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云南牛肝菌的內(nèi)生真菌分離、鑒定和ITS序列特征研究

2014-07-25 06:17岳萬松陳毅堅
食品工業(yè)科技 2014年19期
關(guān)鍵詞:牛肝菌內(nèi)生真菌

岳萬松,熊 勇,2,陳毅堅,2,*

(1.云南民族大學(xué)化學(xué)與生物技術(shù)學(xué)院,云南昆明 650500;2.國家民委—教育部共建民族藥資源化學(xué)重點實驗室,云南昆明 650500)

牛肝菌科(Boletaceae)是擔(dān)子菌亞門傘菌目的重要一科。云南是野生食用菌的王國,目前已知牛肝菌有224種,食用菌144種,分別占全國總數(shù)的62%和72%。牛肝菌含有多糖、生物堿、甾醇類化合物、酸類化合物等活性物質(zhì),可用于治療腰腿疼痛、手足麻木、四肢抽搐等疾病,還具有抗流感病毒、防治感冒的作用[1]。在云南產(chǎn)量多、味道鮮美、又具經(jīng)濟(jì)價值的有4種:小美牛肝菌(地方名見手青)[Boletus speciosus Frost]、銅色牛肝菌(地方名黑牛肝)[Boletus aereus]、黃皮疣柄牛肝菌(地方名黃牛肝、黃癩頭)[Leccinum crocipodium]、美味牛肝菌(地方名白牛肝)[Boletus edulis][2]。至今,牛肝菌除個別種據(jù)報道在實驗室條件下栽培成功[3-6],絕大多數(shù)種類尚不能通過人工栽培形成子實體[7-8]。目前有關(guān)野生食用牛肝菌的研究主要集中在其營養(yǎng)成分分析[9-10]和化學(xué)成分分析[11-12],此外,多篇文獻(xiàn)[13-15]對牛肝菌活性物質(zhì)多糖的免疫、抗腫瘤及抗氧化作用進(jìn)行了研究分析。

內(nèi)生真菌定殖于健康的生物組織內(nèi),種類繁多,分布廣泛[16]。近年來,內(nèi)生真菌的代謝產(chǎn)物的研究倍受關(guān)注,大量具有抗菌、抗癌、殺蟲等活性的次生代謝產(chǎn)物從內(nèi)生真菌中分離出來[17-19],內(nèi)生真菌已經(jīng)成為開發(fā)活性物質(zhì)資源庫。目前國內(nèi)外對大型真菌的內(nèi)生真菌方面的研究甚少,仍需進(jìn)一步研究。本文以產(chǎn)自云南的牛肝菌不同種為材料,分離、純化其內(nèi)生真菌并進(jìn)行形態(tài)特征研究,再結(jié)合rDNA ITS序列分析進(jìn)行分子鑒定,確定內(nèi)生菌株的種屬歸類,旨在為牛肝菌內(nèi)生真菌資源的開發(fā)利用提供研究基礎(chǔ)資料。

1 材料與方法

1.1 材料與儀器

牛肝菌 實驗用新鮮牛肝菌子實體小美牛肝菌(地方名見手青)、銅色牛肝菌(地方名黑牛肝)、黃皮疣柄牛肝菌(地方名黃牛肝、黃癩頭)、美味牛肝菌(地方名白牛肝),均于2013年8~9月分別購自云南省玉溪市和曲靖市集貿(mào)市場,新鮮子實體用保鮮袋包裝帶回實驗室,24h內(nèi)完成內(nèi)生真菌的分離;引物ITS4、ITS5和 DNA MarKer 北京博邁德生物;2×Power Taq PCR MasterMix 北京百泰克;分離培養(yǎng)基 配制根據(jù)參考文獻(xiàn)[20]完成;固體培養(yǎng)基Ⅱ KH2PO40.5g,MgSO40.25g,酒石酸銨 1g,麥芽糖 0.25g,維生素B1 0.5mL(40μg/L),葡萄糖 10g,瓊脂粉 10g,蒸餾水500mL(pH6.0),121℃,滅菌 20min 后備用;液體培養(yǎng)基Ⅱ 配方同上,勿加瓊脂粉。

Eppedorf 5331 PCR儀 德國;GENE GENIUS凝膠成像系統(tǒng) 美國;DYY-GB電泳儀、DYCP-31DN電泳槽 北京六一。

1.2 實驗方法

1.2.1 牛肝菌內(nèi)生真菌的分離純化培養(yǎng) 取新鮮的牛肝菌子實體,自來水沖洗數(shù)次,去除表面雜質(zhì),無菌水沖洗3遍,75%乙醇漂洗3min,再用無菌水沖洗3~5次。用無菌解剖刀將牛肝菌子實體的表皮去掉,將內(nèi)部的組織切割成0.5cm左右的小塊,接種于培養(yǎng)基中,28℃恒溫培養(yǎng)5~7d。待組織小塊周圍有內(nèi)生真菌長出后,挑取少許菌絲培養(yǎng)物,純化培養(yǎng)后,部分轉(zhuǎn)接至固體培養(yǎng)基Ⅱ斜面上保存?zhèn)溆?另一部分轉(zhuǎn)接至液體培養(yǎng)基Ⅱ里(培養(yǎng)條件為:150r/min,28℃恒溫培養(yǎng)3~4d),每12h觀察菌種生長情況,最后用無菌濾紙過濾得到菌絲體,存于-70℃冰箱里待用。

1.2.2 牛肝菌內(nèi)生真菌菌落特征和顯微特征觀察 將分離純化得到的牛肝菌內(nèi)生真菌菌株于培養(yǎng)基Ⅱ平板上三點種植和插片培養(yǎng)5~7d,菌落長出后用于觀察,插片置于顯微鏡下觀察顯微形態(tài)特征,對菌株進(jìn)行初步鑒定。

1.2.3 牛肝菌內(nèi)生真菌分子鑒定

1.2.3.1 DNA提取 將分離的牛肝菌內(nèi)生真菌液體培養(yǎng)獲得的菌絲體用于提取DNA,總DNA提取方法參照 CTAB-SDS 法[21-22]并加以改良,用瓊脂糖凝膠電泳檢測樣品DNA質(zhì)量。

1.2.3.2 PCR 擴(kuò) 增、測 序 ITS 通 用 引 物 (ITS4:TCCTCCGCTTATTGATATGC;ITS5:GGAAGTAAAA GTCGTA-ACAAGG)[23],50μL 反應(yīng)體系包括:25μL 2 ×Power Taq PCR Mixture,引物各2μL,5μL DNA 模板,16μL ddH2O;反應(yīng)條件:預(yù)變性 94℃ 5min,94℃30s,52℃ 30s,72℃ 30s,35 次循環(huán),72℃ 10min,4℃保存。擴(kuò)增產(chǎn)物用1.5%瓊脂糖凝膠電泳分離,采用Bio-Rad凝膠成像系統(tǒng)觀察結(jié)果。

1.2.3.3 PCR 產(chǎn)物的純化、測序及系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建PCR產(chǎn)物用多功能DNA純化回收試劑盒回收,送昆明碩陽科技有限公司測序。測序結(jié)果DNAMAN進(jìn)行拼接,MEGA 5.13分析相關(guān)數(shù)據(jù),構(gòu)建發(fā)育樹,同時將得到的序列提交GenBank數(shù)據(jù)庫,并通過在線Blast工具從NCBI下載GenBank等數(shù)據(jù)庫內(nèi)已知同源序列多條作為參考序列,用 MEGA 5.13中的Kimura-2-parameter(K2P)模型,鄰接(neighborjoining method,N-J)法構(gòu)建聚類圖。并應(yīng)用 DNA STAR和RNAVIZ2.0預(yù)測其二級結(jié)構(gòu)。

2 結(jié)果與分析

2.1 牛肝菌內(nèi)生真菌的形態(tài)特征

從4種新鮮牛肝菌子實體內(nèi)部組織塊中分離培養(yǎng)獲得5株內(nèi)生真菌純菌株,編號為YX1-6、YX1-7、QJ3-6、QJ3-7、QJ3-8,5 株內(nèi)生真菌的菌落特征和顯微特征見圖1,特征描述記錄和初步鑒定結(jié)果見表1(鑒定結(jié)果參考中國科學(xué)院微生物研究所編寫的《常見與常用真菌》完成[24])

圖1 牛肝菌內(nèi)生真菌 YX1-6、YX1-7、QJ3-6、QJ3-7、QJ3-8在培養(yǎng)基Ⅱ上的生長特征Fig.1 Morphology and hyphal structure of YX1-6,YX1-7,QJ3-6,QJ3-7 and QJ3-8 isolated from boletus

2.2 不同牛肝菌內(nèi)生真菌菌株ITS序列PCR擴(kuò)增結(jié)果

分離獲得的牛肝菌5株內(nèi)生真菌的PCR擴(kuò)增結(jié)果見圖2。

從圖2可見,5株菌序列長度約在430~630bp之間,PCR產(chǎn)物均出現(xiàn)比Marker清晰明顯的條帶,說明實驗所提的DNA質(zhì)量較好。

2.3 牛肝菌內(nèi)生真菌rDNA ITS序列NJ樹構(gòu)建及分析

分離到的內(nèi)生真菌分成5組:YX1-6、YX1-7、QJ3-6、QJ3-7和 QJ3-8 分別各為 1 組,做序列相似性比對并構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹以NCBI中的ITS序列為聚類外群,采用N-J法對不同牛肝菌內(nèi)生真菌進(jìn)行分析并構(gòu)建遺傳關(guān)系樹,自舉檢測1000次。所構(gòu)建的系統(tǒng)樹見(圖3)。

表1 牛肝菌內(nèi)生真菌特征記錄和初步鑒定結(jié)果Table 1 The preliminary identification results endophytic fungi from boletus

圖2 5株牛肝菌內(nèi)生真菌菌株ITS-PCR擴(kuò)增電泳圖Fig.2 Amplification profile of electrophoretogram ITS-PCR of 5 strains of boletus endophyte

通過在線BLAST工具從NCBI數(shù)據(jù)庫內(nèi)下載已知的多條相似序列作為參考序列,比較它們的相似性,并用 MEGA 5.13 中的 Kimura-2-parameter(K2P)模型,鄰接(neighbor-joining method,N-J)法構(gòu)建發(fā)育樹(見圖3),NJ發(fā)育樹分析結(jié)果表明:YX1-6與NCBI數(shù)據(jù)庫里的多株Trametes hirsuta形成自檢支持率為99%的一個分支,它們親緣關(guān)系較近,且BLAST比對結(jié)果顯示:YX1-6與Trametes hirsuta相似性都很高,為99%,鑒定為毛栓菌(Trametes hirsuta)。NJ發(fā)育樹分析結(jié)果表明:YX1-7與NCBI庫里的多株Chaetomium aureum形成自檢支持率為99%的一個大分支,二者親緣關(guān)系很近,且BLAST比對結(jié)果顯示:YX1-7與多株Chaetomium aureum相似性較高,為99%,鑒定為金色毛殼菌(Chaetomium aureum)。NJ發(fā)育樹分析結(jié)果表明:QJ3-6菌株與Candida sp(DQ104728)、Candida sp(KF057545)、Candida sp(KF057544)等假絲酵母屬菌株形成自檢支持率為100%的一個分支,它們的親緣關(guān)系較近,且BLAST比對結(jié)果顯示:QJ3-6菌株與多株Candida sp相似性高達(dá)99%,鑒定為假絲酵母屬真菌(Candida sp)。NJ發(fā)育樹分析結(jié)果表明:QJ3-7菌株與多株Mortierella sp形成自檢支持率為100%的一個分支,親緣關(guān)系較近,且 BLAST比對結(jié)果顯示:QJ3-7菌株與Mortierella sp(KC180749)相似性高達(dá)100%,鑒定為被孢霉屬菌株。NJ發(fā)育樹分析結(jié)果表明:菌株QJ3-8與Eurotium amstelodami多株菌株形成自檢支持率為96%的一個分支,親緣關(guān)系較近,且BLAST比對結(jié)果顯示:QJ3-8與Eurotium amstelodami(AF455470)、Eurotium amstelodami(HQ728257)和Eurotium rubrum(AF455528)等多株散囊菌屬菌株的的相似性都高達(dá)100%,鑒定為散囊屬真菌。

2.4 牛肝菌內(nèi)生真菌及其NCBI數(shù)據(jù)庫相似種ITS rRNA二級結(jié)構(gòu)比較

利用DNA STAR和RNAVIZ2.0預(yù)測并比較牛肝菌內(nèi)生真菌及其NCBI數(shù)據(jù)庫相似種的二級結(jié)構(gòu),牛肝菌內(nèi)生真菌及其NCBI數(shù)據(jù)庫相似種編號分別為YX1-6和Trametes hirsuta(JN048768、YX1-7和Chaetomium aureum(HQ607894)、QJ3-6 和Candidasp(DQ104728)、Mortierellasp(FJ810149)、Eurotium amstelodami(HQ728257),5株牛肝菌內(nèi)生真菌及其NCBI數(shù)據(jù)庫相似種ITS rRNA二級結(jié)構(gòu)異同點見表2。

圖3 根據(jù)rDNA ITS基因序列構(gòu)建的牛肝菌內(nèi)生真菌與參考類群間的系統(tǒng)發(fā)育樹Fig.3 Phylogenetic tree of boletus endophyte based on rDNA ITS and reference taxa

表2 牛肝菌內(nèi)生真菌及其NCBI數(shù)據(jù)庫相似種ITS rRNA二級結(jié)構(gòu)比較Table 2 Contrast and analysis of ITS ribosomal RNA secondary structure ofboletus endophyte and their similar species in NCBI database

3 結(jié)論和討論

本文的實驗研究,從云南牛肝菌4個種的新鮮子實體中分得5株內(nèi)生真菌,用經(jīng)典分類方法和分子生物學(xué)方法鑒定為:YX1-6為毛栓菌(Trametes hirsuta),YX1-7為金色毛殼菌(Chaetomium aureum),QJ3-6 為假絲酵母屬真菌(Candidasp.),QJ3-7 為被孢霉屬真菌(Mortierellasp.),QJ3-8 為散囊菌屬真菌(Eurotiumsp.),從分類結(jié)果可見不同種的牛肝菌的內(nèi)生真菌也不同,顯示了內(nèi)生真菌的多樣性特征。

進(jìn)一步用DNA STAR和RNAVIZ2.0分析軟件預(yù)測了它們的二級結(jié)構(gòu),用于分析研究其分類地位。分析結(jié)果顯示各分離菌株及其相似種的ITS序列二級結(jié)構(gòu)均為一個中心環(huán)及多個螺旋區(qū)構(gòu)成,每個螺旋上又有或多或少的大小不一的莖、環(huán)結(jié)構(gòu),說明牛肝菌內(nèi)生真菌既具有結(jié)構(gòu)上的共性,又具有鮮明的個性差異。

真菌種類繁多,形態(tài)復(fù)雜,因此需要采用形態(tài)、結(jié)構(gòu)、生理生化等表型方面的特征和各種分子生物學(xué)手段進(jìn)行分類鑒定。該論文對牛肝菌內(nèi)生真菌的分類鑒定,在形態(tài)結(jié)構(gòu)和分子水平上都進(jìn)行了研究,所得結(jié)果一致并可相互印證,可見對內(nèi)生真菌分類研究,采用綜合性手段的必要性和可靠性。

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