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東亞飛蝗血藍(lán)蛋白亞基1基因的原核表達(dá)與蛋白結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)

2013-10-09 11:52:20張新新游婷劉海霞印紅
關(guān)鍵詞:飛蝗東亞結(jié)構(gòu)域

張新新,游婷,劉海霞,印紅

(河北大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院,河北保定 071002)

血藍(lán)蛋白是節(jié)肢動(dòng)物和軟體動(dòng)物血淋巴中的含銅呼吸蛋白,脫氧狀態(tài)為無(wú)色,結(jié)合氧狀態(tài)為藍(lán)色[1].節(jié)肢動(dòng)物血藍(lán)蛋白由6個(gè)相同或相似的分子質(zhì)量在75ku左右的單體組成[2].一個(gè)典型的節(jié)肢動(dòng)物血藍(lán)蛋白亞基分為3個(gè)結(jié)構(gòu)域,第1個(gè)結(jié)構(gòu)域包括N端的150~180個(gè)氨基酸,由6~7個(gè)α螺旋組成,并通過(guò)超二級(jí)結(jié)構(gòu)形成穩(wěn)定的螺旋束;第2個(gè)結(jié)構(gòu)域?yàn)榛钚晕稽c(diǎn),由4個(gè)α螺旋束結(jié)合2個(gè)銅離子——CuA和CuB,每個(gè)α螺旋有3個(gè)His殘基與Cu+結(jié)合,這2個(gè)Cu+為血藍(lán)蛋白結(jié)合O2所必需;第3個(gè)結(jié)構(gòu)域是C端,主要由β折疊結(jié)構(gòu)組成,進(jìn)一步折疊反平行的7股β桶超二級(jí)結(jié)構(gòu)[3-4].每個(gè)亞基的3個(gè)結(jié)構(gòu)域在六聚體中有序排列.節(jié)肢動(dòng)物血藍(lán)蛋白屬于一類蛋白質(zhì)家族,其包括酚氧化酶(phenoloxidases,PO)、甲殼類假血藍(lán)蛋白(crustacean pseudo-h(huán)emocyanins,又名cryptocyanin,PHc或Cc)、昆蟲(chóng)存儲(chǔ)蛋白(insect storage hexamerins,Hx)、雙翅類六聚蛋白受體(dipteran hexamerin receptors,HxR)[5].血藍(lán)蛋白作為三類呼吸功能蛋白之一,不僅承擔(dān)著氧氣傳輸?shù)墓δ?,而且它還具備能量?jī)?chǔ)存和免疫防御功能[6-7],血藍(lán)蛋白在實(shí)驗(yàn)中顯示出酚氧化酶活性,甚至可以轉(zhuǎn)化為酚氧化酶[8-10].此外,血藍(lán)蛋白可以結(jié)合蛻皮激素而參與其在血淋巴中的運(yùn)輸[6,11].研究表明,血藍(lán)蛋白廣泛存在于直翅目昆蟲(chóng)中,但目前相關(guān)研究非常少,迄今只有Sanchez等[12]在美洲沙漠蝗Schistocercaamericana的胚胎中調(diào)取了Hc1的部分序列,Yin等[13]獲取了東亞飛蝗Locustamigratoria manilensisHc1的完整序列.東亞飛蝗Locustamigratoriamanilensis(Mey.)屬于直翅目Orthoptera,蝗總科Aeridoidea,斑翅蝗科Oedipodidae,飛蝗屬LocustaLinnaeus,是一種重要的農(nóng)業(yè)害蟲(chóng),是誘發(fā)蝗災(zāi)的一個(gè)重要的蝗蟲(chóng)種類[14].本實(shí)驗(yàn)以東亞飛蝗Locustamigratoriamanilensis為研究對(duì)象,在獲得其Hc1的cDNA完整序列和進(jìn)行初步分析的基礎(chǔ)上[13],進(jìn)而構(gòu)建Hc1原核表達(dá)載體,重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到大腸桿菌BL21(DE3)表達(dá)系統(tǒng)中,SDS-PAGE電泳表明:經(jīng)過(guò)IPTG誘導(dǎo),目的基因可以高效表達(dá)[16].同時(shí)預(yù)測(cè)了LmiHc1蛋白的高級(jí)結(jié)構(gòu),以期進(jìn)一步探討直翅目昆蟲(chóng)Hc1的功能和作用機(jī)理,進(jìn)而為害蟲(chóng)的生物防治以及昆蟲(chóng)資源的開(kāi)發(fā)利用奠定理論基礎(chǔ).

1 材料與方法

1.1 材料

E.coliTrans1-T1,E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞購(gòu)自北京全式金生物技術(shù)有限公司.原核表達(dá)載體pET-DsbA由河北大學(xué)柳峰松老師惠贈(zèng).東亞飛蝗由本實(shí)驗(yàn)室飼養(yǎng).LATaq聚合酶、2 000u核酸分子質(zhì)量標(biāo)準(zhǔn)、T4DNA連接酶(快速連接試劑盒)、BamHⅠ,HindⅢ限制性內(nèi)切酶、DNA瓊脂糖凝膠回收試劑盒為Takara公司產(chǎn)品,異丙基硫代P-D-半乳糖苷(IPTG)為AMRESCO產(chǎn)品,質(zhì)粒小量制備試劑盒、蛋白質(zhì)Marker系TransGen產(chǎn)品,其他試劑均為國(guó)產(chǎn)分析純.

1.2 方法

1.2.1LmiHc1基因的PCR擴(kuò)增

取東亞飛蝗成蟲(chóng)1只,迅速解剖去內(nèi)臟后用液氮冷凍組織,用TRIZOL法提取總RNA.RNA經(jīng)過(guò)瓊脂糖凝膠電泳,檢測(cè)其完整性以及是否有基因組DNA污染;經(jīng)分光光度計(jì)測(cè)定其濃度.使用TransScriptTMFirst-Strand cDNA Synthesis SuperMix(TransGen)對(duì)RNA進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng)獲取cDNA.

根據(jù)已提交的LmiHc1基因核苷酸序列(GenBank:HQ213937),用Primer 5.0軟件設(shè)計(jì)擴(kuò)增LmiHc1部分基因的一對(duì)特異性引物F和R,F(xiàn):5'-CGGCCTACAAGGCCAAGATGAG-3'(下劃線為BamHⅠ酶切位點(diǎn))R:5'-CCTTACACCTGCACCTCCTCGA-3'(下劃線為HindⅢ酶切位點(diǎn)).引物由上海生物工程技術(shù)服務(wù)有限公司合成.PCR擴(kuò)增預(yù)計(jì)總長(zhǎng)度為750bp.以東亞飛蝗cDNA為模板,F(xiàn),R為引物擴(kuò)增LmiHc1部分基因.PCR程序:94℃預(yù)變性3min;PCR擴(kuò)增:94℃變性30s,65℃退火30s,72℃延伸1min,共30個(gè)循環(huán);最后72℃終末延伸10min.10g/L瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)所擴(kuò)增片段的正確性,膠回收試劑盒回收目的片段.

1.2.2 重組質(zhì)粒的構(gòu)建

用試劑盒TaKaRa MiniBEST Plasmid Purification Kit Ver.2.0小量提取質(zhì)粒pET-DsbA.質(zhì)粒pETDsbA和目的基因經(jīng)BamHⅠ和HindⅢ雙酶切,回收酶切片段,T4連接酶試劑盒作用下25℃連接2h,轉(zhuǎn)化宿主菌,雙酶切鑒定篩選出陽(yáng)性克隆.挑取陽(yáng)性克隆接種到LA(含100μg/mL氨芐青霉素)液體培養(yǎng)基中,大量增菌后,送往深圳華大基因科技有限公司測(cè)序.

1.2.3 pET-DsbA/LmiHc1融合蛋白的誘導(dǎo)表達(dá)

將測(cè)序正確的陽(yáng)性重組子質(zhì)粒分別轉(zhuǎn)化表達(dá)宿主菌E.coliBL21(DE3)感受態(tài)細(xì)胞.篩選轉(zhuǎn)化入重組質(zhì)粒的表達(dá)宿主菌,將其接種于LB/Amp+培養(yǎng)基中,37℃過(guò)夜震蕩培養(yǎng),然后取1mL過(guò)夜培養(yǎng)物接種于新培養(yǎng)基中,37℃220r/min繼續(xù)培養(yǎng)至OD600≈0.6時(shí),取1mL菌液于Eppendorf管中,離心棄上清液,收集菌體作為空誘導(dǎo)對(duì)照.在剩下的菌液中加入IPTG至終濃度為1mmol/L,誘導(dǎo)3h,然后取1mL,離心棄上清液收集菌體沉淀,同時(shí)取空載pET-DsbA菌作為陰性對(duì)照.向沉淀中加入100μL 2×SDS上樣緩沖液,混勻后沸水浴10min,各取5μL進(jìn)行質(zhì)量濃度為100g/L的SDS-PAGE電泳以檢測(cè)目的蛋白的表達(dá)情況.

2 結(jié)果與分析

2.1 LmiHc1目的基因PCR的擴(kuò)增

對(duì)東亞飛蝗cDNA片段進(jìn)行RT-PCR擴(kuò)增,PCR產(chǎn)物于10g/L瓊脂糖凝膠電泳,約750bp處可見(jiàn)明亮的特異帶,與預(yù)期條帶大小相符,結(jié)果見(jiàn)圖1.

2.2 LmiHc1基因及質(zhì)粒雙酶切純化回收

pET-DsbA質(zhì)粒與LmiHc1PCR擴(kuò)增產(chǎn)物分別用BamHⅠ、HindⅢ雙酶切,切膠回收后,經(jīng)過(guò)10g/L瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),條帶大小正確,且呈現(xiàn)單一條帶,說(shuō)明雙酶切完全.

2.3 重組質(zhì)粒鑒定

隨機(jī)挑取6個(gè)重組轉(zhuǎn)化的單菌落進(jìn)行質(zhì)粒提取,經(jīng)過(guò)BamHⅠ、HindⅢ雙酶切后電泳檢測(cè),重組質(zhì)粒鑒定后都有750bp左右的目的片段,證明pET-DsbA/LmiHc1原核表達(dá)載體構(gòu)建成功,選取1個(gè)質(zhì)粒送測(cè)序公司進(jìn)行測(cè)序.

圖1 LmiHc1PCR產(chǎn)物Fig.1 PCR product of LmiHc1

2.4 重組融合蛋白LmiHc1的誘導(dǎo)表達(dá)

pET-DsbA/LmiHc1轉(zhuǎn)化表達(dá)宿主菌BL21(DE3),經(jīng)過(guò)IPTG誘導(dǎo)后,收集菌體沉淀經(jīng)質(zhì)量濃度為100g/L的SDS-PAGE電泳檢測(cè),結(jié)果可見(jiàn)相對(duì)分子質(zhì)量25ku處有1條明顯的蛋白條帶,與預(yù)計(jì)的融合蛋白分子質(zhì)量大小基本相符,同時(shí)作為對(duì)照組的pET-DsbA空載體也表達(dá)了分子質(zhì)量約25ku的DsbA蛋白,電泳結(jié)果如圖2所示.

3 Lmi Hc1蛋白的結(jié)構(gòu)分析

通過(guò)前期工作獲得LmiHc1的cDNA完整序列(GenBank:HQ213937)的分析[15],LmiHc1基因全長(zhǎng)為2271bp,包含1個(gè)2016bp的完整開(kāi)放閱讀框ORF和1個(gè)255bp 3'-UTR,PolyA尾上游15個(gè)核苷酸處存在典型的加尾信號(hào)AATAAA.

圖2 大腸桿菌BL21(DE3)表達(dá)LmiHc1重組蛋白的SDS-PAGE分析Fig.2 SDS-PAGE analysis of LmiHc1expression of recombinant protein in E.coli BL21(DE3)

3.1 LmiHc1蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)分析

蛋白質(zhì)一級(jí)結(jié)構(gòu)(primary structure)是指多肽鏈的氨基酸殘基的排列順序,它是蛋白質(zhì)最基本的結(jié)構(gòu).每一種蛋白質(zhì)分子都有其特有的氨基酸組成和排列順序,由此決定它的特定空間結(jié)構(gòu).

利用Signal P 3.0軟件分析表明,LmiHc1基因編碼的蛋白質(zhì)N端有18個(gè)氨基酸的信號(hào)肽,成熟蛋白質(zhì)含有654個(gè)氨基酸,理論分子質(zhì)量為77.9ku,理論P(yáng)I為6.06,負(fù)電荷殘基(Asp+Glu)94個(gè)(14.0%),正電荷殘基(Arg+Lys)82個(gè)(12.2%),疏水性氨基酸(A,I,L,F(xiàn),W,V)有232個(gè),約占34.5%;極性氨基酸(N,C,Q,S,T,Y)150個(gè),占22.3%;在體外哺乳動(dòng)物網(wǎng)狀細(xì)胞中的估計(jì)半衰期為30h,在體外有機(jī)體內(nèi)的半衰期大于20h,在大腸桿菌內(nèi)的半衰期大于10h,蛋白的不穩(wěn)定指數(shù)為44.82,屬于不穩(wěn)定蛋白(不穩(wěn)定系數(shù)大于40的為不穩(wěn)定蛋白質(zhì));疏水性指數(shù)為82.93.

3.2 LmiHc1蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)分析

蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)(secondary structure)是指氨基酸殘基形成的α螺旋(α-h(huán)elix)、β折疊(β-sheet)、無(wú)規(guī)則卷曲(coil)以及基序(motif)等組件.

采用SABLE(http://sable.cchmc.org/)在線工具預(yù)測(cè)東亞飛蝗LmiHc1蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)(圖3).結(jié)果顯示,LmiHc1蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)為混合型,由α螺旋、β折疊與無(wú)規(guī)則卷曲組成.

3.3 LmiHc1蛋白質(zhì)三級(jí)結(jié)構(gòu)分析

基于查詢序列與已知蛋白序列顯著的相似性(相似度>30%)預(yù)測(cè)其蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的方法稱為同源建模.Swiss-Model是通過(guò)完整的同源建模預(yù)測(cè)蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的在線工具.其基本操作步驟如下:首先同源鑒定,Swiss-Model程序使用BLAST在PDB數(shù)據(jù)庫(kù)中篩選出符合P值小于10-5(BLAST)及靶序列一致性不小于30%(SLM)的模板序列用于建模;然后,對(duì)所得的多模板進(jìn)行結(jié)構(gòu)比對(duì),剔除不匹配模板;再根據(jù)模板序列與靶序列的局部一致性原理,由ProModⅡ確定其核心骨架以及環(huán)和側(cè)鏈;最后用Gromos程序進(jìn)一步優(yōu)化能量.

采用Swiss-Model上提供的第1步模式(First Approach Mode)對(duì)LmiHc1蛋白序列進(jìn)行建模(圖4).提交序列后返回結(jié)果顯示:建模為24~669個(gè)氨基酸,參考模板為1hcyC,目標(biāo)蛋白與參考蛋白的序列比對(duì)的一致性為43.19%,模型評(píng)估E值為0.00e-1.

圖3 預(yù)測(cè)LmiHc1蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)Fig.3 Secondary structure of LmiHc1

圖4 預(yù)測(cè)東亞飛蝗LmiHc1蛋白三級(jí)結(jié)構(gòu)Fig.4 Tertiary structure of LmiHc1

利用NCBI的CD search分析血藍(lán)蛋白的結(jié)構(gòu)域(圖5),其中Query seq為L(zhǎng)miHc1氨基酸序列,Specific hits指特異性位點(diǎn),Superfamilies指節(jié)肢動(dòng)物血藍(lán)蛋白超家族.結(jié)果顯示LmiHc1含有節(jié)肢動(dòng)物血藍(lán)蛋白家族蛋白所具有的3個(gè)結(jié)構(gòu)域:Hemocyanin_N,Hemocyanin_M(jìn),Hemocyanin_C.其中Hemocyanin_M(jìn)為結(jié)合銅離子的結(jié)構(gòu)域.

圖5 LmiHc1蛋白結(jié)構(gòu)域分析Fig.5 LmiHc1protein domain analysis

4 討論

血藍(lán)蛋白作為3大類呼吸功能蛋白之一,不僅承擔(dān)著氧氣傳輸?shù)墓δ埽疫€具備能量?jī)?chǔ)存和免疫防御等功能,血藍(lán)蛋白不僅在實(shí)驗(yàn)中顯示出酚氧化酶活性,甚至可以轉(zhuǎn)化為酚氧化酶;此外,血藍(lán)蛋白可以介導(dǎo)蛻皮激素在血淋巴中的轉(zhuǎn)運(yùn)并參與調(diào)節(jié)蛻皮.近年來(lái),血藍(lán)蛋白的功能、作用機(jī)理、進(jìn)化地位已經(jīng)引起各國(guó)學(xué)者的濃厚興趣,血藍(lán)蛋白的新功能及其作用機(jī)理仍有待于進(jìn)一步挖掘和深究.東亞飛蝗Locustamigratoria manilensis是中國(guó)飛蝗的3個(gè)亞種之一,中國(guó)史籍中的蝗災(zāi),主要是東亞飛蝗,先后發(fā)生過(guò)800多次,分布于北緯42℃以南的東部季風(fēng)區(qū)的平原地區(qū),北起河北、陜西、山西,南達(dá)海南、廣東、廣西、云南,東至沿海各省及臺(tái)灣,西至四川、甘肅南部[15].為了研究東亞飛蝗血藍(lán)蛋白的結(jié)構(gòu)和功能,本文對(duì)東亞飛蝗血藍(lán)蛋白亞基1插入合適的載體后導(dǎo)入大腸桿菌進(jìn)行重組蛋白表達(dá),并對(duì)蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行了預(yù)測(cè),結(jié)果LmiHc1可以在大腸桿菌中正常表達(dá),為進(jìn)一步研究其蛋白結(jié)構(gòu)和功能打下了基礎(chǔ),進(jìn)而為害蟲(chóng)的生物防治以及昆蟲(chóng)資源的開(kāi)發(fā)利用奠定理論基礎(chǔ).

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