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重視醫(yī)學(xué)影像人工智能數(shù)據(jù)庫(kù)的標(biāo)準(zhǔn)化建設(shè)

2021-12-05 09:02石鎮(zhèn)維劉再毅
協(xié)和醫(yī)學(xué)雜志 2021年5期
關(guān)鍵詞:醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)管理科研人員

石鎮(zhèn)維,劉再毅

廣東省醫(yī)學(xué)科學(xué)院 廣東省人民醫(yī)院放射科, 廣州 510080

近年來(lái),隨著醫(yī)療條件的不斷改善以及醫(yī)院信息化程度的不斷提高,醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)呈現(xiàn)暴發(fā)式增長(zhǎng)。據(jù)《2018年醫(yī)療人工智能技術(shù)與應(yīng)用白皮書》[1]統(tǒng)計(jì),目前我國(guó)醫(yī)療數(shù)據(jù)的年增長(zhǎng)率約為30%。 互聯(lián)網(wǎng)數(shù)據(jù)中心(Internet Data Center,IDC)的統(tǒng)計(jì)數(shù)據(jù)顯示,2020年全球醫(yī)療數(shù)據(jù)量已達(dá)到2010年的40倍,其中醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)(包括X線、超聲、CT、MRI、PET、病理圖像等)約占80%[2- 3]。目前,醫(yī)療影像數(shù)據(jù)具有大規(guī)模(volume)、高增速(velocity)、多種類(variety)、高價(jià)值(value)和真實(shí)準(zhǔn)確(veracity)五大特點(diǎn),符合當(dāng)代大數(shù)據(jù)5V特征,因此促進(jìn)了醫(yī)學(xué)影像人工智能(artificial intelligence,AI)的發(fā)展[4]。醫(yī)學(xué)影像大數(shù)據(jù)在為醫(yī)學(xué)影像AI帶來(lái)良好發(fā)展前景和機(jī)遇的同時(shí),亦面臨著數(shù)據(jù)方面的巨大挑戰(zhàn)。

1 醫(yī)學(xué)影像AI面臨數(shù)據(jù)方面的挑戰(zhàn)

隨著全球?qū)W者在醫(yī)學(xué)影像AI領(lǐng)域的積累,醫(yī)學(xué)圖像智能分析與處理算法愈發(fā)成熟,醫(yī)學(xué)影像因此也成為AI在醫(yī)療行業(yè)中最有潛力落地的領(lǐng)域。然而,在醫(yī)學(xué)影像AI科學(xué)研究中,數(shù)據(jù)是首要難題。首先,目前普遍缺乏高質(zhì)量的訓(xùn)練數(shù)據(jù),雖然國(guó)際上有很多高質(zhì)量的公開數(shù)據(jù)庫(kù),但數(shù)據(jù)量和多樣性依然十分有限,且存在患者人種差異;其次,缺乏行業(yè)統(tǒng)一標(biāo)準(zhǔn),數(shù)據(jù)采集標(biāo)準(zhǔn)多樣,系統(tǒng)誤差較大,缺乏對(duì)醫(yī)學(xué)圖像和疾病征象的統(tǒng)一認(rèn)識(shí);最后,整個(gè)行業(yè)缺乏對(duì)醫(yī)療數(shù)據(jù)使用標(biāo)準(zhǔn)的判斷依據(jù)和監(jiān)管,且由于存在法律和倫理問題,很大一部分醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)未能發(fā)揮最大價(jià)值,導(dǎo)致醫(yī)學(xué)影像AI發(fā)展受阻。

目前醫(yī)學(xué)影像AI在數(shù)據(jù)方面的困難阻礙了科研人員對(duì)數(shù)據(jù)的有效使用,包括:無(wú)法獲取醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)集信息;缺乏對(duì)醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)準(zhǔn)確的描述信息(如本體[5]);無(wú)法獲知數(shù)據(jù)的真實(shí)含義而導(dǎo)致錯(cuò)誤使用;無(wú)法獲知使用者的基本權(quán)利和義務(wù)等。為克服上述困難,需要政策與科學(xué)理論相結(jié)合,以推動(dòng)醫(yī)學(xué)影像AI標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù)的建立。2016年《二十國(guó)集團(tuán)領(lǐng)導(dǎo)人杭州峰會(huì)公報(bào)》第12條指出:“我們支持采取適當(dāng)措施促進(jìn)開放科學(xué),推動(dòng)在可找尋、可訪問、可交互、可再用的原則下,提高獲取公共財(cái)政資助的研究成果的便利性。”2018年我國(guó)頒布了《科學(xué)數(shù)據(jù)管理辦法》,目的在于進(jìn)一步加強(qiáng)和規(guī)范科學(xué)數(shù)據(jù)管理,保障科學(xué)數(shù)據(jù)安全,提高開放共享水平,更好地支撐國(guó)家科技創(chuàng)新、經(jīng)濟(jì)社會(huì)發(fā)展和國(guó)家安全。但目前,由于相關(guān)責(zé)任與權(quán)利不清晰,導(dǎo)致科研人員(包括醫(yī)務(wù)人員)參與科學(xué)數(shù)據(jù)使用與管理工作的動(dòng)力不足;而因?qū)τ跀?shù)據(jù)隱私安全及其危害缺乏清晰、明確的定義,導(dǎo)致數(shù)據(jù)公開以及共享困難;此外,醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)具有獨(dú)特的性質(zhì),例如復(fù)雜多樣、隱私敏感、長(zhǎng)尾突發(fā)、類型復(fù)雜和分散度高等[6],因此,亟需建立符合醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)特點(diǎn)的使用和管理標(biāo)準(zhǔn)與規(guī)范,并在此基礎(chǔ)上建立醫(yī)學(xué)影像AI標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù),以實(shí)現(xiàn)基于標(biāo)準(zhǔn)化醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)促進(jìn)醫(yī)療AI的發(fā)展。

2 建立醫(yī)學(xué)影像AI標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù)的重要性

在醫(yī)學(xué)領(lǐng)域,The Cancer Imaging Archive (TCIA)[7]和The Cancer Genome Atlas (TCGA)[8]是兩個(gè)被廣泛使用的公開數(shù)據(jù)庫(kù)。前者包含常見腫瘤的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)與相應(yīng)的臨床信息;后者則包含腫瘤的病理圖像數(shù)據(jù)與基因信息。TCIA與TCGA對(duì)數(shù)據(jù)審查十分嚴(yán)格,具有數(shù)據(jù)質(zhì)量高、對(duì)疾病描述準(zhǔn)確、數(shù)據(jù)來(lái)源清晰、使用條件規(guī)范等特點(diǎn),為全球醫(yī)學(xué)影像AI的發(fā)展作出了巨大貢獻(xiàn)。使用公開數(shù)據(jù)集進(jìn)行醫(yī)學(xué)影像AI模型的訓(xùn)練與驗(yàn)證已經(jīng)成為一種發(fā)展趨勢(shì)。

除此之外,TCIA為部分影像數(shù)據(jù)提供了符合FAIR[findable(可查詢),accessible(可訪問), interoperable(可交互),reusable(可再用)]數(shù)據(jù)管理準(zhǔn)則的DICOM-SEGMENTATION文件,實(shí)現(xiàn)對(duì)影像標(biāo)注數(shù)據(jù)的FAIR化與結(jié)構(gòu)化,進(jìn)而提升了醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)與AI技術(shù)之間的交互性,更有益于AI模型之間的比較與泛化。2016年國(guó)際組織FORCE11正式提出了FAIR數(shù)據(jù)科學(xué)管理準(zhǔn)則,目的在于對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行科學(xué)管理。FAIR數(shù)據(jù)準(zhǔn)則詳細(xì)描述了如何通過科學(xué)的方法進(jìn)行數(shù)據(jù)管理[9- 11]。首先,提升數(shù)據(jù)的交互性有助于打破數(shù)據(jù)與AI算法之間的交互壁壘,對(duì)于機(jī)器學(xué)習(xí)至關(guān)重要;其次,F(xiàn)AIR數(shù)據(jù)準(zhǔn)則著重強(qiáng)調(diào)數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)化,進(jìn)而提升數(shù)據(jù)的可再用性。該準(zhǔn)則被提出以來(lái),受到科學(xué)數(shù)據(jù)管理領(lǐng)域的廣泛認(rèn)可。在構(gòu)建醫(yī)學(xué)影像標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù)方面,F(xiàn)AIR數(shù)據(jù)準(zhǔn)則通過對(duì)醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)的采集、處理、使用以及管理等方面進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化描述,可為醫(yī)學(xué)影像AI科研提供標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)保障。因此,F(xiàn)AIR數(shù)據(jù)準(zhǔn)則為長(zhǎng)久以來(lái)醫(yī)學(xué)影像領(lǐng)域標(biāo)準(zhǔn)化提供了新的機(jī)遇。

3 小結(jié)與展望

過去10年,我國(guó)臨床所產(chǎn)生的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)呈現(xiàn)暴發(fā)式增長(zhǎng),但真正規(guī)范且可被用于臨床科學(xué)研究的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)卻極度匱乏,導(dǎo)致很大一部分科學(xué)研究仍然依賴于國(guó)際醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)庫(kù),尤其是一些公開數(shù)據(jù)庫(kù)。因此,構(gòu)建符合我國(guó)國(guó)情、法律/法規(guī)以及科研人員使用習(xí)慣的標(biāo)準(zhǔn)化醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)庫(kù)勢(shì)在必行。通過建立標(biāo)準(zhǔn)化醫(yī)學(xué)影像AI數(shù)據(jù)庫(kù),可提升醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)質(zhì)量、實(shí)現(xiàn)科學(xué)數(shù)據(jù)價(jià)值的最大化、促進(jìn)醫(yī)學(xué)影像AI的發(fā)展。FAIR數(shù)據(jù)準(zhǔn)則所倡導(dǎo)的科學(xué)使用和管理原則恰好符合上述目標(biāo)。若基于該準(zhǔn)則構(gòu)建我國(guó)醫(yī)學(xué)影像AI標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù):首先,需要建立完備的醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn),并為科研人員提供便捷的標(biāo)準(zhǔn)醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)信息平臺(tái)和服務(wù);其次,需要清晰描述醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)產(chǎn)生、處理、使用、管理以及發(fā)布等各個(gè)環(huán)節(jié),明確各方的權(quán)利、責(zé)任以及義務(wù);再次,需要科研人員和醫(yī)務(wù)人員在數(shù)據(jù)采集、數(shù)據(jù)庫(kù)構(gòu)建及醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)術(shù)語(yǔ)描述等方面達(dá)成共識(shí)(可參照國(guó)際標(biāo)準(zhǔn)構(gòu)建符合中國(guó)國(guó)情的醫(yī)學(xué)本體語(yǔ)義庫(kù));最后,計(jì)算、存儲(chǔ)等硬件設(shè)備與軟件對(duì)構(gòu)建醫(yī)學(xué)影像AI數(shù)據(jù)庫(kù)同樣重要,亟需開發(fā)相應(yīng)的計(jì)算機(jī)軟件以實(shí)現(xiàn)醫(yī)學(xué)影像數(shù)據(jù)的實(shí)時(shí)轉(zhuǎn)化及存儲(chǔ),并最終實(shí)現(xiàn)醫(yī)學(xué)影像AI標(biāo)準(zhǔn)化數(shù)據(jù)庫(kù)的建設(shè),促進(jìn)醫(yī)療AI的發(fā)展。

作者貢獻(xiàn):石鎮(zhèn)維負(fù)責(zé)查閱文獻(xiàn)、撰寫初稿及文章修訂;劉再毅提出修改意見并審校文章。

利益沖突:無(wú)

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