周志成 王惠林 王賢磊 李冠
摘 要: 為明確甜瓜品種‘紅月亮F1代的種子純度,通過提取甜瓜‘紅月亮子葉DNA,利用SSR(Simple Sequence Repeats)分子標記對甜瓜品種紅月亮F1代種子DNA進行了PCR擴增、檢測與分析。結(jié)果表明,在20個SSR引物組合對親本及F1代篩選中,共有6對引物組合具有多態(tài)性,多態(tài)率30%。選擇CMBR026用于‘紅月亮F1代種子純度鑒定,使用該標記共檢測118株,其中2株為自交株,種子純度為98.3%;試驗用的‘紅月亮種子田間鑒定純度為99.5%,鑒定結(jié)果一致。SSR分子標記方法更能準確鑒別出‘紅月亮中的不純株,且大大縮短純度鑒定周期。
關(guān)鍵詞: 甜瓜; 紅月亮; SSR; 純度鑒定
Genetic Purity Test of Melon Variety ‘Red Moon F1 Using SSR Marker
ZHOU Zhi-cheng1, WANG Hui-lin1,2, WANG Xian-lei2, Li Guan2
(1. College of Forestry and Horticulture, Xinjiang Agriculture University, Urumqi, Xinjiang 830052, China; 2. College of Life Science and Technology, Xinjiang University, Urumqi, Xinjiang 830046, China)
Abstract: DNA of melon‘Red Moonand its parents was extracted from cotyledon and analyzed by SSR(Simple Sequence Repeats)markers. In 20 SSR primer combinations screened 6 primer combinations were polymorphic between parents,and the polymorphic rate was 30%. CMBR026 was selected for genetic purity. 118 seeds were tested using this marker,2 seeds were off-type. The same seed lot was also tested in the field and the purity was 99.5%. SSR molecular marker method can accurately test genetic purity of ‘Red Moonand greatly shorten time of the test.
Key words: Melon; Red Moon; SSR; Purity test
甜瓜是傳統(tǒng)的特色水果和新疆主要的經(jīng)濟作物,培育高抗病的優(yōu)良品種一直是廣大育種工作者的目標。目前,我國生產(chǎn)中已廣泛使用雜交品種[1]。種子純度是種子質(zhì)量的重要指標,近年來甜瓜生產(chǎn)中由于雜交種子純度不達標,引起的種子糾紛時有發(fā)生,給農(nóng)民造成一定的經(jīng)濟損失,對社會穩(wěn)定造成不良影響[2],因此為了保護種子經(jīng)營及農(nóng)民的利益,研究并建立每個品種快速、準確有效的種子純度鑒定方法是非常重要的。目前鑒定甜瓜雜交種子純度主要為2大類,一類是主要采用田間種植鑒定方法[3],第2類就是利用目前的分子標記、生化等方法在實驗室內(nèi)進行種子真實性檢測。田間植株性狀鑒定需占用土地,費時費工,且北方生產(chǎn)的種子當年在北方無法實施田間鑒定,只能大棚鑒定[4]以及南繁鑒定[5],更增加了生產(chǎn)成本。實驗室檢測主要為生化檢測以及分子標記檢測。生化檢測中利用同工酶和蛋白質(zhì)電泳,靈敏度高、較田間檢測易操作等優(yōu)點曾被大量應用于雜交種的檢測中[6]。但同工酶位點和蛋白質(zhì)種類有限,對于親緣關(guān)系很近的雜交種難以區(qū)分[7]。DNA標記所檢測的是作物基因組DNA水平的差異,因而非常穩(wěn)定,能夠穩(wěn)定遺傳[8],可反映生物的個體和群體特征。隨著分子標記技術(shù)的發(fā)展,越來越多的分子標記用于作物遺傳作圖,種質(zhì)純度的鑒定[3,9-10]。同時也有多種分子標記應用于甜瓜種子純度的鑒定[11]。例如RAPD分子標記[12],ISSR分子標記[13-14],SSR分子標記[1],SRAP分子標記[15]。
‘紅月亮F1代甜瓜是2005年由新疆西域種業(yè)股份有限公司選育,該品種單果質(zhì)量2 kg左右,果實為圓球形,果皮金黃色光滑,果肉橘黃色肉質(zhì)脆,中心可溶性固形物含量14%~16%,口感品質(zhì)優(yōu),植株易坐果,商品率高,耐低溫弱光;適于設(shè)施保護地栽培;該品種在山東、海南等地試種推廣市場反映表現(xiàn)較好,具有早熟、可溶性固形物含量高、品質(zhì)口感好且外觀美等特點。目前該品種F1代商品種子主要于秋季在海南采用田間種植鑒定,鑒定結(jié)果一般于次年1—2月完成;而設(shè)施生產(chǎn)上種子需求高峰期通常在每年的11—12月。為了適應生產(chǎn)需求,必須探索出適應設(shè)施生產(chǎn)要求的快速、準確的種子純度鑒定方法。本試驗探討了采用SSR標記進行甜瓜品種‘紅月亮F1代種子純度鑒定的可行性及準確性。篩選SSR標記并對甜瓜品種‘紅月亮F1代種子純度進行鑒定與分析,與田間鑒定相比,SSR標記方法更能準確鑒別出‘紅月亮中的不純株,且大大縮短純度鑒定周期。
1 材料和方法
1.1 材料
供試材料為甜瓜品種‘紅月亮F1代商品種及其親本‘M627(母本)和‘M540(父本),雜交后代和親本依據(jù)田間實驗及室內(nèi)實驗需求,分別種植于國家瓜類工程中心和新疆大學生物工程研究中心。
1.2 方法
1.2.1 田間鑒定種子純度 2012年在新疆昌吉國家瓜類工程技術(shù)研究中心試驗田種植‘紅月亮 F1代幼苗200株,通過觀察植株與果實形態(tài)鑒定種子純度。
1.2.2 實驗室檢驗種子純度 分為以下幾個步驟。
1)DNA的提取 將供試材料分別于室內(nèi)光照培養(yǎng)箱內(nèi)進行播種育苗, 溫度28 ℃,日照16 h?!甅627(母本)及‘M540(父本)20株,‘紅月亮雜交后代商品種150株。待幼苗長出真葉時,從親本中隨機選擇植株,混合葉片為材料,采用CTAB[16]法分別提取父本和母本的DNA。同時利用多樣品組織研磨機Tissuelyser-24,采用CTAB法,分別提取150株‘紅月亮DNA。
2)SSR標記PCR擴增 PCR擴增程序為:94 ℃預變性 5 min;94 ℃ 變性 30 s,55 ℃ 復性30 s,72 ℃ 延伸1 min,35個循環(huán);72 ℃延伸10 min,4 ℃ 保存。反應的基本體系為:反應體系總體積為20 μL,含DNA 100 ng,dNTPs0.2 mmol·L-1,Mg2+ 1.5 mmol·L-1,上、下游引物各0.2 μmol·L-1,Taq DNA polymerase 1 U,10×PCRbuffer 2 μL,補足超純水20 μL。
3)PCR擴增產(chǎn)物的檢測 采用聚丙烯酰胺凝膠電泳來檢測擴增引物。聚丙烯酰胺凝膠的組分為:總體積50 mL,含尿素21 g,超純水17 mL,5×TBE 10 mL,19 ∶ 1丙烯酰胺7 mL,10% APS 225 μL,TEMD 50 μL。取4 μL擴增產(chǎn)物,加入4 μL Loading buffer(甘油含量為30%),進行電泳。電泳40 min后,將膠置于10% 的乙醇10 min,蒸餾水漂洗,置于1% HNO3 中浸泡6 min,蒸餾水漂洗,0.1% 的AgNO3浸泡10 min置于加入 3% 的Na2CO3和0.1% 的甲醛混合液顯色3~6 min,用10%的冰乙酸2~3 min終止顯色,蒸餾水漂洗空干。
4)多態(tài)SSR引物的篩選 從‘紅月亮中選取20株DNA進行混合,與其父本母本DNA對照,在20對引物組合中篩選擴增帶型清晰,有多態(tài)的SSR引物。其中條帶清晰共顯性的引物最適。SSR引物序列信息見表1,引物由華大基因合成。
5)‘紅月亮種子純度的鑒定 采用篩選出的最適SSR引物組合擴增全部‘紅月亮F1代實驗植株,擴增結(jié)果經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測,分析鑒定種子純度。種子純度/%=(1-雜株個體數(shù)/F1個體總數(shù))×100[15]。
2 結(jié)果與分析
2.1 田間鑒定種子純度
田間種植鑒定‘紅月亮F1代種子,經(jīng)過田間觀察F1代植株與果實性狀多數(shù)表現(xiàn)一致,200株中只有1株與母本表型一致,因此田間鑒定純度為99.5%。
2.2 實驗室鑒定種子純度
2.2.1 育苗 根據(jù)室內(nèi)實驗需求,將供試材料‘M627(母本),‘M540(父本)及‘紅月亮F1代雜交種種植于培養(yǎng)箱中。溫度28 ℃,日照16 h。待幼苗長出真葉開始提取材料的DNA。
2.2.2 多態(tài)SSR引物的篩選 應用20對SSR引物組合(表1)分別對‘M627(母本),‘M540(父本)及‘紅月亮F1代進行PCR擴增分析。電泳檢測結(jié)果顯示,表現(xiàn)出多態(tài)性的SSR引物共有6對,分別為1號CMN22-22、3號MU9717、4號CMBR026、5號CMGA128、10號MU7194、14號CMBR139多態(tài)率達30%(圖1)。
上述具有多態(tài)性的SSR引物可用于下一步的雜交種子純度鑒定。其中PCR產(chǎn)物條帶清晰且為共顯性的SSR標記為最適引物, CMBR026擴增結(jié)果為:母本為擴增出低帶,父本擴增出高帶,F(xiàn)1代為雙帶。選擇4號SSR標記CMBR026用于‘紅月亮種子純度鑒定。
2.2.3 ‘紅月亮F1代種子純度的鑒定 用SSR標記CMBR026擴增140株‘紅月亮F1個體,進行F1種子純度鑒定。PCR擴增獲得約140 bp的PCR產(chǎn)物,進行經(jīng)聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測。電泳結(jié)果顯示
(圖2),泳道空的PCR未擴增出的個體,不計入有效結(jié)果。其中1號為母本,2號為父本,3號為純的‘紅月亮個體。箭頭指示4號為母本基因型不純個體,30號為父本條帶,有可能是收種混入的摻雜個體。其余個體結(jié)果圖未給出,也未進行數(shù)量統(tǒng)計。使用該標記檢測共檢測118株,2株不純,種子純度為 98.3%。
3 討 論
種子純度是種子質(zhì)量的重要指標,對甜瓜作物產(chǎn)量及品質(zhì)有直接影響。目前,甜瓜品種種子純度的鑒定方法主要采用田間種植鑒定,憑借田間植株及果實的形態(tài)鑒定,進行早期鑒定比較困難[15]。以本研究中的供試材料‘紅月亮種質(zhì)鑒定結(jié)果一般于次年1—2月完成,而設(shè)施生產(chǎn)上種子需求高峰期通常在每年的11—12月,傳統(tǒng)方法很難滿足生產(chǎn)中的需求。其他作物如小麥、苦瓜、黃瓜等已經(jīng)實現(xiàn)實驗室完成種子純度的鑒定[17-19]。分子標記在植物苗期就能進行檢測。SSR分子標記是一種共顯性標記,能夠明顯區(qū)別親本與雜合個體,結(jié)果更為準確。同時,結(jié)合多通量DNA提取技術(shù),能夠?qū)崿F(xiàn)大量快速完成甜瓜種質(zhì)純度的鑒定。
本研究首次使用SSR分子標記對‘M627(母本)和‘M540(父本)及雜交后代‘紅月亮進行種子純度的鑒定。研究中,‘紅月亮個體數(shù)為140,其中有效個體數(shù)為118,占84.28%。通過SSR分子標記CMBR026對118株個體進行純度鑒定,2株不純,種子純度為98.3%,不純植株中純合母本基因型1株,推測為雜交時母本去雄不徹底等原因造成,純合父本1株,推測為種子機械摻雜造成。本研究中田間鑒定結(jié)果為純度99.5%,與田間鑒定相比,SSR分子標記方法更能準確鑒別出‘紅月亮中的不純株,且大大縮短純度鑒定周期。
本研究證明SSR分子標記能用于該品種的種子純度鑒定,這為研究適應設(shè)施生產(chǎn)要求的快速、準確的種子純度鑒定方法奠定了基礎(chǔ)。然而在前期工作者的研究中發(fā)現(xiàn),甜瓜雜交后代種質(zhì)純度鑒定由于不同品種的遺傳背景不同,不同雜交后代的親緣遠近不同,單一的標記就無法實現(xiàn)準確鑒定純度。這時對用于鑒定的標記需要進行篩選,也許會同時需要幾個標記輔助鑒定。目前來看分子標記進行甜瓜種子純度的檢測是可行的,但推廣到不同的品種還需要進一步研究,分子標記進行種質(zhì)純度的研究有廣闊的研究前景。
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