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黑色素瘤中SIRT7和自噬相關(guān)蛋白的表達(dá)相關(guān)性及其對放療抵抗的影響

2022-02-01 03:31:08孟冰瑤梁梟婷華婉瑜
關(guān)鍵詞:黑色素瘤內(nèi)質(zhì)網(wǎng)免疫組化

尤 佳,孟冰瑤,梁梟婷,華婉瑜,方 春,陳 潔,周 良,周 蕊

黑色素瘤(melanoma)是來源于黑色素細(xì)胞的惡性腫瘤,具有高侵襲性和轉(zhuǎn)移性,是皮膚癌死亡的主要原因[1-2]。放療是一種重要的腫瘤治療方式,可通過高劑量的紅外能量誘導(dǎo)DNA損傷、脂質(zhì)和蛋白質(zhì)分解,促進(jìn)癌細(xì)胞死亡。然而,由于黑色素瘤本身有較強(qiáng)的抗輻射性,目前放療僅用于轉(zhuǎn)移性黑色素瘤和某些頭頸部黑色素瘤的輔助治療[3]。因此,明確黑色素瘤放療抵抗的機(jī)制,將為黑色素瘤的臨床治療提供有力的治療靶點(diǎn)和方案。

Sirtuin家族是一組高度保守的脫乙酰基酶,人類共有7個(gè)Sirtuin成員(SIRT1~SIRT7),可與p53、FOXO、PGC-1a、Ku70等蛋白相互作用,調(diào)節(jié)應(yīng)激反應(yīng)、代謝、衰老、凋亡等重要病理、生理過程,并參與DNA損傷和修復(fù)[4]。SIRT7可以通過將蛋白脫乙?;{(diào)節(jié)細(xì)胞和表觀遺傳穩(wěn)態(tài),抑制細(xì)胞凋亡[5-8]。然而,SIRT7在調(diào)節(jié)黑色素瘤放療抵抗中的作用并不清楚。本實(shí)驗(yàn)通過檢測黑色素瘤中SIRT7和自噬相關(guān)蛋白的表達(dá),探討其對放療抵抗的影響,為黑色素瘤治療提供新靶點(diǎn)。

1 材料與方法

1.1 細(xì)胞與動(dòng)物來源人黑色素瘤A375細(xì)胞,購自廣州Cellcook生物公司。雄性裸鼠(BALB/C-nu/nu),4~5周齡,體重10~15 g,購自南方醫(yī)科大學(xué)動(dòng)物中心,用于構(gòu)建體外移植瘤動(dòng)物模型。

1.2 彗星電泳實(shí)驗(yàn)將0.8%瓊脂糖凝膠置于載玻片上形成下膠,置于4 ℃過夜;按照同樣的方法配制0.9%低熔點(diǎn)的瓊脂糖膠作為上膠;將消化下來的細(xì)胞與熔化后冷卻至37 ℃的上膠混合,將細(xì)胞懸液和凝膠混合液滴在下膠上,4 ℃靜置4 h;將鋪好凝膠的玻片在20 V、300 mA的條件下避光電泳30 min;電泳結(jié)束后將玻片浸泡在中和液中充分中和;加入含EB的碘化丙錠(propidium iodide, PI)染料染色10 min,在熒光顯微鏡下觀察拍照,并用Image J圖像分析軟件進(jìn)行分析。

1.3 RNA測序及分析將不同處理的黑色素瘤細(xì)胞樣本送至廣州瑞寶生物公司進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組學(xué)測序。使用Tophat2將RNA-Seq數(shù)據(jù)比對到人類基因組上(http://ccb.jhu.edu/software/tophat);將HTSeq(http://www-huber.embl.de/HTSeq)應(yīng)用于比對的數(shù)據(jù)集,明確具有顯著差異表達(dá)的基因。使用DAVID 6.8更新差異表達(dá)基因的GO分析和KEGG分析(http://david.abcc.ncifcrf.gov/)。RNA序列數(shù)據(jù)已上傳GEO數(shù)據(jù)庫(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo)。

1.4 Western blot提取細(xì)胞總蛋白并用Bradford法檢測蛋白濃度;配制聚丙烯酰胺凝膠,電泳分離蛋白質(zhì);將分離膠上的蛋白轉(zhuǎn)至PVDF膜,加入3%BSA封閉液室溫封閉1.5 h;按照1 ∶5 000的比例加入TBST稀釋的一抗,4 ℃孵育過夜;按1 ∶5 000的比例加入TBST稀釋的二抗,37 ℃孵育1.5 h;將PVDF膜條帶正面朝上,平鋪在X光片板上,用顯色液均勻覆蓋PVDF膜條帶后,放入顯影儀中進(jìn)行曝光,并拍照保留結(jié)果。

1.5 異體移植瘤模型建立取體重?zé)o統(tǒng)計(jì)學(xué)差異的小鼠,將各處理的黑色素瘤細(xì)胞皮下注入小鼠的左右背部;用游標(biāo)卡尺測量并記錄腫瘤體積,用公式計(jì)算腫瘤體積:V=ab2/2,其中a為腫瘤最長徑,b為垂直方向最大橫徑;當(dāng)腫瘤體積達(dá)到1 500 mm3時(shí),頸椎脫臼法處死小鼠,并取出皮下瘤。

1.6 免疫組化取石蠟切片,置于60~65 ℃恒溫烤箱中30 min烤片;將石蠟組織切片置于二甲苯(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ)各10 min,再依次經(jīng)100%、95%、80%、75%乙醇各3 min,使切片脫蠟至水;在高壓鍋內(nèi)加入PBS(pH 6.0),煮沸后加熱3 min對抗原進(jìn)行高壓熱修復(fù);切片用3%H2O2避光處理15 min后,在玻片上滴加一抗,4 ℃過夜;滴加鼠或兔二抗,室溫孵育40~60 min;每張切片滴加100 μL顯色液,室溫孵育3~5 min,鏡下觀察到明顯棕黃色時(shí)用PBS終止反應(yīng);將切片進(jìn)行HE染色,按照蘇木精3 min,流水沖洗5 mim,鹽酸乙醇分化3 s,流水沖洗20 min,梯度乙醇脫水至二甲苯各5 min,切片晾干后封固。免疫組化結(jié)果判讀:按照染色深淺,將腫瘤細(xì)胞染色強(qiáng)度分為四級,分別是陰性(-)、弱陽性(+)、中等陽性()和強(qiáng)陽性(),以中陽性和強(qiáng)陽性為過表達(dá)或高表達(dá)。

1.7 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析采用SPSS 17.0或Office Excel軟件進(jìn)行統(tǒng)計(jì)學(xué)分析并繪制圖表。對獨(dú)立樣本的統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn),采用非配對t檢驗(yàn)或單因素方差分析檢驗(yàn);所有統(tǒng)計(jì)檢驗(yàn)均采用雙尾檢驗(yàn)和方差齊性檢驗(yàn),以P<0.05為差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。

2 結(jié)果

2.1 SIRT抑制劑對黑色素瘤細(xì)胞電離輻射(ionizing radiation, IR)敏感性的影響彗星實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示:黑色素瘤A357細(xì)胞的DNA損傷對IR呈現(xiàn)出劑量依賴性。隨著輻射強(qiáng)度的增強(qiáng),慧尾DNA占比增加(P<0.001),提示隨輻劑量增加,細(xì)胞DNA損傷越嚴(yán)重(圖1A);由于8.0 Gy IR對黑色素瘤細(xì)胞DNA損傷最明顯,所以后續(xù)實(shí)驗(yàn)采用8.0 Gy為IR處理劑量。SIRT抑制劑處理下,黑色素瘤細(xì)胞對IR的敏感性增加,表現(xiàn)為彗尾DNA占比顯著增加(P<0.001,圖1B)。

圖1 彗星電泳實(shí)驗(yàn)檢測黑色素瘤細(xì)胞DNA損傷:A.彗星電泳分析IR對黑色素瘤細(xì)胞DNA損傷的劑量效應(yīng),柱狀圖顯示黑色素瘤細(xì)胞DNA損傷的定量分析;B.彗星電泳分析SIRT抑制劑對黑色素瘤細(xì)胞IR敏感性的影響,柱狀圖顯示黑色素瘤細(xì)胞DNA損傷的定量分析;**P<0.01,***P<0.001

2.2 干擾SIRT7對黑色素瘤細(xì)胞IR敏感性的影響qRT-PCR和Western bolt結(jié)果顯示:與對照組(siNC)相比,siRNA干擾片段siSIRT7_01(AGCCATTTGTCCTTGAGGAA)和siSIRT7_02(GAACGGAACTCGGGTTATT)轉(zhuǎn)染人黑色素瘤細(xì)胞A375后,在IR處理和非處理(MOCK)條件下,SIRT7蛋白和mRNA表達(dá)水平均明顯減低(P<0.001,圖2A、B)。彗星實(shí)驗(yàn)檢測顯示:隨著輻射強(qiáng)度的增加,彗尾DNA占比增加(P<0.001),提示細(xì)胞的DNA斷裂點(diǎn)增多,損傷越嚴(yán)重(圖2C)。

2.3 干擾SIRT7后轉(zhuǎn)錄組測序分析對干擾SIRT7后顯著上調(diào)的基因進(jìn)行GO富集分析后發(fā)現(xiàn),被富集的GO中排名最靠前的包括:ATF6介導(dǎo)的未折疊蛋白反應(yīng)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)伴侶復(fù)合物、錯(cuò)誤折疊蛋白結(jié)合、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激反應(yīng)、內(nèi)質(zhì)網(wǎng)腔、PERK介導(dǎo)的未折疊蛋白反應(yīng)、Atg8連接酶活性和巨自噬等(P<0.05,表1)。京都基因和基因組百科全書(KEGG)通路分析表明,包括內(nèi)質(zhì)網(wǎng)中的蛋白質(zhì)加工和自噬調(diào)節(jié)在內(nèi)的分子途徑受到顯著影響(P<0.05,表1)。

圖2 干擾SIRT7對黑色素瘤IR敏感性的影響:A.qRT-PCR檢測SIRT7干擾片段效率,**P<0.01,***P<0.001;B.Western blot檢測SIRT7干擾片段效率;C.彗星電泳分析干擾SIRT7對黑色素瘤細(xì)胞IR敏感性的影響,柱狀圖顯示黑色素瘤細(xì)胞DNA損傷的定量分析

表1 干擾SIRT7后RNAseq結(jié)果的GO和KEGG通路分析

2.4 干擾SIRT7后內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激及自噬相關(guān)蛋白的表達(dá)在IR處理和非處理(MOCK)條件下,分別使用兩個(gè)干擾片段干擾SIRT7,用Western blot法檢測了內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬相關(guān)蛋白的表達(dá)。結(jié)果顯示:干擾SIRT7后,與siNC相比,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激相關(guān)蛋白XBP1和GRP78,自噬相關(guān)基因ATG3、ATG12及自噬標(biāo)志物L(fēng)C3Ⅱ/LC3Ⅰ均顯著上調(diào)(圖3)。

圖3 干擾SIRT7對內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬相關(guān)蛋白表達(dá)的影響

2.5 自噬抑制劑對SIRT7介導(dǎo)的黑色素瘤細(xì)胞自噬性死亡的影響采用Sytox Green染色黑色素瘤細(xì)胞,以識(shí)別和計(jì)算死亡細(xì)胞。在非IR治療條件下,干擾SIRT7增加了死亡細(xì)胞數(shù)量,而自噬抑制劑3-MA的治療降低了細(xì)胞凋亡率(P<0.05,圖4)。IR治療顯著提高了黑色素瘤細(xì)胞的凋亡率,而干擾SIRT7則顯著增強(qiáng)這一趨勢。然而,3-MA可以在較大程度上緩解干擾SIRT7誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡(P<0.05,圖4)。因此,SIRT7缺失促進(jìn)了黑色素瘤細(xì)胞的自噬性細(xì)胞死亡。

2.6 SIRT7與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬相關(guān)蛋白表達(dá)的相關(guān)性免疫組化和Western blot結(jié)果顯示:與siNC相比,干擾SIRT7后,MOCK組和IR處理組移植瘤中SIRT7表達(dá)降低。免疫組化染色顯示:分別在MOCK和IR處理下敲除SIRT7,與siNC組相比,siSIRT7組XBP1、GRP78、ATG3、ATG12和LC3B表達(dá)均顯著上調(diào)(圖5A)。其中,siNC組SIRT7為(),XBP1、GRP78、ATG3、ATG12和LC3B均(-);siSIRT7組SIRT7為(+)或(),XBP1、GRP78、ATG3、ATG12和LC3B為()。Western blot結(jié)果也證實(shí):干擾SIRT7后,XBP1、ATG12和LC3B表達(dá)顯著上調(diào)(圖5B)。以上結(jié)果提示,SIRT7可能通過負(fù)性調(diào)節(jié)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬基因相關(guān)基因的表達(dá),保護(hù)黑色素瘤細(xì)胞,降低其放療敏感性。

3 討論

放療是腫瘤重要的臨床治療方法,但黑色素瘤富含防輻射物質(zhì)黑色素,是放療抵抗較嚴(yán)重的人類腫瘤之一[9]。氧化應(yīng)激、DNA復(fù)制、IR、紫外線輻射以及各種基因和毒素等內(nèi)外壓力,可增加人體細(xì)胞基因組的不穩(wěn)定以及DNA損傷,最終導(dǎo)致衰老和腫瘤[10]。Sirtuins在調(diào)節(jié)應(yīng)激反應(yīng)等多種生物過程中發(fā)揮關(guān)鍵作用[11]。本組著重分析了Sirtuin家族成員SIRT7,明確其在黑色素瘤中的生物學(xué)功能和黑色素瘤細(xì)胞放療抵抗中的作用與機(jī)制。SIRT7不僅參與基因組穩(wěn)定性,DNA修復(fù)和線粒體內(nèi)穩(wěn)態(tài),還能調(diào)節(jié)癌基因表達(dá)和核糖體發(fā)生等[12]。SIRT7能直接與DNA損傷位點(diǎn)結(jié)合,并招募下游因子DNA損傷進(jìn)行修復(fù),以維持基因組穩(wěn)定性,是復(fù)雜的DNA損傷反應(yīng)系統(tǒng)的重要組成部分[13]。SIRT7還在胃癌和乳腺癌等多種腫瘤中高表達(dá),發(fā)揮促進(jìn)細(xì)胞存活并抑制細(xì)胞凋亡的作用[6,14]。然而,自噬介導(dǎo)的SIRT7對腫瘤細(xì)胞的調(diào)控作用較少被探討。在前列腺癌中,SIRT7通過促進(jìn)雄激素受體信號(hào)通路增強(qiáng)雄激素誘導(dǎo)的自噬[15]。在膠質(zhì)瘤中,長鏈非編碼RNA MEG3通過調(diào)控SIRT7和PI3K/AKT/mTOR信號(hào)通路誘導(dǎo)自噬[16]。盡管已有上述研究,但SIRT7在黑色素瘤中的作用尚不清晰。

本組證實(shí)SIRT7缺失導(dǎo)致DNA損傷增加。SIRT7可直接參與DNA損傷修復(fù),而其在癌基因表達(dá)、線粒體內(nèi)穩(wěn)態(tài)、核糖體生物發(fā)生和內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激中也發(fā)揮重要作用[17-18]。內(nèi)質(zhì)網(wǎng)是一個(gè)巨大的膜網(wǎng)絡(luò),是膜蛋白和分泌蛋白重要的組裝車間[19]。缺氧、氧化損傷、葡萄糖剝奪和輻射等內(nèi)外刺激不僅損害內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的蛋白質(zhì)折疊能力,還可以誘導(dǎo)以EIF2α磷酸化為特征的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和接下來的未折疊蛋白反應(yīng)[20]。未折疊蛋白反應(yīng)信號(hào)能夠上調(diào)伴侶基因表達(dá),并誘導(dǎo)未折疊或錯(cuò)誤折疊蛋白質(zhì)的內(nèi)質(zhì)網(wǎng)相關(guān)降解,減少內(nèi)質(zhì)網(wǎng)的負(fù)擔(dān)。然而,如果內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激程度超過“從生存到死亡”的閾值,就會(huì)通過誘導(dǎo)相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子的表達(dá)來激活各種形式的細(xì)胞死亡[21]。自噬導(dǎo)致的細(xì)胞死亡稱為自噬性細(xì)胞死亡,其主要特征是細(xì)胞質(zhì)中出現(xiàn)大量的自噬體和自噬溶酶體,最終細(xì)胞被自身的溶酶體消化降解[22]。

圖4 自噬抑制劑3-MA對SIRT7介導(dǎo)的細(xì)胞死亡的影響:A.Sytox Green染色顯示死亡細(xì)胞;B.柱狀圖顯示凋亡細(xì)胞數(shù),*P<0.05

AMOCKIRsiNCsiSIRT7siNCsiSIRT7SIRT7GRP78XBP1ATG3ATG12LC3BB

圖5 在體內(nèi)干擾SIRT7對內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬的影響:A.免疫組化染色檢測異種移植瘤中SIRT7以及內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬相關(guān)蛋白的表達(dá);B.Western blot檢測干擾SIRT7后,SIRT7以及內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激和自噬相關(guān)蛋白表達(dá)

SIRT7與內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激之間的關(guān)系鮮有報(bào)道。在慢性肝病中內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激可以誘導(dǎo)SIRT7表達(dá),并與Myc相互作用富集在核糖體基因的啟動(dòng)子處,通過沉默其表達(dá)緩解內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激[23]。此時(shí),SIRT7表達(dá)是由內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激誘導(dǎo)的。本組發(fā)現(xiàn)SIRT7缺失可誘導(dǎo)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激的典型標(biāo)志物XBP1和GRP78的表達(dá),它們作為伴侶來糾正蛋白質(zhì)折疊,為支持SIRT7作為黑色素瘤細(xì)胞內(nèi)穩(wěn)態(tài)的守護(hù)者提供新的證據(jù)。SIRT7敲低后轉(zhuǎn)錄組測序生物信息學(xué)分析提示,SIRT7在調(diào)節(jié)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激介導(dǎo)的自噬中發(fā)揮作用。本組通過細(xì)胞學(xué)實(shí)驗(yàn)證實(shí)自噬基因ATG3和ATG12受SIRT7調(diào)控。ATG3作為E2樣結(jié)合酶介導(dǎo)LC3脂質(zhì)化,而ATG12是E3連接酶復(fù)合物之一,促進(jìn)基礎(chǔ)性自噬。此外,ATG3還可以與ATG12結(jié)合,形成復(fù)合物,連接晚期內(nèi)溶酶體運(yùn)輸[24]。SIRT7缺失可激活的自噬增加錯(cuò)誤折疊蛋白結(jié)合細(xì)胞死亡,屬于自噬性細(xì)胞死亡。

綜上,SIRT7可以負(fù)性調(diào)節(jié)內(nèi)質(zhì)網(wǎng)應(yīng)激介導(dǎo)的細(xì)胞死亡,以增強(qiáng)黑色素瘤細(xì)胞的生存能力。本實(shí)驗(yàn)顯示SIRT7在維持內(nèi)質(zhì)網(wǎng)穩(wěn)態(tài)中發(fā)揮關(guān)鍵作用,內(nèi)質(zhì)網(wǎng)穩(wěn)態(tài)有望成為放療或其他應(yīng)激誘導(dǎo)療法中黑色素瘤治療的新靶點(diǎn)。

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