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木薯糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白MeSWEET18的克隆與功能分析

2023-07-20 05:11薛晶晶安飛飛朱文麗羅秀芹
熱帶作物學(xué)報(bào) 2023年6期
關(guān)鍵詞:功能分析木薯

薛晶晶 安飛飛 朱文麗 羅秀芹

關(guān)鍵詞:木薯;糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白;功能分析;糖轉(zhuǎn)運(yùn)能力;非生物脅迫

中圖分類號:S533 文獻(xiàn)標(biāo)識碼:A

蔗糖是大多數(shù)植物光合作用的主要碳水化合物,從葉片向各庫器官長距離運(yùn)輸,促使根、花、果實(shí)和種子生長發(fā)育[1]。葉綠體通過光合作用合成蔗糖,蔗糖通過胞間連絲進(jìn)入韌皮部薄壁細(xì)胞組織,由SWEET(sugar will eventually be exportedtransporter) 蛋白卸載至質(zhì)外體, 再通過SUT(sucrose transporter)蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)至伴胞細(xì)胞和篩管分子,然后由定位于篩分子細(xì)胞-伴胞復(fù)合體上的H+共轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白通過質(zhì)子動(dòng)力勢將同化物送進(jìn)韌皮部進(jìn)入長距離運(yùn)輸。

SWEET 蛋白屬于MtN3/saliva 基因家族,也稱為MtN3/saliva/SWEET,可以轉(zhuǎn)運(yùn)己糖和蔗糖,并介導(dǎo)糖外流到質(zhì)外體,是糖轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白中的一員,含有2 個(gè)MtN3/saliva 跨膜螺旋結(jié)構(gòu)域。已測序的植物基因組中均有發(fā)現(xiàn)SWEET 家族成員。綠色熒光蛋白融合研究發(fā)現(xiàn),大部分植物SWEETs 家族基因位于細(xì)胞質(zhì)膜上[2-3]。根據(jù)SWEETs 蛋白轉(zhuǎn)運(yùn)糖的類型不同,所有SWEETs 蛋白都可以分成4 個(gè)分支,第一分支和第二分支SWEET 蛋白主要選擇轉(zhuǎn)運(yùn)己糖,尤其是葡萄糖;第三分支SWEET蛋白優(yōu)先跨膜轉(zhuǎn)運(yùn)蔗糖;第四分支的SWEET 蛋白主要介導(dǎo)果糖的轉(zhuǎn)運(yùn)[4]。同SUT 一樣,SWEET可以自身互作形成同聚物,也能相互之間形成異聚體,進(jìn)而形成更大的通道提高轉(zhuǎn)運(yùn)效率[5]。SWEETs 家族基因在植物運(yùn)輸糖類、生殖和發(fā)育、植物逆境、與病原體互作等方面發(fā)揮著重要作用[6]。

木薯(Manihot esculenta Crantz)是熱帶亞熱帶地區(qū)重要的糧食作物[7]。木薯SWEET 家族共有28 個(gè)同源基因,COHN 等[8]發(fā)現(xiàn)地毯黃單胞菌的毒力可以通過轉(zhuǎn)錄激活因子TAL20Xam668 特異性誘導(dǎo)木薯MeSWEET10a 的表達(dá),并最終導(dǎo)致木薯細(xì)菌性枯萎病的蔓延。胡梅珍[9]、薛蓓蓓等[10]對木薯SWEET 家族基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,明確其對己糖的轉(zhuǎn)運(yùn)能力以及不同木薯種質(zhì)的表達(dá)情況。劉秦等[11]克隆了木薯MeSWEET1 基因,并將其定位于細(xì)胞膜上,組織特異性分析發(fā)現(xiàn),成熟葉片中相對表達(dá)量最高。朱柏光等[12]分析木薯MeSWEET3b 的糖轉(zhuǎn)運(yùn)能力,發(fā)現(xiàn)其轉(zhuǎn)運(yùn)半乳糖,且受木薯黃單胞菌(Xam)的誘導(dǎo)。未發(fā)現(xiàn)木薯其他SWEET 蛋白的功能研究。木薯MeSWEET18 在不同組織器官中均具有較高的表達(dá)水平[13],可能在木薯的生長發(fā)育及逆境脅迫中起著重要作用。因此,本研究以木薯MeSWEET18(Manes. 15G011300)為研究對象,通過克隆、體外驗(yàn)證以及非生物脅迫等方法,研究該基因在木薯中的功能,為木薯SWEET 基因家族相關(guān)成員的功能研究提供理論依據(jù)。

1 材料與方法

1.1 材料

采用生長于中國熱帶農(nóng)業(yè)科學(xué)院熱帶作物品種資源研究所國家木薯種質(zhì)資源圃華南9 號(SC9)品種作為研究材料。

1.2 方法

1.2.1 總RNA 提取與cDNA合成 總RNA提取參照RNAprep Pure 多糖多酚植物總RNA 提取試劑盒(Tiangen)的操作說明進(jìn)行,用Dnase I 柱上消化RNA 樣品中殘留的微量DNA。用1 μgRNA 逆轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA。cDNA 第一鏈合成參照RevertAid RT 逆轉(zhuǎn)錄試劑盒(Thermo)的操作說明進(jìn)行。

1.2.2 MeSWEET18 基因全長cDNA 擴(kuò)增 以Phytozome12.0 中Manihot esculenta v7.1(cassava)數(shù)據(jù)庫的MeSWEET18 序列設(shè)計(jì)引物(5'-TTGAAGAAGTTGTTCATTTC-3'和5'-TCAACTCCCTGGCCCTTACT-3'),采用PrimeSTAR Max DNA Polymerase進(jìn)行cDNA 序列的克隆。全長cDNA 的擴(kuò)增體系含PrimeSTAR Max Premix(2×)25 μL、MeSWEET18-F(10 μmol/L)2.5 μL、MeSWEET18-R(10 μmol/L)2.5 μL、cDNA 模板0.5 μL、無菌水補(bǔ)足至50 μL。擴(kuò)增程序?yàn)椋?5 ℃預(yù)變性5 min;95 ℃ 30 s、56 ℃ 30 s、72 ℃ 1 min,共34 個(gè)循環(huán);72 ℃延伸10 min。0.8%的瓊脂糖凝膠電泳分離PCR 擴(kuò)增產(chǎn)物,回收純化目的條帶,克隆至pEASY-Blunt Simple Cloning Vector 載體(TransGen)上測序。

1.2.3 生物信息學(xué)分析 利用NCBI 網(wǎng)站ORFFinder 軟件對獲得的SC9 cDNA 序列進(jìn)行開放閱讀框(ORF)預(yù)測,同時(shí)翻譯成蛋白序列。利用ProtParam(https://web.expasy.org/protparam/)軟件分析該蛋白的分子量與等電點(diǎn);采用NCBI 在線軟件CDD 分析蛋白的保守結(jié)構(gòu)域; 采用TMHMM Server v.2.0 ( http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM)在線軟件進(jìn)行跨膜結(jié)構(gòu)域分析;運(yùn)用PSORT 在線軟件對該蛋白進(jìn)行亞細(xì)胞定位預(yù)測;運(yùn)用ProtScale(https://web.expasy.org/protscale/)在線軟件預(yù)測該氨基酸序列的疏水性/親水性;利用SOPMA SECONDARYSTRUCTUREPREDICTIONMETHOD(https://npsa-prabi.ibcp.fr/cgi-bin/secpred_sopm.pl)在線軟件預(yù)測蛋白的二級結(jié)構(gòu)。從NCBI 和Phytozome12.0 數(shù)據(jù)庫下載木薯和擬南芥SWEET 蛋白家族基因,利用MEGA6 軟件,選擇neighbour-joining(NJ)模型,并進(jìn)行1000 次bootstrap 統(tǒng)計(jì)學(xué)檢驗(yàn),構(gòu)建包括MeSWEET18 蛋白序列在內(nèi)的木薯和擬南芥SWEET蛋白的系統(tǒng)進(jìn)化樹。

1.2.4 不同生育期的實(shí)時(shí)熒光定量PCR 分析分別取SC9 形成期(植后4 個(gè)月)、膨大期(植后7 個(gè)月)及成熟期(植后10 個(gè)月)葉片、葉柄、莖桿和塊根作為研究材料。每個(gè)材料每個(gè)生育期隨機(jī)選取3 株,混合保存于–80 ℃冰箱中,3 次重復(fù)。利用RNAprep Pure 多糖多酚植物總RNA 提取試劑盒(Tiangen)提取RNA。然后取1 μg RNA,逆轉(zhuǎn)錄合成第一鏈cDNA,稀釋10 倍后作為實(shí)時(shí)熒光定量PCR 分析的模板。

采用Thermo 公司的CFX 實(shí)時(shí)熒光定量PCR系統(tǒng),實(shí)驗(yàn)操作按儀器使用說明書進(jìn)行。10 μL反應(yīng)體系中,包含1 μL 模板、5 μL 2×SYBRPremix、10 μmol/L qPCR-MeSWEET18-F 和qPCRMeSWEET18-R 引物(5'-GGAGTTTGAGAGTCTTCCTTATGTG-3'和5'-GAGTTACATAGACGATTTCCACCAG-3')各0.4 μL、無菌水補(bǔ)足至10 μL。PCR 反應(yīng)程序?yàn)椋?5 ℃預(yù)變性30 s,95 ℃ 10 s、60 ℃ 20 s,共40 個(gè)循環(huán),循環(huán)完成后進(jìn)行產(chǎn)物溶解曲線分析。以MeActin 作為內(nèi)參基因(5'-TGATGAGTCTGGTCCATCCA-3'和5'-CCTCCTACGACCCAATCTCA-3'),以2-△△CT 算法進(jìn)行基因的相對定量表達(dá)。采用Dunnetts 法對同一部位不同發(fā)育期的相對表達(dá)結(jié)果進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析。

1.2.5 MeSWEET18 的糖轉(zhuǎn)運(yùn)特性分析EBY.VW4000 酵母是一種己糖轉(zhuǎn)運(yùn)功能缺陷型酵母突變體,此菌株無法在己糖為唯一碳源的尿嘧啶(ura)缺陷型選擇培養(yǎng)基SD-ura 平板上生長,可以在麥芽糖為唯一碳源的選擇培養(yǎng)基SD-ura平板上恢復(fù)生長[14]。運(yùn)用包含pDR196 表達(dá)載體序列的引物( 5-ATATACCCCAGCCTCGATGGAAATCTTGAGTTTG-3 和5-CGATAAGCTTGATATCTTATTCCGATGA-TGGAGAT-3 ) 擴(kuò)增MeSWEET18 的CDS 序列,采用DNA 無縫克隆技術(shù)將MeSWEET18 的CDS 序列與酵母表達(dá)載體pDR196 進(jìn)行重組,獲得MeSWEET18-pDR196 表達(dá)載體,使用聚乙二醇/醋酸鋰高效酵母轉(zhuǎn)化法將重組后的MeSWEET18-pDR196 質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到EBY.VW4000 酵母菌中。利用含有2%麥芽糖的SD-ura 培養(yǎng)基過夜培養(yǎng)至OD600 約1.0,然后連續(xù)稀釋至OD600 分別約0.1、0.01、0.001,分別涂布于含有2%麥芽糖、2%葡萄糖、2%果糖等不同糖源的缺陷型選擇培養(yǎng)基SD-ura 平板上,30 ℃,倒置培養(yǎng)3~5 d,觀察生長情況。

1.2.6 MeSWEET18 在不同糖處理下的表達(dá)分析將生長20 d 左右的SC9 水培苗,于黑暗條件下進(jìn)行不同糖源的暗處理。以未進(jìn)行處理的SC9 水培苗作為對照,分別添加水、2%蔗糖、2%葡萄糖、2%果糖的溶液中分別培養(yǎng)2 d 和5 d,每個(gè)時(shí)間點(diǎn)不同處理隨機(jī)選取3 株,混合保存于–80 ℃冰箱中,3 次重復(fù),進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR 分析。

1.2.7 MeSWEET18 在SC9 非生物脅迫下的表達(dá)分析 將SC9 莖桿水培20 d 后,分別進(jìn)行鹽脅迫(8 g/L NaCl)、干旱脅迫(100 mmol/L 甘露醇)、氧化脅迫(10% H2O2)處理,各處理時(shí)間分別為0(CK)、12、24、36 h。低溫處理采用15 ℃ 24h,后降至4 ℃ 24 h。分別取葉片、葉柄、莖桿和根4 個(gè)部位的樣品,保存于–80 ℃冰箱中,3次重復(fù),進(jìn)行實(shí)時(shí)熒光定量PCR 分析。

1.3 數(shù)據(jù)處理

采用GraphPad Prifm 5.0 軟件進(jìn)行數(shù)據(jù)分析、作圖以及Dunnetts 檢驗(yàn)(P<0.05)。

2 結(jié)果與分析

2.1 MeSWEET18 基因全長CDS克隆及蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)特性分析

通過RT-PCR 擴(kuò)增及測序,獲得MeSWEET18基因編碼框序列714 bp,編碼237 個(gè)氨基酸(圖1),蛋白分子質(zhì)量為25.94 kDa,理論等電點(diǎn)為6.57,不穩(wěn)定系數(shù)為37.50,屬于穩(wěn)定類蛋白。通過NCBI 在線軟件CDD 分析發(fā)現(xiàn),該蛋白含有2個(gè)保守結(jié)構(gòu)域,在N 端含有植物SWEET 家族基因共有的保守結(jié)構(gòu)域MtN3_slv,C 端含有PQ-loopsuper family 保守結(jié)構(gòu)域。TMHMM Server v.2.0在線軟件預(yù)測顯示,該蛋白含有7 個(gè)跨膜結(jié)構(gòu)域,是典型的膜蛋白;PSORT 分析顯示,MeSWEET18定位于液泡的可能性為85.71%;ProtScale 預(yù)測表明,MeSWEET18 蛋白屬于親水性蛋白;SOPMA分析顯示,MeSWEET18 蛋白二級結(jié)構(gòu)由44.30%α-螺旋、20.68%延伸鏈、3.38% β-轉(zhuǎn)角和31.65%無規(guī)則卷曲組成。

2.2 MeSWEET18 的系統(tǒng)進(jìn)化樹分析

已發(fā)表的擬南芥和葡萄樹SWEET 蛋白進(jìn)化樹分析結(jié)果顯示,SWEET 蛋白可以劃分為4 個(gè)亞類[4, 15]。對木薯和擬南芥的SWEET 蛋白進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化樹分析,發(fā)現(xiàn)木薯MeSWEET18 與擬南芥的AtSWEET16 和AtSWEET17 位于同一進(jìn)化枝上,屬于CladeⅣ,該亞類共含有6 個(gè)木薯SWEET基因(圖2)。采用DNAMAN軟件對MeSWEET18、AtSWEET16 和AtSWEET17 氨基酸序列進(jìn)行比對,結(jié)果顯示:MeSWEET18 和AtSWEET16 的同源性達(dá)到53.23%,MeSWEET18 和AtSWEET17的同源性達(dá)到56.05%,含有2 個(gè)明顯的PQ-loopsuperfamily 保守結(jié)構(gòu)域。

2.3 不同生育期MeSWEET18 的表達(dá)分析

分析MeSWEET18 在SC9 形成期、膨大期及成熟期葉片、葉柄、莖桿和塊根的表達(dá)情況。結(jié)果顯示:MeSWEET18 在葉片中的表達(dá)隨著木薯的生長表現(xiàn)為先上升后下降;在葉柄中的表達(dá)隨著木薯的生長持續(xù)上升,在成熟期達(dá)到最大;形成期和膨大期的莖桿表達(dá)無差異,成熟期呈上升趨勢;MeSWEET18 在塊根膨大期表達(dá)量最高,隨著木薯生長,表達(dá)量低于木薯形成期(圖3)。

2.4 MeSWEET18 的糖轉(zhuǎn)運(yùn)特性分析

為了驗(yàn)證MeSWEET18 的糖轉(zhuǎn)運(yùn)特性,將其轉(zhuǎn)化至己糖轉(zhuǎn)運(yùn)缺陷型酵母EBY.VW4000 中,該酵母無法在己糖為唯一碳源的尿嘧啶缺陷型SD-ura 選擇培養(yǎng)基上生長,但是可以在麥芽糖為唯一碳源的培養(yǎng)基上恢復(fù)生長(圖4)。結(jié)果表明,MeSWEET18 可以轉(zhuǎn)運(yùn)果糖,但不能轉(zhuǎn)運(yùn)葡萄糖,脫氧-2-葡萄糖的添加對MeSWEET18 無影響。

2.5 MeSWEET18 在不同糖處理下的表達(dá)分析

以未進(jìn)行黑暗處理的SC9 水培苗作為對照,黑暗下分別添加水、2%蔗糖、2%葡萄糖和2%果糖的溶液進(jìn)行處理2 d 和5 d。黑暗條件下,MeSWEET18 在不同糖處理下的表達(dá)水平顯示,黑暗處理2 d 時(shí),水、2%蔗糖、2%葡萄糖和2%果糖處理對MeSWEET18 的表達(dá)均有影響;隨著黑暗處理時(shí)間延長到5 d,MeSWEET18 的表達(dá)在不同糖處理下表達(dá)呈極顯著下降趨勢(圖5)。

2.6 MeSWEET18 在非生物脅迫下的表達(dá)分析

將SC9 進(jìn)行水培培養(yǎng)20 d 后,進(jìn)行鹽、干旱、氧化以及低溫脅迫,各脅迫處理時(shí)間為0、12、24、36 h。采集每個(gè)時(shí)間點(diǎn)的葉片、葉柄、莖桿和根進(jìn)行表達(dá)分析(圖6)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),葉片在鹽脅迫12 h 時(shí)表達(dá)水平提高了2.07 倍,隨著時(shí)間延長至24 h,表達(dá)水平較0 h 急速下降至0.05 倍;與0 h 相比,莖桿和根的表達(dá)水平在24 h 出現(xiàn)下調(diào),隨著處理時(shí)間延長至36 h,表達(dá)水平呈極顯著上調(diào),分別是0 h 的3.69 倍和5.34 倍。干旱脅迫下,與0 h 相比,葉片和葉柄在處理36 h 時(shí)表達(dá)水平分別提高了9.89 倍和20.82 倍。氧化脅迫下,MeSWEET18 在SC9 的葉片、葉柄和莖桿的表達(dá)均呈顯著下調(diào),但是根的表達(dá)水平出現(xiàn)顯著上調(diào),24 h 的表達(dá)水平是0 h 的18.01 倍。低溫(15 ℃)處理24 h,MeSWEET18 在葉片、葉柄、莖桿和根的表達(dá)呈顯著下降,隨著低溫(4 ℃)處理24 h,MeSWEET18 在莖桿和根中的表達(dá)較0 h 呈現(xiàn)上升趨勢。

3 討論

SWEET 轉(zhuǎn)運(yùn)蛋白在植物中廣泛存在,參與多種生理過程,如韌皮部裝載、籽粒灌漿、花粉發(fā)育、葉片衰老以及響應(yīng)生物和非生物脅迫等[16-17]。本研究從木薯SC9 中克隆獲得MeSWEET18 基因序列,完整開放閱讀框?yàn)?14 bp,編碼237 個(gè)氨基酸。系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明,MeSWEET18 位于CladeⅣ,與擬南芥AtSWEET16 和AtSWEET17屬于同一進(jìn)化分支。AtSWEET17 在葉片的果糖分配上發(fā)揮著重要作用,ATSWEET17 沉默株系表現(xiàn)為果糖積累功能紊亂、植株發(fā)育不良以及影響種子產(chǎn)量等[18]。對MeSWEET18 的糖轉(zhuǎn)運(yùn)能力進(jìn)行檢測,發(fā)現(xiàn)其主要轉(zhuǎn)運(yùn)果糖,與AtSWEET17主要影響果糖積累的研究結(jié)果一致。

擬南芥中過表達(dá)AtSWEET16 會(huì)促進(jìn)植株發(fā)芽、生長發(fā)育以及提高植株對凍害的耐受性[19]。石竹DsSWEET17 的表達(dá)受外源果糖、葡萄糖、鹽脅迫和滲透脅迫的影響,轉(zhuǎn)化擬南芥后,能夠促進(jìn)根的生長[20]。萱草HfSWEET17 在低溫脅迫下表達(dá)上調(diào),過表達(dá)煙草能夠提高其抗寒性[21]。茶樹CsSWEET17 的交替剪接受低溫脅迫的誘導(dǎo),過表達(dá)植株顯著降低了低溫脅迫下電解質(zhì)滲出水平[22]。麻風(fēng)樹JcSWEET16 基因能夠響應(yīng)葉片的干旱和鹽脅迫,在擬南芥中過表達(dá)能夠改良其開花時(shí)間和耐鹽水平,但不影響其耐旱性[23]。對木薯SC9 水培苗進(jìn)行鹽、干旱、氧化和低溫等非生物脅迫,結(jié)果發(fā)現(xiàn)MeSWEET18 在葉片、葉柄、莖桿和根等不同部位的表達(dá)變化差異顯著,表明MeSWEET18 能夠響應(yīng)多種非生物脅迫。

外源施加20 mmol/L 蔗糖處理杭白菊,導(dǎo)致CmSWEET17 基因特異表達(dá);過表達(dá)CmSWEET17可促進(jìn)雙節(jié)莖處理的腋芽生長。因此,CmSWEET17 基因可能通過生長素轉(zhuǎn)運(yùn)途徑參與了蔗糖誘導(dǎo)的腋芽生長過程[3]。對木薯SC9 的水培苗進(jìn)行蔗糖、果糖和葡萄糖的黑暗處理,發(fā)現(xiàn)隨著黑暗處理時(shí)間的增加,MeSWEET18 的表達(dá)呈現(xiàn)顯著下調(diào),說明MeSWEET18 不僅對果糖脅迫敏感,對其他糖的脅迫也能產(chǎn)生響應(yīng)。楊官顯等[24]對蘋果MdSWEET17 的研究發(fā)現(xiàn),其在根和葉片中大量表達(dá)。在果實(shí)發(fā)育期,MdSWEET17的表達(dá)水平與果糖含量呈顯著負(fù)相關(guān)[18, 24]。研究MeSWEET18 在木薯SC9 形成期、膨大期和成熟期的葉片、葉柄、莖桿和塊根的表達(dá),結(jié)果發(fā)現(xiàn),其在成熟期的葉片、葉柄和莖桿大量表達(dá),而在塊根中的表達(dá)隨著木薯的生長呈現(xiàn)先上升后下降的趨勢。

在后續(xù)研究中,將測定SC9 不同非生物脅迫下蔗糖、果糖和葡萄糖等可溶性糖的變化,分析MeSWEET18 啟動(dòng)子序列中與非生物脅迫、糖信號等相關(guān)的順式作用元件。構(gòu)建過表達(dá)載體通過農(nóng)桿菌介導(dǎo)法遺傳轉(zhuǎn)化木薯,對獲得的過表達(dá)株系進(jìn)行不同的非生物脅迫,分析MeSWEET18 以及糖代謝相關(guān)基因的表達(dá)趨勢,為研究木薯糖代謝的分子通路提供依據(jù)。

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