楊洪毅,徐朝陽(yáng),宋麗君,肖 海,李曉文#
1)鄭州大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院細(xì)胞生物學(xué)與醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)教研室 鄭州 450001
2)北京康辰藥業(yè)有限公司 北京 101500
Y染色體短串聯(lián)重復(fù)序列(Y-short tandem repeat,Y-STR)為父系單倍體連鎖遺傳,具有明顯的民族和地域差異[1-2]。為獲得河南漢族群體高多態(tài)性Y-STR單倍型,作者調(diào)查河南漢族群體中DYS713、 DYS720、 DYS635、 DYS456、 DYS389I、DYS390、DYS389Ⅱ、H4、DYS460(A7.1)、DYS391、DYS448、DYS393、DYS439及 DYS392等14個(gè) Y-STR位點(diǎn)的單倍型多樣性(haplotype diversity,HD),為法醫(yī)物證學(xué)鑒定提供可靠的檢測(cè)標(biāo)準(zhǔn)及參考數(shù)據(jù),并將其應(yīng)用于2例親緣關(guān)系鑒定檢案的判定。
1.1 檢測(cè)與樣本 Y-STR單倍型檢測(cè)對(duì)象為203名河南漢族無(wú)關(guān)男性個(gè)體、20名女性個(gè)體、20對(duì)真父子和20對(duì)非父子(通過(guò)常染色體STR檢測(cè)確定);2例親緣關(guān)系鑒定檢案均為交通事故死者與認(rèn)領(lǐng)者之間的親緣關(guān)系鑒定。研究對(duì)象均知情同意,抽取外周靜脈血2 mL,酚-氯仿法抽提基因組DNA,4℃保存?zhèn)溆谩?/p>
1.2 14個(gè)Y-STR單倍型檢測(cè) 根據(jù)GenBank設(shè)計(jì)PCR擴(kuò)增引物序列[3],由上海生工生物工程公司合成。根據(jù)14個(gè)位點(diǎn)共構(gòu)建4個(gè)復(fù)合擴(kuò)增體系:復(fù)合體系 Ⅰ 含 DYS456、DYS389Ⅰ/Ⅱ、DYS390、DYS713;復(fù)合體系Ⅱ含 H4、DYS460(A7.1);復(fù)合體系Ⅲ含 DYS391、DYS448、DYS720;復(fù)合體系Ⅳ含DYS393、DYS439、DYS635、DYS392。每管擴(kuò)增體系總體積 20 μL:Mix 10 μL,模板 DNA 2 μL,引物終濃度均為1 μmol/L,用 ddH2O 補(bǔ)充至 20 μL。擴(kuò)增條件:96 ℃ 2 min;94 ℃ 1 min,60 ℃ 1 min,70 ℃ 1.5 min,10個(gè)循環(huán);90 ℃ 1 min,60 ℃ 1 min,70 ℃ 1.5 min,20個(gè)循環(huán);60 ℃30 min[3]。產(chǎn)物于 4 ℃保存,80 g/L變性聚丙烯酰胺凝膠電泳,銀染顯帶。
1.3 2例親緣關(guān)系鑒定 A案例為死者A2與A1之間的父子關(guān)系鑒定,B案例為死者B1(男)與已知兩兄弟B2、B3之間的同胞關(guān)系認(rèn)定。2案例各檢材均經(jīng)AB 3130遺傳分析儀進(jìn)行常染色體STR基因分型后,PCR-聚丙烯酰胺凝膠電泳檢測(cè)Y-STR單倍型。
1.4 數(shù)據(jù)分析 單倍型頻率pi=n/N;HD=n(1-∑pi2)/(n-1),個(gè)體識(shí)別力(discriminating power,DP)=1-∑pi2,其中n為單倍型個(gè)數(shù)。
14個(gè)Y-STR位點(diǎn)在203名河南漢族無(wú)關(guān)男性個(gè)體中共檢測(cè)出203種單倍型,單倍型多樣性為1,DP 為0.999976。
在20名女性樣本中均未檢測(cè)到任何擴(kuò)增產(chǎn)物。20對(duì)真父子樣本中,各父子對(duì)的14個(gè)Y-STR位點(diǎn)檢測(cè)結(jié)果均完全一致。20對(duì)非父子樣本中,各非父子對(duì)均有至少7個(gè)Y-STR位點(diǎn)的檢測(cè)結(jié)果不一致。
2例親緣關(guān)系鑒定結(jié)果顯示,案例中疑似父子(A1、A2)之間14個(gè)Y-STR位點(diǎn)中有7個(gè)位點(diǎn)不相符,排除親子關(guān)系;B案例中B1與B2的Y-STR單倍型相同,但二人同時(shí)有8個(gè)Y-STR位點(diǎn)與B3不相符,不具有相同的Y-STR單倍型,故可認(rèn)為B1與B2為同父關(guān)系,排除B1與B3的同父關(guān)系。
單倍型即位于同一條染色體上連鎖遺傳的多個(gè)基因座上等位基因的組合。尋求適宜于不同群體的高多態(tài)性的Y-STR單倍型將為法醫(yī)遺傳學(xué)、群體遺傳學(xué)等研究和應(yīng)用奠定基礎(chǔ)[4]。
路志勇等[5]檢測(cè)10個(gè)Y-STR位點(diǎn)在北方165名漢族人群中的單倍型分布,共檢出158種單倍型,其中有5種重復(fù)出現(xiàn)2次,1種重復(fù)出現(xiàn)3次,HD為0.9987??锝鹬Φ萚6]在210名天津漢族人群中檢測(cè)了由12個(gè)Y-STR基因座構(gòu)建的單倍型,檢出208種單倍型,其中有2種單倍型分別重復(fù)出現(xiàn)了2次,HD 達(dá)0.9999。王永在等[7]檢測(cè)了 192 名內(nèi)蒙古漢族人群的17個(gè)Y-STR位點(diǎn),共檢出191種單倍型,其中有一種單倍型重復(fù)出現(xiàn) 2次,HD為0.9999。作者檢測(cè)了203名河南漢族人群中14個(gè)Y-STR基因座的單倍型分布,共檢出203種單倍型,單倍型無(wú)一重復(fù),HD高達(dá)1。盡管增加基因位點(diǎn)數(shù)目可以提高單倍型的多樣性,但在實(shí)際應(yīng)用中并非檢測(cè)的位點(diǎn)數(shù)目越多,HD就越高,DP就越好。作者選取的14個(gè)Y-STR位點(diǎn)中,基因多樣性為0.6~0.7的位點(diǎn)有5個(gè),0.7~0.8的位點(diǎn)有5 個(gè),最高為DYS392和 DYS635,基因多樣性分別達(dá) 0.8147、0.8089。14個(gè)位點(diǎn)數(shù)目適中,在節(jié)約成本、提高效率的同時(shí),構(gòu)建的單倍型具有高多態(tài)性和高DP,在實(shí)際工作中有較好的應(yīng)用價(jià)值。
作者進(jìn)行了2例親緣關(guān)系鑒定。A案例中,疑似父子A1、A2之間Power Plex 16系統(tǒng)有4個(gè)位點(diǎn)不相符;進(jìn)一步進(jìn)行Y-STR單倍型分析,14個(gè)位點(diǎn)中有7個(gè)位點(diǎn)不相符,因此明確排除親子關(guān)系。B案例中,三兄弟之間PowerPlex 16和STR type G10系統(tǒng)共24個(gè)常染色體位點(diǎn)未發(fā)現(xiàn)雙親所不能提供的等位基因,但按照該教研室前期研究[8]結(jié)果提出的標(biāo)準(zhǔn)(兩個(gè)體24個(gè)STR基因位點(diǎn)中全相同數(shù)≥8或全不同數(shù)≤3提示為同胞關(guān)系,全不同數(shù)≥9或全相同數(shù)≤2,提示為無(wú)關(guān)個(gè)體),卻不能判定B1是否與B2、B3具有同胞關(guān)系;進(jìn)一步進(jìn)行Y-STR單倍型分析,意外發(fā)現(xiàn)B3與B1、B2之間有8個(gè)Y-STR位點(diǎn)不相符,而B1與B2之間Y-STR單倍型相同,故而排除B3與B1、B2之間的同父關(guān)系,但不確定他們是否具有相同的母親。
Y-STR為人類正常男性所特有,呈父系單倍體連鎖遺傳,若未發(fā)生堿基突變,家系中男性成員YSTR的基因分型結(jié)果應(yīng)完全一致,因此在父系親權(quán)鑒定及強(qiáng)奸案中嫌疑犯的排查方面具有常染色體STR無(wú)法比擬的優(yōu)點(diǎn)。但若在同一家族父系男性間進(jìn)行篩查排除時(shí),優(yōu)點(diǎn)卻變成難以克服的缺點(diǎn)。因此,Y-STR目前尚不適宜單獨(dú)進(jìn)行同一認(rèn)定,應(yīng)作為常染色體檢測(cè)的重要補(bǔ)充予以推廣應(yīng)用。
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