朱秋雨 段緒果
(南京林業(yè)大學(xué)輕工與食品學(xué)院,南京 210037)
L-天冬氨酸-α-脫羧酶(L-aspartate-α-decarboxylase,EC 4.1.1.11,panD)屬于氨基酸脫羧酶的一種,能夠催化L-天冬氨酸脫去α位的羧基生成β-丙氨酸。該酶最早是由Williamson等[1]從大腸桿菌(Escherichia coli)中分離得到,驗證了大腸桿菌中L-天冬氨酸到β-丙氨酸的代謝途徑。目前已有多種不同來源的panD的研究報道,主要集中在大腸桿菌[2]、谷氨酸棒狀桿菌[3](Corynebacterium glutamicum)、枯草芽孢桿菌[4](Bacillus subtilis)、結(jié)核分枝桿菌[5](Mycobacterium tuberculosis)、幽門螺旋桿菌[6](Helicobacter pylori)等。研究發(fā)現(xiàn),大腸桿菌L-天冬氨酸-α-脫羧酶首先轉(zhuǎn)錄翻譯形成1個無活性的前體蛋白(π-蛋白,約14 kD),隨后π-蛋白發(fā)生分子內(nèi)重排,從而導(dǎo)致肽鏈斷裂,自剪切形成1個C端含有羥基的β-亞基(約3 kD)和1個N端含有丙酮?;摩?亞基(約11 kD),這2個亞基的空間位置非常緊密,但卻沒有共價鍵連接[7]??莶菅挎邨U菌L-天冬氨酸-α-脫羧酶蛋白模擬結(jié)構(gòu)與大腸桿菌 L-天冬氨酸-α-脫羧酶蛋白結(jié)構(gòu)非常相似,并且具有保守的切割位點殘基,推測也具有類似的自剪切機制。β-丙氨酸廣泛應(yīng)用于醫(yī)藥、食品飼料和化工等領(lǐng)域[8],被認(rèn)為是12種最具發(fā)展?jié)摿Φ娜蓟衔镏唬?]。通過panD轉(zhuǎn)化L-天冬氨酸制備β-丙氨酸是主要途徑之一,具有重要的工業(yè)應(yīng)用價值,因此近年來panD的克隆表達(dá)、分子改造及應(yīng)用等方面的研究逐漸升溫。
研究發(fā)現(xiàn)L-天冬氨酸-α-脫羧酶普遍存在酶活力低[10]和穩(wěn)定性差[11]等問題,篩選高活性、高穩(wěn)定性panD新酶或酶變體是當(dāng)前研究的熱點,這離不開高效的篩選技術(shù)[12]。酶活測定使酶催化功能可以被“量化”,是新酶或酶變體高通量篩選不可或缺的過程[13],開發(fā)簡單、高效的高通量酶活檢測方法是非常重要和必要的。建立有效的高通量檢測方法需要滿足以下條件[14]:(1)高度的準(zhǔn)確性;(2)快速,例如103-104樣品/天;(3)易操作;(4)可重復(fù)性;(5)廉價并容易獲得的篩選底物;(6)無需過于昂貴的儀器設(shè)備等。
目前,L-天冬氨酸-α-脫羧酶活力測定方法主要包括高效液相色譜法(HPLC)[15]、熒光法[16]、薄層層析法[17],其中最常用的是HPLC法。但是HPLC法及熒光法檢測panD酶活力時,需要使用專用設(shè)備及有毒試劑,檢測準(zhǔn)備過程長、成本高。薄層色譜法靈敏度較低,且難以實現(xiàn)準(zhǔn)確的定量分析。因此,建立操作簡便易行、靈敏度高的檢測方法尤為重要。自1940年以來,pH指示劑已廣泛用于檢測釋放或消耗質(zhì)子的酶催化反應(yīng)的進(jìn)程[18]。原則上,只要緩沖液和pH指示劑具有相等或相似的質(zhì)子親和力,pH指示劑的顏色變化可以與脫羧反應(yīng)期間消耗的質(zhì)子量成比例,從而提供檢測酶活性的定量工具[19]?;趐H指示劑的比色法已經(jīng)成功檢測氨基酸脫羧酶[20]、碳酸酐酶[21]、糖基轉(zhuǎn)移酶[22]和許多其他水解酶[23-24]催化的反應(yīng)。相比于其他方法,比色法具有安全、簡便、成本低且檢測時間短等優(yōu)點,當(dāng)考慮底物失活時,panD的反應(yīng)速率可以更精確地通過質(zhì)子轉(zhuǎn)移速率來確定,而不是通過量化產(chǎn)生的β-丙氨酸,該方法可以連續(xù)對反應(yīng)過程進(jìn)行檢測,不用考慮樣品穩(wěn)定性,因此更能準(zhǔn)確測定酶與底物的反應(yīng)情況[25]。Mo等[25]通過利用HEPES-中性紅緩沖液/指示劑對,使用高通量比色法從突變體文庫中獲得了4個活性分別提高了3.18%-24.69%的L-天冬氨酸-α-脫羧酶突變體。Jiang等[19]證實了4-嗎啉乙磺酸(MES)-CPR和3-嗎啉丙磺酸(MOPS)-BTB在高通量篩選各種脫羧酶方面具有潛在的應(yīng)用價值。為了實現(xiàn)高通量篩選L-天冬氨酸-α-脫羧酶這一目標(biāo),應(yīng)仔細(xì)研究緩沖液/指示劑對借助酶標(biāo)儀及微孔板組合的比色法實現(xiàn)酶催化反應(yīng)高通量檢測的適用性。
相較于其他來源的panD,來源于枯草芽孢桿菌的panDBs的活性和穩(wěn)定性較好,具有較好的工業(yè)應(yīng)用潛力[4],但panDBs仍存在酶活力低和機理失活現(xiàn)象,Pei等[26]利用易錯PCR技術(shù),創(chuàng)建了一個隨機突變文庫,通過測試4 000個轉(zhuǎn)化子,成功篩選到V68I和I88M兩個突變體,其酶活和催化穩(wěn)定性相比野生型分別提高了18%-22%和29%-64%。Qian等[27]利用分子動力學(xué)和結(jié)構(gòu)比對方法相結(jié)合,篩選到組合突變體Q5(BsPanDI46V/I88M/K104S/I126*)。由于其中2種枯草芽孢桿菌來源的L-天冬氨酸-α-脫羧酶突變體I88M和I46V/I88M/K104S/I126*在一定程度上提高了酶活和減弱了酶的機理失活現(xiàn)象,因此本研究選擇這2種突變體與野生酶一起作為模型酶,用于高通量檢測方法的驗證。
本文首先以Bacillus subtilis的基因組DNA作為模板,擴增得到L-天冬氨酸-α-脫羧酶編碼基因并在Escherichia coli BL21(DE3)實現(xiàn)了成功表達(dá),在此基礎(chǔ)上采用定點突變構(gòu)建了2個突變體(I88M和Q5)。然后,篩選了緩沖液/指示劑體系并優(yōu)化檢測體系中緩沖液和指示劑的濃度,建立基于比色法原理的微孔板高通量檢測方法。最后以L-天冬氨酸-α-脫羧酶及其突變體作為模型酶,對高通量檢測方法進(jìn)行驗證。本方法的建立旨在通過顯著提高篩選速度,對篩選和鑒定酶變體具有較好的應(yīng)用潛力。
1.1.1 菌株 大腸桿菌JM109、大腸桿菌BL21(DE3)、枯草芽孢桿菌168、質(zhì)粒pET24a(+)由本實驗室保存。
1.1.2 培養(yǎng)基 LB種子培養(yǎng)基(g/L):酵母粉5,蛋白胨10,氯化鈉10,pH 7.0,121 ℃滅菌20 min。TB發(fā)酵培養(yǎng)基(g/L):酵母粉24,蛋白胨12,甘油5,K2HPO4·3H20 16.43,KH2PO42.3,pH 7.0-7.2,121℃滅菌20 min。
1.1.3 主要試劑及儀器 擴增L-天冬氨酸-α-脫羧酶基因panD的引物(表1),上海生工生物有限公司;細(xì)菌基因組提取試劑盒、細(xì)菌質(zhì)粒提取試劑盒、DNA瓊脂糖凝膠回收試劑盒,天根生化科技有限公司;r Taq DNA聚合酶、dNTP、核酸限制性內(nèi)切酶Nde I、Sac I和無痕連接緩沖液,大連TaKaRa公司;甲基化模板消化酶(Dpn I)Fermentas公司;L-天冬氨酸、β-丙氨酸、氫氧化鈉,國藥集團化學(xué)試劑有限公司;氯酚紅(CPR)、4-嗎啉乙磺酸(MES),生工生物工程(上海)股份有限公司。
表1 本研究中使用的引物Table 1 Primers used in this study
PCR儀、電泳儀,美國Bio-Rad公司;722N可見光分光光度計,上海儀電分析儀器有限公司;酶標(biāo)儀,美谷分子儀器(上海)有限公司;JY92-IIN型超聲波細(xì)胞破壁儀,寧波新芝生物科技股份有限公司。
1.2.1 枯草芽孢桿菌L-天冬氨酸-α-脫羧酶基因的克隆及表達(dá)載體的構(gòu)建 提取Bacillus subtilis基因組DNA,以該基因組DNA為模板,通過PCR擴增 L-天冬氨酸-α-脫羧酶基因panD,質(zhì)粒pET24a(+)采用Nde I和Sac I雙酶切,經(jīng)鑒定、膠回收后通過無痕連接構(gòu)建重組表達(dá)載體pET24a(+)-panD,熱激轉(zhuǎn)化E.coli JM109,卡那霉素抗性平板篩選出陽性克隆進(jìn)行測序分析。將測序正確的質(zhì)粒轉(zhuǎn)化E.coli BL21(DE3),得 到 重 組 菌E.coli BL21(DE3)/ pET24a(+)-panD。
1.2.2 突變體構(gòu)建方法 以野生型panDBs基因的重組質(zhì)粒pET24a(+)-panD為模板,利用表1所示引物對,通過高保真聚合酶pfu進(jìn)行全質(zhì)粒PCR。采用Dpn I酶于37℃對PCR產(chǎn)物進(jìn)行酶切以消化野生型模板。將測序正確的質(zhì)粒轉(zhuǎn)化表達(dá)宿主E. coli BL21(DE3),挑取陽性克隆培養(yǎng)后,得到含有突變基因的重組菌株。
1.2.3 重組蛋白表達(dá)及SDS-PAGE分析 挑取單菌落至LB種子培養(yǎng)基中,于37℃搖床200 r/min培養(yǎng)8-10 h,制備種子液。將種子液以5%接種體積分?jǐn)?shù)轉(zhuǎn)接至TB發(fā)酵培養(yǎng)基,37℃、200 r/min培養(yǎng)3 h,加入15 g/L乳糖誘導(dǎo),繼續(xù)培養(yǎng)36 h。發(fā)酵液離心去上清,用緩沖液懸浮菌體至菌體濃度OD600為15,菌體懸浮液經(jīng)超聲波細(xì)胞破壁儀破碎后,再經(jīng)過離心后收集上清液和沉淀,上清液即為L-天冬氨酸-α-脫羧酶的粗酶液,并進(jìn)行SDS-PAGE分析。此外,對粗酶進(jìn)行了硫酸銨沉淀、透析和離子交換純化,得到的純酶用于后續(xù)酶動力學(xué)分析。
1.2.4 緩沖液/指示劑檢測體系吸光度的確定 氯酚紅(CPR)的質(zhì)子化和去質(zhì)子化形式的吸收光譜在酶標(biāo)儀上進(jìn)行測定。在微孔板中分別加入濃度為5 mmol/L MES緩沖液,分別用鹽酸調(diào)節(jié)至pH 3.0或氫氧化鈉調(diào)節(jié)至pH 9.0,然后加入50 μmol/L CPR指示劑,用酶標(biāo)儀從350-700 nm進(jìn)行全波長掃描,記錄下指示劑在質(zhì)子化和去質(zhì)子化形式下的最大光譜吸收差值。
確定體系檢測波長后,制備12.5、25、37.5、50、62.5、75、100 μmol/L的CPR溶液,然后在最佳檢測波長下檢測溶液的吸光度,驗證不同指示劑濃度與吸光度的線性關(guān)系,確定該波長是否適用于定量檢測。
1.2.5 緩沖液最適濃度的確定 通過檢測在酶標(biāo)板中37℃預(yù)熱的混合物中添加氫氧化鈉后指示劑吸光度的變化來建立校準(zhǔn)曲線。測定混合物(250 μL)為75 mmol/L L-天冬氨酸[19](初始pH值為6.5),75 μmol/L CPR和MES(2、5、10、20 mmol/L)。然后,添加100 μL NaOH(0-1 mmol/L)于檢測混合物中模擬酶促脫羧反應(yīng)中質(zhì)子的消耗。
1.2.6 指示劑最適濃度的確定 測定混合物(250 μL)為75 mmol/L L-天冬氨酸,2 mmol/L的MES和CPR(25、50、75、100 μmol/L)。然后,添加100 μL NaOH(0-1 mmol/L)于檢測混合物中模擬酶促脫羧反應(yīng)中質(zhì)子的消耗。
1.2.7 酶活的測定 在微孔板中分別加入2 mmol/L MES緩沖液、75 μmol/L CPR指示劑及75 mmol/L L-天冬氨酸溶液于37℃預(yù)熱10 min,然后加入100 μL酶液。立即在酶標(biāo)儀中振蕩10 s保證完全混勻,并連續(xù)測定反應(yīng)10 min內(nèi)反應(yīng)液在567 nm處的吸光值,每隔1 min測一次。
HPLC法:準(zhǔn)確吸取500 μL L-天冬氨酸溶液于試管中,加入500 μL MES緩沖液于37℃水浴預(yù)熱10 min。然后準(zhǔn)確加入1 mL酶液,立即搖勻并計時,37℃水浴準(zhǔn)確保溫酶解反應(yīng)10 min后,將反應(yīng)樣品置于沸水浴中煮沸5 min,12 000 r/min離心5 min,上清用0.22 μm針頭式有機濾膜過濾,等待上樣,檢測樣品中β-丙氨酸含量。HPLC檢測條件,檢測器為紫外檢測器,波長334 nm,色譜柱:安捷倫HC-C18(2)150 mm×4.6 mm,流動相為35 mmol/L含有30%甲醇(pH值7.5)的乙酸鈉,進(jìn)樣量:10 μL,流速:1 mL/min,柱溫:30℃。
1.2.8 動力學(xué)參數(shù)的測定 在微孔板中加入2 mmol/L MES緩沖液,75 μmol/L CPR指示劑及不同濃度的 L-天冬氨酸溶液(2、5、10、15、20、30、40、50、60、75 mmol/L)。預(yù)熱10 min,然后加入100 μL酶液,立即在酶標(biāo)儀中振蕩10 s保證完全混勻,并連續(xù)測定反應(yīng)10 min內(nèi)反應(yīng)液在567 nm處的吸光值,每隔1 min測一次。利用Graphpad Prism8.0軟件將結(jié)果進(jìn)行非線性擬合測定動力學(xué)參數(shù)。
1.2.9 酶活計算公式
將指示劑吸光度變化速率與反應(yīng)速率之間的比例定義為緩沖因子Q。公式中Qexp是實驗確定的緩沖因子,為校準(zhǔn)曲線斜率1 000倍的倒數(shù),用于計算酶促脫羧反應(yīng)的速度[18];dA / dt是指示劑吸光度變化的速率[28-29];v為反應(yīng)體積(L)。酶活力定義:1 min反應(yīng)產(chǎn)生1 μmol/L產(chǎn)物β-丙氨酸的酶量,定義為1個單位(U)酶活力。
2.1.1 枯草芽孢桿菌L-天冬氨酸-α-脫羧酶基因的克隆及表達(dá)載體的構(gòu)建 首先以提取的Bacillus subtilis的基因組DNA作為模板,進(jìn)行PCR克隆 擴增,得到panDBs片段(384 bp),與經(jīng)過Nde I和Sac I雙酶切的pET24a(+)膠回收片段(圖1-A)進(jìn)行連接,連接產(chǎn)物轉(zhuǎn)化克隆宿主JM109,測序結(jié)果顯示質(zhì)粒上連接的基因序列與panDBs理論序列一致,重組表達(dá)載體pET24a(+)-panDBs結(jié)構(gòu)示意圖如圖1-B所示。
圖1 瓊脂糖凝膠電泳圖及表達(dá)載體結(jié)構(gòu)示意圖Fig. 1 Agarose gel electropherogram and structural schematic diagram of expression vector
2.1.2 L-天冬氨酸-α-脫羧酶panDBs的定點突變及在大腸桿菌BL21(DE3)中的誘導(dǎo)表達(dá) 以pET24a(+)-panDBs為模板,根據(jù)表1中的引物,利用PCR介導(dǎo)的方法,分別構(gòu)建得到帶有突變體編碼基因的突變體panDBs-1(I46V/I88M/K104S/I126*)和panDBs-2(I88M)。將測序驗證正確的重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化表達(dá)宿主E.coli BL21(DE3),得到突變后的重組菌株。重組菌經(jīng)誘導(dǎo)表達(dá)、破碎離心后,菌體破碎上清經(jīng)SDS-PAGE蛋白分析,結(jié)果如圖2所示。panDBs和panDBs-1菌體破碎上清中在小于14 kD左右的位置有明顯的蛋白條帶,與理論蛋白大小一致,說明panDBs基因已成功表達(dá)。野生型和突變體panDBs-2只有斷裂后較大的α-亞基和較小的β-亞基,表明野生型和panDBs-2可以完全自我剪切。而突變體panDBs-1包括酶原π-蛋白(即沒有完成剪切斷裂前的蛋白)、少量α-亞基及β-亞基,可能是突變體panDBs-1只能實現(xiàn)部分剪切。
圖2 重組酶panDBs及突變體蛋白電泳圖Fig. 2 Electropherogram of recombinant protein panDBs and its mutant proteins
2.2.1 緩沖液/指示劑體系的選擇 L-天冬氨酸-α-脫羧酶在酶促脫羧反應(yīng)過程中,能夠消耗底物L(fēng)-天冬氨酸生成β-丙氨酸和CO2,每脫去一分子的羧基消耗一分子的質(zhì)子,因此可以基于酶催化反應(yīng)中隨著質(zhì)子的消耗而引起的pH值的增加,從而使得指示劑顏色變化的原理建立比色法測定酶活的方法,如圖3所示。
圖3 比色法測定L-天冬氨酸-α-脫羧酶酶活的原理Fig. 3 Principle for the determination of panD activity by colorimetric method
CPR指示劑在質(zhì)子化和去質(zhì)子化狀態(tài)下在350-700 nm之間的吸收光譜圖,如圖4-A所示,并且獲得了二者光譜吸收差值譜圖見圖4-B,CPR指示劑光譜吸收差值最顯著的波長為567 nm。此外,進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn),在567 nm波長條件下,CPR濃度與吸光值是成正比的,如圖4-C所示,曲線滿足回歸相關(guān)系數(shù)R2= 0.99以上,說明此波長適合進(jìn)行定量檢測。因此,選用567 nm波長作為L-天冬氨酸-α-脫羧酶酶活測定的檢測波長。
圖4 基于比色法的PanD高通量篩選方法的建立Fig. 4 Development of a colorimetric high-throughput screening method for PanD assay
2.2.2 MES緩沖液最適濃度的確定 將不同濃度的氫氧化鈉(0-1 mmol/L)加入到測定混合物中模擬脫羧反應(yīng)中質(zhì)子的消耗,制作校準(zhǔn)曲線觀察質(zhì)子變化與吸光度變化之間的線性關(guān)系。首先將CPR指示劑的濃度設(shè)定成75 μmol/L,檢測不同濃度緩沖液(2-20 mmol/L)對校準(zhǔn)曲線的影響,結(jié)果如圖5所示,使用2 mmol/L MES緩沖液得到的曲線呈大幅度上升的趨勢,而更高濃度的3種緩沖液,它們的曲線變化幅度較小,表明緩沖液濃度為2 mmol/L的校準(zhǔn)曲線具有較高的靈敏度。此外,將不同濃度緩沖液的回歸方程及相關(guān)系數(shù)進(jìn)行對比,緩沖液濃度為2 mmol/L的緩沖因子Qexp為0.002 0,并且具有良好的線性,因此在接下來的實驗中將MES緩沖液濃度固定在2 mmol/L。
圖5 CPR為指示劑時緩沖液濃度對測定體系pH敏感性的影響Fig. 5 Effects of buffer concentrations on sensing pH change using CPR as indicator
2.2.3 CPR指示劑最適濃度的確定 確定MES緩沖液濃度后,進(jìn)一步檢測CPR指示劑濃度(25-100 μmol/L)對校準(zhǔn)曲線的影響,如圖6結(jié)果所示,4種不同CPR指示劑濃度在在氫氧化鈉濃度為0-1 mmol/L的線性范圍內(nèi),曲線上升趨勢均較平緩。此外,隨著指示劑濃度的增加,Qexp的值逐漸降低,說明指示劑濃度越高,檢測的靈敏度越高,這對于檢測酶活較低的L-天冬氨酸-α-脫羧酶具有優(yōu)勢,但是觀察發(fā)現(xiàn)指示劑濃度對初始吸光度值的影響大,高濃度指示劑一開始就具有很高的吸光度值,限制了檢測的范圍,并且75 μmol/L的指示劑線性良好,因此綜合選擇75 μmol/L的CPR指示劑進(jìn)行接下來的實驗。
圖6 CPR為指示劑時指示劑濃度對測定體系pH敏感性的影響Fig. 6 Effects of indicator concentration on sensing pH change using CPR as indicator
微孔板法的建立選擇的是濃度為2 mmol/L的MES緩沖液與75 μmol/L的CPR指示劑,在此條件下建立的校準(zhǔn)曲線如圖7-A所示,回歸方程為y=0.285x+1.126 5,R2=0.998 5,該檢測體系的線性范圍為0-0.25 μmol/(min·mL),最低檢測限為0.096 μmol/(min·mL)。進(jìn)一步測定不同底物濃度下對應(yīng)的酶反應(yīng)速率,利用Graphpad Prism8.0軟件將結(jié)果進(jìn)行非線性擬合,結(jié)果如圖7-B所示,根據(jù)動力學(xué)曲線擬合結(jié)果計算出panDBs的Km值為2.78 mmol/L。
圖7 PanD活性的測定Fig. 7 Determination of PanD activity
在微孔板中使用CPR-MES體系對反應(yīng)過程進(jìn)行檢測,加入酶液與僅加入緩沖液的反應(yīng)體系相比,吸光度值呈明顯線性增長,其中突變體panDBs-2的變化速率最大。表2結(jié)果顯示突變體panDBs-2的Vmax是野生型的1.82倍,通過HPLC方法檢測的突變體panDBs-2酶活力是野生型的2.58倍,這兩種方法的趨勢是一致的。Km值較野生型小,說明該突變體的底物親和力有所提高。
表2 重組酶及其突變體的部分動力學(xué)參數(shù)Table 2 Partial kinetic parameters of recombinant enzyme and its mutants
對不同的樣品數(shù)量進(jìn)行酶活檢測,將微孔板法和HPLC法這兩種方法所需要的檢測時間進(jìn)行對比。發(fā)現(xiàn)當(dāng)檢測樣品為1 h,微孔板法需10 min,HPLC法需15 min(僅考慮檢測過程,不考慮前期準(zhǔn)備時間),兩種方法所需時間的差異較小。當(dāng)樣品數(shù)量為10個時,微孔板法檢測時間需10 min,而HPLC法則需要150 min,隨著檢測樣品數(shù)量的增加至30個、50個、80個時,微孔板法的檢測時間可近似看成無明顯變化,但HPLC法的檢測所需時間迅速增加至450 min、750 min甚至1 200 min,由此可以看出HPLC法的檢測所需時間與樣品數(shù)量成正相關(guān)。
鄧思穎等[4]比較了不同來源的panD 的比酶活,發(fā)現(xiàn)來源于枯草芽孢桿菌的panD的活性和穩(wěn)定性較好,具有更好的應(yīng)用潛力。而大腸桿菌是常用于生產(chǎn)重組蛋白的宿主之一,與其他原核表達(dá)系統(tǒng)相比,大腸桿菌因其遺傳背景清楚、繁殖快、成本低、操作簡便、可大規(guī)模高密度發(fā)酵培養(yǎng)等優(yōu)點被廣泛應(yīng)用于外源蛋白表達(dá)研究[30]??莶菅挎邨U菌是革蘭氏陽性菌,沒有內(nèi)毒素,是一種安全的蛋白表達(dá)系統(tǒng),作者也嘗試過將panDBs在枯草芽孢桿菌中進(jìn)行表達(dá),但是其表達(dá)水平遠(yuǎn)低于大腸桿菌,因此本文將panDBs在大腸桿菌中進(jìn)行了表達(dá)和研究,后期我們將繼續(xù)嘗試優(yōu)化枯草芽孢桿菌表達(dá)系統(tǒng),提高panDBs在枯草芽孢桿菌中的表達(dá)水平。
基于比色法原理的微孔板高通量檢測方法的建立,首先需要選擇合適的緩沖液/指示劑體系,該體系需要滿足以下幾個條件[19,28]:(1)為了保證pH指示劑的顏色變化與脫羧反應(yīng)過程中消耗的質(zhì)子數(shù)成正比,緩沖液與指示劑的pKa值應(yīng)該盡可能相等或相似,因此可以通過顏色的變化定量測定目標(biāo)脫羧酶的催化活性;(2)酶促反應(yīng)的pH范圍需要在指示劑的變色范圍內(nèi),保證酶具有催化活性;(3)指示劑不能是待測酶的抑制劑且不與酶發(fā)生反應(yīng)。分析發(fā)現(xiàn)CPR指示劑顏色變化范圍為pH 5.2 (黃色)-pH 6.6(紫紅色),L-天冬氨酸-α-脫羧酶在此范圍內(nèi)具有較好活性,同時CPR指示劑和MES緩沖液的pKa值均為6.0,緩沖良好的pH范圍為5.5-6.7,且不會對酶活產(chǎn)生抑制作用或發(fā)生反應(yīng),滿足比色法測定L-天冬氨酸-α-脫羧酶酶活的條件,因此實驗選用CPR-MES反應(yīng)體系。
反應(yīng)體系確定后,為了計算特定反應(yīng)的速率,需要吸光度的變化與質(zhì)子消耗之間存在良好的線性關(guān)系[18]。公式中dA/dt為指示劑吸光度變化率,當(dāng)緩沖因子Q很小時,靈敏度最高(最大的dA/dt),降低緩沖液濃度或增加指示劑濃度可以提高檢測的靈敏度[29],因此對反應(yīng)體系中緩沖液和指示劑濃度進(jìn)行了優(yōu)化。在最優(yōu)條件下建立的標(biāo)準(zhǔn)曲線,回歸方程為y=0.285x+1.126 5,R2=0.998 5,說明在此檢測條件下,pH指示劑的顏色變化可以與脫羧反應(yīng)期間消耗的質(zhì)子量成比例,可以用于定量檢測酶活力,該檢測體系的線性范圍為0-0.25 μmol/(min· mL),最低檢測限為0.096 μmol/(min·mL),能夠滿足實際應(yīng)用的需要,并且方法操作簡單,測定結(jié)果快速準(zhǔn)確。
然后,將優(yōu)化后的檢測體系以L-天冬氨酸-α-脫羧酶及其突變體作為模型酶,對高通量檢測方法進(jìn)行了驗證。結(jié)果顯示,突變體panDBs-2酶活力及底物親和力均有明顯提高,其中突變體panDBs-2的Vmax是野生型的1.82倍,通過HPLC方法檢測的突變體panDBs-2酶活力是野生型的2.58倍,這兩種方法測得結(jié)果的趨勢是一致的。并且測得的Km值也與HPLC法(2.02 mmol/L)[26]相近,二者之間的差別可能是采用的檢測儀器不同、反應(yīng)體系體積不同及酶活定義不同所造成的。HPLC法測定的酶活定義為測定體系中產(chǎn)物β-丙氨酸的生成速率,而微孔板法測定的為體系中質(zhì)子濃度的減少速率。相對而言,微孔板法能更準(zhǔn)確測定酶與底物的反應(yīng)情況,因為該方法是一個連續(xù)的反應(yīng)體系,酶活的測定也是即時的,每60 s進(jìn)行一次監(jiān)測,而不用考慮樣品的穩(wěn)定性,而在HPLC方法中則計算的是平均速率,從這個角度看微孔板法可能比HPLC更準(zhǔn)確[18]。突變體panDBs-1的Vmax和Km值相較于野生型無明顯變化,這可能與酶是否剪切成熟有關(guān)。從野生型和突變體的蛋白電泳圖發(fā)現(xiàn),突變體panDBs-1沒有完全剪切成熟,而野生型和突變體panDBs-2可以自我完成剪切成熟,由無活性的酶原π-蛋白,裂解生成有活性基團丙酮?;摩?亞基和β-亞基,α-亞基的丙酮?;攀谴呋鶊F[31],從中篩選出的具有優(yōu)勢的突變體panDBs-2,在后續(xù)轉(zhuǎn)化L-天冬氨酸制備β-丙氨酸中表現(xiàn)出較好的應(yīng)用潛力,也說明該檢測方法具有一定篩選能力。對比微孔板法與其它方法在L-天冬氨酸-α-脫羧酶酶活檢測中的效率發(fā)現(xiàn),一方面,微孔板法操作簡單快速,且費用低;另一方面,隨著酶分子改造技術(shù)的快速發(fā)展,突變文庫包含的突變體數(shù)量巨大(通常含104-106個突變子),用傳統(tǒng)的基于HPLC的篩選方法,去逐一測定“海量”樣品的活性是十分費時費力的,這對快速、準(zhǔn)確的高通量篩選模型的建立提出了更為迫切的要求[32]。高通量篩選模型的建立將大幅度提高篩選速度,對篩選和鑒定酶變體具有較好的應(yīng)用潛力。
對來源于Bacillus subtilis L-天冬氨酸-α-脫羧酶采用定點突變的方法,得到了2個突變體panDBs-1和panDBs-2。建立基于比色法原理的微孔板高通量檢測方法,得到最適檢測條件為MES緩沖液2 mmol/L,CPR指 示 劑75 μmol/L,L-天 冬 氨 酸75 mmol/L,pH 6.5,溫度37℃,反應(yīng)時間10 min,檢測波長為567 nm。
該檢測方法具備一定篩選能力,這將顯著提高篩選速度,對篩選和鑒定酶變體具有較好的應(yīng)用潛力。