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環(huán)介導等溫擴增技術(shù)的假陽性擴增研究

2015-12-25 02:33:22王德國王永真王愛萍
許昌學院學報 2015年5期
關(guān)鍵詞:等溫特異性陽性率

王德國,王永真,王愛萍

(1.許昌學院食品與生物工程學院,河南省博士后研發(fā)基地,河南許昌461000;2.許昌學院公共實驗中心,河南 許昌461000;3.鄭州大學生命科學學院,河南 鄭州450000)

日本學者Notomi等2000年發(fā)明報道了環(huán)介導等溫擴增技術(shù)[1],據(jù)谷歌統(tǒng)計截至目前該報道已被引用2146次,該技術(shù)通過多對引物巧妙實現(xiàn)擴增,環(huán)介導等溫擴增反應效率非常高,因為無溫度變化的耗時,后來環(huán)引物的提出進一步縮短了反應時間[2],因此環(huán)介導等溫擴增在反應速度、特異性、靈敏度方面優(yōu)于鏈式聚合酶反應(PCR)[3,4]、酸序列依賴性擴增(NASBA)[5,6]、鏈替代擴增反應(SDA)[7]、滾換擴增反應(RCA)[8]和解鏈酶擴增(HAD)[9],然而,在科技成果快速轉(zhuǎn)化的當今時代,環(huán)介導等溫擴增技術(shù)經(jīng)過十多年的研究開發(fā),仍然沒有實際應用,主要由于這種核酸擴增檢測方法假陽性率高,本研究旨在研究分析引起假陽性擴增的主要原因,為環(huán)介導等溫擴增技術(shù)的實際應用提供理論與實踐基礎(chǔ).

按照Notomi等2000年所報道的試驗設(shè)計引物,以相同的反應體系與擴增條件開展實驗,而本實驗結(jié)果與所報道的完全不同.

1 實驗材料與方法

1.1 引物

采用Notomi等報道中針對M13的環(huán)介導等溫擴增引物,由生物工程(上海)有限公司合成,如表1所示.

表1 環(huán)介導等溫擴增引物

1.2 DNA 模板

實驗室沒有M13DNA模板,因此,在本研究中也就不存在模板引起的氣溶膠污染及交叉污染問題.

1.3 環(huán)介導等溫擴增反應

按照Notomi等報道的反應體系與反應條件進行擴增反應,只是所有的反應管中均不加DNA模板,加入不同引物組合(FIP+BIP+F3+B3;FIP+BIP+F3;FIP+BIP+B3;FIP+BIP;F3+B3)各種引物的濃度與Notomi等報道的相同,擴增后2%的瓊脂糖凝膠電泳,重復三次.

2 結(jié)果與分析

如圖1所示,其中四種引物組合(FIP+BIP+F3+B3;FIP+BIP+F3;FIP+BIP+B3;FIP+BIP)均能非特異擴增,并且具有典型的LAMP梯度條帶,而Notomi等報道的試驗中陰性對照沒有擴增,并且沒有典型的LAMP梯度條帶[1].

目前該領(lǐng)域的科研工作者普遍認為環(huán)介導等溫擴增技術(shù)靈敏度高,容易產(chǎn)生氣溶膠污染,交叉污染是導致假陽性率高的主要原因,在實現(xiàn)不開蓋檢測方面做了大量研究與嘗試,如濁度法檢測[10]、實時濁度法檢測[11]、熒光染料檢測[12-14]、免疫側(cè)向?qū)游鲈嚰垯z測[15]、使用指示劑羥基萘酚藍檢測[16,17]以及日本榮研公司的鈣黃綠素檢測,擴增產(chǎn)物的檢測手段近乎非常完美,但不開蓋檢測并沒有把環(huán)介導等溫擴增推向?qū)嶋H應用,正如本研究結(jié)果所表明的,引起環(huán)介導等溫擴增假陽性的主要原因不是氣溶膠污染,而是引物的非特異性擴增.環(huán)介導等溫擴增通過多對引物實現(xiàn)巧妙擴增,使用多對引物難免會形成引物二聚體和出現(xiàn)非特異性擴增,特別是在環(huán)介導等溫擴增反應中引物、鎂離子、dNTP和酶的濃度比Real-time PCR中的高好幾倍,在Real-time PCR研究中,為了避免非特性擴增需要嚴格控制這四個因素的濃度.在本研究中,甚至一對內(nèi)引物就可以非特異性擴增,因此,目前環(huán)介導等溫擴增技術(shù)只是理想的分子模型,在該技術(shù)的應用研究中應致力于解決非特異性擴增問題.

圖1 不加模板的情況下環(huán)介導等溫擴增結(jié)果

3 結(jié)論

環(huán)介導等溫擴增技術(shù)推廣應用的瓶頸是假陽性率高,導致假陽性率高的主要原因是引物二聚體引起的非特異性擴增,其次是氣溶膠污染.本研究的創(chuàng)新之處在于首次發(fā)現(xiàn)限制環(huán)介導等溫擴增技術(shù)推廣應用的真正原因所在.

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