沙才華,廖秀云,陳 軒,周傲白雪,蔣曉霞,徐博文,黃海超,趙福振,邵建宏
(拱北海關(guān)技術(shù)中心,國(guó)家外來(lái)病檢測(cè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,國(guó)家口蹄疫豬瘟檢測(cè)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室,珠海,519001)
高鼻羚羊(Saiga tatarica)是與劍齒虎(Saber toothed tiger)同期的有蹄類(lèi)食草動(dòng)物[1],被視為具有重要生物學(xué)研究?jī)r(jià)值的活化石。高鼻羚羊的角俗稱(chēng)羚羊角,在中國(guó)傳統(tǒng)醫(yī)學(xué)中被視為珍稀藥材。歷史上,高鼻羚羊廣泛分布于歐亞大草原,東北至蒙古,東南至中國(guó)新疆,橫跨西北部的喀爾巴阡山脈和西南部的高加索山脈,在更為久遠(yuǎn)的更新世,高鼻羚羊也曾出沒(méi)于白令區(qū)域和歐洲的不列顛群島[2]。目前,高鼻羚羊在中國(guó)境內(nèi)已滅絕,整合分類(lèi)學(xué)資訊系統(tǒng)(ITIS)公布的資料顯示[3],高鼻羚羊分布于南亞、北亞和歐洲,又被稱(chēng)為草原高鼻羚羊(steppe saiga),“steppe”一詞特指西伯利亞一帶沒(méi)有樹(shù)木的大草原。另有資料顯示,高鼻羚羊現(xiàn)分布于俄羅斯、哈薩克斯坦、土庫(kù)曼斯坦和烏茲別克斯坦[4]。由于分布范圍小、數(shù)量少和人工馴養(yǎng)難度大,高鼻羚羊被世界自然保護(hù)聯(lián)盟(IUCN)列為瀕危物種紅色名錄極危(CR)物種[5],被保護(hù)野生動(dòng)物遷徙物種公約(CMS)和瀕危野生動(dòng)植物種國(guó)際貿(mào)易公約(CITES)列入附錄Ⅱ,是國(guó)家一級(jí)重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物。
調(diào)查顯示,高鼻羚羊的分布地區(qū)普遍存在盜獵行為,20世紀(jì)80年代從前蘇聯(lián)出口至中國(guó)、日本等地的高鼻羚羊角實(shí)際值為官方統(tǒng)計(jì)值的5~7倍,1994年從俄羅斯、哈薩克斯坦等地非法走私至東亞的高鼻羚羊角達(dá)44 t[6]。2005—2010年,分布有高鼻羚羊的土庫(kù)曼斯坦、烏茲別克斯坦、哈薩克斯坦、俄羅斯聯(lián)邦和蒙古5個(gè)國(guó)家相繼簽署CMS[7],全面取消高鼻羚羊及其制品的國(guó)際貿(mào)易。然而,非法走私高鼻羚羊角的行為仍屢禁不止,單次最高走私量超過(guò)1 000 根[8-9]。此外,由于供需關(guān)系長(zhǎng)期嚴(yán)重不均衡,高鼻羚羊角的黑市價(jià)格已高達(dá)人民幣8 萬(wàn)元/根[10-11]。因此,研究高鼻羚羊角的鑒定方法對(duì)保護(hù)瀕危野生動(dòng)物,打擊違法犯罪和統(tǒng)一執(zhí)法口徑具有重要意義。
目前針對(duì)高鼻羚羊角鑒定方法的研究主要包括形態(tài)觀(guān)察、切片觀(guān)察等直接判斷法,光譜、色譜等理化分析法,以及各類(lèi)分子生物學(xué)法,由于技術(shù)原理和技術(shù)手段的區(qū)別,上述鑒定方法均有自身的適用性和局限性,基于同類(lèi)技術(shù)建立的不同鑒定方法在鑒定結(jié)果上也可能存在偏差。分子生物學(xué)技術(shù)對(duì)微量、痕量樣品的鑒定具有顯著優(yōu)勢(shì)。自常規(guī)PCR 技術(shù)面世以來(lái),基于分子生物學(xué)理念開(kāi)發(fā)的各類(lèi)檢測(cè)、鑒定方法一直在物種鑒定領(lǐng)域中占據(jù)主導(dǎo)地位,因此,本研究基于桑格測(cè)序法建立一套鑒定高鼻羚羊及其制品的分子生物學(xué)檢測(cè)方法并驗(yàn)證其可行性,以作為現(xiàn)有技術(shù)的進(jìn)一步補(bǔ)充。
拱北海關(guān)技術(shù)中心動(dòng)物檢疫實(shí)驗(yàn)室存留的高鼻羚羊完整角2份,編號(hào)1和2;市場(chǎng)采購(gòu)的商品化高鼻羚羊角粉3 份,廠(chǎng)商分別為北京同仁堂(亳州)飲片有限責(zé)任公司、成都岷江源藥業(yè)有限公司和內(nèi)蒙古普康藥業(yè)有限公司,對(duì)應(yīng)編號(hào)3、4和5。
拱北海關(guān)技術(shù)中心動(dòng)物檢疫實(shí)驗(yàn)室存留的動(dòng)物組織和動(dòng)物制品,包括野牦牛(Bos mutus)肉、水牛(Bubalus bubalis)完整角、家牛(Bos taurus)完整角、梅花鹿(Cervus nippon)完整角、馴鹿(Rangifer tarandus)角切片、馬鹿(Cervus elaphus)角切片、山羊(Capra hircus)完整角、綿羊(Ovis aries)完整角和白犀牛(Ceratotherium simum)角磨粉,各1 份,編號(hào)6~14。樣品1、2和6~14均于較早前使用本實(shí)驗(yàn)室自行設(shè)計(jì)的分子生物學(xué)鑒定方法(經(jīng)CNAS 認(rèn)證)確認(rèn)為所述物種。
用蘸有95%乙醇的棉球均勻擦拭角制樣品和肉制樣品的表面數(shù)次,以清除附著在樣品表面可能影響檢測(cè)結(jié)果的異物,干燥后使用碎瓷片或手電鉆(無(wú)菌鉆頭)刮/鉆取適量角實(shí)質(zhì)或使用無(wú)菌剪刀剪取適量肉組織制備待檢樣品。粉末狀制品直接拆封稱(chēng)取適量粉末制備待檢樣品。上述待檢樣品均嚴(yán)格按照OMEGA 核酸提取試劑盒(OMEGA E.Z.N.A.?Tissue DNA Kit D3396-02)說(shuō)明書(shū)提取DNA,并于-20 ℃保存?zhèn)溆谩?/p>
由上海輝睿生物科技有限公司合成PCR 引物,大小約300 bp,引物序列:F-primer-300,5'-ACTTCTAGCATCTTCCATAGTTGAG-3';R-primer-300,5'-GGGAAGTGAAAGGAGTAGGAGG-3'[11]。
以供試樣品提取的DNA 為模板進(jìn)行常規(guī)PCR擴(kuò)增,反應(yīng)體系:2×TaqPCR Mastermix 12.5 μL,上、下游引物各1.0 μL(10 μmol/L),DNA 模板2.0 μL,補(bǔ)水至總反應(yīng)體積25.0 μL。反應(yīng)程序:95 ℃預(yù)變性5 min;95 ℃變性30 s,64 ℃退火30 s,72 ℃延伸30 s,共33個(gè)循環(huán);72 ℃完全延伸5 min。
擴(kuò)增產(chǎn)物經(jīng)1.5%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè),并采用桑格測(cè)序法雙向測(cè)序(測(cè)序工作由本實(shí)驗(yàn)室完成)。
通過(guò)美國(guó)國(guó)家生物技術(shù)信息中心(NCBI)的序列比對(duì)工具BLAST 進(jìn)行物種相似性比對(duì)分析,驗(yàn)證物種來(lái)源。
樣品1~4 在約300 bp 處均呈現(xiàn)顯著擴(kuò)增條帶,樣品5在300 bp處呈現(xiàn)極微弱擴(kuò)增條帶,樣品6~14、陰性對(duì)照和空白對(duì)照均未見(jiàn)擴(kuò)增條帶(圖1)。
圖1 PCR擴(kuò)增產(chǎn)物電泳結(jié)果Fig.1 Electrophoresis results of PCR amplified products
2份高鼻羚羊角樣品(樣品1、2)和3份商品化羚羊角粉樣品(樣品3、4 和5)的測(cè)序結(jié)果(表1)經(jīng)BLAST 檢索均顯示為Saiga tatarica,且所有測(cè)序結(jié)果與Saiga tatarica參考序列(登錄號(hào):NC_020746.1)的相似性均大于99.42%(表2)。
表1 樣品1~5的測(cè)序結(jié)果Tab.1 Sequencing results of sample 1 to sample 5
表2 樣品1~5序列的BLAST結(jié)果Tab.2 Results of BLAST for the sequences of sample 1 to sample 5
在探索高鼻羚羊桑格測(cè)序鑒定方法的過(guò)程中,本研究曾根據(jù)NCBI 基因數(shù)據(jù)庫(kù)公布的高鼻羚羊細(xì)胞色素c 氧化酶亞型Ⅰ(cytochrome c oxidase subunit Ⅰ,COI)基因序列,在高度保守區(qū)域設(shè)計(jì)兩套特異性PCR 引物(表3),多次重復(fù)試驗(yàn)結(jié)果表明兩套引物均能準(zhǔn)確分辨供試樣品是否含有高鼻羚羊成分,但PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物的凝膠電泳圖呈現(xiàn)部分假陽(yáng)性(圖2),而使用上述對(duì)照樣品的引物配合PCR 反應(yīng)參數(shù)得到的擴(kuò)增結(jié)果未出現(xiàn)假陽(yáng)性。綜合既往研究,發(fā)現(xiàn)較長(zhǎng)的擴(kuò)增產(chǎn)物片段有利于提高序列分析的準(zhǔn)確性,但可能不利于凝膠電泳圖的特異性呈現(xiàn)。
表3 高鼻羚羊細(xì)胞色素c氧化酶亞型Ⅰ基因擴(kuò)增引物Tab.3 Cytochrome c oxidase subunit I gene amplification primers for Saiga antelope
圖2 部分樣品的Primer-654檢測(cè)結(jié)果Fig.2 Gel electropherograms of PCR amplification products of some of the samples using Primer-654
具有特征曲線(xiàn)的角是高鼻羚羊最具經(jīng)濟(jì)價(jià)值的組織,但多數(shù)動(dòng)物的角組織由角質(zhì)蛋白和膠原蛋白等成分組成,其線(xiàn)粒體DNA 含量遠(yuǎn)少于肉、皮和骨等其他組織,為確保鑒定結(jié)果的準(zhǔn)確性,本研究先后嘗試了全自動(dòng)核酸提取儀和人工過(guò)柱提取2 種不同的方法,發(fā)現(xiàn)后者得到的DNA 質(zhì)量略?xún)?yōu)于前者,DNA 質(zhì)量濃度均大于20 ng/μL,該濃度能夠滿(mǎn)足PCR 擴(kuò)增的基本要求,但DNA 的平均質(zhì)量濃度僅為其他常見(jiàn)組織的6%~10%。如圖1、表2 所示,本研究所有對(duì)照樣品均未見(jiàn)擴(kuò)增條帶,而所有陽(yáng)性樣品與高鼻羚羊參考序列的相似性均大于99.42%,其中,樣品5 的凝膠電泳條帶極其微弱,但其擴(kuò)增產(chǎn)物測(cè)得的序列仍能明確區(qū)分于林羚(Tragelaphus spekii)等其他近似物種。經(jīng)過(guò)對(duì)蔣超等[11]公開(kāi)的特異性引物進(jìn)行反應(yīng)條件優(yōu)化并增加桑格測(cè)序,本研究建立的檢測(cè)方法具有靈敏度高、特異性強(qiáng)的特點(diǎn),能夠準(zhǔn)確擴(kuò)增微量目標(biāo)基因。
此外,高鼻羚羊?qū)伲⊿aiga)物種的分類(lèi)在國(guó)際上仍未達(dá)成共識(shí),查詢(xún)ITIS、NCBI、IUCN、CMS、CITES 以及國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物名錄公布的最新物種信息,可歸納出兩個(gè)主要分歧和一個(gè)高度統(tǒng)一。分歧一是將蒙古高鼻羚羊單列為一個(gè)物種(ITIS、CMS 和CITES),亦或歸入高鼻羚羊的亞種(NCBI、IUCN);分歧二是若蒙古高鼻羚羊單列為一個(gè)物種,是否應(yīng)將其進(jìn)一步細(xì)分為Saiga borealis borealis和S.b.mongolica2 個(gè)亞種。統(tǒng)一之處為除國(guó)家重點(diǎn)保護(hù)野生動(dòng)物名錄外,其他機(jī)構(gòu)/名錄都從種或亞種的層面將高鼻羚羊與蒙古高鼻羚羊進(jìn)行區(qū)分(表4)。然而,本研究測(cè)得的所有目標(biāo)序列在NCBI 基因數(shù)據(jù)庫(kù)的比對(duì)結(jié)果僅匹配至種,未顯示具體亞種。為嘗試區(qū)分,本研究通過(guò)NCBI 進(jìn)一步查詢(xún)S.tatarica、S.t.tatarica和S.t.mongolica的相關(guān)信息,發(fā)現(xiàn)NCBI 收錄上述3 個(gè)物種/亞種的線(xiàn)粒體基因序列數(shù)分別為291、76、26 條,前者有長(zhǎng)度大于16 000 bp的線(xiàn)粒體全基因序列,而后兩者序列的最長(zhǎng)長(zhǎng)度均小于1 220 bp,且后兩者均未登錄線(xiàn)粒體的COI基因序列,也未查詢(xún)到S.borealis的相關(guān)序列。因而,根據(jù)現(xiàn)有、可及的種和亞種序列,本研究無(wú)法進(jìn)一步判斷上述方法是否能夠準(zhǔn)確區(qū)分S.tatarica tatarica和S.t.mongolica,或S.tatarica和S.borealis。換言之,現(xiàn)階段的材料無(wú)法證明本研究建立的方法能夠在分子層面區(qū)分高鼻羚羊和蒙古高鼻羚羊。再者,本研究納入的平行樣品和對(duì)照樣品數(shù)量和種類(lèi)偏少,也未能基于明確、可信的證據(jù)分別獲得高鼻羚羊和蒙古高鼻羚羊的樣品,上述均有待后續(xù)加以拓展和驗(yàn)證。
表4 高鼻羚羊?qū)傥锓N分類(lèi)Tab.4 Species classification of Saiga