曾旭 李莉 業(yè)寧 姚輝 劉志華 秦民堅(jiān)
2010版《中國(guó)藥典》規(guī)定威靈仙為毛茛科植物威靈仙ClematischinensisOsbeck,棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮ClematishexapetalaPall.或東北鐵線(xiàn)蓮ClematismanshuricaRupr.的干燥根及根莖[1]。威靈仙具有祛風(fēng)濕,通經(jīng)止痹痛等功效,凡風(fēng)濕痹痛,麻木不仁,無(wú)論上下,皆可應(yīng)用,是治療風(fēng)濕痹痛的要藥。作為中國(guó)常用中藥由于用藥歷史悠久,分布范圍廣泛,地區(qū)用藥習(xí)慣差異較大,威靈仙藥材使用混亂現(xiàn)象十分嚴(yán)重。北方常見(jiàn)百合科菝葜屬Smilax植物作威靈仙入藥,而南方常見(jiàn)以毛茛科鐵線(xiàn)蓮屬Clematis植物作威靈仙入藥[2,3]。云南部分地區(qū)菊科植物顯脈旋復(fù)花InulaneruosaWall.的根莖及根作威靈仙入藥。四川地區(qū),金粟蘭科植物草珊瑚Sarandraglabra(Thunb.)NaRai的干燥根莖及全草作銅腳威靈仙入藥[4]。由于缺乏專(zhuān)業(yè)的鑒定人員加之市場(chǎng)需求量大致使威靈仙藥材常借不應(yīng)求,廣東地區(qū)曾發(fā)生過(guò)威靈仙與桃耳七混用的情況,造成數(shù)十人中毒的嚴(yán)重后果[5]。也曾出現(xiàn)過(guò)將毛茛科植物芍藥PaeonialactifloraPall.的干燥須根加工染色來(lái)冒充威靈仙使用[6]。由此我們急需一種迅速、簡(jiǎn)便有效的方法來(lái)鑒別威靈仙藥材與其混偽品,為保證藥材的真實(shí)性和指導(dǎo)臨床用藥安全提供科學(xué)依據(jù),有必要對(duì)威靈仙正品來(lái)源與其各地混用品種進(jìn)行鑒別研究。
DNA條形碼(DNA barcoding)是近年來(lái)生物分類(lèi)和鑒定的研究熱點(diǎn)和方向,該技術(shù)是利用基因組中一段公認(rèn)的標(biāo)準(zhǔn)的、相對(duì)較短的DNA片段來(lái)對(duì)物種進(jìn)行準(zhǔn)確鑒定。通過(guò)種間具有足夠的變異、種內(nèi)特異性而創(chuàng)建的一種新的生物身份識(shí)別系統(tǒng),從而實(shí)現(xiàn)對(duì)物種的快速自動(dòng)鑒定[7,8]。自2003年由加拿大分類(lèi)學(xué)家PaulHebert首次選取以線(xiàn)粒體細(xì)肥色素C氧化酶亞基(COI)對(duì)動(dòng)物物種進(jìn)行分析,發(fā)現(xiàn)無(wú)論在哪個(gè)分類(lèi)水平上該基因都具有良好的識(shí)別能力,該技術(shù)得到了各國(guó)專(zhuān)家的廣泛關(guān)注[9,10]。對(duì)于植物來(lái)說(shuō),通用的DNA條形碼序列仍未最終確定世界各地者都稱(chēng)極投入到植物通用條形碼的研究當(dāng)中,得到了初敊的可喜成果。陳士林課題組選取真核生物rDNA位于5.8S和26S rRNA之間的一段順?lè)醋覫TS2序列進(jìn)行研究,發(fā)現(xiàn)ITS2序列不僅可以用于植物的DNA條形碼研究,而且對(duì)于動(dòng)物的DNA條形碼研究也具有重要的意義,在中藥材的物種鑒定方面具有潛在的研究?jī)r(jià)值[11-18]。本研究即是利用ITS2序列對(duì)威靈仙基源植物及其多種混偽品進(jìn)行DNA條形碼鑒別研究,為該藥材的準(zhǔn)確鑒定提供分子依據(jù)。
材料來(lái)源見(jiàn)表1,包括實(shí)驗(yàn)樣品及來(lái)自Genbank下載序列,實(shí)驗(yàn)樣品經(jīng)中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥用植物研究所林余霖副研究員進(jìn)行鑒定,憑證標(biāo)本保存于中國(guó)醫(yī)學(xué)科學(xué)院藥用植物研究所。
表1 材料來(lái)源
1.2.1 DNA提取
商品藥材根使用70%乙醇擦洗表面后研磨,取樣約15 mg;植物葉片采用硅膠進(jìn)行干燥,取樣約30 mg,利用植物DNA提取試劑盒(Tiangen Biotech Co.,China)提取總DNA。
1.2.2 PCR擴(kuò)增及測(cè)序
擴(kuò)增引物正向?yàn)?′-GCGATACTTGGTGTGAAT-3′,反向?yàn)?′-GACGCTTCTCCAGACTACAAT-3′。PCR體系含MgCl22 μl (25 mm)、dNTP 2 μl (2.5 mm)、PCR buffer 2.5 μl(10×)、引物各1.0 μl (2.5 μm)(Sangon Co., China)、聚合酶1.0 U (Biocolor BioScience & Technology Co., China)、總DNA 約1 μl,共為25 μl的反應(yīng)體積。擴(kuò)增程序?yàn)?4 ℃,5分鐘;94 ℃ 30秒,56 ℃ 30秒,72℃ 45秒,40轉(zhuǎn);72℃ 10分鐘。PCR擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)瓊脂糖凝膠回收試劑盒(Tiangen Biotech Co., China)回收,純化后作為測(cè)序反應(yīng)的模板,使用ABI 3730XL 測(cè)序儀 (Applied Biosystems Co., USA) 進(jìn)行雙向測(cè)序。
1.2.3 數(shù)據(jù)處理
使用CodonCode Aligner 3.71對(duì)測(cè)序峰圖進(jìn)行序列拼接,去除引物區(qū),獲得ITS2 間隔區(qū)序列;使用基于隱馬爾可夫模型的HMMer 注釋方法對(duì)網(wǎng)上數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,去除兩端5.8S和26S區(qū)段獲得ITS2間隔區(qū)序列。用MEGA 4.0軟件對(duì)所有序列分析比對(duì)并進(jìn)行種內(nèi)、種間遺傳距離的計(jì)算。計(jì)算基于Kimura 222 Parameter(K2P) 雙參數(shù)模型。用NJ鄰接法(neighbour-2-joining method, NJ)利用比對(duì)過(guò)的序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)(1000次重復(fù)bootstrap檢驗(yàn)各分支的支持率),來(lái)直觀(guān)的鑒定各物種。利用Schultz等建立的ITS2數(shù)據(jù)庫(kù)根據(jù)Schultz等[16]建立的ITS2數(shù)據(jù)庫(kù)及其網(wǎng)站預(yù)測(cè)ITS2二級(jí)結(jié)構(gòu)[19]。
威靈仙藥材三個(gè)基源植物:毛茛科威靈仙Clematischinensis序列長(zhǎng)度分別為230 bp,含有三個(gè)PolyC和一個(gè)PolyG結(jié)構(gòu),GC含量為69.9%;棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮Clematishexapetala序列長(zhǎng)度分別為220 bp含有三個(gè)PolyC和一個(gè)PolyG結(jié)構(gòu),GC含量為69.5%;東北鐵線(xiàn)蓮Clematismanshurica序列長(zhǎng)度230 bp,含有三個(gè)PolyC和一個(gè)PolyG結(jié)構(gòu),GC含量為69.9%。根據(jù)Kimura-2參數(shù)遺傳距離模型計(jì)算得到的序列間遺傳距離,作為藥典收藏威靈仙藥材的三個(gè)基源品種之間的遺傳距離最近,差異最小,威靈仙與棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮,距離值為0.006;威靈仙與東北鐵線(xiàn)蓮,距離值為0.017。金粟蘭科的草珊瑚與威靈仙,棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮和東北鐵線(xiàn)蓮之間的遺傳距離最遠(yuǎn),分別為1.083、1.077和1.146。
以棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮為例來(lái)分析種內(nèi)變異的情況,將實(shí)驗(yàn)所得數(shù)據(jù)結(jié)合從Genbank中下載的兩個(gè)ITS2序列作為3個(gè)種內(nèi)參考序列。比對(duì)后長(zhǎng)度皆230 bp,在151 bp位點(diǎn)的有一個(gè)C-G堿基變異位點(diǎn)。此外,有多個(gè)缺失位點(diǎn),分別位于1 bp至5 bp、209 bp、222 bp至230 bp位點(diǎn)。種內(nèi)平均K2P變異為0.003,種內(nèi)最大K2P變異為0.005。
威靈仙與其主要混偽品ITS2序列間存在較多的變異位點(diǎn),種間平均K2P距離為0.708。具體種間變異如下圖所示:
(圖1部分,接下頁(yè))
(圖1部分,接上頁(yè))
圖1 威靈仙與其主要混偽品ITS2序列間變異點(diǎn)
本研究發(fā)現(xiàn),ITS2作為DNA條形碼序列,在聚類(lèi)分類(lèi)圖上,威靈仙的三個(gè)基源植物聚在一起,可以有效的鑒別威靈仙基源植物與其易混偽品。鐵線(xiàn)蓮屬的6種植物聚集為一枝,支持率到達(dá)100%,與其他科屬的混偽品,包括草珊瑚、桃兒七、芍藥、毛脈菝葜、土茯苓等植物,都能進(jìn)行很好的區(qū)分,差異非常明顯。而在鐵線(xiàn)蓮屬的6種植物聚集的一枝中,威靈仙藥材正品來(lái)源的3種植物聚集為一枝,支持率到達(dá)83%,結(jié)合枝長(zhǎng)方面的信息,非常易于區(qū)分威靈仙藥材來(lái)源的正品植物和其他同屬的混偽品種。見(jiàn)圖2。
如圖3所示,威靈仙與其3個(gè)混偽品在二級(jí)結(jié)構(gòu)上有明顯差異。重點(diǎn)差異存在于螺旋Ⅳ中。威靈仙二級(jí)結(jié)構(gòu)螺旋Ⅳ基部存在2個(gè)小莖環(huán)中間有1個(gè)中頸環(huán),而毛蕊鐵線(xiàn)蓮和柱果鐵線(xiàn)蓮2個(gè)物種二級(jí)結(jié)構(gòu)螺旋Ⅳ基部的莖環(huán)在大小及位置上均與威靈仙存在明顯區(qū)別。威靈仙二級(jí)結(jié)構(gòu)螺旋I和Ⅲ的莖環(huán)在數(shù)量、大小及位置與芍藥存在明顯不同。因此,ITS2二級(jí)結(jié)構(gòu)也可作為鑒定威靈仙及相近種、偽品的一個(gè)方法。
傳統(tǒng)的中藥材鑒定方法如形態(tài)、顯微結(jié)構(gòu)、超微結(jié)構(gòu)和化學(xué)指紋圖譜等鑒定方法,在中藥材鑒定和評(píng)價(jià)其質(zhì)量研究中發(fā)揮了重要作用。但是,中藥飲片、粉末以及含有生藥原型的傳統(tǒng)中成藥的鑒定非常困難,采用形態(tài)鑒定顯然不可取?;瘜W(xué)分析方法研究的是植物內(nèi)的次生代謝產(chǎn)物,而次生代謝產(chǎn)物的含量又受生理?xiàng)l件、采收時(shí)間、貯藏等因素的影響,對(duì)于化學(xué)成分相似的物種就更難以區(qū)分因而傳統(tǒng)方法有一定局限性。
ITS2序列長(zhǎng)度較短,易于擴(kuò)增,作為ITS一部分,被廣泛用于系統(tǒng)進(jìn)化研究[7,8],也是藥用植物DNA柔形碼鑒定最優(yōu)的序列之一,物種水平的鑒定成功率高達(dá)92.7%。在本研究中,ITS2作為DNA柔形碼序列可以有效的鑒別威靈仙與其混偽品。
結(jié)合三種正品威靈仙的產(chǎn)地來(lái)看,威靈仙主要生長(zhǎng)于廣東、云南、四川、陜西、江蘇、安徽等地,棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮主要生長(zhǎng)于江蘇、山東、陜西、內(nèi)蒙古、遼寧、吉林、黑龍江等地區(qū),東北鐵線(xiàn)蓮生長(zhǎng)于東北三省,以及朝鮮、俄羅斯等地區(qū)[20]。綜合地區(qū)分別來(lái)看,體現(xiàn)出一種由南向北,分別生長(zhǎng)威靈仙、棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮、東北鐵線(xiàn)蓮的特點(diǎn),再結(jié)合系統(tǒng)聚類(lèi)樹(shù)中的枝長(zhǎng)信息,在正品威靈仙的單獨(dú)枝內(nèi)部,威靈仙與棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮聚類(lèi)為一枝,支持率為64%,且枝長(zhǎng)上面,棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮更長(zhǎng),而東北鐵線(xiàn)蓮的枝長(zhǎng)長(zhǎng)于棉團(tuán)鐵線(xiàn)蓮。根據(jù)中性理論與“分子鐘”理論,結(jié)合以上數(shù)據(jù),說(shuō)明并驗(yàn)證了威靈仙最先起始于南方,再向北發(fā)展的過(guò)程中,為適應(yīng)不同的環(huán)境條件,出現(xiàn)了種間的變異,最終形成了多種威靈仙。資料顯示,鐵線(xiàn)蓮屬的分布中心在中國(guó)的亞熱帶地區(qū),在中國(guó)范圍內(nèi)云南和四川分布的種類(lèi)最多(包括變種),然后以此為中心向四周的分布逐漸減少,Helleboroideae起源中心的推測(cè)和鐵線(xiàn)蓮屬古老類(lèi)群的分布,推測(cè)鐵線(xiàn)蓮屬起源于中國(guó)西南地區(qū)。根據(jù)以上分析,本研究結(jié)果驗(yàn)證了這一現(xiàn)象[21]。綜上所述,ITS2作為DNA條形碼序列不僅能夠較好的區(qū)別中藥材威靈仙基源植物與其混偽品,同時(shí),對(duì)于探討威靈仙屬不同物種間的進(jìn)化關(guān)系亦能起到重要的參考價(jià)值。
圖2 基于ITS2序列構(gòu)建的威靈仙及其混偽品的鄰接(NJ)樹(shù)(bootstrap1000次重復(fù),枝上數(shù)值僅顯示自展支持率≥50%)
圖3 威靈仙及其主要易混偽品ITS2序列二級(jí)結(jié)構(gòu)
[1] 國(guó)家藥典委員會(huì).中國(guó)藥典(一部)[S].北京:化學(xué)工業(yè)出版社,2005:528.
[2] 徐濤, 萬(wàn)德光. 威靈仙本草新考[J]. 中藥材, 2001, 24(4): 293-294.
[3] 楊貴元, 丁永輝, 宋平順, 等. 甘肅省威靈仙藥用植物及商品調(diào)查[J]. 中藥材, 2001, 24(1): 20-21.
[4] 張良發(fā). 威靈仙及其混淆品的鑒別[J]. 湖南中醫(yī)導(dǎo)報(bào), 2000, 6(4): 59-60.
[5] 黎國(guó)英, 林怡如. 威靈仙與桃兒七的鑒別[J]. 實(shí)用中醫(yī)藥雜志, 2004, 20(7): 402-403.
[6] 王均理. 威靈仙及其偽品芍藥須根的鑒別[J]. 基層中藥雜志, 2001, 15(1): 40.
[7] 陳士林, 姚輝, 宋經(jīng)元.等. 基于DNA barcoding(條形碼)技術(shù)的中藥材鑒定[J]. 世界科學(xué)技術(shù), 2007,9(3):7-12.
[8] 陳士林, 宋經(jīng)元, 姚輝, 等.藥用植物DNA條形碼鑒定策略及關(guān)鍵技術(shù)分析[J].中國(guó)天然藥物, 2009,7(5): 322-327.
[9] Hebert PD, Ratnasingham S, Waard JR. Barcoding animal life: cytochrome coxidase subunit 1 divergences among closely related specie [J]. Proc Biol Sci, 2003, 270(S1):S96-S99.
[10] Hebert PD, Cywinska A, Ball SL, et al. Biological identifi-cations through DNA barcodes[J]. Proc Biol Sci, 2003, 270(1512): 313-321.
[11] Chen SL, Yao H, Han JP ,et al. Validation of the ITS2 Region as a Novel DNA Barcode for Identifying Medicinal Plant Species[J]. PloS One, 2010,5(1): e8613.
[12] Yao H, Song JY, Liu C, et al. Use of ITS2 Region as the Universal DNA Barcode for Plants and Animals[J]. PloS One, 2010,5(10): e13102.
[13] Gao T, Yao H, Song JY, et al. Evaluating the Feasibility of Using Candidate DNA Barcodes in Discriminating Species of the Large Asteraceae Family[J]. BMC Evolutionary Biology, 2010, 10: 324-326.
[14] 羅焜, 陳士林, 陳科力,等. 基于蕓香科的植物通用DNA條形碼研究[J].中國(guó)科學(xué): 生命科學(xué),2010,40(4):342-351.
[15] Pang XH, Song JY, Zhu YJ, et al. Using DNA barcoding to identify species within Euphorbiaceae [J]. Planta Medi, 2010, 76: 1784 -1786.
[16] 朱英杰, 陳士林, 姚輝, 等. 重樓屬藥用植物DNA條形碼鑒定研究 [J]. 藥學(xué)學(xué)報(bào). 2010, 45(3): 376-382.
[18] Pang XH, Song JY, Zhu YJ, et al. Applying plant DNA barcodes for Rosaceae species identification [J]. Cladistics, 2010, 26:1-6.
[19] Schultz J, Muller T, Achtziger M, et al. The internal transcribed spacer 2 database-a web server for (not only) low level phylogenetic analyses[J]. Nucleic Acids Res, 2006, 34: 704-707.
[20] 中國(guó)科學(xué)院《中國(guó)植物志》編輯委員會(huì). 中國(guó)植物志(第28卷) [M]. 北京: 科學(xué)出版社, 1980:156-161.
[21] Hong DY, Pan KY, Turland NJ. Flora of China [S]. Beijing : Science Press ; St. Louis : the Missouri Botanical Garden Press, 2001, 6: 333-386.