沈長(zhǎng)兵 尹先勇 楊森 張學(xué)軍
銀屑病基因-環(huán)境、基因-基因交互作用研究進(jìn)展
沈長(zhǎng)兵 尹先勇 楊森 張學(xué)軍
目前認(rèn)為銀屑病主要由環(huán)境因素和遺傳因素等共同作用所致。環(huán)境因素如吸煙、飲酒、外傷等可誘發(fā)或加重銀屑病病情[1]。遺傳學(xué)研究發(fā)現(xiàn),PSORS1-9、HLA-Cw*0602、IL12B、IL23R、ERAP1等位點(diǎn)或基因與銀屑病的易感性相關(guān)聯(lián)[2]。近年來(lái),研究者利用多種方法開(kāi)展銀屑病基因-環(huán)境、基因-基因交互作用方面的研究,闡明其在銀屑病發(fā)病機(jī)制中的作用,取得了進(jìn)展。
(一)概念:在遺傳流行病學(xué)研究中,基因-環(huán)境交互作用是指不同基因型的人群中某種環(huán)境暴露對(duì)疾病的效應(yīng)不同,或者是不同環(huán)境暴露下的人群中某種基因型的效應(yīng)不同?;?基因交互作用在生物學(xué)意義上是指?jìng)€(gè)體的基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)和生化通路中活性分子之間物質(zhì)的相互作用,某個(gè)基因?qū)Ρ硇偷淖饔檬艿狡渌虻挠绊?;而統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上的基因-基因交互作用則是在群體中表現(xiàn)出的多位點(diǎn)基因型與表型變異之間關(guān)系的數(shù)學(xué)模型的概括[3]。
(二)分析方法:常用的分析方法有以下幾種[4]:①叉生分析法:主要采用2×4叉生表分析單個(gè)基因和單個(gè)環(huán)境因素的交互作用。適用于病例對(duì)照研究、單純病例研究、不完全病例對(duì)照研究和隊(duì)列研究;②Logistic回歸模型:是最常用的參數(shù)統(tǒng)計(jì)方法,以存在相乘交互作用為基礎(chǔ),通過(guò)相乘項(xiàng)回歸系數(shù)的估計(jì)來(lái)判斷交互作用是否有意義及其作用大小。適用于病例對(duì)照研究、橫斷面研究、封閉隊(duì)列研究和臨床研究;③多因子降維法(multifactor dimensionality reduction,MDR):是一種非參數(shù)、無(wú)遺傳模型的方法,將多位點(diǎn)基因型之間的基因-基因或基因-環(huán)境交互作用轉(zhuǎn)換成一個(gè)具有兩水平(即高危、低危)的新變量,從而將高維的結(jié)構(gòu)降低到一維,避免Logistic回歸分析等方法在分析交互作用中出現(xiàn)的“維度困擾”現(xiàn)象,使高階交互作用的分析更易實(shí)現(xiàn)。適用于平衡的病例對(duì)照研究和不一致同胞對(duì)研究;④其他:全交互作用模型(full interaction model,FIM)、貝葉斯上位效應(yīng)關(guān)聯(lián)圖譜(Bayesian epistasis association mapping,BEAM)、分類和回歸樹(shù)等也是研究中常用的分析方法。
銀屑病是一種受環(huán)境因素影響的遺傳性皮膚病。環(huán)境因素諸如吸煙、飲酒、肥胖等可以誘發(fā)銀屑病或加重銀屑病患者的病情[1]。
(一)環(huán)境因素與HLA等位基因交互作用:
1.吸煙和飲酒:是誘發(fā)銀屑病的主要危險(xiǎn)因素,多項(xiàng)研究表明,吸煙和飲酒與銀屑病的HLA等位基因或位點(diǎn)之間存在交互作用[5-8]。Zheng 等[7]研究顯示,吸煙/飲酒、攜帶HLA-DQA1*0201等位基因人群患銀屑病的危險(xiǎn)度遠(yuǎn)大于吸煙/飲酒、不攜帶該等位基因人群,表明該等位基因與吸煙/飲酒對(duì)銀屑病的發(fā)病具有協(xié)同作用,增加銀屑病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。此外,該研究還表明,在攜帶該等位基因的患者中,吸煙/飲酒時(shí)間越長(zhǎng),患銀屑病的危險(xiǎn)性越高。在中國(guó)漢族人群中,HLA-Cw6和HLA-A26分別與吸煙和飲酒之間存在聯(lián)合作用,增加吸煙和飲酒誘發(fā)銀屑病的易患性[5-6]。Yin 等[8]研究發(fā)現(xiàn),TNIP/ANXA6與飲酒、CSMD1與吸煙存在顯著的交互作用,兩個(gè)交互作用均增加銀屑病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。
2.飲食:進(jìn)食魚蝦是銀屑病發(fā)病的環(huán)境誘因之一[6,9]。高敏等[6]證實(shí)食魚蝦經(jīng)歷和HLA-A26等位基因均為銀屑病發(fā)病的易感因素,進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),兩因素交互作用顯著,該等位基因可能會(huì)增加食魚蝦經(jīng)歷誘發(fā)銀屑病的易患性。研究還發(fā)現(xiàn),HLA-DQA1*0501等位基因與食魚蝦經(jīng)歷的交互作用增加I型銀屑?。òl(fā)病年齡<40周歲)發(fā)病的危險(xiǎn)性[9]。
3.手術(shù)、接種疫苗和藥物:魏生才等[9]發(fā)現(xiàn),銀屑病HLA-DQA*0201等位基因和HLA-DQA1*0501等位基因分別與手術(shù)和接種疫苗呈正向交互作用,提示這2個(gè)等位基因分別增加手術(shù)和接種疫苗誘發(fā)銀屑病的危險(xiǎn)性。進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),HLA-DQA1*0501等位基因主要增加接種疫苗誘發(fā)I型銀屑病的危險(xiǎn)性。遺傳學(xué)研究表明,單點(diǎn)HLADQA1*0501等位基因可能具有阻止?jié)h族人發(fā)生I型銀屑病的作用,但當(dāng)HLA-DQA1*0501等位基因與環(huán)境因素如接種疫苗同時(shí)作用時(shí),將增加I型銀屑病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。此外,該研究還證實(shí)HLA-DQA1*0501等位基因與藥物存在協(xié)同作用,增加藥物誘發(fā)銀屑病的風(fēng)險(xiǎn)性。
4.潮濕環(huán)境和應(yīng)急事件:HLA-DQA1*0104等位基因和HLA-A26等位基因均與受潮環(huán)境存在協(xié)同作用,均增加I型銀屑病的易患性[6,9]。Jin 等[5]研究發(fā)現(xiàn),HLA-Cw6 與應(yīng)急事件在中國(guó)漢族尋常性銀屑病發(fā)病過(guò)程中產(chǎn)生聯(lián)合作用,增加銀屑病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。
(二)環(huán)境因素與非HLA等位基因交互作用:
1.超重和肥胖:是銀屑病的環(huán)境誘因之一[10],研究表明,體質(zhì)指數(shù)(BMI)和腰臀比(WHR)與銀屑病易感基因間存在交互作用[10-11]。基于歐洲人群銀屑病全基因組關(guān)聯(lián)研究(genome-wide association study,GWAS), 發(fā)現(xiàn)BMI與IL12B(rs3212227)、BMI 與 IL23R (rs7530511)、WHR 與 IL12B(rs3212227)三組交互作用與銀屑病的發(fā)病顯著相關(guān)聯(lián)[11]。Jin等[10]通過(guò)病例對(duì)照研究發(fā)現(xiàn),BMI和WHR分別與HLACw6等位基因存在交互作用,增加尋常性銀屑病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)。因此,通過(guò)改變肥胖癥狀,可以調(diào)節(jié)危險(xiǎn)基因?qū)︺y屑病的易感性,有助于預(yù)防銀屑病的發(fā)生和發(fā)展。
2.紫外線照射:GATA結(jié)合蛋白3(GATA3)在正常皮膚的表達(dá)水平是銀屑病皮損的5倍,當(dāng)用窄譜紫外線對(duì)銀屑病患者進(jìn)行治療時(shí),表皮GATA3的表達(dá)水平增高,加速角質(zhì)形成細(xì)胞的形成、增殖和分化,從而治療銀屑?。?2]。
GWAS等方法發(fā)現(xiàn)多個(gè)銀屑病的易感基因或位點(diǎn)。單個(gè)易感基因或位點(diǎn)對(duì)銀屑病發(fā)病的作用是微效的,銀屑病的發(fā)病是由多個(gè)基因或位點(diǎn)的微效作用總和、基因-基因(環(huán)境)交互作用及環(huán)境因素等多因素共同作用所引起[13]。
(一)銀屑病易感區(qū)域/位點(diǎn)之間的交互作用:多項(xiàng)研究發(fā)現(xiàn),銀屑病連鎖區(qū)域PSORS1-9之間存在交互作用[14-15]。Vasilopoulos 等[15]研究分別位于 PSORS1(HLA-C)、PSORS4(CSTA)和 PSORS5(DS12346)位點(diǎn)的銀屑病易感位點(diǎn)/基因之間的交互作用,通過(guò)銀屑病家系分析顯示,HLA-Cw6+、攜帶CSTA和D1S2346等位基因發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)是HLA-Cw6+、非攜帶CSTA和D1S2346等位基因的105倍,證明銀屑病的3個(gè)易感位點(diǎn)間存在正向交互作用。
(二)HLA等位基因與其他易感基因間的交互作用:
1.干擾素調(diào)節(jié)因子 5(IRF5)、CSTA 和 ERAP1:目前尚無(wú)證據(jù)表明IRF5參與銀屑病炎癥性過(guò)程,但研究顯示,IRF5與MHC-I區(qū)域基因存在交互作用,IRF5可能通過(guò)IFN間接調(diào)節(jié)MHC-I類分子在銀屑病中的表達(dá),從而影響銀屑病的發(fā)病進(jìn)程[16]。Vasilopoulos等[17]通過(guò)傳遞不平衡檢驗(yàn)(TDT)方法分析CSTA基因TCC單倍型與HLA-Cw6之間的交互作用,發(fā)現(xiàn)該單倍型僅與攜帶HLA-Cw6等位基因的銀屑病個(gè)體相關(guān)聯(lián),兩者之間的交互作用增加銀屑病的患病風(fēng)險(xiǎn)。HLACw6與HLA-B57均為銀屑病的易感基因,當(dāng)兩者聯(lián)合作用時(shí),銀屑病發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)較單個(gè)易感基因作用時(shí)更高,表明HLACw6與HLA-B57兩者的協(xié)同作用可增加銀屑病的易患性[5]。Strange等[18]通過(guò)分析銀屑病GWAS數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)HLACw*0602等位基因與rs27524所標(biāo)記的ERAP1間的交互作用模型最為顯著,基因ERAP1變異僅影響攜帶HLA-C等位基因攜帶者個(gè)體的易感性。然而Lysell等[19]在瑞典人群中研究認(rèn)為,ERAP1僅與發(fā)病年齡在10~20歲之間的銀屑病患者存在關(guān)聯(lián)性,與HLA-Cw*0602之間不存在交互作用,在銀屑病的發(fā)病機(jī)制中獨(dú)立產(chǎn)生作用。
2.MHC、LCE 和 IL12B:GWAS證實(shí) MHC、LCE 和 IL12B等為銀屑病的易感基因[20-21]。Zheng 等[22]分析 MHC、LCE 和IL12B之間的交互作用對(duì)銀屑病發(fā)病影響,結(jié)果發(fā)現(xiàn),MHC和LCE、MHC和IL12B的交互作用在初篩階段和驗(yàn)證階段均顯著,但未觀察到LCE和IL12B之間的交互作用,也未觀察到MHC、LCE和IL12B三者間的交互作用。通過(guò)聯(lián)合效應(yīng)分析,提示MHC是銀屑病發(fā)病易感基因中的主效基因,LCE和IL12B是微效基因,表明多個(gè)基間的交互作用共同影響著銀屑病的發(fā)病。
3.LCE3C-LCE3B 缺失(LCE3C-LCE3B-del):研究發(fā)現(xiàn),LCE3C-LCE3B-del為西班牙、荷蘭、意大利、德國(guó)和美國(guó)人群銀屑病發(fā)病的危險(xiǎn)因素,其中在荷蘭人群中LCE3C-LCE3B-del與HLA-Cw6等位基因的交互作用對(duì)銀屑病的發(fā)病影響呈相乘效應(yīng),增加銀屑病的發(fā)病風(fēng)險(xiǎn)[23-24]。多個(gè)人群的薈萃分析證實(shí),荷蘭人群和美國(guó)密西根人群中存在LCE3C-LCE3B-del與 HLA-Cw6 間的交互作用[25]。LCE3C-LCE3B-del與HLA-Cw6之間的交互作用在不同人群中存在差異性,在中國(guó)人群和突尼斯人群中LCE3C-LCE3B-del與HLA-Cw6不存在交互作用[26-28]。這種差異性可能是因?yàn)镠LA-Cw6等位基因在銀屑病發(fā)病過(guò)程中產(chǎn)生的作用遠(yuǎn)大于LCE3C-LCE3B-del,以及受人群差異、不同的遺傳背景和不同的環(huán)境暴露等因素的影響所致。
(三)IL23/Th17信號(hào)通路相關(guān)基因交互作用:IL23/Th17信號(hào)通路存在多個(gè)與銀屑病易感性相關(guān)的基因,如IL23R、IL12B和TRAF3IP2等已被證實(shí)為銀屑病的易感基因[20-21]。研究者利用MDR和Logistic回歸模型等方法分析IL23/Th17信號(hào)通路相關(guān)基因的交互作用,結(jié)果發(fā)現(xiàn)1個(gè)三維基因交互作用 (IL21、CCR4和TNF3)、3個(gè)二維基 因交互作用(IL12RB1和CCR4、IL22和CCR4、IL12RB1和 IL6)與銀屑病發(fā)病相關(guān)[29]。這些基因間的交互作用可能會(huì)抑制或破壞免疫系統(tǒng),促進(jìn)炎癥過(guò)程,從而促使銀屑病的發(fā)病。
基因-環(huán)境、基因-基因交互作用在銀屑病的發(fā)病過(guò)程中具有重要作用,開(kāi)展該方面的研究可以進(jìn)一步探明銀屑病的發(fā)病機(jī)制。但目前有限的統(tǒng)計(jì)學(xué)方法限制了對(duì)遺傳數(shù)據(jù)與環(huán)境數(shù)據(jù)之間相互作用的系統(tǒng)化處理。更為重要的是,需從統(tǒng)計(jì)學(xué)意義上的交互作用出發(fā),進(jìn)一步揭示交互作用的生物學(xué)意義,從而研究銀屑病復(fù)雜的發(fā)病機(jī)制,為銀屑病的病情控制以及治療和預(yù)后提供理論依據(jù)。
[1]Chandran V,Raychaudhuri SP.Geoepidemiology and environmental factors of psoriasis and psoriatic arthritis[J].J Autoimmun,2010,34(3);J314-321.
[2]Chandran V.The genetics of psoriasis and psoriatic arthritis[J].Clin Rev Allergy Immunol,2013,44(2);149-156.
[3]Dempfle A,Scherag A,Hein R,et al.Gene-environment interactions for complex traits;definitions,methodological requirements and challenges[J].Eur J Hum Genet,2008,16(10);1164-1172.
[4]袁芳,劉盼盼,徐進(jìn),等.基因-基因環(huán)境交互作用分析方法的比較[J].寧波大學(xué)學(xué)報(bào)理工版,2012,25(4);115-119.
[5]Jin Y,Yang S,Zhang F,et al.Combined effects of HLA-Cw6 and cigarette smoking in psoriasis vulgaris;A hospital-based casecontrol study in China[J].J Eur Acad Dermatol Venereol,2009,23(2);132-137.
[6]高敏,張學(xué)軍,魏生才,等.等位基因與銀屑病環(huán)境危險(xiǎn)因素的交互作用[J].中國(guó)麻風(fēng)皮膚病雜志,2003,19(1);22-24.
[7]Zheng GY,Wei SC,Shi TL,et al.Association between alcohol,smoking and HLA-DQA1*0201 genotype in psoriasis[J].Acta Biochim Biophys Sin,2004,36(9);597-602.
[8]Yin XY,Cheng H,Wang WJ,et al.TNIP1ANXA6 and CSMD1 variants interacting with cigarette smoking,alcohol intake affect risk of psoriasis[J].J Dermatol Sci,2013,70(2);94-98.
[9]魏生才,高敏,張學(xué)軍,等.銀屑病患者的環(huán)境因素與HLADQA1等位基因關(guān)聯(lián)研究[J].中華流行病學(xué)雜志,2002,23(6);445-446.
[10]Jin Y,Zhang F,Yang S,et al.Combined effects of HLA-Cw6,body mass index and waist-hip ratio on psoriasis vulgaris in Chinese Han population[J].J Dermatol Sci,2008,52(2);123-129.
[11]Li WQ,Han JL,Zhang MF,et al.Interactions between adiposity and genetic polymorphisms on the risk of psoriasis[J].Br J Dermatol,2013,168(3);639-642.
[12]E Rácz,D Kurek,M Kant,et al.GATA3 expression is decreased in psoriasis and during epidermal regeneration;induction by narrow-band UVB and IL-4[J].PloS one,2011,6(5);e19806.
[13]Yin X,Wineinger NE,Cheng H,et al.Common variants explain a large fraction of the variability in the liability to psoriasis in a Han Chinese population[J].BMC Genomics,2014,15;87.
[14]Hüffmeier U,Lascorz J,Becker T,et al.Characterisation of psoriasis susceptibility locus 6 (PSORS6) in patients with early onset psoriasis and evidence for interaction with PSORS1[J].J Med Genet,2009,46(11);736-744.
[15]Vasilopoulos Y,Sagoo GS,Cork MJ,et al.HLA-C,CSTA and DS12346 susceptibility alleles confer over 100-fold increased risk of developing psoriasis;evidence of gene interaction[J].J Hum Genet,2011,56(6);423-427.
[16]Sánchez FO,Linga Reddy MV,Mallbris L,et al.IFN-regulatory factor 5 gene variants interact with the class I MHC locus in the Swedish psoriasis population[J].J Invest Dermatol,2008,128(7);1704-1709.
[17]Vasilopoulos Y,Walters K,Cork MJ,et al.Association analysis of the skin barrier gene cystatin A at the PSORS5 locus in psoriatic patients;evidence for interaction between PSORS1 and PSORS5[J].Eur J Hum Genet,2008,16(8);1002-1009.
[18]Strange A,Capon F,Spencer CC,et al.A genome-wide association study identifies new psoriasis susceptibility lociand an interaction between HLA-C and ERAP1[J].Nat genet,2010,42(11);985-990.
[19]Lysell J,Padyukov L,Kockum I,et al.Genetic association with ERAP1 in psoriasis is confined to disease onset after puberty and not dependent on HLA-C*06[J].J Invest Dermatol,2013,133(2);411-417.
[20]Zhang XJ,Huang W,Yang S,et al.Psoriasis genome-wide association study identifies susceptibility variants within LCE gene cluster at 1q21[J].Nat genet,2009,41(2);205-210.
[21]Nair RP,Duffin KC,Helms C,et al.Genome-wide scan reveals association of psoriasis with IL-23 and NF-κB pathways[J].Nat genet,2009,41(2);199-204.
[22]Zheng HF,Zuo XB,Lu WS,et al.Variants in MHC,LCE and IL12B haveepistatic effectson psoriasisrisk in Chinese population[J].J Dermatol Sci,2011,61(2);124-128.
[23]de Cid R,Riveira-Munoz E,Zeeuwen PL,et al.Deletion of the late cornified envelope LCE3B and LCE3C genes as a susceptibility factor for psoriasis[J].Nat genet,2009,41(2);211-215.
[24]Hüffmeier U,Bergboer JG,Becker T,et al.Replication of LCE3C-LCE3B CNV as a risk factor for psoriasis and analysis of interaction with other genetic risk factors[J].J Invest Dermatol,2009,130(4);979-984.
[25]Riveira-Munoz E,He SM,Escaramís G,et al.Meta-analysis confirms the LCE3C-LCE3B deletion as a risk factor for psoriasis in several ethnic groups and finds interaction with HLA-Cw6[J].J Invest Dermatol,2010,131(5);1105-1109.
[26]Xu L,Li Y,Zhang X,et al.Deletion of LCE3C and LCE3B genes is associated with psoriasis in a northern Chinese population[J].Br J Dermatol,2011,165(4);882-887.
[27]Li M,Wu Y,Chen G,et al.Deletion of the late cornified envelope genes LCE3C and LCE3B is associated with psoriasis in a Chinese population[J].J Invest Dermatol,2011,131(8);1639-1643.
[28]Ammar M,Bouazizi F,Bouhaha R,et al.Association analysis of LCE3C-LCE3B deletion in Tunisian psoriatic population[J].Arch Dermatol Res,2012,304(9);733-738.
[29]Wang WJ,Yin XY,Zuo XB,et al.Gene-gene interactions in IL23Th17 pathway contribute to psoriasissusceptibility in Chinese Han population[J].J Eur Acad Dermatol Venereol,2013,27(9);1156-1162.
2014-01-06)
(本文編輯:吳曉初)
10.3760/cma.j.issn.0412-4030.2014.011.026
國(guó)家自然科學(xué)基金青年基金(81000692)、國(guó)家自然科學(xué)基金青年-面上連續(xù)資助項(xiàng)目(81370044)
230032合肥,安徽醫(yī)科大學(xué)第一附屬醫(yī)院皮膚性病科/皮膚病研究所
張學(xué)軍,Email:ayzxj@vip.sina.com