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根際微生物群落與促生菌多樣性及其篩選策略

2012-04-29 00:44:03康貽軍沈敏王歡莉趙慶新
湖北農(nóng)業(yè)科學(xué) 2012年24期
關(guān)鍵詞:篩選多樣性

康貽軍 沈敏 王歡莉 趙慶新

摘要:根際是地球上最大的生態(tài)系統(tǒng),在生物圈功能中發(fā)揮著非常顯著的作用,微生物和植物在根際環(huán)境中形成的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)式關(guān)系會(huì)直接或間接地影響植物生長(zhǎng),深入了解并利用這種互作關(guān)系對(duì)于提高農(nóng)業(yè)產(chǎn)出投入比以及篩選獲得更高效、廣適的促生菌尤為必要。綜述了根際微生物群落與促生菌多樣性以及篩選策略,分析了研究中尚存在的一些問題,并對(duì)今后的研究進(jìn)行了展望。

關(guān)鍵詞:植物根際促生菌(PGPR);微生物群落;根際生態(tài);多樣性;篩選

中圖分類號(hào):Q939.96 文獻(xiàn)標(biāo)識(shí)碼:A 文章編號(hào):0439-8114(2012)24-5553-06

1904年,德國(guó)農(nóng)學(xué)家Hiltner發(fā)現(xiàn)豆科植物根附近區(qū)域的土壤微生物,由于受到根系分泌有機(jī)物質(zhì)對(duì)其產(chǎn)生的“效應(yīng)”,表現(xiàn)出相對(duì)更高活性的現(xiàn)象,并首次提出“根際”(Rhizosphere)這一概念[1]?,F(xiàn)在我們知道,這種“效應(yīng)”其實(shí)是根際微生態(tài)系統(tǒng)中的根際效應(yīng)。單棵植物根際范圍雖小,但放眼看,根際卻是地球上最大的生態(tài)系統(tǒng),其能量流也極其巨大,因而,根際在生物圈功能中的作用非常顯著。曾有研究人員估算,植物20%~50%的光合產(chǎn)物是通過根部釋放出來的[2,3]。

根際土壤中存在大量的宏觀生物和微生物,如細(xì)菌、真菌、原生動(dòng)物和藻類生物等,細(xì)菌是該群體中數(shù)量最多的一類微生物。微生物和植物在根際環(huán)境中形成的復(fù)雜網(wǎng)絡(luò)式關(guān)系會(huì)直接和間接地影響植物生長(zhǎng);反過來,植物通過分泌有機(jī)物,構(gòu)建起一個(gè)有選擇性的環(huán)境條件,以利于對(duì)其生長(zhǎng)有益的細(xì)菌,導(dǎo)致根際細(xì)菌多樣性偏低[4,5]。植物根際促生菌(Plantgrowth-promotingrhizobacteria,PGPR)在根際微生物群體中研究最為熱門,也是對(duì)農(nóng)業(yè)生產(chǎn)最具有應(yīng)用價(jià)值的一類微生物。由于PGPR數(shù)量眾多,且在根際定殖時(shí)具有競(jìng)爭(zhēng)力,加之其作用機(jī)制的多樣性,因此能在很大程度上影響植物生長(zhǎng)。然而,人們?cè)谑褂茫校牵校一蛳嚓P(guān)制劑時(shí),普遍發(fā)現(xiàn)大田應(yīng)用效果遠(yuǎn)不及盆栽或溫室條件下的效果理想,主要原因是PGPR對(duì)“陌生”環(huán)境的不適應(yīng)。根際微生物是野外環(huán)境中的主要“陌生”因素,因此,了解與某些基本生態(tài)過程,如復(fù)雜性、自然選擇、種間關(guān)系(共生、寄生、共棲和競(jìng)爭(zhēng))、演替或擾動(dòng)效應(yīng)有密切關(guān)系的根際微生物群落結(jié)構(gòu)和多樣性,可以幫助人們更好地理解根際生態(tài)系統(tǒng),并為PGPR的篩選和高效利用提供理論依據(jù)?;诖?,本文主要從根際微生物群落多樣性、PGPR生態(tài)和遺傳多樣性以及PGPR的篩選策略等3個(gè)方面進(jìn)行綜述。

1 根際微生物群落多樣性

微生物多樣性包括物種、遺傳與變異以及功能多樣性[6]。在根際系統(tǒng)中,細(xì)菌群落的功能多樣性是基于其遺傳變異以及和其他原核、真核生物(如植物)的互作關(guān)系。直至現(xiàn)在,根際微生物多樣性與根際微生物功能之間的關(guān)系仍不十分清楚。根際微生物多樣性信息的缺乏,其原因一是其種類繁多,二是絕大多數(shù)微生物的不可培養(yǎng)性。

1.1 根際微生物群落結(jié)構(gòu)的研究方法

研究微生物群落結(jié)構(gòu),就必須了解各類群微生物群體的種類及數(shù)量。傳統(tǒng)技術(shù)是通過從根際土壤中提取、分離微生物,實(shí)驗(yàn)室條件下對(duì)其進(jìn)行形態(tài)學(xué)、生化和遺傳學(xué)檢驗(yàn)。由于細(xì)菌往往和土壤基質(zhì)以及其他細(xì)胞緊密附著,因此在細(xì)菌提取中常用到分散劑,即用物理或化學(xué)方法將細(xì)胞和基質(zhì)區(qū)分開,之后才能對(duì)分離細(xì)菌生物量進(jìn)行測(cè)定。

微生物生物量的測(cè)定常用方法有:顯微鏡下直接計(jì)數(shù)(如吖啶橙染料染色)[7]、微生物呼吸量測(cè)定(如基質(zhì)誘導(dǎo)呼吸量,Substrateinducedrespiration,SIR)[8]、ATP含量測(cè)定[9]、最大或然法(Mostprobablenumber,MPN)計(jì)數(shù)[10],使用脂類生物標(biāo)志物[11]以及氯仿土壤熏蒸法[12]等。但是,土壤中可培養(yǎng)微生物比例畢竟極低。有研究者曾估算這一比例只有不足1.0%(0.2%~0.8%)[13]。正因?yàn)槿绱耍谄桨迮囵B(yǎng)法研究土壤微生物多樣性存在重大缺陷,免培養(yǎng)技術(shù)順應(yīng)而生。所涉及的技術(shù)包括磷脂脂肪酸(Phospholipidfattyacidanalysis,PLFA)分析法[14-16]、DNA/RNA雜交[17]、聚合酶鏈反應(yīng)(Polymerasechainreaction,PCR)、核糖體RNA測(cè)序[18]、(G+C)含量[19]、溫度梯度凝膠電泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)和變性梯度凝膠電泳(Denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)、限制片段長(zhǎng)度多態(tài)性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)[20,21]、DNA微陣列(DNAmicroarray)[22]技術(shù)(又稱“DNA陣列”或“DNA芯片”)、克隆文庫(kù)分析等方法。過去20多年間,人們利用這些技術(shù)手段揭示了很多有關(guān)土壤微生物群落的信息[23]。這些方法各有優(yōu)缺點(diǎn),正確選擇合適的方法進(jìn)行研究,有助于更準(zhǔn)確地了解根際土壤微生物群落結(jié)構(gòu)特征。

1.2 根際微生物活性和功能多樣性的研究方法及根際PGPR活性

研究根際微生物活性的經(jīng)典方法,是將細(xì)菌進(jìn)行培養(yǎng)、分離并作理化試驗(yàn)。另一個(gè)方法是利用細(xì)菌在不同培養(yǎng)基上的生長(zhǎng)速率來表征該菌在環(huán)境中的生理特性、養(yǎng)分利用特點(diǎn)和自適應(yīng)策略[24]。

目前,人們廣泛采用某一關(guān)鍵酶活性的測(cè)定來表征某類群微生物的多樣性和代謝活性。此外,Biolog體系也是應(yīng)用較為廣泛的方法之一[16,25]。另外,通過克隆構(gòu)建大片段DNA文庫(kù)(如BAClibrary),有助于更準(zhǔn)確地揭示土壤中可培養(yǎng)和不可培養(yǎng)微生物,以及土壤微生物生態(tài)系統(tǒng)的相關(guān)信息[22]。未來土壤微生物群落結(jié)構(gòu)的研究無疑會(huì)大量運(yùn)用DNA微陣列技術(shù)[22],因?yàn)樵摷夹g(shù)可以利用其高特異性特點(diǎn),將不同活性微生物區(qū)分開,并有助于解釋同一菌株在不同環(huán)境土壤樣本中的生態(tài)位的異同。當(dāng)然,基因轉(zhuǎn)錄、蛋白質(zhì)組學(xué)等技術(shù)也是未來微生物學(xué)研究中不可或缺的輔助手段[22,26]。

根際微生物多樣性反映了微生物群落的代謝活躍程度。在土壤中接種PGPR,只要能存活,無論是否改變微生物群落結(jié)構(gòu),都會(huì)在一定程度上影響群落的代謝活性[15]。因此,接種PGPR是否能在土壤中存活并競(jìng)爭(zhēng)是一個(gè)十分關(guān)鍵的問題,受物理的(質(zhì)地、溫度和濕度等)、化學(xué)的(pH、養(yǎng)分的可利用性、有機(jī)質(zhì)含量等)以及和根際其他微生物之間的互作關(guān)系等因素的影響。其中,PGPR與根際土著微生物的互作關(guān)系是一個(gè)十分重要的影響因子,因?yàn)榻臃NPGPR需要在根際形成新的生態(tài)位,并在根際定殖,且能競(jìng)爭(zhēng)足夠的養(yǎng)分??傊?,接種PGPR后,要能以有限的群體發(fā)揮應(yīng)有的生物效應(yīng)。

目前,人們可借助多種技術(shù)研究根際土壤微生物活性,比如前面介紹過的同位素(3H、14C)標(biāo)記DNA的胸腺嘧啶核苷或蛋白質(zhì)的亮氨酸組分,來估算群落代謝活性和生長(zhǎng)狀況[7,27]。此外,還可以用SIR技術(shù)定量測(cè)定根際微生物活性[8]。

2 PGPR生態(tài)及遺傳多樣性

近些年來,由于人們愈加深刻地認(rèn)識(shí)到根際生態(tài)系統(tǒng)的重要性,加之PGPR作用機(jī)制研究的不斷深入[28],越來越多的PGPR被篩選出來并加以鑒定。從結(jié)果看,很多屬都有PGPR的分布。下面以目前PGPR相對(duì)集中的幾個(gè)屬來闡述其生態(tài)特征和多樣性。

2.1 固氮PGPR(DiazotrophicPGPR)

自生固氮菌大概是首個(gè)被發(fā)現(xiàn)具有促生作用的根際微生物。自20世紀(jì)70年代,固氮螺菌屬(Azospirillumsp.)的菌株就已被分離出并應(yīng)用于實(shí)踐[29]。其他還有能起促生作用且能自生固氮的屬種主要有固氮弓菌屬(Azoarcus,Azonexus,Azospira)[30]、布克氏菌屬(Burkholderiasp.)、重氮營(yíng)養(yǎng)葡糖酸醋桿菌(Gluconacetobacterdiazotrophicus)、草螺菌屬(Herbaspirillumsp.)、固氮菌屬(Azotobactersp.)和多黏類芽孢桿菌(Paenibacilluspolymyxa)等[31]。上述這些細(xì)菌可以從許多種類植物,包括水稻、甘蔗、玉米、高粱以及其他谷物,甚至菠蘿、咖啡豆的根際分離到。

最近,固氮弓菌因其遺傳和代謝多樣性而逐步引起研究者的關(guān)注。該屬細(xì)菌能生長(zhǎng)在以羧酸類或乙醇為碳源的培養(yǎng)基上,而且最適生長(zhǎng)溫度在37~42℃。

2.2 桿菌(Bacillus)

土壤中的G+桿菌有95%屬于芽孢桿菌屬(Bacillussp.),其余5%屬于節(jié)桿菌(Arthrobacter)和弗蘭克氏菌(Frankia)[32]。許多桿菌能在逆境下形成芽孢以增強(qiáng)生存能力,一些桿菌如枯草芽孢桿菌(Bacillussubtilis)還具有固氮能力[33]。桿菌類的PGPR具備多種促生能力[14,34,35]。

2.3 假單胞菌(Pseudomonas)

在植物根際土壤G-細(xì)菌中,假單胞菌是數(shù)量最多的一類,該屬中的PGPR也因?yàn)榇偕芰V泛而被人們所熟知[14,36,37]。假單胞菌屬細(xì)菌生態(tài)多樣性豐富,國(guó)內(nèi)外已經(jīng)從許多植物根際土壤中分離出大量該屬的細(xì)菌。假單胞菌細(xì)菌往往代謝功能多樣,可以產(chǎn)生抗生素、嗜鐵素或氰類化合物等多種代謝物[38]。這些代謝物通過抑制其他有害微生物以及幫助植物吸收土壤養(yǎng)分,從而影響根際生態(tài)環(huán)境。

2.4 根瘤菌(Rhizobia)

這里提及的根瘤菌是指能在非豆科植物根際進(jìn)行非特異性定殖,并釋放促生調(diào)控因子,如嗜鐵素、氰類化合物或進(jìn)行溶磷等作用,提高土壤養(yǎng)分的可利用性[39]。已有報(bào)道指出,在作物和一些非豆科植物輪作后,其根際微生物數(shù)量會(huì)大幅增加[40],這對(duì)隨后的作物生長(zhǎng)十分有益[41]。

3 PGPR篩選策略

由于野外植物根際土壤是PGPR高密度集中地,因此該區(qū)域成為篩選PGPR的最佳來源地。進(jìn)行篩選工作時(shí),不同土壤類型、植物種類、季節(jié)以及植物生長(zhǎng)期都必須考慮,以保證篩選到最多的菌株。且一般土壤根際有2%~5%的細(xì)菌屬于PGPR。由此可見,野外植物根際是篩選PGPR的最佳來源地[4,42]。細(xì)菌成為PGPR的先決條件是,當(dāng)被接種后,能在根際土壤微生物群體中表現(xiàn)出相當(dāng)?shù)母?jìng)爭(zhēng)力。

篩選PGPR的第一步工作,是獲得足夠多的根際土壤細(xì)菌。通常認(rèn)為根際土壤是指緊密附著在植物根表(1~3mm區(qū)域)的土壤。試驗(yàn)中,通常將植物根表土壤劇烈抖掉后,仍緊密附著的土壤作為根際土壤,用于篩選工作。當(dāng)然,根據(jù)研究需要,除了根際土壤細(xì)菌,也可篩選根際內(nèi)生細(xì)菌,因?yàn)檫@部分細(xì)菌也有不少是PGPR。也有一些研究者將植物根用自來水輕柔沖洗,仍附著的土壤被看作根際土壤而進(jìn)行PGPR篩選。

根際土壤充分懸浮于無菌水、磷酸緩沖液或生理鹽水。一些化合物如焦磷酸鹽可作為土壤分散劑,但也可以影響細(xì)胞膜的通透性[43]。一些化學(xué)分散劑,如螯合劑可以用單價(jià)的陽(yáng)離子(Na+)交換土壤顆粒的多價(jià)陽(yáng)離子(Ca2+),從而減弱土壤顆粒對(duì)細(xì)菌細(xì)胞的離子吸附作用。不少研究者用亞氨基二乙酸制成的離子交換樹脂,如DowexA1[44]或Chelex-100[45,46]。其他的一些分散劑有Tris緩沖液或六偏磷酸鈉[47]。由于微生物細(xì)胞被其胞外聚合物緊密附著于土壤顆粒,有時(shí)也會(huì)使用去污劑。Macdonald[44]曾用0.1%的脫氧膽酸鈉作為去污劑,同時(shí)用DowexA1作分散劑處理,土壤微生物的浸出率可提高84%。后來,Herron等[45]將此方法作了改進(jìn),用Chelex-100替代DowexA1,同時(shí)用聚乙二醇6000(PEG6000)溶解并分散土壤微生物。還有人在用吖啶橙染色計(jì)數(shù)土壤細(xì)菌數(shù)量時(shí),用0.2%的六偏磷酸鈉作為溶劑[10]。此外,檸檬酸鹽緩沖劑作土壤溶劑研究微生物細(xì)胞膜磷脂特性[48],Winogradsky溶液用于分子生物學(xué)手段(ARDRA、DGGE或REP-PCR等)研究微生物多樣性。

化學(xué)浸出法一般要結(jié)合物理法,可分為3類:搖蕩法、混合法(均質(zhì)或研磨)和超聲波法。搖蕩法是這3種方法中效率最低但卻適用于一些敏感型的細(xì)菌或噬菌體。均質(zhì)化處理會(huì)破壞一些細(xì)胞結(jié)構(gòu),特別是G-細(xì)菌,導(dǎo)致浸出液具有選擇性。輕微均質(zhì)化處理結(jié)合化學(xué)分散劑的使用往往具有更高的效率[49]。超聲波處理是這3種方法中效率最高的方法,但對(duì)一些黏性土壤,需要對(duì)樣品進(jìn)行預(yù)處理[50]。然而,很多如G-的敏感型細(xì)菌會(huì)在處理過程中遭到不同程度的破壞,當(dāng)然,選擇較小頻率的超聲波處理可以避免這一情況的發(fā)生。

當(dāng)獲得足夠多的根際細(xì)菌后,有如下兩個(gè)策略可以篩選到所需的PGPR:①根據(jù)前文介紹的PGPR一般比較集中的幾個(gè)屬,通過選擇性培養(yǎng)基和培養(yǎng)方法篩選目標(biāo)PGPR。例如,Founoune等[51]用選擇性培養(yǎng)基將熒光假單胞菌(Pseudomonasfluorescens)從刺槐根際篩選出來;②將所得到的根際細(xì)菌進(jìn)行體外促生能力測(cè)定,保留具有促生潛力的菌株。然后對(duì)所得菌株進(jìn)行遺傳學(xué)試驗(yàn),剔除同一屬里相似的一些菌株,盡可能獲得多個(gè)屬里不同功能的有益菌[42,52,53]。

上述的體外促生能力試驗(yàn)包括:①測(cè)定促進(jìn)植物生長(zhǎng)的一些激素(如茁長(zhǎng)素、赤霉素、細(xì)胞分裂素和生長(zhǎng)素等);②1-氨基環(huán)丙烷-1-羧酸脫氨酶(ACC脫氨酶,1-Aminocyclopropanecarboxylicacid)活性檢測(cè),該酶能降解乙烯前體ACC,從而降低植株體內(nèi)乙烯的水平,促進(jìn)根系發(fā)育[54];③溶磷能力測(cè)試,細(xì)菌的溶磷能力有助于植物吸收磷素[55];④產(chǎn)嗜鐵素能力測(cè)定,能幫助植物吸收鐵質(zhì)[56];⑤固氮能力測(cè)定[31];⑥測(cè)定細(xì)菌產(chǎn)生某些能降解病原真菌細(xì)胞壁的酶(如幾丁質(zhì)酶或β-1,3-葡聚糖酶)[52]。

通過體外促生能力篩選PGPR是一條可行途徑,但也存在一定局限性。一些菌株的生化途徑是誘導(dǎo)型的,也就是說,一些功能在某一環(huán)境條件下是表達(dá)的,但換個(gè)環(huán)境或改變某個(gè)培養(yǎng)條件就不表達(dá)了。因此,試驗(yàn)中往往會(huì)出現(xiàn)一些PGPR菌株在實(shí)驗(yàn)室條件下是有效的,但在根際條件下卻失去這種作用。比如,一些與土壤磷素或鐵質(zhì)等養(yǎng)分相關(guān)的PGPR,往往在土壤磷素或鐵質(zhì)含量豐富的情況下作用不明顯。

還有一個(gè)問題值得關(guān)注,一些具有抗病能力的細(xì)菌在傳代過程中,由于該菌產(chǎn)生的特異性轉(zhuǎn)化酶(Site-specificinvertase)容易使其發(fā)生“相位變異”(Phasevariation),當(dāng)發(fā)生這種情況后,細(xì)菌的某些表型會(huì)發(fā)生重大變化。這也是一些細(xì)菌在實(shí)驗(yàn)室條件下表現(xiàn)出PGPR特性,但一段時(shí)間后,促生能力卻消失的原因之一[57]。

篩選工作之后,對(duì)體外試驗(yàn)獲得成功的PGPR菌株還應(yīng)該在實(shí)際植物生長(zhǎng)過程中起到相同的作用。值得注意的是,PGPR往往對(duì)不同的植物所起作用不同[58],但具體原因至今仍不清楚,此外PGPR在根際的競(jìng)爭(zhēng)機(jī)制也不十分明了。接種PGPR可能會(huì)改變根際微生物群落,這有可能對(duì)植物間接促生[59]。當(dāng)然,接種PGPR也不一定會(huì)改變根際微生物群落,也有可能只建立自身的群落,但并不改變根際微生物群落[59]。

最近的一些關(guān)于PGPR篩選的報(bào)道,都遵循上述策略。Kumar等[60]從生長(zhǎng)在貧瘠土壤的番茄根際分離出細(xì)菌,再通過解磷、產(chǎn)IAA、產(chǎn)HCN、產(chǎn)嗜鐵素、幾丁質(zhì)酶和β-1,3-葡聚糖酶活性測(cè)定,確定多株細(xì)菌具有促生潛力,并在隨后的芝麻種植中進(jìn)一步試驗(yàn),確立1株細(xì)菌(PseudomonasaeruginosaLES4)具有明顯促生能力;Jha等[61]采集低氮土壤的水稻根際土壤,用不同碳源和不同pH的無氮介質(zhì)進(jìn)行富集培養(yǎng),從中篩選出多株固氮細(xì)菌;Ahmad等[62]則采用3種選擇性培養(yǎng)基(Jensensmedium,KingsBmedium,Nutrientagar)分別將不同植物根際土壤的固氮菌、假單胞菌和芽孢桿菌分離出來,再通過上述常用的促生指標(biāo)逐一進(jìn)行鑒定,從而分離出目標(biāo)PGPR。

4 展望

研究者對(duì)微生物生態(tài)學(xué)的研究逐漸趨熱,反映了微生物在生態(tài)系統(tǒng)中的重要性。土壤微生物是生物圈中物質(zhì)能量循環(huán)的重要組成成分,在植物根際,這一功能尤為顯著。植物通過根際分泌有機(jī)物質(zhì),高選擇性地選擇適合其健康生長(zhǎng)的細(xì)菌,導(dǎo)致根際細(xì)菌多樣性減少,但卻為篩選植物根際促生菌提供了可靠來源。

接種PGPR可能會(huì)對(duì)根際微生物群落產(chǎn)生影響,由于這種影響關(guān)系到PGPR的作用效果,因而需要對(duì)此詳加研究。另外值得關(guān)注的是,由于關(guān)系到PGPR和植物的互作關(guān)系,PGPR和其他微生物的“對(duì)話機(jī)制”(如群體感應(yīng)等)值得進(jìn)一步研究。

今后需要進(jìn)一步加強(qiáng)根際微生物生態(tài)學(xué)研究,這有助于獲得一些不同功能的微生物,并幫助人們解決不同的環(huán)境問題。未來PGPR生態(tài)學(xué)研究會(huì)越來越多地應(yīng)用一些先進(jìn)技術(shù),如DNA/RNA微陣列技術(shù),更好地揭示PGPR結(jié)構(gòu)及功能多樣性。此外,為提高PGPR的應(yīng)用效果,細(xì)菌群體感應(yīng)等機(jī)制還有待進(jìn)一步研究。

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