陳婷珍,劉佩本,李艷秀,左祥榮
肺高血壓(pulmonary hypertension,PH)目前被定義為靜息時肺動脈平均壓(mean pulmonary artery pressure,mPAP)>20 mm Hg(1 mm Hg=0.133 kPa)[1]。肺動脈高壓(pulmonary arterial hypertension,PAH)是PH分類中的第一大類,其以肺動脈平滑肌細(xì)胞(pulmonary artery smooth muscle cells,PASMCs)異常增殖和內(nèi)皮細(xì)胞分泌功能紊亂導(dǎo)致的管壁增厚、肺血管重構(gòu)為病理特征,而不可逆的肺血管重構(gòu)和肺動脈壓持續(xù)升高會進(jìn)一步導(dǎo)致右心衰竭,從而導(dǎo)致患者死亡[2-3]。PAH的發(fā)病機(jī)制復(fù)雜,目前關(guān)于PAH的治療主要為擴(kuò)張肺血管,但研究報道,經(jīng)積極治療的PAH患者的5年生存率為70%左右,且治療費(fèi)用昂貴、臨床預(yù)后差[4]。大量臨床前研究重點(diǎn)關(guān)注抗炎、抑制PASMCs增殖、促PASMCs凋亡及免疫調(diào)節(jié)等機(jī)制以尋求PAH的精準(zhǔn)治療方案,但在臨床上仍未取得突破性進(jìn)展[5]。因此,進(jìn)一步闡明PAH的細(xì)胞分子機(jī)制,進(jìn)而尋找潛在的特異性治療靶點(diǎn)是當(dāng)前學(xué)術(shù)界關(guān)注的熱點(diǎn)。
RNA甲基化修飾作為表觀遺傳學(xué)修飾領(lǐng)域調(diào)控轉(zhuǎn)錄后基因表達(dá)的關(guān)鍵過程,可廣泛參與真核細(xì)胞生物的生命活動,并作為各種生物生長發(fā)育過程的關(guān)鍵調(diào)節(jié)因子,在不改變基因序列的情況下其可通過調(diào)控甲基的可逆修飾而影響細(xì)胞內(nèi)的基因表達(dá)[6]。大量研究表明,RNA甲基化修飾在腫瘤、心血管疾病、代謝性疾病等疾病的發(fā)生發(fā)展中起著關(guān)鍵的調(diào)節(jié)作用,其已成為未來治療這些疾病的潛在靶點(diǎn)[7-12]。近年來有關(guān)RNA甲基化修飾在PAH發(fā)病中的作用也逐漸引起國內(nèi)外學(xué)者的重視[13-14]。本文旨在探討RNA甲基化修飾在PAH發(fā)生發(fā)展中的作用機(jī)制,以期為RNA表觀遺傳學(xué)在PAH中的機(jī)制研究、精準(zhǔn)治療以及預(yù)后判斷提供新思路。
1.1 RNA甲基化修飾的種類和作用 RNA修飾是一種轉(zhuǎn)錄水平的調(diào)控方式,其廣泛分布在包括信使RNA(messenger RNA,mRNA)、轉(zhuǎn)運(yùn)RNA(transfer RNA,tRNA)、核糖體RNA(ribosomal RNA,rRNA)、長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA,lncRNA)和微小RNA(microRNA,miRNA)在內(nèi)的150多種RNA上。1974年,N6-甲基腺嘌呤(N6-methyladenosine,m6A)修飾首次在細(xì)胞mRNA上被發(fā)現(xiàn),其是mRNA中豐度最高的甲基化修飾形式,被認(rèn)為是目前最普遍、最豐富的一種RNA修飾方式,在多種生物的生長發(fā)育及代謝過程中發(fā)揮著重要的生物學(xué)作用[15-16]。m6A失調(diào)可能會導(dǎo)致炎癥、心血管疾病、腫瘤、免疫系統(tǒng)疾病的發(fā)生[17-18]。除此之外,非編碼RNA(non-coding RNA,ncRNA)的m6A在細(xì)胞的生理功能中也起著關(guān)鍵作用,約67%的mRNA的m6A峰3'-UTR有ncRNA的結(jié)合位點(diǎn)[19]。除m6A外,RNA甲基化修飾還包括N1-甲基腺嘌呤(N1-methyladenosine,m1A)、5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m5C)和7-甲基鳥苷(7-methylguanosine,m7G)修飾。作為新型RNA甲基化修飾,m5C修飾和m7G修飾的作用也在mRNA及ncRNA中被證實(shí),二者均可調(diào)節(jié)RNA轉(zhuǎn)錄、翻譯、出核及穩(wěn)定性等[20-22],且在細(xì)胞增殖分化、細(xì)胞凋亡、應(yīng)激等生物學(xué)功能中起著關(guān)鍵作用[23]。
1.2 m6A修飾主要蛋白及其功能 m6A修飾主要蛋白有三類:甲基轉(zhuǎn)移酶(Writers)可以催化m6A的發(fā)生;去甲基化酶(Erasers)可以催化去甲基化過程;甲基識別蛋白(Readers)通過直接或間接與甲基化位點(diǎn)結(jié)合而促進(jìn)翻譯表達(dá)。
1.2.1 Writers Writers 主要包括甲基轉(zhuǎn)移酶樣3(methyltransferase-like 3,METTL3)、甲基轉(zhuǎn)移酶樣14(methyltransferase-like 14,METTL14)、Wilm腫瘤1相關(guān)蛋白(Wilms tumor 1-associated protein,WTAP)。METTL3作為第一個被發(fā)現(xiàn)的Writers,以S-腺苷甲硫氨酸(S-adenosyl methionine,SAM)作為甲基供體的催化亞基,但其與METTL14一起成體系才有活性[24]。METTL14主要起支撐、穩(wěn)定復(fù)合物的作用,并能夠識別特定的5'-RRACH-3'序列,將其作為催化底物[25]。一項(xiàng)來自斑馬魚的研究表明,WTAP為Writers中唯一沒有催化活性的亞基,其能夠?qū)TAPMETTL3-METTL14復(fù)合物募集并錨定到富含mRNA前體加工因子的核斑點(diǎn),該核斑點(diǎn)是m6A動態(tài)調(diào)節(jié)的發(fā)生部位,WTAP在RNA選擇性剪接和基因表達(dá)中至關(guān)重要[26]。
1.2.2 Erasers Erasers包括脂肪量和肥胖相關(guān)蛋白(fat mass and obesity-associated protein,F(xiàn)TO)和AlkB同源蛋白5(AlkB homolog 5,ALKBH5)。FTO與核斑點(diǎn)標(biāo)志分子SC35和轉(zhuǎn)錄酶RNA PolⅡ有共定位,并可募集到核斑點(diǎn)擦除mRNA上的m6A修飾位點(diǎn)。ALKBH5屬于α-酮戊二酸鹽依賴型雙加氧酶,其表達(dá)下調(diào)后細(xì)胞質(zhì)中的mRNA表達(dá)降低,m6A明顯升高,其有催化Erasers活性并調(diào)控mRNA輸出和RNA代謝的作用[25]。
1.2.3 Readers Readers主要有YTH結(jié)構(gòu)域蛋白家族(YTH domain family protein,YTHDF)1、YTHDF2、YTHDF3、YT512-同源結(jié)構(gòu)域蛋白(YT512-B homology domaincontaining protein,YTHDC)1、YTHDC2、異質(zhì)核糖核蛋白(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein,HNRNP)家族、胰島素樣生長因子2 mRNA結(jié)合蛋白(insulin-like growth factor 2 binding protein,IGF2BP)1、IGF2BP2、IGF2BP3等[26-27]。其中YTHDF1具有募集翻譯的起始復(fù)合物以促進(jìn)翻譯的作用,且YTHDF1和YTHDF2、YTHDF3均具有運(yùn)輸mRNA、促進(jìn)RNA降解的作用[28]。此外,YTHDF2還可以促進(jìn)mRNA的剪切。YTHDC1主要與mRNA的可變剪切和核轉(zhuǎn)運(yùn)作用有關(guān)[29-30]。此外,YTHDC1還可以迅速結(jié)合ncRNA如X染色體失活特異轉(zhuǎn)錄子(X-inactive specific transcript,XIST)、富核轉(zhuǎn)錄因子1(nuclear enriched abundant transcript 1,NEAT1)和肺腺癌轉(zhuǎn)移相關(guān)轉(zhuǎn)錄子1(metastasis-associated lung adenocarcinoma transcript 1,MALAT1)上的m6A位點(diǎn),進(jìn)而介導(dǎo)ncRNA的m6A修飾[31]。YTHDC2可結(jié)合的m6A位點(diǎn)較少,通常以選擇性結(jié)合的方式與甲基化位點(diǎn)結(jié)合并促進(jìn)mRNA翻譯。有研究表明,YTHDC2可以通過招募5'-3'的外切核糖核酸酶Xrn1而促進(jìn)RNA降解[32]。HNRNP家族主要起識別功能,HNRNPA2/B1被報道可識別初級miRNA的m6A, 修飾從而促進(jìn)其加工[33]。除此之外,IGF2BP1、IGF2BP2、IGF2BP3也可識別m6A修飾并通過m6A修飾依賴而促進(jìn)mRNA的穩(wěn)定和翻譯作用[34]。
綜上,m6A修飾主要通過Writers、Erasers、Readers動態(tài)調(diào)控mRNA的轉(zhuǎn)錄、翻譯、剪接、折疊、降解和輸出,進(jìn)而在基因表達(dá)和各種生命活動中發(fā)揮關(guān)鍵作用[35]。
2.1 Writers主要蛋白METTL3和Readers主要蛋白YTHDF在PAH中的作用機(jī)制 m6A修飾在PAH發(fā)生發(fā)展中的作用已引起許多學(xué)者的關(guān)注,其中Writers主要蛋白METTL3在PAH中的作用研究得最為深入。為了探討低氧導(dǎo)致的PAH中m6A修飾的變化,XU等[36]檢測了新生SD大鼠PAH模型中總m6A修飾以及Writers主要蛋白的變化,結(jié)果發(fā)現(xiàn),總m6A修飾沒有明顯變化,但除了WTAP表達(dá)無差異外,其他Writers主要蛋白表達(dá)均下調(diào);然后通過RNA甲基化免疫共沉淀高通量測序(methylated RNA immunoprecipitation sequencing,MeRIPseq)和基因本體(gene ontology,GO)技術(shù)分析得出,PAH的發(fā)展可能與低氧導(dǎo)致的METTL3持續(xù)低表達(dá)影響了PAH血管相關(guān)基因的m6A修飾有關(guān)。該研究揭示了m6A修飾可能是調(diào)節(jié)低氧導(dǎo)致的PAH和肺發(fā)育關(guān)鍵基因表觀遺傳修飾的一種生物標(biāo)志物,且m6A修飾可能是PAH潛在的治療靶點(diǎn)。然而,m6A修飾與PAH之間的具體調(diào)控機(jī)制以及如何通過調(diào)控m6A修飾來治療PAH仍需要進(jìn)一步探索。QIN等[37]通過體內(nèi)外實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn),低氧誘導(dǎo)的PASMCs異常增殖和成年大鼠PAH模型中m6A修飾和METTL3表達(dá)升高,被閱讀蛋白YTHDF2識別后促進(jìn)其關(guān)鍵靶基因PTEN的降解,從而促進(jìn)PASMCs增殖和遷移,提示METTL3可能通過影響PASMCs的功能而調(diào)控PAH。該研究不僅證實(shí)了m6A修飾通過調(diào)控PASMCs增殖和遷移來導(dǎo)致PAH,而且進(jìn)一步表明了Writers主要蛋白METTL3作為PAH中m6A修飾潛在治療靶點(diǎn)的可能性及其機(jī)制。
同時,METTL3失調(diào)介導(dǎo)的PASMCs異常增殖和血管重構(gòu)過程中Readers主要蛋白YTHDF的作用也引起了關(guān)注。HU等[38]在多種PAH模型中發(fā)現(xiàn)總m6A修飾、YTHDF1表達(dá)水平升高,并首次驗(yàn)證了YTHDF1通過促進(jìn)黑色素瘤抗原家族D1(melanoma antigen family D1,MAGED1)的翻譯而促進(jìn)PASMCs增殖和肺血管重構(gòu),從而導(dǎo)致PAH的發(fā)生發(fā)展,且METTL3也參與了這一過程。以上研究表明,METTL3和YTHDF的相互作用可能在PAH的m6A修飾中起著重要作用,但這種作用還需要進(jìn)一步研究驗(yàn)證。
綜上所述,METTL3在被YTHDF識別后介導(dǎo)PASMCs異常增殖和肺血管重構(gòu)的具體機(jī)制可能為通過靶向調(diào)控m6A修飾來治療PAH提供了最有前途和吸引力的方法。
2.2 Writers和Readers的其他蛋白在PAH中的作用機(jī)制METTL14作為另一個比較重要的Writers的主要蛋白,在PAH發(fā)生中至關(guān)重要。ZHOU等[39]研究發(fā)現(xiàn),在小鼠PAH模型和PASMCs中m6A修飾、METTL14和YTHDF2表達(dá)增加,而特異性敲除PASMCs中的Setd2可降低METTL14表達(dá)水平,逆轉(zhuǎn)低氧導(dǎo)致的右心室收縮壓、平均動脈壓及mPAP升高,提示Setd2和METTL14是防治PAH及保護(hù)右心功能的靶點(diǎn),但具體機(jī)制還有待進(jìn)一步探究。LIU等[40]研究也發(fā)現(xiàn),PAH患者和小鼠PAH模型肺組織中總m6A修飾和METTL14表達(dá)水平升高,并通過m6A-RIP首次發(fā)現(xiàn)YTHDF2可通過調(diào)節(jié)METTL14與GRAP的結(jié)合、抑制RAS/ERK信號通路而抑制PASMCs的過度增殖和遷移,進(jìn)而減輕PAH。該研究第一次突出了甲基化修飾GRAP的功能,為以METTL14/YTHDF2/GRAP軸為靶點(diǎn)治療PAH提供了依據(jù)。更重要的是,這兩項(xiàng)研究不僅更新了研究者對除METTL3外的甲基化轉(zhuǎn)移酶調(diào)控PASMCs增殖在PAH中的作用的認(rèn)識,也為尋找新的治療PAH的表觀遺傳學(xué)靶點(diǎn)提供了充分的證據(jù)。
除此之外,CHEN等[41]研究發(fā)現(xiàn),肺動脈中METTL14表達(dá)水平升高可導(dǎo)致血管鈣化,這為探索METTL14治療PAH機(jī)制研究提供了新的思路和研究方向。雖然目前關(guān)于WTAP在PAH發(fā)生發(fā)展中作用的研究相對較少,但其作用不容忽視。XIN等[42]首次提出,WTAP介導(dǎo)的谷胱甘肽過氧化物酶4的m6A修飾會觸發(fā)PASMCs中的鐵死亡和肺纖維化,但其介導(dǎo)的m6A修飾在PAH形成中的具體作用尚不清楚。
2.3 Erasers在PAH中的作用機(jī)制 既往研究顯示,大鼠PAH模型中FTO和ALKBH5表達(dá)水平降低[36-37,41]。ZENG等[43]通過GO功能富集分析發(fā)現(xiàn),F(xiàn)TO和ALKBH5可能通過調(diào)節(jié)炎癥、糖酵解相關(guān)基因和血小板衍生生長因子(platelet-derived growth factor,PDGF)信號通路相關(guān)基因等的表達(dá)而參與PAH的發(fā)生。目前關(guān)于FTO和ALKBH5介導(dǎo)m6A修飾而參與PAH的研究尚淺,但其潛在的研究價值和臨床意義卻見微知著。MATHIYALAGAN等[44]研究發(fā)現(xiàn),F(xiàn)TO過表達(dá)能抑制心肌纖維化并促進(jìn)血管生成,但FTO表達(dá)升高能否促進(jìn)PAH血管新生還需要進(jìn)一步驗(yàn)證。這也意味著FTO和ALKBH5調(diào)控PAH的機(jī)制研究空間非常大,深入研究FTO和ALKBH5表達(dá)降低是否參與調(diào)控PASMCs增殖和遷移是PAH治療的新靶點(diǎn)。
2.4 ncRNA m6A修飾在PAH中的作用機(jī)制 除mRNA外,ncRNA也含有豐富的m6A修飾。lncRNA和miRNA在肺血管重塑中至關(guān)重要[45-46]。目前關(guān)于ncRNA m6A修飾的研究大多聚焦于腫瘤的發(fā)生,對PAH的關(guān)注較少。2020年,SU等[47]首次揭示環(huán)狀RNA(circular RNA,circRNA)即circXpo6和circTmtc3的m6A修飾降低會通過circRNA-miRNA-mRNA表達(dá)網(wǎng)絡(luò)而促進(jìn)PASMCs增殖,這為ncRNA m6A修飾在PAH中的機(jī)制研究提供了新的思路和方向。一項(xiàng)研究提示,HNRNPA2/B1可能通過與lncRNA/miRNA/mRNA相互作用、促進(jìn)PASMCs表型轉(zhuǎn)換而在PAH中發(fā)揮作用[13],但該結(jié)論仍需要進(jìn)一步研究驗(yàn)證。
與m6A修飾類似,m5C修飾也主要依賴Writers、Erasers及Readers的調(diào)節(jié)而發(fā)揮生物學(xué)功能,如調(diào)節(jié)mRNA的轉(zhuǎn)運(yùn)、RNA的穩(wěn)定性、翻譯、線粒體活性等[48]。m5C修飾的Writers主要有NOL1/NOP2/sun(NSUN)甲基轉(zhuǎn)移酶和DNA甲基轉(zhuǎn)移酶類似物DNMT2;m5C修飾的Readers主要有Aly/REF輸出因子(Aly/REF export factor,ALYREF)和Y-框結(jié)合蛋白1(Y-box bindingprotein 1,YBX1);m5C修飾的Erasers指10-11易位蛋白(ten-eleven translocation,TET)1、TET2、TET3[49]。
HIRAIDE等[50]報道,145例日本PAH患者中TET2突變的頻率較高。此外,POTUS等[51]研究發(fā)現(xiàn),0.39%的PAH患者有12個TET2突變,且TET2基因敲除小鼠會發(fā)生不良肺血管重構(gòu)和炎癥,并發(fā)展為PAH。不同種族PAH患者白細(xì)胞甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶的表達(dá)存在差異,并且與PAH嚴(yán)重程度相關(guān):西班牙裔/非洲裔美國PAH患者DNA甲基轉(zhuǎn)移酶1和TET2、TET3的表達(dá)水平高于高加索PAH患者,肺毛細(xì)血管楔壓也更高[52]。
作為新型RNA甲基化修飾,m7G修飾在PAH中的研究較少,但已經(jīng)得到學(xué)者的關(guān)注。研究顯示,m7G修飾基因表達(dá)與PAH的發(fā)生有關(guān)[53]。m7G修飾在真核生物mRNA中是帶正電荷的5'帽修飾,同時也普遍存在于rRNA、tRNA和lncRNA中,WANG等[54]研究發(fā)現(xiàn),大鼠PAH模型中l(wèi)ncRNA m7G修飾降低,并首次進(jìn)行全轉(zhuǎn)錄組分析,結(jié)果顯示,上調(diào)的m7G lncXR_591973和m7G lncXR_592398可能參與PAH的血管平滑肌收縮過程。這為lncRNA m7G修飾在PAH中作用的潛在分子機(jī)制的研究提供了新方向。此外,WANG等[55]在PAH患者與正常人肺組織中篩選出15種m7G修飾差異基因,通過聚類分析發(fā)現(xiàn),鑒定出的3個PAH新型診斷基因——CYFIP1、EIF4E、IFIT5在多種免疫細(xì)胞(如活化的CD4+T淋巴細(xì)胞、調(diào)節(jié)性T淋巴細(xì)胞、輔助型T淋巴細(xì)胞2或CD56自然殺傷細(xì)胞、骨髓來源的抑制性細(xì)胞和單核細(xì)胞)中的表達(dá)水平存在差異。提示PAH和腫瘤同樣需要免疫細(xì)胞創(chuàng)造的炎癥微環(huán)境,這或許與血管重塑過程有關(guān),這為進(jìn)一步研究m7G修飾作為PAH治療靶點(diǎn)提供了新的方向。
PAH被認(rèn)為是一種特殊的“心血管癌癥”,患者5年生存率低,其發(fā)病機(jī)制復(fù)雜,目前藥物治療效果有限、不良反應(yīng)多且治療費(fèi)用高昂。隨著醫(yī)療及科研技術(shù)的發(fā)展,RNA甲基化修飾不僅開辟了表觀遺傳修飾調(diào)控PAH研究的新領(lǐng)域,且多項(xiàng)研究提示RNA甲基化修飾可通過多種作用機(jī)制促進(jìn)PAH的發(fā)生發(fā)展,其中Writers、Erasers及Readers在PAH動物模型中加重或緩解肺血管重塑和右心室肥厚的作用機(jī)制正逐漸被揭示,尤其是m6A修飾中的METTL3。RNA甲基化修飾及其蛋白在PAH中的主要作用見表1。未來靶向調(diào)控m6A修飾有望成為治療PAH的新靶點(diǎn)。
未來有很多潛在價值較大的蛋白和機(jī)制值得深入探究。首先,Erasers中的FTO和ALKBH5盡管在腫瘤、代謝性疾病中的研究較為深入,但目前其在PAH中的研究還有待進(jìn)一步拓展;其次,對于PAH中m5C修飾的研究目前僅停留在臨床研究方面;最后,m7G修飾在PAH中的作用機(jī)制成為新的研究熱點(diǎn),但目前還需要深入探討其具體的作用機(jī)制,才能更全面地揭示RNA甲基化修飾在PAH發(fā)生發(fā)展中的作用及尋找潛在的治療靶點(diǎn)。
作者貢獻(xiàn):陳婷珍、劉佩本進(jìn)行文章的構(gòu)思與設(shè)計,論文撰寫;陳婷珍、劉佩本、李艷秀進(jìn)行資料收集;陳婷珍進(jìn)行資料整理;李艷秀進(jìn)行論文的修訂;左祥榮負(fù)責(zé)文章的質(zhì)量控制及審校,對文章整體負(fù)責(zé)、監(jiān)督管理。
本文無利益沖突。