陶杰，張江江，常麗，張翠萍，李建軍，張超，李德芳，趙立寧

（中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院麻類研究所/農(nóng)業(yè)農(nóng)村部麻類生物學(xué)與加工重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室，湖南 長(zhǎng)沙 410205）

大麻（CannabissativaL.）是中國(guó)傳統(tǒng)的纖維作物，為大麻科大麻屬一年生草本植物［1］，又稱漢麻、線麻、寒麻和線麻等，約有150個(gè)品種，全球均有分布，主要集中在亞洲、歐洲［2］。早期大麻常用于紡織、造紙、食用、醫(yī)療等行業(yè)［3-4］。當(dāng)前，隨著土壤鹽堿化的不斷加劇，植物的生長(zhǎng)發(fā)育受到嚴(yán)重限制，通過(guò)轉(zhuǎn)錄組學(xué)進(jìn)行基因的編碼序列表達(dá)信息挖掘，開(kāi)展鹽脅迫下大麻轉(zhuǎn)錄EST-SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)，能夠極大地豐富大麻遺傳育種的分子標(biāo)記信息。而土壤鹽脅迫是現(xiàn)代化工業(yè)發(fā)展造成的一種常見(jiàn)的非生物脅迫，如過(guò)度使用工業(yè)化肥造成的土壤次生鹽，使土壤鹽漬化不斷加劇。鹽脅迫嚴(yán)重影響著植物的生長(zhǎng)發(fā)育和地理分布，主要表現(xiàn)為抑制生長(zhǎng)，影響植物的整個(gè)營(yíng)養(yǎng)代謝過(guò)程，從而造成植株整個(gè)形態(tài)發(fā)生明顯的改變，進(jìn)而抑制植物的整個(gè)正常生長(zhǎng)周期［5-6］。為探究鹽脅迫對(duì)農(nóng)作物的生理生態(tài)響應(yīng)機(jī)制，以提高作物耐鹽性，已有研究人員對(duì)枸杞［7］、小麥［8-9］、高粱［10-11］、黃瓜［12］、蘿卜［13］和紅花［14］等作物進(jìn)行了鹽脅迫生理響應(yīng)的探究試驗(yàn)，研究發(fā)現(xiàn)土壤鹽脅迫對(duì)植株的生長(zhǎng)發(fā)育造成了不同程度的影響，并揭示了作物在高鹽環(huán)境下生理調(diào)控響應(yīng)機(jī)制。

在麻類作物中，盧瑞克等［15］通過(guò)對(duì)不同黃麻種質(zhì)資源間耐鹽等級(jí)差異性的生理響應(yīng)研究，發(fā)現(xiàn)在0、150、250mmol/L NaCl處理下，不同黃麻種質(zhì)資源間耐鹽性存在顯著性差異，特別是在NaCl脅迫下，不同耐鹽等級(jí)的黃麻種質(zhì)葉片內(nèi)可溶性糖和游離脯氨酸含量均顯著提高，而可溶性蛋白含量顯著降低。并證明在250 mmol/L NaCl脅迫時(shí)各項(xiàng)含量鑒定指標(biāo)均出現(xiàn)下降趨勢(shì)，說(shuō)明這些指標(biāo)均可有效鑒別不同黃麻種質(zhì)間的耐鹽性差異。郭瑞等［16］通過(guò)亞麻響應(yīng)鹽、堿脅迫的生理特點(diǎn)，發(fā)現(xiàn)在相同鹽濃度下，堿脅迫的傷害大于鹽脅迫，脅迫強(qiáng)度增加促使地上部分Na+積累，K+含量下降，過(guò)度的Na+積累可能是堿脅迫傷害大于鹽脅迫的主因，揭示了高pH值是直接影響植物根系和礦物元素吸收、離子穩(wěn)健平衡的主要因素。程霞等［5］的研究發(fā)現(xiàn)，鹽脅迫下工業(yè)大麻葉片中可溶性糖含量降低速度緩慢，但細(xì)胞膜未被完全破壞，其內(nèi)含糖物質(zhì)未大量流失。胡華冉等［17］對(duì)不同鹽脅迫下大麻種子萌發(fā)與幼苗生長(zhǎng)的研究，揭示了不同鹽濃度對(duì)大麻種子萌發(fā)和幼苗生長(zhǎng)的效應(yīng)不同，大麻種子和幼苗對(duì)低濃度中性鹽脅迫有一定的適應(yīng)性，其耐鹽性是復(fù)雜的、受多因素影響的。眾多研究表明，工業(yè)大麻對(duì)于鹽脅迫環(huán)境有著很好的耐受性和抗逆性。

當(dāng)前，轉(zhuǎn)錄測(cè)序技術(shù)已成為分子生物學(xué)研究的重要手段，現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于植物逆境響應(yīng)、分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)、功能基因挖掘和代謝通路與信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的研究中。進(jìn)行耐鹽轉(zhuǎn)錄組學(xué)的相關(guān)研究，探究土壤鹽脅迫對(duì)大麻耐鹽性的影響，提高大麻耐鹽性遺傳育種具有重要的現(xiàn)實(shí)意義。簡(jiǎn)單重復(fù)序列（simple sequence repeats，SSRs）是以1～6個(gè)堿基對(duì)為基本單元的串聯(lián)重復(fù)形成的DNA序列，是一種以特異引物PCR為基礎(chǔ)的分子標(biāo)記技術(shù)，又稱微衛(wèi)星序列（microsatellites），因具有分布廣泛、多態(tài)性高、重復(fù)性高和共顯性等特點(diǎn)，常被應(yīng)用于研究植物遺傳進(jìn)化、基因定位和分子輔助育種等領(lǐng)域中［18-19］。從序列來(lái)源上劃分，SSR標(biāo)記可分為基因組SSR和表達(dá)序列標(biāo)簽SSR（EST-SSR，expressed sequence tags-SSR）。而表達(dá)序列標(biāo)簽因來(lái)源于轉(zhuǎn)錄區(qū)產(chǎn)物，能夠很好地反映出基因的表達(dá)信息，且與基因功能直接相關(guān)，通用性比SSR更好，在一定程度上彌補(bǔ)了SSRs的缺陷。而就EST-SSR與基因組SSR而言，EST-SSR標(biāo)記在不同物種間的通透性較好，在基因的編碼序列中也更容易獲得基因表達(dá)的信息以及更好地進(jìn)行功能基因的鑒定，也就更加準(zhǔn)確地揭示不同物種間的遺傳差異和親緣關(guān)系［20］。因此，EST序列在新基因中的挖掘?yàn)镾SR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)提供了重要的序列信息來(lái)源，以此為基礎(chǔ)建立的EST-SSR技術(shù)已成為指紋圖譜構(gòu)建［21］、全基因組分析［22］、轉(zhuǎn)錄組分析［23-25］等領(lǐng)域的新型研究工具。

目前，我國(guó)工業(yè)大麻的研究主要圍繞品種培育、栽培技術(shù)、紡織、飼料、藥品、大麻檢測(cè)和遺傳多樣性等方面，而基于鹽脅迫下工業(yè)大麻轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析進(jìn)行SSR標(biāo)記資源的深度挖掘很有必要。因此，利用轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)快速構(gòu)建大麻SSR位點(diǎn)信息，對(duì)大麻耐鹽品種的研究和深度挖掘EST-SSR分子標(biāo)記的開(kāi)發(fā)具有十分重要的意義。本文擬通過(guò)對(duì)大麻鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)構(gòu)建的SSR位點(diǎn)進(jìn)行分析，揭示大麻鹽脅迫條件下SSR位點(diǎn)數(shù)量特征及重復(fù)基序分布特點(diǎn)，旨在為今后開(kāi)展大麻鹽脅迫EST-SSR分子標(biāo)記開(kāi)發(fā)提供可用的SSR標(biāo)記資源。

1 材料與方法

1.1 材料來(lái)源與處理

大麻材料為中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院麻類研究所一年生麻類育種改良團(tuán)隊(duì)提供的皖大麻2號(hào)和K94（俄羅斯品種）。采用13 cm×12 cm育苗缽播種，選取大小均勻、健康飽滿的種子播種，土壤基質(zhì)與園土按3∶1（體積）混合，填滿育苗缽，均勻撒播，淺覆土約0.5 cm厚，澆透水，溫室內(nèi)培養(yǎng)。

溫室內(nèi)培養(yǎng)一個(gè)月后挑選長(zhǎng)勢(shì)相同的植株（約10～15 cm高，2對(duì)真葉），每盆定苗3株，設(shè)3盆為鹽脅迫處理組，3盆為空白對(duì)照組。待植株長(zhǎng)至3～4對(duì)真葉時(shí)，處理組在100 mmol NaCl下進(jìn)行澆灌，空白組采用去離子水。然后分別取處理后0、1、2、3 d的混樣，每個(gè)處理3個(gè)重復(fù)，錫箔紙包裹，液氮速凍保存，將選取的大麻樣本進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序。

1.2 SSR位點(diǎn)鑒別與引物設(shè)計(jì)

利用 MISA（MI cro SA tellite identification tool，27/09/2010）軟件對(duì)工業(yè)大麻測(cè)序所得到的 84 483條Unigene序列進(jìn)行SSR位點(diǎn)查找。篩選標(biāo)準(zhǔn)：?jiǎn)?、二、三、四、五、六核苷酸重?fù)序列最小重復(fù)數(shù)為10、6、5、5、5和5。利用Primer 3.0軟件進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，設(shè)置引物退火溫度為55～60℃，引物長(zhǎng)度10～27 bp，預(yù)期擴(kuò)增長(zhǎng)度范圍100～300 bp。引物均由北京擎科生物科技有限公司（Tsingke Biotechnology Co.，Ltd.）合成。

1.3 SSR位點(diǎn)數(shù)據(jù)分析處理

用MISA（MI cro SA tellite identification tool）軟件分析大麻轉(zhuǎn)錄組序列中SSR位點(diǎn)數(shù)量分布頻率、重復(fù)類型、結(jié)構(gòu)特征和重復(fù)長(zhǎng)度、分布頻率等。

2 結(jié)果與分析

2.1 大麻鹽脅迫下轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)的數(shù)量特征

通過(guò)對(duì)大麻鹽脅迫下轉(zhuǎn)錄組高通量測(cè)序，結(jié)果見(jiàn)表1。由表1可知，共檢測(cè)出84 483條Unigene序列，序列總長(zhǎng)87.31 Mb，序列平均長(zhǎng)度為1033 bp，含有SSR位點(diǎn)27 861個(gè)。經(jīng)SSR位點(diǎn)篩選，在84 483條Unigene序列中篩選出16 133條含SSR位點(diǎn)的序列，SSR標(biāo)記的發(fā)生頻率（含SSR的Unigene序列數(shù)與總Unigene序列數(shù)的比值）為19.10%，含2個(gè)或2個(gè)以上SSR位點(diǎn)的Unigene序列有6687條，含1個(gè)SSR位點(diǎn)的有9446條，其余3615條為復(fù)合型SSR位點(diǎn)。SSR檢出率（SSR個(gè)數(shù)與總的Unigene序列數(shù)的比值）為33.1%，這表明，在Unigene序列中平均3.13 kb就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)SSR位點(diǎn)。

表1 SSR分析的基本統(tǒng)計(jì)Table 1 Basic statistics of SSR analysis

2.2 大麻轉(zhuǎn)錄組中SSR重復(fù)基元分布及結(jié)構(gòu)特征

經(jīng)篩選后發(fā)現(xiàn)，在27 861個(gè)SSR位點(diǎn)中一共含有118種重復(fù)基元，重復(fù)基元類型主要為單、二、三、四、五和六堿基重復(fù)。其中單堿基重復(fù)數(shù)為14 690個(gè)，檢出率52.73%（表2、圖1）；二堿基重復(fù)數(shù)為6481個(gè)，檢出率23.26%；三堿基重復(fù)數(shù)為6174個(gè)，檢出率22.16%；四堿基重復(fù)數(shù)為369個(gè)，檢出率1.32%；五堿基重復(fù)數(shù)為75個(gè)，檢出率0.27%；六堿基重復(fù)數(shù)為72個(gè)，檢出率0.26%。除單堿基SSR重復(fù)外，在二堿基SSR位點(diǎn)中重復(fù)6～10次的有5025個(gè)，占該堿基SSR重復(fù)總數(shù)的77.53%；重復(fù)10次以上的有1456個(gè)，占該堿基SSR重復(fù)總數(shù)的22.47%。三堿基SSR位點(diǎn)重復(fù)5次的有3118個(gè)，占50.50%；重復(fù)10次以上的有162個(gè)，占2.62%。四、五、六堿基SSR重復(fù)多集中在5次，其中四堿基SSR位點(diǎn)重復(fù)有5個(gè)達(dá)到8次，五堿基SSR位點(diǎn)重復(fù)中有1個(gè)達(dá)到10次，六堿基SSR位點(diǎn)重復(fù)中有2個(gè)達(dá)到9次，1個(gè)達(dá)到10次以上。結(jié)果表明，在SSR位點(diǎn)分布中，主要以單、二和三堿基重復(fù)類型為主，其中二、三堿基重復(fù)具有較大的標(biāo)記開(kāi)發(fā)潛力。

表2 大麻EST-SSR分布頻率Table 2 Distribution frequency of industrial hemp EST-SSR

圖1 SSR分布Fig.1 SSR distribution

2.3 大麻SSR重復(fù)基序頻率及分布特征

由表3可知，在單核苷酸中重復(fù)最多的是A/T，有14 647個(gè)，比例為53%，占該重復(fù)總數(shù)的99.71%。二核苷酸重復(fù)中AG/CT最多，有3155個(gè)，比例為11.42%，占該重復(fù)總數(shù)的48.68%（圖2），其次是 AT/AT（2856個(gè)，比例為10.33%）和 AC/GT（430個(gè)，比例為 1.56%），分別占 44.07%和6.63%；CG/CG重復(fù)最少（40個(gè)，比例為0.14%），占0.62%。三核苷酸重復(fù)中主要的重復(fù)基元為AAG/CTT，有1863個(gè)，AAT/ATT有 1484個(gè)，ATC/ATG有 1099個(gè)，AAC/GTT有 531個(gè)，ACC/GGT有348個(gè)，分別占30.17%、24.04%、17.80%、8.60%和5.64%（圖 3）。四核苷酸重復(fù)為 AAAT/ATTT，有134個(gè)，占36.31%；五核苷酸重復(fù)為AAAAG/CTTTT，有18個(gè)，占24%；六核苷酸重復(fù)為AAAAAT/ATTTTT，有5個(gè)，占6.94%。從出現(xiàn)頻率來(lái)看，在整個(gè)重復(fù)基元中出現(xiàn)頻率最高的前5種基元分別是 A/T、AG/CT、AT/AT、AAG/CTT和 AAT/ATT，分別占總 SSR位點(diǎn)數(shù)的 52.57%、11.32%、10.25%、6.69%和5.33%，占總的SSR位點(diǎn)數(shù)的96.16%。

圖2 大麻二核苷酸SSR重復(fù)基元分布特征Fig.2 Distribution characteristics of industrial hemp dinucleotide SSR repeatmotifs

圖3 大麻三核苷酸SSR重復(fù)基元分布特征Fig.3 Distribution characteristics of industrial hemp trinucleotide SSR repeatmotifs

表3 大麻SSR重復(fù)類型分布特征Table 3 Distribution characteristics of industrial hemp SSR repeat types

2.4 大麻SSR重復(fù)長(zhǎng)度分布特征

對(duì)大麻鹽脅迫轉(zhuǎn)綠組SSR序列進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，共獲得24 246條引物，堿基對(duì)總長(zhǎng)度為579 992 bp，平均長(zhǎng)度23.92 bp，可用引物有17 894條。從獲取的SET-SSR序列長(zhǎng)度來(lái)看，SSR位點(diǎn)10 bp最多，有3106個(gè)，占總SSR位點(diǎn)重復(fù)總數(shù)的17.36%（圖4）。其次是15 bp，有2464個(gè)，占13.77%。然后是12 bp有2060個(gè)，占11.51%；18 bp有1514個(gè)，占8.46%；11 bp有1509個(gè)，占8.43%。序列中10～21 bp占SSR重復(fù)總數(shù)的79.72%，可見(jiàn)引物序列長(zhǎng)度多集中在10～21 bp，其中SSR位點(diǎn)最長(zhǎng)重復(fù)長(zhǎng)度為226 bp。

圖4 大麻轉(zhuǎn)錄組SSR重復(fù)長(zhǎng)度分布Fig.4 SSR repeat length distribution of industrial hemp transcriptome

3 討論與結(jié)論

隨著生物技術(shù)的不斷發(fā)展和創(chuàng)新，轉(zhuǎn)錄組測(cè)序技術(shù)應(yīng)用領(lǐng)域的發(fā)展越來(lái)越迅速，測(cè)序更加精準(zhǔn)、快速、便捷、易于操作，使得高通量測(cè)序技術(shù)在實(shí)際研究中已經(jīng)成為一種實(shí)用、快捷的技術(shù)手段，其應(yīng)用范圍幾乎覆蓋了所需基因物種的全部轉(zhuǎn)錄信息［26］。而SSR標(biāo)記技術(shù)的運(yùn)用在植物遺傳圖譜、功能基因標(biāo)記、親緣關(guān)系、分類學(xué)和進(jìn)化等研究中至關(guān)重要。據(jù)報(bào)道，Himanshu Dubey等［27］通過(guò)對(duì)茶樹(shù)基因組轉(zhuǎn)錄資源的整合與SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)，從獲得的6種資源的SSR數(shù)據(jù)信息、3種茶樹(shù)基因組數(shù)據(jù)和17種野生茶樹(shù)轉(zhuǎn)錄組序列中，鑒定出935 547個(gè)SSRs，并利用這些轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)開(kāi)發(fā)了一個(gè)茶樹(shù)SSR標(biāo)記的綜合數(shù)據(jù)庫(kù)--TeaMiD。作為研究基因編碼的序列表達(dá)信息的新型技術(shù)工具，已廣泛運(yùn)用在杉木［23］、核桃［25］、花椒［26］、油梨［28］、小麥［29］、紅松［30］和紅花［31］等經(jīng)濟(jì)作物的指紋圖譜、遺傳多樣性和全基因組分析的研究中。

目前，麻類作物在基因組學(xué)上的發(fā)展遠(yuǎn)不如其他經(jīng)濟(jì)作物，已報(bào)道的有大麻狀羅布麻全基因組分析［22］、苧麻品種遺傳多樣性和轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究［32-33］、籽用大麻性別連鎖標(biāo)記［34］、黃麻轉(zhuǎn)錄組測(cè)序［35-36］和工業(yè)大麻鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究［5，43］等。信朋飛等［38］在大麻數(shù)據(jù)庫(kù)中檢索到 1114個(gè)SSR，三核苷酸（39.84%）、六核苷酸（34.56%）重復(fù)基元類型居多，而本研究中主要以二核苷酸（23.26%）、三核苷酸（22.16%）重復(fù)基元類型為主。宋立肖等［21］在大麻狀羅布麻全基因組SSR中鑒定出117 511個(gè) SSR，平均每1478 bp出現(xiàn)1個(gè) SSR，且多以單核苷酸（67.79%）、二核苷酸（25.30%）重復(fù)基元類型為主，與本研究一致。萬(wàn)雪貝等［38］在紅麻表達(dá)序列標(biāo)簽數(shù)據(jù)篩選后，發(fā)現(xiàn)重復(fù)基元類型主要以三核苷酸（62.7%）、二核苷酸重復(fù)（34.0%）為主，這與大部分植物基因組和本次研究中二、三核苷酸重復(fù)的分布頻率結(jié)果是一致的。這說(shuō)明基于土壤鹽脅迫下的大麻遺傳育種和轉(zhuǎn)錄組學(xué)對(duì)SSR位點(diǎn)分布特征的分析，能夠深入挖掘其在鹽脅迫上的EST-SSR開(kāi)發(fā)潛力，豐富當(dāng)前大麻遺傳育種改良EST-SSR標(biāo)記的數(shù)據(jù)資源。

本次研究中，利用高通量測(cè)序技術(shù)，從大麻鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組中獲得84 483條Unigene序列，序列總長(zhǎng)87.31 Mb，平均長(zhǎng)度1033 bp。經(jīng)篩選后，在84 483條Unigene序列中獲得16 133個(gè)SSR位點(diǎn)，SSR標(biāo)記發(fā)生頻率為 19.10%，檢出率為 33.10%，高于小麥（4.1%）［29］、紅松（4.24%）［30］、杉木（9.72%）［23］和油梨（17.05%）［28］，而三角梅 SSR檢出率則為 44.91%［24］，推測(cè)其原因?yàn)?SSR篩選時(shí)所設(shè)置的SSR標(biāo)記分布、長(zhǎng)度范圍、各堿基重復(fù)類型以及轉(zhuǎn)錄序列位點(diǎn)不一致。研究顯示，大麻轉(zhuǎn)錄組標(biāo)記中平均3.13 kb就會(huì)出現(xiàn)一個(gè)SSR位點(diǎn)，明顯高于杉木47.66 kb［23］，與紅花3.11 kb［31］、核桃 2.55 kb［25］、竹葉花椒 3.91 kb［26］、黃麻 3.47 kb［35］和金花茶 3.46 kb［39］相當(dāng)，可能是物種間基因序列表達(dá)差異所引起的。

從SSR堿基重復(fù)類型來(lái)看，大麻轉(zhuǎn)錄組中SSR位點(diǎn)包含有多種重復(fù)類型，一至六堿基重復(fù)均有分布。除單核苷酸重復(fù)外，以二、三核苷酸重復(fù)為主，檢出率分別為23.26%和22.16%。二、三核苷酸在整體重復(fù)堿基和重復(fù)次數(shù)上占據(jù)優(yōu)勢(shì)，能夠很好地進(jìn)行SSR位點(diǎn)信息的篩選，轉(zhuǎn)錄時(shí)獲取SSR位點(diǎn)的可能性更大，這與大麻狀羅布麻［22］、蠟梅［40］和紅麻［38］的基序分布情況一致。其中，二核苷酸重復(fù)在整個(gè)序列的SSR位點(diǎn)數(shù)以及重復(fù)次數(shù)占主導(dǎo)，更具有較大的EST-SSR標(biāo)記的開(kāi)發(fā)潛能，三核苷酸重復(fù)次之，這與大多數(shù)植物EST-SSR標(biāo)記的結(jié)果一致。

在重復(fù)基元類型中，二核苷酸重復(fù)以AG/CT為主要類型，占該重復(fù)總數(shù)的48.68%，其次是AT/AT、AC/GT和 CG/CG；三核苷酸重復(fù)有 10種不同基元，以 AAG/CTT和 AAT/ATT為主要類型，分別占30.17%和24.04%。該重復(fù)基元類型可能與其他研究結(jié)果存在差異，這種差異的產(chǎn)生與作物的品種、序列大小和重復(fù)參數(shù)設(shè)置標(biāo)準(zhǔn)等有關(guān)。引物重復(fù)長(zhǎng)度SSR位點(diǎn)數(shù)最多的為10 bp，占總SSR位點(diǎn)重復(fù)總數(shù)的17.36%，其次是15、12、18 bp。從分布趨勢(shì)來(lái)看，重復(fù)長(zhǎng)度SSR位點(diǎn)數(shù)多集中在 10～21 bp之間，占 SSR總數(shù)的 79.72%，其重復(fù)長(zhǎng)度集中范圍與紅花［31］、紅松［30］和黃麻［41］的基本一致。

結(jié)果表明，大麻引物重復(fù)基元主要以二、三核苷酸重復(fù)為主，同時(shí)二核苷酸重復(fù)占SSR總數(shù)的23.26%，三核苷酸重復(fù)占SSR總數(shù)的22.16%。這說(shuō)明，大麻在二、三核苷酸重復(fù)中具有豐富的SSR位點(diǎn)標(biāo)記資源，二、三核苷酸重復(fù)具有很好的EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)潛力。此外，序列重復(fù)長(zhǎng)度分布的差異和SSR位點(diǎn)重復(fù)數(shù)可在一定程度上直接影響EST-SSR標(biāo)記的有效性和多態(tài)性，但大麻EST-SSR引物序列的有效性和多態(tài)性潛力還需進(jìn)一步驗(yàn)證。

大麻為一年生草本植物，雌雄異株，是我國(guó)傳統(tǒng)的經(jīng)濟(jì)作物之一，用途廣泛，常用于紡織、造紙、榨油、入藥、飼用、保健品開(kāi)發(fā)和生態(tài)修復(fù)等領(lǐng)域。SSR在動(dòng)植物基因組中具有高信息量、多態(tài)性豐富、共顯性和通用性好等特點(diǎn)，通過(guò)SSR標(biāo)記對(duì)物種進(jìn)行遺傳多樣性分析、親緣關(guān)系鑒定、比較作圖和遺傳圖譜構(gòu)建等，可為遺傳資源研究、核心種質(zhì)的構(gòu)建和分子標(biāo)記輔助育種等方面提供有力的工具［42-45］。通過(guò)對(duì)大麻在土壤鹽脅迫適應(yīng)性和轉(zhuǎn)錄組學(xué)EST-SSR標(biāo)記的研究，能夠極大地促進(jìn)大麻遺傳改良育種的相關(guān)研究。本文通過(guò)對(duì)大麻鹽脅迫下轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)構(gòu)建的SSR位點(diǎn)進(jìn)行分析，初步闡述了大麻鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)的潛力。研究表明，利用大麻鹽脅迫轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)篩選出的SSR位點(diǎn)序列以及分布特征分析，可挖掘的SSR標(biāo)記位點(diǎn)豐富，大麻引物重復(fù)基元在二、三核苷酸重復(fù)具有很好的EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)的潛力。其分析結(jié)果可為今后的大麻鹽脅迫品種選育、遺傳多樣性評(píng)價(jià)、EST-SSR標(biāo)記開(kāi)發(fā)等提供可參考的數(shù)據(jù)資源。