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貓杯狀病毒的分子鑒定及系統(tǒng)進化分析

2023-11-15 15:14:13馮秋菊米高權(quán)
吉林畜牧獸醫(yī) 2023年9期
關(guān)鍵詞:衣殼瓊脂糖室溫

馮秋菊,馬 燕,米高權(quán),馬 俊,白 翠

1.四川省涼山彝族自治州農(nóng)業(yè)農(nóng)村局農(nóng)產(chǎn)品質(zhì)量安全檢測中心,四川西昌 615000;2.四川省涼山彝族自治州農(nóng)業(yè)農(nóng)村局植物檢疫站,四川西昌 615000;3.吉林省動物疫病預(yù)防控制中心,吉林長春 130062

貓杯狀病毒(FCV)為全長7.8 bp 單股正鏈RNA病毒,隸屬于杯狀病毒科,水皰疹病毒屬,主要編碼病毒的非結(jié)構(gòu)蛋白(ORF1),VP1 主要衣殼蛋白(ORF2),VP2 次要衣殼蛋白(ORF3)[1]。ORF1 編碼非結(jié)構(gòu)蛋白,ORF2 編碼衣殼蛋白,ORF3 編碼一個較小區(qū)域的蛋白。貓杯狀病毒是一種能引起貓高度接觸性傳染病的病原,貓杯狀病毒感染是貓病毒性呼吸道傳染病,該病是貓科動物較為常見的傳染病之一。表現(xiàn)為口腔潰瘍、肢體跛行、舌表面發(fā)生潰爛、流產(chǎn)、呼吸道感染、眼瞼粘連、鼻軟骨變形等癥狀。自然條件下,僅貓科動物易感,如貓、虎、獅和獵豹等,常發(fā)于6 ~84 日齡的幼貓。雖然該病的致死率較低,但是感染率卻很高,嚴(yán)重的情況下會導(dǎo)致死亡[2,3]。該病在健康貓中,也可以發(fā)現(xiàn)這種病的病毒,該病毒在健康貓中帶毒率也極高,帶毒貓沒有染病跡象,極難察覺。這表明在當(dāng)前環(huán)境中,該病毒廣泛存在,易感貓群難以保護。該病毒可通過空氣傳播,帶毒貓的分泌物傳播,以及排泄物傳播,接觸傳播等多種方式進行傳播,極具傳染性。貓杯狀病毒具有非常強的變異性,這種較強的變異性在抗原和致病性方面均有所體現(xiàn)。疫苗預(yù)防貓杯狀病毒感染的效果并不理想,尤其是與高致病性貓杯狀病毒的交叉免疫較少,因此導(dǎo)致臨床免疫疫苗頻頻失敗[3]。貓杯狀病毒較強的變異性為該病的治療與防范帶來了極大的困難。因此,開展貓杯狀病毒的流行性調(diào)查具有非常重要的意義。

本研究主要針對分離出的一株貓杯狀病毒進行系統(tǒng)進化分析,分析該毒株的流行特征,為深入了解該病的流行特征奠定基礎(chǔ),同時為治療以及預(yù)防該病等工作做好鋪墊。

1 材料與方法

1.1 材料

1.1.1 樣品

四川省某寵物醫(yī)院分離的一株貓杯狀病毒。

1.1.2 主要試劑

Easypure? Viral RNA Kit,TransScript?One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix,2×EasyTap?PCR SurperMix,pEASY-T5? Zero Cloning Kit,北京全式金生物技術(shù)有限公司;DNA 凝膠回收試劑盒,質(zhì)粒小提試劑盒均為Omega 公司。DL2000,TAKARA 公司。

1.2 方法

1.2.1 病毒RNA 提取及cDNA 的合成

按照Easypure? Viral RNA Kit 的說明書提取病毒總RNA。

參 考TransScript? One-Step gDNA Removal and cDNA Synthesis SuperMix 說明書進行反轉(zhuǎn)錄:Anchored Oligo(dT)18 Primer(0.5 μg/μL)1 μL,2×TS Reaction Mix 10 μL,TransScript RT/RI Enzyme Mix 1 μL,gDNA Remover 1 μL,RNA 3 μL,RNase-free Water 補充體積至20 μL。輕輕混勻,42 ℃孵育30 min。85 ℃加熱5 s 失活Trans-Script RT/RI 與gDNA Remover,獲得的產(chǎn)物測定濃度后放入-20 ℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2.2 RT PCR 鑒定

使用FCV ORF2 引物進行PCR 檢測。引物序列:F:5’-CAACCTGCGCTAACGTGCTTA-3’,R:5’-TTCCCCCAAAAACYCCAGATC-5’。PCR 反應(yīng)體系為:2×Easy Tap PCR SuperMix 25 μL,上下游引物各1 μL,cDNA 模板4 μL,加無菌超純水至50 μL。反應(yīng)條件:預(yù)變性95 ℃ 5min,變性95 ℃ 45 s,退火59 ℃ 45 s,延伸72 ℃ 30 min,40 個循環(huán)后總延伸72 ℃ 10 min,4 ℃ 10 min。目的片段大小為681 bp。反應(yīng)結(jié)束后,取5 μL PCR 產(chǎn)物用瓊脂糖凝膠電泳進行檢測。

1.2.3 PCR 產(chǎn)物的回收

按照Omega 公司的凝膠回收試劑盒進行目的條帶的回收純化。首先通過凝膠成像系統(tǒng)從1%瓊脂糖凝膠上切下目的DNA 片段,放入干凈的1.5 mL 離心管中;向離心管中加入1 倍體積的Binding Buffer(XP2),50 ~60 ℃孵育7 min,每間隔2 ~3 min 就振蕩一次,確保膠塊充分溶解;將吸附柱放入收集管中,向吸附柱中加入不超過700 μL的膠塊溶解液,室溫10 000 rpm,離心1 min,倒掉收集管中的廢液;向吸附柱中加入300 μL Binding Buffer,室溫13 000 rpm,離心1min,倒掉收集管中的廢液;向吸附管中加入700 μL SPW,室溫13 000 rpm,離心1 min,倒掉收集管中的廢液;將空的吸附柱放到收集管中,室溫13 000 rpm,離心2 min;將吸附柱轉(zhuǎn)移至一個新的1.5 mL 離心管中,向吸附膜中間位置加入15 ~30 μL Elution Buffer,室溫下靜置2 min;室溫13 000 rpm,離心1 min,收集DNA 溶液,放入-20 ℃?zhèn)溆谩?/p>

1.2.4 目的基因克隆測序

按照pEASY-T5 Zero Cloning Vector Kit 說明進行回收產(chǎn)物的連接和轉(zhuǎn)化。在PCR 管中依次加入PCR 回收純化產(chǎn)物4 μL,pEASY-T5 Zero Cloning Vector 1 μL,輕輕混勻,25 ℃反應(yīng)30 min。反應(yīng)結(jié)束后,將PCR 管置于冰上。將連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化至50 μL Trans1-T1 感受態(tài)細(xì)胞中。按照Omega E.Z.N.A.Plasmid DNA mini kit 的說明書提取菌液的質(zhì)粒,以質(zhì)粒為模板,進行PCR 鑒定,PCR 反應(yīng)體系及反應(yīng)程序同1.2.2。取5 μL PCR 產(chǎn)物用1%的瓊脂糖凝膠電泳進行檢測,篩選出陽性克隆,將初步鑒定正確的陽性質(zhì)粒送往上海生工生物工程有限公司進行測序。測序結(jié)果提交NCBI 進行序列比對。

1.2.5 FCV 分離株的系統(tǒng)發(fā)育分析

將測序結(jié)果與GenBank 的其他FCV 毒株進行DNA 序列比對。并利用MEG6.0 軟件對分離得到的貓杯狀病毒毒株與其他上傳至GenBank 中的FCV 毒株進行系統(tǒng)發(fā)育分析。

2 結(jié)果

2.1 RT-PCR 結(jié)果

應(yīng)用FCV 鑒定引物,經(jīng)PCR 擴增,進行1%瓊脂糖凝膠電泳,結(jié)果顯示得到大小約為681 bp 條帶,與預(yù)期結(jié)果相符。

2.2 CDV 14 株全基因組的系統(tǒng)發(fā)育分析

經(jīng)序列對比可知該病毒為FCV,毒株系統(tǒng)發(fā)育分析結(jié)果顯示:分離的貓杯狀病毒毒株與目前國內(nèi)流行的其他毒株相似性較低,疑似為新的變異毒株。

3 討論

貓杯狀病毒可以引起貓的慢性呼吸道疾病。該病毒可以通過飛沫等方式進行傳播,其主要癥狀為口腔潰瘍、鼻結(jié)膜炎、肺炎等,嚴(yán)重時可致使感染貓面部及四肢出現(xiàn)浮腫、高燒、出血性病變等急性癥狀,死亡率高達60%。現(xiàn)在部分家庭進行多貓養(yǎng)殖,部分貓進行野外活動,并且這一部分貓大多活潑好動,這使得病毒更容易在它們之間進行傳播。部分貓表現(xiàn)為無癥狀感染,在它接近免疫力更為低下的其他貓時,會使得這些免疫力低下的貓群感染患病。由于該病毒具有較高的變異性,因此沒有十分有效的針對性疫苗,即使注射疫苗的貓群也有可能感染該病毒。由于貓杯狀病毒ORF2 編碼的衣殼蛋白是刺激機體產(chǎn)生免疫應(yīng)答的主要蛋白,該基因是研究貓杯狀病毒基因工程疫苗的主要靶基因[4,5]。

本研究分析的貓杯狀病毒毒株與其他毒株具有較低的同源性,但沒有形成明顯的獨立分支,其遺傳 相 關(guān) 性 與KT000003、KM016908 和KX371573 較近。上述結(jié)果表明分離得到的貓杯狀病毒與國內(nèi)流行的毒株有明顯的差異,遺傳進化較大,初步懷疑是新的變異株。最近有研究報道,國內(nèi)有新的貓杯狀病毒流行株出現(xiàn),郭慧敏等于2018 年首次報道了VS-FCV 在我國流行,湯傲星等于2021 年首次發(fā)現(xiàn)華東地區(qū)貓杯狀病毒不斷發(fā)生變異[6]。另有研究報道同樣表明,貓杯狀病毒毒株相互之間的同源性不高,來源比較復(fù)雜。

變異毒株的不斷出現(xiàn),致使傳統(tǒng)疫苗不能起到很好的免疫保護作用。目前預(yù)防貓杯狀病毒感染使用最多的仍然是接種疫苗進行免疫。因此,開展貓杯狀病毒的流行性調(diào)查及遺傳進化分析,為貓杯狀病毒疫苗的研究提供理論參考。

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