鄭 倩 盧振泰* 陳 超 馮前進 陳武凡*(南方醫(yī)科大學醫(yī)學圖像處理重點實驗室,廣州 5055)(南方醫(yī)科大學中醫(yī)藥學院外科骨科教研室,廣州 5055)
隨著社會老齡化和工作壓力日益增大,各種脊椎疾?。ㄈ缱甸g盤退化、椎間盤突出、椎管狹窄癥等)困擾著各個年齡段和各種職業(yè)的人群,成為影響公共健康的幾大頑疾之一。脊椎的毗鄰結(jié)構(gòu)上下交錯,外科醫(yī)生需要具有良好的方位感,精確地知道椎體的形狀,因為對椎體的形狀識別是提高手術(shù)精度、降低手術(shù)風險的關(guān)鍵一步。圖像分割是提取圖像中特殊組織的定量信息所不可缺少的手段,也是可視化實現(xiàn)的預處理步驟和前提[1]。分割后的圖像被廣泛用于三維重建、圖像配準、組織容積的定量分析和計算機輔助手術(shù)導航系統(tǒng)等方面。
描述人體脊椎生理解剖結(jié)構(gòu)的常見成像方式有計算機斷層掃描(CT)和磁共振成像(MRI)。CT密度分辨率高,骨骼、皮膚等不同類型組織之間的灰度差異較大,用區(qū)域生長法可以很好地分割出脊椎CT圖像中的椎體。MRI因軟組織對比度變化和射頻場非均勻性等因素的影響,增加了分割出椎體的難度。
傳統(tǒng)的分割算法往往陷入非全局最優(yōu)而導致分割結(jié)果比較差,如水平集方法[2]、活動輪廓方法[3]、K-均值(K-means)算法等[4]?;趫D論的圖像分割技術(shù)是一種新的圖像分割技術(shù),是一種無監(jiān)督圖像分割技術(shù),不需要初始化。該方法將圖像映射為帶權(quán)無向圖,將圖像分割問題轉(zhuǎn)換為圖的最優(yōu)劃分問題;它利用剪切準則得到圖像的最佳分割,是一個全局準則,得到的是全局最優(yōu)解。該分割技術(shù)也是一種點對聚類方法,近年來在國際上的圖像分割領(lǐng)域和數(shù)據(jù)聚類中表現(xiàn)出了良好前景。Julio等提出了基于歸一化割(normalized cuts)的MRI椎體分割技術(shù)[5],利用了一種概率統(tǒng)計特征——局部灰度直方圖,需要反復實驗調(diào)節(jié)一個合適的尺度參數(shù),只能處理T1加權(quán)圖像;由于沒有利用鄰域的空間信息,分割精度不高,甚至會因圖像中椎體與周圍組織的對比度不高而使分割結(jié)果偏差極大。
由于成像技術(shù)存在噪聲和各向異性因素的影響,圖像中同一解剖組織結(jié)構(gòu)的像素點灰度值會發(fā)生很大變化,僅用單個像素灰度值這一特征并不能準確描述一幅圖像,因此利用鄰域灰度信息這個特征來描述一幅圖像,從而引入了圖像的空間結(jié)構(gòu)信息。在此特征基礎(chǔ)上,提出了一種新的相似度矩陣構(gòu)造方法——基于鄰域信息和高斯加權(quán)的卡方距離,并利用Zelnik等提出的局部收縮方法來自適應地調(diào)整尺度參數(shù)[6],實現(xiàn)二維椎體的準確分割。即使在有噪聲影響的情況下,該算法也能夠快速、準確地分割出椎體,對于正常及病變椎體,所提出的算法分割出的椎體輪廓都光滑、清晰。作為一種一般性的分割方法,該算法可以拓展到其他器官的分割中。
基于圖論的圖像分割方法的基本原理如下:對于一幅輸入的圖像或一個特征點集,建立一個帶權(quán)的無向圖G=(V,E),其中節(jié)點vi∈V表示圖像像素,邊(vi,vj)∈E連接節(jié)點vi和vj。每條邊有一個相應的非負權(quán)重ω(vi,vj),表示相鄰節(jié)點vi和vj的相似程度。在圖像分割中,邊的權(quán)重表示兩個像素間的近似關(guān)系,如灰度、顏色、位置或其他局部分布的差別。然后,在所建立的圖上利用割集準則對圖中的節(jié)點進行劃分,進而完成對圖像的分割。
割集準則直接影響到分割結(jié)果的優(yōu)劣,最早提出的割集準則是最小割集準則(minimum cut)[7]。將圖像映射的無向圖的節(jié)點分割為互不相交的k個部分A1,…,Ak,且A1∪…∪Ak=V,則切的代價函數(shù)為
Shi等提出了歸一化割算法[8],同時利用歸一化割集準則,實現(xiàn)對原圖像的分割。歸一化割集準則不僅使子圖之間的相似度最小,而且令劃分成的各個子圖(區(qū)域)的內(nèi)部相似度最大,同時避免了劃分的區(qū)域出現(xiàn)歪斜(即偏向小區(qū)域)分割。切的代價函數(shù)為
Ng等提出了NJW算法[9],該算法和Normalized cuts一樣,都是基于歸一化分割準則,其唯一的不同是構(gòu)造的拉普拉斯矩陣為L=D-1/2WD-1/2,克服了Shi算法在各個簇的簇內(nèi)總度數(shù)assoc(Ai)=vol(Ai)-cut(Ai,i)差別大時效果不理想的缺點,穩(wěn)定性更好,是最常用的譜分割算法之一。
在基于圖論的圖像分割中,最重要的是構(gòu)造相似度矩陣,即如何度量兩點之間的距離并選擇合適的尺度參數(shù)。本研究首次將NJW算法用到脊椎MRI圖像分割中,并且在算法中構(gòu)造了一種新的相似度矩陣——基于鄰域信息的高斯加權(quán)卡方距離,同時引入局部收縮思想,提高椎體分割的準確性。
2.1.1 基于鄰域信息和高斯加權(quán)的卡方距離
在基于圖論的分割算法中,如何構(gòu)造相似性矩陣是一個研究熱點。NJW算法構(gòu)造相似度矩陣時,僅僅考慮了單個像素的灰度值,如果同一組織結(jié)構(gòu)上像素灰度值變化大或器官周圍灰度值相近,就會導致錯誤的聚類和分割結(jié)果。因此,引入圖像的結(jié)構(gòu)特征,用鄰域內(nèi)所有像素的灰度值來代替單個像素的灰度值,利用高斯函數(shù)進行加權(quán)。圖像中兩個節(jié)點(像素點)vi和vj之間的卡方距離表示為
式中,vi(k)表示某節(jié)點5像素×5像素鄰域內(nèi)第k個像素點的灰度值,wk是特征權(quán)重。特征權(quán)重wk根據(jù)一定的先驗信息賦值,離該節(jié)點距離較近的像素特征權(quán)重較大;相反,離該節(jié)點距離較遠的像素特征權(quán)重較小。利用高斯核函數(shù)分別為該像素鄰域內(nèi)的25個像素賦予特征權(quán)重,從而將鄰域信息融合在一起,更好地描述了兩個像素點的相似性。
2.1.2 局部收縮
NJW算法在構(gòu)造相似性矩陣時,需要一個尺度參數(shù)σ,以來控制兩個樣本點vi和vj之間的距離對相似度矩陣W的影響,從而構(gòu)造出合適的相似度矩陣,提高聚類的性能和分割結(jié)果的準確性,而算法是根據(jù)K-means的聚類效果(即能否給出最緊湊的聚類)來決定合適的尺度參數(shù)的。因此,在找到合適的參數(shù)前,必須反復地進行特征值分解和K-means的迭代,且需要人工調(diào)整才能最終收斂到最優(yōu)解。由此可見,該算法具有局限性,且計算量比較大。
局部收縮并不是為整個樣本集選擇一個尺度參數(shù)σ,而是為每一個樣本點vi選擇一個σi,將樣本點vi到vj的距離表示為d(vi,vj)/σi。其中,σi=d(vi,vK),vK是樣本點vi的第K個近鄰。在實驗中,一般選取K=7,這是一個經(jīng)驗值,因為此時算法的聚類效果最佳。
在研究中,分割方法對所有實驗的所用圖像進行了各向異性的擴散濾波。在構(gòu)造新的相似度矩陣的基礎(chǔ)上,提出了基于圖論的歸一化分割優(yōu)化準則的二維椎體分割算法,結(jié)合數(shù)學形態(tài)學,實現(xiàn)了椎體二維(2D)分割及顯示。本方法在實現(xiàn)過程中,聚類數(shù)C=35(在分割其他的器官時,可做相應調(diào)整),需要人工用鼠標選擇要顯示的椎體,其中的參數(shù)不需要調(diào)節(jié),就可以得到準確的分割結(jié)果。
本算法流程如圖1所示,包括7個步驟。
步驟1:在2D MRI脊椎的圖像上,由手工點選需要顯示的椎體;
步驟2:對圖像進行各向異性擴散濾波[10];
步驟3:利用2.1中的方法,構(gòu)造相似度矩陣;
步驟4:計算NJW算法中提出的拉普拉斯矩陣;
步驟5:找到拉普拉斯矩陣最大的C個特征值;
步驟6:對前C個特征向量用K-means進行聚類,得到圖像的聚類結(jié)果;
步驟7:用數(shù)學形態(tài)學修整分割椎體的邊緣,得到分割后椎體圖像和椎體邊緣圖像。
圖1 算法流程Fig.1 Block diagram for the proposed algorithm
實驗數(shù)據(jù)為4組有代表性的2D矢狀面T1加權(quán)和T2加權(quán)MR圖像,大小為512像素×512像素。為了驗證算法的有效性和可行性,將該算法和傳統(tǒng)的NJW算法[9]做了定性分析。臨床專家的手動分割結(jié)果作為金標準,定量地分析本算法的精確性。計算像素重疊數(shù),即手工分割和本研究自動分割算法的交集;假陰性像素個數(shù),即被自動分割方法遺漏的椎體像素數(shù);假陽性像素個數(shù),即自動分割方法錯誤劃分為椎體的像素數(shù);覆蓋率,即像素重疊數(shù)除以自動分割像素數(shù),并將其作為評價標準。由于NJW算法在選擇合適的尺度參數(shù)時需要反復實驗,而本算法只需要一次實驗,具有明顯的優(yōu)勢,故不對比算法執(zhí)行時間。作為一種一般性的分割方法,本算法還可拓展到其他器官的分割中,用了3組MR腦腫瘤數(shù)據(jù)進行實驗驗證。
實驗硬件環(huán)境為處理器Intel Core Duo(2.53GHz)、內(nèi)存2GB,軟件環(huán)境為Windows 7操作系統(tǒng),所用工具軟件為Matlab2008a和Visual Studio 2008。
患者椎體正常,椎體毗鄰組織與椎體灰度相近(T1加權(quán)圖像)。
NJW算法:用每個像素的特征值(本實驗中采用灰度值)且不用局部收縮來進行脊椎MRI的椎體自動分割實驗,實驗結(jié)果如圖2(a)所示,白色實線是分割椎體的輪廓。從實驗結(jié)果可知,在椎體和毗鄰組織接觸處灰度相近,造成了過分割現(xiàn)象(如圖2(a)黑色箭頭所示);而在分割其他椎體時,出現(xiàn)欠分割現(xiàn)象(如圖2(a)白色箭頭所示)。
本算法:考慮像素點的鄰域信息,利用高斯函數(shù),對該5像素×5像素鄰域內(nèi)像素點的25個灰度值進行加權(quán),結(jié)合局部收縮進行脊椎MR圖像的椎體自動分割實驗,結(jié)果如圖2(b)所示,白色實線是分割椎體的輪廓。即使在灰度值相近的區(qū)域,該算法也能準確的分割出椎體,光滑且清晰,克服了NJW算法中的過分割和欠分割現(xiàn)象,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。
手動分割算法:圖2(c)為臨床專家手動分割脊椎MRI的椎體實驗結(jié)果,白色實線是分割椎體輪廓。手動分割結(jié)果作為金標準,驗證本研究改進算法分割椎體的準確性和有效性。從表1可知,本算法和手動分割算法較為接近。
患者椎體正常,椎體周圍毗鄰組織與椎體灰度差異較大(T2加權(quán)圖像)。
脊椎MRI圖像中,患者椎體未發(fā)生形變,椎體周圍毗鄰組織與椎體差異較大,這類脊椎MRI圖像較容易分割,實驗結(jié)果如圖3所示。NJW算法有一定的過分割現(xiàn)象(如圖3(a)黑色箭頭所示),而本算法能準確分割出椎體,光滑且清晰,克服了NJW算法中的過分割現(xiàn)象,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。從表1可知,本算法和手動分割算法較為接近。
圖2 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動分割Fig.2 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation
圖3 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動分割Fig.3 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation
患者椎體正常,掃描到一塊椎體的椎弓根(T2加權(quán)圖像)。
患者的椎體正常,由于患者掃描位置的不同,該類矢狀面MRI圖像不僅掃描到了椎體,其棘突等與椎體連接的部分也被掃描到(如圖4(a)中黑色箭頭所示)。NJW算法不能把棘突分割出來,而本算法能準確分割出椎體,光滑且清晰,克服了NJW算法中的欠分割現(xiàn)象,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。從表1可知,本算法和手動分割算法較為接近。
圖4 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動分割Fig.4 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation
患者椎體病變,椎體退行性改變,椎間盤突出(T2加權(quán)圖像)
隨著年齡的增大,脊椎也會發(fā)生病變,如椎體退行性改變(圖5(a)中黑色箭頭所示),椎間盤突出(圖5(a)中白色箭頭所示)。由于成像技術(shù)的影響,圖5椎體上還有亮斑。此類脊椎MR圖像的分割結(jié)果稍微變差,NJW算法不能準確地分割出退行性改變的椎體;即使椎體形狀發(fā)生變化,本算法也能較為準確地分割出脊椎,光滑且清晰,分割椎體輪廓和椎體形狀較為接近。從表1可知,本算法和手動分割算法較為接近。
圖5 分割的椎體輪廓(上)和分割的椎體(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動分割Fig.5 The contours(upper)and the segmentations of the vertebral bodies(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation
為了客觀評價本算法的可行性,表1列出了手動分割算法和本研究提出的自動分割算法的比較結(jié)果。
表1 手動和所提出的自動分割算法比較Tab.1 The comparison between the manual segmentation and the proposed algorithm
作為一種一般性的分割方法,本算法還可拓展到其他器官的分割中,圖6為3種不同算法分割的腦部腫瘤,NJW算法分割的腦部腫瘤邊緣不光滑。圖7為本算法用于3張不同患者的腦部腫瘤分割圖。
基于圖論的圖像分割技術(shù)是一種新的分割技術(shù),在醫(yī)學圖像的處理領(lǐng)域還處于初步研究階段。NJW算法構(gòu)造相似度矩陣時,僅僅用單個像素的特征值,不足以很好地描述一幅圖像,并且需要做大量的實驗,以得到合適的尺度參數(shù),提高分割精度。當一幅圖像的像素分布在不同的尺度空間時,即使在獲得一個合適的尺度參數(shù)的情況下,也得不到理想的分割效果。正如實驗結(jié)果所示,對于椎體和毗鄰組織灰度相近的圖像和椎體發(fā)生退行性形變的圖像,其分割效果不理想,椎體不能準確地分割出來,在輪廓處出現(xiàn)了過分割和欠分割現(xiàn)象。
圖6 分割的腦部瘤輪廓(上)和分割的腫瘤(下)。(a)NJW算法;(b)本算法;(c)手動分割Fig.6 The contours(upper)and the segmentations of the brain tumors(bottom).(a)NJW algorithm;(b)the proposed algorithm;(c)manual segmentation
圖7 本算法的腦部腫瘤分割結(jié)果。(a)患者1;(b)患者2;(c)患者3Fig.7 The segmentations of the brain tumors(the proposed algorithm).(a)Patient 1;(b)Patient 2;(c)Patient 3
筆者提出的算法充分考慮到了像素周圍鄰域?qū)γ總€像素點的影響,引入了空間結(jié)構(gòu)信息,把鄰域信息根據(jù)經(jīng)驗以一定的特征權(quán)重結(jié)合到一起,即用高斯函數(shù)加權(quán)的χ2距離,度量兩個像素節(jié)點的相似度大小,從而構(gòu)造了一個新的相似度矩陣,提高了聚類和分割的結(jié)果。在選擇尺度參數(shù)時,本算法引入了局部收縮思想,自動地為每一個像素點賦一個尺度參數(shù),使得算法自適應于圖像分割,即使當一幅圖像的像素分布在不同的尺度空間時,算法仍具有自適應調(diào)節(jié)性。正如實驗結(jié)果所示,在自動分割脊椎MR圖像的椎體時,對椎體和毗鄰組織灰度相近的圖像、脊柱側(cè)凸、手術(shù)后椎間盤變形、移位等圖像仍有很好的分割結(jié)果,魯棒性強。作為一種一般性的分割方法,可以拓展到其他組織的分割中。
脊椎MR圖像的分割一直是個難點,其基于鄰域信息和高斯卡方距離的椎體MR圖像分割方法分割的椎體輪廓和手動分割較為接近,且不需要反復調(diào)整參數(shù),準確的分割結(jié)果對于圖像配準、圖像檢索、脊椎畸形的分析、器官定位和相關(guān)疾病的輔助診斷具有重大的應用價值。
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