唐夢君 ,高玉時 ,周 生 ,張小燕 ,唐修君 ,蒲俊華 ,葛慶聯(lián)
(1.農(nóng)業(yè)部家禽品質(zhì)監(jiān)督檢驗測試中心,江蘇揚州 225003;2.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院家禽研究所,江蘇揚州 225003)
單核細胞增生性李斯特菌(Listeria.monocytogenes LM)是李斯特菌屬中的一種,LM廣泛分布于自然界,在肉類、蛋類、禽類、海產(chǎn)品、乳制品和蔬菜類都能檢出[1-2]。該菌為重要人獸共患和食源性病原菌,可引起人和多種動物的胃炎、腦膜炎、敗血癥、流產(chǎn)等。新生兒、老人及免疫低下者更易感染發(fā)病,病死率高達30%[2]。因此,建立一種快速、有效的檢測方法對各種食品進行質(zhì)量監(jiān)督,及時檢測出食品中是否含有該菌非常重要。
目前LM快速檢測方法包括傳統(tǒng)的細菌分離鑒定、免疫檢測、PCR方法等。細菌分離鑒定法操作繁瑣、耗時長;免疫檢測操作簡便,可在同一時間內(nèi)檢測大量樣品,但由于存在菌體及鞭毛抗原交叉反應(yīng),難以進行李斯特菌種間特異性鑒別[3];PCR法具有特異性強、靈敏度高和速度快等優(yōu)點,但因PCR技術(shù)對模板DNA的質(zhì)量有較高要求,需要的熱循環(huán)設(shè)備價格昂貴而很難得到推廣。
環(huán)介導(dǎo)等溫擴增(Loop-mediated isothermal amplication,LAMP)是 Notomi等在2000年開發(fā)的一種新穎的恒溫核酸擴增方法,其原理是針對目的基因的6個區(qū)域設(shè)計4條特異性引物,利用一種鏈置換DNA聚合酶(Bst DNApolymerase)在等溫65℃左右,幾十分鐘,即可實現(xiàn)核酸的高效擴增[4]。4條引物對靶序列的6個特異序列區(qū)域的識別,保證了LAMP擴增的高度特異性。LAMP不需要模版的熱變性[5],長時間溫度循環(huán),在等溫條件下擴增,不會因溫度改變而浪費時間。有無肉眼可見的焦磷酸鎂的白色沉淀[6-7],成為判斷核酸是否擴增的最簡單的方法。增加環(huán)引物的LAMP方法,使反應(yīng)速度可提高1/2~1/3[8]。因此,LAMP與PCR方法相比具有更高的特異性和高效性[9-11]。近來研究表明,LAMP已成功應(yīng)用于各種細菌和病毒的快速檢測[12-14]。本實驗以單核細胞增生李斯特菌的hlyA基因為靶序列設(shè)計三對引物(包括內(nèi)外引物和一對環(huán)引物),并比較了LAMP和PCR方法的特異性與靈敏性。
1.1 主要儀器設(shè)備和試劑 電熱恒溫水浴鍋、高速冷凍離心機(HITACHI)、PCR 擴增儀(eppendorf)、凝膠成像系統(tǒng)、恒溫培養(yǎng)箱、電泳儀等;Bst DNA聚合酶購自New England Biolab 公司;甜菜堿(Betain),購自Sigma 公 司 ;TaqDNA、dNTP、DNA Marker、Cla I酶等分子生物學(xué)試劑購自大連寶生物試劑有限公司。
1.2 菌種 單增李斯特菌(GIM1.229)、金黃色葡萄球菌(ATCC6538)、鼠傷寒沙門氏菌(CMCC50115)、痢疾志賀氏菌(CMCC51252)、豬霍亂沙門氏菌(ATCC13312)、福氏志賀氏菌(CMCC51572)、宋氏志賀氏菌(CMCC51592)購自廣東省微生物菌種保藏中心;副溶血性弧菌(ATCC17802)、豬霍亂沙門氏菌(ATCC14028)、 大 腸 桿 菌(ATCC8739)購自中國普通微生物菌種保藏管理中心。
1.3 引物設(shè)計與合成 根據(jù)Gen-Bank公布的單核細胞增生李斯特菌hlyA基因序列中的保守序列,采用引物設(shè)計軟件Primer Explorer4.0進行設(shè)計,得到一套特異性的LAMP引物,包括外引物 F3、B3和內(nèi)引物FIP、BIP以及環(huán)引物L(fēng)F、LB,引物序列見表1。引物委托上海生工生物技術(shù)有限公司合成。
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1.4 DNA模版的制備 細菌基因組DNA提取方法參照文獻[15],具體步驟為:取一接種環(huán)的細菌培養(yǎng)物(約10μL)于1.5 mL離心管中,加入 50μL NaOH(25 mmol/L)混勻,100℃水浴 10 min,加入 4μL Tris-HCl(1 M,pH8.0)進行中和,混懸液4℃20 000 g離心5 min,去沉淀,上清作為LAMP和PCR的DNA模板。
1.5 LAMP擴增 配制LAMP反應(yīng)體系25μL,包括:10xbst buffer 2.5 μL,MgSO4(25 mmol/L)4 μL、dNTP(10 mmol/L)4 μL、Betaine(5 mol/L)4μL、內(nèi)引物(20 μmol/L)各 1.5μL、外引物(10 μmol/L)各 0.5μL、環(huán)引物(10μmol/L)各0.5μL、Bst DNA 聚合酶大片段(8 U/μL)1μL、DNA模板 2μL以及ddH2O 2.5μL?;靹?,于65℃溫育60 min,80℃滅活10 min中止反應(yīng)。產(chǎn)物于2.0%瓊脂糖凝膠電泳分析,同時通過向擴增產(chǎn)物中加入1μL SYBRGREEN I,觀察顏色變化判斷擴增與否。
1.6 LAMP產(chǎn)物的酶切鑒定 取2 μL LAMP擴增產(chǎn)物,加入1μL ClaI、2μL緩沖液及 ddH2O 15μL,輕輕地混合后離心,在37℃酶切1 h,2.0%瓊脂糖凝膠電泳觀察結(jié)果。
1.7 PCR擴增 單核細胞增生李斯特菌PCR反應(yīng)的引物是檢測LM的LAMP反應(yīng)的兩條外引物(F3和B3),見表1。PCR擴增反應(yīng)體系為:10 ×PCR Buffer 2.5 μL、MgCl2(25 mmol/L)2 μL、dNTP(2.5 mmol/L)2 μL、Taq酶 0.25μL、F3和 B3各 1 μL、模板 2μL,ddH2O 為 14.25 μL。擴增程序為:95℃預(yù)變性2 min,95 ℃變性 30 s,56 ℃退火 30 s,72℃延伸1 min,進行35個循環(huán);最后72℃延伸10 min。取PCR產(chǎn)物進行瓊脂糖凝膠電泳,用凝膠成像儀觀察結(jié)果。
1.8 LAMP方法特異性試驗 以10株實驗菌株的基因組DNA為模板,用建立的LAMP方法進行擴增,電泳觀察擴增結(jié)果,驗證方法特異性。同時用PCR法進行平行檢測。
1.9 LAMP方法靈敏度試驗
1.9.1 細菌純培養(yǎng)檢測靈敏度 單核細胞增生李斯特菌接種于新鮮的營養(yǎng)肉湯培養(yǎng)基中,37℃培養(yǎng)12 h。用生理鹽水進行10倍系列稀釋。采用稀釋平板法,測定其純培養(yǎng)物活菌數(shù);同時從每稀釋度菌液中取100 μL菌液離心去上清,再加入50μL NaOH(25 mmol/L)混勻,100 ℃水浴10 min, 加 入 4 μL Tris-HCl(1 mol/L,pH8.0)進行中和,混懸液 4 ℃20 000 g離心5 min,去細胞沉淀,取2μL上清作為DNA模板進行LAMP擴增。
1.9.2 人工污染樣的檢測靈敏度 取經(jīng)傳統(tǒng)方法和常規(guī)PCR方法預(yù)檢單核細胞增生李斯特菌陰性的禽肉25 g,放入225mLLB1培養(yǎng)基中進行均質(zhì),取100μL稀釋菌液分別接種到900μL均質(zhì)液中,旋渦混勻,900g離心1 min,上清轉(zhuǎn)入一干凈EP管中,再10 000 g離心5 min,去上清,沉淀加入 100μL NaOH(25 mmol/L)混勻,100℃水浴 10min,加入 8μL Tris-HCl(1 M,pH8.0)進行中和,混懸液4℃20 000 g離心5 min,去沉淀,取4μL上清作為LAMP和PCR的DNA模板進行擴增。
2.1 LAMP檢測方法的建立 本研究以設(shè)計的一套特異性引物對單核細胞增生李斯特菌基因組DNA進行LAMP擴增。單核細胞增生李斯特菌基因組DNA泳道產(chǎn)生階梯狀條帶,以水作為模板的陰性對照未有條帶出現(xiàn)(圖1A);另外,向擴增產(chǎn)物中加入 1μL SYBR GREEN I,單核細胞增生李斯特菌擴增產(chǎn)物與染料混合后顏色由橙色變?yōu)榫G色,而陰性對照仍為橙色(如圖1B)。結(jié)果表明此套LAMP引物能夠有效擴增單核細胞增生李斯特菌hlyA基因。
2.2 LAMP擴增產(chǎn)物的酶切鑒定圖2顯示了單核細胞增生李斯特菌LAMP擴增產(chǎn)物經(jīng)ClaI酶切消化后的結(jié)果。理論計算,擴增產(chǎn)物經(jīng)內(nèi)切酶ClaI消化后應(yīng)為2條分子量約為250 bp和150 bp條帶。圖中結(jié)果與理論值基本相符。
2.3 LAMP檢測單核細胞增生李斯特菌的特異性結(jié)果 用建立的LAMP方法分別對10株實驗菌株進行擴增,特異性試驗結(jié)果如圖3所示,LAMP法和PCR法均具有高特異性,僅單核細胞增生李斯特菌得到陽性結(jié)果,其它9株非單核細胞增生均為陰性。
2.4 LAMP檢測單核細胞增生李斯特菌的靈敏度結(jié)果 經(jīng)平板計數(shù),原始菌液濃度為5.44×108cfu/mL。10倍系列稀釋菌液進行檢測,結(jié)果顯示,LAMP法細菌純培養(yǎng)物和人工污染樣品的檢測限約為5.44×102cfu/mL,PCR法細菌純養(yǎng)物和人工污染樣品的檢測限為5.44×104cfu/mL(圖4)。
單核細胞增生李斯特菌廣泛存在于自然界中,可在極端的環(huán)境(低溫和高鹽)中生長,使它很難在食物鏈中被去除,所以單增李斯特菌在各種食品中均可造成污染,歐美國家曾因此發(fā)生多次單增李斯特菌引起的食物中毒,食源性的李斯特菌病已成為一個公共衛(wèi)生問題。目前我國主要的檢測方法為傳統(tǒng)的培養(yǎng)方法結(jié)合顯色培養(yǎng)基和基于生化反應(yīng)的VITEK系統(tǒng)進行檢測,操作較復(fù)雜,時間較長,而ELISA試劑盒盡管快速、簡便、靈敏,但成本較高。近年來隨著分子生物學(xué)理論和技術(shù)的不斷發(fā)展,PCR[16-18]、多重 PCR[19-20]、實時熒光PCR[21-22]等在單核細胞增生李斯特菌的檢測研究中得到了應(yīng)用。但這些方法都要耗時4~5 h,并且既要昂貴的儀器設(shè)備用于擴增,又要用復(fù)雜的方法對產(chǎn)物進行檢測,從而限制了它們在基層實驗室的推廣。因此,亟需開發(fā)一種快速、靈敏、方便、價廉的檢測方法,以滿足對食品中單核細胞增生李斯特菌的實時檢測。最近研究表明LAMP方法檢測各種食源性致病菌方面具有良好潛力。因此,本研究以單核細胞增生李斯特菌的hlyA基因為靶序列,建立了帶有2條環(huán)引物的LAMP方法。
單核細胞增生李斯特菌主要的毒力因子有:hlyA、actA、plcA、plcB、prfA、mpl。而檢測單核細胞增生李斯特菌常用的靶基因主要有iap、hly、Inl基因[23]。hly基因主要是編碼溶血素O的基因,溶血素為李斯特菌的主要致病因子。hly基因是單核細胞增生李斯特菌比較保守的基因,目前多數(shù)研究都使用hly基因用以檢測單核細胞增生李斯特菌。本研究選擇單核細胞增生李斯特菌hlyA基因作為靶基因建立LAMP檢測方法,對10株實驗菌株進行擴增,只有單核細胞增生李斯特菌得到陽性結(jié)果,而其它菌株均為陰性結(jié)果,因此該方法特異性強。本方法靈敏度高,對于細菌純培養(yǎng)物和人工染菌的檢測限約為5.44×102cfu/mL,這一結(jié)果與文獻報道[15,24]的檢測限基本相符,且該方法的檢測靈敏度是常規(guī)PCR的100倍,研究表明,LAMP技術(shù)可檢測到10個拷貝數(shù)甚至更低的靶標,在檢測靈敏度上具有更大的優(yōu)勢[25-26]。同時,本研究在LAMP反應(yīng)中添加2條環(huán)引物,環(huán)狀引物與莖環(huán)結(jié)構(gòu)結(jié)合的區(qū)域在F2和Fl之間(或是B2和B1之間),以F1到F2的方向或是B1到B2的方向結(jié)合。這樣,莖環(huán)DNA或者與內(nèi)引物雜交,或者與環(huán)狀引物雜交來啟動鏈置換DNA的合成,從而加快了反應(yīng)速度,使擴增時間從60 min縮至30 min,與 Hong 和 Yano 等[27-28]的研究報道相符。
綜上所述,本研究建立的單核細胞增生李斯特菌LAMP檢測方法具有特異性強、靈敏度高、方便快捷、成本低等特點,為單核細胞增生李斯特菌的檢測提供了新的發(fā)展方向,有望成為簡易的常規(guī)檢測手段,適用于大批量樣品的初篩或野外現(xiàn)場進行定性檢測。
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