趙珍敏，柳燕

（司法部司法鑒定科學(xué)技術(shù)研究所上海市法醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海200063）

Sinofiler試劑盒D13S317基因座變異1例

趙珍敏，柳燕

（司法部司法鑒定科學(xué)技術(shù)研究所上海市法醫(yī)學(xué)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，上海200063）

法醫(yī)遺傳學(xué)；Sinofiler試劑盒；STR；變異

1 案例

1.1 案情

為申報(bào)戶(hù)口，父親楊某與妻子和女兒來(lái)我中心，要求對(duì)楊某與女兒是否具有父女關(guān)系進(jìn)行檢驗(yàn)，分別采取三人的指尖血備檢。

1.2 檢驗(yàn)過(guò)程

Chelex-100法提取基因組DNA。分別采用sinofiler試劑盒（美國(guó)AB公司）和PowerPlex16試劑盒（美國(guó)Promega公司）進(jìn)行多重PCR擴(kuò)增。PCR反應(yīng)體系總體積為12.5 μL，反應(yīng)體系和條件參見(jiàn)試劑盒使用手冊(cè)。擴(kuò)增產(chǎn)物通過(guò)3100遺傳分析儀進(jìn)行毛細(xì)管電泳，用Genemapper ID v3.2軟件分析各基因座的基因型。

1.3 結(jié)果

檢驗(yàn)結(jié)果表明，除D13S317基因座外，楊某在其余14個(gè)STR基因座的基因型均滿足作為其女兒生物學(xué)父親的遺傳條件。Sinofiler試劑盒中，D13S317基因座的基因型為“12，12”，PowerPlex16試劑盒中D13S317基因座的基因型為“12，13”。根據(jù)D13S317基因座的重復(fù)序列結(jié)構(gòu)區(qū)兩側(cè)翼序列，采用Primer Premier5.0軟件設(shè)計(jì)了引物，PCR反應(yīng)體系總體積為25 μL，含ddH2O 10.75 μL、10×Buffer 2.5 μL、Taq酶（5 U/μL）1μL、10 μmol/L引物各1μL、2.5 mmol/L dNTPs 2 μL、25mmol/L Mg2+1.75μL、模板DNA 5μL。PCR反應(yīng)在9700擴(kuò)增儀上進(jìn)行，循環(huán)參數(shù)如下：95℃5min；95℃20s，58℃20s，72℃15s，循環(huán)35次；72℃5min。PCR產(chǎn)物經(jīng)過(guò)含有0.5mg/L溴化乙錠（ethidium biomide，EB）的1.5%瓊脂糖凝膠電泳，通過(guò)紫外凝膠成像系統(tǒng)成像，在確認(rèn)有預(yù)期大小的條帶后將剩余PCR產(chǎn)物和引物送交上海捷瑞生物有限公司進(jìn)行正反向測(cè)序。測(cè)序結(jié)果表明，被檢孩子與父親相比，在產(chǎn)物的3’末端附近存在兩個(gè)單核苷酸多態(tài)性（SNP）突變。

2 討論

1997年11月，美國(guó)聯(lián)邦調(diào)查局建立了聯(lián)合DNA索引系統(tǒng)（Combined DNA Index System，CODIS），該系統(tǒng)由13個(gè)短串聯(lián)重復(fù)序列(Short Tandem Repeat，STR）基因座組成，分別為D3S1358、vWA、FGA、D8S1179、D21S11、D18S51、D5S818、D13S317、D16S539、TH01、TPOX、CSF1PO和D7S820。該系統(tǒng)分別被歐洲，美洲國(guó)家用于法醫(yī)學(xué)個(gè)體識(shí)別和DNA數(shù)據(jù)庫(kù)的構(gòu)建，在我國(guó)CODIS基因座也用于構(gòu)建罪犯DNA數(shù)據(jù)庫(kù)。由于各國(guó)實(shí)驗(yàn)室使用的基因座種類(lèi)、數(shù)目及檢測(cè)方法均大致相同，從而為以后的數(shù)據(jù)交流和資源共享打下了基礎(chǔ)，所以這13個(gè)STR基因座也稱(chēng)為核心STR基因座。在這13個(gè)STR基因座的基礎(chǔ)上，2000年5月，美國(guó)Promega公司開(kāi)發(fā)了兩個(gè)五核苷酸重復(fù)STR基因座Penta D和Penta E，構(gòu)成PowerPlex16試劑盒，2001年7月美國(guó)AB公司開(kāi)發(fā)了兩個(gè)四核苷酸重復(fù)STR基因座D2S1338和D19S433，構(gòu)成了Identifiler試劑盒。2007年1月，美國(guó)AB公司將Identifiler試劑盒中的TH01、TPOX基因座替換為D6S1043和D12S391，構(gòu)成了Sinofiler試劑盒。以上三個(gè)試劑盒幾乎成為了全球法醫(yī)DNA分析所使用的最主要的試劑盒[1-2]。

在以往的實(shí)踐中，在等位基因階梯和陽(yáng)性對(duì)照分型正確的基礎(chǔ)上，很少會(huì)懷疑試劑盒對(duì)樣品分型結(jié)果的正確性。盡管由于產(chǎn)品保密的原因，無(wú)法知道Sinofiler試劑盒D13S317基因座引物的確切位置，但是本文的測(cè)序結(jié)果依然提示我們，STR基因座作為一種傳統(tǒng)遺傳標(biāo)記，不僅僅存在高突變率的缺陷[3]，由于人類(lèi)基因組的復(fù)雜性，在STR基因座中也同時(shí)存在著SNP，當(dāng)SNP突變發(fā)生在引物結(jié)合區(qū)時(shí)，就可能出現(xiàn)擴(kuò)增失敗或擴(kuò)增效率很差的現(xiàn)象，在分型圖譜上表現(xiàn)出等位基因丟失或峰值顯著降低。

點(diǎn)評(píng)

STR基因座的高度多態(tài)性和其在基因傳遞過(guò)程中遵循孟德?tīng)柟诧@性遺傳規(guī)律等的特點(diǎn)，使得PCRSTR復(fù)合擴(kuò)增熒光檢測(cè)技術(shù)已經(jīng)成為了國(guó)際法醫(yī)學(xué)界不可或缺的一項(xiàng)重要技術(shù)手段，無(wú)論在各國(guó)的罪犯DNA數(shù)據(jù)庫(kù)建設(shè)、刑事案件的偵破還是在個(gè)體識(shí)別、親權(quán)鑒定等司法實(shí)踐中都發(fā)揮著越來(lái)越重要的作用。SNP（single nucleotide polymophism），即單核苷酸多態(tài)性，是由于單個(gè)核苷酸改變而導(dǎo)致的核酸序列多態(tài)性。與STR相比，SNP更豐富地存在于基因組中，據(jù)估計(jì)在人類(lèi)基因組中，每千個(gè)核苷酸就有一個(gè)以上的SNP，因此整個(gè)人類(lèi)基因組中共有300萬(wàn)以上的SNP。

因此，認(rèn)識(shí)到STR基因座中也可能存在SNP的事實(shí)，有助于我們理解和解釋本文出現(xiàn)的兩個(gè)試劑盒在同一基因座上分型結(jié)果不同的現(xiàn)象，這也提示我們，在鑒定實(shí)踐中，不同廠家的試劑盒儲(chǔ)備也是十分必要的，當(dāng)出現(xiàn)矛盾結(jié)果時(shí)，不同試劑盒的相互印證對(duì)于結(jié)果的可靠性顯得非常重要。

[1]趙珍敏，柳燕，林源.IdentifilerTM系統(tǒng)在親子鑒定中的突變觀察和分析[J]，法醫(yī)學(xué)雜志，2007，23（4）：290-294.

[2]Chengtao Li，Li L，Zhenmin Zhao，et al.Genetic polymorphism of 17 STR loci for forensic use in Chinese population from Shanghai in East China[J].Forensic Sci Int：Genetics，2009.3：117－118.

[3]李成濤，郭宏，趙珍敏，等.親權(quán)鑒定中常用STR基因座的基因組學(xué)和遺傳學(xué)分析[J]，法醫(yī)學(xué)雜志，2008，24，（3）：214-220.

（本文編輯：李成濤）

DF795.2

B

10.3969/j.issn.1671-2072.2011.01.025

1671-2072-（2011）01－0090－02

2010-09-17

趙珍敏（1967-），女，主檢法醫(yī)師，主要從事法醫(yī)遺傳學(xué)研究。E-mail：zhaozm@ssfjd.cn。