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基于ITS序列分析對(duì)秦嶺冷水溝羊肚菌的鑒定*

2010-08-08 04:42李峻志李安利丁仕剛
中國(guó)食用菌 2010年6期
關(guān)鍵詞:羊肚秦嶺冷水

戴 璐,李峻志,李安利,祁 鵬,丁仕剛

(1.陜西省微生物研究所,陜西 西安 710043;2.寧陜縣科技局,陜西 寧陜 711600)

羊肚菌是世界最稀有的野生食用菌之一,不僅味道獨(dú)一無(wú)二,且營(yíng)養(yǎng)價(jià)值很高,有 “食用菌皇后”美譽(yù)[1-3]。秦嶺因其得天獨(dú)厚的生態(tài)環(huán)境成為野生羊肚菌的重要產(chǎn)區(qū)。本研究以采自秦嶺中段寧陜縣冷水溝的10株羊肚菌為研究對(duì)象,對(duì)其進(jìn)行了分離、純化和ITS區(qū)序列分析,從分子水平對(duì)樣品進(jìn)行了鑒定。

1 材料與方法

1.1 菌株

羊肚菌樣品 QM-1、 QM-2、 QM-4、 QM-5、 QM-6、QM-7、 QM-12、 QM-14、 QM-15和 QM-16, 采自秦嶺中段寧陜縣冷水溝,海拔997 m~1200 m。10個(gè)樣品的子實(shí)體形態(tài)見(jiàn)圖1。

1.2 實(shí)驗(yàn)方法

1.2.1 孢子彈射法分離菌絲體

將采集到的子實(shí)體清理干凈,無(wú)菌操作切下約1 cm2菌蓋,并用凡士林粘于PDA平板的皿蓋中央,25℃恒溫倒置培養(yǎng)1 d~2 d。待彈射至培養(yǎng)基上的孢子萌發(fā)長(zhǎng)出菌絲時(shí),用接種鏟取至PDA平板上繼續(xù)培養(yǎng)。轉(zhuǎn)接菌絲到新的PDA板,直至沒(méi)有雜菌污染。鏟取約0.5 cm2×0.5 cm2大小的菌絲塊,置于鋪有滅菌玻璃紙的PDA平板中央,25℃培養(yǎng)7 d至菌絲長(zhǎng)滿平板。

圖1 秦嶺冷水溝采集的10株秦嶺羊肚菌子實(shí)體

1.2.2 菌絲體基因組DNA的提取和ITS區(qū)序列的擴(kuò)增

收集菌絲,用新型植物基因組DNA提取試劑盒(TIANGEN)提取樣品基因組DNA,并保存于4℃。PCR擴(kuò)增 ITS區(qū), 引物為 ITS1:5’-TCCGTAGGTGAACCT GCGG-3’和 ITS4: 5’-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3’[4],由北京奧科生物技術(shù)有限責(zé)任公司合成。50μL反應(yīng)體系:引物各 2μL、 模板 2μL、 2×PCRmix (潤(rùn)德生物技術(shù)有限公司)25μL、 ddH2O 19μL。 反應(yīng)條件: 94℃ 2 min; 94℃1 min, 55℃1 min, 72℃2 min, 30個(gè)循環(huán); 72℃10 min。用1%的1×TAE瓊脂糖凝膠以DL2000為marker,對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳 (60 V,40 min)檢測(cè)。

1.2.3 ITS區(qū)序列分析和系統(tǒng)樹(shù)構(gòu)建

以PCR產(chǎn)物直接測(cè)序,由北京六合華大基因科技股份有限公司完成。用DNAman對(duì)序列進(jìn)行拼接,并對(duì)兩端進(jìn)行修剪。將序列在GenBank上進(jìn)行BLAST分析,利用軟件Clustal X進(jìn)行同源性比較,MEGA4.1繪制分子系統(tǒng)樹(shù)。

2 結(jié)果與討論

2.1 ITS區(qū)PCR擴(kuò)增結(jié)果

ITS區(qū)PCR擴(kuò)增結(jié)果見(jiàn)圖2。

圖2 ITS區(qū)PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳圖 (M:DL2000)

由圖2可見(jiàn), PCR擴(kuò)增出的目的片段條帶單一清晰,大小在1000 bp和2000 bp之間。序列經(jīng)DNAman拼接后,大小均為1200 bp左右。QM-1為1247 bp,QM-2為1125 bp,QM-4為1182 bp,QM-5為1134 bp,QM-6為1160 bp, QM-7為1180 bp, QM-12為1193 bp,QM-14為1189 bp,QM-15為1145 bp,QM-16為1215 bp。

2.2 BLAST比對(duì)分析結(jié)果

在GenBank數(shù)據(jù)庫(kù)中,將所得序列進(jìn)行BLAST分析,發(fā)現(xiàn)10株羊肚菌ITS區(qū)序列都與粗腿羊肚菌 (Morchella crassipes,又名皺柄羊肚菌)的ITS區(qū)序列相似性最大,達(dá)到 97%~98%。QM-1、QM-16與登錄號(hào)為 AJ539482.1的粗腿羊肚菌的ITS序列,QM-2與FJ860052.1,QM-4、QM-12、 QM-14 與 AJ623265.1, QM-5、 QM-6、 QM-7、QM-15與EU701002.1的序列相似性最大,即BLAST結(jié)果表明10株樣品都為粗腿羊肚菌。

2.3 基于ITS區(qū)序列的系統(tǒng)樹(shù)

把10個(gè)樣品的ITS序列與GenBank中的黑脈 (小頂)羊肚菌 (Morchella angusticeps Peck)、 尖頂羊肚菌 (M.conica Fr.)、 紅褐羊肚菌 (M.rufobrunnea)、 高羊肚菌 (M.elata Fr.)、肋脈羊肚菌 (M.costata)的ITS序列進(jìn)行比對(duì),并用MP法構(gòu)建分子系統(tǒng)樹(shù),見(jiàn)圖3。

圖3 基于ITS序列的分子系統(tǒng)樹(shù) (MP法,Bootstrap驗(yàn)證,重復(fù)1000次)

從分子系統(tǒng)樹(shù)可以看出,黑脈 (小頂)羊肚菌DQ257338、尖頂羊肚菌GQ304964、高羊肚菌GQ228473、肋脈羊肚菌EF080998、紅褐羊肚菌DQ355921聚為外群,而10株樣品聚為1枝,說(shuō)明樣品與這幾種羊肚菌有一定的遺傳距離,但樣品彼此之間的遺傳關(guān)系很近。10株樣品內(nèi)又分為3個(gè)小類群,說(shuō)明即使同為粗腿羊肚菌也可能因?yàn)楹0巍⒅脖坏拳h(huán)境因素的不同導(dǎo)致遺傳變異,ITS序列表現(xiàn)出差異。

3 結(jié)論

以ITS區(qū)作為信號(hào)分子對(duì)秦嶺冷水溝采集的羊肚菌進(jìn)行鑒定,發(fā)現(xiàn)10株樣品都為粗腿羊肚菌 (Morchella crassipes)。rDNA的ITS區(qū)同時(shí)具有多變區(qū)和保守區(qū),18S、5.8S和28S的序列在進(jìn)化中趨于保守,種間變化小,而內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)ITS1和ITS2作為非編碼區(qū),最終不加入成熟核糖體,所以受到的選擇壓力較小,進(jìn)化速度快,種間差異大,且變異速度存在著較大的差異,適合種及種以下水平的分類研究[5]。從分子系統(tǒng)樹(shù)看來(lái),本研究中的10株粗腿羊肚菌與同屬其他種羊肚菌ITS區(qū)序列具有較大差異,但同時(shí)這10株粗腿羊肚菌也分為3個(gè)小類群,推測(cè)可能是因?yàn)楹0?、植被等環(huán)境因素的不同,粗腿羊肚菌與環(huán)境相互作用中協(xié)同進(jìn)化[6]而導(dǎo)致種內(nèi)ITS區(qū)序列的差異,這種種內(nèi)差異還有待將來(lái)收集更多的樣品進(jìn)一步深入研究。

[1]謝占玲,謝占青.羊肚菌研究綜述[J].青海大學(xué)學(xué)報(bào):自然科學(xué)版, 2007, 25(2): 36-40.

[2]李華,包海鷹,李玉.羊肚菌研究進(jìn)展[J].菌物研究,2004,2(4):53-60.

[3]李燁,溫魯.羊肚菌的研究與開(kāi)發(fā)[J].中國(guó)食用菌,2004,23(1):6-8.

[4]White TJ,Bruns T,Lee S,et al.Amplification and direct sequencing of fungal ribosomal RNA genes for phylogenetics in PCR protocols:a guide to methods and applications[M].San Diego:CA.Academic Press,1990:315-322.

[5]陳鳳毛.真菌ITS區(qū)序列結(jié)構(gòu)及其應(yīng)用[J].林業(yè)科技開(kāi)發(fā),2007,21(2):5-7.

[6]Bergius N,Danell E.The Swedish matsutake (Tricholoma nauseosum syn.T.matsutake):distribution,abundance,andecology,scandinavian[J].Journal of Forest Research,2000(15):318-325.

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