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人sapovirus研究進(jìn)展

2012-01-24 02:13:14劉淑華楊宗照
關(guān)鍵詞:輪狀病毒胃腸炎引物

劉淑華,楊宗照,謝 正

Sapovirus(SaV)即札幌病毒,又名札如病毒、沙波病毒,屬于杯狀病毒科(Caliciviridae),為單股正鏈RNA病毒,基因組全長(zhǎng)7-8kb,帶有多聚A尾,沒有囊膜,病毒直徑27-35nm。SaV與人和動(dòng)物的胃腸炎有關(guān),不同年齡人群都可感染,以嬰幼兒最易感,能夠引起人(尤其是兒童和老人)的腹瀉,主要經(jīng)糞—口傳播。SaV原型毒株于1977年發(fā)現(xiàn)于日本Sapporo(札幌)的一個(gè)孤兒院。近年來(lái),在一些地方SaV逐漸成為僅次于諾如病毒(NoV),排列第二的腹瀉病主要病因[1]。

1 基 因

測(cè)出的第一個(gè)SaV基因組是 Hu/Manchester/93/UK,它屬于GII型。SaV包含有2個(gè)主要的開放閱讀框(ORF)。ORF1編碼一個(gè)多聚蛋白,經(jīng)過(guò)蛋白酶處理后分解為幾個(gè)非結(jié)構(gòu)蛋白和一個(gè)衣殼蛋白 (capsid,VP1)。ORF2 編 碼 一 個(gè) 堿 性 蛋 白(VP2),它是非結(jié)構(gòu)蛋白。GI、GIV、GV型SaV還含有一個(gè)較小的ORF3,編碼一個(gè)堿性蛋白。

由于人的SaV不能進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng),因此不能使用中和試驗(yàn)對(duì)SaV進(jìn)行分型,比較普遍接受的分型方法是對(duì)衣殼蛋白全基因的序列分析。SaV被分為 GI.1-5,GII.1-6,GIV.1和 GV.1,即4個(gè)主型,13個(gè)亞型[2-3]。

2 SaV的流行病學(xué)

SaV可以感染人、豬、貂、蛤、牡蠣等,感染人的主要為GI、GII、GIV和GV型,感染豬的主要為GⅢ型以及少量其它類型,如GVI、VII型。

已經(jīng)有報(bào)道發(fā)生SaV的國(guó)家有匈牙利、意大利、美國(guó)、日本、韓國(guó)、中國(guó)、丹麥、芬蘭、匈牙利、意大利、斯洛文尼亞、西班牙、愛爾蘭、巴西等。SaV在我國(guó)安徽、廣州、南京、南寧等地腹瀉病例中均存在該病毒,檢出的基因型有GI、II型,尚未有GIV、V型的報(bào)道。同一地區(qū)不同年份可能以不同的基因型為主[4]。日本6年的檢測(cè)結(jié)果顯示2003-2004年GI.1為主,此后2004-2005年 GI.6為主,2005-2007又以GI.1為主,2007-2008以 GIV為主,2008-2009以GI為主。有時(shí)也會(huì)檢測(cè)到多種的基因型,如Pang[5]對(duì)2004-2007年加拿大Alberta地區(qū)爆發(fā)的胃腸炎病例檢測(cè),GI、GII、GIV、GV均有發(fā)生。

SaV可以從病人糞便、環(huán)境樣本(如廢水)、水產(chǎn)(蛤)、食品等中檢出[6]。如 Hansman年從河水中檢出GI、GV型SaV。蛤、廢水中檢測(cè)出的SaV與兒童腹瀉病例的SaV基因序列同源性非常高,提示可能存在食源性傳播。

發(fā)病季節(jié)方面,資料還比較少,以寒冷季節(jié)相對(duì)較多。日本流行季節(jié)為4-6月或10-12月[7]。Christina對(duì)丹麥的檢測(cè)沒發(fā)現(xiàn)有明顯的季節(jié)性。Dey[8]對(duì)孟加拉國(guó)2004-2005年的嬰幼兒急性胃腸炎病例監(jiān)測(cè)發(fā)現(xiàn)發(fā)病以秋、冬季居多。

SaV常感染兒童,但也會(huì)導(dǎo)致成人發(fā)病。Wu[9]報(bào)道臺(tái)灣北部大學(xué)生發(fā)生SaV感染的報(bào)道。Mikula也報(bào)道了成人發(fā)病的例子。Pang[5]報(bào)道病例中發(fā)病年齡以老人(>65歲)和兒童(<6歲)為主。SaV在病人體內(nèi)的排毒期通常為2w,但少數(shù)在發(fā)病后2~4w仍然排毒[10]。

不同的人群中該病的檢出率,除去SaV引起的爆發(fā)病例外,一般情況下少的只有0.5%,多的為10%~20%。Liu[11]對(duì)北京2007年7月至2008年6月腹瀉樣本557份的檢測(cè),檢出率僅占0.5%。Chang[12]對(duì)2006-2007年福建、安徽等9省1 110份樣本檢測(cè),10份(0.9%)為SaV 陽(yáng)性,G I.1,G I.3,G II.3型均有。Nakanishi對(duì)腹瀉病例的檢測(cè)以輪狀病毒為主,其次是NoV、腺病毒,SaV只占了1.7%[13],Chan-it[14]對(duì) 662 份 胃 腸 炎 兒 童 檢 測(cè)SaV陽(yáng)性20例(3%),其中15例為G為GI.1,其次為GII.1、GI.3。Svraka[15]對(duì)芬蘭2007-2009年的檢測(cè)表明478次急性胃腸炎檢測(cè),SaV引起的有19次(4%),主要為GI.2,發(fā)病年齡多為60歲以上的老人。

對(duì)于兒童的檢測(cè)結(jié)果中,輪狀病毒NoV、sapo-virus、腺病毒、星狀病毒是常見的幾種病毒性腹瀉的病原,如Lyman[16]對(duì)29次幼兒園急性腹瀉的檢測(cè),其中13次(45%)為病毒性腹瀉,其中輪狀病毒、NoV、星狀病毒、SaV 分別為17%、10%、10%、7%的陽(yáng)性率。Christina對(duì)丹麥0-3歲腹瀉兒童檢測(cè)SaV,97例(9%)為陽(yáng)性,7-18個(gè)月齡相對(duì)高發(fā),G1.1占陽(yáng)性病例的一半。Rachakonda[17]對(duì)兒童腸胃炎病例226份的檢測(cè)結(jié)果表明23份(10.2%)為SaV陽(yáng)性,22份為 GI,1份為 GII。Phan[7]檢測(cè)日本1154份2003-2005年腹瀉嬰兒和兒童,469份為腹瀉病毒陽(yáng)性,其中SaV陽(yáng)性49份(10.44%)。測(cè)序表明GI(GI.1、GI.4、GI.6和GI.8)型為主,GI.6是2004-2005年的主型。

在某些地區(qū)SaV是病毒性腹瀉的主要病因。Pang[5]對(duì)2004-2007年加拿大 Alberta地區(qū)爆發(fā)的胃腸炎病例檢測(cè),SaV占17.6%(43/244)。

3 癥狀與致病性

一般而言嬰兒、兒童、成人感染后主要引起腹瀉,癥狀比NoV輕一點(diǎn)。但是也有引起嚴(yán)重病例的報(bào)道。在日本Sapporo孤兒院,暴發(fā)的36例傳染性胃腸炎病例,單獨(dú)由SaV、NoV、輪狀病毒引起的各有6、8、10例,由NoV和SaV混合引起的1例,腺病毒和星狀病毒各占3例和2例,Sav成為引起腹瀉的主要病原之一[18]。

Johansson[19]報(bào)道23名成年人感染SaV的癥狀情形。平均年齡52歲,惡心腹瀉、嘔吐、腹部痙攣、頭痛、肌肉痛、發(fā)燒等癥狀。發(fā)生腹瀉占72%,嘔吐占56%,癥狀持續(xù)時(shí)間為6d。

Usuku[20]對(duì)日本初中生一次學(xué)習(xí)旅行后發(fā)生胃腸炎病例檢查43份樣本,未檢出NoV和常見的食源性細(xì)菌(沙門氏菌、志賀氏菌、彎曲桿菌),而檢出了33份SaV(GIV)型,說(shuō)明SaV可以引起胃腸炎疾病暴發(fā)。該文對(duì)癥狀統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)見表1。

表1 SaV感染引起的疾病癥狀

Hansman[21]檢測(cè)了日本2006年2-3月幼兒園發(fā)生1名成年人和66名兒童(61.7%)和嘔吐、腹瀉,經(jīng)檢查為SaV GI感染,此次沒有檢出輪狀病毒和NoV,說(shuō)明SaV能夠引起較為嚴(yán)重的疾病流行。

2007年5月臺(tái)灣北部55名大學(xué)生有胃腸炎癥狀:腹瀉、嘔吐、肚子絞痛、發(fā)燒。癥狀持續(xù)10d(平均4.7d),抽檢8份樣本,未檢出細(xì)菌、輪狀病毒、NoV,電鏡觀察到杯狀病毒樣粒子。使用針對(duì)SaV衣殼蛋白的引物SV-F11、SV-R1檢測(cè)到7個(gè)樣本為陽(yáng)性,熒光定量顯示每克糞便中的病毒cDNA拷貝數(shù)為0.286-172×108[22]。

據(jù)Wu報(bào)道SaV也引起嘔吐、腹瀉、肚子疼、發(fā)燒、脫水,持續(xù)12~60h[23]。

4 診 斷

實(shí)驗(yàn)室主要的診斷方法有針對(duì)病毒病原、病毒RNA和抗體等檢測(cè)方法。電鏡和抗原ELISA可以檢測(cè)完整的病毒粒子和病毒抗原。RT-PCR檢測(cè)病毒RNA,檢測(cè)人SaV的熒光定量RT-PCR方法已經(jīng)建立。重組的VLP被用來(lái)建立檢測(cè)抗體的ELISA方法。

4.1 電鏡(EM) 人的原型毒株Sapporo病毒首次發(fā)現(xiàn)是用電鏡。不過(guò)EM不很敏感,只能檢測(cè)到106/mL以上的病毒粒子。免疫電鏡可以增加敏感度(10倍以上),它的特異性取決于抗血清的質(zhì)量。EM的缺點(diǎn)是需要熟練的操作人員、儀器昂貴、比較費(fèi)時(shí)間,因此不適合大樣本的檢測(cè)。

4.2 RT-PCR 該方法最常用,不過(guò) RT-PCR的影響因素較多,包括樣品的質(zhì)量、RNA提取的方法、引物特異性、RT-PCR參數(shù)、檢測(cè)擴(kuò)增產(chǎn)物的方法。巢式RT-PCR能提高敏感度10~1 000倍,但是也增加了交叉污染的風(fēng)險(xiǎn)。熒光定量RT-PCR增加了檢測(cè)的敏感度,而且檢測(cè)速度更快。

4.2.1 RNA的提取 提取時(shí)要考慮RNA的回收能力和去除RNA抑制劑的能力。常用的有酚-氯仿、Trizol、磁珠等方法提取。

4.2.2 引物的設(shè)計(jì) 一般有兩種策略:(1)使用針對(duì)檢測(cè)人的SaV的引物,不擴(kuò)增其它動(dòng)物的SaV,目前以這種方法的應(yīng)用逐漸增多,大多數(shù)引物設(shè)計(jì)在相對(duì)保守的RdRp與衣殼蛋白連接區(qū)。但是即使是該區(qū)域的基因序列也有很大差異,因此常常需要設(shè)計(jì)較多的引物或設(shè)計(jì)兼并引物。(2)檢測(cè)杯狀病毒的通用引物是p290、p289,它們針對(duì)的保守區(qū)是RdRp區(qū)域的DYSKWDST、YGDD,這對(duì)引物通用性高但敏感度低,它能夠擴(kuò)增人的SaV、NoV,甚至輪狀病毒。因此,這對(duì)引物的擴(kuò)增結(jié)果需要測(cè)序以確定其特異性。

Okada[24]設(shè)計(jì)了針對(duì)人SaV GI、GII、GIV、GV型的RT-PCR,通過(guò)檢測(cè)臨床樣本,發(fā)現(xiàn)195份陽(yáng)性,其中GI、GII、GIV和 GV分別有106、79、3和7份。GI和GII在樣本收集的8年內(nèi)一致存在,另兩種出現(xiàn)的較晚。該方法是實(shí)驗(yàn)室檢測(cè)SaV的較好的一種方法,它不但能夠檢測(cè)到各種基因型SaV,還能通過(guò)電泳區(qū)分,實(shí)際應(yīng)用價(jià)值較大。

表2 檢測(cè)SaV的通用引物

圖1 針對(duì)SaV型與亞型的RT-PCR引物的位置

Yan[25]針對(duì)引起腹瀉有多種病毒,設(shè)計(jì)了同時(shí)檢測(cè) NoV(GI、GII)、SaV、星狀病毒的 RT-PCR方法,其中 SaV 引物 序 列 為 SLV5317 5′-CTCGCCACCTACRAWGCBTGGTT-3′、SLV5749 5′-CGGRCYTCAAAVSTACCBCCCCA-3′。該方法的優(yōu)點(diǎn)是可以同時(shí)檢出多種病原,比較節(jié)省勞動(dòng)強(qiáng)度。不足是由于該方法設(shè)計(jì)的較早,主要是根據(jù)GI型SaV(Manchester/93、Sapporo/82、Houston/86)設(shè)計(jì)的,因此可能不能完全檢出所有類型的SaV。4.2.3 熒光定量 RT-PCR 與常規(guī)的 RT-PCR相比,熒光定量方法省去了電泳、雜交步驟,要快速、敏感,并且可以定量。

Oka[26]設(shè)計(jì)了檢測(cè)SaV的熒光定量方法,包含3條正向引物,2條MGBNFQ探針,1條反向引物,引物位置在多聚酶和衣殼蛋白的結(jié)合處,該方法的敏感度為每管25個(gè)拷貝。臨床試驗(yàn)證實(shí)該方法可以檢出了SaV GI、II、IV、V型,具有較好的敏感度和特異性,不與星狀病毒、腺病毒反應(yīng)。

表3 檢測(cè)SaV熒光定量RT-PCR的引物與探針

Chan[27]設(shè)計(jì)了的引物探針稍簡(jiǎn)潔一些,有2條正向引物,1條MGBNFQ探針,1條反向引物來(lái)檢測(cè)所有類型的人SaV,其位置也是在SaV和衣殼蛋白連接處。通過(guò)臨床應(yīng)用,證實(shí)該方法可以檢出了SaV GI、GII、GIV型,最低為10個(gè)拷貝/反應(yīng),不與輪狀病毒和NoV反應(yīng)。

Logan[28]設(shè)計(jì)了實(shí)時(shí) RT-PCR 方法同時(shí)檢測(cè)NoV、SaV和星狀病毒,但不是在同一管檢測(cè),而是每種病分開檢測(cè),檢測(cè)SaV的探針針對(duì)GI、II、IV型,而且使用使用FAM單一染料標(biāo)記,因此對(duì)于測(cè)到的陽(yáng)性樣本不能區(qū)分是哪種基因型。

van Maarseveen[29]針對(duì)當(dāng)前導(dǎo)致腹瀉的病原較多這一問題,設(shè)計(jì)了同時(shí)檢測(cè)F群腺病毒、星狀病毒、輪狀病毒A群、NoV(GI、GII)和SaV的熒光定量方法。該方法敏感,提高了檢出率,但同樣該法設(shè)計(jì)的SaV引物是根據(jù)GI型序列(Mc114)設(shè)計(jì)的,可能不能完全檢出所有類型的SaV。

采用RT-PCR方法需要注意使用RT-PCR方法或者熒光定量方法檢出糞便中的排毒期在發(fā)生癥狀后14d絕大多數(shù)都轉(zhuǎn)為陰性,極個(gè)別仍可檢出。一些樣本需要稀釋以消除抑制性成分再擴(kuò)增。在對(duì)水中SaV檢測(cè)時(shí)需要先過(guò)濾、離心等方法濃縮后再提取 RNA[30]。

4.3 免疫學(xué)方法 使用提純的病毒或桿狀病毒表達(dá)系統(tǒng)產(chǎn)生的病毒樣粒子產(chǎn)生的高免血清建立的抗原ELISA可以檢測(cè)病毒粒子或抗體,特異性比較高,但是由于SaV的變異度比較高,因此不能檢測(cè)所有的基因型SaV,限制了其應(yīng)用。

5 消毒措施

專門針對(duì)SaV有效的消毒技術(shù)還未見報(bào)道,因此只能采用常規(guī)衛(wèi)生和消毒措施。由于它屬于杯狀病毒,暫時(shí)可以參考針對(duì)其它杯狀病毒(如NoV)的研究報(bào)道。杯狀病毒抵抗力較強(qiáng),在環(huán)境中可以保持?jǐn)?shù)周,加熱和10×10-12的氯化物可以用作水質(zhì)消毒。紫外線或γ射線可以滅活,乙醇、高溫等也有降低病毒滴度的作用。

6 總 結(jié)

盡管SaV已經(jīng)發(fā)現(xiàn)30多年了,由于SaV暫時(shí)還不能使用合適的細(xì)胞培養(yǎng),對(duì)于研究SaV非常不便。在國(guó)外一些地方,此病成為腹瀉疾病爆發(fā)的主要原因,但有時(shí)感染也不表現(xiàn)臨床癥狀,尤其對(duì)于青年人往往沒有癥狀。目前國(guó)內(nèi)許多醫(yī)院還沒有對(duì)此病進(jìn)行檢查,許多地方病人的感染情況、流行情況尚不十分清楚,還沒有疫苗可用,還缺乏針對(duì)SaV明確有效的消毒技術(shù),這些不利因素給該病的檢測(cè)、預(yù)防與控制帶來(lái)較大難度。由于一些豬SaV與人的SaV抗原性和基因同源性較高引起了人們的關(guān)注。

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