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Taqman探針實時熒光定量PCR檢測肝臟疾病患者血清中miR-122的表達水平及其臨床意義*

2013-11-07 06:03:10吳瑞珊蘇運欽余廣超林曉丹陳文璟溫旺榮
中國病理生理雜志 2013年2期
關(guān)鍵詞:丙型肝炎探針乙型肝炎

吳瑞珊, 蘇運欽, 余廣超, 林曉丹, 李 莉, 陳文璟, 溫旺榮

微小RNA(microRNA,miRNA)是一類廣泛存在于真核生物的長約22個核苷酸的非編碼RNA分子。miRNA具有調(diào)節(jié)生長發(fā)育、脂肪代謝、細胞增殖與凋亡及影響腫瘤的轉(zhuǎn)移和侵襲等作用,對炎癥與腫瘤之間的轉(zhuǎn)變起一定的調(diào)節(jié)作用[1],現(xiàn)已在人類發(fā)現(xiàn)923個miRNA,記錄于miRNA數(shù)據(jù)庫(http://microrna.sanger.ac.uk)[2]。近年研究發(fā)現(xiàn) miRNA廣泛存在于哺乳類動物血清中,自從2008年Lawrie等[3]首先在彌漫性大B細胞淋巴瘤(diffuse large B-cell lymphoma,DLBCL)病人血清中檢測出miR-21升高后,大量研究證明血清miRNA可作為腫瘤及其它疾病診斷、治療及預(yù)后監(jiān)測的無創(chuàng)性生物指標。miR-122位于人類18號染色體18q21.31上,是一種肝臟特異性miRNA,影響肝臟的生理與病理過程[4]。我國是乙型肝炎的高發(fā)區(qū),也有丙型肝炎的報道,這兩種肝炎的慢性化和纖維化后可發(fā)展為肝癌。目前肝癌病死率在我國惡性腫瘤位居第3位,嚴重威脅人類健康。現(xiàn)在這些肝臟疾病的相關(guān)標志物有相關(guān)病毒的抗原、抗體、核酸及甲胎蛋白(alpha fetal protein,AFP)等。AFP對肝癌檢測特異性高,但敏感性不夠,往往AFP高時已是肝癌晚期,無法早期診斷。為了從miRNA中尋找能特異、敏感的肝癌標志物,我們利用實時熒光定量聚合酶鏈式反應(yīng)(polymerase chain reaction,PCR)檢測了不同肝臟疾病血清中miR-122表達水平,考察miR-122與肝臟不同疾病標志物的關(guān)系,試圖研究miR-122能否作為肝癌疾病的新指標。

材料和方法

1 標本

選取2011年9月~2012年4月暨南大學(xué)附屬第一醫(yī)院住院和門診病人及健康體檢者共93例作為研究對象,見表1。其中以健康體檢者15例為正常對照(healthy control,HC)組;經(jīng)過肝臟影像學(xué)、病理學(xué)及標志物檢測,肝癌指標陰性但血清HBV-DNA含量>1×105U/L及HBsAg陽性的患者15例為乙型肝炎(hepatitis B)組;經(jīng)過肝臟影像學(xué)、病理學(xué)及標志物檢測,肝癌指標陰性但血清HCV-RNA含量>1×106U/L及抗HCV陽性的患者15例為丙型肝炎(hepatitis C)組;以病理結(jié)果為肝細胞癌的患者27例為肝癌術(shù)前(preoperative hepatocellular carcinoma,HCC)組;以病理結(jié)果為肝細胞癌的肝癌術(shù)后患者11例為肝癌術(shù)后(postoperative hepatocellular carcinoma,PHCC)組;肝癌術(shù)后復(fù)發(fā)(recurrence)組10例。抽取各試驗者2~3 mL靜脈血,3 500 r/min離心5 min,取血清于-70℃保存。

2 儀器及試劑

ABI 7000熒光定量PCR儀(ABI);高速冷凍離心機(中國科技大學(xué)中佳公司);生物安全柜(ESCO);Biophotometer生物分光光度計(Eppendorf);移液器(Eppendorf);miR-122 Taqman探針熒光定量試劑盒和U6 Taqman探針熒光定量試劑盒(上海吉瑪公司);氯仿、異丙醇和無水乙醇(廣州達暉生物技術(shù)有限公司);Trizol試劑、逆轉(zhuǎn)錄所需的dNTP、MMLV-逆轉(zhuǎn)錄酶及RNase-free去離子水(Invitrogen)。

3 引物及Taqman探針設(shè)計和合成

根據(jù)miRBase數(shù)據(jù)庫的miR-122基因序列及根據(jù)NCBI中U6 snRNA序列設(shè)計和合成逆轉(zhuǎn)錄莖環(huán)引物、PCR反應(yīng)引物及探針。miR-122 PCR擴增上游引物5'-CAAGCGTTGGAGTGTGACA-3',下游引物5'-CGTCCTACCATTCTCCAGC-3';Taqman探針序列FAM-CCCACAGACGGCAAACACCATT-BHQ1。內(nèi) 參照U6 snRNA PCR擴增上游引物5'-ATTGGAACGATACAGAGAAGATT-3',下游引物 5'-GGAACGCTTCACGAATTTG-3';Taqman探針序列FAM-TGCGCAAGGATGACACGCA-BHQ1。以上引物及探針由上海吉瑪公司合成。

表1 研究對象詳細資料Table 1.Detail data of the subjects in the study

4 總RNA提取

取300 μL血清,加入1 mL TRIzol試劑反復(fù)吹打后,常溫放置20~30 min。12 000 r/min離心 10 min,取上清。加入200 μL氯仿每1 mL TRIzol試劑,蓋好樣品管,劇烈振蕩15 s左右至乳膠狀,室溫放置15 min。12 000 r/min,4℃離心10 min。取另一EP管加入500 μL異丙醇,將上層水相加入混合均勻,4 ℃放置10 min,12 000 r/min,4 ℃離心10 min。移去上清液,每1 mL TRIzol試劑加入1 mL用0.1%DEPC水配制的預(yù)冷75%乙醇,混勻。7 500 r/min,4℃離心15 min。盡量去除上清液,RNA沉淀室溫干燥12 ~15 min,加入 25 μL DEPC 水溶解 RNA,65℃烤箱12 min。

5 總RNA純度和濃度的檢測

取2 μL 總 RNA,加 98 μL RNase-free 去離子水稀釋,在260 nm和280 nm波長下檢測吸光度,若A260/A280為1.8~2.1,取 RNA 濃度為25~50 ng/μL進行下一步實驗。

6 miR-122及U6的逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)體系

5 ×逆轉(zhuǎn)錄緩沖液4 μL,dNTP(10 mmol/L)0.75 μL,逆轉(zhuǎn)錄引物(1 μmol/L)1.20 μL,MMLV 逆轉(zhuǎn)錄酶(200 U/μL)0.1 μL,RNasin(40 U/μL)0.15 μL,總 RNA 5 μL,RNase-free 去離子水8.87 μL。反應(yīng)設(shè)一復(fù)孔,以5 μL RNase-free去離子水取代總RNA作為陰性對照。反應(yīng)條件:16℃ 30 min,42℃ 30 min,85℃ 10 min。

7 Taqman熒光定量PCR反應(yīng)檢測血清中miR-122及U6含量

反應(yīng)體系為20 μL:2×Real-time PCR Mix 10 μL、Primer Set(20 μmol/L)0.40 μL、Taqman 探針(10 μmol/L)0.10 μL、rTaq DNA 聚合酶(5 U/μL)0.25 μL,逆轉(zhuǎn)錄產(chǎn)物 2.00 μL、RNase-free 去離子水7.30 μL。反應(yīng)設(shè)一復(fù)孔,以2 μL RNase-free 去離子水取代cDNA作為空白對照。反應(yīng)條件:95℃ 3 min;95℃ 12 s,62℃ 40 s,40個循環(huán)?;虮磉_變化倍數(shù)采用 2-ΔΔCt法進行比較,ΔΔCt=(實驗組CtmiR-122-實驗組CtU6snRNA)-(對照組CtmiR-122-對照組CtU6snRNA)。以miR-122表達量最低的一組作為對照組。

8 統(tǒng)計學(xué)處理

采用SPSS 13.0統(tǒng)計軟件進行數(shù)據(jù)處理。將2-ΔΔCt進行對數(shù)轉(zhuǎn)換后,經(jīng)K-S檢驗檢測數(shù)據(jù)呈正態(tài)分布,Levene檢驗檢測數(shù)據(jù)具有方差齊性(P>0.1),因此選用One-way ANOVA檢驗作統(tǒng)計分析。用兩獨立樣本t檢驗和Pearson相關(guān)分析檢測血清miR-122與其它血清指標的關(guān)系。以P<0.05為差異有統(tǒng)計學(xué)意義。

結(jié) 果

1 實時熒光定量PCR檢測結(jié)果

陽性曲線和患者血清miR-122及U6 snRNA的反應(yīng)曲線呈標準S型,陰性和空白對照產(chǎn)生的微弱非特異信號呈不規(guī)則曲線。U6 snRNA在所有標本中都有表達,其Ct值波動于26.70±1.08,可作為本實驗的內(nèi)參照,見圖1。

Figure 1.The amplification curves of real-time fluorescence quantitative PCR.A:miR-122 standard positive curve;B:miR-122 curve of hepatitis C patients;C:miR-122 curve of hepatitis B patients;D:miR-122 curve of preoperative hepatocellular carcinoma patients;E:miR-122 curve of healthy controls;F:U6 snRNA curve of hepatitis C patients;G:U6 snRNA curve of hepatitis B patients;H:U6 snRNA curve of preoperative hepatocellular carcinoma patients;I:U6 snRNA curve of healthy controls;J:U6 snRNA curve of negative control;K:U6 snRNA curve of blank control.圖1 實時熒光定量PCR擴增曲線

2 血清miR-122與肝臟疾病的關(guān)系

經(jīng)One-way ANOVA 檢驗,F(xiàn)=20.01,P<0.05,可認為5組被檢測者血清中miR-122的表達水平不同。經(jīng)多個樣本均數(shù)間兩兩比較的SNK-q檢驗,HCC組、hepatitis B組、hepatitis C組和recurrence組患者血清中miR-122表達水平均高于HC組及PHCC組(P<0.05),HCC組、hepatitis B組和recurrence組患者血清中miR-122表達水平低于hepatitis C組(P<0.05),HCC組、hepatitis B組和 recurrence組患者血清miR-122的表達沒有明顯差異(P>0.05),HC組和PHCC組血清miR-122的表達沒有明顯差異(P >0.05),見表2。

3 血清miR-122與其它血清指標的關(guān)系

3.1 與血清HBsAg的關(guān)系 經(jīng)兩獨立樣本t檢驗檢測,HCC組、hepatitis B組、PHCC組和 recurrence組血清HBsAg(+)和HBsAg(-)患者血清miR-122的表達有顯著差異(P<0.05),HBsAg(+)組血清miR-122的表達高于HBsAg(-)組,見表2。

3.2 與血清HBeAg的關(guān)系 經(jīng)兩獨立樣本t檢驗檢測,hepatitis B組、HCC組、PHCC組和 recurrence組中血清HBeAg(+)和HBeAg(-)者血清miR-122的表達有顯著差異(P<0.05),HBeAg(+)組血清miR-122的表達高于HBeAg(-)組,見表2。

3.3 與血清HCV-Ab的關(guān)系 經(jīng)兩獨立樣本t檢驗,hepatitis C組和 HCC組血清 HCV-Ab(+)與HCV-Ab(-)者血清 miR-122的表達有差異(P<0.05),血清HCV-Ab(+)組血清miR-122的表達高于HCV-Ab(-)組,見表2。

3.4 與血清ALT的關(guān)系 經(jīng)Pearson相關(guān)分析,血清miR-122與血清ALT的相關(guān)系數(shù)r=0.34(P<0.05),即血清miR-122的表達與血清ALT活性有正相關(guān)關(guān)系。

3.5 與血清AFP的關(guān)系 經(jīng)兩獨立樣本t檢驗檢測,HCC組、PHCC組和 recurrence組中血清 AFP≥400 μg/L 和AFP <400 μg/L 者血清 miR-122的表達有顯著差異(P<0.05),血清 AFP≥400 μg/L組血清miR-122的表達高于AFP<400 μg/L組,見表2。

表2 Taqman探針實時熒光定量PCR檢測血清miR-122的表達情況Table 2.The level of serum miR-122 detected by Taqman probe real-time fluorescence quantitative PCR(mean±SD)

討 論

本實驗設(shè)計了莖環(huán)引物及Taqman探針,利用實時熒光定量PCR發(fā)現(xiàn)肝癌術(shù)前組血清miR-122的表達水平高于正常對照組,肝癌術(shù)后組血清miR-122的表達比術(shù)前明顯降低,與Peng等[5]研究基本相符。Xu等[6]認為乙型肝炎患者血清 miR-122的表達高于肝癌患者,而Peng等[5]則認為兩者的差異處于邊界(P=0.043),但本實驗認為肝癌術(shù)前組血清miR-122的表達與乙型肝炎組沒有明顯差異。其中原因可能是由于研究對象、實驗方法、內(nèi)參照的選擇以及數(shù)據(jù)的處理存在差異,Xu等采用的是SYBR Green染料法、以miR-181為內(nèi)參照;Peng等其研究對象血清ALT有明顯差異(P<0.01)、以miR-16為內(nèi)參照。眾所周知,血清ALT是肝臟損害的生物指標之一,本研究證實miR-122與ALT存在正相關(guān)關(guān)系,實驗中肝癌術(shù)前組血清ALT與乙型肝炎組有差異(P<0.05),推測血清ALT的水平和肝臟損害程度影響著miR-122的表達。另外,探針法的特異性及重復(fù)性高于染料法,莖環(huán)引物也有利于提高本實驗檢測的特異性。目前檢測循環(huán)miRNA時內(nèi)參照的選擇沒有得到統(tǒng)一,本研究以U6 snRNA為內(nèi)參照,實驗結(jié)果表明U6 snRNA在血清中表達穩(wěn)定。同時,有學(xué)者認為U6 snRNA在同一個體血清和血漿中豐度相對穩(wěn)定,可適用于循環(huán)miRNA的檢測[7]。

丙型肝炎患者血清miR-122含量高于乙型肝炎屬于首次發(fā)現(xiàn),其臨床意義有待研究。導(dǎo)致這2種肝炎患者血清miR-122表達差異的原因可能是miR-122在這2種肝炎的作用機制不同和選擇的標本中肝炎病毒的高表達。在乙型肝炎肝臟細胞中,miR-122通過方向調(diào)節(jié)cyclin G1,阻斷 cyclin G1與 P53途徑,間接抑制乙型肝炎病毒的復(fù)制[8];在丙型肝炎中,miR-122高表達能增強丙肝病毒的復(fù)制[9]。本實驗2種肝炎病毒含量較高:乙型肝炎組HBV-DNA含量于1.02×105~3.61×1010U/L之間,均數(shù)6.81×109U/L;丙型肝炎組HCV-RNA含量于8.56×105~2.35×109U/L之間,均數(shù)6.32×109U/L。推測乙型肝炎組HBV-DNA的高含量可能由于乙型肝炎病毒被miR-122抑制作用減弱,即miR-122的表達相對不足導(dǎo)致的;而丙型肝炎組中HCV-RNA的高含量則是由于miR-122的高表達。另外,本實驗肝癌患者大部分為乙型肝炎病毒相關(guān)的肝癌,同樣,估計由于上述的原因?qū)е赂伟┙M患者血清miR-122低于丙型肝炎組。

乙型肝炎病毒抗原性與血清miR-122的表達有關(guān),Zhu[10]等認為miR-122對乙型肝炎病毒抗原蛋白有調(diào)節(jié)作用,HBsAg陽性是乙型肝炎病毒感染的標志之一,HBsAg陽性患者血清miR-122高于HBsAg陰性患者(P <0.05),Novellino等[11]研究表明循環(huán)血中HBsAg參與肝癌相關(guān)miRNAs的運載,有9種miRNAs與HBsAg免疫復(fù)合物有關(guān),同樣發(fā)現(xiàn)miR-122在HBsAg陽性患者血清中升高。與本實驗結(jié)果相符,Ji等[12]檢測到慢性乙型肝炎患者HBeAg陽性患者血清miR-122的表達高于HBeAg陰性者。本實驗認為在乙型肝炎病毒相關(guān)肝癌中上述結(jié)論同樣成立。

AFP作為肝癌的檢測指標,AFP≥400 μg/L,能排除妊娠、生殖系胚胎源性腫瘤、活動性肝病及轉(zhuǎn)移性肝癌,并能觸及腫大、堅硬及有大結(jié)節(jié)狀腫塊的肝臟或影像學(xué)檢查有肝癌特征的占位性病變,作為肝癌診斷標準之一。本研究證實肝癌術(shù)前和術(shù)后患者血清AFP≥400 μg/L者血清miR-122的表達水平高于AFP <400 μg/L 者(P <0.05)。Kojima等[13]認為miR-122/CUX1/miR-214/ZBTB20通路調(diào)節(jié) AFP的表達,miR-122/CUX1/RhoA通路影響肝癌的惡性程度,AFP水平可能是肝癌組織miR-122低表達的反映,肝癌組織中miR-122呈現(xiàn)低表達[14],與血清標本截然相反。有學(xué)者認為細胞內(nèi)外miRNA表達圖譜是不一樣的,miRNA從組織釋放到血清具有選擇性[15],這種選擇性可能是肝癌血清與肝癌組織miR-122表達不同和肝臟疾病患者血清miR-122產(chǎn)生差異的原因。

總之,miR-122作為一種肝臟特異性miRNA,在肝癌術(shù)前、乙型病毒肝炎及丙型病毒肝炎等肝臟疾病患者血清中升高,在肝癌術(shù)后患者血清中表達水平明顯降低,達到正常對照組水平,肝癌術(shù)后復(fù)發(fā)者升高,而且丙型肝炎含量高于乙型肝炎患者。這對肝臟疾病,尤其是肝癌的診斷、治療及手術(shù)預(yù)后判斷有重要意義。

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