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探討PCR技術(shù)于檢驗(yàn)沙門菌中的應(yīng)用與進(jìn)展

2022-11-16 02:22李立巍
關(guān)鍵詞:沙門引物靈敏度

李立巍

桂林市疾病預(yù)防控制中心,桂林 541001

革蘭氏陰菌中之一的沙門菌,屬于腸道細(xì)菌科沙門氏菌類別,對(duì)不同血清感染的各種動(dòng)物造成的各種病癥被稱為沙門菌病,常見(jiàn)的是誤食各種發(fā)霉變質(zhì)的食物造成的中毒,造成中毒的病菌,其中就包括沙門菌。接近90%是肉類、蛋類、奶類等畜牧產(chǎn)品[1]。此類畜牧產(chǎn)品具有較為豐富的營(yíng)養(yǎng)元素,大大有利于沙門菌在此類產(chǎn)品中的生長(zhǎng)繁殖。不僅如此,沙門菌的適應(yīng)能力與生命力都較為頑強(qiáng),可以在一定處于外部環(huán)境的食品中生存幾個(gè)月之久。其不僅可以感染動(dòng)物,還可以導(dǎo)致食用了大量沙門菌食物的人類受到侵害而引發(fā)食物中毒,是導(dǎo)致人類與牲畜之間共同患病的原因其一,在醫(yī)學(xué)上有著極強(qiáng)的代表性。同時(shí)對(duì)食物的安全性具有嚴(yán)重的威脅性[2-3]。

目前沙門菌的檢測(cè)方式更多是采用傳統(tǒng)的檢測(cè)方式,不僅周期性長(zhǎng),而且相對(duì)復(fù)雜繁瑣。因此,針對(duì)沙門菌的檢測(cè)如何實(shí)現(xiàn)快速且有效的檢測(cè)技術(shù)研究具有重要的實(shí)用意義。隨著生物科學(xué)技術(shù)的發(fā)展,依靠免疫學(xué)與生物學(xué)為標(biāo)準(zhǔn)的技術(shù)應(yīng)用將進(jìn)一步細(xì)菌細(xì)分檢測(cè)范疇[4-5]。聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(PCR)技術(shù)的廣范應(yīng)用,不僅進(jìn)一步提高了對(duì)細(xì)菌的檢測(cè)速度,而且還具有較為準(zhǔn)確的檢測(cè)結(jié)果依據(jù)。PRC技術(shù)不但可以從定性與定量?jī)蓚€(gè)維度進(jìn)行檢測(cè),還有利于快速檢測(cè)體系的建立與進(jìn)一步提高檢測(cè)反應(yīng)靈敏度,其核心在于選擇被檢測(cè)目標(biāo)的基因[6-7]。

沙門菌等致病菌概述

此類病菌是依附在人類與動(dòng)物消化系統(tǒng)中的生化反應(yīng),與革蘭陰性桿菌的抗原構(gòu)成較為相似,是導(dǎo)致消化系統(tǒng)腸道患病的病菌之一,造成的疾病大致由兩類組成:第一種是傷寒與副傷寒,第二種是較為常見(jiàn)的急性腸胃炎。據(jù)統(tǒng)計(jì),全國(guó)范圍內(nèi)由沙門菌造成的食物中毒數(shù)量位列第1 位,其中細(xì)菌導(dǎo)致的食物中毒,大部分是沙門菌造成的;食品類別中進(jìn)一步細(xì)分,肉類等占據(jù)絕對(duì)核心原因,因其富含更多種類的人體所需的營(yíng)養(yǎng)元素,更有利于沙門氏菌的繁衍。如果食用帶有大于一定數(shù)量的沙門菌的肉類食品,將造成人體被感染。沙門菌是公共衛(wèi)生學(xué)上具有重要意義的人畜共患病之一[8-9]。沙門菌污染的食物被人類與動(dòng)物食用,是該疾病重要的感染方式之一。

沙門菌檢驗(yàn)技術(shù)

血液與排泄物是用于臨床提取檢測(cè)樣本的基礎(chǔ),常用于已被感染的對(duì)象進(jìn)行沙門菌的檢測(cè),食品安全檢測(cè)原理與臨床病料中實(shí)質(zhì)性是相同的。但在食品檢測(cè)分析應(yīng)用中是受到因素制約的,首先是兩者的沙門菌的含量是不同的,食品中的含量遠(yuǎn)遠(yuǎn)低于臨床病料;其次食品本身易受到其他病原的干擾;最后經(jīng)過(guò)人工處理的食品,經(jīng)過(guò)外部因素干擾的作用,會(huì)導(dǎo)致沙門菌受到損傷或者細(xì)菌死亡[10-11]。傳統(tǒng)檢測(cè)方式具有檢測(cè)時(shí)間長(zhǎng)、反應(yīng)過(guò)程繁瑣、反應(yīng)試劑較多以及靈敏度低等不足,而且檢測(cè)方式是通過(guò)表面抗原,研究判斷生化反應(yīng)和血清學(xué)實(shí)驗(yàn)進(jìn)行檢測(cè)[12]。隨著生物科學(xué)技術(shù)的快速發(fā)展,在實(shí)踐中不斷優(yōu)化與提升檢測(cè)手段,可以在更短時(shí)間內(nèi)檢測(cè)出目標(biāo)檢測(cè)物的結(jié)果,這類方式被稱為快速檢測(cè)。該檢測(cè)技術(shù)對(duì)沙門菌以及其他樣品病原PCR方法的專業(yè)體系已得到廣泛的應(yīng)用。

PCR技術(shù)

1、PCR概述

PCR 技術(shù)又稱聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),其原理是將指定的DNA 片段通過(guò)PCR 技術(shù)將其放大增多的技術(shù)方式,可理解為將提取的DNA 樣本重新進(jìn)行循環(huán)復(fù)制,將少量的DNA 進(jìn)行更進(jìn)一步的增多,這是PCR 的核心技術(shù)特征。PCR 是1985 被發(fā)明出來(lái),其發(fā)明者是美國(guó)的專家Mullis,標(biāo)志著此項(xiàng)技術(shù)的問(wèn)世。PCR 儀是由聚合酶衍生而出的控制溫度的技術(shù)設(shè)備,可以精準(zhǔn)控制溫度的變化過(guò)程,從而達(dá)到檢測(cè)樣本目的。

特異性強(qiáng)、靈敏度高、迅速精準(zhǔn)、自動(dòng)化程度高等是PCR 的特點(diǎn),以驚人的速度被廣泛應(yīng)用,目前已經(jīng)廣泛應(yīng)用于多個(gè)專業(yè)領(lǐng)域,同時(shí)又結(jié)合其他相關(guān)技術(shù)衍生出更多的PCR 技術(shù)[13-14]。PCR 技術(shù)原理是依托以單鏈DNA 為檢測(cè)樣品,基于檢測(cè)需要的環(huán)境條件下,采用人工合成品為引物,基于PCR 技術(shù)手段進(jìn)行增加檢測(cè)樣品DNA 的方式。這個(gè)過(guò)程主要分為3 個(gè)步驟:第一是高溫變性,第二是低溫復(fù)性,第三是適溫延伸。3個(gè)環(huán)節(jié)流程為一個(gè)單位,循環(huán)往復(fù),從而實(shí)現(xiàn)增多DNA 的目的。在整個(gè)PCR 實(shí)驗(yàn)過(guò)程中,需要重點(diǎn)關(guān)注的是因?yàn)闇囟茸兓瘯?huì)導(dǎo)致實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)樣本DNA 聚合酶喪失活性,需要在每次循環(huán)過(guò)程中進(jìn)行補(bǔ)充增活操作,確保實(shí)驗(yàn)結(jié)果的精準(zhǔn)有效性。此類實(shí)驗(yàn)檢測(cè)方法存在一定不足,因此對(duì)PCR 的廣泛普及與未來(lái)空間形成一定制約[15-16]。

2、PCR技術(shù)在沙門菌檢測(cè)中的應(yīng)用

⑴沙門菌檢測(cè)技術(shù)一般可分為常規(guī)PCR、多重PCR、套式PCR。以上方法可單獨(dú)運(yùn)用,也可多種檢測(cè)手段相結(jié)合,從而提高受檢目標(biāo)結(jié)果的精準(zhǔn)度。

⑵常規(guī)PCR是根據(jù)特定提取物目標(biāo)樣品的特異保守序列設(shè)計(jì)引物,對(duì)待檢樣本DNA 進(jìn)行擴(kuò)增,通過(guò)對(duì)擴(kuò)增終產(chǎn)物進(jìn)行定量及定性分析,此方式具備靈敏度高、特異度好、檢測(cè)周期短、簡(jiǎn)單便捷等特點(diǎn)[17-18]。但此技術(shù)同時(shí)也存在一定不足之處,例如出現(xiàn)假陽(yáng)性的結(jié)果以及由于存在使用不同引物的情況,可能對(duì)檢測(cè)實(shí)驗(yàn)結(jié)果造成一定的影響,造成結(jié)果的偏差性。因此,在利用PCR技術(shù)進(jìn)行實(shí)驗(yàn)時(shí),需要更為謹(jǐn)慎與專業(yè)的操作,嚴(yán)格按照要求進(jìn)行實(shí)驗(yàn),確保最終實(shí)驗(yàn)結(jié)果的精準(zhǔn)性。詹銘等[19]通過(guò)檢測(cè)目標(biāo)樣本中沙門菌的hilA 基因用作引物,擴(kuò)增片段在497 by,進(jìn)一步縮短檢測(cè)結(jié)果的同時(shí)又提升精準(zhǔn)度和靈敏度。汪琦等[20]通過(guò)invA的目的基因利用PCR 技術(shù)手段,在48 h 即可得出明確結(jié)果。把生肉、加工雞肉、全脂乳粉列為研究樣品,通過(guò)沙門菌的人工操作干預(yù),檢測(cè)結(jié)果與傳統(tǒng)方式和BAx(r)系統(tǒng)檢測(cè)結(jié)果相同,最終結(jié)果檢出限是100 cfu/25 g,準(zhǔn)確率達(dá)到100%。雖然通過(guò)PCR 技術(shù)手段進(jìn)行檢測(cè),具有迅速、精準(zhǔn)、周期短等優(yōu)勢(shì),不過(guò)不足之處也較為明顯,就是對(duì)于細(xì)菌是無(wú)法區(qū)別是否擁有活性?;钚约?xì)菌是對(duì)食物中毒等致病菌來(lái)說(shuō)檢測(cè)的意義。常規(guī)PCR 在檢測(cè)中容易受到污染,影響檢測(cè)結(jié)果的精準(zhǔn)性,不過(guò)目前伴隨著PCR技術(shù)的迅速提升,影響檢測(cè)結(jié)果精準(zhǔn)性易受污染的因素已經(jīng)消除。

⑶多重PCR 與常規(guī)PCR 只能針對(duì)1 對(duì)引物的優(yōu)勢(shì)在于可以增加2對(duì)以上引物,可實(shí)現(xiàn)增強(qiáng)DNA 的反應(yīng),此類方式與其他檢測(cè)方式(常規(guī)PCR)在多個(gè)方面具有高度一致性,而且擁有更高效、更便利、成本低等優(yōu)勢(shì)。沙門菌等致病菌的檢測(cè)手段上多重PCR 已被廣泛運(yùn)用,大大提高了檢測(cè)速度;但多重PCR 檢測(cè)手段也存在一定劣勢(shì),靈敏度、效率等低于常規(guī)PCR 檢測(cè)手段[21]。因此,突破現(xiàn)有檢測(cè)條件是大家所面對(duì)的問(wèn)題,也是一起尋找研究解決的難點(diǎn),把多種影響因素優(yōu)化排查,最終建立適宜的多種PCR反應(yīng)體系。

⑷實(shí)時(shí)熒光定量PCR:1996 年美國(guó)Applied Biosystems公司率先使用,在PCR反應(yīng)體系中添加熒光基團(tuán),借助熒光信號(hào)積累實(shí)時(shí)觀察PCR 反應(yīng)過(guò)程,把標(biāo)準(zhǔn)曲線與被檢測(cè)目標(biāo)物通過(guò)定量分析方式的檢測(cè)手段被稱為實(shí)時(shí)熒光定量PCR 技術(shù)。此項(xiàng)技術(shù)的問(wèn)世,完成了PCR 由定性到定量質(zhì)的跨越。比常規(guī)PCR 具有更多優(yōu)勢(shì),不僅解決了PCR 易受到污染的問(wèn)題,而且具備更強(qiáng)的特異性與更高的自動(dòng)化程度等特點(diǎn),現(xiàn)在已經(jīng)大規(guī)模用于沙門菌檢測(cè)領(lǐng)域。岳昌武等[22]通過(guò)此技術(shù),已經(jīng)實(shí)現(xiàn)迅速、有效、精準(zhǔn)地檢測(cè)出目標(biāo)物中沙門菌,而且靈敏度已經(jīng)達(dá)到10 cfu/g,所需的檢測(cè)時(shí)間僅4~10 h,即可對(duì)目標(biāo)樣本得出精準(zhǔn)的檢測(cè)結(jié)果。鄭友限等[23]以食物和實(shí)驗(yàn)細(xì)菌為實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo)樣本,實(shí)驗(yàn)采用實(shí)時(shí)熒光定量方式獲得實(shí)驗(yàn)結(jié)果,與其他檢測(cè)技術(shù)手段進(jìn)行對(duì)比,此檢測(cè)技術(shù)靈敏度可達(dá)102 cfu/ml,而且可在24 h 內(nèi)獲得精準(zhǔn)結(jié)果,因此針對(duì)沙門菌的檢測(cè)技術(shù)手段又取得更進(jìn)一步的發(fā)展。鐘偉軍等結(jié)合熒光定量PCR實(shí)驗(yàn)所需的條件與自身特征的進(jìn)一步研究,利用進(jìn)行編碼的實(shí)驗(yàn)?zāi)繕?biāo),結(jié)合實(shí)驗(yàn)引物等相關(guān)需求,重新建立了新的實(shí)驗(yàn)檢測(cè)方法。方平等[24]利用其他物質(zhì)的特定性質(zhì),可精準(zhǔn)進(jìn)行沙門菌特征的結(jié)果反應(yīng),利用溫度調(diào)節(jié)方式,從而實(shí)現(xiàn)細(xì)菌的識(shí)別分類,達(dá)到畜牧產(chǎn)品中沙門菌的檢測(cè)識(shí)別技術(shù),通過(guò)兩種肉類目標(biāo)樣品實(shí)驗(yàn)得出結(jié)論,其靈敏度分別是13、12 cfu/25 g,而整個(gè)檢測(cè)時(shí)間周期可在10 h內(nèi)完成,此檢測(cè)方式擁有方便、快捷、特異性強(qiáng)、靈敏度高等優(yōu)勢(shì),但此檢測(cè)方式也有檢測(cè)成本高、檢測(cè)設(shè)備要求高等不足。

結(jié)語(yǔ)

綜上所述,針對(duì)沙門菌等致病菌檢測(cè)技術(shù)中,具備簡(jiǎn)便快捷、準(zhǔn)確、高效等特征的PCR手段是主要應(yīng)用之一,目前已經(jīng)被廣泛應(yīng)用,其具備的與傳統(tǒng)檢測(cè)手段不可相比的優(yōu)勢(shì),尤其是近幾年發(fā)展中迅速崛起的熒光定量PCR技術(shù),不僅能大大縮短檢測(cè)時(shí)間,而且還能進(jìn)一步提高檢測(cè)結(jié)果的精準(zhǔn)度。隨著科技水平的迅猛發(fā)展,以后將會(huì)有更多的新科技、新技術(shù)、新手段來(lái)助力沙門菌檢測(cè)技術(shù)的迭代更新,并得到廣泛普及與運(yùn)用。雖然PCR傳統(tǒng)檢測(cè)方式與新技術(shù)相比存在很多不足,但依然在疾病的診斷與衛(wèi)生學(xué)評(píng)價(jià)中占有不可或缺的一席之地。不論是哪種技術(shù)手段在實(shí)際運(yùn)用中都會(huì)受到各種條件的約束,因此未來(lái)還需廣大科研人員共同在PCR技術(shù)檢測(cè)沙門菌等致病菌的方面進(jìn)行更進(jìn)一步的探討。

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