菌中的紫色硫細菌或紫色非硫細菌[12],結合表4,在兩湖文庫中,不產氧光合細菌中的AAPB占主導地位,厭氧不產氧光合細菌處于居中優(yōu)勢。
以上結果表明兩湖的不產氧光合細菌均屬Alphaproteobacteria綱,最優(yōu)勢菌群均為Roseibacterium elongatum。同源性及系統(tǒng)發(fā)育性分析表明,達格淖和扎各斯臺湖中不產氧光合細菌的主要類型為AAPB-like類群、多樣性低。
表4 達格淖湖和扎各斯臺湖不產氧光合細菌bchY氨基酸序列同源性分析Tab.4 Sim ilarity analysis of Anoxygenic phototrophic bacteria bchY am ino acids sequences of Dagenao Lake and Zagesitai Lake
圖2 達格淖湖和扎各斯臺湖bchY核酸序列的編碼氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.2 Neighbor-joining phylogenetic tree of am ino acid sequences encoded by bchY nucleotide sequences in Dagenao Lake and Zagesitai Lake
3.1 兩湖環(huán)境參數
達格淖湖和扎各斯臺湖的pH值都高于9.0,無機鹽含量均大于3.5 g/L,屬于鹽堿湖,另外根據國際上對湖泊富營養(yǎng)化定義的標準(TP>0.11 mg/L,TN>1.2 mg/L),因此,可以把2個湖劃在富營養(yǎng)化鹽堿湖的范疇。這主要與兩湖所處地理位置以及湖中微生物的群落結構有關,兩湖位于渾善達克沙地,該沙地是內蒙古中部和東部的四大沙地之一[25],降雨量逐年減少,夏季蒸騰作用加強,是致使2個湖泊成為鹽堿湖的主要原因。另外兩湖中不產氧光合細菌能夠通過固氮和固碳作用增加湖水中的氮、碳含量,進而增加湖水中碳源和氮源含量,導致了兩湖的富營養(yǎng)化,這與張彥茹[26]得出達格淖湖和扎各斯臺湖中主要優(yōu)勢類群為Cyanobacteria和Alphaproteobacteria的結果一致。兩湖的其他環(huán)境參數基本相近,只有鹽度相差較大,這可能與采樣的地點選擇有關。本研究中對兩湖不產氧光合細菌多樣性研究對兩湖富營養(yǎng)化的治理提供了一定的理論依據。
3.2 兩湖文庫多樣性指數分析
Koblí ek[27]、Yutin[12]和楊彩霞[28]等均做了有關bchY序列的系統(tǒng)發(fā)育分析,但并沒有給出確切的不產氧光合細菌在種屬水平進行聚類的cutoff值。關于bchY文庫中核酸序列編碼氨基酸序列在種和屬水平進行OTUs分類所設定的cutoff值定在0.03(種水平)和0.12(屬水平),本研究是通過下載數據庫中所有bchY氨基酸序列,并去除不能進行分類的環(huán)境克隆和進化距離大于1.0的序列之后,用軟件MEGA 6.0計算種和屬分類單元內序列間的平均距離后得到的。
通過分析本研究中兩湖文庫的多樣性指數,兩文庫中序列能代表并反映兩湖中APB的多樣性,但兩湖中不產氧光合細菌多樣性不豐富,這與楊彩霞[28]研究接近富營養(yǎng)化的烏梁素海bchY多樣性和Salka等[29]對德國湖泊以及Jiang等[15]研究堿性西藏湖泊得到的結論相似,而與Berman等[30]對淡水湖Lake Kinneret的研究結果相反。結合孫鑫鑫等[31]對烏梁素海富營養(yǎng)化湖區(qū)浮游細菌多樣性研究以及馮勝等[32]對太湖中細菌群落結構對水體富營養(yǎng)化的響應研究,原因可能為兩湖中不產氧光合細菌受富營養(yǎng)化等因素的影響而較低。達格淖湖的Margalef指數較高,說明前者物種數目比后者多,可能原因是分析兩湖不產氧光合細菌多樣性時所用序列為文庫中bchY核酸序列編碼的氨基酸序列或扎各斯臺湖文庫中bchY序列經去除嵌合體后可用的較少,以致其代表的物種少于達格淖湖。
3.3 兩湖文庫bchY編碼氨基酸序列系統(tǒng)發(fā)育分析與類群組成
本研究利用兩湖文庫中bchY核酸序列編碼的氨基酸序列而沒有用bchY核酸序列進行兩湖中不產氧光合細菌多樣性的分析,主要是因為bchY為功能基因,與核酸序列相比,其編碼的氨基酸序列在APB進化過程中變化較小,且其功能隨著核酸序列的突變有可能不會改變,利用bchY編碼的氨基酸序列進行同源性分析和系統(tǒng)發(fā)育分析更為可信。
對兩湖文庫中bchY編碼的氨基酸序列的同源性進行分析,發(fā)現兩湖中不產氧光合細菌種類相似,只有Citromicrobium bathyomarinum和Alpha proteobacterium Q-1分別分布于扎各斯臺湖和達格淖湖。其中達格淖湖和扎各斯臺湖文庫中分別有61,35條bchY序列(各占總序列的94%,81%)編碼的氨基酸序列與Roseibacterium elongatum DSM 19469編碼的脫植酸葉綠素還原酶亞基(Chlorophyllide reductase subunit,BchY)同源,與b200(Citrom icrobium屬)一起歸為AAPB-like亞群,可見兩湖中的APB主要類群為AAPB-like類群。其余類群包括Loktanella vestfoldensis(厭氧不產氧光合細菌類群)、Alpha proteobacterium Q-1均為劣勢類群,但所有這些類群都屬于Alphaproteobacteria綱。這與Salka等[29]和Waidner等[33]的研究結果以及Maˇsín等[34]認為AAPB大量存在于寡營養(yǎng)和恒存性的水體中的結論不太一致,但與Hojerova等[35]認為AAPs在更加富營養(yǎng)化的環(huán)境中繁殖更加一致。原因一方面是本研究利用氨基酸序列進行OTUs的分類并進行同源性分析,結果可能會與利用核酸序列進行分析的結果有差異性,另一方面可能是在具體試驗如從文庫中隨機挑選克隆子等方面有偏好性或菌群結構地理分布不同以及湖水水質情況等其他原因,其具體原因還有待進一步分析。
兩文庫中約有90%bchY序列對應的氨基酸序列與脫植酸葉綠素還原酶亞基和酶鏈(Chlorophyllide reductase subunit&Chlorophyllide reductase 52.5 kDa chain)同源,說明兩湖中約有90%的不產氧光合細菌可以產生細菌葉綠素,能夠進行光合作用[21-22]。且有研究發(fā)現,許多光合細菌在含有光合基因的同時含有固氮鐵蛋白基因nif[36],由于APB的固氮和產氫作用是同時進行的,因此,不產氧光合細菌在利用光合作用進行生長的同時能進行固氮和產氫作用。而且當富營養(yǎng)化產生的浮游生物死亡沉入水底后被腐敗菌分解產生有毒物質,嚴重污染水質,APB能夠利用這些有毒的胺類、H2S、有機酸等有機化合物[37-38]作為光合作用的供氫體、碳源和氮源,有較強的分解去除有機物的生理特性,對湖水的污染有預防作用。但與Boeuf等[39]對北極深海中光合細菌的多樣性及其對海洋的重要意義的研究相比,本研究中不產氧光合細菌的群落結構及其與鹽堿湖達格淖湖和扎各斯臺湖環(huán)境和水質情況之間的生態(tài)關系還需進一步的研究。
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Diversity of Anoxygenic Photosynthetic Bacterial and Environm ent Adaptation Relationship in Dagenao and Zagesitai Haloalkaline Lakes in Desert Hunshandake
BAO Lide,JI Jinhua,LIU Kelan,FENG Fuying
(College of Life Sciences,Inner Mongolia Agricultural University,Huhhot 010018,China)
Reports about research on the diversity of Anoxygenic phototrophic bacteria(APB)in haloalkaline lakes are too rarely.This experiment constructed and analyzed Anoxygenic phototrophic bacteria bchY gene library of Dagenao Lake and Zagesitai Lake to reveal the diversity and community structure of APB in two lakes and their relation with living environment for the sake of understanding APB and their ecology function and its mechanism.The water samples were collected from the Dagenao Lake and Zagesitai Lake which have higher salinity in Hunshandake desert in Inner Mongolia,and their total DNA were extracted.Their bchY libraries were constructed by PCR amp lification method using bchY as standard marker for the detection of APB,the amplification products were sequenced and the phylogenetic analysis has been carried out.The results showed that Dagenao Lake and Zagesitai Lake were Eutrophical haloalkaline lakes and the salinity of two lakes was obviously different.Analysis of the amino acid sequences encoded by bchY nucleotide sequences in two libraries discovered that the coverages of two lakes were over 93%and strongly representative.108 amino acid sequences encoded by bchY were obtained from the two libraries totally and these sequences were divided into 17 operational taxonom ic units(OTUs)with the cutoff value of 0.03and analyzed the similarity and phylotype composition under the genus(0.12)and species(0.03)lever.The diversity index and evenness index of two lakeswere too approaching,therefore the diversity and evenness of species in two lakes were very similar,while their Chao1 values were law,indicated that the diversities of APB in two lakes were relatively low and the species were not too abundant.The Margalef index of Dagenao Lake was more higher,which indicated that the number of species in Dagenao Lake wasmore than Zagesitai Lake.In both libraries all of APB belonged to A lphaproteo bacteria class,and the predom inant OTUs was Roseibacterium elongatum,diversity of APB in two lakes were similar and lower.Analysis of the similarity and phylotype composition revealed that themain type of APB was AAPB-like group,and the diversity of APB was lower.This study provided theoretical foundation and basis for understanding APB and their ecological role and function.
Haloalkaline lake;Anoxygenic phototrophic bacteria(APB);bchY gene;Cutoff value;OTUs;Analysis of phylotype composition;Diversity;Gene library
Q938.1 文獻標識碼:A 文章編號:1000-7091(2016)03-0147-08
10.7668/hbnxb.2016.03.022
2016-01-10
國家自然科學基金項目(30760004)
寶力德(1961-),男,內蒙古西烏珠穆沁人,副教授,博士,主要從事生物化學與分子生物學研究。
馮福應(1973-),男,內蒙古包頭人,教授,博士,主要從事微生物資源與應用研究。