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基于數(shù)據(jù)庫(kù)挖掘CCDC58基因在肝癌中的表達(dá)及其臨床意義

2021-09-14 06:21王語(yǔ)晴
關(guān)鍵詞:結(jié)構(gòu)域生存率檢索

王 軍 王語(yǔ)晴 王 輝

(武漢大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院 武漢 430071)

肝細(xì)胞肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)為世界范圍內(nèi)常見的惡性腫瘤之一,全球范圍內(nèi)每年新發(fā)病例85萬(wàn)以上,病死人數(shù)超過70萬(wàn),在所有因癌癥死亡病例中肝癌位居第2位[1]。近年來,雖然HCC的診治已取得顯著進(jìn)展,但HCC的總體療效不佳,預(yù)后極差的狀況并未得到根本性的改變。目前HCC的診斷多依賴于影像學(xué)技術(shù),缺乏有效的早期診斷、預(yù)后監(jiān)測(cè)指標(biāo)。雖甲胎蛋白(α-fetoprotein,AFP)為HCC的輔助診斷、預(yù)后評(píng)估最常用的標(biāo)志物,但其診斷靈敏度、特異性不佳,且在預(yù)后評(píng)估中的價(jià)值有限[2]。故尋找新的有診斷、預(yù)后評(píng)估價(jià)值的標(biāo)志物,對(duì)HCC的早期診斷、預(yù)后監(jiān)測(cè)意義重大。卷曲螺旋結(jié)構(gòu)域(coiled-coil domain containing,CCDC)家族蛋白可介導(dǎo)多種蛋白質(zhì)之間的相互作用,具有DNA結(jié)合蛋白、糖類結(jié)合蛋白等功能,還可形成骨架蛋白、運(yùn)動(dòng)蛋白等蛋白質(zhì)骨架的通用結(jié)構(gòu)域[3]。在腫瘤中,該家族蛋白可通過調(diào)節(jié)肌動(dòng)蛋白微絲骨架的聚合,在細(xì)胞侵襲、遷移中發(fā)揮重要作用。多項(xiàng)研究結(jié)果證實(shí)[4~5],CCDC在惡性腫瘤中呈異常表達(dá),在腫瘤細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)、腫瘤細(xì)胞增殖、侵襲、轉(zhuǎn)移中均具有重要的作用。CCDC58為人體宿主細(xì)胞編碼的蛋白質(zhì),含卷曲螺旋結(jié)構(gòu),位于人類3號(hào)染色體上,但目前CCDC58在HCC中的表達(dá)及其臨床意義的報(bào)道較為少見。本研究結(jié)合通過挖掘TCGA、Oncomine、The Human Protein Atlas等數(shù)據(jù)庫(kù)中CCDC58的mRNA、蛋白表達(dá)水平,并分析該基因與預(yù)后的相關(guān)性,現(xiàn)報(bào)道如下。

1 資料與方法

1.1 Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)中數(shù)據(jù)獲取

本次研究中,從Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取數(shù)據(jù)設(shè)定檢索條件如下:(1)在Gene欄輸入B3GAT3;(2)再依次選擇Analysi Type-Differential Analysis-Cancer vs Normal Analysis;(3)在Cancer Type欄選擇Liver Cancer;(4)在Data Type欄,選擇mRNA;(5)在Sample Type欄中,選擇Clinical Specimen。

1.2 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)獲取

從TCGA的Gene Expression Profiling Interactive Analysis(GEPIA)數(shù)據(jù)庫(kù)(http://gepia.cancer-pku.cn/index.html)中設(shè)定檢索條件如下:(1)Single Gene Analysi選項(xiàng),點(diǎn)擊GoPIA!(2)Expression DIY選項(xiàng),選擇Profile;(3)輸入基因名CCDC58,Dataset選擇LIHC,Plot Width選擇200,其余默認(rèn);(4)在Survival欄中,選擇Overall Survival及Disease Free Survival(RFS);(5)在Datasets Selection(Cancer name)欄中,選擇LIHC,點(diǎn)擊Plot。

1.3 The Human Protein Atlas數(shù)據(jù)獲取

The Human Protein Atlas數(shù)據(jù)庫(kù)中設(shè)定檢索條件如下:(1)在檢索欄輸入CCDC58,點(diǎn)擊Search;(2)Tissue欄中,選擇Liver,即可獲得CCDC58在HCC中的表達(dá)的免疫組化圖。

1.4 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析

2 結(jié)果

2.1 CCDC58在腫瘤及對(duì)照組織中表達(dá)

在38例肝癌組織中CCDC58 mRNA表達(dá)量高于19例正常肝組織(P<0.001,圖1A),CCDC58在HCC中呈陽(yáng)性表達(dá)(圖1B)。

圖1 CCDC58在肝細(xì)胞肝癌及正常肝臟中的表達(dá)

2.2 CCDC58不同表達(dá)量的HCC患者預(yù)后比較

在182例HCC患者中,CCDC58高表達(dá)組的總生存率、無進(jìn)展生存率均顯著低于低表達(dá)組(P<0.001,P=0.0062,圖2A、2B)。

圖2 CCDC58不同表達(dá)量的HCC患者預(yù)后

3 討論

既往的研究認(rèn)為[6],含有螺旋線圈結(jié)構(gòu)域(CCDC)基因與不同腫瘤存在關(guān)聯(lián)。CCDC家族蛋白已鑒定出63個(gè)結(jié)構(gòu)基序,涉及細(xì)胞分裂、藥物排出、基因表達(dá)調(diào)控、藥物運(yùn)輸、膜融合等多種生物學(xué)過程[7]。CCDC58為CCDC家族中的一種,高通量相互作用研究中發(fā)現(xiàn),該蛋白與AFG3L2、AIFM1、SCO1、細(xì)胞色素C等膜間隙蛋白有相互作用。CCDC58的功能尚未完全闡明,但CCDC58水平升高被認(rèn)為是子宮內(nèi)膜增生、肝及尿路上皮癌的不利預(yù)后因素[8],故CCDC58可能參與了腫瘤的發(fā)生、發(fā)展,但其具體作用仍有待進(jìn)一步研究。

本研究首先在Oncomine數(shù)據(jù)庫(kù)中獲取了38例肝癌組織及19例正常肝組織中CCDC58 mRNA表達(dá)量,結(jié)果表明,肝癌組織中CCDC58 mRNA表達(dá)量顯著高于正常肝組織。進(jìn)一步在The Human Protein Atlas數(shù)據(jù)庫(kù)中挖掘CCDC58的蛋白表達(dá)水平,結(jié)果表明,在HCC組織中,CCDC58呈陽(yáng)性表達(dá)。但該數(shù)據(jù)庫(kù)未收錄正常肝組織的CCDC58的免疫組化結(jié)果,故CCDC58蛋白再正常肝組織中的表達(dá)情況還有待證實(shí)。

為探討CCDC58表達(dá)量與HCC患者預(yù)后的關(guān)系,筆者通過TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)調(diào)取CCDC58總生存率、無進(jìn)展生存率的數(shù)據(jù),結(jié)果表明,在182例HCC患者中,CCDC58高表達(dá)的HCC患者的總生存率、無進(jìn)展生存率均顯著低于CCDC58低表達(dá)的HCC患者。這說明CCDC58可作為肝癌預(yù)后評(píng)估的潛在分子標(biāo)志物。由于目前尚缺乏CCDC58與HCC的文獻(xiàn)報(bào)道,故本研究中的結(jié)果僅從數(shù)據(jù)庫(kù)角度獲取了HCC中CCDC58表達(dá)量及與預(yù)后的關(guān)系的相關(guān)信息,CCDC58是否與腫瘤直徑、分級(jí)、腫瘤轉(zhuǎn)移、耐藥等存在關(guān)系有待進(jìn)一步研究證實(shí)。

綜上所述,TCGA、Oncomine等數(shù)據(jù)庫(kù)中的數(shù)據(jù)表明,CCDC58 mRNA在HCC組織中高表達(dá),CCDC58可作為HCC預(yù)后判斷的指標(biāo),可作為后續(xù)臨床、基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù)支持。

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