竇 妍 趙曉偉 丁 君 何 鵬

(大連海洋大學(xué)農(nóng)業(yè)部北方海水增養(yǎng)殖重點實驗室 大連 116023)

刺參(Apostichopus japonicus)是一種經(jīng)濟價值很高的海珍品, 具有很高的藥用價值和營養(yǎng)價值(Bordbar et al, 2011; Purcell et al, 2012)。國內(nèi)外海鮮需求的日益增長刺激著中國海水養(yǎng)殖業(yè)的快速發(fā)展, 然而, 過去十年間養(yǎng)殖海洋動物疾病的頻繁暴發(fā), 給養(yǎng)殖業(yè)造成毀滅性的失敗和巨大的經(jīng)濟損失。細(xì)菌通常是傳染病的病原體, 如在刺參夏眠和戶外養(yǎng)殖過程中暴發(fā)的腐皮綜合癥和細(xì)菌性潰瘍綜合癥(Wang et al,2005), 疾病的頻繁暴發(fā)已成為阻礙刺參養(yǎng)殖業(yè)迅猛發(fā)展的一個重要原因(馬悅欣等, 2006; Deng et al,2009; Li et al, 2010a)。水產(chǎn)養(yǎng)殖環(huán)境中細(xì)菌群落組成不僅對養(yǎng)殖動物內(nèi)部菌群有很重要的影響, 而且對養(yǎng)殖動物的營養(yǎng)、免疫和抵抗疾病也有重要的作用(Paerl et al, 2003; Luo et al, 2006)。因此, 通過研究刺參養(yǎng)殖環(huán)境菌群的結(jié)構(gòu)特點, 可以預(yù)防細(xì)菌性疾病的暴發(fā), 對刺參健康養(yǎng)殖具有重要意義。

許多微生物在自然條件下處于共生體系, 很難利用傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法獲得純培養(yǎng)物(Amann et al,1995; Hugenholtz et al, 2009), 且分離富集培養(yǎng)方法具有很強的選擇性, 因而該方法不能準(zhǔn)確地反映自然狀態(tài)下微生物群落的真實情況(Rosselló-Mora et al,2001; Auguet et al, 2009), 這就成為研究刺參菌群結(jié)構(gòu)的一個難題。近幾年, 隨著基于16S rDNA擴增子測序的分子生物學(xué)的發(fā)展, 尤其是高通量測序技術(shù)的研發(fā)及應(yīng)用, 為微生物多樣性研究策略注入了新的力量。16S rRNA擴增子測序通常是選擇某個或某幾個變異區(qū)域, 利用保守區(qū)設(shè)計通用引物進(jìn)行 PCR擴增, 然后對高變區(qū)進(jìn)行測序分析和菌種鑒定, 成為研究環(huán)境樣品中微生物組成結(jié)構(gòu)的重要手段(Youssef et al, 2009; Caporaso et al, 2011)。目前關(guān)于刺參養(yǎng)殖環(huán)境中菌群結(jié)構(gòu)的研究已有報道, 如關(guān)曉燕等(2010)、王軼南等(2010)、李建光等(2014)都對刺參養(yǎng)殖環(huán)境菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行過報道, 但其主要研究方法為DGGE技術(shù)。DGGE指紋圖譜技術(shù), 在其實驗結(jié)果中往往只含有數(shù)十條條帶, 僅能反映出樣品中少數(shù)優(yōu)勢菌的信息; 且由于分辨率的誤差, 部分電泳條帶中可能包含不只一種16S rRNA序列, 因此要了解電泳圖譜中具體的菌種信息, 還需對每一條帶構(gòu)建克隆文庫并篩選克隆子進(jìn)行測序, 此實驗操作相對繁瑣。下一代高通量測序直接從環(huán)境樣本中擴增16S rRNA序列高變區(qū)并進(jìn)行測序, 能同時對樣品中的優(yōu)勢種群及微量菌進(jìn)行檢測, 獲得樣品中的微生物群落組成, 并將其含量進(jìn)行數(shù)字化分析, 因而被廣泛應(yīng)用于環(huán)境樣品菌群多樣性的研究(Bellet al, 2013; Renet al, 2015; Yanget al, 2015)。

遼寧省是我國刺參主要養(yǎng)殖區(qū)域之一, 本研究采用基于 Miseq平臺的高通量測序技術(shù)對大連地區(qū)(普蘭店、莊河、旅順)三個養(yǎng)殖公司的刺參養(yǎng)殖環(huán)境(養(yǎng)殖水和沉積物)菌群結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析, 以期更客觀、全面地反映出刺參養(yǎng)殖環(huán)境菌群的真實情況, 為刺參健康養(yǎng)殖、疾病防控提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 樣品采集

2014年10月—11月分別對大連地區(qū)(普蘭店、莊河、旅順)的三個刺參養(yǎng)殖公司進(jìn)行樣品采集(表1)。用無菌瓶分別取刺參室內(nèi)和室外養(yǎng)殖環(huán)境水面 40cm左右處海水1L, 室外刺參養(yǎng)殖環(huán)境底部2—5cm處底泥 100g(王軼南等, 2010), 采集樣品于冰盒中運送至實驗室。

表1 樣品標(biāo)記信息Tab.1 Labels of samples

1.2 DNA提取、擴增和測序

用0.22μm無菌濾膜對水樣進(jìn)行過濾。水樣和底泥樣 DNA分別用 OMEGA水樣 DNA提取試劑盒(OMEGA Water DNA Kit, D5525)和土壤DNA提取試劑盒(OMEGA Soil DNA Kit, D5625)提取。16S rRNA基因V3-V4區(qū)擴增引物為: 341F (5′-CCTACGGGNG GCWGCAG-3′)和 805R (5′-GACTACHVGGGTATCTA ATCC-3′)。送生工生物工程(上海)股份有限公司進(jìn)行基于Illumina Miseq測序平臺的高通量測序。

1.3 數(shù)據(jù)處理

測序完成后, 對原始數(shù)據(jù)進(jìn)行處理, 處理過程如下:

質(zhì)量控制: (1) 采用 Prinseq軟件(PRINSEQ-lite 0.19.5)對所得測序序列的3’端進(jìn)行質(zhì)控, 截掉質(zhì)量低的數(shù)據(jù); (2) 通過Flash軟件(FLASH v1.2.7)融合雙末端序列, 并根據(jù) barcode序列將序列拆分, 各自回歸到對應(yīng)樣品; (3) 采用 Prinseq軟件(PRINSEQ-lite 0.19.5)對各個樣品進(jìn)行去引物序列、短片段、低復(fù)雜度序列、低質(zhì)量序列。

去除嵌合體及非靶區(qū)域序列: (1) 采用Mothur軟件包(Schlosset al,2009)中的Pre.cluster 軟件然間進(jìn)行測序錯誤校正, 校正過程當(dāng)中允許的最大錯配為1/150; (2) 以 SILVA數(shù)據(jù)庫中序列作為模板, 采用UCHIME (Edgaret al, 2011)軟件, 去除數(shù)據(jù)中的嵌合體。

1.4 多樣性和群落結(jié)構(gòu)分析

采用UCLUST軟件(UCLUST v1.1.579)將序列按照序列相似性為97%的閾值進(jìn)行OTUs操作分類單元(Operational Taxonomic Units, OTUs)聚類。采用Mothur軟件對樣品序列進(jìn)行Alpha多樣性分析, 包括豐富度指數(shù)(Richness)、ACE 指數(shù)(ACE Index)、Chao1指數(shù)(Chaos1 Index)、覆蓋率(Coverage)。選擇OTUs操作單元里的一條代表序列(默認(rèn)豐度最高)采用 RDP classifier軟件進(jìn)行物種分類, 分類閾值默認(rèn)為0.8。

2 結(jié)果與分析

2.1 測序序列處理結(jié)果

9個樣品所得原始測序序列為28977—42115條,原始序列上傳至 NCBI的 SRA數(shù)據(jù)庫, 登錄號為SRP052819。原始序列經(jīng)質(zhì)量控制、嵌合體和非靶區(qū)域序列去除后, 9個樣品所得有效序列為 26503—37825 條(表 2)。

表2 9個樣品中序列分析Tab.2 Analysis of sequence from nine samples

2.2 菌群多樣性分析

本研究 9個樣品的有效序列經(jīng)進(jìn)一步分析可歸為 1502—5655個 OTUs (圖 1)。9個樣品中 ACE和Chao 1多樣性指數(shù)分別是 5579—25014和 3240—15231, 各樣品菌群多樣性較高。除DJ9、DJ11、DJ13、DJ14樣品外, 樣品 DJ1、DJ2、DJ5、DJ6、DJ12的稀疏曲線趨于飽和(圖 2)。測序樣品的覆蓋率為 86%—97%, 其中DJ9、DJ11、DJ13、DJ14樣品覆蓋率值較其它樣品的覆蓋率值低。由多樣性指數(shù)和稀疏曲線分析, DJ9樣品中的菌群多樣性大于DJ1和DJ2, DJ11樣品中的菌群多樣性大于DJ5和DJ6, DJ14樣品中的菌群多樣性大于DJ12和DJ13, 即各公司刺參養(yǎng)殖環(huán)境沉積物中菌群多樣性大于其相應(yīng)公司的刺參養(yǎng)殖水體中菌群多樣性。在室外養(yǎng)殖環(huán)境水中DJ13為未經(jīng)處理的自然海域中的海水, DJ2和DJ6海水經(jīng)沉淀和砂濾處理, 因此 DJ13中菌群多樣性大于 DJ6和DJ2。

圖1 基于OUT的ACE和Chao 1多樣性指數(shù)的Alpha多樣性分析Fig.1 The Alpha diversity of bacteria associated with samples,and the numbers of OTUs observed and predicted (ACE and Chao 1)

圖2 樣品豐富度稀疏分析圖Fig.2 Richness rarefaction plot from all samples

2.3 菌群結(jié)構(gòu)分析

根據(jù)分類結(jié)果, 9個樣品中檢測到的細(xì)菌歸屬于26個門類、69個綱、105個目、249個科、890個屬,主要門類為變形菌門 Proteobacteria、擬桿菌門Bacteroidetes、綠彎菌門 Chloroflexi、浮霉菌門Planctomycetes、藍(lán)細(xì)菌門 Cyanobacteria、酸桿菌門Acidobacteria、疣微菌門Verrucomicrobia、厚壁菌門Firmicutes和放線菌門 Actinobacteria等(圖 3), 另外17個門類的細(xì)菌在 9個樣品中的檢測量均不足 1%,主要為嗜熱絲菌門 Caldiserica、古細(xì)菌 Archaea、柔膜菌門Tenericutes、纖維桿菌門Fibrobacteres、互養(yǎng)菌門Synergistetes、硝化螺旋菌門Nitrospira、迷蹤菌門 Elusimicrobia、裝甲菌門 Armatimonadetes、衣原體門 Chlamydiae、異常球菌-棲熱菌門 Deinococcus-Thermus、綠菌門 Chlorobi、芽單胞菌門Gemmatimonadetes、梭桿菌門 Fusobacteria、黏膠球形菌門Lentisphaerae、產(chǎn)水菌門Aquificae、脫鐵桿菌門 Deferribacteres和螺旋體門 Spirochaetes等。DJ1樣品中含有 19個門類的細(xì)菌, 其中優(yōu)勢菌群為擬桿菌門Bacteroidetes (52.03%), 次優(yōu)勢菌群為變形菌門Proteobacteria (41.93%); DJ2樣品中含有18個門類的菌群, 其優(yōu)勢菌群為變形菌門(63.90%), 次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(24.50%); DJ9樣品中含有的細(xì)菌門類最多(21個門類), 優(yōu)勢菌群為變形菌門(58.05%), 次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(12.20%); DJ5樣品中含有的細(xì)菌門類最少(12個門類), 優(yōu)勢菌群為變形菌門(88.21%),次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(10.89%); DJ6樣品中含有15個門類的細(xì)菌, 優(yōu)勢菌群為變形菌門(50.80%), 次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(38.34%); DJ11樣品中含有 20個門類的細(xì)菌, 優(yōu)勢菌群為變形菌門(59.92%), 次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(18.92%); DJ12樣品中含有15個門類的細(xì)菌, 優(yōu)勢菌群為變形菌門(50.94%), 次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(46.16%); DJ13樣品中含有20個門類的細(xì)菌, 優(yōu)勢菌群為變形菌門(68.64%), 次優(yōu)勢菌群為擬桿菌門(13.56%); DJ14樣品中含有 18個門類的細(xì)菌, 優(yōu)勢菌群為藍(lán)細(xì)菌門 Cyanobacteria (41.07%),而變形菌門和擬桿菌門所占比例分別為 36.96%和13.58%。由此表明, 各樣品中含有的菌群組成雖有差異, 但變形菌門和擬桿菌門為優(yōu)勢菌, 在樣品中檢測到的范圍為50.54%—99.91%。

圖3 樣品中基于門水平的菌群相對豐度分析Fig.3 Relative abundance of phylum-level bacterial communities in different samples

不同樣品中所含菌群豐度最高的10個OUTs能夠有助于了解樣品中所含的主要細(xì)菌類型(表 3)。9個樣品中所含菌群豐度最高的10個OTUs的序列經(jīng)比對發(fā)現(xiàn)主要與變形菌門、擬桿菌門、放線菌門和藍(lán)細(xì)菌門的細(xì)菌相似。其中, DJ1為噬纖維素菌屬Cellulophaga (11.34%)、擬桿菌門 Bacteroidetes(8.32%)、極地桿菌屬Polaribacter (7.80%—1.24%)、Glaciecola (6.66%)、紅桿菌科 Rhodobacteraceae(3.96%)、Psychroserpens (2.59%—1.71%)、變形菌門Proteobacteria (2.50%)、不動桿菌屬 Acinetobacter(1.47%); DJ2為紅桿菌科 (11.37%)、Roseovarius(7.24%)、黃桿菌科 Flavobacteriaceae (6.09%—2.70%)、γ-變形菌 Gammaproteobacteria (3.92%—2.14%)、噬纖維素菌屬 (3.18%)、土壤球菌屬Agrococcus (2.89%)、α-變形菌 Aphlaproteobacteria(2.33%)、Nisaea (2.17%); DJ9 為 Desulfopila (6.37%)、γ-變 形 菌 (2.68%—1.26%)、 Kofleria (2.53%)、Sulfurovum (1.95%)、細(xì)菌 Bacteria (1.82%)、Pelobacter(1.69%)、Bellilinea (1.47%)、脫硫八疊球菌屬Desulfosarcina (1.14%)、Actibacter (1.05%); DJ5 為弧菌屬 Vibrio (59.37%—1.20%)、亞硫酸鹽桿菌屬Sulfitobacter (3.91%)、噬菌弧菌屬 Bacteriovorax(2.64%)、極地桿菌屬(2.62%)、紅桿菌科(2.37%)、Glaciecola (2.12%)、黃桿菌目 Flavobacteriales(0.91%)、黃桿菌屬Tenacibaculum (0.83%); DJ6為紅桿菌科(8.21%—7.81%)、黃桿菌科(5.56%—4.09%)、藍(lán)細(xì)菌門Cyanobacteria (5.27%)、黃桿菌目(5.00%)、Kordia (4.39%)、Thalassobacter (4.29%)、γ-變形菌(3.60%); DJ11為Sporacetigenium (7.31%)、Desulfopila(3.34%—0.78%)、Actibacter (2.67%)、弧菌屬(2.48%)、Loktanella (1.84%)、 Haliea (0.93%—0.85%)、Neptunomonas (0.70%); DJ12有極地桿菌屬(25.48%—1.36%)、弧菌屬(23.13%—2.78%)、Glaciecola (3.07%)、Lewinella (2.95%)、Phaeobacter (1.92%)、噬纖維素菌屬(1.05%)、Kordia (0.84%)、Thalassomonas (0.72%);DJ13有交替單胞菌屬Alteromonas (2.63%—1.30%)、Sedimenticola (2.54%)、Euzebya (2.52%)、Litoreibacter(2.50%)、變形菌(1.92%)、α-變形菌(1.09%)、Nisaea(1.03%)、Glaciecola (1.03%)、Thalassobacter (0.96%);DJ14為藍(lán)細(xì)菌門(6.76%—0.64%)、Loktanella (2.17%)、假交替單胞菌屬Pseudoalteromonas (1.43%)。值得注意的是, 在DJ5和DJ12樣品中弧菌屬細(xì)菌含量較高,分別為59.37%—1.20%和23.13%—2.78%。

3 討論

下一代測序技術(shù)(Next Generation Sequence, NGS)主要是通過 16S rRNA基因[細(xì)菌和古生菌的分子鐘(Woese, 1987)]分析環(huán)境中的群落組成, 能夠提供大量的微生物信息, 因而被廣泛應(yīng)用于各種環(huán)境微生物的研究。有研究表明, 長序列能夠使分類比對更準(zhǔn)確(Wang et al, 2007)。羅氏454焦磷酸測序由于其能夠得到相對較長的序列而被應(yīng)用于許多微生物方面的研究(Herlemann et al, 2011; Xia et al, 2011)。Illumina測序平臺雖然費用較454焦磷酸測序低且能夠產(chǎn)生大量序列, 但是由于得到的序列較短限制了其在微生物群落研究中的應(yīng)用。然而, 近年來Illumina測序平臺逐漸提高了其測序性能, 利用序列延伸法克服了所測序列較短的缺陷。目前, 應(yīng)用Illumina Miseq測序能夠得到250bp或300bp左右的堿基長度的序列(Jeon et al, 2015), 使得該測序技術(shù)逐漸應(yīng)用于微生物群落的研究(Bell et al, 2013; Yang et al, 2015)。本研究利用基于Illumina Miseq平臺的高通量測序分析了大連地區(qū) 3個養(yǎng)殖公司的刺參養(yǎng)殖環(huán)境菌群多樣性, 9個樣品所得有效序列為26503—37825條, 可歸為1502—5741個分類操作單元(OTUs), 進(jìn)一步分析表明樣品9個樣品中除檢測以往報道過的刺參養(yǎng)殖環(huán)境中的細(xì)菌變形菌門、擬桿菌門、綠彎菌門、浮霉菌門、藍(lán)細(xì)菌門、酸桿菌門、疣微菌門、厚壁菌門和放線菌門(Li et al, 2010; 王軼南等, 2010; 關(guān)曉燕等, 2010; 李建光等, 2014)外, 還檢測到嗜熱絲菌門、古細(xì)菌、柔膜菌門、纖維桿菌門、互養(yǎng)菌門、硝化螺旋菌門、迷蹤菌門、裝甲菌門、衣原體門、異常球菌-棲熱菌門、綠菌門、芽單胞菌門、梭桿菌門、黏膠球形菌門、產(chǎn)水菌門、脫鐵桿菌門和螺旋體門等 17個鮮見報道的類群, 其在9個樣品中的檢測量均不足1%, 表明基于Illumina Miseq平臺的高通量測序可作為全面了解環(huán)境中菌群多樣性的一種有效研究手段。

多樣性指數(shù)和稀缺性曲線進(jìn)一步分析, 3個公司的刺參養(yǎng)殖環(huán)境沉積物中群落多樣性較其刺參養(yǎng)殖水環(huán)境中菌群多樣性高。與Lozupone等(2007) 的研究結(jié)果即沉積物中微生物多樣性較其它環(huán)境類型中微生物多樣性較高相一致。本研究結(jié)果顯示變形菌門和擬桿菌門為各樣品的優(yōu)勢菌。變形菌門類的細(xì)菌在刺參養(yǎng)殖環(huán)境中普遍存在(Li et al, 2010b; 任利華等,2015)。本研究各樣品中的變形菌主要為 γ-變形菌和α-變形菌。γ-變形菌中主要包括Glaciecola屬、不動桿菌屬、弧菌屬、單胞菌屬等。γ-變形菌是海洋中普遍存在的細(xì)菌, 多樣性很高, 數(shù)量也很大, 尤其在營養(yǎng)物質(zhì)含量高的水域, 都是主要的優(yōu)勢細(xì)菌, 大多數(shù)都能夠培養(yǎng)(Ivanova et al, 2003; Payne et al, 2006)。通常在厭氧環(huán)境中, 部分γ-變形菌可與該環(huán)境中的動物形成共生關(guān)系, 對環(huán)境中的碳、硫循環(huán)起著重要作用(Bakunina et al, 1999; Huber et al, 2004)。α-變形菌主要屬于紅細(xì)菌目、紅細(xì)菌科的細(xì)菌, 這類細(xì)菌能夠通過光合作用進(jìn)行生長代謝, CO2和氮的固定(白潔等,2009), 因此在刺參養(yǎng)殖環(huán)境系統(tǒng)碳、氮循環(huán)中發(fā)揮著重要作用。擬桿菌門的細(xì)菌與 DNA、脂類和蛋白質(zhì)等有機物質(zhì)的轉(zhuǎn)換密切相關(guān), 這些有機物質(zhì)的吸收和利用是各種水體環(huán)境中碳循環(huán)的重要組成部分(Cottrell et al, 2000; O’Sullivan et al, 2002)。在養(yǎng)殖過程中, 對刺參進(jìn)行喂食的有機飼料, 未被完全消化的飼料、糞便在水體中未能及時被分解, 便會沉積下來(吳慶龍等, 1995), 會造成池底擬桿菌細(xì)菌含量增加(Rosselló-Mora et al, 1999)。3個公司刺參養(yǎng)殖環(huán)境水體和沉積物中都發(fā)現(xiàn)了該類群的細(xì)菌, 這說明這些養(yǎng)殖環(huán)境中存在著較為活躍的物質(zhì)循環(huán)。此外, 藍(lán)細(xì)菌是海洋生態(tài)系統(tǒng)和初級生產(chǎn)力的重要組成部分,能通過同化CO2來生成O2, 在好氧條件下固氮, 在黑暗中通過厭氧呼吸來還原硫(白潔等, 2009), 在水樣和沉積物樣品中均檢測到藍(lán)細(xì)菌的存在, 尤其是旅順養(yǎng)殖公司的刺參底播養(yǎng)殖沉積物(DJ14)中藍(lán)細(xì)菌占41.07%。

近年來, 關(guān)于弧菌引起的刺參病害的研究時常報道。張春云等(2006)和楊求華等(2014)從患有“腐皮綜合癥”的刺參病灶處分離的致病菌分別為燦爛弧菌V. splendidus和塔式弧菌V. tubiashii, 腐皮綜合癥發(fā)病急, 病程短, 死亡率高是刺參幼參和成參時期危害最為嚴(yán)重的疾病(張鵬等, 2013)。王印庚等(2007)在仿刺參苗種培育期間從患“爛胃病”的耳狀幼體中分離到1株細(xì)菌, 鑒定為燦爛弧菌并視為耳狀幼體“爛胃病”的致病原之一。楊嘉龍等(2007)從患“潰瘍病”的仿刺參病灶處分離的致病菌被鑒定為溶藻弧菌 V.alginolyticus。馬悅欣等(2006)從患急性口圍腫脹癥的刺參的口圍、體表和呼吸樹中分離得到的優(yōu)勢菌經(jīng)人工感染試驗證實, 五株引起潰爛病的病原菌中有四株屬于弧菌屬。Deng等(2009)從患有“腐皮綜合病”的刺參體表和排臟中分離純化得到 8株優(yōu)勢菌,經(jīng)研究為致病菌, 進(jìn)一步鑒定分別為弧菌屬、發(fā)光桿菌屬Photobacterium、節(jié)桿菌屬Arthrobacter、葡萄球菌屬 Staphylococcus的細(xì)菌, 其中有 4株為弧菌?；【鷮匐m是正常菌屬的一部分, 但是在某些特殊條件發(fā)生, 如刺參受到應(yīng)激影響或體表損傷時,會迅速感染刺參(Thompson et al, 2004; Thompson et al, 2005)。本研究中, 莊河和旅順養(yǎng)殖公司的室內(nèi)養(yǎng)殖池塘中檢測有大量的弧菌屬的細(xì)菌, 雖然兩養(yǎng)殖公司的刺參未有疾病的暴發(fā), 但是為了養(yǎng)殖刺參的健康生長, 應(yīng)注意刺參養(yǎng)殖加強管理, 觀察刺參活動狀態(tài), 攝食與糞便情況, 保持池底清潔, 定時測量水質(zhì)指標(biāo)。

4 結(jié)論

刺參養(yǎng)殖作為我國水產(chǎn)養(yǎng)殖的重要產(chǎn)業(yè)和北方地區(qū)養(yǎng)殖結(jié)構(gòu)調(diào)整的優(yōu)良水產(chǎn)品種, 具有較高的經(jīng)濟效益和發(fā)展?jié)摿?。近年來海參疾病的發(fā)生波及范圍廣, 死亡率高且有連年加重之勢, 病害的泛濫成為制約其發(fā)展的主要限制因素之一, 因此解決當(dāng)前病害問題成為一種迫切的市場需求。

目前關(guān)于刺參養(yǎng)殖環(huán)境中菌群結(jié)構(gòu)的研究已有報道, 前文已作闡述。病害的發(fā)展是一個復(fù)雜的過程,微生物群落在這一過程中數(shù)量和結(jié)構(gòu)也在不斷變化,與刺參的健康狀況緊密相關(guān)。本研究采用高通量測序技術(shù)分析了大連地區(qū) 3個養(yǎng)殖公司刺參養(yǎng)殖環(huán)境中室內(nèi)養(yǎng)殖池塘水體、室外養(yǎng)殖水體和沉積物中菌群結(jié)構(gòu)特征, 揭示了刺參池塘養(yǎng)殖環(huán)境中的菌群多樣性和豐度, 比較了其菌群結(jié)構(gòu)及差異, 為刺參健康養(yǎng)殖提供參考。

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