1937年12月1日，日軍下達(dá)攻占南京的命令，揭開人類文明史上最黑暗的一頁(yè)，10余萬(wàn)中國(guó)守軍殊死抵抗，傷亡慘重，陣地上死尸堆了好幾層。13日南京淪陷，震驚中外的大屠殺開始，30多萬(wàn)中國(guó)軍民慘遭殺戮。為掩蓋其罪行、制造假象，日軍對(duì)遍布城內(nèi)外的尸體進(jìn)行了處理，其中很多被焚燒后沉入江中。

除此之外，日軍還專門動(dòng)用部隊(duì)焚尸滅跡，因?yàn)閷寶ⅰ⒋虤⒌氖w原封不動(dòng)地扔進(jìn)江里，總會(huì)留下痕跡。碼頭上到處都是焦黑的尸體，一個(gè)摞一個(gè)，堆成了小山。南京城彌漫著一股股焦臭難聞的尸煙，焚尸作業(yè)的日本工兵部隊(duì)一律戴上防毒面具。當(dāng)時(shí)一些人還沒死，被焚燒的尸堆中經(jīng)常傳出絕望、恐怖的慘叫聲，甚至還有一些人在里面拼命打滾。

日軍少佐太田壽男在此期間與另一名軍官奉命處理尸體，他們各率400名士兵，專門運(yùn)送處理尸首。太田壽男后來(lái)被我軍俘虜，他對(duì)當(dāng)時(shí)處理尸體的方法、使用器材及運(yùn)輸情況非常熟悉。據(jù)其供述，大部分尸體是由下關(guān)碼頭投入長(zhǎng)江的，少部分在浦口一帶的洼地和土窟埋掉。太田壽男他們負(fù)責(zé)將尸體拋入江中，距離遠(yuǎn)的用汽車或者手推車運(yùn)送，近的用擔(dān)架搬運(yùn)。士兵用鐵鉤子鉤動(dòng)尸體，其中還有一些負(fù)有重傷沒有死去的，他們便喪心病狂地用鐵鉤子猛刺傷者的心臟或頭部，使其斷氣后再運(yùn)走。到處都是殷紅的血、痙攣的手腳和凄慘的呻吟，慘不忍睹。

當(dāng)時(shí)，南京的一些慈善機(jī)構(gòu)也參與處理遇難者尸體，參與這項(xiàng)工作的慈善機(jī)構(gòu)主要有世界紅卍字會(huì)南京分會(huì)、崇善堂、紅十字會(huì)等。

世界紅卍字會(huì)南京分會(huì)自12月22日開始掩埋遇難者的尸體，當(dāng)年曾參加這項(xiàng)工作的南京市民施惠云介紹：“每天管門東、門西、三牌樓地段，最多一天收過(guò)800多具尸體。特別是收尸的后期，由于有人被殺的時(shí)間較長(zhǎng)，天氣又暖，尸體已經(jīng)腐爛了，我們就用鐵鉤子來(lái)抬。每天收到的尸體，用汽車送到望風(fēng)磯、漢西門和下關(guān)一帶掩埋起來(lái)。我們拖的尸體中，絕大多數(shù)都是年輕人和年輕的婦女?！?/p>

紅卍字會(huì)掩埋尸體的土坑大都是長(zhǎng)方形，深兩丈左右，男女分開掩埋。每10具尸體埋一層，每層上面覆蓋蘆席和泥土，然后再一層一層向上摞，直到堆滿為止。

崇善堂是南京的一家民間慈善團(tuán)體，南京淪陷后組織“崇字掩埋隊(duì)”，負(fù)責(zé)掩埋遇難者尸體。崇善堂承擔(dān)收埋尸體的范圍相當(dāng)廣泛，收埋尸體的數(shù)量也相當(dāng)龐大。據(jù)崇善堂負(fù)責(zé)人周一漁說(shuō)：“城區(qū)尸體受刀傷的比中彈的多，郊區(qū)則差不多。凡有女尸的地方，男尸都在較遠(yuǎn)的地方。城區(qū)的尸體多在地下室、道路轉(zhuǎn)角處發(fā)現(xiàn)；鄉(xiāng)區(qū)的尸體，則是數(shù)百數(shù)十地躺在溝渠、池塘、田埂下以及草堆中間。那情景之慘，是沒法說(shuō)的?！?/p>

崇善堂在幾個(gè)月時(shí)間里，共掩埋男尸109363具，女尸2091具，兒童尸體813具，共計(jì)112267具，是當(dāng)時(shí)收埋尸體最多的一家慈善機(jī)構(gòu)。

紅十字會(huì)從1937年12月24日開始收埋尸體，期間共掩埋軍民尸體22683具，牲畜若干。同善堂原來(lái)是南京城里專門殮葬嬰孩的機(jī)構(gòu)，南京大屠殺后特地成立了掩埋組，埋葬被日軍殺害之同胞遺體，期間共掩埋了7000多具同胞尸體?；孛裱诼耜?duì)主要掩埋南京雞鵝巷清真寺附近遇害的回族同胞，共收埋了400余具尸體。掩埋組成員都是回族人，他們按照回族宗教習(xí)慣，先給遇害者洗凈身體，再舉行土葬。

1937年12月16日至1938年1月，偽南京市自治委員會(huì)下關(guān)區(qū)公所區(qū)長(zhǎng)劉連祥組織人員在下關(guān)一帶掩埋尸體3240具。1938年1月30日，劉連祥在致偽南京市自治委員會(huì)的一份報(bào)告中這樣說(shuō)：“到碇泊場(chǎng)司令部，會(huì)見南出先生，蒙司令部發(fā)給良民符號(hào)84張，即開始分班工作，計(jì)由中山碼頭沿江邊清掃及將尸體掩埋，是日約埋三四十具……如此每天均到下關(guān)，認(rèn)真努力清掃工作，經(jīng)手掩埋尸體約3240具?！?/p>

偽南京市政府成立后，有老百姓在中山門外靈谷寺與馬群陵園一帶發(fā)現(xiàn)遇難遺骨3000余具，偽市政府衛(wèi)生局派人整理收集，將其葬于靈谷寺以東空地，并用青磚壘砌圓形墳?zāi)挂蛔饷娣鬯⑺?，?jiān)固異常。偽南京市政公署督辦高冠武為之立“無(wú)主孤魂碑”，碑文云：

越二月，村民來(lái)告茆山、馬群、馬鞍、靈谷寺諸地遺尸尤多，乞盡瘞之，乃下其事于衛(wèi)生局，選夫治具悉收殘骨得3000余具，葬于靈谷寺之東，深埋以遠(yuǎn)狐兔，厚封以識(shí)其處。立無(wú)主孤魂之碑，且使執(zhí)事夏元芝以豚蹄只雞酒飯奠之。