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廣西崇左市山黃皮種質(zhì)資源調(diào)查及ISSR遺傳多樣性分析

2016-05-30 20:13覃振師鄧立寶王文林陳海生譚德錦黃錫云湯秀華
關(guān)鍵詞:種質(zhì)資源

覃振師 鄧立寶 王文林 陳海生 譚德錦 黃錫云 湯秀華

摘要:【目的】分析廣西崇左市山黃皮種質(zhì)資源的遺傳多樣性,為山黃皮資源的分類、鑒定、保護(hù)和開(kāi)發(fā)利用提供理論依據(jù)。【方法】調(diào)查和收集廣西崇左市龍州縣、寧明縣、憑祥市、江州區(qū)、天等縣、扶綏縣和大新縣7個(gè)縣(市、區(qū))的山黃皮種質(zhì)資源,并進(jìn)行ISSR-PCR擴(kuò)增、聚類分析和主成分分析?!窘Y(jié)果】15條多態(tài)性ISSR引物可從50份山黃皮種質(zhì)資源中擴(kuò)增出136條帶,多態(tài)性條帶比例為55.15%;各山黃皮種質(zhì)間的相似系數(shù)在0.769~0.942,平均0.875。聚類分析結(jié)果顯示,ISSR分子標(biāo)記能將供試材料完全區(qū)分,在遺傳相似系數(shù)0.864處,可將50份山黃皮種質(zhì)資源聚為A、B兩大組,其中A組包括來(lái)自龍州縣、寧明縣、憑祥市、江州區(qū)和扶綏縣的40份種質(zhì),B組包括來(lái)自天等縣和大新縣的10份種質(zhì)。主成分分析結(jié)果表明,前三主成分貢獻(xiàn)率依次為12.11%、8.73%和7.68%,累積貢獻(xiàn)率為28.52%;主成分分析可將50份山黃皮種質(zhì)資源分為兩大類,與聚類分析結(jié)果基本一致?!窘Y(jié)論】廣西崇左市山黃皮種質(zhì)資源較豐富,大部分山黃皮種質(zhì)親緣關(guān)系較接近,且與地理起源有一定的相關(guān)性,NM9、TD1、DX2和JZ5等遺傳差異較大的種質(zhì)可作為山黃皮優(yōu)良品種和單株選育及良種繁育等研究的重要材料。

關(guān)鍵詞: 山黃皮;種質(zhì)資源;ISSR;廣西崇左市

中圖分類號(hào): S663.9 文獻(xiàn)標(biāo)志碼:A 文章編號(hào):2095-1191(2016)07-1071-06

0 引言

【研究意義】山黃皮[Clausena indica (Dalz.) Oliv]俗稱雞皮果,為蕓香科柑桔亞科黃皮屬(Clausena)多年生常綠大灌木或小喬木,其果實(shí)和樹(shù)葉均具有特殊香味,果皮、核、根可入藥,是優(yōu)良調(diào)味佳品,且具有生津止渴的功效,其用途廣泛,經(jīng)濟(jì)價(jià)值高(黃峰等,2005;梁立娟等,2011)。山黃皮主要分布于南亞熱帶地區(qū)的中國(guó)、越南、菲律賓等國(guó)家,在我國(guó)主要分布于廣西西南部、云南南部、廣東新會(huì)等地(藍(lán)慶江等,2008;覃振師等,2012)。廣西崇左市是我國(guó)最重要的山黃皮產(chǎn)區(qū)之一,資源豐富,分布范圍廣,但其山黃皮研究基礎(chǔ)薄弱,缺乏系統(tǒng)調(diào)查資料和遺傳多樣性信息,山黃皮品種分類較混淆,主觀性大,仍存在同物異名和同名異物的現(xiàn)象,影響了山黃皮種質(zhì)資源的開(kāi)發(fā)、利用和保護(hù)。因此,調(diào)查廣西崇左市山黃皮種質(zhì)資源并研究其遺傳多樣性,對(duì)制定山黃皮產(chǎn)業(yè)發(fā)展規(guī)劃、開(kāi)展科學(xué)研究和指導(dǎo)生產(chǎn)具有重要意義?!厩叭搜芯窟M(jìn)展】近年來(lái),分子標(biāo)記技術(shù)被廣泛應(yīng)用于黃皮屬種質(zhì)資源研究。劉小梅等(2007)對(duì)影響RAPD-PCR擴(kuò)增的Mg2+、dNTPs、Taq DNA聚合酶、引物濃度及退火溫度等因素進(jìn)行優(yōu)化,建立了黃皮RAPD-PCR反應(yīng)體系。蔣素梅等(2008)采用RAPD分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)廣東、廣西廣泛栽培的14個(gè)黃皮品種進(jìn)行遺傳多樣性分析,將供試黃皮品種(系)劃分為3個(gè)類群,與形態(tài)分類有一定的相似性,基本反映了黃皮品種間的遺傳多樣性。李開(kāi)拓等(2009a,2009b)對(duì)ISSR-PCR反應(yīng)中的主要影響因子進(jìn)行單因素和正交試驗(yàn),建立了適宜黃皮ISSR分析的擴(kuò)增體系;并采用ISSR分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)40個(gè)黃皮品種的遺傳多樣性進(jìn)行分析,將供試黃皮材料分為5組,與形態(tài)學(xué)具有一定的相關(guān)性,但比形態(tài)分類更嚴(yán)格,在風(fēng)味、種子等方面分類重復(fù)少。Zhao等(2010)從100個(gè)RAPD引物中篩選出1個(gè)與無(wú)核基因相連鎖的引物,可用于有效鑒定雜交種群體中的無(wú)核黃皮?!颈狙芯壳腥朦c(diǎn)】前人對(duì)黃皮屬種質(zhì)資源遺傳多樣性的研究主要集中在黃皮栽培品種和育種材料,目前有關(guān)山黃皮種質(zhì)資源遺傳多樣性的研究鮮見(jiàn)報(bào)道?!緮M解決的關(guān)鍵問(wèn)題】通過(guò)查閱相關(guān)資料、走訪專家、實(shí)地調(diào)查和生物學(xué)鑒定,對(duì)廣西崇左市山黃皮種質(zhì)資源進(jìn)行調(diào)查研究,并以簡(jiǎn)單重復(fù)序列分子標(biāo)記(ISSR)對(duì)其進(jìn)行遺傳多樣性分析,為山黃皮種質(zhì)資源的分類鑒定、優(yōu)良品種培育和資源保護(hù)提供理論基礎(chǔ)。

1 材料與方法

1. 1 試驗(yàn)材料

供試材料為從崇左市龍州縣、寧明縣、憑祥市、江州區(qū)、天等縣、扶綏縣和大新縣7個(gè)縣(市、區(qū))收集的50份山黃皮種質(zhì)資源(表1)。聚乙烯吡咯烷酮(CTAB)、DNA Marker、dNTPs、Tris-HCl等試劑購(gòu)自生工生物工程(上海)股份有限公司,Taq DNA聚合酶購(gòu)自上海英駿生物技術(shù)有限公司。采用的引物參照加拿大哥倫比亞大學(xué)(UBC)公布的引物序列進(jìn)行設(shè)計(jì),由生工生物工程(上海)股份有限公司合成。

1. 2 試驗(yàn)方法

1. 2. 1 DNA提取 采用改良的SDS法(陳國(guó)平等,2011)提取山黃皮葉片DNA,用紫外分光光度計(jì)和1.0%

瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)DNA的濃度和質(zhì)量,將各樣品的總DNA稀釋至30 ng/μL。

1. 2. 2 引物篩選 用3個(gè)遺傳差異較大的山黃皮DNA樣品對(duì)合成的ISSR引物進(jìn)行篩選,選取多態(tài)性好、擴(kuò)增產(chǎn)物條帶清晰的15條引物用于所有DNA樣品擴(kuò)增。

1. 2. 3 PCR擴(kuò)增 在Biometra Tprofessional PCR儀上進(jìn)行ISSR-PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系20.0 μL:模板DNA 1.0 μL,10×Buffer(含Mg2+)2.0 μL,4.0 mmol/L dNTPs 0.5 μL,30 μmol/L引物1.0 μL,0.40 U DNA聚合酶0.5 μL,加ddH2O補(bǔ)足至20.0 μL。擴(kuò)增程序:94 ℃預(yù)變性5 min;94 ℃ 45 s,復(fù)性退火(溫度隨引物而定)1 min,72 ℃ 2 min,進(jìn)行35個(gè)循環(huán);72 ℃延伸7 min,4 ℃保存。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物用1.2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)。

1. 3 數(shù)據(jù)處理

根據(jù)分子標(biāo)記的遷移率及其有無(wú),統(tǒng)計(jì)每個(gè)樣品的擴(kuò)增電泳譜帶,構(gòu)建“0、1”二元數(shù)據(jù)矩陣,采用NTsys 2.10計(jì)算遺傳相似性系數(shù)。在遺傳相似系數(shù)矩陣的基礎(chǔ)上進(jìn)行主成分分析和聚類分析,繪制樹(shù)狀聚類圖。

2 結(jié)果與分析

2. 1 ISSR標(biāo)記檢測(cè)結(jié)果

篩選到15條多態(tài)性ISSR引物,并對(duì)50份山黃皮種質(zhì)資源進(jìn)行擴(kuò)增,共擴(kuò)增出136條帶,其中多態(tài)性條帶75條,多態(tài)性比例為55.15%,說(shuō)明供試樣品的遺傳多樣性較低。每條引物可擴(kuò)增出6~15條帶,平均9.01條;產(chǎn)物條帶介于250~2200 bp,以400~1500 bp居多(圖1和表2)。

2. 2 相似系數(shù)分析結(jié)果

用NTsys 2.10計(jì)算出15條ISSR引物擴(kuò)增結(jié)果在不同種質(zhì)間的相似系數(shù),平均遺傳相似性系數(shù)為0.875。DX2與JZ5的相似系數(shù)最小,為0.769,與兩者果形及其他表型性狀上存在較大差異相吻合;TD1與TD4的相似系數(shù)最大,為0.942,兩者在形態(tài)上較相似。

2. 3 聚類分析結(jié)果

用UPGMA構(gòu)建50份山黃皮種質(zhì)的分子系統(tǒng)樹(shù)(圖2),從聚類分析圖可以看出,不同山黃皮種質(zhì)間的親緣關(guān)系較復(fù)雜。在相似系數(shù)0.864處,可將50份山黃皮種質(zhì)分成A、B兩大組。A組包含40份種質(zhì),可分2個(gè)亞組:第I亞組包含28份種質(zhì),其中16份種質(zhì)來(lái)自龍州縣,7份種質(zhì)來(lái)自寧明縣,5份種質(zhì)來(lái)自憑祥市;第II亞組包含12份種質(zhì),其中6份種質(zhì)來(lái)自江州區(qū),4份種質(zhì)來(lái)自扶綏縣,2份種質(zhì)來(lái)自寧明縣。B組包含10份種質(zhì),可分2個(gè)亞組:第I亞組包含8份種質(zhì),其中4份種質(zhì)來(lái)自天等縣,4份種質(zhì)來(lái)自大新縣;第II亞組包含2份種質(zhì),均來(lái)自大新縣。

2. 4 主成分分析結(jié)果

應(yīng)用NTsys 2.10在遺傳相似系數(shù)矩陣基礎(chǔ)上對(duì)50份山黃皮種質(zhì)資源進(jìn)行主成分分析,前三主成分貢獻(xiàn)率依次為12.11%、8.73%和7.68%,累積貢獻(xiàn)率為28.52%,可以代表原始數(shù)據(jù)的主要信息。從二維聚類圖(圖3)可看出,50份山黃皮種質(zhì)可分為A、B兩個(gè)群體,與聚類分析結(jié)果基本一致;供試山黃皮種質(zhì)占的空間較小,分布較均勻,表明其遺傳背景較狹窄,遺傳基礎(chǔ)較一致。

3 討論

崇左市位于廣西西南部,地跨東經(jīng)106°33′~108°6′、北緯21°36′~23°22′,地形以山地為主,海拔在79.4~1358.0 m,其山黃皮種質(zhì)資源豐富,很多地方仍保存著野生居群。黃皮屬有30多個(gè)種,黃皮和山黃皮是其中的兩個(gè)栽培種(李開(kāi)拓,2008;劉冰浩等,2014)。目前對(duì)黃皮屬的遺傳多樣性研究多為黃皮栽培種,而關(guān)于山黃皮遺傳多樣性的研究鮮見(jiàn)報(bào)道。姜燕等(2005)對(duì)黃皮和山黃皮的染色體進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)這兩個(gè)種均為二倍體,染色體數(shù)目為18,核型類型相同,親緣關(guān)系較接近。王惠君等(2015)對(duì)24份廣西黃皮種質(zhì)資源進(jìn)行分析,在遺傳相似系數(shù)0.718處將黃皮種質(zhì)分為三大組,第Ⅰ和第Ⅱ組為黃皮種的不同品種,第Ⅲ組為山黃皮種,山黃皮種和黃皮種間的最小遺傳相似系數(shù)為0.660。也有研究結(jié)果表明,黃皮種的不同品種間親緣關(guān)系較近,如劉小梅等(2007)對(duì)36個(gè)黃皮基因組DNA進(jìn)行RAPD擴(kuò)增,結(jié)果表明,大多數(shù)黃皮種質(zhì)相似系數(shù)在0.90~0.97,親緣關(guān)系較近;蔣素梅等(2008)對(duì)14個(gè)黃皮品種(系)進(jìn)行RAPD分析,結(jié)果表明,大多數(shù)黃皮品種(系)間遺傳差異較小,遺傳距離為0.025~0.300,遺傳基礎(chǔ)較狹窄;李開(kāi)拓等(2009b)采用ISSR分子標(biāo)記技術(shù)對(duì)40份黃皮種質(zhì)進(jìn)行遺傳多樣性分析,結(jié)果表明,供試的黃皮品種間平均遺傳相似系數(shù)高達(dá)0.841,遺傳多樣性很低。本研究采用ISSR分子標(biāo)記可將供試的50份山黃皮種質(zhì)資源區(qū)分開(kāi),從ISSR分析獲得的遺傳相似系數(shù)來(lái)看,大部分山黃皮種質(zhì)相似系數(shù)在0.860以上,遺傳相似性較大,親緣關(guān)系也較近,說(shuō)明供試的山黃皮種質(zhì)遺傳多樣性較低,可能與取材范圍較狹窄有關(guān)。

本研究中,來(lái)自崇左市北部的大新縣和天等縣的山黃皮種質(zhì)被歸到一組,來(lái)自龍州縣、寧明縣、江州區(qū)、憑祥市、扶綏縣的種質(zhì)被歸到另一組;來(lái)自崇左市西南部的龍州縣、寧明縣和憑祥市的種質(zhì)被歸到同一亞組,來(lái)自崇左市中部的江州區(qū)和東部的扶綏縣的種質(zhì)被歸到同一亞組,說(shuō)明山黃皮種質(zhì)資源的親緣關(guān)系與地理起源有一定的相關(guān)性。桂研20號(hào)與來(lái)自龍州縣、寧明縣和憑祥市的種質(zhì)親緣關(guān)系比較接近,可能與品種選育的親本來(lái)源較近和山黃皮資源的基因交流有關(guān)。有少量的山黃皮種質(zhì)間存在較大的遺傳差異,如DX2和JZ5的遺傳距離為0.769,NM9和TD1的遺傳距離為0.788,其在果形、葉形等表型性狀上也存在較明顯差異。因此,這些在形態(tài)和遺傳上差異較大的種質(zhì)可作為山黃皮單株選育、良種繁育等研究的重要材料。

4 結(jié)論

本研究結(jié)果表明,廣西崇左市山黃皮種質(zhì)資源較豐富,大部分山黃皮種質(zhì)親緣關(guān)系較接近,且與地理起源有一定的相關(guān)性,NM9、TD1、DX2和JZ5等遺傳差異較大的種質(zhì)可作為山黃皮優(yōu)良品種和單株選育及良種繁育等研究的重要材料。

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(責(zé)任編輯 羅 麗)

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