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馬媾疫錐蟲PCR檢測方法的研究

2013-09-11 02:38鄭小龍朱來華鄧明俊肖西志梁成珠于業(yè)鋒
中國動(dòng)物檢疫 2013年8期
關(guān)鍵詞:基體特異性基因組

鄭小龍,王 群,朱來華,鄧明俊,肖西志,梁成珠,姜 帆,于業(yè)鋒

(山東出入境檢驗(yàn)檢疫局,山東青島 266002)

馬媾疫(Dourine)是由錐蟲屬(Trypanosoma)的馬媾疫錐蟲(Trypanosoma equiperdum)寄生于馬屬動(dòng)物的生殖器官所引起一種寄生蟲性傳染病[1]。馬媾疫是唯一不以無脊椎動(dòng)物為媒介而直接傳播的錐蟲病[2],主要通過病馬與健馬交配傳染[3]。

我國與俄羅斯、韓國、蒙古等國家簽訂的雙邊協(xié)議書中將馬媾疫列為進(jìn)出境馬屬動(dòng)物必檢疫病之一,也是OIE須申報(bào)疫病。目前,國內(nèi)該病的檢測主要通過血清學(xué)和病原學(xué)兩種方法。血清學(xué)方法包括ELISA[4-5]、間接免疫熒光[6]和補(bǔ)體結(jié)合試驗(yàn)[2],國內(nèi)外尚未有成熟的商品化的ELISA和間接免疫熒光試劑盒,而補(bǔ)體結(jié)合試驗(yàn)操作繁瑣,影響因素過多,結(jié)果判定比較困難;而病原學(xué)檢測國內(nèi)一直采用血涂片方法[3],由于馬媾疫錐蟲主要存在于組織中,很少侵入血液[2],因此該方法檢出率很低。

PCR檢測方法以其操作簡便、快速特異、靈敏度高等特點(diǎn),展示出了優(yōu)越的應(yīng)用前景。Moser等[7]首先建立了PCR技術(shù)在錐蟲病上的檢測,克服了之前核酸雜交診斷法的敏感性受限制的不足。在我國,王云飛等[8]最早用PCR技術(shù)來診斷伊氏錐蟲病,而對于馬媾疫錐蟲PCR檢測方法的研究較少。本研究利用錐蟲基因組中存在的差異[9-10],依據(jù)馬媾疫錐蟲大環(huán)kDNA基因的一段序列設(shè)計(jì)引物,建立了一種特異、快速的檢測馬媾疫錐蟲的PCR方法。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 蟲株 馬 媾疫錐蟲基因組、伊氏錐蟲基因組和馬焦蟲基因組由本實(shí)驗(yàn)室保存。

1.1.2 試劑 Taq DNA polymerase (5 U/μL)、dNTP( 各 2.5 mmol/L)、DNA分子量標(biāo)準(zhǔn)(DL2000)、DNA提取試劑盒購自大連寶生物工程有限公司;其他試劑均為分析純。

1.1.3 引物設(shè)計(jì) 根據(jù)GenBank 登錄的馬媾疫錐蟲Maxicircle DNA 基因序列,選擇保守區(qū)域,利用DNAstar軟件設(shè)計(jì)一對PCR的引物。D1:5’-TGGGTTTATATCAGGTTCATTTAT-3’和D2:5’-CCCTAATAATCTCATCCGCAGT-3’,擴(kuò)增長度為395bp,由南京金斯瑞合成。

1.2 方法

1.2.1 馬媾疫錐蟲基因特異性保守片段的擴(kuò)增 以馬媾疫錐蟲基因組為模板,采用上述引物進(jìn)行PCR擴(kuò)增。反應(yīng)條件為94 ℃ 5 min;94 ℃1 min,56 ℃ 30 s,72 ℃ 30 s,30 個(gè)循環(huán);72 ℃10 min。反應(yīng)完畢,取5μL擴(kuò)增產(chǎn)物,經(jīng)1%瓊脂糖凝膠進(jìn)行電泳,用凝膠成像系統(tǒng)觀察記錄結(jié)果。

1.2.2 PCR的靈敏性檢驗(yàn) 將馬媾疫錐蟲DNA于核酸蛋白檢測儀測定其含量,以2 ng/μL為起始濃度進(jìn)行10倍梯度稀釋,6個(gè)梯度濃度分別為2 ng/μL、0.2 ng/μL、0.02 ng/μL、2 pg/μL、0.2 pg/μL、20 fg/μL,然后同 1.2.1進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增,以檢測其敏感性。

1.2.3 PCR的特異性檢驗(yàn) 利用引物對馬媾疫錐蟲、伊氏錐蟲、馬焦蟲的基因組進(jìn)行PCR擴(kuò)增,于1.0%瓊脂糖凝膠上電泳,以檢測其特異性。

2 結(jié)果

2.1 PCR檢測方法的建立

以馬媾疫錐蟲基因組為模板,以引物D1和D2進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果能擴(kuò)增出與預(yù)期一致的特異性DNA片段(約395bp)(圖1)。進(jìn)一步切膠回收DNA測序,并進(jìn)行序列分析,確證兩條特異性引物間的序列為馬媾疫錐蟲kDNA片段序列。

2.2 PCR檢測方法的靈敏性試驗(yàn)結(jié)果

圖1 PCR產(chǎn)物瓊脂糖凝膠電泳圖譜

將馬媾疫錐蟲DNA進(jìn)行10倍梯度稀釋,用引物D1和D2進(jìn)行PCR擴(kuò)增。6個(gè)濃度梯度的PCR結(jié)果顯示,本研究建立的PCR方法能夠檢 測 出 2 ng/μL、0.2 ng/μL、0.02 ng/μL、2 pg/μL和0.2 pg/μL的馬媾疫錐蟲總DNA,最低可檢測到0.2 pg/μL DNA,具有較高的敏感性(圖2)。

圖2 PCR靈敏性試驗(yàn)結(jié)果

2.3 PCR反應(yīng)的特異性試驗(yàn)結(jié)果

用引物D1和D2對馬媾疫錐蟲、馬伊氏錐蟲和馬焦蟲的DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增,結(jié)果顯示,馬媾疫錐蟲DNA樣本能夠擴(kuò)增出與預(yù)期大?。?95bp)相吻合的特異DNA條帶,而對馬伊氏錐蟲和馬焦蟲的核酸樣品均不能擴(kuò)增出特異性條帶,呈陰性反應(yīng)(圖3)。

3 討論

圖3 PCR特異性試驗(yàn)結(jié)果

PCR技術(shù)是由美國Mullis K B等人于1985年建立,并在后來不斷發(fā)展并完善的一種人工體外DNA擴(kuò)增技術(shù)。該技術(shù)能快速、特異地在體外擴(kuò)增特定的DNA片斷,使之在短時(shí)間(數(shù)小時(shí))內(nèi)特異地?cái)U(kuò)增數(shù)百萬倍。目前,該技術(shù)已經(jīng)廣泛的應(yīng)用于細(xì)菌、病毒病的研究和診斷。

錐蟲含動(dòng)基體目原蟲特有的非染色體動(dòng)基體DNA(kDNA),國際上首先發(fā)展的用于檢測錐蟲的分子探針,主要是以錐蟲動(dòng)基體DNA(即kDNA)為目標(biāo)。kDNA是由少數(shù)大環(huán)和大量微環(huán)組成的網(wǎng)狀分子。感染馬的錐蟲主要為馬媾疫錐蟲和馬伊氏錐蟲,而馬伊氏錐蟲的動(dòng)基體DNA缺乏大環(huán)而由微環(huán)組成,因此本文選擇動(dòng)基體DNA大環(huán)作為檢測和鑒定馬媾疫錐蟲的靶DNA,從而可以區(qū)分馬媾疫錐蟲和馬伊氏錐蟲。

本文通過對不同溫度PCR條件進(jìn)行摸索,最終確定了最佳退火溫度為56℃。本試驗(yàn)的靈敏度試驗(yàn)結(jié)果顯示,本方法對馬媾疫錐蟲DNA的最低檢測量為0.2pg/μL,靈敏度較高。特異性試驗(yàn)結(jié)果顯示,設(shè)計(jì)的PCR引物能夠擴(kuò)增出馬媾疫錐蟲395bp的目的片段,而對馬伊氏錐蟲和馬焦蟲均無擴(kuò)增產(chǎn)物,從而證明本實(shí)驗(yàn)具有良好的特異性。

本方法的建立為馬媾疫錐蟲的診斷又增加了一個(gè)重要的檢測手段,而且克服了傳統(tǒng)病原學(xué)診斷方法費(fèi)時(shí)費(fèi)力,檢出率低等缺點(diǎn)。該方法快速、敏感、特異,有著良好的應(yīng)用前景。

[1]王群,鄭小龍,朱來華,等.馬媾疫錐蟲SYBR GreenⅠ熒光定量PCR檢測方法的建立[J].中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào),2012,34(9):724-727.

[2]World Organization for Animal Health (OIE).Dourine [M]//Manual of Diagnostic Tests and Vaccines for Terrestrial Animals.6thed Paris, France: OIE, 2008.

[3]王玉玲.馬媾疫微量補(bǔ)體結(jié)合的改良試驗(yàn)[J].中國動(dòng)物檢疫,2003, 20(6):23-25.

[4]Wassall D A, Gregory R J F, Phipps L P.Comparative evaluation of enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA)for the serodiagnosis of dourine[J].Vet Parasitol., 1991, 39(3/4):233-239.

[5]Working Protocols, BGVV: ELISA on Dourine (1995).Bundesinstitut fur Gesundheitlichen Verbraucherschutz und Veterin?rmedizin (BgVV).P.O.Box 33 00 13, D-14191 Berlin,Germany.

[6]MINISTRY OF AGRICULTURE, FISHERIES AND FOOD (1986).A Manual of Veterinary Parasitological Laboratory Techniques, 3rd ed.Her Majesty’s Stationery Office,London, UK.

[7]Moser D R,Cook C A,Ocks D E.Detection of Trypanosoma congolense and Trypanosoma brucei subspecies DNA ampli fi cation using polymerase chain reaction[J].Parasitology,1989, 99(1): 57-56.

[8]王云飛, 周勇志, 淑梅.應(yīng)用PCR擴(kuò)增檢測伊氏錐蟲的研究[J].畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào), 1998,29(2):168-173.

[9]Li Fengjun, Gasser R B, Lai Dehua, et al.PCR approach for the detection of Trypanosoma brucei and T.equiperdum and their differentiation from T.evansi based on maxicircle kinetoplast DNA[J].Mol Cell Probes,2007,21(1):1-7.

[10]Claes F, Radwanska M, Urakawa T, et al.Variable surface gly-coprotein RoTat 1.2 PCR as a speci fi c diagnostic tool for thedetection of Trypanosoma evansi infections[J].Kinetoplastid Biol Dis,2004,3(1):3.

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