陶樹興,郭 賢,梁 健,柴 霞,張娟妮,魏園媛,馮曉磊
(陜西師范大學(xué) 生命科學(xué)學(xué)院,陜西 西安 710062)
化肥是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中最基礎(chǔ)而且是最重要的物質(zhì)投入,是提高土壤肥力和作物單位面積產(chǎn)量的重要措施.據(jù)聯(lián)合國(guó)糧農(nóng)組織(UAO)統(tǒng)計(jì),化肥在對(duì)農(nóng)作物增產(chǎn)的總份額中約占40%~60%[1].近年來隨著化肥的長(zhǎng)期使用和使用量的增加,其增產(chǎn)效應(yīng)并未相應(yīng)增加,且大量使用化肥所帶來的土壤板結(jié)、肥力退化、污染環(huán)境等負(fù)效應(yīng)也日益明顯[2].農(nóng)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展,需要提倡使用有機(jī)肥和其他新型肥料[3-4].生物固氮是固氮微生物將大氣中的氮還原成氨的過程,將固氮微生物菌劑施入土壤,可提高土壤氮素含量,促進(jìn)作物生長(zhǎng).微生物肥料起作用的是活的微生物,其效率取決于菌種的特性和產(chǎn)品中活菌的數(shù)量.我國(guó)微生物菌劑國(guó)家標(biāo)準(zhǔn)對(duì)活菌數(shù)和保質(zhì)期有明確規(guī)定.國(guó)內(nèi)現(xiàn)已進(jìn)行產(chǎn)品登記的自生固氮菌肥料,生產(chǎn)菌種一般都使用圓褐固氮菌(Azotobacterchrooccum),該菌株不產(chǎn)生芽孢,易失活,產(chǎn)品保存期短.芽孢桿菌具有容易培養(yǎng)、抗逆性強(qiáng)、存活期長(zhǎng)等優(yōu)點(diǎn),篩選能固氮的芽孢桿菌作為生物固氮菌劑的菌種已受到重視[5-6].固氮微生物將氮?dú)膺€原成氨要消耗大量的三磷酸腺苷(ATP),對(duì)自生固氮菌來說,ATP主要來源于糖類物質(zhì)的生物氧化[7].由于圓褐固氮菌等自生固氮微生物不能降解纖維素,土壤中單糖、淀粉等糖類的含量有限,使固氮微生物的生長(zhǎng)和固氮效率受到限制,直接影響固氮菌劑作用的發(fā)揮.作物的殘留物和施入土壤的有機(jī)肥含有大量的纖維素,能為利用纖維素的固氮微生物提供所需的碳源和能源,篩選兼具固氮能力與纖維素降解能力的芽孢桿菌,作為生產(chǎn)固氮菌肥料的菌種和進(jìn)一步研究的實(shí)驗(yàn)菌株,為固氮微生物的研究和應(yīng)用提供了另一種思路.
圓褐固氮菌(Azotobacterchrooccum)10098,由中國(guó)農(nóng)業(yè)微生物菌種保藏中心提供.
纖維素?zé)o氮培養(yǎng)基(g/L):微晶纖維素20,磷酸氫二鉀0.4,硫酸鎂0.4,氯化鈉0.4,硫酸鈣0.4,碳酸鈣10,硫酸錳0.02,硫酸亞鐵0.02,1%鉬酸鈉溶液1mL/L,1%硼酸溶液1mL/L,固體培養(yǎng)基加瓊脂20g,pH 值為7.2~7.4,121℃高壓蒸汽滅菌30min.測(cè)定固氮效率時(shí)用葡萄糖代替微晶纖維素,113℃高壓蒸汽滅菌30min.
1.3.1 土壤樣品的采集 從陜西省長(zhǎng)安、三原、戶縣、銅川、勉縣、南鄭、洛川、延安,山西省晉城、大同、交城,山東省煙臺(tái),湖北省武漢等地的小麥、玉米、果樹、蔬菜等根際,共采集土壤樣品24份,樣品用滅菌牛皮紙袋包裝.
1.3.2 富集培養(yǎng) 稱5g土樣放入滅菌過的裝有玻璃珠和45mL無菌水的三角瓶中,然后在160 r/min、28℃振蕩30min.取上述土壤懸液各5mL分別轉(zhuǎn)入微晶纖維素?zé)o氮液體培養(yǎng)基中,在160 r/min、28℃振蕩培養(yǎng)4d.重復(fù)上述操作一次,完成第二次富集培養(yǎng).
1.3.3 固氮芽孢桿菌的分離純化 吸取5mL增殖培養(yǎng)后的菌液接入45mL含玻璃珠的無菌水中,160r/min振蕩30min得10-1菌懸液,置80℃水浴10min,依次做10倍系列稀釋至10-6.每個(gè)稀釋度取0.1mL菌懸液涂布在微晶纖維素?zé)o氮固體培養(yǎng)基分離平板上,28℃培養(yǎng)4d,選取不同特征且直徑較大的菌落再用平板劃線法進(jìn)行分離純化.
將2mL菌液接入48mL液體培養(yǎng)基,28℃培養(yǎng)3d,用顯微鏡直接計(jì)數(shù)選出生長(zhǎng)速度快的菌株,再用平板菌落計(jì)數(shù)測(cè)定液體培養(yǎng)物的生長(zhǎng)量[8].
將培養(yǎng)3d的發(fā)酵液于4 500r/min離心15 min,上清液即為粗酶液,以pH值為7.2的磷酸緩沖液配制微晶纖維素,經(jīng)160r/min振蕩24h濕磨,將濕磨過的底物與粗酶液混合,在32℃保溫30 min(依據(jù)反應(yīng)初速度確定),用DNS法測(cè)定還原糖的生成量[9],纖維素酶活力單位(U)定義為32℃,pH值為7.2條件下反應(yīng)30min,每毫升酶液每秒鐘產(chǎn)生的葡萄糖的mol數(shù)表示.
將2mL菌液接入48mL葡萄糖無氮液體培養(yǎng)基中,28℃、160r/min振蕩培養(yǎng)3d.用DNS法測(cè)定剩余葡萄糖的含量[9],微量凱氏定氮法測(cè)定含氮量[10].固氮效率以每消耗1g葡萄糖所固定的氮量(mg)表示.
選取大小一致的津優(yōu)40號(hào)黃瓜種子用無菌水浸泡18h后播種于育苗杯中,每杯播1粒種子,待真葉長(zhǎng)到兩葉一心時(shí)進(jìn)行移栽.移栽塑料花盆直徑25cm,高17cm,每盆裝耕作土壤1 500g,每盆移栽1株,每個(gè)處理重復(fù)3盆,置溫室內(nèi)培養(yǎng).黃瓜幼苗移栽1d后進(jìn)行處理,每盆澆50mL不同液體,生長(zhǎng)期間每隔10d按同法澆施一次,20d和30d后分別拍照,收獲植株,測(cè)定植株高度、生物量、含氮量等.
盆栽試驗(yàn)共設(shè)8個(gè)處理:(1)無菌水對(duì)照(CK1);(2)纖維素?zé)o氮液體培養(yǎng)基對(duì)照(CK2);(3)化學(xué)氮肥對(duì)照(CK3),成分為(g/L):尿素 0.12g,Na2HPO4·12H2O 0.15g,MgSO4·7H2O 0.12 g,檸檬酸鐵0.005g,CaCl2·2H2O 0.1g,KH2PO40.1g,Gibson微量元素液1mL,H2O 1000mL,pH6.5~7.0.Gibson微量元素液成分:H3BO32.86 g,ZnSO4·7H2O 0.22g,GuSO4·5H2O 0.08g,MnSO4·4H2O 2.03g,Na2Mo4·2H2O 1.26g,H2O 1000mL;(4)陽(yáng)性對(duì)照菌株圓褐固氮菌10098菌液(CK4);(5)固氮芽孢桿菌 AX31菌液;(6)固氮芽孢桿菌BX31菌液;(7)固氮芽孢桿菌CX21菌液;(8)固氮芽孢桿菌DX23菌液.
采用SPSS16.0統(tǒng)計(jì)分析軟件完成.
1.9.1 形態(tài)學(xué)觀察 將固氮芽孢桿菌涂布于以微晶纖維素為碳源的無氮培養(yǎng)基上,28℃培養(yǎng)48~72 h,觀察記錄菌落形狀、大小、顏色、邊緣、表面光滑度等.用常規(guī)制片法和染色法觀察細(xì)胞的形狀、大小、兩端形狀、細(xì)胞排列方式、莢膜、芽孢及位置等.
1.9.2 生理生化測(cè)定 參考《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》[11]和《伯杰細(xì)菌鑒定手冊(cè)》[12].
1.9.3 16SrDNA序列分析與系統(tǒng)學(xué)分析 16S rDNA基因序列分析由上海生工生物工程有限公司完成;基因比對(duì)采用美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)BLAST在線完成,系統(tǒng)學(xué)分析建樹采用軟件MEGA 4完成.
2.1.1 利用纖維素的固氮芽孢桿菌的分離 從24個(gè)土壤樣品中共分離到42株利用微晶纖維素的固氮芽孢桿菌菌株,其中編號(hào)為AX31、BX31、CX21和DX23的4株生長(zhǎng)較快,在微晶纖維素?zé)o氮液體培養(yǎng)基中,28℃160r/min振蕩培養(yǎng)72h菌數(shù)可達(dá)到1×109個(gè)/mL(cfu)以上.
2.1.2 4株固氮芽孢桿菌的纖維素酶活性和固氮效率 4株利用纖維素的固氮芽孢桿菌的纖維素酶活性和固氮效率見表1,以圓褐固氮菌10098作為對(duì)照菌株,表中數(shù)據(jù)為3個(gè)重復(fù)的平均值和標(biāo)準(zhǔn)差.
表1 4株固氮芽孢桿菌的纖維素酶活性和固氮效率*Tab.1 Cellulase activity and N fixation efficiency of 4nitrogen-fixing bacilli
通過方差分析及LSD法多重比較顯示,4株固氮芽孢桿菌中,菌株CX21的纖維素酶活性顯著高于AX31、BX31和DX23(P<0.01).菌株 DX23纖維素酶活性較低,菌株AX31和BX31纖維素酶活性差異不顯著(P>0.05).菌株CX21的固氮效率最高,與其他3個(gè)菌株之間差異極顯著(P<0.01),其固氮效率與對(duì)照菌株10098相當(dāng).
2.1.3 4株固氮芽孢桿菌對(duì)黃瓜生長(zhǎng)的影響 澆施利用纖維素的固氮芽孢桿菌CX21的菌液后,黃瓜植株長(zhǎng)勢(shì)明顯比對(duì)照CK1、CK2和AX31、BX31、DX23好,植株高,葉片大.植物生物產(chǎn)量和全氮含量與化學(xué)氮肥處理CK3和對(duì)照菌株10098相當(dāng),差異不顯著(P>0.05)(表2).
從菌體生長(zhǎng)、纖維素酶活性、固氮效率和黃瓜盆栽試驗(yàn)結(jié)果可以確定,固氮芽孢桿菌CX21是一株有潛在應(yīng)用價(jià)值的固氮芽孢桿菌菌株.
表2 固氮芽孢桿菌對(duì)黃瓜生長(zhǎng)和植株總含氮量的影響Tab.2 The effect of nitrogen-fixing bacilli on cucumber plant′s growth and total nitrogen content
2.2.1 固氮芽孢桿菌CX21的形態(tài)學(xué)觀察 固氮芽孢桿菌菌株CX21在無氮培養(yǎng)基平板上菌落圓形,邊緣整齊,無色透明,光滑有光澤,呈半粒水珠狀,粘稠有彈性,挑起時(shí)可拉成絲(圖1a).菌體桿狀,大小為0.79~1.3μm×2.5~5.2μm,革蘭氏染色為陽(yáng)性(圖1b);菌體外有很肥厚的莢膜(圖1c);培養(yǎng)3d后菌體內(nèi)形成芽孢,芽孢位于菌體中央,橢圓形,直徑不大于菌體寬度(圖1d).
2.2.2 固氮芽孢桿菌CX21的生理生化特征 固氮芽孢桿菌CX21能利用葡萄糖、蔗糖、乳糖、甘露醇等為碳源,不能利用木糖、核糖;最適培養(yǎng)溫度為28~30℃,NaCl濃度高于1.0%時(shí)生長(zhǎng)受抑制;接觸酶反應(yīng)為陽(yáng)性,液化明膠,水解淀粉,使石蕊褪色,牛奶胨化;氧化酶試驗(yàn)、V-P反應(yīng)、卵磷脂酶、硝酸鹽還原、甲基紅、檸檬酸鹽利用均為陰性.
圖1 菌株CX21形態(tài)學(xué)特征Fig.1 Morphological characteristics of strain CX21
2.2.3 固氮芽孢桿菌CX21的16SrDNA序列分析 測(cè)序得到的固氮芽孢桿菌CX21的16SrDNA序列的長(zhǎng)度為1 460bp,將序列經(jīng)NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)BLAST在線比對(duì),結(jié)果顯示固氮芽孢桿菌CX21與Paenibacillusmucilaginosu(登陸號(hào)JF810844.1)的同源性達(dá)到99%以上.從GenBank中調(diào)取與CX21同源性較高的10株菌株的16SrDNA序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育進(jìn)化樹(圖2),結(jié)果顯示CX21在進(jìn)化樹中與Paenibacillusmucilaginosu的同源關(guān)系最近.根據(jù)固氮芽孢桿菌CX21的形態(tài)特征、生理生化特性和16SrDNA序列分析,參考《常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)》和相關(guān)膠質(zhì)類芽孢桿菌的研究[13-15],將篩選到的利用纖維素的固氮芽孢桿菌菌株CX21鑒定為膠質(zhì)類芽孢桿菌Paenibacillusmucilaginosus.
圖2 固氮芽孢桿菌CX21系統(tǒng)學(xué)分析Fig.2 Phylogenetic tree of nitrogen-fixing bacillus CX21
微生物肥料起作用的是活的微生物,其效率取決于菌種的特性和產(chǎn)品中活菌的數(shù)量.圓褐固氮菌是國(guó)內(nèi)外生產(chǎn)生物固氮菌劑常用的菌種,由于該菌株不產(chǎn)生芽孢,易失活,產(chǎn)品保存期短,篩選具有固氮能力的芽孢桿菌因而受到重視.早年發(fā)現(xiàn)的固氮芽孢桿菌菌株主要是類芽孢桿菌屬的Paenibacilluspolymyxa、P.macerans和P.azotofixans[16-18];之后又陸續(xù)發(fā)現(xiàn)了P.peoriae、P.graminis、P.odorifer、P.brasilensis、P.zanthoxyli和P.forsythiae[19-23].近年來我國(guó)學(xué)者也相繼發(fā)現(xiàn)芽孢桿菌屬(Bacillus)中具有固氮能力的新菌種[5-6],這些菌株一般都是以蔗糖、葡萄糖、甘露醇或淀粉作為碳源分離獲得[6],僅少數(shù)菌株在菌種鑒定時(shí)表明可分解纖維素.我們?cè)诰N分離篩選時(shí)以微晶纖維素為碳源,分離到多株能固氮的芽孢桿菌,豐富了固氮菌資源及其篩選策略.我們獲得的固氮芽孢桿菌菌株CX21,生長(zhǎng)較快,固氮能力較強(qiáng),黃瓜盆栽試驗(yàn)結(jié)果與對(duì)照菌株圓褐固氮菌10098和施用無機(jī)氮肥的結(jié)果相當(dāng).在大田環(huán)境中,單糖和淀粉含量比較低,而作物的殘留物和施入的有機(jī)肥含有大量纖維素,利用纖維素的固氮芽孢桿菌具有更強(qiáng)的競(jìng)爭(zhēng)適應(yīng)優(yōu)勢(shì).
對(duì)固氮微生物固氮能力的研究有微量凱氏定氮法、乙炔還原法測(cè)定固氮酶活性、15N示蹤法和盆栽試驗(yàn)等.目前的研究中,乙炔還原法和15N示蹤法在同一研究中還存在結(jié)果不對(duì)應(yīng)等問題,與盆栽試驗(yàn)結(jié)果并不總是正相關(guān)[6].我們以菌株生長(zhǎng)速率、固氮效率和盆栽試驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行評(píng)定,微量凱氏定氮法雖較麻煩,但結(jié)果與盆栽試驗(yàn)結(jié)果較吻合.
氨的分泌和氨對(duì)固氮酶的阻遏效應(yīng)是影響自生固氮微生物增加土壤肥力的限制因素[7],獲得能將固氮產(chǎn)生的氨分泌到細(xì)胞外的菌株及抗氨效應(yīng)的菌株是利用自生固氮微生物提高土壤肥力需要攻克的難題.就利用纖維素的固氮芽孢桿菌而言,纖維素酶的合成與調(diào)節(jié)、生物固氮的調(diào)節(jié)以及氨的分泌等,也是需要研究的重要課題.
用微晶纖維素?zé)o氮培養(yǎng)基從不同地區(qū)不同植物根際的24個(gè)土壤樣品中分離到42株固氮芽孢桿菌,其中固氮芽孢桿菌CX21纖維素酶活性和固氮效率較高.黃瓜盆栽試驗(yàn)結(jié)果表明,澆施固氮芽孢桿菌CX21菌液,植株高度、植物生物產(chǎn)量和全氮含量同化學(xué)氮肥對(duì)照和對(duì)照菌株圓褐固氮菌10098的效果相當(dāng),無顯著差異(P>0.05).根據(jù)固氮芽孢桿菌CX21的形態(tài)特征、生理生化特性和16SrDNA序列分析,將篩選到的利用纖維素的固氮芽孢桿菌菌株CX21鑒定為膠質(zhì)類芽孢桿菌Paenibacillus mucilaginosus.
[1]曾希柏,李菊梅.中國(guó)不同地區(qū)化肥施用及其對(duì)糧食生產(chǎn)的影響[J].中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué),2004,37(3):387-392.
[2]Trenkel M E.Improving fertilizer use efficiency controlled-release and fertilizer in agriculture[M].Paris:Insternational Fertilizer Industry Association,1997:61-64.
[3]武志杰,石元亮,李東坡,等.新型高效肥料研究展望[J].土壤與作物,2012,1(1):2-9.
[4]Xu X C,Li D P,Wang H B.Fertilizers of the future[J].Fertilizer International,1999,369:31-32.
[5]Ding Y ,Wang J,Liu Y,et al.Isolation and identification of nitrogen-fixing bacilli from plant rhizospheres in Binjing region [J].Journal of Applied Microbiology,2005,99:1271-1281.
[6]孫建光,張燕春,徐晶,等.高效固氮芽孢桿菌篩選及其生物學(xué)特性[J].中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué),2009,42(6):2043-2051.
[7]Edward Alcamo I.Fundamentals of Microbiology[M].USA:Jones and Bartlett Publishers,Incorporated,2001:804-807.
[8]沈萍,陳向東.微生物學(xué)實(shí)驗(yàn)[M].4版.北京:高等教育出版社,2007:32-34.
[9]蔣立科,羅曼.生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)與實(shí)踐[M].北京:高等教育出版社,2007:197-203.
[10]余瑞元,袁明秀,陳雅麗,等.生物化學(xué)實(shí)驗(yàn)原理和方法[M].2版.北京大學(xué)出版社,2005:227-231.
[11]東秀珠,蔡妙英.常見細(xì)菌系統(tǒng)鑒定手冊(cè)[M].北京:科學(xué)出版社,2001:353-398.
[12]Buchanan R E,Gibbens N E.伯杰細(xì)菌鑒定手冊(cè)[M].中國(guó)科學(xué)院微生物研究所《伯杰細(xì)菌鑒定手冊(cè)》翻譯組譯.北京:科學(xué)出版社,1984:729-756.
[13]王璇.膠質(zhì)類芽孢桿菌3016全基因組測(cè)序及菌種水平特異分子標(biāo)識(shí)的篩選和鑒定[D].山東:山東農(nóng)業(yè)大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,2011:54-56.
[14]陳廷偉.膠質(zhì)芽孢桿菌分類名稱及特性研究[J].土壤肥料,2004(4):5-10.
[15]Ma Mingchao,Wang Zhenya,Li Li,et al.Complete genome sequence ofPaenibacillusmucilaginosus3016,a bacterium functional as microbial fertilizer[J].Journal of Bacteriology,2012,194(10):2777-2778.
[16]Grau H,Wilson W.Physiology of nitrogen-fixation by Bacillus polymyza[J].Journal of Bacteriology,1962,83:490-496.
[17]Witz D F,Detroy R W,Wilson P W.Nitrogen fixation by growing cells and cell-free extracts of the Bacillaceae[J].Archives of Microbiology,1967,55:369-381.
[18]Seldin L,van Elass D,Penido C.Bacillusazotofixanssp.Nov.,a nitrogen-fixing species from Brazilian soils and grass roots[J].International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,1984,34:451-456.
[19]Elo S,Suominen I,Kampfer P,et al.Paenibacillus borealissp.nov.,a nitrogen-fixing species isolated from spruce forest humus in Finland[J].International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,2001,51:535-545.
[20]Berge O,Guinebretiere H,Achouak W ,et al.Paenibacillusgraminissp.nov.andPaenibacillusodorifersp.Nov.,isolated from plant roots,soil and food[J].International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,2002,52:607-616.
[21]Von der Weid I,Duarte F,van Elsas D.Paenibacillus brasilensissp.nov.,a novel nitrogen-fixing species isolated from the maize rhizosphere in Brazil[J].International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,2002,52:2147-2153.
[22]Ma Y,Zhang J,Chen S.Paenibacilluszanthoxylisp.nov.,a novel nitrogen-fixing species isolated from the rhizosphere ofZanthoxylumsimulans[J].International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,2007,57:873-877.
[23]Ma Yuchao,Chen Sanfeng.Paenibacillusforsythiaesp.nov.,a nitrogen-fixing species isolated from the rhizosphere ofForsythiamira[J].International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology,2008,58:319-323.