肖新?lián)Q 闕萬才 黃寧 劉峰 蘇煒華 吳期濱 蘇亞春
摘 要 為了解14-3-3基因在甘蔗黑穗病抗性中的作用,本研究以課題組前期構(gòu)建的甘蔗抗黑穗病抑制消減雜交文庫中篩選出的1個與14-3-3基因同源的EST序列作為探針,利用電子克隆和RT-PCR方法從甘蔗ROC22品種中分離到1個Sc14-3-3基因(GenBank Accession Number:KJ577592),并對其序列信息和基因表達情況進行分析。結(jié)果顯示,該基因ORF長771 bp,編碼256個氨基酸殘基;Sc14-3-3是定位于細胞質(zhì)的親水蛋白,無跨膜螺旋區(qū)及信號肽,有10個Ser、3個Thr和7個Tyr潛在的磷酸化位點,并在N-端有4個蛋白結(jié)合區(qū)和1個多核苷酸結(jié)合區(qū),對翻譯和能量新陳代謝起著重要作用;該蛋白屬非ε類群,其N-端和中間區(qū)域在不同物種間相對保守,C-端差異相對較大?;虮磉_模式分析顯示,Sc14-3-3基因可能參與甘蔗對生物逆境的細胞免疫響應(yīng),其對MeJA介導的信號途徑應(yīng)答較SA和ABA早;黑穗病菌脅迫下,Sc14-3-3基因在甘蔗抗感品種中的表達模式存在差異,其在抗黑穗病品種YC05-179中上調(diào)表達且表達量變化明顯,揭示了該基因參與甘蔗對黑穗病的應(yīng)答反應(yīng)。以上結(jié)果為甘蔗Sc14-3-3基因的功能研究積累了一定的基礎(chǔ)資料,并為今后甘蔗的抗病分子育種提供后備基因資源。
關(guān)鍵詞 甘蔗;14-3-3基因;生物信息學;熒光定量PCR
中圖分類號 S566.1 文獻標識碼 A
Abstract In order to understand the function of 14-3-3 gene in sugarcane smut resistance, based on an EST highly similar to 14-3-3 gene selected from the suppression subtractive hybridization library corresponding to sugarcane smut resistance, we cloned a Sc14-3-3 gene(GenBank Accession Number: KJ577592)from sugarcane ROC22, by electronic cloning using this EST as the probe to search the dbEST couple with RT-PCR amplification method. Sequence information and expression patterns of Sc14-3-3 gene were analyzed. The results showed that the Sc14-3-3 gene contained a complete ORF(771 bp)encoding 256 amino acid residues. Sc14-3-3 was a hydrophilic protein without signal peptides and transmembrane helix localized in the cytoplasm. The protein contained 10 serine, 3 threonine and 7 tyrosine potential phosphorylation sites and had four protein binding regions and a polynucleotide binding domain in its N-end, which played an important role in the translation and energy metabolism. Amino acid homology analysis revealed that the protein belonged to non-ε groups, and its N-terminal and middle regions were relatively conservative in different species, C-terminal relatively larger difference. The expression analysis showed that the Sc14-3-3 gene might be involved in the immune response which was caused by biotic stress. The quantitative results suggested an earlier reply to MeJA signaling pathway than in SA and ABA stresses. Under the smut pathogen stress, the expression patterns of Sc14-3-3 were different between sugarcane susceptible cultivar ROC22 and resistant cultivar YC05-179. Compared with ROC22, Sc14-3-3 gene was up-regulated and had significant expression change in YC05-179. The phenomenon indicated that the Sc14-3-3 gene involved in the smut resistance of sugarcane cultivars. This study will accumulate the basic information for its functions to further identified, and provide back-up genetic resources for future molecular disease-resistant breeding in sugarcane.
Key words Sugarcane; 14-3-3 gene; Bioinformatics; Real-time PCR
doi 10.3969/j.issn.1000-2561.2016.01.019
1967年,Mooore等[1]在牛腦細胞中首次發(fā)現(xiàn)一種大小在25~32 ku之間的異源二聚體酸性可溶蛋白,根據(jù)二乙氨乙基纖維素柱(DEAE cellulose)層析分離出片段數(shù)及其在淀粉凝膠電泳上的遷移率,命名為14-3-3蛋白。在之后的很長一段時間里,14-3-3蛋白被認為是一種腦特異蛋白,直到它首次在4種不同的植物中得到報道,即大麥(Hordeum vulgare)[2]、擬南芥(Arabidopsis thaliana)[3]、菠菜(Spinacia oleracea)和月見草(Oenothera biennis)[4]。隨后的研究顯示,14-3-3蛋白存在于幾乎所有的真核生物中[5]。迄今,已在多種植物中分離克隆到該蛋白基因,如大麥[2]、菠菜和月見草[3]、水稻(Oryza sativa)[6]、玉米(Zea mays)[7]、橡膠樹(Hevea brasiliensis)[8]、擬南芥[3,9]等。研究表明,14-3-3蛋白的分布具有組織特異性,主要分布于細胞質(zhì)中[10],同時也分布于質(zhì)膜[11]、類囊體膜[12]、線粒體基質(zhì)[13]、葉綠體基質(zhì)[14]以及細胞核[15]上。Sehnke等[16-17]研究發(fā)現(xiàn)14-3-3蛋白在亞細胞中的定位與其蛋白結(jié)構(gòu)上的不同異構(gòu)型有關(guān)。此外,研究還揭示14-3-3蛋白序列高度保守,不同家族成員在結(jié)構(gòu)上都表現(xiàn)出極大的相似性[18]。動植物14-3-3蛋白同工型具有70%的相似性,然而卻不存在進化的同源性[19]。
前人研究表明,14-3-3蛋白屬于生物細胞中重要的調(diào)節(jié)蛋白,通常以同源或者異源二聚體的形式存在,通過識別特異的磷酸化序列,與多種靶標信號蛋白結(jié)合,調(diào)控基因的表達[20]。其中,磷酸化的絲氨酸和蘇氨酸殘基的靶蛋白較易與14-3-3蛋白結(jié)合,調(diào)節(jié)植物的基礎(chǔ)代謝、物質(zhì)運輸及植物病害和脅迫應(yīng)答反應(yīng)等[21]。Seehaus等[22]利用DDRT-PCR(differential display reverse transcription PCR,差異顯示反轉(zhuǎn)錄PCR)技術(shù)篩選感染假單孢菌(Pseudomonas syringae pv. glycinea)大豆(Glycine max)的超敏反應(yīng)中的差異表達基因,獲得了一個表達量增加的14-3-3基因。Hill等[23]在所構(gòu)建的棉花(Gossypium spp.)根部感染枯萎病菌(Fusarium oxysporum f. sp. vasinfectum)24 h的文庫中,檢測到了14-3-3基因的轉(zhuǎn)錄積累。Finnie等[24]在無毒白粉病菌(Blumeria graminis)感染后的大麥表皮細胞層中,發(fā)現(xiàn)14-3-3基因和H+-ATP酶基因的表達量增加,同時14-3-3蛋白和H+-ATP酶復合物同步增加。蔡英卿等[25]以龍眼(Dimocarpus longan)為研究材料發(fā)現(xiàn),龍眼體胚發(fā)生過程中,在與轉(zhuǎn)錄因子相互作用下,14-3-3蛋白參與激素信號轉(zhuǎn)導途徑,調(diào)控胚性相關(guān)基因的表達;同時,該蛋白在結(jié)合質(zhì)膜H+-ATP酶和鉀離子通道蛋白后,參與龍眼體胚發(fā)生過程胚性維持或形態(tài)建成。Yan等[26]以擬南芥為實驗材料,使用酵母雙雜技術(shù)證實,錨蛋白重復序列和14-3-3蛋白家族可以相互作用并參與介導防衛(wèi)應(yīng)答的PR1表達負調(diào)控。羅煉芳等[27]研究發(fā)現(xiàn),甘蔗(Saccharum spp.)14-3-3基因(GenBank Accession Number:AY222859)在不同組織中均有表達,且在甘蔗的莖中,14-3-3基因有著較高的表達水平,推測14-3-3基因可能參與了多種信號通路,并且與甘蔗的糖代謝相關(guān)。
甘蔗是世界上最重要的糖料作物,同時,甘蔗作為C4作物,具有較強的光合速度和干物質(zhì)積累能力,是最具有發(fā)展?jié)摿Φ目稍偕茉醋魑铩H欢?,在生產(chǎn)過程中,甘蔗病害和不良農(nóng)藝性狀嚴重影響甘蔗的生長及產(chǎn)量。因此,抗性和優(yōu)良農(nóng)藝性狀的研究非常緊迫,而挖掘與此相關(guān)的基因是首要基礎(chǔ)。植物14-3-3蛋白與其靶蛋白相互作用,調(diào)控細胞信號轉(zhuǎn)導途徑、參與生物和非生物脅迫及病原防衛(wèi)應(yīng)答[28]。目前,有關(guān)14-3-3基因的研究已有不少相關(guān)報道,但甘蔗中僅見有關(guān)14-3-3基因的組織特異性表達及其與糖代謝和礦物元素吸收之間關(guān)系的初步探討[27],尚未見14-3-3基因在甘蔗抗病性中功能及其作用途徑的研究報道。
SSH(suppression subtractive hybridization,抑制消減雜交)技術(shù)以抑制PCR擴增為基礎(chǔ),能夠高效、快速的篩選2個不同生物材料間的差異表達基因,尤其適合于甘蔗這種基因組尚不完全清晰的物種[29]。前期,本課題組利用SSH技術(shù)研究甘蔗抗黑穗病性的分子機制,獲得了一些與甘蔗黑穗病抗性相關(guān)的基因或ESTs。為此,本研究以黑穗病菌脅迫下,甘蔗ROC22品種SSH文庫中篩選出的與14-3-3基因同源的EST序列為探針,應(yīng)用電子克隆及RT-PCR技術(shù)從甘蔗中分離獲得Sc14-3-3蛋白基因,并對其序列特征與基因表達情況進行分析,以期獲得該基因功能的基礎(chǔ)資料,為研究甘蔗抗黑穗病分子機制奠定一定的理論基礎(chǔ),及為利用轉(zhuǎn)基因技術(shù)培育抗黑穗病甘蔗品種提供基因資源。
1 材料與方法
1.1 材料
甘蔗品種ROC22(感黑穗病品種)和崖城05-179 (YC05-179,抗黑穗病品種)由福建農(nóng)林大學農(nóng)業(yè)部福建甘蔗生物學與遺傳育種重點實驗室提供。具體研究材料如下:(1)取ROC22植株的側(cè)芽用于RT-PCR擴增驗證;(2)水培法處理ROC22和YC05-179的蔗莖,并在蔗芽生長點部位針刺接種5×106個/mL的黑穗病菌孢子,對照組接種無菌水。分別取0、24、48、72、120 h的蔗芽,用于生物逆境脅迫表達分析研究;(3)沙培法培育YC05-179的蔗莖至其長出第四或第五葉,選取長勢一致的蔗苗洗凈沙子,于大燒杯中復水1周,分別用水楊酸(salicylic acid,SA,5 mmol/L)、茉莉酸甲酯(methyl jasmonate,MeJA,100 μmol/L)和脫落酸(abscisic acid,ABA,100 μmol/L)進行噴射葉面處理,并取處理6、12、24 h的蔗葉用于非生物逆境脅迫表達分析研究,同時以0 h未處理的蔗葉作為對照。以上所有取材均立即用液氮速凍,然后保存于-80 ℃冰箱,供實時熒光定量PCR(real time quantitative PCR,RT-qPCR)檢測用。
1.2 方法
1.2.1 總RNA的提取和cDNA的合成 采用Trizol法提取甘蔗材料的總RNA,經(jīng)檢測合格后再利用TaKaRa公司的PrimeScriptTM RT-PCR Kit反轉(zhuǎn)錄試劑盒合成第一鏈cDNA,-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2.2 甘蔗Sc14-3-3基因的電子克隆及RT-PCR擴增驗證 以黑穗病菌脅迫下,甘蔗ROC22品種SSH文庫中篩選出的與14-3-3基因同源的EST序列為探針,在甘蔗EST數(shù)據(jù)庫中進行tblastn搜索,找到與此探針序列同源性較高的EST序列,并使用DNAStar軟件中的SeqMan對相關(guān)的Unigene進行拼接,得到全長cDNA序列,然后運用NCBI中的Conserved Domains(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Structure/cdd/wrpsb.cgi)分析該序列的保守結(jié)構(gòu)域,并用ORF Finder在線程序(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gorf/gorf.html)分析其開放閱讀框。
使用Primer 5.0對拼接獲得的電子克隆序列進行RT-PCR擴增引物設(shè)計,引物信息如表1中的Sc14-3-3a。參考TaKaRa公司的ExTaq酶說明書,以ROC22蔗芽cDNA為模板進行RT-PCR擴增。其擴增程序為:94 ℃ 4 min;94 ℃ 30 s,52 ℃ 30 s,72 ℃ 1 min,35個循環(huán);72 ℃ 10 min。以1.0%瓊脂糖凝膠電泳進行擴增產(chǎn)物的檢測,當產(chǎn)物片段大小與電子克隆預(yù)測大小相同時,使用Gel Extraction Kit純化回收該PCR擴增產(chǎn)物,進行TA克隆并送測序。
1.2.3 生物信息學分析 使用多種軟件及在線分析工具進行生物信息學分析,所用的主要數(shù)據(jù)庫及工具列于表2。
1.2.4 甘蔗Sc14-3-3基因的RT-qPCR引物設(shè)計及篩選 根據(jù)RT-qPCR引物設(shè)計原則,并以該目的基因的保守序列為參考,用AlleleID7.6軟件設(shè)計熒光定量PCR引物,引物序列見表1中的Sc14-3-3b。將逆轉(zhuǎn)錄模板按照2倍稀釋法稀釋,反應(yīng)體系依SYBR Green PCR Master Mix試劑盒(Roche)說明書進行配置,按照程序(50 ℃ 2 min;95 ℃ 10 min;95 ℃ 15 s,60 ℃ 1 min,45個循環(huán))在ABI 7500熒光定量PCR儀上進行實驗。實驗時每個樣品一式3份,反應(yīng)后進行溶解曲線分析和標準曲線制定,以鑒定引物的特異性及擴增效率是否良好。
1.2.5 甘蔗Sc14-3-3基因的表達量測定及分析
分別以(1)ROC22和YC05-179接種黑穗病菌后0、24、48、72、120 h的蔗芽cDNA,(2)YC05-179經(jīng)SA、MeJA、ABA誘導0、6、12、24 h的葉片cDNA為模板進行甘蔗Sc14-3-3基因的表達量測定。根據(jù)RT-qPCR引物的篩選結(jié)果,參考前人的研究選擇GAPDH(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)作為內(nèi)參基因[30](引物序列見表1中的GAPDH),反應(yīng)時每個樣品設(shè)置3次重復,按照上述反應(yīng)體系和反應(yīng)程序進行擴增。待擴增程序結(jié)束后,在ABI PRISM7500 real-time PCR system軟件上對數(shù)據(jù)進行初步篩選分析后,導出定量數(shù)據(jù)文件,采用2-△△CT算法分析各基因的表達模式。數(shù)據(jù)分析結(jié)果由Excel表格計算得出。
2 結(jié)果與分析
2.1 Sc14-3-3基因的電子克隆及RT-PCR驗證
以黑穗病菌脅迫下,甘蔗ROC22品種SSH文庫中篩選出的與14-3-3基因同源的EST序列為探針,電子克隆到1條拼接序列,其具有完整的開放讀碼框,編碼256個氨基酸,且包含14-3-3基因的保守序列,命名為Sc14-3-3基因(GenBank Accession Number:KJ577592)。實驗以ROC22蔗芽的cDNA為模板進行的RT-PCR驗證結(jié)果如圖1所示。PCR產(chǎn)物連接載體、轉(zhuǎn)化、測序后,經(jīng)NCBI中的blastp比對可知,該基因的氨基酸序列與羅煉芳等[27]報道的甘蔗Sc14-3-3蛋白相同,但編碼氨基酸的堿基及該基因的3′端卻有所差異(2.66%)(圖2),說明甘蔗的不同品種之間對14-3-3基因有堿基偏好性,同時也暗示甘蔗Sc14-3-3家族基因中不同成員之間的序列差異可能主要體現(xiàn)在其3′位置。
2.2 Sc14-3-3基因編碼蛋白的氨基酸序列分析
Sc14-3-3基因推導編碼氨基酸序列的疏水性/親水性分析結(jié)果顯示,整條多肽鏈沒有明顯的疏水區(qū),GRAVY值為-0.501,推測甘蔗Sc14-3-3蛋白是一種親水蛋白。由跨膜結(jié)構(gòu)預(yù)測可知,Sc14-3-3蛋白沒有跨膜螺旋區(qū),不是跨膜蛋白。信號肽預(yù)測結(jié)果表明,Sc14-3-3蛋白不含信號肽。根據(jù)PredictProtein和NetPhos 2.0 Server在線軟件預(yù)測可知,該蛋白定位于細胞質(zhì)(圖3);存在20個潛在磷酸化位點,即10個Ser磷酸化位點、3個Thr磷酸化位點和7個Tyr磷酸化位點(圖4);結(jié)合位點區(qū)域位于N-端,包括4個蛋白結(jié)合區(qū)和1個多核苷酸結(jié)合區(qū),以氨基酸殘基位點表示分別為第1、15、34、40和58位(圖5)。使用Profun 2.2 Server對甘蔗Sc14-3-3蛋白進行功能預(yù)測,結(jié)果顯示,該蛋白的主要功能為翻譯和能量代謝。
2.3 Sc14-3-3基因編碼蛋白的同源比對及進化分析
以甘蔗Sc14-3-3氨基酸序列為探針,使用NCBI中的BlastP程序,篩選出多個14-3-3蛋白。從中選取的谷子(Setaria italica_gb|XP_004968972.1|)、玉米(Zea mays_gb|NP_001151592.1|)、短花藥野生稻(Oryza brachyantha_gb|XP_006659421.1|)、高粱(Sorghum bicolor_gb|XP_002445779.1|)、二穗短柄草(Brachypodium distachyon_gb|XP_003574509.1|)和田野貝母(Fritillaria agrestis_gb|AAC04811.1|)與甘蔗Sc14-3-3蛋白的氨基酸序列相似性分別為99%、99%、98%、98%、95%和91%。使用DNAMAN軟件中的多重比對功能,對甘蔗14-3-3蛋白的氨基酸序列與以上6個物種的氨基酸序列進行多序列比對(圖6),結(jié)果顯示,不同物種間,該蛋白的N-端和中間區(qū)域相對保守,C-端差異相對較大,推測該基因的結(jié)構(gòu)是甘蔗為適應(yīng)環(huán)境或生長發(fā)育所致。
為進一步研究Sc14-3-3蛋白的分類,從NCBI中選取了擬南芥和水稻的8個14-3-3蛋白,并用MEGA5.0軟件構(gòu)建了系統(tǒng)進化樹(圖7)。結(jié)果表明,甘蔗Sc14-3-3蛋白與擬南芥GF14 φ、GF14 ψ、GF14 κ和水稻GF14 f聚在同一分支,擬南芥GF14 ε、GF12 ρ、GF14 μ和水稻GF14 g聚在另一分支。研究顯示,植物14-3-3蛋白主要分為2個類群:ε類群和非ε類群[19]。擬南芥GF14 φ、GF14 ψ、GF14 κ和水稻GF14 f為非ε類群,擬南芥GF14 ε、GF12 ρ、GF14 μ和水稻GF14 g為ε類群[6,31],其中,14-3-3基因的ε類群不同于非ε類群的基因之處在于ε類群都有一個相同的外顯子結(jié)構(gòu)[31],故推測該Sc14-3-3基因?qū)儆诜铅蓬惾?,無此外顯子結(jié)構(gòu)。
2.4 Sc14-3-3基因的RT-qPCR分析
2.4.1 Sc14-3-3基因引物的評估 采用2倍稀釋法稀釋ROC22蔗芽組織的cDNA模板,其濃度梯度分別為2-1,2-2,2-3,2-4,2-5。圖8為Sc14-3-3基因RT-qPCR產(chǎn)物的溶解曲線圖,由圖8可見,該基因擴增產(chǎn)物的溶解曲線均為單峰,表明該引物(Sc14-3-3b)的特異性較高。根據(jù)CT值制定用于擴增Sc14-3-3基因的標準曲線(圖9),其相關(guān)系數(shù)R2=0.995 8∈(0.99,1),表明該曲線的線性關(guān)系成立。引物的擴增效率與曲線斜率相關(guān),即擴增效率(E)=10(1/斜率)-1,由此算出引物Sc14-3-3b的E=0.987∈(0.95,1.05),表明擴增效率較高,可用于基因的定量表達分析研究。
2.4.2 甘蔗Sc14-3-3基因在SA、MeJA和ABA脅迫下的表達特性分析 SA[32]、MeJA[33]和ABA[34]等3種激素是良好的生物脅迫模擬劑。在SA、MeJA和ABA脅迫下,甘蔗Sc14-3-3基因的表達特性分析如圖10所示。具體地,SA、MeJA、ABA脅迫下,YC05-179中Sc14-3-3基因均上調(diào)表達,但表達情況卻有所不同:脅迫6~24 h的YC05-179材料中,MeJA處理下Sc14-3-3基因的相對表達量在6 h時急劇增加,約為0 h的4.21倍,之后表達量雖仍在增加,但增加的幅度逐漸降低;SA和ABA脅迫下Sc14-3-3基因的相對表達量均隨著處理時間的增加而增加,但在各時間點的相對表達量均較MeJA脅迫下的要低。此外,在12 h時,SA和ABA脅迫對Sc14-3-3基因的表達量的影響效果相似,均約為對照組的2.00倍,但6 h時,SA脅迫下該基因的相對表達量大于ABA脅迫,24 h時卻與此相反。從以上研究結(jié)果可以推測,甘蔗Sc14-3-3基因與其響應(yīng)生物脅迫(比如黑穗病菌)的機制有關(guān)。
2.4.3 甘蔗Sc14-3-3基因在黑穗病菌脅迫下的表達特性分析 黑穗病菌脅迫下,甘蔗Sc14-3-3基因在ROC22和YC05-179材料中的表達特性分析如圖11所示。在ROC22材料中,無論是對照組還是處理組,甘蔗Sc14-3-3基因的表達都受到抑制,且隨處理時間的增加,其表達量的變化不明顯,但處理組的相對表達量普遍比對照組高,其中,24 h和48 h時表現(xiàn)最為顯著;YC05-179材料中,對照組的Sc14-3-3基因的表達受到抑制,且各處理時間點的表達量沒有明顯差異,而處理組中Sc14-3-3基因的表達量隨著處理時間的延長不斷增加,120 h時,處理組和對照組中該基因的相對表達量相差最大。以上研究證明,本研究所克隆的Sc14-3-3基因在甘蔗抗性材料中積極應(yīng)答黑穗病菌脅迫,可能與甘蔗抗黑穗病性有關(guān)。
3 討論與結(jié)論
在細胞信號轉(zhuǎn)導中,信號分子通常使靶分子磷酸化,進而激活或者抑制靶分子的生物活性[28]。然而,有研究表明,僅磷酸化并不足以完成信號調(diào)節(jié)全過程,還需要和14-3-3蛋白結(jié)合來完成靶蛋白的轉(zhuǎn)化從而調(diào)控其活性[35-37]。14-3-3蛋白在真核生物中廣泛存在且高度保守,調(diào)節(jié)生命活動的許多過程[5,18]。活性形式的14-3-3蛋白以二聚體形式,通過接頭或支架作用與發(fā)生磷酸化的目標靶蛋白相應(yīng)結(jié)構(gòu)域結(jié)合,并發(fā)生相互作用,調(diào)節(jié)細胞信號轉(zhuǎn)導過程[38-39]。14-3-3蛋白對不同靶蛋白的調(diào)節(jié)效應(yīng)差別很大,如可以導致靶蛋白激活、滅活、降解、穩(wěn)定性增高或者改變靶蛋白胞內(nèi)定位[40-42],盡管如此,14-3-3蛋白與磷酸化靶蛋白結(jié)合從而調(diào)控信號轉(zhuǎn)導過程依然是廣泛存在的[35]。
本研究基于構(gòu)建的甘蔗SSH文庫,結(jié)合電子克隆技術(shù)和RT-PCR擴增技術(shù),從甘蔗品種ROC22中克隆到了一個甘蔗14-3-3蛋白基因,命名為Sc14-3-3(GenBank Accession Number:KJ577592)。該基因包含14-3-3基因的保守序列,有完整的開放讀碼框,編碼256個氨基酸,且其氨基酸序列與羅煉芳等[27]報道的甘蔗Sc14-3-3蛋白相同,但編碼氨基酸的堿基及該基因的3′端卻有所差異(2.66%),說明是同一個14-3-3蛋白家族成員,但在自然進化或人工選擇的過程中,甘蔗的不同品種之間對14-3-3基因有堿基偏好性。生物信息學分析結(jié)果顯示,該編碼蛋白無信號肽和跨膜螺旋區(qū),定位于細胞質(zhì)中。根據(jù)前人研究[43],擬南芥14-3-3蛋白前體無信號肽,但它們分散于細胞核、生物膜或其它細胞腔隙中,目前普遍認為14-3-3蛋白的亞細胞定位可由其靶蛋白的信號肽引導,或通過和靶蛋白的相互作用定位于它們復合體的所在區(qū)域[43-44],因此,推測該甘蔗Sc14-3-3蛋白與其靶蛋白于細胞質(zhì)中進行互作。PredictProtein和Profun 2.2 Server在線軟件預(yù)測顯示,該Sc14-3-3蛋白具有多個潛在的磷酸化(Ser、Thr、Tyr)位點,并在N-端有4個蛋白結(jié)合區(qū)和1個多核苷酸結(jié)合區(qū),且對翻譯有一定的作用。有研究結(jié)果表明,14-3-3蛋白的每一單體都有1個靶蛋白結(jié)合位點[45-46],穩(wěn)定的N-端氨基酸殘基區(qū)域有助于14-3-3蛋白二聚體的形成及某些靶蛋白的結(jié)合能力,而C-端直接參與蛋白質(zhì)間的相互作用[46],推測2個甘蔗Sc14-3-3蛋白單體在N-端結(jié)合形成二聚體,并在C-端形成凹穴,作為靶蛋白的作用面[27],同時,Sc14-3-3蛋白通過結(jié)合2個靶肽或1個靶肽的2個結(jié)構(gòu)域,在C-端進行相互作用,增強/抑制翻譯作用、調(diào)控靶蛋白的活性或與其他蛋白的結(jié)合能力等[40]。
前人研究表明,14-3-3蛋白廣泛參與了植物對各種脅迫應(yīng)答的信號轉(zhuǎn)導過程及病原防衛(wèi)應(yīng)答反應(yīng)。大麥在抵御白粉病菌的過程中,14-3-3蛋白的累積量增加[24];水稻OsGFl4b和OsGFl4g幾乎可被所有的脅迫和激素誘導[47];小麥(Triticum aestivum)Ta14R1和Ta14R2基因均受ABA誘導而呈現(xiàn)上調(diào)表達,通過依賴ABA的非生物脅迫響應(yīng)途徑發(fā)揮作用[48];機械傷害或殼聚糖或甲基茉莉酸酮酯脅迫下,白云杉(Picea glauca)和雜交白楊(Populus tomentosa Carr)中14-3-3的轉(zhuǎn)錄水平增強[49-50]。本研究利用實時熒光定量PCR技術(shù)分析了甘蔗Sc14-3-3基因受SA、MeJA和ABA誘導和黑穗病菌脅迫下的表達情況,結(jié)果表明,SA、MeJA、ABA誘導后,YC05-179中,該Sc14-3-3基因均呈現(xiàn)上調(diào)表達趨勢,且MeJA脅迫下各處理時間點的表達量都比SA和ABA高,表明該Sc14-3-3基因可能參與甘蔗對不同生物逆境[49-50]的細胞免疫響應(yīng),且對MeJA介導的信號途徑應(yīng)答較早;尤其值得注意的是,無論是否經(jīng)黑穗病菌脅迫,ROC22中該Sc14-3-3基因都下調(diào)表達,且表達量變化不大,而YC05-179中,該基因僅在黑穗病菌脅迫后的材料中上調(diào)表達,且表達量隨時間延長而增加,表明該Sc14-3-3基因在甘蔗抵御黑穗病的過程中發(fā)揮著一定的作用,但抗感材料中Sc14-3-3基因?qū)谒氩∶{迫的應(yīng)答反應(yīng)不同,即在感黑穗病甘蔗材料中其調(diào)控模式應(yīng)該是負調(diào)控,而在抗黑穗病材料中,黑穗病菌的誘導使其調(diào)控模式相反,可能是抗性材料中某些特異調(diào)節(jié)蛋白的改變或靶蛋白的活性變化影響了Sc14-3-3基因的表達。
綜上所述,本研究從甘蔗中克隆獲得了Sc14-3-3基因的全長序列,并通過生物信息學手段及RT-qPCR技術(shù),分析了該基因的特征及其表達特性,發(fā)現(xiàn)該基因可能介導甘蔗對黑穗病的抗性,但由于14-3-3蛋白存在多種同工型,并且在任一時刻都同時存在多種靶蛋白,因此,要想進一步的明確該基因的功能,還需要更深入的研究。
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責任編輯:黃 艷