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PCR與Real-time PCR方法檢測海產(chǎn)品創(chuàng)傷弧菌的比較

2010-08-08 08:06:56徐素惠除守建趙立紅
中國獸醫(yī)雜志 2010年8期
關(guān)鍵詞:海產(chǎn)品弧菌菌液

徐素惠,曾 靜,除守建,程 剛,趙立紅

(1.中國農(nóng)業(yè)大學(xué)動物醫(yī)學(xué)院,北京 海淀 100193;2.北京市出入境檢驗檢疫局朝陽分局,北京 朝陽 100026)

創(chuàng)傷弧菌自然生存于近海和海灣的海水和海底沉積物中,其分布與海水的溫度和鹽度密切相關(guān)[1]。進食被創(chuàng)傷弧菌污染的食物后,創(chuàng)傷弧菌能迅速通過腸黏膜侵入血液,引起原發(fā)性敗血癥。據(jù)報道美國每年有20~40個原發(fā)性創(chuàng)傷敗血癥病例,死亡率高達50%,在佛羅里達創(chuàng)傷弧菌感染是導(dǎo)致食源性死亡的主要原因[2-3]。我國近年來也有相關(guān)報道[4-5],因此加強對海產(chǎn)品中創(chuàng)傷弧菌的檢查對保證食品安全具有重要意義。

1 材料與方法

1.1 材料 魚、蝦、貝類等海產(chǎn)品以及創(chuàng)傷弧菌標準陽性菌株,均由北京市出入境檢驗檢疫局提供。

1.2 引物 引物參照FDA細菌分析手冊擴增vvhA基因上一段519 bp的序列 PCR引物序列上游為 :5′-ccg cgg tac agg ttg gcg ca-3′,下游為 :5′-cgc cac cca ctt tcg ggc c-3′;Real-time PCR引物序列上游為 :5′-ttc caa ctt caa acc gaa cta tga c-3′,下游為:5′-att cca gtc gat gcg aat acg ttg-3′;熒光探針:5′-FAM-aac tat cgt gca cgc ttt ggt acc gt-TAMRA-3′。

1.3 樣品處理 分別將標準菌株和經(jīng)高速勻漿處理待檢海產(chǎn)品樣本,在堿性蛋白胨水(APW)中增殖,37℃ ,16~18 h,用煮沸法提取DNA,13000 r/min離心5 min,取上清液備用。

1.4 細菌DNA的PCR擴增 以提取的創(chuàng)傷弧菌DNA為模板進行擴增,反應(yīng)體系為:10×Buffer 2.5μL;dNTP 2μL;上 下游 引物 各 1μL;Taq 酶0.1μL;超純水 17.4μL;模板 1μL 。反應(yīng)條件94 ℃預(yù)變性3 min,94℃變性45 s,60℃退火45 s,72℃延伸45 s,最后72℃延伸 10 min,擴增35個循環(huán)。產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測。

1.5 細菌DNA的Real-time PCR擴增 以提取的創(chuàng)傷弧菌DNA為模板進行擴增,反應(yīng)體系為:2×Taq mix 12.5μL,上下游 引物各 1μL,熒光探 針0.5μL,超純水 9μL,模板 1μL,進行擴增 。

1.6 靈敏度比較 取兩份過夜培養(yǎng)的標準菌液各1mL,分別以10-1~10-9梯度稀釋。一份采用煮沸法提取DNA,分別進行PCR和Real-time PCR檢測,以確定檢測限。另一份做相應(yīng)的菌落計數(shù)以定量,比較兩種方法的敏感度。

1.7 特異性試驗 對標準陽性菌株和陽性樣品,陰性樣品和超純水空白對照,以及近源菌(與創(chuàng)傷弧菌同屬不同種,如副溶血弧菌、霍亂弧菌)、遠源菌(與創(chuàng)傷弧菌不同屬,如大腸桿菌、金黃色葡萄球菌)共60株進行PCR和Real-time PCR反應(yīng),檢測其交叉反應(yīng)性。

1.8 待檢樣品的檢測 分別用PCR和Real-time PCR對196份待檢海產(chǎn)品樣品進行檢查,確定其實用性。

2 結(jié)果

2.1 靈敏度 從圖1和圖2可知,PCR的檢查限為10-4,可檢出菌落數(shù)為375 CFU/mL,Real-time PCR檢查限達10-8,可檢出菌落數(shù)為21 CFU/mL。

2.2 特異性

2.2.1 PCR反應(yīng) 從圖3可知,標準陽性菌株和陽性樣品均可見約為519 bp大小的清晰電泳條帶,陰性樣品和空白對照均未見任何電泳條帶。

圖3 PCR電泳圖

2.2.2 Real-time PCR擴增 由圖4可知,標準陽性菌株的Ct=23.29,陽性樣品Ct=18.32,均呈明顯的擴增,而陰性樣品和空白對照均未有擴增。

2.2.3 近源菌和遠源菌的特異性檢測 結(jié)果發(fā)現(xiàn)60株創(chuàng)傷弧菌的近源菌和遠源菌的PCR和Realtime PCR檢測均為陰性。

2.3 兩種方法對待檢海產(chǎn)品檢查結(jié)果 對196份海產(chǎn)品樣品檢查結(jié)果顯示,PCR陽性率為10.67%,Real-time PCR陽性率為17.98%。

3 討論

隨著人民生活水平的不斷提高以及觀念意識的更新,海產(chǎn)品因其較高的營養(yǎng)價值越來越受廣大消費者歡迎,為保持口感鮮嫩,人們喜歡食用生的或半熟的海產(chǎn)品。而海產(chǎn)品極易被創(chuàng)傷弧菌污染,食入后創(chuàng)傷弧菌能迅速通過腸黏膜侵入血液,引起原發(fā)性敗血癥。加強對海產(chǎn)品中創(chuàng)傷弧菌(特別是致病性創(chuàng)傷弧菌)的檢測,對有效地防止創(chuàng)傷弧菌的傳播和監(jiān)控進出口海產(chǎn)品的質(zhì)量,確保消費者的健康具有重要意義。

3.1 創(chuàng)傷弧菌的常規(guī)檢測方法需經(jīng)增菌、選擇性培養(yǎng)、生化鑒定和血清學(xué)反應(yīng)等過程,操作繁瑣、耗時長、檢出率低,不能滿足生產(chǎn)實際需要,而分子生物學(xué)檢測方法敏感、特異。本試驗用 PCR和 Realtime PCR分別對不同稀釋度的標準創(chuàng)傷弧菌創(chuàng)傷弧菌增菌液進行,結(jié)果表明PCR的檢測限為10-4,菌落形成單位為375 CFU/mL,Real-time PCR的檢測限達10-8,菌落形成單位為21 CFU/mL??梢奟eal-time PCR對創(chuàng)傷弧菌的檢測靈敏度比PCR更高,更能滿足實驗室快速、準確診斷的需要。

3.2 用PCR和Real-time PCR檢測標準陽性菌株和陽性樣品均呈陽性,陰性樣品和空白對照則未見擴增;對近源菌和遠源菌共60株的檢測也均表現(xiàn)為陰性??梢妰煞N方法對創(chuàng)傷弧菌的檢測有很好的特異性。

3.3 為避免雜菌和堿性蛋白胨水(APW)對檢測的干擾,本試驗還將標準菌株增菌液離心,棄去上清,用 TA緩沖液重懸,重復(fù)兩次,再提取DNA,與直接用標準菌株增菌液煮沸提取DNA進行比較,觀察堿性蛋白胨水(APW)對檢測的干擾,發(fā)現(xiàn)結(jié)果沒有差異。將標準菌株增菌液與海產(chǎn)品中經(jīng)常分離到的雜菌進行不同濃度的混合,觀察雜菌的存在是否會影響檢出限,結(jié)果表明,不論對PCR還是Real-time PCR的檢出限均無影響。

3.4 比較196份待檢海產(chǎn)品的檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn),PCR檢測陽性率為10.67%,Real-time PCR陽性率為17.98%。表明 Real-time PCR比PCR靈敏度更高,更能滿足實際應(yīng)用。

綜上所述,PCR與Real-time PCR對海產(chǎn)品中的創(chuàng)傷弧菌的檢測均具有很好的特異性,但 Realtime PCR靈敏度更高,而且不需要瓊脂糖凝膠電泳,快速省力(2 h即可報告結(jié)果),是實驗室快速檢測創(chuàng)傷弧菌的首選方法。

另據(jù)報道,有基于 toxR基因[6]、rpoS基因[7]建立的檢測創(chuàng)傷弧菌的Real-time PCR,雖然基于這些基因的Real-time PCR能很好地鑒定創(chuàng)傷弧菌,但無法區(qū)別有毒無毒菌種。而基于16S rDNA基因[8]的Real-time PCR,由于其基因的緩慢進化不適合區(qū)別弧菌的種。本試驗所用的PCR和 Realtime PCR均基于創(chuàng)傷弧菌的毒力基因vvhA,在保證敏感性和特異性的基礎(chǔ)上可以直接檢出對人體有毒害的創(chuàng)傷弧菌,對保障海產(chǎn)品的食品衛(wèi)生更具意義。

[1]Motes M L,Depaola A,Cook D W,et al.Influence of Water temperature and salinity on vibrio vulnif icus in northern gulf and atlantic coast Oysters(Crassostrea virginica)[J].Applied and environmental microbiology,1998,64(4):1459-1465.

[2]Shapiro R L,Altekruse S.The role of Gulf Coast oysters harvested in warmer months in Vibrio vulni ficus infections in the United States,1988-1996[J].Infect Dis,1998,178:752-759.

[3]Jackson J K,M urphree R L,Tamplin M L.Evidence that mortality from Vibrio vulni ficus infection results from single strains among heterogeneous populations in shellfish[J].Clin Microbiol,1997,35:2098-2101.

[4]高仲雷.原發(fā)性創(chuàng)傷弧菌敗血癥 19例分析[J].浙江臨床醫(yī)學(xué),2004,6(2):135-136.

[5]孫來芳,應(yīng)斌宇,盧中秋,等.原發(fā)性創(chuàng)傷弧菌敗血癥17例診治分析[J].嶺南急診醫(yī)學(xué)雜志,2003(1):48-49.

[6]Hajime Takahashi,Yukiko Hara-Kudo,Jiro Miyasaka,et al.Development of a quantitative real-time polymerase chain reaction targeted to the toxR for detection of vibrio vulnificus[J].Journal of Microbiological Methods,2005,61:77-85.

[7]Kim Dong-Gyun,Sun-Hee Ahn.A pplication of the rpoS Gene for species-specific detection of vibrio vulnificus by real-time PCR[J].Microbiol.Biotechnol,2008,18(11):1841-1847.

[8]Katrina V Gordon,Michael C Vickery,Angelo DePaola,et al.Real-Time PCR assays for quantification and differentiation of vibrio vulnif icus Strains in oysters and water[J].Applied and environmental microbiology,2008,74(6):1704-1709.

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