陶華娟 張艷 郎翠紅
(濰坊市婦幼保健院 遺傳科,山東 濰坊 260011)
染色體不分離和結(jié)構(gòu)不平衡在新生兒中的發(fā)生率為1/200[1],成為發(fā)育缺陷和先天畸形的主要原因。因此,細(xì)胞遺傳學(xué)分析一直被認(rèn)為是很重要的有創(chuàng)性產(chǎn)前診斷方法。
從1966年首次應(yīng)用孕中期羊水脫落細(xì)胞培養(yǎng)或孕早期絨毛采樣進(jìn)行產(chǎn)前檢測(cè),到19世紀(jì)70年代常規(guī)應(yīng)用染色體顯帶分析(核型分析)以來,此方法已經(jīng)成為經(jīng)典的產(chǎn)前診斷技術(shù)[2]。核型分析作為一種可靠的方法,可以診斷染色體數(shù)目異常及500萬至1000萬對(duì)堿基對(duì)的結(jié)構(gòu)重排。羊水細(xì)胞核型分析的準(zhǔn)確率為99.4%~99.8%,絨毛膜細(xì)胞核型分析的準(zhǔn)確率為97.5%~99.6%[3]。然而,核型分析的局限性在于必須進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng),大多數(shù)臨床實(shí)驗(yàn)室出報(bào)告的時(shí)間為10~14天。
近10年來,21-三體綜合征及其他染色體疾病的無創(chuàng)篩查技術(shù)已有了根本性提高。為了改善孕期管理和緩解孕婦焦慮的情緒,需要一種快速的方法來確診這些疾病,且大量臨床研究表明這些方法能在產(chǎn)前診斷中檢測(cè)出大多數(shù)的染色體異常。因此,將傳統(tǒng)核型分析作為經(jīng)典產(chǎn)前診斷方法保留還是被快速的方法所取代還存在爭(zhēng)議。本文將討論臨床上最常用的3種快速診斷非整倍體染色體疾病的方法:分裂相的原位熒光雜交(iFISH)、熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(QF-PCR)、多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(MLPA)。
iFISH、QF-PCR、MLPA 和其他一些新的方法可以快速檢測(cè)(約1~2天)最常見的常染色體異常如13-三體(帕塔綜合征)、18-三體(愛德華綜合征)和21-三體(唐氏綜合征),而性染色體異常如特納綜合征(單體X)、克蘭費(fèi)爾特綜合征(XXY)和三倍體,嵌合體和結(jié)構(gòu)重排,包括平衡和不平衡易位、大量的基因缺失和復(fù)制、插入和標(biāo)記染色體等,只有很少一部分能夠在產(chǎn)前檢測(cè)。
2.1 熒光原位雜交技術(shù) 近20年來,熒光原位雜交技術(shù)(FISH)技術(shù)有了很大的發(fā)展。相對(duì)于傳統(tǒng)的核型分析來說,F(xiàn)ISH 能更好地檢測(cè)和分析某些罕見的染色體結(jié)構(gòu)異常,包括微缺失綜合征、隱匿性的或輕微的基因復(fù)制和置換、復(fù)雜的重排和標(biāo)記染色體。它是通過特定的染色體探針來檢測(cè)羊水或絨毛樣本中的分裂間期的細(xì)胞,從而快速(需1~2個(gè)日)診斷常見的非整倍體染色體疾病。通過這種方法,可以避免傳統(tǒng)核型分析中因需要進(jìn)行細(xì)胞培養(yǎng)而延誤報(bào)告時(shí)間。大量研究發(fā)現(xiàn),用于對(duì)分裂間期的細(xì)胞核進(jìn)行FISH 檢測(cè)的商業(yè)化試劑盒的靈敏度和特異度都很高,且在診斷應(yīng)用中也被證實(shí)。許多實(shí)驗(yàn)中心現(xiàn)在都依據(jù)FISH 檢測(cè)結(jié)果,如發(fā)現(xiàn)常見的三體時(shí),就不需要等細(xì)胞培養(yǎng)后的核型分析結(jié)果了。但是,分裂間期FISH 檢測(cè)方法因使用探針而受到限制,許多罕見的染色體結(jié)構(gòu)和數(shù)目異常均不能被檢出。因此FISH 的結(jié)果有時(shí)有局限性,仍需要核型分析來最終確診。
在產(chǎn)前診斷中應(yīng)用FISH 檢測(cè)的同時(shí)仍需要同時(shí)進(jìn)行傳統(tǒng)的核型分析,因?yàn)槠鋬H能快速診斷非整倍體染色體。
2.2 熒光定量聚合酶鏈反應(yīng) 在歐洲,最常用的快速檢測(cè)非整倍體的產(chǎn)前診斷方法是熒光定量聚合酶鏈反應(yīng)(QF-PCR)。QF-PCR 檢測(cè)的原理是建立在選擇性的短串聯(lián)重復(fù)片段(STRs)基礎(chǔ)上,這些片段是由2~5個(gè)核苷酸組成的基因片段多次重復(fù)形成的。這些片段的多態(tài)性與某一特定位點(diǎn)重復(fù)的數(shù)量不同有關(guān),進(jìn)而產(chǎn)生了不同長(zhǎng)度的等位基因。STRs很容易通過PCR 擴(kuò)增多態(tài)性片段來檢出,它產(chǎn)生的熒光產(chǎn)物與目標(biāo)片段的數(shù)量是成正比的。QF-PCR可以通過非多態(tài)性釉質(zhì)(AMXY)基因進(jìn)行性別鑒定,可依據(jù)此基因序列的不同來鑒定不同長(zhǎng)度的X-、Y-特定產(chǎn)物,此外,通過分析此基因序列還可以鑒定性染色體數(shù)目異常(47,XXY,47,XYY,48,XXXY)[4,5]。
經(jīng)過最初的實(shí)驗(yàn)室和臨床試驗(yàn)后,QF-PCR 檢測(cè)方法已在幾個(gè)產(chǎn)前診斷中心被常規(guī)使用(主要在歐洲地區(qū))。它能借助羊水標(biāo)本和計(jì)算機(jī)系統(tǒng)來正確診斷所有正常的染色體核型,13、18、21-三體,雙三體(48,XXY,t21;48,XXY,t18)及非嵌合的性染色體異常,通常在24~48小時(shí)出檢測(cè)報(bào)告,能緩解超過95%的父母因等待核型分析結(jié)果產(chǎn)生的緊張情緒[6,7]。到目前為止,已經(jīng)有超過25萬個(gè)樣本使用QF-PCR 檢測(cè),雖然不同的中心使用的試劑盒不同,但它的結(jié)果是真實(shí)可靠的,沒有假陽性和假陰性結(jié)果。
目前還沒有關(guān)于QF-PCR 的假陽性報(bào)道,在許多國(guó)家和機(jī)構(gòu)將其作為一種是否終止妊娠的依據(jù),而不需要等待核型分析的結(jié)果。
2.3 多重連接探針擴(kuò)增技術(shù) 包括QF-PCR 在內(nèi),多重連接探針擴(kuò)增技術(shù)(MLPA)是第二種以PCR 為基礎(chǔ)的檢測(cè)非整倍體染色體疾病的方法。它是一種以PCR 為基礎(chǔ)的多樣化的方法,主要是用來決定反應(yīng)管中超過50個(gè)基因的DNA 或RNA 序列的拷貝數(shù)[8]。這個(gè)技術(shù)應(yīng)用廣泛,其中SALSA P095試劑盒是專門用來檢測(cè)產(chǎn)前診斷中常見非整倍體疾病的。
在這個(gè)試劑盒中,13、18、21、X 染色體均分別對(duì)應(yīng)8個(gè)基因座,而Y 染色體對(duì)應(yīng)4個(gè)基因座。正如用QF-PCR 檢測(cè)單位點(diǎn)的結(jié)果需要與相同樣本的基因座結(jié)果相比較,同樣,用MLPA 檢測(cè)單位點(diǎn)的結(jié)果也需要有相應(yīng)的對(duì)照,這個(gè)對(duì)照是指檢測(cè)二倍體DNA 樣本的相同基因座的結(jié)果,最終得出一比率。如果這個(gè)比率接近于1,那么該基因座中DNA的量與對(duì)照組是相同的,即也是二倍體。如果該比率<0.7或>1.3,那么該基因座中DNA 的量就會(huì)少于或多于對(duì)照組。故而,依據(jù)8個(gè)(13,18,21和X)或4個(gè)(Y)染色體基因座的結(jié)果就能算出相關(guān)染色體拷貝數(shù)。
與FISH 和QF-PCR 相比,MLPA 不能檢測(cè) 出女性的三倍體。因?yàn)椴还茉谡E赃€是三倍體女性染色體中,X 染色體和常染色體的Ratio值是相同的。然而,三倍體的女性胎兒均伴有超聲的異常,因此可通過超聲診斷來預(yù)防三倍體患兒的出生。
就像FISH 和QF-PCR,在許多實(shí)驗(yàn)室已經(jīng)將MLPA 作為決定是否終止妊娠的依據(jù),而不需要等待核型分析來確診[9]。
3.1 絨毛膜絨毛 絨毛存在于不同的細(xì)胞系中:即細(xì)胞滋養(yǎng)層細(xì)胞系和間充質(zhì)核細(xì)胞系,這種現(xiàn)象將影響絨毛的分子生物學(xué)研究。核型分析表明,這些細(xì)胞系之間可能會(huì)出現(xiàn)遺傳差異。
熒光定量PCR(QF-PCR)和核型分析結(jié)果之間的微小差異已有報(bào)道。在大多數(shù)情況下,研究的僅僅是單一的絨毛膜絨毛,而與絨毛膜絨毛相關(guān)的嵌合現(xiàn)象可引起結(jié)果的微小差異[10,11]。
Mann等[12]研究表明,將細(xì)胞滋養(yǎng)層的外層用消化酶去掉后,僅對(duì)從間質(zhì)核細(xì)胞分離出的DNA進(jìn)行MLPA,MLPA 的結(jié)果與核型分析的結(jié)果完全一致。這些核型分析的樣本來源于相同細(xì)胞型分裂中期的細(xì)胞(長(zhǎng)期培養(yǎng)分析)。Kooper等[13]研究了7個(gè)絨毛膜絨毛的MLPA 資料。這些資料表明,不管是短期培養(yǎng)還是長(zhǎng)期培養(yǎng),核型分析結(jié)果均有差異。然而他們用蛋白酶K 消化整個(gè)絨毛后,導(dǎo)致了來源于滋養(yǎng)層細(xì)胞的DNA 過表達(dá)(在短期培養(yǎng)中)。并且用酶消化法分離了來源于間質(zhì)核的滋養(yǎng)層細(xì)胞,然后分離出來的DNA 進(jìn)行了MLPA 檢測(cè)和核型分析,并且盡量均行短期與長(zhǎng)期細(xì)胞培養(yǎng),發(fā)現(xiàn)MLPA 的結(jié)果與核型分析的結(jié)果一致。這表明,經(jīng)酶消化產(chǎn)生的細(xì)胞碎片與用于核型分析的碎片結(jié)構(gòu)差不多。
3.2 母細(xì)胞污染 在產(chǎn)前診斷中一個(gè)最常見的現(xiàn)象是母體細(xì)胞的污染。因?yàn)槟阁w的細(xì)胞不能或很難在長(zhǎng)期培養(yǎng)中生長(zhǎng),因此一般不會(huì)影響核型分析的結(jié)果。然而,在理論上,這一現(xiàn)象可影響分子學(xué)的方法(包括FISH),因?yàn)檫@些檢驗(yàn)用的材料是未經(jīng)培養(yǎng)的細(xì)胞。
包括應(yīng)用QF-PCR,我們希望能夠通過放大的高度多態(tài)性的STRs序列來發(fā)現(xiàn)新的等位基因或者在所有染色體之間非對(duì)稱性的特征型基因。這些序列一般不同于正常的、三體的或者三倍體的序列。所以可依據(jù)這些序列來進(jìn)行檢測(cè),而不存在誤診的情況。正因?yàn)檫@樣,在生長(zhǎng)緩慢的CVS 培養(yǎng)中,QF-PCR 有助于分別出正常的母體核型來確定所檢測(cè)的細(xì)胞是胎兒來源的細(xì)胞,進(jìn)而排除母體細(xì)胞的過度生長(zhǎng)。
不同于QF-PCR,有人用MLPA(和FISH)研究了單拷貝基因座或染色體區(qū)的拷貝數(shù),而不是在單位點(diǎn)上的等位基因數(shù)。結(jié)果表明,不會(huì)在女性胎兒中檢測(cè)到母細(xì)胞的污染。在男性胎兒中,僅僅X和Y 基因座的比率異常時(shí),才懷疑母細(xì)胞污染。事實(shí)上,所有的MLPA 研究均有可能因母細(xì)胞污染而導(dǎo)致誤診。然而,MLPA P095 檢測(cè)嵌合體的最低下限是-20%[13]。因此,從胎兒和母體DNA 混合物獲得的胎兒嵌合的DNA 來行MLPA 檢測(cè),即使在母體細(xì)胞污染率高達(dá)80%時(shí),也可能發(fā)現(xiàn)胎兒三體性疾病。
3.3 嵌合現(xiàn)象 嵌合現(xiàn)象在產(chǎn)前診斷技術(shù)中很常見,但診斷有時(shí)比較困難。對(duì)常規(guī)的核型分析來說,嵌合現(xiàn)象的檢測(cè)水平主要是由被分析細(xì)胞的數(shù)量決定的。例如,當(dāng)分析10 個(gè)分裂中期的細(xì)胞時(shí),有26%的嵌合現(xiàn)象被排除(95%的置信區(qū)間),而當(dāng)分析12 個(gè)時(shí),23%的嵌合現(xiàn)象被排除(95%的置信區(qū)間)。
大部分分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)方法能夠檢測(cè)到更低水平的嵌合現(xiàn)象,但仍有不到10%~20%的嵌合現(xiàn)象沒有被檢測(cè)到。就像核型分析一樣,在檢測(cè)2個(gè)或更多細(xì)胞系時(shí),F(xiàn)ISH、QF-PCR 和MLPA 的靈敏度主要決定于嵌合現(xiàn)象的水平和相關(guān)的染色體。比如,應(yīng)用FISH 技術(shù),46,XX/45X 的嵌合體能夠很容易的檢測(cè)出來;而對(duì)QF-PCR 和MLPA 來說,當(dāng)異常細(xì)胞系不足20%時(shí),這些嵌合能夠通過X 染色體標(biāo)志的不平衡等位基因比率來識(shí)別[14]。45,X 和47,XXX 細(xì)胞等比嵌合的現(xiàn)象,不能用QF-PCR 或MLPA 檢測(cè)出來,因?yàn)檫@就像在正常的女性胎兒一樣,這些細(xì)胞產(chǎn)生了相同的等位基因比率。但是,用FISH 則可輕易檢測(cè)。
X 染色體嵌合現(xiàn)象中的一些病例中,分子生物學(xué)與細(xì)胞遺傳學(xué)關(guān)于異常細(xì)胞亞群百分率的差異,可能是由于正常(46,XX 或46,XY)和45,X 細(xì)胞生長(zhǎng)速度不同引起的,因?yàn)榉钦扼w細(xì)胞系生長(zhǎng)普遍比正常細(xì)胞快[15]。性染色體的嵌合體45,X/46,XY,盡管能夠輕易的用分子生物學(xué)方法檢測(cè)到,但是經(jīng)過細(xì)胞培養(yǎng)后常常成為單純的45,X 核型。
上述3種方法中的任何一種,理論上都可以大規(guī)模地應(yīng)用于非整倍性的檢測(cè),但FISH 因花費(fèi)很高,并且耗時(shí),故而QF-PCR 和MLPA 成為最通用的檢查手段,后兩者的主要優(yōu)點(diǎn)之一是自動(dòng)操作。目前,在產(chǎn)前診斷中對(duì)非整倍體染色體疾病使用快速檢測(cè)最主要的目的是提高孕期管理,或是為那些超聲顯示無明顯異常的大多數(shù)患者快速提供檢測(cè)結(jié)果,可以短時(shí)間內(nèi)減少焦慮和壓力。
這些快速產(chǎn)前診斷方法的使用在一些國(guó)家中仍有爭(zhēng)議,因?yàn)樽罱恍┭芯堪l(fā)現(xiàn)有些患者的超聲顯示正常且QF-PCR 檢測(cè)沒有發(fā)現(xiàn)的染色體異常,進(jìn)而出現(xiàn)了漏診的情況[16]。
[1] Buckton KE,O′riordan ML,Ratcliffe SG,et al.A G-band study of chomosomes in liveborn infants[J].Anm Hum Genet,1980,43:227.
[2] Nicolini U,Lalatta F,Natacci F,et al.The introduction of QF-PCR in prenatal diagnosis of fetal aneuploidies:time for reconsideration [J].Hum Reprod Update,2004,10:541-548.
[3] Shaffer LG,Bui TH.Molecular.cytogenetic and rapid aneuploidy detection methods in prenatal diagnosis[J].Am J Med Genet C Semin Med Genet,2007,145C:87-98.
[4] Cirigliano V,Voglino G,Adinolfi M.Non invasive screening and rapid QF-PCR assay can greatly reduce the need of cytogenetic analysis in prenatal diagnosis [J].Reprod Biomed,2005,11:671-673.
[5] Adinolfi M,Sherlock J,Cirigliano V,et al.Prenatal screening of Aneuploidies by quantitative fluorescent PCR[J].Community Genet,2000,3:50-60.
[6] Cirigliano V,Voglino G,Ordonez E,et al.Rapid prenatal diagnosis of common chromosome aneuploidies by QF-PCR,results of 9years of clinical experience[J].Prenat Diagn,2009,29:40-49.
[7] Voglino G,Marongiu A,Massobrio M,et al.Rapid prenatal diagnosis of aneuploidies[J].Lancet,2002,359:442.
[8] Schouten JP,McElgunn CJ,Waaijer R,et al.Relative quantification of 40 nucleic acid sequences by multiplex ligationdependent probe amplification [J].Nucleic Acids Res,2002:30:e57.
[9] Boormans EM,Birnie E,Oepkes D,et al.Comparison of multiplex ligation-dependent probe amplification and karyotyping in prenatal diagnosis[J].Obstet Gynecol,2010,115:297-303.
[10] Lau ET,Tang L,Wong C,et al.Assessing discrepant findings between QF-PCR on uncultured prenatal samples and karyotyping on long-term culture[J].Prenat Diagn,2009,29:151-155.
[11] Waters JJ,Mann K,Grimsley L.Complete discrepancy betweenQF-PCR analysis of uncultured villi and karyotyping of cultured cells in the prenatal diagnosis of trisomy 21in three CVS[J].Prenat Diagn,2007,27:332-339.
[12] Mann K,Kabba M,Donaghue C,et al.Analysis of a chromosomally mosaic placenta to assess the cell populations in dissociated chorionic villi:implications for QF-PCR aneuploidy testing[J].Prenat Diagn,2007,27:287-289.
[13] Kooper AJ,F(xiàn)aas BH,F(xiàn)euth T,et al.Detection of chromosome aneuploidies in chorionic villus samples by multiplex ligation-dependent probe amplification[J].J Molec Diagn,2009,11:17-24.
[14] Donaghue C,Mann K,Docherty Z,et al.Detection of mosaicism for primary trisomies in prenatal samples by QFPCR and karyotype analysis[J].Prenat Diagn,2005,25:65-72.
[15] Cirigliano V,Voglino G,Canadas MP,et al.Rapid prenatal diagnosis of common chromosome aneuploidies by QF-PCR.Assessment on 18 000consecutive clinical samples[J].Mol Hum Reprod,2004,10:839-846.
[16] Hills A,Donaghue C,Waters J,et al.QF-PCR as a standalone test for prenatal samples:the first 2years’experience in the London region[J].Prenat Diagn,2010,30:509-517.